Sulfolobus solfataricus
Espécie ARCHAEA termoacidófila (família Sulfolobaceae) encontrada em áreas vulcânicas onde a temperatura é cerca de 80 graus C e há a presença do ENXOFRE.
Sulfolobus acidocaldarius
Fuselloviridae
DNA Arqueal
Ácido desoxirribonucléico que forma o material genético de Archaea.
Archaea
Um dos três domínios de vida (os outros são BACTÉRIAS e EUCARIOTOS), anteriormente chamado Archaebacteria no táxon Bactéria, mas atualmente considerado separadamente e distinto. São caracterizados por: 1) presença de RNA de transferência e RNA ribossômicos característicos; 2) ausência de paredes celulares de peptidoglicanas; 3) presença de lipídeos com ligações éter, construídos de subunidades de cadeias ramificadas e 4) sua ocorrência em habitats pouco usuais. Enquanto as Archaea se parecem com as bactérias na organização genômica e morfológica, assemelham-se aos eucariontes em seu método de replicação genômica. O domínio contém ao menos quatro reinos: CRENARCHAEOTA, EURYARCHAEOTA, NANOARCHAEOTA e KORARCHAEOTA.
Rudiviridae
Cromossomos de Archaea
Estruturas encontradas no interior do núcleo de células arqueais e que consistem de ou contêm DNA, o qual carrega informação genética essencial para a célula.
Vírus de Archaea
Vírus cujos hospedeiros estão no domínio ARCHAEA.
RNA Arqueal
Ácido ribonucleico na archaea, que tem papéis regulatórios e catalíticos tanto quanto envolvimento na síntese proteica.
Bactérias Gram-Negativas Quimiolitotróficas
Dados de Sequência Molecular
Descrições de sequências específicas de aminoácidos, carboidratos ou nucleotídeos que apareceram na literatura publicada e/ou são depositadas e mantidas por bancos de dados como o GENBANK, European Molecular Biology Laboratory (EMBL), National Biomedical Research Foundation (NBRF) ou outros repositórios de sequências.
Estabilidade Enzimática
Sulfolobaceae
Família de SULFOLOBALES que compreende cocos quimiolitotróficos aeróbios ou facultativamente anaeróbios que geralmente ocorrem individualmente. Seu crescimento ótimo é em pH por volta de 2.
Sequência de Aminoácidos
Sulfolobales
Ordem de CRENARCHAEOTA que compreende cocos quimiolitotróficos, aeróbios ou aeróbios facultativos, que são termoacidófilos extremos. Não possuem peptidoglicanas em suas paredes celulares.
Crenarchaeota
Reino do domínio ARCHAEA que compreende organismos termoacidofílicos e que dependem de enxofre. As duas ordens são SULFOLOBALES e THERMOPROTEALES.
Repetições Palindrômicas Curtas Agrupadas e Regularmente Espaçadas
Sequências de ácidos nucleicos repetitivas que são componentes principais dos SISTEMAS CRISPR-CAS arqueano e bacteriano, que funcionam como sistemas de defesa antiviral.
Thermoplasma
Especificidade por Substrato
Temperatura Ambiente
DNA Polimerase beta
Sequência de Bases
Sequência de PURINAS e PIRIMIDINAS em ácidos nucleicos e polinucleotídeos. É chamada também de sequência nucleotídica.
Bactérias
Um dos três domínios da vida, também denominado Eubacterias (os outros são Eukarya e ARCHAEA). São micro-organismos procarióticos, unicelulares, com parede celular geralmente rígida. Multiplicam-se por divisão celular e apresentam três formas principais: redonda (cocos), bastonete (bacilos) e espiral (espiroquetas). Podem ser classificadas pela resposta ao OXIGÊNIO (aeróbicas, anaeróbicas, ou anaeróbicas facultativas), pelo modo de obter energia: quimiotróficas (via reação química) ou PROCESSOS FOTOTRÓFICOS (via reação com luz), quimiotróficas, pela fonte de energia química. As quimiolitotróficas (a partir de compostos inorgânicos) ou CRESCIMENTO QUIMIOAUTOTRÓFICO (a partir de compostos orgânicos), e pela fonte de CARBONO, NITROGÊNIO, etc. PROCESSOS HETEROTRÓFICOS (a partir de fontes orgânicas) e PROCESSOS AUTOTRÓFICOS (a partir de DIÓXIDO DE CARBONO). Podem também ser classificadas por serem coradas ou não (com base na estrutura da PAREDE CELULAR) pelo CRISTAL VIOLETA: Gram-positivas ou Gram-negativas.
Alinhamento de Sequência
Combinação de dois ou mais aminoácidos ou sequências de bases de um organismo ou organismos de tal forma a alinhar áreas das sequências de distribuição das propriedades comuns. O grau de correlação ou homologia entre as sequências é previsto computacionalmente ou estatisticamente, baseado nos pesos determinados dos elementos alinhados entre as sequências. Isto pode servir como um indicador potencial de correlação genética entre os organismos.
Homologia de Sequência de Aminoácidos
Cristalografia por Raios X
Modelos Moleculares
Hidrolases de Triester Fosfórico
Classe de enzimas que catalisa a hidrólise de uma das três ligações éster em um composto contendo fosfotriéster.
Escherichia coli
Espécie de bactérias Gram-negativas, facultativamente anaeróbicas, em forma de bastão (BACILOS GRAM-NEGATIVOS ANAERÓBIOS FACULTATIVOS) comumente encontrada na parte mais baixa do intestino de animais de sangue quente. Geralmente não é patogênica, embora algumas linhagens sejam conhecidas por produzir DIARREIA e infecções piogênicas. As linhagens patogênicas (virotipos) são classificadas pelos seus mecanismos patogênicos específicos como toxinas (ESCHERICHIA COLI ENTEROTOXIGÊNICA), etc.
Glucose 1-Desidrogenase
Clonagem Molecular
Inserção de moléculas de DNA recombinante de origem procariótica e/ou eucariótica em um veículo replicante, tal como um plasmídeo ou vírus vetores, e a introdução das moléculas híbridas resultantes em células receptoras, sem alterar a viabilidade dessas células.
Lipothrixviridae
Concentração de Íons de Hidrogênio
Normalidade de uma solução com relação a íons de HIDROGÊNIO, H+. Está relacionada com medições de acidez na maioria dos casos por pH = log 1/2[1/(H+)], onde (H+) é a concentração do íon hidrogênio em equivalentes-grama por litro de solução. (Tradução livre do original: McGraw-Hill Dictionary of Scientific and Technical Terms, 6th ed)
Conformação Proteica
Forma tridimensional característica de uma proteína, incluindo as estruturas secundária, supersecundária (motivos), terciária (domínios) e quaternária das cadeias peptídicas. A ESTRUTURA QUATERNÁRIA DE PROTEÍNA descreve a conformação assumida por proteínas multiméricas (agregados com mais de uma cadeia polipeptídica).
Proteínas Associadas a CRISPR
Componentes proteicos dos SiISTEMAS CRISPR-CAS para defesa antiviral em ARCHAEA e BACTÉRIAS. São proteínas que possuem uma variedade de funções durante a criação e expansão dos arranjos de CRISPR, a captura de novos CRISPR, a biogênese de novos RNA INTERFERENTES PEQUENOS (CRISPR ou crRNAs) e o direcionamento ou silenciamento de vírus e plasmídeos invasores. Incluem as DNA HELICASES, PROTEÍNAS LIGANTES DE RNA, ENDONUCLEASES e RNA e DNA POLIMERASES.
Ferredoxinas
Haloferax
Nucleotídeos de Desoxicitosina
Cristalização
Grupo dos Citocromos a
Proteínas Recombinantes
Proteínas preparadas através da tecnologia de DNA recombinante.
Catálise
Éteres de Glicerila
Acidianus
Gênero de cocoides ARCHAEA facultativamente anaeróbico (família SULFOLOBACEAE). As células são altamente irregulares na forma e termoacidofílicas. Em algumas espécies, o crescimento litotrófico ocorre aerobicamente via oxidação sulfúrica . A distribuição inclui fontes e campos sulfatáricos, lamaçais e ambientes marinhos ácidos geotermicamente aquecidos.
Proteínas com Ferro-Enxofre
Sistema da Enzima Desramificadora do Glicogênio
1,4-alfa-D-glucan-1,4-alfa-D-glucan 4-alfa-D-glucosiltransferase/dextrina 6 alfa-D-glucano-hidrolase. Sistema enzimático que tem atividades tanto de 4-alfa-glucanotransferase (EC 2.4.1.25) quanto de amilo-1,6-glucosidase (EC 3.2.1.33). Como transferase, ela transfere um segmento de um 1,4-alfa-D-glucano para uma nova posição 4 num aceptor, que pode ser glucose ou outro 1,4-alfa-D-glucano. Como glucosidase, ela catalisa a endo-hidrólise de ligações 1,6-alfa-D-glucosídicas em pontos de ramificação das cadeias de resíduos de alfa-D-glucose ligados em 1,4. A atividade da amilo-1,6-glucosidase está deficiente na doença do armazenamento de glicogênio tipo III.
Fases de Leitura Aberta
Subunidades Ribossômicas Maiores de Arqueas
Subunidade maior do ribossomo 70S de Archaea. É composta pelo RNA RIBOSSÔMICO 23S, RNA RIBOSSÔMICO 5S e aproximadamente 40 PROTEÍNAS RIBOSSÔMICAS diferentes.
DNA Polimerase Dirigida por DNA
DNA polimerases dependentes de DNA, encontradas em células bacterianas, animais e vegetais. Durante o processo de replicação, estas enzimas catalisam a adição de resíduos de desoxirribonucleotídeos até a extremidade de uma fita de DNA na presença de DNA como molde-iniciador. Também possuem atividade de exonuclease e por isso funcionam no reparo de DNA.
Aldeído Liases
Estrutura Quaternária de Proteína
Enxofre
Ligação Proteica
Subunidades Ribossômicas Menores de Arqueas
Ácido Tetratiônico
Sistemas CRISPR-Cas
Mecanismos de defesa antiviral adaptativos, em Archaea e Bacteria, baseados em arranjos das repetições de DNA chamados REPETIÇÕES PALINDRÔMICAS CURTAS AGRUPADAS E REGULARMENTE ESPAÇADAS (elementos CRISPR) que agem em conjunto com PROTEÍNAS ASSOCIADAS A CRISPR (proteínas Cas). Vários tipos tem sido descritos, incluindo Tipo I, Tipo II e Tipo III, baseado em motivos identificadores de PROTEÍNAS ASSOCIADAS A CRISPR.
Espectroscopia de Ressonância de Spin Eletrônica
Técnica aplicável a uma ampla variedade de substâncias que exibem paramagnetismo por causa dos momentos magnéticos de elétrons não pareados. Os espectros são úteis para detecção e identificação, determinação da estrutura do elétron, estudo das interações entre moléculas, medida do "spin" e momentos nucleares. (Tradução livre do original: McGraw-Hill Encyclopedia of Science and Technology, 7th edition). A espectroscopia da ressonância dupla nuclear eletrônica (ENDOR) é uma variante da técnica que pode dar uma maior resolução. A análise da ressonância eletrônica do "spin" agora pode ser utilizada in vivo, incluindo aplicações por imagem, como IMAGEM POR RESSONÂNCIA MAGNÉTICA.
Eletroforese em Gel de Poliacrilamida
Proteína Reguladora de Resposta a Leucina
LEUCINA e proteína de ligação a DNA encontrada principalmente em BACTÉRIAS e ARCHAEA. Regula a TRANSCRIÇÃO GENÉTICA envolvida no METABOLISMO de AMINOÁCIDOS em resposta ao aumento da concentração de LEUCINA.
alfa-Glucosidases
Sítios de Ligação
Replicação do DNA
Processo pelo qual se duplica a molécula de DNA.
Conformação de Ácido Nucleico
Fatores de Iniciação em Procariotos
Resolvases de Junção Holliday
Espermidina Sintase
Enzima que catalisa a transferência de uma parte da propilamina da 5'-desoxi-5'-S-(3-metiltiopropilamina)sulfônio adenosina para putrescina na biossíntese de espermidina. A enzima tem um peso molecular de aproximadamente 73.000 kDa e é composta por duas subunidades de igual tamanho.
Ácido Orótico
Ácido Orótico é uma forma hipourinária da vitamina B12 que desempenha um papel na síntese de DNA e no metabolismo de aminoácidos, geralmente encontrado em suplementos dietéticos e utilizado clinicamente para tratar distúrbios hiperuricémicos e neurodegenerativos.
Dextrinas
Sequências Hélice-Volta-Hélice
Primeiro motivo de proteina de ligação a DNA a ser reconhecido. Motivos de hélice-volta-hélice foram originalmente identificados em proteínas bacterianas, mas desde então têm sido encontrados em centenas de PROTEÍNAS DE LIGAÇÃO A DNA, tanto de eucariotos como de procariotos. São construídas a partir de duas alfa hélices conectadas por uma pequena cadeia estendida de aminoácidos que constitui a "volta". As duas hélices são mantidas em um ângulo fixo, principalmente através de interações entre as duas hélices. (Tradução livre do original de: Alberts et al., Molecular Biology of the Cell, 3d ed, p408-9)
Dimerização
RNA Ribossômico 23S
Constituinte da subunidade 50S dos ribossomos procarióticos contendo cerca de 3200 nucleotídeos. O RNAr 23S encontra-se envolvido no início da síntese polipeptídica.
Methanococcales
Tetrametilfenilenodiamina
Estrutura Terciária de Proteína
Nível de estrutura proteica em que estruturas das proteínas secundárias (alfa hélices, folhas beta, regiões de alça e motivos) se combinam dando origem a formas dobradas denominadas domínios. Pontes dissulfetos entre cisteínas em duas partes diferentes da cadeia polipeptídica juntamente com outras interações entre as cadeias desempenham um papel na formação e estabilização da estrutura terciária. As proteínas pequenas, geralmente são constituídas de um único domínio, porém as proteínas maiores podem conter vários domínios conectados por segmentos da cadeia polipeptídica que perdeu uma estrutura secundária regular.
Análise de Sequência de DNA
Processo de vários estágios que inclui clonagem, mapeamento físico, subclonagem, determinação da SEQUÊNCIA DE DNA e análise de informação.
Proteínas de Ligação a DNA
Plasmídeos
Malato Sintase
Difração de Raios X
Dispersão de raios-x pela matéria, especialmente cristais, que acompanha a variação da intensidade devido a efeitos de interferência. A análise da estrutura cristalográfica das substâncias é feita pela passagem de raios-x através delas e do registro de difração da imagem dos raios (CRISTALOGRAFIA POR RAIOS X).
Hidrolases Anidrido Ácido
Grupo de enzimas que catalisam a hidrólise de ligações difosfato em compostos tais como nucleosídeo di- e tri-fosfatos, e anidridos que contêm sulfonil, tais como o adenililssulfato. EC 3.6.
Glucose Desidrogenase
Fatores de Transcrição Winged-Helix
Subfamília de proteínas de ligação a DNA de SEQUÊNCIAS HÉLICE-VOLTA-HÉLICE contendo uma alça de comprimento variável adjacente à sequência HTH. A alça conecta duas fitas anti-paralelas e forma uma asa quando se liga a DNA.
Adenosina Trifosfatases
Família Multigênica
Conjunto de genes originados por duplicação e variação de algum gene ancestral. Estes genes podem estar reunidos nos mesmo cromossomo ou dispersos em cromossomos diferentes. São exemplos de famílias multigênicas as que codificam as hemoglobinas, imunoglobulinas, antígenos de histocompatibilidades, actinas, tubulinas, queratinas, colágenos, proteínas de choque térmico, proteínas adesivas salivares, proteínas coriônicas, proteínas de cutícula, proteínas vitelínicas, e faseolinas, bem como as histonas, RNA ribossômico, e genes de RNA de transferência. Os últimos três são exemplos de genes repetidos, onde centenas de genes idênticos estão presentes e ordenados em fila.
Homologia de Sequência do Ácido Nucleico
Correspondência sequencial de nucleotídeos em uma molécula de ácido nucleico com os de outras moléculas de ácido nucleico. A homologia de sequência é uma indicação da relação genética de organismos diferentes e a função gênica.
Coenzimas
Moléculas pequenas exigidas para a função catalítica de ENZIMAS. Muitas VITAMINAS são coenzimas.
Ácidos
Compostos químicos que cedem íons hidrogênio ou prótons quando dissolvidos em água podendo o hidrogênio ser substituído por metais ou radicais básicos ou ainda, substâncias que podem reagir com bases formando sais e água (neutralização). Uma extensão do termo inclui também substâncias dissolvidas em outros meios que não água. (Tradução livre do original: Grant & Hackh's Chemical Dictionary, 5th ed)
Toxinas Biológicas
Dicroísmo Circular
Dobramento de Proteína
Processos envolvidos na formação da ESTRUTURA TERCIÁRIA DE PROTEÍNA.
Termodinâmica
DNA Bacteriano
Ácido desoxirribonucléico que forma o material genético de bactérias.
Oxirredução
Reação química em que um elétron é transferido de uma molécula para outra. A molécula doadora do elétron é o agente de redução ou redutor; a molécula aceitadora do elétron é o agente de oxidação ou oxidante. Os agentes redutores e oxidantes funcionam como pares conjugados de oxidação-redução ou pares redox (tradução livre do original: Lehninger, Principles of Biochemistry, 1982, p471).
Estrutura Secundária de Proteína
Nível da estrutura proteica em que, ao longo de uma sequência peptídica, há interações por pontes de hidrogênio; [estas interações se sucedem] regularmente [e envolvem] segmentos contíguos dando origem a alfa hélices, filamentos beta (que se alinham [lado a lado] formando folhas [pregueadas] beta), ou outros tipos de espirais. Este é o primeiro nível de dobramento [da cadeia peptídica que ocorre] na conformação proteica.
beta-Glucosidase
Exocelulase com especificidade para uma variedade de substratos beta-D-glucosídeos. Catalisa a hidrólise de resíduos terminais não redutores nos beta-D-glucosídeos com liberação de GLUCOSE. EC 3.2.1.21.
DNA
Polímero desoxirribonucleotídeo que é material genético primário de todas as células. Organismos eucariotos e procariotos normalmente contém DNA num estado de dupla fita, ainda que diversos processos biológicos importantes envolvam transitoriamente regiões de fita simples. O DNA, cuja espinha dorsal é constituída de fosfatos poliaçucarados possuindo projeções de purinas (adenina ou guanina) e pirimidinas (timina e citosina), forma uma dupla hélice que é mantida por pontes de hidrogênio entre as purinas e as pirimidinas (adenina com timina e guanina com citosina).
Pegada de DNA
Método para determinar a sequência específica de proteínas de ligação a DNA. A pegada de DNA utiliza um agente que danifica o DNA (ou um reagente químico ou uma nuclease), que cliva o DNA a cada par de base. A clivagem do DNA é inibida onde o ligante se liga ao DNA. (Tradução livre do original: Rieger et al., Glossary of Genetics: Classical and Molecular, 5th ed)
Transcrição Genética
Desnaturação Proteica
Purina-Núcleosídeo Fosforilase
Homologia de Sequência
Grau de semelhança entre sequências. Os estudos de HOMOLOGIA DE SEQUÊNCIA DE AMINOÁCIDOS e HOMOLOGIA DE SEQUÊNCIA DO ÁCIDO NUCLEICO fornecem informações genéticas úteis sobre a relação entre os genes, produtos gênicos e espécies.
Domínio Catalítico
Mutação
Maltose
Fatores de Elongação Ligados a GTP Fosfo-Hidrolases
Fatores que utilizam energia da hidrólise do GTP a GDP para a elongação da cadeia peptídica. EC 3.6.1.-.
DNA Topoisomerases Tipo I
DNA TOPOISOMERASE que catalisa a quebra, independente de ATP, de uma das duas fitas de DNA, seguida pela passagem da fita não quebrada através da quebra, e reajuntamento da fita quebrada. As enzimas DNA Topoisomerases Tipo I realiza reduzem o estresse topológico na estrutura do DNA através do relaxamento das voltas da super-hélice no DNA e dos anéis nodulares na hélice do DNA.
Proteína 1 de Manutenção de Minicromossomo
Proteína de ligação a DNA de sequência específica que desempenha um papel essencial como um regulador global no controle do ciclo de células de levedura. Contém um domínio MADS-box dentro de 56 aminoácidos dentro da porção N-terminal da proteína e é uma das quatro proteínas fundadoras que definem estruturalmente a superfamília de PROTEÍNAS DE DOMÍNIO MADS.
Fator 1 de Elongação de Peptídeos
Fator 1 de elongação de peptídeos é uma proteína com muitas subunidades, responsável pela ligação dependente de GTP, dos aminoacil-RNAt aos ribossomos de eucariotos. A subunidade alfa (EF-1alfa) se liga ao aminoacil-RNAt e o transfere para o ribossomo, num processo ligado à hidrólise do GTP. As subunidades beta e delta (EF-1beta, EF-1delta) estão envolvidas na conversão de GDP a GTP. A subunidade gama (EF-1gama) é um componente estrutural.
Álcool Desidrogenase
Origem de Replicação
Única sequência de DNA de um replicon, em que a REPLICAÇÃO DO DNA é iniciada e segue bidirecionalmente ou unidirecionalmente. Contém os sítios onde ocorre a primeira separação das fitas complementares, sintetiza-se um primeiro RNA, e ocorre a troca do primeiro RNA à síntese de DNA. (Tradução livre do original: Rieger et al., Glossary of Genetics: Classical and Molecular, 5th ed).
Trifosfato de Adenosina
Nucleotídeo de adenina contendo três grupos fosfatos esterificados à porção de açúcar. Além dos seus papéis críticos no metabolismo, o trifosfato de adenosina é um neurotransmissor.
Nucleotídeos
Unidades monoméricas das quais se constroem os polímeros de DNA ou RNA. Consistem de uma base purina ou pirimidina, um açúcar pentose e um grupo fosfato.
Pyrococcus furiosus
Espécie de archaea hipertermofílica, estritamente anaeróbia, que vive em sedimentos marinhos geotermicamente aquecidos. Exibem crescimento heterotrófico por fermentação ou por respiração sulfurosa.
Espectrometria por Raios X
Análise espectrofotométrica de RAIOS-X fluorescentes, isto é, raios-X emitidos após o bombardeio de matéria com partículas de alta energia como PRÓTONS, ELÉTRONS, ou raios-X de maior energia. A identificação de ELEMENTOS por esta técnica é baseada no tipo específico de raios-X que são emitidos que são característicos dos elementos específicos no material que estiver sendo analisado. Os raios-X característicos são distinguidos e/ou quantificados por métodos de dispersão de comprimento de onda ou de energia.
Cromatografia em Gel
Complexo III da Cadeia de Transporte de Elétrons
Complexo enzimático de múltiplas subunidades que contém GRUPO DOS CITOCROMOS B, citocromo c1 e centros de ferro-enxofre. Este complexo catalisa a oxidação de ubiquinol à UBIQUINONA e transfere os elétrons ao CITOCROMO C. Na mitocôndria, a reação redox é acoplada ao transporte de PRÓTONS através da membrana mitocondrial interna.
Subunidades Proteicas
Mathanococcus
Óperon
Em bactérias, um grupo de genes metabolicamente relacionados com um promotor comum, cuja transcrição em um único RNA MENSAGEIRO policistrônico está sob controle de uma REGIÃO OPERADORA.
Succinato Desidrogenase
Adutos de DNA
Produtos de reações químicas que resultam na adição de grupos de substâncias químicas estranhas ao DNA.