Endonucleasas
Enzimas que catalizan la hidrólisis de los enlaces internos y por lo tanto la formación de polinucleótidos u oligonucleótidos de las cadenas ribo-desoxirribonucleótidos. CE 3.1. -.
Desoxirribonucleasas de Localización Especificada Tipo II
Sistemas enzimáticos que contienen una subunidad única y sólo requieren magnesio para la actividad endonucleolítica. Las metilasas de modificación correspondientes son enzimas separadas. Los sistemas reconocen pequeñas secuencias específicas de ADN y quiebran, ya sea dentro o a una determinada distancia pequeña de la secuencia de reconocimiento, produciendo fragmentos específicos de cadena doble con 5'-fostafos terminales. Las enzimas de microorganismos diferentes con la misma especificidad se denominan isosquizómeras EC 3.1.21.4.
Enzimas de Restricción del ADN
Enzimas que forman parte de los sistemas de restricción-modificación. Catalizan la segmentación endonucleolítica de secuencias de ADN que no poseen el patrón de metilación de la especie en el ADN de la célula hospedera. La segmentación produce fragmentos aleatorios, o específicos de doble cadena, con 5'-fosfatos terminales. La función de las enzimas de restricción es destruir cualquier ADN extraño que invada la célula hospedera. La mayoría ha sido estudiada en sistemas bacterianos, pero algunas han sido encontradas en organismos eucarióticos.También se han usado como herramientas en la disección sistemática y en el mapeo de los cromosomas, en la determinación de la secuencia de bases de ADNs y han hecho posible cortar y recombinar genes de un organismo al genoma de otro. EC 3.21.1.
Endodesoxirribonucleasas
Desoxirribonucleasa IV (Fago T4-Inducido)
Enzima que cataliza la escisión endonucleolítica de enlaces fosfodiéster en los sitios purínicas o apirimidínicos (sitios AP) para producir como productos finales 5'-Phosphooligonucleotidos. La enzima prefiere un solo ADN inmovilizado (ssADN) y fue anteriormente clasificado como EC 3.1.4.30.
División del ADN
Reacción que rompe una de las uniones covalentes de azucar-fosfato entre NUCLEÓTIDOS constituyentes de la columna azucar-fosfato del ADN. Esta reacción está catalizada por enzimas, por compuestos químicos o por radiación. La división puede ser exonucleótica, con eliminación del nucleótido del final, o endonucleótica, dividiendo la cadena en dos.
Secuencia de Bases
Secuencia de PURINAS y PIRIMIDINAS de ácidos nucléicos y polinucleótidos. También se le llama secuencia de nucleótidos.
ADN
Polímero de desoxirribonucleótidos que es el material genético primario de todas las células. Los organismos eucarióticos y procarióticos contienen normalmente ADN en forma de doble cadena, aunque en varios procesos biológicos importantes participan transitoriamente regiones de una sola cadena. El ADN, que consiste de un esqueleto de poliazúcar-fosfato posee proyecciones de purinas (adenina y guanina) y pirimidinas (timina y citosina), forma una doble hélice que se mantiene unida por puentes de hidrógeno entre estas purinas y pirimidinas (adenina a timina y guanina a citosina).
ADN-(Sitio Apurínico o Apirimidínico) Liasa
Enzima de reparación del ADN que cataliza la escisión de los residuos de ribosa en los sitios de ADN apurínicos y apirimidínicos que pueden resultar de la acción de los ADN GLICOSILASAS. La enzima cataliza una reacción de beta-eliminación en el cual el enlace COP 3 'al sitio apurínico o apirimidínico en el ADN se rompe, dejando un azúcar insaturado 3'-terminal y un producto con un terminal 5'-fosfato. Esta enzima fue listada anteriormente bajo EC 3.1.25.2.
Especificidad por Sustrato
Desoxirribonucleasa EcoRI
Una de las desoxirribonucleasas del Tipo II sitio-específicas (EC 3.1.21.4). Reconoce y divide la secuencia G/AATTC. EcoRI proviene de E. coliRY13. Varios isosquizómeros han sido identificados. EC 3.1.21.-.
Desoxirribonucleasa BamHI
Una de las desoxirribonucleasas del Tipo II sitio-específicas (EC 3.1.21.4). Reconoce y divide la secuencia G/GATCC. BamHI proviede del Bacillus amyloliquefaciens N. Numerosos isosquizómeros han sido identificados. EC 3.1.21.-.
Desoxirribonucleasas
Desoxirribonucleasas de Localización Especificada Tipo I
Sistemas enzimáticos que contienen tres subunidades diferentes y que requieren ATP,S -adenosilmetionina y magnesio para actividad endonucleolítica, para producir fragmentos de doble cadena al azar con 5'-fosfatos terminales. Funcionan también como ATPasas dependientes de ADN y como metilasas de modificación, catalizando las reacciones EC 2.1.1.72 y EC 2.2.2.73, con especificidad de sitio similar. Los sistemas reconocen secuencias específicas cortas del ADN y se segmentan en sitios lejanos de la secuencia de reconocimiento. Las enzimas de diferentes microorganismos con la misma especificidad se denominan isosquisómeras. EC 3.1.21.3.
Datos de Secuencia Molecular
Descripciones de secuencias específicas de aminoácidos, carbohidratos o nucleótidos que han aparecido en lpublicaciones y/o están incluidas y actualizadas en bancos de datos como el GENBANK, el Laboratorio Europeo de Biología Molecular (EMBL), la Fundación Nacional de Investigación Biomédica (NBRF) u otros archivos de secuencias.
Electroforesis en Gel de Agar
Endonucleasas de ADN Solapado
Endonucleasas que eliminan secuencias 5' del ADN procedentes de una estructura de ADN denominada ADN flap (ADN solapado). Las estructuras del ADN flap aparece cuando un ADN bicatenario contene una rotura en una cadena, de modo que a partir de la posición 5' dicha cadena resulta demasiado larga, solapándose al extremo 3' de la porción proximal. Las endonucleasas flap cortan la porción distal de la estructura flap solapada precisamente después del primer par de bases de nucleótidos, creando una muesca apta para una unión.
Polimorfismo de Longitud del Fragmento de Restricción
Variación en la presencia o longitud de un fragmento de ADN que tiene lugar dentro de una especie, generada por una endonucleasa específica en un sitio específico del genoma. Tales variaciones se generan por mutaciones que crean o eliminan sitios de reconocimiento de estas enzimas o cambian la longitud del fragmento.
Plásmidos
Moléculas extracromosómicas generalmente de ADN CIRCULAR que son auto-replicantes y transferibles de un organismo a otro. Se encuentran en distintas especies bacterianas, arqueales, micóticas, de algas y vegetales. Son utilizadas en INGENIERIA GENETICA como VECTORES DE CLONACION.
Hibridación de Ácido Nucleico
Técnica, ampliamente usada, que aprovecha la capacidad de las secuencias complementarias en cadenas únicas de ADN y ARN de emparejarse unas con otras para formar una hélice doble. La hibridación puede darse entre dos secuencias complementarias de ADN, entre un ADN con cadena única y un ARN complementario o entre dos secuencias de ARN. La técnica es usada para detectar y aislar secuencias específicas, medir la homología o definir otras características de una o dos cadenas (Adaptación del original: Kendrew, Encyclopedia of Molecular Biology, 1994, p503).
Desoxirribonucleasa HpaII
Una de las desoxirribonucleasas del Tipo II sitio-específicas (EC 3.1.21.4). Reconoce y divide las secuencias C/CGG y GGC/C. HpaII proviene del Haemophilus parainfluenzae. Varios isosquizómeros han sido identificados. EC 3.1.21.-.
Escherichia coli
Especie de BACILOS GRAMNEGATIVOS ANEROBIOS FACULTATIVOS que suelen encontrarse en la parte distal del intestino de los animales de sangre caliente. Por lo general no son patógenos, pero algunas cepas producen DIARREA e infecciones piógenas. Las cepas patógenos (viriotipos) se clasifican según sus mecanismos patógenos específicos, como toxinas (ESCHERICHIA COLI ENTEROTOXÍGENA).
Empalme de Proteína
Extirpación de secuencias protéicas internas (INTEINAS) de una proteína precursora, acopladas con la conexión de secuencias laterales (EXTEINAS). El empalme de proteína es una reacción autocatalítica y da lugar a la producción de dos proteínas a partir de un solo producto de translación primario: la inteína y la proteína madura.
Mapeo Restrictivo
Resolvasas de Unión Holliday
Enzimas que reconocen estructuras de ADN CRUCIFORME e introduce incisiones pares que ayudan a resolver la estructura dentro de dos hélices de ADN.
ADN Circular
Cualquiera de las moléculas de ADN covalentemente cerradas que se encuentran en bacterias, muchos virus, mitocondrias, plástidos, y plásmidos. También se han observado ADNs pequeños, circulares y polidispersos en un número de organismos eucarióticos y se ha sugerido que tienen homología con el ADN cromosómico y en la capacidad de insertarse en él, y escindirse del ADN cromosómico. Es un fragmento de ADN formado por un proceso de formación y de deleción de un asa , que contiene una región constante de la cadena pesada mu y la parte 3 de la región de cambio mu. El ADN circular es un producto normal de la reordenación entre los segmentos del gen que codifica las regiones variables de las cadenas ligeras y pesadas de las inmunoglobulinas, así como de los receptores de las células T.
Naegleria
Ameba terrestre de vida libre que es patógena para humanos y animales. Se encuentra en el agua dulce y en aguas residuales. La especie más común en humanos es NAEGLERIA FOWLERI que es el patógeno de la meningoencefalitis amebiana primaria de los primates.
Reparación del ADN
La reconstrucción de una molécula de ADN de doble cadena continua sin defectos a partir de una molécula contenida en regiones dañadas. Los principales mecanismos de reparación son la reparación por extirpación, en la que las regiones defectuosas en una cadena son extirpadas y resintetizadas usando la información complementaria de pareamento de las bases que está en la cadena intacta.
Roturas del ADN de Cadena Simple
Interrupciones en una de las cadenas de la columna de azúcar-forfato en ADN de doble cadena.
Conformación de Ácido Nucleico
Secuencia de Aminoácidos
Ácido Apurínico
Hidrolizado de ADN en el cual se han eliminado las bases purínicas.
Ingeniería de Proteínas
Procedimientos mediante los que se cambia o se crea in vitro la función y estructura de las proteínas, alterando las existentes o sintetizando nuevos genes estructurales que dirigen la síntesis de proteínas con las propiedades deseadas. Esos procedimientos pueden incluir el diseño de MODELOS MOLECULARES de proteínas utilizando GRÁFICOS POR ORDENADOR u otras técnicas de modelado molecular; la MUTAGÉNESIS SITIO DIRIGIDA de genes existentes; y técnicas de EVOLUCIÓN MOLECULAR DIRIGIDA para crear nuevos genes.
Clonación Molecular
Inserción de moléculas de ADN recombinante de fuentes procariotas y/o eucariotas en un vehículo replicador, como el vector de virus o plásmido, y la introducción de las moléculas híbridas resultantes en células receptoras sin alterar la viabilidad de tales células.
División del ARN
Una reacción que corta uno de los enlaces azúcar-fosfato de la columna fosfodiéster del ARN. Es catalizada enzimáticamente, químicamente o por radiación. La división puede ser exonucleolítica o endonucleolítica.
Intrones
Secuencias no codificadoras e interventoras de ADN que son transcriptas, pero que son removidas en la transcripción génica primaria y degradadas rápidamente durante la maduración del ARN mensajero. La mayoría de los genes en los núcleos de eucariotes contienen intronas, al igual que los genes mitocondriales y del cloroplasto.
Desoxirribonucleasa HindIII
Una de las desoxirribonucleasas del TIpo II sitio-específicas. Reconoce y divide la secuencia A/AGCTT. HindIII proviene del Haemophillus influenzae R(d). Numerosos isosquizómeros han sido identificados. EC 3.1.21.-.
Endorribonucleasas
Sitios de Unión
Enzimas de Restricción-Modificación del ADN
Sistemas constituídos por dos enzimas, una metilasa de modificación y una endonucleasa de restricción. Están íntimamente relacionados en su especificidad y protegen el ADN de una determinada especie bacteriana . La metilasa adiciona grupos metilo a los residuos de adenina o citosina, en la misma secuencia diana que constituye el sitio de enlace de la enzima de restricción. La metilación hace que el sitio diana se vuelva resistente a la restricción, protegiendo así al ADN de la segmentación.
ADN Recombinante
Alineación de Secuencia
Combinación de dos o más aminoácidos o secuencias de bases de un organismo u organismos de manera que quedan alineadas las áreas de las secuencias que comparten propiedades comunes. El grado de correlación u homología entre las secuencias se pronostica por medios computarizados o basados estadísticamente en los pesos asignados a los elementos alineados entre las secuencias. Ésto a su vez puede servir como un indicador potencial de la correlación genética entre organismos.
Liasas de Carbono-Oxígeno
Enzimas que catalizan la ruptura de un enlace carbono-oxígeno por medios ajenos a la hidrólisis o la oxidación. EC 4.2.
Dominio Catalítico
ADN Superhelicoidal
ADN duplex circular aislado a partir de los virus, bacterias y mitocondrias en forma superenrrollada o superdoblado. Este ADN superhelicoidal es rico en energía libre. Durante la transcripción, la magnitud de la iniciación es proporcional a la superhelicoidalidad del ADN.
Mapeo Cromosómico
Cualquier método empleado para determinar la localización y distancias relativas entre los genes en un cromosoma.
Desoxirribonucleasas de Localización Especificada Tipo III
Sistemas enzimáticos compuestos de dos subunidades, que requieren ATP y magnesio para la actividad endonucleolítica. No funcionan como ATPasas. Existen como complejos con metilasas de modificación de especifidad similar relacionadas en EC 2.1.1.72 o EC 2.1.1.73. Los sistemas reconocen secuencias cortas específicas de ADN y se rompen a poca distancia, aproximadamente a 24 a 27 bases de la secuencia de reconocimiento, para producir fragmentos de doble cadena con 5'-fosfatos terminales. Enzimas de microorganismos diferentes con la misma especificidad se denominan isosquizómeras. EC 3.1.21.5.
Exonucleasas
Enzimas que catalizan la liberación de mononucleótidos mediante la hidrólisis del enlace terminal de cadenas de desoxirribonucleótidos o ribonucleótidos.
Proteínas Asociadas a CRISPR
Componentes proteicos de los SISTEMAS CRISPR-CAS para la defensa antiviral en BACTERIA y ARCHAEA. Estas son proteínas que llevan a cabo una variedad de funciones durante la creación y expansión de las SECUENCIAS CRISPR, la captura de nuevos ESPACIADORES CRISPR, biogénesis de PEQUEÑOS ARN DE INTERFERENCIA (CRISPR o crARNs), y la orientación y el silenciamiento de los virus y plásmidos invasores. Incluyen ADN HELICASAS; PROTEÍNAS PORTADORAS DE ARN, ENDONUCLEASAS, y ARN y ADN POLIMERASAS.
Modelos Moleculares
Desoxirribonucleasa (Dímero de Pirimidina)
Una enzima que cataliza un clivaje endonucleolítico cerca de DIMEROS DE PIRIMIDINA para producir productos 5'-fosfato. La enzima actúa en el cable dañado del ADN desde el lado 5' del sitio dañado.
Metilasas de Modificación del ADN
Enzimas que forman parte de los sistemas de restricción-modificación. Son responsables de producir un patrón de metilación característico de la especie, ya sea en el residuo de adenina o en el de citosina, en una secuencia de bases corta y específica en el propio ADN de la célula hospedera. Esta secuencia metilada se presentará muchas veces en el ADN de la célula hospedera y permanece intacta durante toda la vida de la célula. Cualquier ADN de otra especie, que tenga acceso a una célula viva y no tenga el patrón característico de metilación, será reconocido por las endonucleasas de restricción de especificidad similar, y será destruido por segmentación. La mayoría ha sido estudiada en sistemas bacterianos, pero se han encontrado algunas en organismos eucarióticos.
Electroforesis en Gel de Campo Pulsado
Electroforesis en gel en el que la dirección del campo eléctrico se cambia periódicamente. Esta técnica es similar a otros métodos electroforéticos utiliza normalmente para separar las moléculas de doble cadena de ADN que varían en tamaño de hasta decenas de miles de pares de bases. Sin embargo, alternando la dirección de un campo eléctrico es capaz de separar las moléculas de ADN de hasta varios millones de pares de bases de longitud.
Colifagos
Virus cuyo hospedero es la Escherichia coli.
Exodesoxirribonucleasas
Familia de enzimas que catalizan la segmentación exonucleolítica del ADN. Incluye miembros de la clase EC 3.1.11 que forman 5'-fosfomonoésteres como produtos de la segmentación.
Recombinación Genética
Producción de nuevos ordenamientos del ADN por varios mecanismos tales como variación y segregación, INTERCAMBIO GENÉTICO, CONVERSIÓN GÉNICA, TRANSFORMACIÓN GENÉTICA, CONJUGACIÓN GENÉTICA, TRANSDUCCIÓN GENÉTICA o infección mixta por virus.
Fenómenos Microbiológicos
Procesos y propiedades fisiológicas de los microorganismos, que incluyen ARCHAEA, BACTERIAS, RICKETTSIA, VIRUS; HONGOS, y otros.
Fagos T
Serie de 7 fagos virulentos que infectan a la E. coli. Los fagos T-pares T2, T4 (BACTERIÓFAGO T4), y T6, y los fagos T5 se llaman "autónomamente virulentos" debido a que producen cese del metabolismo bacteriano durante la infección. Los fagos T1, T3 (BACTERIÓFAGO T3), y T7 (BACTERIÓFAGO T7) se les llama "virulento dependientes" debido a que dependen de la continuación del metabolismo bacteriano durante el ciclo lítico. Los fagos T-pares contienen 5-hidroximetilcitosina en lugar de la citosina ordinaria en su ADN.
Bacteriófago lambda
Fago temperado inducible y especie típica del género Fago lamba-semejante, en la familia SIPHOVIRIDAE. Su hospedero natural es la E. coli K12. Su virión contiene un ADN lineal de dóble hebra, excepto por 12 bases complementarias en el extemo 5-terminal de las cadenas de polinucleótidos. El ADN se torna circular durante la infección.
Genes
Metiltransferasa de ADN de Sitio Específico (Adenina Especifica)
Enzima responsable de la producción de un patrón de metilación característico de la especie en los residuos de adenina, en una secuencia de bases corta específica en el ADN de la célula hospedera. La enzima cataliza la metilación de la adenina del ADN en presencia de S-adenosil-L-metionina para formar ADN contentivo de 6-metilaminopurina y S-adenosil-L-homocisteína. EC 2.1.1.72.
Inteínas
Los fragmentos internos de proteínas precursoras (ProTEINAS INternas) que son autocatalíticamente removidas por el EMPALME DE PROTEINAS. Los freagmentos flanqueantes (EXTEINAS) se unen formando proteínas maduras. Los códigos de secuencias de ácido nucléico son considerados ELEMENTOS GENETICOS MOVILES. Las inteinas se componen de dominios de auto-empalme y un dominio de endonucleasa el cual juega un rol en la diseminación de la secuencia genómica de las inteinas. Las mini-inteinas se componen solamente de dominios de auto-empalme.
Mutación
Reacción en Cadena de la Polimerasa
Método in vitro para producir grandes cantidades de fragmentos específicos de ADN o ARN de longitud y secuencia definidas a partir de pequeñas cantidades de cortas secuencias flanqueadoras oligonucleótidas (primers). Los pasos esenciales incluyen desnaturalización termal de las moléculas diana de doble cadena, reasociación de los primers con sus secuencias complementarias, y extensión de los primers reasociados mediante síntesis enzimática con ADN polimerasa. La reacción es eficiente, específica y extremadamente sensible. Entre los usos de la reacción está el diagnóstico de enfermedades, detección de patógenos difíciles de aislar, análisis de mutaciones, pruebas genéticas, secuenciación del ADN y el análisis de relaciones evolutivas.
ADN Cruciforme
Estructura de ADN en forma de cruz que puede observarse al microscopio electrónico. Formada por el intercambio incompleto de cadenas entre dos dobles cadenas o por SECUENCIAS INVERTIDAS REPETIDAS complementarias que se repliegan en horquillas en cadenas opuestas quedando una enfrente de la otra.
Micrococcus
Especificidad de la Especie
Restricción de un comportamiento característico, estructura anatómica o sistema físico, tales como la respuesta inmune, respuesta metabólica, o la variante del gen o genes a los miembros de una especie. Se refiere a la propiedad que distingue una especie de otra, pero también se utiliza para los niveles filogenéticos más altos o más bajos que el de la especie.
Desoxirribonucleasa I
Enzima que es capaz de hidrolizar el ADN altamente polimerizado quebrando los enlaces fosfodiéster, preferencialmente adyacentes a un nucleótido de pirimidina. Cataliza la segmentación endonucleolítica del ADN dando lugar a los productos finales 5'-fosfodi- y oligonucleótido. La enzima tiene preferencia por el ADN de cadena doble. EC 3.1.21.1 (anteriormente EC 3.1.4.5).
Metilación
Adición de grupos metilo. En histoquímica, la metilación se usa para esterificar grupos sulfato tratando cortes de tejido con metanol caliente en presencia de ácido clorhídrico. (Stedman, 25a ed)
Bacteriófago T4
Bacteriófago virulento y especie típica del género fago semejante a T4, de la familia MYOVIRIDAE. Infecta a la E. coli y es el fago mejor conocido del par T. Su virión contiene ADN de doble hebra, con terminación redundante y permutado circularmente.
Endonucleasas Específicas del ADN y ARN con un Solo Filamento
Enzimas que catalizan la segmentación endonucleolítica de las regiones monocatenarias de las moléculas de ADN o ARN, dejando las regiones bicatenarias intactas. Son particularmente útiles en el laboratorio para producir moléculas de ADN de "extremos romos"; con terminaciones monocatenarias sensibles para TÉCNICAS GENÉTICAS, tales como ENSAYOS DE PROTECCIÓN DE NUCLEASAS que involucran la detección de ADN y ARN monocatenarios.
Cromosomas Bacterianos
Estructuras dentro del núcleo de las células de bacterias que consisten en o contienen ADN el cual porta la información genética esencial de la célula.
Oligodesoxirribonucleótidos
Grupo de desoxirribonucleótidos (hasta 12) en los que los residuos de fosfato de cada desoxirribonucleótido actúan como puentes en la formación de uniones diéster entre las moléculas de desoxirribosa.
ARN de Archaea
Ácido ribonucleico de la archaea que cumple funciones reguladoras y catalíticas así como participa en la síntesis de proteínas.
Proteínas de Escherichia coli
Proteínas obtenidas de ESCHERICHIA COLI.
ADN Ribosómico
Secuencias de ADN que codifican al ARN RIBOSÓMICO y los segmentos de ADN que separan a los genes individuales del ARN ribosomico, que se conocen como ADN ESPACIADOR RIBOSÓMICO.
Biocatálisis
Homología de Secuencia de Aminoácido
Grado de similitud entre secuencias de aminoácidos. Esta información es útil para entender la interrelación genética de proteinas y especies.
Virus Satélites
Virus defectuoso que puede multiplicarse sólo por asociación con un virus auxiliar que complementa al gen defectuoso. Los virus satélites pueden asociarse con ciertos virus de plantas, virus de animales, o bacteriófagos. Difieren de los ARN satélites (ARN, SATÉLITE) en que los virus satélites codifican su propia cubierta proteica.
Daño del ADN
Lesiones en el ADN que introducen distorsiones de su estructura normal intacta y que puede, si no se restaura, dar lugar a una MUTACIÓN o a un bloqueo de la REPLICACIÓN DEL ADN. Estas distorsiones pueden estar causadas por agentes físicos y químicos y se producen por circunstancias introducidas, naturales o no. Estas incluyen la introducción de bases ilegítimas durante la replicación o por desaminación u otra modificación de las bases; la pérdida de una base del ADN deja un lugar abásico; roturas de filamentos únicos; roturas de filamentos dobles; intrafilamentoso (DÍMEROS DE PIRIMIDINA) o uniones cruzadas interfilamentosas. El daño con frecuencia puede ser reparado (REPARACIÓN DEL ADN). Si el daño es grande, puede inducir APOPTOSIS.
Oligonucleótidos
Polímero constituido por pocos nucleótidos (de 2 a 20). En genética molecular, secuencia pequeña sintetizada para igualar a una región donde se sabe que ocurre una mutación y luego usada como detector (SONDA DE OLIGONUCLEÓTIDO). (Dorland, 28a ed)
Haemophilus
Estructura Terciaria de Proteína
Nivel de la estructura proteica en el cual las combinaciones de estructuras secundarias de proteína (alfa hélices, regiones lazo y motivos) están empacadas juntas en formas plegadas que se denominan dominios. Los puentes disulfuro entre cisteínas de dos partes diferentes de la cadena polipeptídica junto con otras interacciones entre cadenas desempeñan un rol en la formación y estabilización de la estructura terciaria. Las pequeñas proteínas generalmente consisten de un dominio único, pero las proteínas mayores pueden contener una cantidad de dominios conectados por segmentos de cadena polipeptídica que no tienen estructura secundaria.
Southern Blotting
Un método (desarrollado originalmente por E.M.Southern) para la detección del ADN que ha sido separado electroforéticamente e inmovilizado mediante secado en papel de nitrocelulosa o de otro tipo o en membrana de nylon.
Elementos Transponibles de ADN
Segmentos discretos de ADN que pueden escindirse y reintegrarse a otro sitio del genoma. La mayoría son inactivos, es decir, no se han encontrado fuera del estado integrado. Los elementos transportables de ADN incluyen los elementos SI bacterianos (secuencias de inserción), los elementos Tn, los elementos controladores del maíz Ac y Ds, Drosophila P, elementos gitanos y pogo, los elementos humanos Tigger y los elementos Tc y marinos que se encuentran en todo el reino animal.
Dermatoglifia del ADN
Una técnica para identificación de individuos de una especie basada en la singularidad de sus secuencias de ADN. La singularidad se determina identificándose cual combinación de variaciones alélicas ocurren en el individuo en un número estadísticamente relevante de sitios (o lugares) diferentes. En estudios forenses, POLIMORFISMO DE LONGITUD DEL FRAGMENTO DE RESTRICCIÓN de LUGARES DE NVRT o lugares de REPETICIONES DE SATÉLITE múltiples y altamente polimórficos son analisados. El número de lugares usados para el perfil depende de la FRECUENCIA ALELICA en la población.
ARN Ribosómico
La forma más abundante de ARN; junto con las proteínas, constituye los ribosomas, desempeñando un papel estructural y un papel en la unión ribosómica del ARNm y los ARNt. Las cadenas individuales se designan, de forma convencional, por sus coeficientes de sedimentación. En los eucariotas existen cuatro cadenas grandes, sintetizadas en el nucleolo y que constituyen aproximadamente el 50 por ciento del ribosoma. (Dorland, 28a ed)
Sistemas CRISPR-Cas
Mecanismos adaptativos de defensa frente a los virus, en arqueas y bacterias, que se basan en matrices de repetición de ADN denominados REPETICIONES PALINDRÓMICAS CORTAS AGRUPADAS Y REGULARMENTE ESPACIADAS (elementos CRISPR) que funcionan en conjunto con las PROTEÍNAS CRISPR ASOCIADAS (proteínas Cas). Se han distinguido varios tipos, incluyendo el Tipo I, Tipo II y Tipo III, basado en motivos firma [signature motifs] de PROTEÍNAS ASOCIADAS ACRISPR.
Bromouracilo
5-Bromo-2,4(1H,3H)-pirimidinodiona. Derivado bromado del uracilo que actúa como un antimetabolito, sustituyendo la timina en el ADN. Es utilizado principalmente como un mutágeno experimental, pero su desoxiribósido (BROMODESOXIURIDINA) es utilizado para tratar neoplasias.
Desnaturalización de Ácido Nucleico
Desorganización de la estructura secundaria de los ácidos nucleicos mediante ruptura de las uniones de hidrógeno e hidrofóbicas. El ADN desnaturalizado aparece como una estructura flexible de simple cadena. Los efectos de la desnaturalización sobre el ARN son similares aunque menos pronunciados y en gran medida reversibles.
Transformación Bacteriana
Polinucleótido Ligasas
Catalizan la unión de ribonucleótidos o desoxirribonucleótidos preformados, en la conexión fosfodiéster, durante los procesos genéticos. EC 6.5.1.
Ingeniería Genética
Modificación dirigida del complemento genético de un organismo vivo por técnicas como las que alteran el ADN, sustituyen el material genético por mediación de un virus, trasplantan nucleos completos, trasplantan híbridos celulares, etc.
Herencia Extracromosómica
ARN Guia
Pequeño ARN mitocondrial cinetoplástido que desempeña un importante rol en la EDICIÓN DEL ARN. Estas moléculas forman híbridos perfectos con las secuencias editadas de ARNm y poseen secuencias de nucleótidos en sus extremos 5' que son complementarias con las secuencias del ARNm que están inmediatamente corriente abajo de las regiones preeditadas.
Bacillus
Ácidos Nucleicos Heterodúplex
Moléculas de ácido nucleico de doble cadena (ADN-ADN o ADN-ARN) que contienen regiones mal pareadas de nucleótidos (no-complementarios). In vivo, estos heterodúplex pueden producirse por mutación o recombinación genética; in vitro, se forman por la hibridización de ácidos nucleicos. El análisis por microscopía electrónica de los heterodúplex resultantes facilita el mapeo de regiones de secuencias de bases homólogas de ácidos nucleicos.
N-Glicosil Hidrolasas
Clase de enzimas implicadas en la hidrólisis de los enlaces N-glicosídicos de los azúcares unidos al nitrógeno.
ADN de Cadena Simple
Cadena única de desoxirribonucleótidos que se encuentra en algunas bacterias y virus. Usualmente existe como un círculo covalentemente cerrado.
Magnesio
Cationes Bivalentes
Pyrococcus
Género de archaea estrictamente anaerobios ultratermofílica en la familia THERMOCOCCACEAE, que ocurren en aguas de mares calientes. Muestran crecimiento heterotrófico con una temperatura óptima de 100 grados C.
Pyrococcus furiosus
Especie de archaea estrictamente anaerobia, hipertermofílica que vive en sedimentos marinos geotérmicamente calientes. Muestra crecimiento heterotrófico por fermentación o por respiración sulfurosa.
Sondas de ADN
ADN específico de especies o subespecies (incluyendo ADN COMPLEMENTARIO; genes conservados, cromosomas enteros, o genomas enteros) utilizado en estudios de hibridación con el fin de identificar los microorganismos, para medir homologías ADN-ADN, agrupar subespecies, etc. La sonda de ADN se hibrida con un ARNm específico, si está presente. Entre las técnicas convencionales que se utilizan para determinar el producto de hibridación se encuentran ensayos de "dot blot" (o inmunotransferencia por puntos), ensayos de "Southern blot" (o inmunotransferencia de Southern), y pruebas de anticuerpos específicos de híbridos ADN:ARN. Entre los marcadores convencionales de las sondas de ADN se encuentran los marcadores radioactivos 32P y 125I y el marcador químico biotina. El empleo de sondas de ADN proporciona un sustituto específico, sensible, rápido, y barato de técnicas de cultivo celular para el diagnóstico de las infecciones.
Proteínas de Unión al ADN
5-Metilcitosina
Base de nucleótido metilado encontrado en ADN eucariótico. En ANIMALES, la METILACIÓN DE ADN de CITOSINA para formar 5-metilcitosina se encuentra primariamente en la secuencia palindrómica CpG. En PLANTAS, la secuencia metilada es CpNpGp, en donde N puede ser cualquier base.
Myoviridae
Familia de bacteriófagos que se caracterizan por poseer colas contráctiles complejas.
Enzimas Reparadoras del ADN
Enzimas que están involucradas en la reconstrucción de una continua molécula bicatenaria de ADN sin desproporción de una molécula, la cual contenía regiones dañadas.
Secuencias de Aminoácidos
Componentes estructurales de proteínas, comunmente observados, formados por combinaciones simples de estructuras secundarias adyacentes. Una estructura comunmente observada puede estar compuesta por una SECUENCIA CONSERVADA que puede estar representada por una SECUENCIA DE CONSENSO.
Secuencias Repetitivas de Ácidos Nucleicos
Secuencias de ADN o ARN que se producen en múltiples copias. Existen varios tipos: SECUENCIAS REPETITIVAS ESPARCIDAS son copias de elementos transponibles (ELEMENTOS TRANSPONIBLES DE ADN o RETROELEMENTOS) dispersos a través del genoma. Las SECUENCIAS REPETIDAS TERMINALES flanquean ambos extremos de una otra secuencia, por ejemplo, las repeticiones terminales largas (LTRs) en los RETROVIRUS. Las variaciones pueden ser repeticiones directas, ocurriendo en la misma dirección, o repeticiones invertidas, en dirección opuesta a cada una. Las SECUENCIAS REPETIDAS EN TANDEM son copias que se encuentran adyacentes unos a otros, directas o invertidas (SECUENCIAS REPETIDAS INVERTIDAS).
Virus 40 de los Simios
Roturas del ADN de Doble Cadena
Interrupciones en la columna azucar-fosfato del ADN, que afectan a cada una de las cadenas y al mismo nivel.
Secuencia Conservada
Una secuencia de aminoácidos en un polipéptido o de nucleótidos en el ADN o ARN que es similar en múltiples especies. Un grupo de secuencias conservadas conocidas está representada por una SECUENCIA DE CONSENSO. Los MOTIVOS DE AMINOACIDOS están formados frecuentemente por secuencias conservadas.
Subunidad 1 del Complejo Mediador
Subunidad del complejo mediador que se cree que desempeñan un papel clave en la coactivación de los receptores activados de transcripción nuclear mediante el complejo de mediador. Interactúan con una variedad de receptores nucleares, incluyendo RECEPTORES DE ÁCIDO RETINOICO, RECEPTORES DE HORMONA TIROIDEA, RECEPTORES DE VITAMINA D; RECEPTORES ACTIVADOS DEL PROLIFERADOR DE PEROXISOMA; RECEPTORES ESTROGÉNICOS; y RECEPTORES DE GLUCOCORTICOIDES.
2-Aminopurina
Una purina que es un isómero de la ADENINA (6-aminopurina).
Saccharomyces cerevisiae
Dimerización
Unión Proteica
Recombinasas
Deficiencia de Potasio
Condición debida a la disminución de la ingestión de potasio en la dieta, así como a la inanición o a fallas al administrar soluciones intravenosas, o a pérdida gastrointestinal en diarreas, abuso de laxantes crónicos, vómitos, succión gástrica o divertículos intestinales. La deficiencia severa de potasio puede producir debilidad muscular y conducir a parálisis y fallos respiratorios. La disfunción muscular puede dar por resultado hipoventilación, íleo paralítico, hipotensión, contracciones musculares, tétano y rabdomiolisis. La nefropatía producida por déficit de potasio deteriora el mecanismo de concentración, produciendo POLIURIA y disminución en la capacidad máxima de concentración urinaria con POLIDIPSIA secundaria. (Traducción libre del original: Merck Manual, 16th ed)
Radiación
Cristalografía por Rayos X
Gluconobacter
Tupaia
Metales
Genoma Bacteriano
Complemento genético de una BACTERIA, representado en su ADN.
Polinucleótidos
Polinucleótidos son largas cadenas de nucleótidos unidos por enlaces fosfodiéster, que constituyen la estructura básica de ácidos nucleicos como el ADN y ARN.
Marcación de Gen
La integración de ADN exógeno dentro del genoma de un organismo en sitios en los que su expresión puede ser adecuadamente controlada. Esta integración ocurre como resultado de recombinación homóloga.
Efectos de la Posición Cromosómica
Los efectos sobre la expresión del gen que dependen de la localización de un gen con respecto a sus genes vecinos y región del cromosoma. Los efectos de la posición estable son dependientes de la secuencia. Los efectos de la posición variada depende donde el gen está situado o adyacente a la HETEROCROMATINA o EUROCROMATINA.
Hidrolasas Diéster Fosfóricas
Clase de enzimas que catalizan la hidrólisis de uno de los dos enlaces éster en un compuesto fosfodiéster. EC 3.1.4.
Mutagénesis
Proceso de generación de una MUTACIÓN genética. Puede darse espontáneamente o ser inducida por MUTÁGENOS.
Empalme del ARN
Exlusión final de secuencias sin sentido o secuencias interventoras (intrones) antes de que la última transcripción de ARN sea enviada al citoplasma.
Catálisis
ADN Glicosilasas
Una familia de enzimas reparadoras de ADN que reconocen las bases de nucleótidos dañados y los remueven por hidrolización del vínculo N-glicosídico que los adhiere a la médula del azúcar de la molécula de ADN. El proceso llamado REPARACION DE EXCISION BASE puede ser completada por ADN-(SITIO APURINICO O APIRIMIDINICO) LIASA el cual extirpa el azúcar RIBOSA sobrante del ADN.
Proteínas de Saccharomyces cerevisiae
Proteínas obtenidas de las especies SACCHAROMYCES CEREVISIAE. La función de proteínas específicas de este organismo ha despertado un alto interés científico y se ha utilizado para derivar el conocimiento basico del funcionamiento de proteínas similares en eucariotas superiores.
Genes RAG-1
Sistemas de Lectura Abierta
Secuencia de tripletes de nucleótidos sucesivos que son leidos como un CODÓN especificador de AMINOÁCIDOS y que comienza con un CODÓN INICIADOR y termina con un codón de parada (CODÓN TERMINADOR).
ADN Ligasas
Poli(desoxirribonucleótido): poli(desoxirribonucleótido)ligasas. Enzimas que catalizan la unión de desoxirribonucleótidos preformados en la unión fosfodiéster durante la reparación de una ruptura de una cadena simple en el ADN de doble hebra. La clase incluye tanto a EC 6.5.1.1. (ATP) como a EC 6.5.1.2. (NAD).
Cartilla de ADN
Secuencias cortas de ADN (generalmente alrededor de 10 pares de bases) que son complementarias a las secuencias de ARN mensajero y que permiten que la transcriptasa inversa comience a copiar las secuencias adyacentes del ARNm. Las cartillas se usan con frecuencia en las técnicas de biología y genética molecular.
Análisis de Secuencia de ADN
Un proceso de múltiples etapas que incluye la clonación,mapeo del genoma, subclonación, determinación de la SECUENCIA DE BASES, y análisis de la información.
Evolución Molecular
El proceso de cambio acumulado en el nivel de ADN, ARN; y PROTEINAS, en generaciones sucesivas.
Kasinina
Dímeros de Pirimidina
Dímeros que se encuentran en las cadenas de ADN dañadas por RAYOS ULTRAVIOLETA. Están constituidos por dos NUCLEÓTIDOS DE PIRIMIDINA adyacentes, usualmente nucleótidos de TIMINA, en los que los residuos de pirimidina están unidos covalentemente por un anillo de ciclobutano. Estos dímero bloquean la REPLICACIÓN DEL ADN.
Mapeo Nucleótido
Separación bidimensional y análisis de nucleótidos.
Cytophagaceae
Adenovirus Humanos
Las especies del género MASTADENOVIRUS, que causa una amplia gama de enfermedades en los seres humanos. Las infecciones son principalmente asintomáticas, pero pueden estar asociados con las enfermedades de los aparatos respiratorio, ocular y gastrointestinales. Los serotipos (nombres con números arábigos) se han agrupado en las especies designadas adenovirus humano A-F.
Renaturación de Ácido Nucleico
Factores R
Clase de plásmidos que transfieren la resistencia a antibióticos desde una bacteria a otra por conjugación.
ADN-Formamidopirimidina Glicosilasa
Una enzima reparadora de ADN que es una N-glicosil hidrolasa con especificidad para residuos de ADN-conteniendo anillo-abierto N(7)-metilguanina.
Archaea
Uno de los tres dominios de la vida (los otros son BACTERIA y Eucarya), conocido anteriormente como Archaebacteria bajo el taxon Bacteria, pero considerado ahora separado y diferente. Se caracterizan por: 1) la presencia de ARN de transferencia y de ARNs ribosómicos característicos; 2) la ausencia de peptidoglicanos en las paredes celulares; 3) la presencia de lípidos vinculados con el éter construidos a partir de subunidades de cadena ramificada; y 4) su aparición en hábitats inusuales. Mientras que la archaea recuerda a las bacterias en su morfología y organización genómica, recuerdan a la eucaria en su método de replicación genómica. El dominio contiene al menos cuatro reinos: CRENARCHAEOTA, EURYARCHAEOTA, NANOARCHAEOTA y KORARCHAEOTA.
Evolución Molecular Dirigida
Técnicas empleadas para producir moléculas que presentan propiedades que se corresponden con las demandas del experimentador. Estas técnicas combinan métodos para producir cambios estructurales con métodos de selección. También se utilizan para analizar mecanismos de evolución propuestos, en condiciones de selección in vitro.
Colicinas
Bacteriocinas elaboradas por cepas de Escherichia coli y especies asociadas. Son proteínas o complejos de proteína-lipopolisacáridos letales para otras cepas de la misma especie.
Ácido Aurintricarboxílico
Emparejamiento Base
Apareamiento de las bases de purinas y pirimidinas por ENLACES DE HIDRÓGENO en la molécula de doble cadena de ADN o ARN.
ARN Bacteriano
Línea Celular
Temperatura Ambiental
Poxviridae
Familia de virus ADN de dos hebras que infectan a los mamíferos (includido el hombre), aves e insectos. Hay dos subfamilias: CHORDOPOXVIRINAE, poxvirus de vertebrados, y ENTOMOPOXVIRINAE, poxvirus de insectos.
Conformación Proteica
Forma tridimensional característica de una proteína, incluye las estructuras secundaria, supersecundaria (motivos), terciaria (dominios) y cuaternaria de la cadena de péptidos. ESTRUCTURA DE PROTEINA, CUATERNARIA describe la conformación asumida por las proteínas multiméricas (agregados de más de una cadena polipeptídica).
Técnicas de Tipificación Bacteriana
Mutagénesis Sitio-Dirigida
MUTAGÉNESIS de ingeniería genética en un sitio específico de una molécula de ADN, que introduce una sustitución, una inserción o una delección de una base.
Secuencias Repetitivas Esparcidas
Copias de elementos transponibles esparcidos a lo largo del genoma, algunos de los cuales están aún activos y a los que se les llama con frecuencia como "genes saltadores". Hay dos clases de elementos repetitivos esparcidos. Los elementos clase I (o RETROELEMENTOS - tales como los retrotransposones, retrovirus, ELEMENTOS DE NUCLEOTIDO ESPARCIDO LARGOS y ELEMENTOS DE NUCLEOTIDO ESPARCIDO CORTOS) se transponen vía transcripción inversa de un intermediario de ARN. Los elementos de clase II (o ELEMENTOS TRANSPONIBLES DE ADN) - tales como los transposones, elementos Tn, elementos de secuencia de inserción y cassettes de génes móviles de integrones bacterianos) se transponen directamente de un sitio a otro en el ADN.
Proteus vulgaris
Replicación del ADN
Los procesos mediante los cuales las dos cadenas de la doble hélice del ADN se separan, permitiendo que cada cadena actúe como plantilla para la síntesis de una cadena complementaria mediante el pareamiento de bases específicas. Comprende la replicación autónoma pero no la REPLICACION VIRAL.
Polidesoxirribonucleótidos
A grupo de 13 o más desoxirribonucleótidos donde los residuos de fosfatos de cada desoxirribonucleótido actúan como puentes en la formación de enlaces diéster entre las moléculas de desoxirribosa.
Metiltransferasas
Desoxirribonucleótidos
Nucleótidos
Unidades monoméricas a partir de las cuales son construídos los polímeros de ADN o ARN. Están constituídas por una base de purina o pirimida, un azúcar pentosa y un grupo fosfato.
ADN Polimerasa Dirigida por ADN
ADN polimerasas dependientes de ADN, que se encuentran en bacterias, animales y vegetales. Durante el proceso de replicación, estas enzimas catalizan la adición de residuos de desoxirribonucleótidos al extremo de una cadena de ADN en presencia de ADN como modelo-iniciador. También poseen actividad exonucleasa y por lo tanto funcionan en la reparación del ADN.
Homología de Secuencia de Ácido Nucleico
Correspondencia secuencial de nucleótidos en una molécula de ácido nucleico con los de otra molécula de ácido nucleico. La homología de secuencia es una indicación de la relación genética de organismos diferentes y la función del gen.
Adenina
ARN Ribosómico 16S
Constituyente de la subunidad 30S de los ribosomas procarióticos que contiene 1600 nucleótidos y 21 proteínas. El rARN 16S participa en la iniciación de la síntesis de polipéptidos.
Manganeso
Un oligoelemento que tiene por símbolo atómico Mn, número atómico 25 y peso atómico 54.94. Está concentrado en la mitocondria, principalmente en la glándula pituitaria, hígado, páncreas, riñón y hueso, influencia la síntesis de mucopolisacáridos, estimula la síntesis hepática de colesterol y ácidos grasos y es un cofactor de muchas enzimas incluyendo la arginasa y la fosfatasa alcalina en el hígado.
Dedos de Zinc
Motivos de las proteínas que se unen al ADN y al ARN cuyos aminoácidos se pliegan en una sola unidad estructural alrededor de un átomo de zinc. En el dedo de zinc clásico, un átomo de zinc se encuentra unido a dos cisteínas y dos histidinas. Entre las cisteínas y las histidinas hay 12 residuos que forman una yema de dedo que se une al ADN. Por variaciones en la composición de las secuencias de la yema de dedo y el número y espaciado de las repeticiones en tándem del motivo, los dedos de zinc pueden formar un gran número de sitios específicos de unión con diferente secuencia.
Cósmidos
Plásmidos que contienen al menos un cos (sitio de extremo cohesivo) del BACTERIÓFAGO LAMBDA. Se utilizan como vehículos de clonación.
Cromatina
El material de los CROMOSOMAS. Es un complejo del ADN, HISTONAS y proteinas no histona (PROTEÍNAS CROMOSÓMICAS NO HISTONA)que se encuentran dentro del núcleo celular.