Biosyntetiska banor
Molekylsekvensdata
Beskrivningar av specifika sekvenser av aminosyror, kolhydrater eller nukleotider som publicerats och/eller deponerats och hålls tillgängliga i databaser som t ex Genbank, EMBL, NBRF eller andra sekvensdataarkiv.
Streptomyces
Streptomyces är ett släkte av grampositiva, strikt aeroba bakterier som tillhör ordningen Actinomycetales. Dessa bakterier är kända för sin förmåga att producera en rad olika antibiotika och andra bioaktiva metaboliter, vilket gör dem viktiga inom biomedicinsk forskning. Streptomyces-arterna har en komplex livscykel som inkluderar sporbildande hyfer och vegetativa mycel. De förekommer naturligt i en rad olika miljöer, till exempel jord, vatten och på levande växter.
Ferrokelatas
Ett enzym som är allmänt utbrett i celler och vävnader. Det är beläget i det inre mitokondriemembranet och katalyserar bildandet av hem från protoporfyrin IX och tvåvärda järnjoner i slutstadiet av hembiosyntesen. EC 4.99.1.1.
Multigenfamilj
En uppsättning gener som genom mångfaldigande och variation härstammar från någon ursprunglig gen. Sådana gener kan sitta tillsammans på samma kromosom eller vara utspridda på olika kromosomer. Exempel på multigenfamiljer är de som kodar för hemoglobiner, immunglobuliner, histokompatibilitetsantigener, aktiner, tubuliner, keratiner, kollagener, stressproteiner, salivproteiner, korioproteiner, membranproteiner, ägguleproteiner och faseoliner, och även histoner, ribosom-RNA och tRNA-gener. De tre senare utgör exempel på upprepningsgener, av vilka det finns hundratals identiska i tandemformationer.
Aminosyrasekvens
Molekylstruktur
Mutation
Oxidoreduktaser
Kloning, molekylär
Tillförsel av molekyler av rekombinant DNA från prokaryota eller eukaryota källor till replikationsvektorer, så som plasmider eller virus, och införande av de härvid erhållna hybridmolekylerna i mottagarceller, utan att livsdugligheten hos dessa celler ändras.
Kolibakterie
Alkyl- och aryltransferaser
En något heterogen klass av enzymer som katalyserar överföringen av alkyler eller liknande grupper (utom metylgrupper). EC 2.5.
Karotenoider
Starkt gulröda, fettlösliga färgämnen som strukturellt liknar karoten. De utgörs av alifatiska kolväten med en polyisoprenbas och förekommer i växter, djur och mikroorganismer och omfattar t ex betakaroten och de olika xantofyllerna. Av de mer än 600 kända karotenoiderna återfinns ca 10 % i växtriket.
Hexosaminer
Hexosaminers är en grupp av aminosocker som innehåller en aminogrupp (−NH2) och sex kolatomer (hexos). De förekommer naturligt i kroppen och har viktiga funktioner, till exempel som en del av strukturella komponenter i cellmembranet och som signalmolekyler. Hexosamin är också en del av vissa proteoglykaner och glykoproteiner.
Polyketides
Polyketides are a diverse group of natural compounds synthesized biochemically by a modular assembly line process that involves the condensation of acetate or propionate units. These complex molecules are produced by various organisms, including bacteria, fungi, and plants, and have significant medical and pharmaceutical importance due to their wide range of bioactivities, such as antibiotic, antifungal, anticancer, and immunosuppressant properties. Polyketides' structural diversity arises from the different combinations of building blocks, the length and type of the carbon chain, and the various tailoring modifications during their biosynthesis.
Antocyaniner
Glykosidhaltiga färgämnen i blå, röda och lila blommor. De påträffas också som ämnesomsättningsprodukter i blod och urin.
Tetrapyrroler
Tetrapyrroler är en grupp organiska föreningar som innehåller en tetrapyrrolring, det vill säga en ringstruktur bestående av fyra pyrrolenheter kopplade till varandra via kol-kolbindningar. Denna struktur är central för många biologiskt viktiga molekyler, bland annat hem-gruppen i hemoglobin och cytochrom-gruppen i cytochrom P450 enzymkomplexet. Tetrapyrroler deltar också i fotosyntesen som central komponent i klorofyllmolekylen.
Hydrolyaser
Test för genetisk komplementering
Ett test för att avgöra om komplementering (dominant kompensation) kommer att äga rum i en cell med en given mutantfenotyp när ett annat muterat genom, som kodar för samma fenotyp, förs in i cellen.
Oxidoreductases Acting on CH-CH Group Donors
'Oxidoreductases Acting on CH-CH Group Donors' är ett samlingsnamn inom nomenklatur för en grupp enzymer som katalyserar oxidation-reduktionsreaktioner där kol-kol-bindningar (CH-CH) i organiska substance är donatorer av elektroner. Detta innebär att de hjälper till att överföra elektroner från en kolatom till en annan, vilket ofta leder till bildandet eller brytandet av kol-kol-bindningar. Exempel på enzymer som faller under denna kategori är dekarboxylaser och oxidaser.
Peptidsyntaser
En peptidsyntase är ett enzym som katalyserar reaktioner involverade i skapandet av peptidbindningar mellan aminosyror för att bilda peptider eller proteiner.
Bassekvens
Mevalonsyra
Terpener
Terpenes are a class of organic compounds produced by a variety of plants, including conifers, citrus fruits, and cannabis. They are the primary components of essential oils and contribute to the aroma and flavor of these plants. Terpenes have been found to have potential medicinal properties, such as anti-inflammatory, analgesic, and antimicrobial effects. However, more research is needed to fully understand their therapeutic potential and safety profile in humans.
Lyaser
En klass av enzymer som katalyserar klyningen av C-C, C-O och C-N, och andra bindningen på andra sätt än genom hydrolys eller oxidation. EC 4.
Protoporfyrinogenoxidas
Protoporphyrinogen oxidase är ett enzym som spelar en viktig roll i hemgruppsyntesen, det metaboliska processen där hemgruppen bildas. Hemgruppen är en prostetisk grupp som förekommer i flera olika enzymer, bland annat cytochrom c och hemoglobin. Protoporphyrinogen oxidase katalyserar den sista steget i syntesen av protoporfyrin IX, vilket är en direkt föregångare till hemgruppen. Defekter i genen för detta enzym kan leda till olika ärftliga sjukdomar, såsom erytropoetisk protoporfyri och variegater porfyri.
Sekvenshomologi, aminosyra
Aminosyresekvenshomologi refererer til den grad af lighed i rækkefølgen af aminosyrerne, der udgør proteiner hos to eller flere organismer. Jo større antal identiske aminosyrer i samme position i de sammenlignede sekvenser, des højere er graden af homologi. Dette begreb anvendes ofte i molekylærbiologien for at fastslå evolutionæ forhold og funktionelle egenskaber hos proteiner.
Metabolic Engineering
Metabolic engineering är ett forskningsområde där man använder tekniker inom molekylärbiologi, genetik och bioinformatik för att systematiskt modifiera metaboliska vägar i celler, med syfte att optimera produktionen av specifika metaboliter eller förändra cellens fenotyp på ett önskvärt sätt. Detta kan exempelvis innebära att introducera nya enzymer eller regulatoriska element i cellen, för att styrka eller försvaga vissa metaboliska reaktioner, eller att blockera oönskade biverkningar. Metabolic engineering används inom flera områden, till exempel för att producera biobränslen, farmaceutiska preparat och industriella kemikalier i celler.
Substratspecificitet
Substratspecificitet beteferrer sig inom farmakologi och enzymologi till den egenskap hos ett enzym eller en receptor där det endast binder till och katalyserar (eller påverkar) vissa specifika substanser, molekyler eller läkemedel, känt som substrat. Det innebär att en given enzymtyp endast är aktivt mot en begränsad grupp av kemiska föreningar som har en viss strukturell och kemisk likhet. Substratspecificiteten bestäms av enzymernas tredimensionella struktur och den del av substratmolekylen som interagerar med aktiva sitet på enzymet.
Antrakinoner
Tiamin
Tiamin, även känt som vitamin B1, är ett vattenlösligt vitamin som spelar en viktig roll i energimetabolismen, särskilt vid nedbrytningen av kolhydrater till energi. Det är också involverat i nervsystemets funktion och hjärt-kärlsystemet. Tiamin finns naturligt i livsmedel som hela grönsaker, frukt, nötter, frön, kött, fisk och ägg. Undervikt, trötthet, minnesförlust och neurologiska symptom kan vara tecken på ett tiaminbristtillstånd.
Glykosyltransferaser
Aspartat-semialdehyddehydrogenas
Reglering av genuttryck, växter
De processer genom vilka cellkärnors, cytoplasmatiska eller intercellulära faktorer inverkar på differentieringsstyrningen av genaktiviteten hos växter.
Nukleosid Q
Intramolekylära transferaser
Högtrycksvätskekromatografi
Acyltransferaser
Metyltransferaser
En undergrupp enzymer av transferasklassen som katalyserar överföringen av en metylgrupp från en förening till en annan. EC 2.1.1.
Arabidopsis
Ett släkte blommande växter i den norra tempererade zonen. Arten A. thaliana används för växtgenetiska studier.
Intramolekylära lyaser
Växtproteiner
'Växtproteiner' är proteiner som härstammar från växter, och de utgör en viktig källa till näringsprotein för människor.
Karboxilyaser
5-aminolevulinatsyntetas
Ett enzym i transferasklassen som katalyserar kondensationen av succinylgruppen från succinylkoenzym A med glycin vid bildandet av delta-aminlevulinat. Det är ett pyridoxylfosfatprotein, och reaktione n äger rum i mitokondrierna som det första steget i hembiosyntesen. Enzymet har en nyckelroll i reglerandet av hembiosyntesen och, åtminstone i levern, "feedback"-hämmas av hem.
Koproporfyrinogenoxidas
Metabola nätverk och banor
Reglering av genuttryck, bakterier
Växtgener
Arvsmassan hos växter.
Genmanipulation
Hydroxylaser
En stor grupp enzymer som förmedlar oxidations-reduktionsreaktioner där en atom i en syremolekyl binds till det organiska substratet. Den reducerade syreatomen binds med väte och bildar vatten. Enzymerna kallas även monooxygenaser. Dessa reaktioner fordrar två substrat som reduktanter för var och en av de båda syreatomerna. Det finns olika klasser av enzymerna beroende på vilken typ av väteavgivande kosubstrat (koenzymer) som krävs för blandfunktionsoxidationen. EC 1.4 - 1.97.
Sekvensinpassning
I medicinen, refererar "sekvensinpassning" till processen av matchning eller korrelerande en genetisk sekvens, vanligtvis en DNA- eller RNA-sekvens, med en specifik referenssekvens, för att fastställa dess position, orientering och eventuella variationer i förhållande till den referenssekvensen. Detta används ofta inom genetisk forskning och klinisk diagnostik för att identifiera gener, mutationer eller polymorfismer som kan vara associerade med sjukdomar eller andra hälsotillstånd.
Ergosterol
Aflatoxiner
Glutamin-fruktos-6-fosfattransaminas
Betalainer
Betalainer är ett samlingsnamn för vattenlösliga, röd- till gulaktigt färgade pigment som huvudsakligen förekommer hos växter från Caryophyllales ordningen, såsom betsmarker och amarantväxter. De utgör en del av växternas naturliga försvar mot skadedjur och har också visat sig ha potential som antioxidativt och antiinflammatoriskt hälsomineral. Betalainer bör inte förväxlas med anthocyaniner, som är ett annat slags växtfärgämne men som tillhör en annan kemisk grupp.
Koenzym A
Aspartatkinas
Geranylgeranyl-Diphosphate Geranylgeranyltransferase
Geranylgeranyl-diphosphate geranylgeranyltransferase (GGGP-GGGT) är ett enzym som katalyserar den första och ratebestämmande reaktionen i prenileringen av proteiner, där geranylgeranyldifosfat (GGPP) adderas till ett protein. Detta enzym spelar en viktig roll inom cellulär trafficking och signaltransduktion genom att aktivera proteiner som kräver prenylering för sin funktion, såsom Ras-proteiner.
Transaminaser
Transaminaser, också kända som aminotransferaser, är en grupp av enzymer som hjälper till att katalysera överföringen av aminosyror mellan olika molekyler i kroppen. De flesta transaminaserna finns i levern, men de kan även påträffas i andra delar av kroppen, såsom hjärtat, musklerna och njurarna. Ökade nivåer av transaminaser i blodet kan vara ett tecken på skada eller sjukdom i levern eller andra organ.
Alkoholoxidoreduktaser
En underklass av enzymer omfattande alla dehydrogenaser med verkan på primära och sekundära alkoholer samt hemiacetaler. Enzymerna kan klassificeras beroende på acceptor, som kan vara NAD+ eller NADP+ (underklass 1.1.1), cytokrom (1.1.2), syre (1.1.3), kinon (1.1.5) eller någon annan acceptor (1.1.99).
Hem
Pantotensyra
Pantothensyra, även känt som vitamin B5, är ett vattenlösligt vitamin som spelar en central roll i cellernas metabolism, särskilt beträffande fettsyrors, kolhydraters och proteiners nedbrytning och syntes. Det är essentiellt för produktionen av koenzym A, ett viktigt koenzym involverat i flera katalytiska processer i cellen.
Erytritol
Steroler
Reglering av genuttryck, enzymer
Gendeletion
Omfördelning av gener till följd av bortfall av DNA- eller RNA-segment, vilket leder till att sekvenser som normalt befinner sig på avstånd från varandra hamnar nära varandra. Bortfallet kan påvisas med hjälp av cytogenetiska metoder, och man kan även sluta sig till det från fenotypen, antydande bortfall på en bestämd plats.
Polyisoprenylfosfater
Polyisoprenylfosfater är en typ av organisk förening som innehåller en lång, icke-ramifierad polymer av isoprenenheter som är kovalent bunden till en fosfatgrupp. De förekommer naturligt i celler och är involverade i olika cellulära processer, såsom proteinsyntes och modifikation. Exempel på polyisoprenylfosfater inkluderar dolicholfosfater och undekaprenylfosfat.
Rekombinanta proteiner
Rekombinanta proteiner är proteiner som innehåller sekvenser från två eller flera olika källor, vanligtvis genom genetisk manipulation i laboratorium. Genom användning av rekombinant-DNA-teknik kan man kombinera gener från olika organismer för att skapa en ny gen som kodar för ett protein med önskade egenskaper. Detta är en viktig metod inom biomedicinsk forskning och används bland annat för produktion av läkemedel, diagnostiska verktyg och för studier av proteiner och deras funktioner.
Cysteinsyntas
Enzym som i mikroorganismer och växter katalyserar biosyntesen av cystein från O-acetyl-L-serin och vätesulfid. EC 4.2.99.8.
Masspektrometri
Difosfotransferaser
En klass av fosfotransferaser som katalyserar överföring av difosfathaltiga grupper. EC 2.7.6.
Uridindifosfat N-acetylglukosamin
Uridindifosfat N-acetylglukosamin (UDP-GlcNAc) är ett aktivt nucleotidsuger som spelar en central roll i processen med protein glykosylering, en posttranslationell modifikation av proteiner i cellen. Det utgör substrat för att överföra N-acetylglukosamin till asparaginrester på proteinkedjan, vilket är den första steget i syntesen av komplexa glykanstrukturer som katalyseras av enzymer i det endoplasmiska retiklet och Golgiapparaten. UDP-GlcNAc produceras från glukos-6-fosfat via flera steg som inkluderar acetylcoenzym A och uridintrifosfat som donorer av substrat.
Koproporfyrinogener
En grupp intermediära porfyrinogener i hembiosyntesen. De har fyra metyl- och fyra propionsyrasidokedjor kopplade till pyrrolringarna. Koproporfyrinogen I och III bildas i närvaro av uroporfyrinogendekarboxylas från det aktuella uroporfyrinogenet. De kan ge koproporfyriner genom autooxidation eller protoporfyrin genom oxidativ dekarboxylering.
Hydroximetylbilansyntas
Ett enzym som katalyserar tetrapolymeriseringen av monopyrrolen porfobilinogen till att ge hydroximetylbilanen preuroporfyrinogen (se uroporfyrinogener) i flera diskreta steg. Det är det tredje enzymet i åttaenzymsbiosyntesen av hem. Hos människor leder brist på detta enzym, kodat av HMBS- eller PBGD-genen, till en form av neurologisk porfyri, akut intermittent porfyri. EC 2.5.1.61.
Serin-O-acetyltransferas
'Serin-O-acetyltransferase' (SAT) er ein viktig enzym i syntesen av glycin, som er en grunnleggjande aminosyre. SAT katalyserer overføringa av en acetylgruve fra acetyl-CoA til en serin-rest i en reaksjon som fører til danningen av den intermedierte forbindelsen S-acetylert serin. Denne forbindelsen blir deretter omsatt til glycin og acetat i et senere steg i syntesen. SAT finnes i flere former, og noen av dem er involvert i reguleringen av neurotransmittersyntese i hjerna.
Catharanthus
Catharanthus är ett släkte växter inom familjen oleanderväxter (Apocynaceae). Den mest kända arten inom släktet är Catharanthus roseus, även kallad Madagaskarrosen eller periwiglilja. Denna art är välkänd för sina medicinska egenskaper, framför allt som en källa till flera alkaloider med medicinskt intresse, däribland vinblastin och vinkristin. Dessa ämnen används inom cancerbehandling, specifikt för att behandla leukemi och lymfom.
Dihydrodipicolinate Reductase
Dihydrodipicolinate reductase är ett enzym involverat i syntesen av essentiella aminosyran lysin hos bakterier och växter. Det katalyserar reduktionen av 2,3-dihydrodipicolinat till tetrahydrodipicolinat, som är en viktig prekursor i lysinsyntesvägen. Inhibitorer av detta enzym kan användas som antibiotika eftersom de blockerar bakteriers förmåga att syntetisera lysin, vilket är nödvändigt för deras överlevnad.
Magnetisk resonansspektroskopi
Multienzymkomplex
System av enzym som verkar i följd genom att katalysera på varandra följande reaktioner sammankopplade med gemensamma metabola intermediärer. De kan medverka i en enkel omsättning av vattenmolekyler eller väteatomer, eller vara förknippade med stora supramolekylära strukturer som mitokondrier eller ribosomer.
Pantetein
Pantothenat, även känt som vitamin B5, är ett vattenlösligt vitamin som spelar en central roll i cellernas metabolism. Det är en essentiell komponent i koenzym A (CoA), som är involverad i flera metabolsra processer såsom syntesen av fettsyror, kolesterol och neurotransmittorer, samt nedbrytningen av kolhydrater och fetter till energibärande molekyler. Pantothenat förekommer naturligt i många livsmedel som kött, fisk, grönsaker, frukt och spannmål.
Saccharomyces cerevisiae
Modeller, kemiska
Biokatalys
En biokatalys, även känd som ett enzym, är ett protein som accelererar en biokemisk reaktion genom att sänka aktiveringsenergibehovet för reaktionen. Denna minskning av energi krav gör det möjligt för reaktionen att fortgå under mildare betingelser, såsom fysiologiska temperaturer och pH-värden, jämfört med obehindrade reaktioner. Biokatalysörer är specifika för de reaktioner de katalyserar och ökar ofta reaktionshastigheten av många magnituder. De spelar en avgörande roll i alla levande system genom att underlätta metabolismen och andra biokemiska processer.
Fytosteroler
Fytosteroler är ett samlingsnamn för de pflanliga steroler som förekommer naturligt i växter och har en kemisk struktur som liknar människans kolesterol. De flesta vanligt förekommande fytosterolerna inkluderar sitosterol, campesterol och stigmasterol. Fytosteroler är viktiga komponenter i växternas celmembraner och har visat sig ha potential som kolesterolsenkande medel hos människor när de konsumeras i form av en balanserad diet.
Pyrrolnitrin
Modeller, molekylära
2-isopropylmalatsyntas
Taxus
Glykosylering
Kemisk eller biokemisk koppling av kolväte- eller glykosylgrupper till andra ämnen, särskilt peptider eller proteiner. Glykosyltransferaser förmedlar denna biokemiska reaktion.
Mögelsvamp
DNA-sekvensanalys
Isoleucin
Transferaser
Enligt IUPAC (International Union of Pure and Applied Chemistry) definieras en transferas som: "En enzym som katalyserar överföringen av en funktionell grupp (-X), till exempel en metyl-, acetyl- eller aminosgrupp, från ett donorsubstrat till ett acceptorsubstrat, vanligtvis en molekyl med en aktivt hydroxyl (-OH) eller amino (-NH2) grupp." Transferaser utgör en av sex huvudklasser av enzymer enligt den systematiska EC-numreringen.
Cytokrom P-450
En stor grupp isoenzymer (hemproteiner) som utgör nyckelkomponenter i det flerfunktionsoxidassystem som dels ansvarar för biosyntesen av steroider, fettsyror och gallsyror, dels bioomvandlingen av många främmande föreningar till mutagena och cancerframkallande ämnen. De flesta däggdjur har ett flertal avlägset besläktade fenobarbitalinducerbara genunderfamiljer. De indelas efter sina sekvensöverensstämmelser snarare än efter sina funktioner i CYP-genfamiljer (>40% homologi) och underfamiljer (>59% homologi). CYP1-, CYP2- och CYP3-genfamiljerna står för större delen av läkemedelsmetabolismen. EC 1.13.-.
Koenzymer
En koenzym är ett organisk molekyl som hjälper till att aktivera enzym, en protein som accelererar kemiska reaktioner inom celler. Koenzymer binder till enzym vid en viss aktivt site och hjälper till att omvandla substrat, den ursprungliga molekylen som enzymet agerar på, till produkt, den slutgiltiga molekylen som bildas efter reaktionen. Koenzymer deltar ofta i oxidation-reduktionreaktioner och kan hjälpa till att överföra elektroner eller protoner mellan substrat. Ett exempel på en koenzym är NAD+ (nikotinamidadenindinukleotid), som hjälper till att överföra elektroner i cellandningen.
Plasmider
En plasmid är en liten, cirkulär dubbelsträngad DNA-molekyl som kan replikera självständigt och förekommer hos bakterier och andra encelliga organismer. Plasmider kan överföras mellan celler och innehåller ofta gener som ger resistens mot antibiotika eller kodar för toxiner. De används också i molekylärbiologi som vektorer för kloning av gener.
Isomeraser
En klass enzymer som katalyserar geometriska eller strukturella förändringar inom en molekyl, med en enda produkt som resultat. Reaktionerna medför inte någon nettoförändring i halten av föreningar, annan än substratet och produkten. EC 5.
Katalys
Petroselinum
Kolhydratsekvens
Ordningsföljden av kolhydrater i polysaccharider, glykoproteiner och glykolipider.
Hydroximetylglutaryl-CoA-reduktaser
Enzymer som katalyserar den reversibla reduktionen av alfakarboxylgruppen hos 3-hydroxi-3-metylglutarylkoenzym A till att ge mevalonsyra. EC 1.1.1.34.
Rauwolfia
Rauwolfia är ett släkte inom familjen potatisväxter (Solanaceae) som består av 60–70 arter. Det mest kända medlemmen i släktet är Rauwolfia serpentina, även kallad "indisk snokrot". Denna art har en lång historia inom traditionell indisk medicin och används som läkemedel mot en rad sjukdomar, framför allt hypertension (högt blodtryck) och neuropsykiatriska tillstånd som schizofreni. Den aktiva substansen i Rauwolfia serpentina är reserpin, ett alkaloid som påverkar centrala nervsystemet. Idag används reserpin mycket sällan inom modern medicin på grund av sin potential att orsaka kardiovaskulära biverkningar och extrapyramidala bieffekter (rörelserubbningar).
Glykosylfosfatidylinositoler
Biologiska produkter
Oxo-syra-lyaser
Mannosyltransferaser
Oxitetracyklin
"Oxitetracycliner är en grupp av brett verksamma antibiotika som står för sin bakteriestatiska aktivitet genom att hämma proteinsyntesen hos bakterier. De används vanligtvis för behandling av olika infektioner orsakade av både grampositiva och gramnegativa bakterier, såsom lunginflammation, hudinfektioner och urinvägsinfektioner. Oxitetracykliner har även visat sig vara verksamma mot vissa parasiter och protozoer."
Farnesyl-difosfatfarnesyltransferas
Acylbärarprotein
Består av en polypeptidkedja och 4´-fosfopantetein kopplade till en serinrest med en fosfodiesterbindning. Acylgrupper binds som tiolestrar till pantotenylgruppen. Acylbärarprotein ingår i alla steg i cytoplasmasystemets fettsyrasyntes.
Oxygenaser
ATP-fosforibosyltransferas
Protoporfyriner
Protoporfyriner är ett sällsynt medicinskt tillstånd orsakat av en genetisk mutation som resulterar i onormalt höga nivåer av ett pigment kallat protoporfyrin i kroppen. Denna störning inträffar under produktionen av hemgrupp, en komponent i hemoglobinet, och orsakas av en defekt i ett enzym som kallas ferrochelatas.
Ribosmonofosfater
Ribosomal monophosphates are chemical compounds that constitute the building blocks of ribonucleic acid (RNA) in a cell. Specifically, they refer to the monophosphate esters of ribose, a sugar, linked to one of the four nitrogenous bases found in RNA: adenine, guanine, cytosine, or uracil. These compounds are crucial for protein synthesis as they participate in the formation of ribosomes where translation of genetic information into proteins occurs.
Acetyltransferaser
Masskromatografi-Masspektrometri
Enzymer
Biologiska molekyler som har katalytisk verkan. De finns naturligt, men kan även syntetiseras. Enzymer utgörs vanligtvis av proteiner, dock har katalytiska RNA- och katalytiska DNA-molekyler påvisats.
Aminolevulinsyra
Ett mellanled i syntesen av hem, som fås från succinyl-CoA och glycin.
Hemiterpener
Terpenbyggstenarna med fem kolenheter som fås från mevalonsyra eller deoxixylulosfosfat.
3-deoxy-7-fosfoheptulonatsyntas
Penicillium chrysogenum
*Penicillium chrysogenum* är ett filamentöst svamparorganismer som tillhör den flercelliga djurrikets stam (Fungi). Det är välkänt för sin förmåga att producera penicillin, ett betydelsefullt β-laktamantibiotikum. Svampen förekommer naturligt i mark och luft och kan kolonisera en mångfald av substrat, inklusive livsmedel och foder. I industriell skala odlas *P. chrysogenum* ofta för penicillinproduktion som används i medicinska tillämpningar för behandling av bakteriella infektioner.
Kolhydratepimeraser
Växter
Kol-kväveligaser med glutamin som amid-N-givare
Modeller, biologiska
Inositol
Streptomyces antibioticus
'Streptomyces antibioticus' är en bakteriestam som tillhör släktet Streptomyces, och är känd för sin förmåga att producera ett flertal olika antibiotika, inklusive streptomycin. Detta gram-positiva bacteria hör till aktinobakteriarna och förekommer naturligt i jordmånens mikroflora. Den har använts kommersiellt för att producera antibiotika som används inom medicinen för behandling av olika infektioner orsakade av bakterier.
Bakterieklorofyll
Fotosyntespigment där pyrrolring II är mindre än hos växtklorofyll. Olika fotosyntetiska bakterier har olika arter av bakterieklorofyll.
Kol-syrelyaser
Aspergillus nidulans
Glykolipider
Seskviterpener
Thiosugars
Thiosugars, också kända som thioglycosider, är organiska föreningar som innehåller en sockerstruktur där en syreatom har ersatts av en svavelatom. Dessa ämnen kan ha biologisk betydelse som naturligt förekommande defensiva agenter hos vissa växter, där de fungerar genom att störa en angripares proteinkedjor eller enzymer. Exempel på thiosugarsmolekyler inkluderar allicin från vitlök och sinalbin från senap.
Aminoetylfosfonsyra
Svaveltransferaser
Svaveltransferaser är en grupp enzymer som katalyserar överföringen av svavel atomgruppen (S-gruppen) från ett donormolekyl till ett acceptormolekyl. Denna reaktion spelar en viktig roll i syntesen av två viktiga sulfurhaltiga aminosyror, metionin och cystein, i cellen.
Polyaminer
I en enkel medicinsk definition kan man säga att "polyamer" är en grupp neurotransmittorer ( signalsubstanser) i centrala nervsystemet som har en betydande roll i reguleringen av ett flertal kroppsliga funktioner, inklusive sömn-vakenhetscykler, humör, smärta, och kognitiv funktion. De viktigaste polyaminerna är serotonin, norepinefrin (noradrenalin), och dopamin. Dessa ämnen produceras i hjärnan och agerar genom att binda till specifika receptorer på nervcellerna för att påverka deras elektriska aktivitet och kommunikation med varandra.
Sekologanin-tryptaminalkaloider
Sekaloğanin-triptamin alkaloids are a type of natural compound found in certain plants, characterized by their unique structure that combines the organic compounds seco Loganin and tryptamine. These alkaloids have been studied for their potential pharmacological properties, including anti-inflammatory, antioxidant, and neuroprotective effects. However, more research is needed to fully understand their mechanisms of action and potential therapeutic uses.
Micromonospora
Antranilatsyntas
Ett enzym som katalyserar bildandet av antranilat (o-aminobensoat) och pyrodruvsyra från chorismat och glutamin. Antranilat är den biosyntetiska prekursorn till tryptofan och ett flertal sekundära met aboliter. EC 4.1.3.27.
Lignin
Den rikligast förekommande, naturliga, aromatiska, organiska polymeren, vilken finns i alla kärlväxter. Lignin, cellulosa och hemicellulosa
Dihydroorotatoxidas
Orotatfosforibosyltransferas
Orotidylosmonofosfat-pyrophosphorylase, eller orotatfosforibosyltransferas, är ett enzym involverat i syntesen av pyrimidinbaser under nukleotidsyntesen. Det katalyserar överföringen av en fosforibosylgrupp från 5-fosfo-α-D-ribosyl-1-pyrofosfat (PRPP) till orotat, vilket resulterar i bildandet av Orotidylosmonofosfat (OMP). Detta steg är viktigt för syntesen av uridinmonofosfat (UMP), en fundamental byggsten i RNA och andra biologiskt betydelsefulla molekyler.
Aminosyror
Plastider
Plastider är membranomslutna organeller som förekommer hos växter, alger och vissa protister. De innehåller fettlösliga pigment och är huvudsakligen involverade i fotosyntesen, ett process där solljusenergi omvandlas till kemisk energi i form av ATP (adenosintrifosfat) och NADPH (nikotinamidadenindinukleotidfosfat). Plastider kan också fungera som lagringsplats för näringsmolekyler, till exempel stärkelse och oljor. De kan utvecklas från protoplastider, som är små sfäroidiska organeller som finns i cytoplasman hos celler som genomgår en process som kallas endosymbiontteorin. Plastider kan vara gröna (kloroplast), röda (rhodoplast) eller färglösa (leukoplast, etioplast).
ortho-Aminobenzoates
Ortho-aminobenzoates are a group of chemical compounds that contain an ortho-substituted amino benzoate functional group, which consists of a benzene ring with a carboxylate group (–COO−) and an amino group (–NH2) attached to adjacent carbon atoms on the benzene ring. This group is often abbreviated as "o-ABA" or "OABA". These compounds have various applications, including use as pharmaceuticals, dyes, and plastic additives.
Svampgener
Det genetiska materialet i svampar. Hit hör även sexgenerna (typgenerna för parning) hos Saccharomyces cerevisiae.
Kassettmutagenes
Mutagenes framkallad av införande av främmande DNA-sekvenser i en gen. Detta kan ske spontant in vivo eller experimentellt in vivo eller in vitro. Proviralt DNA kan sättas in i eller läggas intill en cellulär onkogen. Infogning av proviruset kan orsaka mutationer genom störning av kodningssekvenser eller reglerelement, eller ge upphov till oreglerat uttryck av protoonkogenen, med tumörbildning som följd.
Glutamat-5-semialdehyddehydrogenas
Glutamat-5-semialdehyddehydrogenas (G5SDH) er ein enzym involvert i den siste steget av L-glutamasmetabolismen, som konverterer glutamat-5-semialdehyden til α-ketoglutarat. Dette enzymet katalyserer også den sidste reaksjonen i nedbrytinga av aminosyran L-glutaman, som er en viktig del av neurotransmisjonssystemet og er involvert i reguleringa av excitotoxisk skade. Defekter i G5SDH kan føre til forhöpt koncentrationer av glutamat og glutamat-5-semialdehyden, som kan være skadelig for neuronene og forknippa med neurodegenerative lidelser.
Puriner
I en enkel medicinsk definition kan puriner definieras som en grupp av organiska föreningar som inkluderar baserna adenin och guanin, vilka är viktiga beståndsdelar i nukleotider och nukleotidkvävesyror. Dessa molekyler har en central roll i cellers energimetabolism, signaltransduktion och DNA- och RNA-syntes. Puriner kan också fungera som signalsubstanser som frisätts från celler under vissa fysiologiska och patofysiologiska tillstånd, och de har potentialen att modulera immunresponsen och inflammationen.
Plicamycin
Plicamycin, även känt som Mithramycin, är ett antibiotiskt och antineoplastiskt läkemedel som isolerats från bakterien Streptomyces plicatus. Det används primärt för behandling av hyperkalcemi (förhöjda värden kalcium i blodet) orsakad av cancer, och har också visat sig ha viss verkan mot vissa typer av cancer, som skelettcancer och vissa leukemier. Läkemedlet fungerar genom att binda till DNA och på så sätt hämma syntesen av RNA, vilket i sin tur hämmar celldelning och celltillväxt.
Porfyriner
Porphyriner är en grupp sjukdomar som orsakas av störningar i produktionen av porfyriner, organiska molekyler som ingår i vissa biologiskt viktiga ämnen, till exempel hemgruppen i hemoglobin. Porfyri kan ge upphov till symtom som hudskador, mag-tarmproblem och neurologiska symptom som svaga muskler, sömnsjuka och psykiatriska besvär. Sjukdomen kan vara ärftlig eller utlösas av vissa miljöfaktorer, till exempel alkohol och vissa läkemedel.
Klorofyll
Dolikol
Makrolider
Tryptofantransaminas
Tryptofantransaminas, även känt som tryptofanaminotransferas, är ett enzym som katalyserar överföringen av aminogruppen från en aminosyra till en keton eller aldehyd. I synnerhet katalyserar tryptofantransaminas överföringen av en aminogrupp från tryptofan till α-ketoglutarat, vilket resulterar i formationen av glutaminsyra och den intermediära metaboliten indolpyruvat i serotoninsyntesvägen.
Transkription, genetisk
Skvalenmonooxidas
Enzymrepression
Tunnskiktskromatografi
Arabidopsisproteiner
"Arabidopsis proteins" refer to the proteins that are encoded by the genes present in the genome of the model plant species Arabidopsis thaliana. These proteins play various roles in different cellular processes, such as metabolism, signaling, regulation, and defense responses, among others. The study of Arabidopsis proteins is crucial for understanding fundamental biological mechanisms and has broad implications for plant biology and agriculture.
Metionin
Färgämnen
Antibakteriella medel
Kemiska substanser som produceras av mikroorganismer och som, i utspädda lösningar, har förmåga att hämma tillväxten hos eller döda andra organismer. Antibiotika vars toxicitet tolereras av värden anv änds som kemoterapeutiska preparat för behandling av infektionssjukdomar hos människor, djur och växter.
Operon
Ett operon är ett genkluster i prokaryota celler, som består av en grupp reglerade strukturgener och ett operatörregion som kontrolleras av ett gemensamt promotorområde, vilket tillåter koordinerad transkription av flera gener under kontroll av samma regulatorprotein.
Skvalen
"Skvalen är ett protein som utsöndras från mjölksyreproducerande celler hos däggdjur, inklusive människor, och har en viktig roll i den tidiga utvecklingen av spädbarn. Det består av två subunits, alpha- och beta-skvalen, som klyvs av enzymet tripsin under matsmältningen för att frisätta ämnesomsättningshormonet gastrin."
Fenotyp
Tryptofan
Tryptophan är en essentiell aminosyra, som betyder att den måste införas genom kosten eftersom kroppen inte kan syntetisera den själv. Det är en building block för proteiner och spela en viktig roll i produktionen av neurotransmittor, såsom serotonin och melatonin, som är involverade i sömnschema reglering och humör.
Zea mays
Fosfotransferaser
En ganska stor grupp enzymer, omfattande inte bara dem som omvandlar fosfat, utan även difosfat,nukeotidylrester och andra. Dessa har indelats efter acceptorgrupp. EC 2.7.
Acetolaktatsyntas
Enediynes
Enediynes är en klass av organiska föreningar som innehåller en dubbelbindning och två trippelbindningar separerade av en kolatom, bildande en cyklisk struktur med potentialen att undergå reaktioner som genererar cykloodditioneringsprocesser. Dessa föreningar är kända för sin förmåga att skapa mycket reaktiva radikaler, vilket gör dem användbara inom områden som cancerbehandling genom att interagera specifikt med DNA och leda till dess skada.
Glukosinolater
Substituerade tioglukosider. De finns i produkter av raps (Brassica campestris) och likartade växter. De metaboliseras till en rad toxiska ämnen, som kan orsaka levercellsnekros hos människor och djur.
Bioteknologi
Vetenskapsgren med inriktning på utnyttjande av organismer, celler eller celldelar för utveckling av tekniskt och kliniskt användbara produkter. Av central betydelse är s k genetisk ingenjörskonst, dv s manipulation av biologiska funktioner på molekylär nivå. De metoder som tillämpas kan omfatta transfektion, kloning, algoritmer för sekvens- och strukturanalys, databaser och analys och förutsägelse av gen- och proteinstrukturfunktioner.
Växtblad
En växtblad är ett blad som hör till en växt, och är en flata, ofta brett utbredd struktur som har en viktig funktion för fotosyntesen genom att utgöra en stor yta för att ta emot solljus. Växtbladet innehåller också klorofyll och andra pigment, som gör att det kan absorbera ljusenergi och använda den till att producera näringsämnen genom fotosyntes. Dessutom har växtblad ofta en skyddande funktion för växten, och kan även ha en roll i växtens vattenförlustreglering. Slutligen kan växtblad ha en attraktiv funktion för att attrahera pollinerare till blommande växter.
DNA, komplementärt
Treonindehydratas
Treonindehydratas är en patologisk tillstånd där det förekommer ett nedsatt eller saknade enzym, treonindehydrogenas, som är involverad i metabolismen av den essentiella aminosyran treonin. Detta orsakar påfrestning på andra metabola vägar och kan leda till en accumulering av mellanprodukter och slutliga metaboliter, samt symtom som neurologiska skador, tillväxthormonbrist och karnitinbrist.
Frön
Inkapslade embryon till blommande växter. De används för odling eller som djurföda, pga sitt koncentrerade innehåll av näringsämnen, som t ex stärkelse, proteiner och fettämnen. Raps, bomull och solros odlas för frönas oljeinnehålls skull.
Aldehydoxidoreduktaser
Porfobilinogensynthase
Porfobilinogen synthase, också känt som PBG-syntas, är ett enzym involverat i hemglobernets syntes, som är en del av vår hemoglobinproduktion. Detta enzym katalyserar den andra steget i syntesen av porfyriner, genom att kondensera två molekyler av delta-aminolevulinisk acid till formen porfobilinogen. Genetiska mutationer som påverkar funktionen av detta enzym kan leda till olika former av porfyri, en grupp sällsynta men allvarliga genetiska störningar som orsakas av defekter i hemgloberns syntes.
Uroporfyrinogen-III-syntetas
Nukleotidyltransferaser
Nukleotidyltransferaser är en grupp enzymer som katalyserar överföringen av nukleotider från nucleosidtriphosphat till en acceptor, ofta en annan nukleotid eller en nukleinsyra. Detta process involverar att enzymet hydrolyserar en fosfatbindning i det donerade nukleosidtriphosphatet och etablerar en ny bindning mellan den frigjorda fosfatgruppen och acceptorn, vilket resulterar i en längre polymer. Nukleotidyltransferaser spelar därför en viktig roll i syntesen av nukleinsyror, såsom DNA och RNA.
RNA, budbärar
Aminosyror, aromatiska
'Aromatiska aminosyror' refererar till en specifik grupp av aminosyror som inkluderar tyrosin, tryptofan och fenylalanin, kända för deras aromatiska ringstruktur i sidokedjan, vilket påverkar deras kemiska egenskaper och biologisk funktion.
Streptomyces coelicolor
'Streptomyces coelicolor' är en art av grampositiva bakterier som tillhör släktet Streptomyces och familjen Streptomycetaceae. Den är känd för sin förmåga att producera ett antal olika antibiotika, inklusive aktinorhodin, undecylprodigiosin och calciumdependentant cyklopeptid. 'Streptomyces coelicolor' används ofta som en modellorganism inom forskning om bakteriers sekundära metabolism, genetik och cellbiologi.
Open Reading Frames
I en mening kan "Open Reading Frames" (ORF) definieras som en sekvens av DNA eller RNA som har potentialen att koda för ett protein. ORF börjar med en startkodon, vanligtvis AUG, och fortsätter till nästa stoppkodon (UAG, UAA eller UGA). Den resulterande aminosyrasekvensen kan potentiellt vara kapabel till att bilda ett protein om den översätts korrekt. Det är värt att notera att inte alla ORF:er leder nödvändigtvis till produktionen av ett funktionellt protein, eftersom det kan finnas flera skäl till varför translationen kan misslyckas eller ge upphov till en icke-funktionell peptid.