Desenho de Drogas
Projeto (design) molecular de drogas para finalidades específicas (como ligação de DNA, inibição enzimática, eficácia anticancerígena, etc.) baseado no conhecimento de propriedades moleculares como atividade de grupos funcionais, geometria molecular, e estrutura eletrônica, e também em informações catalogadas sobre moléculas análogas. O desenho de drogas geralmente é uma modelagem molecular auxiliada por computador, mas não inclui farmacocinética, análise de dosagem ou de administração da droga.
Projeto Auxiliado por Computador
Modelos Moleculares
Cristalografia por Raios X
Simulação de Acoplamento Molecular
Ligantes
Moléculas que se ligam a outras moléculas. O termo é usado especialmente para designar uma pequena molécula que se liga especificamente a uma molécula maior, e.g., um antígeno que se liga a um anticorpo, um hormônio ou neurotransmissor que se liga a um receptor, ou um substrato ou efetor alostérico que se liga a uma enzima. Ligantes são também moléculas que doam ou aceitam um par de elétrons, formando uma ligação covalente coordenada com o átomo metálico central de um complexo de coordenação. (Dorland, 28a ed)
Relação Quantitativa Estrutura-Atividade
Relação Estrutura-Atividade
Conformação Proteica
Forma tridimensional característica de uma proteína, incluindo as estruturas secundária, supersecundária (motivos), terciária (domínios) e quaternária das cadeias peptídicas. A ESTRUTURA QUATERNÁRIA DE PROTEÍNA descreve a conformação assumida por proteínas multiméricas (agregados com mais de uma cadeia polipeptídica).
Sítios de Ligação
Projetos de Pesquisa
Motivos Nó de Cisteína
Sequência de aminoácidos em que duas pontes dissulfeto (DISSULFETOS) e as cadeias peptídicas às quais estão ligadas, formam um anel penetrado por uma terceira ponte dissulfeto. Entre os membros estão CICLOTÍDEOS e proteína relacionada com agouti [o gene agouti].
Estrutura Molecular
Ligação Proteica
Sequência de Aminoácidos
Ordem dos aminoácidos conforme ocorrem na cadeia polipeptídica. Isto é chamado de estrutura primária das proteínas. É de importância fundamental para determinar a CONFORMAÇÃO DA PROTEÍNA.
Simulação de Dinâmica Molecular
Miniproteínas Nó de Cistina
Homologia Estrutural de Proteína
Grau de semelhança entre formas tridimensionais de proteínas. Pode ser uma indicação de pouca HOMOLOGIA DE SEQUÊNCIA DE AMINOÁCIDOS e usado para DESENHO DE DROGAS racional.
Domínio Catalítico
Ligações de Hidrogênio
Dados de Sequência Molecular
Descrições de sequências específicas de aminoácidos, carboidratos ou nucleotídeos que apareceram na literatura publicada e/ou são depositadas e mantidas por bancos de dados como o GENBANK, European Molecular Biology Laboratory (EMBL), National Biomedical Research Foundation (NBRF) ou outros repositórios de sequências.
Preparações Farmacêuticas
Simulação por Computador
Estrutura Terciária de Proteína
Nível de estrutura proteica em que estruturas das proteínas secundárias (alfa hélices, folhas beta, regiões de alça e motivos) se combinam dando origem a formas dobradas denominadas domínios. Pontes dissulfetos entre cisteínas em duas partes diferentes da cadeia polipeptídica juntamente com outras interações entre as cadeias desempenham um papel na formação e estabilização da estrutura terciária. As proteínas pequenas, geralmente são constituídas de um único domínio, porém as proteínas maiores podem conter vários domínios conectados por segmentos da cadeia polipeptídica que perdeu uma estrutura secundária regular.
Bibliotecas de Moléculas Pequenas
Grande coleção de moléculas pequenas (massa molecular menor que ou igual a 600), de natureza semelhante ou variada, usadas em triagem de alto rendimento nos estudos de função gênica, interação entre proteínas, processamento celular, vias bioquímicas ou outras interações químicas.
Ciclotídeos
Círculos contínuos de ligações peptídicas, tipicamente de 2 a 3 dúzias de AMINOÁCIDOS, portanto não há grupos livres de terminais N ou C . São caracterizados por seis resíduos conservados de CISTEÍNA que formam os MOTIVOS NÓ DE CISTEÍNA.
Proteínas
Polipeptídeos lineares sintetizados nos RIBISSOMOS e posteriormente podem ser modificados, entrecruzados, clivados ou agrupados em proteínas complexas com várias subunidades. A sequência específica de AMINOÁCIDOS determina a forma que tomará o polipeptídeo, durante o DOBRAMENTO DE PROTEÍNA e a função da proteína.
Avaliação Pré-Clínica de Medicamentos
Algoritmos
Biologia Computacional
Campo da biologia voltado para o desenvolvimento de técnicas para coleta e manipulação de dados biológicos e o uso desses dados para fazer descobertas ou predições biológicas. Este campo envolve todos os métodos e teorias computacionais para resolver problemas biológicos, inclusive a manipulação de modelos e de conjuntos de dados.
Estrutura Secundária de Proteína
Nível da estrutura proteica em que, ao longo de uma sequência peptídica, há interações por pontes de hidrogênio; [estas interações se sucedem] regularmente [e envolvem] segmentos contíguos dando origem a alfa hélices, filamentos beta (que se alinham [lado a lado] formando folhas [pregueadas] beta), ou outros tipos de espirais. Este é o primeiro nível de dobramento [da cadeia peptídica que ocorre] na conformação proteica.
Modelos Químicos
Termodinâmica
Software
Inibidores Enzimáticos
Bases de Dados de Produtos Farmacêuticos
Sistemas de Liberação de Medicamentos
Bases de Dados de Proteínas
Bases de dados que contêm informação sobre PROTEÍNAS, como SEQUÊNCIA DE AMINOÁCIDOS, CONFORMAÇÃO PROTEICA e outras propriedades.
Química Farmacêutica
Boranos
Nome coletivo dos hidretos de boro, análogos aos alcanos e silanos. Muitos boranos são conhecidos; alguns com alto poder calorífico são utilizados como combustíveis de alta energia. (Tradução livre do original: Grant & Hackh's Chemical Dictionary, 5th ed)
Lipoxigenases
Informática
Especificidade por Substrato
Compostos Heterocíclicos com 2 Anéis
Cristalização
Formação de substâncias cristalinas a partir de soluções ou fusões. (tradução livre do original: McGraw-Hill Dictionary of Scientific and Technical Terms, 4th ed)
Concentração Inibidora 50
Concentração de um composto necessária para reduzir o crescimento populacional de organismos, incluindo células eucarióticas, em 50 por cento, in vitro. Embora em geral expresso para denotar atividade antibacteriana in vitro, também é utilizada como um ponto de referência para citotoxicidade a células eucarióticas em cultura.
Ressonância Magnética Nuclear Biomolecular
Espectroscopia de RNM (NMR) em macromoléculas biológicas de tamanho pequeno a médio. É geralmente utilizada para investigação estrutural de proteínas e ácidos nucleicos, e em geral envolve mais de um isótopo.
Ácidos Fosforosos
Protease de HIV
Enzima do vírus da imunodeficiência humana que é requerido para a clivagem pós-tradução das polipoproteínas precursoras gag e gag-pol nos produtos funcionais necessários para a montagem viral. A protease de HIV é uma protease aspártica codificada pelo terminal amino do gene pol.
Homologia de Sequência de Aminoácidos
Grau de similaridade entre sequências de aminoácidos. Esta informação é útil para analisar a relação genética de proteínas e espécies.
Inibidores de Integrase de HIV
Interface Usuário-Computador
Ensaios de Triagem em Larga Escala
Interações Hidrofóbicas e Hidrofílicas
Espectroscopia de Ressonância Magnética
Domínios e Motivos de Interação entre Proteínas
Módulos de proteínas com superfícies de ligação a ligantes conservadas, que medeiam funções de interação específicas em VIAS DE SINALIZAÇÃO e SÍTIOS DE LIGAÇÃO específicos de seus LIGANTES de proteínas cognatas.
Antineoplásicos
Substâncias que inibem ou impedem a proliferação de NEOPLASIAS.
Alinhamento de Sequência
Combinação de dois ou mais aminoácidos ou sequências de bases de um organismo ou organismos de tal forma a alinhar áreas das sequências de distribuição das propriedades comuns. O grau de correlação ou homologia entre as sequências é previsto computacionalmente ou estatisticamente, baseado nos pesos determinados dos elementos alinhados entre as sequências. Isto pode servir como um indicador potencial de correlação genética entre os organismos.
Engenharia de Proteínas
Procedimentos pelos quais a estrutura e função da proteína são alteradas ou criadas in vitro, alterando uma estrutura gênica existente ou sintetizando uma nova que direciona a síntese de proteína com as propriedades previstas. Tais procedimentos podem incluir a elaboração de MODELOS MOLECULARES de proteínas usando GRÁFICOS POR COMPUTADOR ou outras técnicas de modelagem, MUTAGÊNESE SÍTIO-DIRIGIDA de genes existentes e técnicas de EVOLUÇÃO MOLECULAR DIRECIONADA para criar novos genes.
Internet
A confederação livre de redes de comunicação de computadores ao redor do mundo. As redes que compõem a Intenet são conectadas através de várias redes centrais. A internet proveio do projeto ARPAnet do governo norte-americano e foi projetada para facilitar a troca de informações.
Técnicas de Química Combinatória
Tecnologia em que grupos de reações para soluções ou síntese em fase sólida são utilizados para criar bibliotecas moleculares para análise de compostos em larga escala.
Peptídeos
Membros da classe de compostos constituídos por AMINOÁCIDOS ligados entre si por ligações peptídicas, formando estruturas lineares, ramificadas ou cíclicas. Os OLIGOPEPTÍDEOS são compostos aproximadamente de 2 a 12 aminoácidos. Os polipeptídeos são compostos aproximadamente de 13 ou mais aminoácidos. As PROTEÍNAS são polipeptídeos lineares geralmente sintetizados nos RIBOSSOMOS.
Mapeamento de Interação de Proteínas
Métodos para determinar a interação entre PROTEÍNAS.
Sítio Alostérico
Estrutura Quaternária de Proteína
Forma e arranjo tridimensional característicos de proteínas multiméricas (agregados com mais de uma cadeia polipeptídica).
Receptores Acoplados a Proteínas-G
Maior família de receptores de superfície celular envolvidos na TRANSDUÇÃO DE SINAL. Compartilham um sinal e uma estrutura comum através das PROTEÍNAS G HETEROTRIMÉRICAS.
Dobramento de Proteína
Processos envolvidos na formação da ESTRUTURA TERCIÁRIA DE PROTEÍNA.
Enzimas
Neoplasias
Crescimento novo anormal de tecido. As neoplasias malignas apresentam um maior grau de anaplasia e têm propriedades de invasão e de metástase quando comparadas às neoplasias benignas.
Bases de Dados Factuais
Coleções extensivas, supostamente completas, de fatos e dados armazenados do material de uma área de assunto especializada posto à disposição para análise e aplicação. A coleção pode ser automatizada através de vários métodos contemporâneos para recuperação. O conceito deve ser diferenciado de BASES DE DADOS BIBLIOGRÁFICAS que é restringida a coleções de referências bibliográficas.
Multimerização Proteica
O arranjo da ESTRUTURA QUATERNÁRIA DE PROTEÍNA das proteínas multiméricas (COMPLEXOS MULTIPROTEICOS) a partir de seus componentes, as SUBUNIDADES PROTEICAS.
Modelos Biológicos
Representações teóricas que simulam o comportamento ou a actividade de processos biológicos ou doenças. Para modelos de doença em animais vivos, MODELOS ANIMAIS DE DOENÇAS está disponível. Modelos biológicos incluem o uso de equações matemáticas, computadores e outros equipamentos eletrônicos.
Quadruplex G
Estruturas de RNA e DNA de ordem superior formadas por sequências ricas em guanina. São formados em torno de um núcleo de ao menos duas tétrades empilhadas da base GUANINA ligadas por pontes de hidrogênio. Podem ser formados por uma, duas ou quatro fitas separadas de DNA (ou RNA) e podem mostrar uma ampla variedade de topologias, que são consequência de várias combinações da direção das fitas, comprimento e sequência (Tradução livre do original: Nucleic Acids Res 2006; 34(19): 5402-15).
Antivirais
Agentes usados na profilaxia ou no tratamento das VIROSES. Entre seus modos de ação estão o impedimento da replicação viral por meio da inibição da polimerase de DNA viral; unindo-se a receptores específicos de superfície celular, inibindo a penetração viral ou provocando a perda do capsídeo; inibindo a síntese proteica viral o bloqueando as etapas finais da montagem viral.
Mutação
Análise de Sequência de Proteína
Processo que inclui a determinação da SEQUÊNCIA DE AMINOÁCIDOS de uma proteína (ou peptídeo, oligopeptídeo ou fragmento de peptídeo) e a análise da informação desta sequência.
Entropia
A medida da parte do calor ou energia de um sistema que está disponível para realizar trabalho; a entropia aumenta em todos os processos naturais (espontâneos e irreversíveis. Símbolo S. (Dorland, 28a ed)
Solventes
Líquidos [usados para] dissolver outras substâncias (solutos), estas geralmente sólidas, sem que haja mudança em sua composição química [do soluto], como açúcar [soluto] [dissolvido] em água [solvente], [ou iodo (soluto) dissolvido em álcool (solvente)].
Catálise
Mutagênese Sítio-Dirigida
MUTAGÊNESE geneticamente construída em um ponto específico na molécula de DNA que introduz uma substituição, inserção ou deleção de uma base.
Calorimetria
Medida da quantidade de calor envolvida em vários processos, tais como reações químicas, mudanças de estado e formação de soluções, ou na determinação da capacidade de calor das substâncias. A unidade fundamental de medida é o joule ou a caloria (4,184 joules).
Proteínas Recombinantes
Proteínas preparadas através da tecnologia de DNA recombinante.
Inibidores de Proteínas Quinases
Agentes que inibem PROTEÍNAS QUINASES.
Máquinas de Vetores de Suporte
Cristalografia
Reprodutibilidade dos Testes
Ensaios de Seleção de Medicamentos Antitumorais
Soluções
Neuraminidase
Enzima que catalisa a hidrólise de ligações alfa-2,3, alfa-2,6 e alfa-2,8 (a uma velocidade decrescente, respectivamente) dos resíduos siálicos terminais de oligossacarídeos, glicoproteínas, glicolipídeos, ácido colomínico e substrato sintético. (Tradução livre do original: Enzyme Nomenclature, 1992)
Trypanosoma cruzi
Terapia de Alvo Molecular
Substituição de Aminoácidos
Ocorrência natural ou experimentalmente induzida da substituição de um ou mais AMINOÁCIDOS em uma proteína por outro. Se um aminoácido funcionalmente equivalente é substituído, a proteína pode conservar sua atividade original. A substituição pode também diminuir, aumentar ou eliminar a função da proteína. A substituição experimentalmente induzida é frequentemente utilizada para estudar a atividade enzimática e propriedades dos sítios de ligação.
Tecnologia Farmacêutica
Aplicação de conhecimento científico ou tecnológico à farmácia e à indústria farmacêutica. Inclui métodos, técnicas e instrumentação usada na manufatura, preparação, composição, dispensação, embalagem e armazenamento de drogas e outras preparações usadas no diagnóstico e em procedimentos determinantes, e no tratamento de pacientes.
Fatores de Tempo
Integrase de HIV
Enzima do vírus da imunodeficiência humana, necessária para integrar o DNA viral no DNA celular no núcleo de uma célula hospedeira. A integrase de HIV é uma DNA nucleotidiltransferase codificada pelo gene pol.
Estereoisomerismo
Teoria Quântica
Motivos de Aminoácidos
Componentes estruturais de proteínas comumente observados, formados por combinações simples de estruturas secundárias adjacentes. Uma estrutura comumente observada pode ser composta por uma SEQUÊNCIA CONSERVADA que pode ser representada por uma SEQUÊNCIA CONSENSO.
Inibidores da Protease de HIV
Inibidores da PROTEASE DE HIV, uma enzima requerida para a produção de proteínas necessárias para a montagem viral.
Dimerização
Antagonistas do Ácido Fólico
Regulação Alostérica
Modificação da reatividade de ENZIMAS por meio da ligação de efetores a sítios das enzimas (SÍTIO ALOSTÉRICO) diferentes dos SÍTIOS DE LIGAÇÃO ao substrato.
Tiofenos
HIV-1
Transdução de Sinal
Transferência intracelular de informação (ativação/inibição biológica) através de uma via de sinalização. Em cada sistema de transdução de sinal, um sinal de ativação/inibição proveniente de uma molécula biologicamente ativa (hormônio, neurotransmissor) é mediado, via acoplamento de um receptor/enzima, a um sistema de segundo mensageiro ou a um canal iônico. A transdução de sinais desempenha um papel importante na ativação de funções celulares, bem como de diferenciação e proliferação das mesmas. São exemplos de sistemas de transdução de sinal: o sistema do receptor pós-sináptico do canal de cálcio ÁCIDO GAMA-AMINOBUTÍRICO, a via de ativação da célula T mediada pelo receptor e a ativação de fosfolipases mediada por receptor. Estes sistemas acoplados à despolarização da membrana ou liberação de cálcio intracelular incluem a ativação mediada pelo receptor das funções citotóxicas dos granulócitos e a potencialização sináptica da ativação da proteína quinase. Algumas vias de transdução de sinal podem ser parte de um sistema de transdução muito maior, como por exemplo, a ativação da proteína quinase faz parte da via de sinalização da ativação plaquetária.
Inibidores de Proteases
Indústria Farmacêutica
Estabilidade Proteica
Biocatálise
Facilitação de reações bioquímicas com o auxílio de catalisadores naturais, como as ENZIMAS.
Escherichia coli
Espécie de bactérias Gram-negativas, facultativamente anaeróbicas, em forma de bastão (BACILOS GRAM-NEGATIVOS ANAERÓBIOS FACULTATIVOS) comumente encontrada na parte mais baixa do intestino de animais de sangue quente. Geralmente não é patogênica, embora algumas linhagens sejam conhecidas por produzir DIARREIA e infecções piogênicas. As linhagens patogênicas (virotipos) são classificadas pelos seus mecanismos patogênicos específicos como toxinas (ESCHERICHIA COLI ENTEROTOXIGÊNICA), etc.
Relação Dose-Resposta a Droga
Produtos Biológicos
Desenho de Programas de Computador
Antimaláricos
Inteligência Artificial
Teoria e desenvolvimento de SISTEMAS DE COMPUTAÇÃO que realizam tarefas que normalmente exigiriam a inteligência humana. Tais tarefas podem incluir reconhecimento de fala, APRENDIZAGEM, PERCEPÇÃO VISUAL, COMPUTAÇÃO MATEMÁTICA, raciocínio, RESOLUÇÃO DE PROBLEMAS, TOMADA DE DECISÕES e tradução de idioma.
Pró-Fármacos
Água
Timidilato Sintase
DNA
Polímero desoxirribonucleotídeo que é material genético primário de todas as células. Organismos eucariotos e procariotos normalmente contém DNA num estado de dupla fita, ainda que diversos processos biológicos importantes envolvam transitoriamente regiões de fita simples. O DNA, cuja espinha dorsal é constituída de fosfatos poliaçucarados possuindo projeções de purinas (adenina ou guanina) e pirimidinas (timina e citosina), forma uma dupla hélice que é mantida por pontes de hidrogênio entre as purinas e as pirimidinas (adenina com timina e guanina com citosina).