Catalisam a união de ribonucleotídeos ou desoxirribonucleotídeos pré-formados, em ligação fosfodiéster, durante os processos genéticos. EC 6.5.1.
Polinucleotídeos são longas cadeias de nucleotídeos unidos por ligações fosfodiéster, frequentemente encontrados em ácidos nucléicos como DNA e RNA.
Enzima que catalisa a transferência de um grupo fosfato para os grupos hidroxila 5'-terminais do DNA e RNA. EC 2.7.1.78.
Enzima da classe das transferases que catalisa a fosforólise reversível de moléculas de RNA ou outros polirribonucleotídeos, fornecendo resíduos de nucleosídeo difosfato. A enzima bacteriana tem sido usada em pesquisa para elucidação do código genético. (Dorland, 28a ed). EC 2.7.7.8.
Classe diversa de enzimas que interagem com as ENZIMAS DE CONJUGAÇÃO DE UBIQUITINA e substratos proteicos específicos da ubiquitinação. Cada membro deste grupo de enzimas tem sua própria especificidade distinta para um substrato e enzima de conjugação de ubiquitina. As ubiquitina-proteína-ligases existem como proteínas monoméricas e como complexos multiproteicos.
Grupo de 13 ou mais ribonucleotídeos nos quais os resíduos fosfato de cada ribonucleotídeo atuam como pontes formando ligações diéster entre as moléculas ribose.
Poli(desoxirribonucleotídeo): poli(desoxirribonucleotídeo)ligases. Enzimas que catalisam a união de desoxirribonucleotídeos pré-formados em ligação fosfodiéster durante o reparo de uma quebra de fita simples no DNA de fita dupla. A classe inclui tanto EC 6.5.1.1.(ATP) quanto EC 6.5.1.2.(NAD).
Grupo de 13 ou mais desoxirribonucleotídeos nos quais os resíduos fosfato de cada desoxirribonucleotídeo atuam como pontes formando ligações diéster entre as moléculas de desoxirribose.
Grupo de ribonucleotídeos citosina nos quais os resíduos fosfato de cada ribonucleotídeo citosina atuam como pontes formando ligações diéster entre as moléculas de ribose.
Subgrupo de ubiquitina proteína ligase formadas pela associação de uma proteína com domínio SKP, uma proteína com domínio CULINA e uma proteína com domínio F-BOX.
Polirribonucleotídeo de fita dupla que compreende os ácidos poliadenílico e poliuridílico.
Enzima que catalisa a conversão do RNA linear a uma forma circular pela transferência de 5'-fosfato para o terminal 3'-hidroxilado. Também catalisa a ligação covalente de dois polirribonucleotídeos em ligação fosfodiéster. EC 6.5.1.3.
Grupo de ribonucleotídeos uridina nos quais os resíduos fosfato de cada ribonucleotídeo uridina atuam como pontes formando ligações diéster entre as moléculas de ribose.
Grupo de ribonucleotídeos inosina nos quais os resíduos fosfato de cada ribonucleotídeo inosina atuam como pontes formando ligações diéster entre as moléculas de ribose.
Família de proteínas estruturalmente relacionadas que foram descobertas originalmente pelo seu papel na regulação do ciclo celular em CAENORHABDITIS ELEGANS. Desempenham papéis importantes na regulação do CICLO CELULAR e como componentes das UBIQUITINA-PROTEÍNA LIGASES.
Ato de ligação de UBIQUITINAS a PROTEÍNAS formando complexos ubiquitina-proteína ligase, que marcam as proteínas que deverão ser transportadas para o COMPLEXO ENDOPEPTIDASE PROTEASSOMA, onde ocorre proteólise.
Grupo de nucleotídeos timina nos quais os resíduos fosfato de cada nucleotídeo timina atuam como pontes formando ligações diéster entre as moléculas de desoxirribose.
Grupo de ribonucleotídeos guanina nos quais os resíduos fosfato de cada ribonucleotídeo guanina atuam como pontes formando ligações diéster entre as moléculas de ribose.
Família de enzimas que catalisam a quebra endonucleolítica do RNA. Inclui EC 3.1.13.-, EC 3.1.14.-, EC 3.1.15.-, e EC 3.1.16.-. EC 3.1.-.
Polidesoxirribonucleotídeos feitos de nucleotídeos desoxiadenina e timina. Presentes em preparações de DNA isolados de espécies de caranguejos. Preparações sintéticas foram extensivamente utilizadas no estudo do DNA.
Espécie de bactérias Gram-negativas, facultativamente anaeróbicas, em forma de bastão (BACILOS GRAM-NEGATIVOS ANAERÓBIOS FACULTATIVOS) comumente encontrada na parte mais baixa do intestino de animais de sangue quente. Geralmente não é patogênica, embora algumas linhagens sejam conhecidas por produzir DIARREIA e infecções piogênicas. As linhagens patogênicas (virotipos) são classificadas pelos seus mecanismos patogênicos específicos como toxinas (ESCHERICHIA COLI ENTEROTOXIGÊNICA), etc.
Peptídeo altamente conservado composto por 76 aminoácidos universalmente encontrado nas células de eucariotos que atua como marcador no TRANSPORTE PROTEICO intracelular e na degradação proteica. A ubiquitina torna-se ativada após várias etapas complexas e forma uma ligação isopeptídica com os resíduos de lisina de proteínas específicas na célula. Estas proteínas "ubiquitinadas" podem ser reconhecidas e degradadas por proteossomos ou serem transportadas para compartimentos específicos na célula.
Arranjo espacial dos átomos de um ácido nucleico (ou de um polinucleotídeo) que resulta em sua forma tridimensional característica.
Enzima que catalisa a síntese de ácido poliadenílico a partir de ATP. Pode ser devido à ação da RNA polimerase (EC 2.7.7.6) ou polinucleotídeo adenililtransferase (EC 2.7.7.19). EC 2.7.7.19.
Polímeros constituídos por poucos (2-20) nucleotídeos. Em genética molecular, referem-se a uma sequência curta sintetizada para se combinar a uma região onde sabidamente ocorre uma mutação e, que é então, usada como uma sonda (SONDA DE OLIGONUCLEOTÍDEO). (Dorland, 28a ed)
Domínio de ligação com zinco definido pela sequência Cisteína-X2-Cisteína-X(9-39)-Cisteína-X(l-3)-His-X(2-3)-Cisteína-X2-Cisteína -X(4-48)-Cisteína-X2-Cisteína, onde X é qualquer aminoácido. O motivo 'RING finger' liga-se a dois átomos de zinco, em que cada átomo de zinco está ligado em forma tetraédrica a quatro cisteínas ou três cisteínas e uma histidina. O motivo também forma uma estrutura unitária com um cruzamento central, presente em muitas proteínas envolvidas em interações proteína-proteína. O acrônimo RING vem de 'Really Interesting New Gene'(Novo Gene Realmente Interessante).
Enzimas que catalisam a formação de derivados de acil-CoA. EC 6.2.1.
Desorganização da estrutura secundária dos ácidos nucleicos por calor, pH ou tratamento químico. A dupla fita de DNA é desnaturada por quebra das ligações de hidrogênio e interações hidrofóbicas. O DNA desnaturado parece ser uma estrutura flexível de fita simples. Os efeitos da desnaturação sobre o RNA são semelhantes, entretanto menos pronunciado e facilmente reversível.
Classe de enzimas que forma uma ligação tioester para a UBIQUITINA com a ajuda das ENZIMAS ATIVADORAS DE UBIQUITINA. Transferem a ubiquitina para a LISINA de um substrato proteico com a ajuda das UBIQUITINA-PROTEÍNA-LIGASES.
Gênero de bactérias Gram-positivas esféricas que são encontradas no solo e na água doce, e frequentemente na pele do homem e outros animais.
Descrições de sequências específicas de aminoácidos, carboidratos ou nucleotídeos que apareceram na literatura publicada e/ou são depositadas e mantidas por bancos de dados como o GENBANK, European Molecular Biology Laboratory (EMBL), National Biomedical Research Foundation (NBRF) ou outros repositórios de sequências.
Polímero desoxirribonucleotídeo que é material genético primário de todas as células. Organismos eucariotos e procariotos normalmente contém DNA num estado de dupla fita, ainda que diversos processos biológicos importantes envolvam transitoriamente regiões de fita simples. O DNA, cuja espinha dorsal é constituída de fosfatos poliaçucarados possuindo projeções de purinas (adenina ou guanina) e pirimidinas (timina e citosina), forma uma dupla hélice que é mantida por pontes de hidrogênio entre as purinas e as pirimidinas (adenina com timina e guanina com citosina).
Grupo de ribonucleotídeos adenina nos quais os resíduos fosfato de cada ribonucleotídeo adenina atuam como pontes formando ligações diéster entre as moléculas de ribose.
Enzimas que catalisam a hidrólise de ligações éster dentro do RNA. EC 3.1.-.
Aspecto característico [(dependência)] da atividade enzimática em relação ao tipo de substrato com o qual a enzima (ou molécula catalítica) reage.
Determinação do espectro de absorção ultravioleta por moléculas específicas em gases ou líquidos, por exemplo, Cl2, SO2, NO2, CS2, ozônio, vapor de mercúrio e vários compostos insaturados.
Taxa dinâmica em sistemas químicos ou físicos.
Ácido ribonucleico das bactérias, que tem papéis regulatórios e catalíticos, tanto quanto envolvimento na síntese proteica.
Sequência de PURINAS e PIRIMIDINAS em ácidos nucleicos e polinucleotídeos. É chamada também de sequência nucleotídica.
Nucleótidos de citosina referem-se a moléculas formadas por uma base nitrogenada de citosina unida a um açúcar de ribose (ou desoxirribose) e um ou mais grupos fosfato, desempenhando um papel fundamental na composição do DNA e ARN.
Polinucleotídeo que consiste essencialmente em cadeias contendo unidades repetidas de uma estrutura de fosfato e ribose às quais as bases nitrogenadas encontram-se unidas. O RNA é único entre as macromoléculas biológicas pelo fato de codificar informação genética, servir como um componente celular estrutural abundante e também possuir atividade catalítica. (Tradução livre do original: Rieger et al., Glossary of Genética: Classical and Molecualr, 5th ed)
Uracil nucleotides are chemical compounds consisting of a uracil base, a sugar molecule (ribose), and one or more phosphate groups, primarily found in RNA as opposed to DNA.
Grupo de ribonucleotídeos (até 12) no qual os resíduos fosfato de cada ribonucleotídeo atuam como pontes na formação das ligações diéster entre as porções de ribose.
Vírus cujo hospedeiro é a Escherichia coli.
Ordem dos aminoácidos conforme ocorrem na cadeia polipeptídica. Isto é chamado de estrutura primária das proteínas. É de importância fundamental para determinar a CONFORMAÇÃO DA PROTEÍNA.
Processo pelo qual substâncias endógenas ou exógenas ligam-se a proteínas, peptídeos, enzimas, precursores proteicos ou compostos relacionados. Medidas específicas de ligantes de proteínas são usadas frequentemente como ensaios em avaliações diagnósticas.
Espécie de bactérias (família Clostridaceae) Gram-positivas, celulolíticas e termofílicas, que degradam e fermentam CELOBIOSE e CELULOSE a ETANOL no CELULOSSOMA.
Átomos de fósforo estáveis que possuem o mesmo número atômico que o elemento fósforo, porém diferem em relação ao peso atômico. P-31 é um isótopo de fósforo estável.
Família de proteínas que compartilha os MOTIVOS F-BOX e estão envolvidas com as interações proteína-proteína. Desempenham um importante papel nos processos de ubiquitinação proteica por associação com diversos substratos que, por sua vez, vão resultar em complexos de SCF UBIQUITINA LIGASE. Estas proteínas são mantidas no complexo ubiquitina-ligase via ligação às proteínas com domínio SKP.
Bacteriófago virulento (representante do gênero de Fagos semelhantes ao T4, família MYOVIRIDAE) que infecta E. coli, sendo o fago T mais conhecido. Seu virion contém DNA linear, bicatenário, com terminação redundante e permuta circular.
Partes de uma macromolécula que participam diretamente em sua combinação específica com outra molécula.
Pequenas moléculas de RNA com 73-80 nucleotídeos que atuam durante a TRADUÇÃO GENÉTICA para alinhar os AMINOÁCIDOS nos RIBOSSOMOS em uma sequência determinada pelo RNA MENSAGEIRO. Há cerca de 30 RNAs de transferência diferentes. Cada um reconhece um grupo específico de CÓDON no RNAm através de seu ANTICÓDON e como RNA transportadores de aminoacil (RNA DE TRANSFERÊNCIA DE AMINOACIL), cada um transporta um aminoácido específico para o ribossomo para adicionar às cadeias peptídicas que estão se formando.
Alteração da polarização planar à elíptica quando uma onda de luz inicialmente polarizada no plano atravessa um meio oticamente ativo.
Nucleotídeos de adenina são moléculas compostas por um açúcar (ribose ou desoxirribose), um grupo fosfato e a base nitrogenada adenina, desempenhando um papel fundamental na transferência de energia e como componente dos ácidos nucléicos, DNA e RNA.
Inosine nucleotides are purine nucleotide analogs, where inosine replaces the hypoxanthine base found in normal nucleotides, playing a role in intracellular signaling and potential therapeutic applications.
Família de enzimas que catalisam a clivagem endonucleolítica do RNA. Inclui EC 3.1.26.-, EC 3.1.27.-, EC 3.1.30.- e EC 3.1.31.-.
Conjunto de subcomplexos proteicos envolvidos no direcionamento de PROTEÍNAS UBIQUITINADAS para as vesículas intraluminais dos CORPOS MULTIVESICULARES e na cisão da membrana durante a formação de vesículas intraluminais, durante a fase final da CITOCINESE e durante o brotamento de vírus envelopados. A maquinaria ESCRT é composta dos produtos proteicos dos genes da classe E de distribuição de proteínas do vacúolo.
Nível de estrutura proteica em que estruturas das proteínas secundárias (alfa hélices, folhas beta, regiões de alça e motivos) se combinam dando origem a formas dobradas denominadas domínios. Pontes dissulfetos entre cisteínas em duas partes diferentes da cadeia polipeptídica juntamente com outras interações entre as cadeias desempenham um papel na formação e estabilização da estrutura terciária. As proteínas pequenas, geralmente são constituídas de um único domínio, porém as proteínas maiores podem conter vários domínios conectados por segmentos da cadeia polipeptídica que perdeu uma estrutura secundária regular.
Qualquer mudança detectável e hereditária que ocorre no material genético causando uma alteração no GENÓTIPO e transmitida às células filhas e às gerações sucessivas.
Grupo um tanto grande de enzimas, compreendendo não apenas aquelas que transferem fosfato, mas também difosfato, resíduos de nucleotídeos e outros. Também têm sido subdivididas de acordo com o grupo aceptor. EC 2.7.
Indutor de interferon constituído de dupla fita desemparelhada de RNA sintético. O polímero é formado de uma fita de ácido poli-inosínico e a outra de ácido policitidílico.
Agente tripanocida e possível agente antiviral que é bastante usado em biologia celular e bioquímica experimental. O etídio tem várias propriedades úteis experimentalmente, incluindo a ligação aos ácidos nucleicos, inibição não competitiva dos receptores nicotínicos da acetilcolina, e fluorescência, entre outras. É usado mais comumente como brometo.
Relação entre a estrutura química de um composto e sua atividade biológica ou farmacológica. Os compostos são frequentemente classificados juntos por terem características estruturais em comum, incluindo forma, tamanho, arranjo estereoquímico e distribuição de grupos funcionais.
Enzimas que catalisam a incorporação dirigida por molde dos ribonucleotídeos a uma cadeia de RNA. EC 2.7.7.-.
Série de 7 fagos virulentos que infectam E. coli. Os fagos T-pares, T2, T4 (BACTERIÓFAGO T4), T6 e o fago T5 são chamados de "virulentos autônomos" pois param todo o metabolismo bacteriano mediante infecção. Os fagos T1, T3 (BACTERIÓFAGO T3) e T7 (BACTERIÓFAGO T7) são chamados de "virulentos dependentes" pois dependem da continuidade do metabolismo bacteriano durante o ciclo lítico. Os fagos T-pares contêm 5-hidroximetilcitosina no lugar da citosina (comum em seu DNA).
Família de proteínas estruturalmente relacionadas com a ubiquitina. As ubiquitinas e as proteínas semelhantes à ubiquitina participam de várias funções celulares, como a degradação de proteínas e a RESPOSTA A CHOQUE TÉRMICO, conjugando-se a outras proteínas.
Bases purina ou pirimidina unidas à DESOXIRRIBOSE contendo uma ligação com o grupo fosfato.
Cadeia única de desoxirribonucleotídeos que se encontra em algumas bactérias e vírus. Geralmente existe como um círculo fechado covalentemente.
Grande complexo de múltiplas subunidades que desempenha um papel importante na degradação da maioria das proteínas nucleares e citosólicas das células eucarióticas. Contém um subcomplexo catalítico de 700 KDa e dois subcomplexos regulatórios de 700 kDa. O complexo digere as proteínas ubiquitinadas e as ativadas via antienzima ornitina descarboxilase.
Halogênio com símbolo atômico Br, número atômico 36 e peso atômico 79,904. É um líquido marrom-avermelhado volátil que desprende vapores sufocantes. É corrosivo para a pele e pode causar gastroenterite se ingerido.
N-Glicosidases que removem adeninas do RNA RIBOSSÔMICO, depurando a alça conservada sarcina alfa do RNA RIBOSSÔMICO 28S. Frequentemente consistem em uma subunidade A tóxica e uma subunidade B de ligação a lectinas. Podem ser consideradas como INIBIDORES DA SÍNTESE DE PROTEÍNAS. São encontradas em muitas PLANTAS e possuem atividades citotóxica e antiviral.
Modelos usados experimentalmente ou teoricamente para estudar a forma das moléculas, suas propriedades eletrônicas ou interações [com outras moléculas]; inclui moléculas análogas, gráficos gerados por computador e estruturas mecânicas.
Isótopos de fósforo instáveis que se decompõem ou desintegram emitindo radiação. Átomos de fósforo com pesos atômicos de 28-34, exceto 31, são radioisótopos de fósforo.
Ciência básica envolvida com a composição, estrutura e propriedades da matéria, bem como as reações que ocorrem entre substâncias e o intercâmbio de energia associado às reações.
Composição, conformação e propriedades de átomos e moléculas, e seus processos de reação e interação.
Reconstrução de uma molécula contínua de DNA de fita dupla, sem incorreções, a partir de uma molécula contendo regiões lesadas. Os principais mecanismos de reparo são o reparo de excisão, em que as regiões defeituosas de uma fita são extirpadas e ressintetizadas, usando-se as informações de pareamento das bases complementares da fita intata; reparo de foto-reativação, em que os efeitos letais e mutagênicos da luz ultravioleta são eliminados; e reparo pós-replicação, em que as lesões primárias não são reparadas, mas as lacunas de uma dúplex filha são preenchidas por meio da incorporação de porções da outra dúplex filha (não danificada). Os reparos de excisão e de pós-replicação às vezes são chamados de "reparo escuro" porque não exigem luz.
Ligases que catalisam a junção de AMINOÁCIDOS adjacentes pela formação de ligações carbono-nitrogênio entre grupos ácido carboxílico e amina.
Beta-D-glicano obtido do fungo Aphyllophoral Schizophyllum commune. É utilizado como imunoadjuvante no tratamento de neoplasias, especialmente tumores encontrados no estômago.
Complexos enzimáticos que catalisam a ligação covalente da UBIQUITINA a outras proteínas formando uma ligação peptídica entre a GLICINA C-terminal da UBIQUITINA e os grupos alfa-amino dos resíduos de LISINA na proteína. Os complexos desempenham um papel importante na mediação da degradação seletiva das proteínas anormais e de vida curta. O complexo enzimático pode ser quebrado em três componentes que envolvem a ativação da ubiquitina (ENZIMAS ATIVADORAS DE UBIQUITINA), conjugação da ubiquitina ao complexo ligase (ENZIMAS DE CONJUGAÇÃO DE UBIQUITINA) e ligação da ubiquitina ao substrato proteico (UBIQUITINA-PROTEÍNA LIGASES).
Oligômero formado pela sequência de ligação isopeptídica da glicina C-terminal de uma molécula de UBIQUITINA ao resíduo lisina de outra molécula de ubiquitina. É estruturalmente distinto da UBIQUITINA C, que é uma proteína simples contendo uma sequência de peptídeos da ubiquitina arranjados um atrás do outro.
Propriedade de objetos que determina a direção do fluxo de calor quando eles são posicionados em contato térmico direto. A temperatura é a energia dos movimentos microscópicos (translacionais e de vibração) das partículas dos átomos.
Nucleotídeo de adenina que contém um grupo fosfato esterificado a uma molécula de açúcar nas posições 2'-,3'- ou 5'-.
Actinomiceto a partir do qual o antibiótico OLEANDOMICINA é obtido.
Elemento metálico que possui o símbolo atômico Mg, número atômico 12 e massa atômica 24,31. É importante para a atividade de muitas enzimas, especialmente aquelas que se ocupam com a FOSFORILAÇÃO OXIDATIVA.
Classe de enzimas que transfere resíduos nucleotidil. EC.2.7.7.
Classe de enzimas que cataliza a formação dependente de ATP de uma ligação tioester entre si mesma e a UBIQUITINA. Transfere então, a ubiquitina ativada para uma das UBIQUITINA-PROTEÍNA LIGASES.
Enzima que catalisa a hidrólise de nucleosídeos trifosfatos a nucleosídeos difosfatos. Também pode catalisar a hidrólise de nucleotídeos trifosfatos, difosfatos, tiaminas difosfatos e FAD. O nucleosídeo trifosfato fosfohidrolases I e II são subtipos de enzimas encontradas em sua maioria nos vírus.
Soma do peso de todos os átomos em uma molécula.
Enzimas que catalisam a união de duas moléculas pela formação de uma ligação carbono-oxigênio. EC 6.1.
Moldes macromoleculares para a síntese de macromoléculas complementares, como REPLICAÇÃO DO DNA, TRANSCRIÇÃO GENÉTICA do DNA para RNA e na TRADUÇÃO GENÉTICA do RNA nos POLIPEPTÍDEOS.
Grau de similaridade entre sequências de aminoácidos. Esta informação é útil para analisar a relação genética de proteínas e espécies.
Família de proteínas que promovem o desenrolamento de RNA durante a quebra e tradução.
Grupo de desoxirribonucleotídeos (até 12) nos quais os resíduos de fosfato de cada desoxirribonucleotídeo agem como pontes na formação de ligações diéster entre as moléculas de desoxirribose.
Fosfato ésteres de TIMINA em ligação N-glicosídica com ribose ou desoxirribose, tal como ocorre no ácido nucleico.