Bakterieproteiner som utnyttjas av bakteriofager för att införliva sitt DNA i värdbakteriens DNA. De är DNA-bindande proteiner som spelar en roll både för genetisk rekombination och i regleringen av transkription och translation.

Proteiner förekommande hos någon bakterieart.

En tempererad, inducerbar bakteriofag som utgör typarten av släktet lambdaliknande fager i familjen Siphoviridae. Dess naturliga värd är E. coli K12. Viruspartikeln innehåller linjärt, dubbelsträngat DNA med undantag för 12 komplementbaser vid 5´-änden av polynukleotidkedjorna. Vid infektion sluter sig DNA i cirkel.

En art gramnegativa, fakultativt anaeroba och stavformade bakterier som normalt förekommer i den nedre delen av tarmkanalen hos varmblodiga djur. Vanligtvis är den inte patogen, men vissa stammar kan ge upphov till diarré och variga infektioner. Syn. E. coli.

Proteiner som binder till DNA. Till denna familj hör proteiner som binder till såväl dubbelsträngat som enkelsträngat DNA, och den omfattar även specifika DNA-bindande proteiner i serum som kan användas som markörer för tumörsjukdomar.

Purin- och pyrimidinföljden i nukleinsyror och polynukleotider. Kallas även nukleotid- eller nukleosidsekvens.

RNA polymerase sigma 54 är ett transkriptionsinitieringsfaktorprotein som hjälper till att kontrollera genuttrycket hos bakterier. Det binder till RNA-polymeras holoenzym och hjälper det att binda till specifika promotorregioner på DNA-molekylen, vilket initierar transkriptionen av genen till mRNA. Sigma 54 är involverat i regleringen av en rad cellulära processer, inklusive metabolism, sporulation och stressrespons.

De processer genom vilka cytoplasmatiska eller intercellulära faktorer inverkar på differentieringsstyrningen av genaktiviteten hos bakterier.

Beskrivningar av specifika sekvenser av aminosyror, kolhydrater eller nukleotider som publicerats och/eller deponerats och hålls tillgängliga i databaser som t ex Genbank, EMBL, NBRF eller andra sekvensdataarkiv.

Deoxiribonukleinsyra (arvsmassa) hos bakterier.

"Pseudomonas putida" är en gramnegativ, aerob bakterie som förekommer i naturen, särskilt i fuktiga miljöer som jord, vatten och på planter. Den är känd för sin förmåga att bryta ned en mängd olika organiska ämnen och kan orsaka infektioner hos människor, men detta är sällsynt.

I en enkel mening kan promotorregionen inom genetiken definieras som den del av ett genetiskt material (DNA) där transkriptionsfaktorer binder till att initiera transkriptionen av ett specifikt gen. Promotorregionen ligger vanligtvis uppströms (5'-ändan) av det gen som ska transkriberas och innehåller ofta cis-regulatoriska element som reglerar genuttrycket genom att påverka bindningen av RNA-polymeras II, enzymet ansvarigt för transkriptionen av protein kodande gener.

En plasmid är en liten, cirkulär dubbelsträngad DNA-molekyl som kan replikera självständigt och förekommer hos bakterier och andra encelliga organismer. Plasmider kan överföras mellan celler och innehåller ofta gener som ger resistens mot antibiotika eller kodar för toxiner. De används också i molekylärbiologi som vektorer för kloning av gener.

Särskilda platser på såväl bakterie- som bakteriofag-DNA-molekyler, vid vilka fag-DNA genom rekombination integreras med bakterie-DNA.

Rekombinaser som infogar exogent DNA i värdgenom. Exempel är proteiner som kodas av polgenen hos Retroviridae och även latenta bakteriofager, varav bakteriofag lambda är mest känd.

En oplacerad temperad colifag tillhörande familjen Myoviridae med en linjär, dubbelsträngad DNA-molekyl som slumpmässigt kan tränga in vid vilken punkt som helst på värdkromosomen. Den ger ofta upphov till mutationer genom att störa bakteriens operon vid angreppspunkten.

Proteiner från Escherichia coli.

De reaktiva områden på en makromolekyl som är direkt envolverade i dess specifika sammankoppling med en annan molekyl.

Ett operon är ett genkluster i prokaryota celler, som består av en grupp reglerade strukturgener och ett operatörregion som kontrolleras av ett gemensamt promotorområde, vilket tillåter koordinerad transkription av flera gener under kontroll av samma regulatorprotein.

Den genetiska massan hos bakterier.

Virusintegration, eller viralt integrering, är ett tillstånd där genomet från ett virus integrerats in i värdcellens DNA. Detta sker oftast med retroviruses, som HIV, då de har en speciell enzymkomplex kallad integras som insnöder viralgenomet in i värddjurscellens genetiska material. När virusets genomer är integrerade i värdcellen kan de använda värdcellens cellmaskineri för att producera nya viruspartiklar, vilket kan leda till spridning av viruset till andra celler. Virusintegration kan också påverka värdcellens funktion och i vissa fall orsaka onkogenesis, eller cancerutveckling.

En metod för bestämning av sekvensspecificitet för proteiner som binder till DNA. Vid DNA-fotavtryck används något DNA-nedbrytande medel (kemikalie eller nukleas), som klyver alla basparen. Vid bindningsställena för proteinet i fråga sker ingen klyvning.

Ett rikligt förekommande DNA-bindande protein, som särskilt kommer till uttryck i samband med bakteriers tillväxtfas. Proteinet spelar roll för reglering av DNA-topologin och aktivering av den ribosomala RNA-transkriptionen. Det påvisades ursprungligen som en nödvändig faktor för inversionsstimulering genom Hin-rekombinas hos Salmonella och Gin-lägesspecifikt rekombinas hos bakteriofag Mu.

Enzymer som katalyserar infogandet av deoxiribonukleotider i en DNA-kedja. EC 2.7.7.-.

I en enkel mening kan "nukleinsyrakonfiguration" referera till den specifika rymden eller position som en nukleotid eller ett baspar tar upp i en nukleinsyra, såsom DNA eller RNA. Detta inkluderar vilken sida av strängen varje nukleotid befinner sig på, och i vilket läge de är rotade. I DNA utgörs konfigurationen ofta av en dubbelhelix med antiparallella strängar, där varje baspar består av en adenin (A) som parar sig med en timin (T), och en guanin (G) som parar sig med en cytosin (C). I RNA är konfigurationen ofta en enkelsträngad helix, där uracil (U) ersätter timin (T) som basparningspartner till adenin (A).

Genetisk transkription är ett biologiskt process där DNA-sekvensen kopieras till en mRNA-sekvens (meddelande RNA) med hjälp av enzymet RNA-polymeras, vilket möjliggör syntesen av proteiner.

Enskilda segment av DNA som kan falla ut och återinlämmas på annan plats i genomet. De flesta är inaktiva, dvs att de inte påträffats i annat än sitt integrerade tillstånd. Till de omflyttningsbara DNA-segmenten hör IS("insertion sequence")- och Tn-enheterna hos bakterier, Ac- och Ds-sekvenserna hos majs, P-, gypsy- och pogosekvenserna hos Drosophila, Tiggersekvenserna hos människa samt Tc- och marinersekvenserna, vilka förekommer i hela djurriket.

Ett enzym med förmåga att hydrolysera starkt polymeriserat DNA genom att bryta fosfodiesterbindningar, företrädesvis vid en pyrimidinnukleotid. Sålunda katalyseras endonukleolytisk klyvning av DNA, vilket ger 5'-fosfodi- och oligonukleotidslutprodukter. Enzymet verkar främst på dubbelsträngat DNA. EC 3.1.21.1.

En grupp enzymer som katalyserar DNA-mallstyrd förlängning av 3'-änden av en RNA-sträng med en nukleotid åt gången. De kan initiera en helt ny sträng. Hos eukaryoter har tre former av enzymet kunnat särskiljas utifrån känslighet för alfa-amanitin och den typ av RNA som syntetiseras. EC 2.7.7.6.

"Genetisk rekombination är ett naturligt fenomen där gener kombineras och omordnas på något sätt för att bilda ny DNA-sekvens. Detta kan ske genom olika mekanismer, till exempel crossing over under meios eller via specifika enzymer som kan klippa och klistra ihop DNA-strängar på nya sätt. Genetisk rekombination är viktig för genetisk variation och evolution."

En transposase är ett typ av enzym som orsakar överflyttning (transposition) av en sekvens av DNA inom eller mellan gener genom att skapa en kopia av sig själv och infoga den på en ny plats i genomet.

I biokemi, er en sigma-faktor (σ-faktor) et specifikt protein som binder sig til RNA-polymeraset i bakteriers celler. Denne bindingen øker RNA-polymerasens transkriptionsaktivitet og hjælper med at regulere udtrykket af visse gener under forskellige celleforhold, såsom stres, celledeling eller næringsmangel. Sigma-faktorer er essentielle for korrekt initiering af transkriptionen og kan have forskellige speциfiske roller i reguleringen af forskellige gener. Der findes flere forskellige typer sigma-faktorer, hver med deres egen specifiske rolle i transkriptionsreguleringen.

Fenomenet att en fag tar plats i värdbakteriens DNA och etablerar ett slags symbios mellan profagen och bakterien, vilket resulterar i att profagen förevigas i kommande bakterieceller. Vid aktivering av viruset genom olika utlösande faktorer, som t ex ultraviolett strålning, frigörs fagen, blir virulent och löser upp bakterien.

Ringformat, supertvinnat duplex-DNA som isolerats från virus, bakterier och mitokondrier. Denna superhelixform av DNA har tillgång till fri energi. Under transkriptionsfasen är omfattningen av RNA-initiering proportionell mot superhelixgraden hos DNA:t.

En transkriptionsregulator hos prokaryoter som verkar vid flera promotorer, sedan den aktiverats genom bindning till cykliskt AMP (cAMP). Detta receptorprotein identifierades ursprungligen som ett katabolismgenaktiveringsprotein. Det har senare visat sig reglera flera funktioner ej förknippade med katabolism, samt att fungera som såväl negativ som positiv transkriptionsregulator. Hit räknas inte cellytereceptorer för cyklist AMP (cykliskt AMP-receptorer) eller eukaryota cytoplasmatiska cAMP-receptorproteiner, vilka utgör regulatorenheterna hos cAMP-beroende proteinkinaser.

Deoxiribonukleinsyra som utgör arvsmassan hos virus.

"Proteinbindning refererar till den process där ett protein binder specifikt till ett annat molekylärt substance, såsom en liten molekyl, ett annat protein eller en jon, vanligtvis genom non-kovalenta interaktioner som hydrogenbindning, Van der Waals-kräfter och elektrostatiska attraktioner. Denna bindning kan regulera funktionen hos det bundna substanceet och är av central betydelse för många biologiska processer, inklusive signaltransduktion, enzymsk aktivitet och transport av molekyler inom cellen."

Restriktionskartläggning är en molekylärbiologisk metod som används för att bestämma den exakta ordningen av gener och andra sekvenser på ett DNA-molekyl, genom att karta positionerna för specifika restriktionsenzymer som kan klippa sönder DNA-strängarna vid vissa sekvensspecifika ställen.

Varje påvisbar och ärftlig förändring i det genetiska materialet som medför ändrad genotyp och som överförs till dotterceller och efterföljande generationer.

Aminosyrors ordningsföljd i en polypeptidkedja. Den utgör proteiners primärstruktur och är av avgörande betydelses för proteinkonfigurationen.

Virus med Escherichia coli som värdorganism.

Transkriptionsfaktorer är proteiner som binder till DNA-regulatoriska sekvenser och kontrollerar transkriptionen av gener, vilket påverkar syntesen av specifika proteinmolekyler i cellen.

I medicine, er R-faktorer (Resistansfaktorer) et tal som beskriver graden av resistens hos bakterier eller andre mikroorganismer overfor antibiotika og andre antimikrobielle medisiner. Det oppgis som en verdi som viser hvor mange ganger større resistans en bakteriestam har i forhold til en standardstamme.

Regulatoriska sekvenser inom nukleinsyramolekyler refererar till specifika DNA-sekvenser som kontrollerar genuttryck och -regulering genom att interagera med proteiner, såsom transskriptionsfaktorer och enzym, för att modulera transkriptionen av gener till mRNA. Dessa sekvenser inkluderar promotor- och enhancersekvenser, silencersekvenser, intron-exonspecifika sekvenser och andra cis-regulatoriska element som påverkar genuttrycket i rymden och tiden.

Betagalaktosidas är ett enzym som bryter ned specifika sockerstrukturer, så kallade betagalaktosider, genom att hydrolysera (splittra) deras glykosidbindningar. Det används inom forskning och diagnoser av olika medicinska tillstånd, exempelvis visar ökat aktivitet av betagalaktosidas på förekomsten av certaina genetiska sjukdomar som Gaucher sjukan och Parkinson's disease.

En teoretiskt representativ nukleotid- eller aminosyrasekvens, i vilken varje nukleotid eller aminosyra är den vanligast förkommande på den platsen i de olika sekvenser som förekommer i naturen. Benämningen används också för en sekvens som är nära överensstämmande med den teoretiska konsensussekvensen. En känd uppsättning bevarade sekvenser representeras av en konsensussekvens. Aminosyramotiv bildas ofta av bevarade sekvenser.

En parasexuell mekanism hos bakterier, alger, svampar och flimmerhårförsedda protozoer för överföring av kromosommaterial vid sammansmältning av två celler. Hos bakterier är överföringen enkelriktad, hos protozoer är utbytet dubbelriktat. Hos alger och svampar utgör utbytet av genetiskt material en form av fortplantning, genom att han- och honceller förenas.

I molekylærbiologi, refererer "replikationsorigin" specifikt til den position på en delt genetisk materiale (såsom en DNA-molekyle) hvor replikationen begynder under celledelingen. Det er typisk et kort sekvensområde, der indeholder nøglesequencer, som rekrutterer og aktiverer enzymer, der udfører processen med at skabe to identiske kopier af originalmaterialet. Replikationsoriginen er essentiel for cellens evne til at fordoble sit genetiske materiale korrekt og sikre arvemassens overførsel fra modercellen til dattercellerne under celldelingen.

"Virusproteiner" refererer til proteiner som produceres af et virus for å fullføre sin infeksjonsprosess og reproducerer seg i værtsorganismen. Disse proteinet kan ha ulike funksjoner, såsom å binde til værtscellene for å fremme infeksjonen, å beskytte virusgenomet under overføringen mellom værter eller å hjelpe med replikasjonen av viruset.

Enzymer som underlättar upptvinning av duplex-DNA under replikationsfasen genom att binda till enkelsträngade DNA-områden eller till korta sträckor av duplex-DNA som tillfälligt är öppna. EC 5.99.-.

Rekombinanta fusionsproteiner är proteiner som skapats genom att kombinera genetiska sekvenser från två eller fler olika proteinmolekyler, vilket resulterar i en hybridprotein med unika funktionella egenskaper. Genetisk manipulation används för att fusionera generna på ett sådant sätt att de uttrycks som ett enda proteinskapsel i värdenorganismen. Dessa tekniker används ofta inom biomedicinsk forskning för att undersöka proteininteraktioner, skapa nya diagnostiska verktyg och utveckla terapeutiska läkemedel.

En grupp enzymer som katalyserar den endonukleolytiska delningen av DNA. De omfattar enzymklasserna EC 3.1.21.-, EC 3.1.23.- (DNA-restriktionsenzymer), EC 3.1.24.- (DNA-restriktionsenzymer) och EC 3.1.25.-.

Tillförsel av molekyler av rekombinant DNA från prokaryota eller eukaryota källor till replikationsvektorer, så som plasmider eller virus, och införande av de härvid erhållna hybridmolekylerna i mottagarceller, utan att livsdugligheten hos dessa celler ändras.

Process som leder till genetisk mutation. Den kan uppstå spontant eller inledas av s k mutagener.

'Värd-patogenförhållanden' refererar till det komplexa interaktionsmönstret mellan en patogen (en mikroorganism som kan orsaka sjukdom) och dess värd (vanligtvis ett djur, inklusive människor), inbegripet värdens immunrespons, patogens infektionsstrategier och sjukdomsmekanismer, samt eventuella påverkan av värden på patogenens virulens och överlevnad.

En livsmiljö utan syrgas.

Mångfaldigande av en DNA-molekyl.

Gener som reglerar eller begränsar andra geners aktivitet, i synnerhet gener som kodar för proteiner (repressor- och aktivatorproteiner), vilka styr den genetiska transkriptionen av strukturella eller reglerande gener.