Deoxiribonukleaser, typ II-lägesspecifika
Enzymsystem med en enda underenhet och som endast kräver magnesium för endonukleolytisk verkan. Motsvarande modifieringsmetylaser är separate enzymer. Systemen känner igen specifika, korta DNA-sekvenser och klyver inom, eller på ett kort, specifikt avstånd från, den igenkända sekvensen, vilket ger specifika, dubbelsträngade fragment med 5'-fosfatändar. Enzymer från olika mikroorganismer med samma specificitet kallas isoschizomerer. EC 3.1.21.4.
Deoxiribonukleaser, typ III-lägesspecifika
Enzymsystem med två underenheter och som kräver ATP och magnesium för endonukleolytisk verkan. De fungerar inte som ATPaser. De finns i komplex med modifieringsmetylaser med liknande specificitet under EC 2.1.1.72 (DNA-metyltransferas, adeninspecifikt) eller EC 2.1.1.73 (DNA-metyltransferas, cytosinspecifikt). Systemen känner igen specifika, korta DNA-sekvenser och klyver nära, 24 till 27 baser, den igenkända sekvensen för att ge specifika, dubbelsträngade fragment med 5'-fosfatändar. Enzymer från olika mikroorganismer med samma specificitet kallas isoschizomerer. EC 3.1.21.5.
Deoxiribonukleaser, typ I-lägesspecifika
Enzymsystem med tre underenheter och som kräver ATP, S-adenosylmetionin och magnesium för endonukleolytisk verkan, vilket ger spridda dubbelsträngade DNA-fragment med 5'-fosfatändar. De verkar också som DNA-beroende ATPaser och modifieringsmetylaser, då de katalyserar rektionerna genom EC 2.1.1.72 (DNA-metyltransferas, adeninspecifikt) och EC 2.1.1.73 (DNA-metyltransferas, cytosinspecifikt) med liknande lägesspecificitet. Systemen känner igen specifika, korta DNA-sekvenser och klyver på ställen som ligger långt ifrån den igenkända sekvensen. Enzymer från olika mikroorganismer med samma specificitet kallas isoschizomerer. EC 3.1.21.3.