Enzymer som katalyserar hydrolys av de inre bindningarna och därmed bildandet av polynukleotider eller oligonukleotider från ribonukleotid- eller deoxiribonukleotid-kedjor. EC 3.1.-.
Enzymsystem med en enda underenhet och som endast kräver magnesium för endonukleolytisk verkan. Motsvarande modifieringsmetylaser är separate enzymer. Systemen känner igen specifika, korta DNA-sekvenser och klyver inom, eller på ett kort, specifikt avstånd från, den igenkända sekvensen, vilket ger specifika, dubbelsträngade fragment med 5'-fosfatändar. Enzymer från olika mikroorganismer med samma specificitet kallas isoschizomerer. EC 3.1.21.4.
Enzymer som ingår i restriktions-/modifieringssystemen. De katalyserar endonukleolytisk klyvning av DNA-sekvenser som saknar det artspecifika metyleringsmönstret i värdcellens DNA. Spjälkningen ger slumpartade eller specifika dubbelsträngade fragment med 5'-fosfatavslutningar. Restriktionsenzymernas uppgift är att förstöra allt främmande DNA som tränger in i värdcellen. De flesta har iakttagits i bakteriella system, men några få har påvisats i eukaryota organismer. De används även som verktyg för systematisk kartläggning av kromosomer, för bestämning av bassekvenser i DNA, och de har möjliggjort spjälkning och utbyte av gener från en organism till genomet i en annan. EC 3.1.21.-.
En grupp enzymer som katalyserar den endonukleolytiska delningen av DNA. De omfattar enzymklasserna EC 3.1.21.-, EC 3.1.23.- (DNA-restriktionsenzymer), EC 3.1.24.- (DNA-restriktionsenzymer) och EC 3.1.25.-.
"DNA-klyvning" refererer til den proces, hvor et DNA-molekyle klippes itu af et specifikt sted ved hjælp af et enzym kaldet en restriktionsenzym. Denne proces anvendes hyppigt i molekylærbiologi og genetisk engineering til at skære DNA-strenge op, så de kan manipuleres og for eksempel indsætte i andre organismer eller plasmider. Restriktionsenzymet krydser DNA-strengen på et bestemt sted, der kendes som en restriktionssite, hvor det specifikke sekvens af basepar er tilstede. Det resulterende DNA-fragment kan derefter anvendes i forskellige molekylærbiologiske teknikker som kloning og sekventering.
Purin- och pyrimidinföljden i nukleinsyror och polynukleotider. Kallas även nukleotid- eller nukleosidsekvens.
En deoxiribonukleotidpolymer som utgör den grundläggande genetiska substansen i alla celler. Eukaryota och prokaryota organismer har normalt sitt DNA ordnat i dubbelsträngade strukturer, men i många viktiga biologiska processer ingår under vissa skeden enkla strängar. DNA, som består av en flersockerarts-fosfatstam med utskott av puriner (adenin och guanin) och pyrimidiner (tymin och cytosin), bildar en dubbelspiral som hålls ihop med vätebindningar mellan purinerna och pyrimidinerna (adenin mot tymin (AT) och guanin mot cytosin (GC)).
Substratspecificitet beteferrer sig inom farmakologi och enzymologi till den egenskap hos ett enzym eller en receptor där det endast binder till och katalyserar (eller påverkar) vissa specifika substanser, molekyler eller läkemedel, känt som substrat. Det innebär att en given enzymtyp endast är aktivt mot en begränsad grupp av kemiska föreningar som har en viss strukturell och kemisk likhet. Substratspecificiteten bestäms av enzymernas tredimensionella struktur och den del av substratmolekylen som interagerar med aktiva sitet på enzymet.
Deoxiribonukleinsyra som utgör arvsmassan hos virus.
Ett typ II-lägesspecifikt deoxiribonukleas. Det känner igen och klyver sekvensen GAATTC mellan G och A. EcoRI finns hos E coli RY13. Flera isoschizomerer har identifierats. Syn. typ II-restriktionsenzym. EC 3.1.21.4.
Ett typ II-lägesspecifikt deoxiribonukleas. Det känner igen och klyver sekvensen GGATCC mellan G och G. BamHI finns hos Bacillus amyloliquefaciens N. Ett antal isoschizomerer har identifierats. Syn. typ II-restriktionsenzym. EC 3.1.21.4.
Enzymer som katalyserar verkan av hydrolaser på esterbindningar i DNA. EC 3.1.-.
Deoxiribonukleinsyra (arvsmassa) hos bakterier.
Enzymsystem med tre underenheter och som kräver ATP, S-adenosylmetionin och magnesium för endonukleolytisk verkan, vilket ger spridda dubbelsträngade DNA-fragment med 5'-fosfatändar. De verkar också som DNA-beroende ATPaser och modifieringsmetylaser, då de katalyserar rektionerna genom EC 2.1.1.72 (DNA-metyltransferas, adeninspecifikt) och EC 2.1.1.73 (DNA-metyltransferas, cytosinspecifikt) med liknande lägesspecificitet. Systemen känner igen specifika, korta DNA-sekvenser och klyver på ställen som ligger långt ifrån den igenkända sekvensen. Enzymer från olika mikroorganismer med samma specificitet kallas isoschizomerer. EC 3.1.21.3.
Beskrivningar av specifika sekvenser av aminosyror, kolhydrater eller nukleotider som publicerats och/eller deponerats och hålls tillgängliga i databaser som t ex Genbank, EMBL, NBRF eller andra sekvensdataarkiv.
En typ av elektrofores där agar eller agarosgel används som diffusionsmedium.
Flap-endonucleaser är ett enzym som spelar en viktig roll inom DNA-reparationen, där det klyver en flapliknande struktur i DNA-molekylen. En flap uppstår när en eller flera nukleotider i en DNA-sträng förlängs och överhänger över den komplementära strängen. Flap-endonucleaserna katalyserar en hydrolysreaktion som resulterar i att den överhängande delen av DNA-strängen klipps bort, vilket möjliggör för de skadade DNA-strängarna att repareras korrekt.
Restriktionsfragmentlängdpolymorfism (RFLP) är en teknik inom genetiken där individers DNA-sekvenser jämförs genom att skära sönder den med hjälp av restriktionsenzymer, vilka ger upphov till unika fragmentmönster beroende på var restriktionsenzymens specifika nukleotidsekvens finns i individernas DNA.
En plasmid är en liten, cirkulär dubbelsträngad DNA-molekyl som kan replikera självständigt och förekommer hos bakterier och andra encelliga organismer. Plasmider kan överföras mellan celler och innehåller ofta gener som ger resistens mot antibiotika eller kodar för toxiner. De används också i molekylärbiologi som vektorer för kloning av gener.
Nukleinsyrahybridisering är en laboratorieteknik där två komplementära enheter av DNA eller RNA kombineras genom att deras komplementära baspar bildar vätebindningar med varandra, vilket resulterar i en dubbelhelix. Denna metod används ofta för att identifiera och undersöka specifika sekvenser av nukleinsyror, såsom genetisk material från organismer, virus eller muterade gener.
Ett typ II-lägesspecifikt deoxiribonukleas. Det känner igen och klyver sekvenserna CCGG och GGCC mellan C och C. HpaII finns hos Haemophilus parainfluenzae. Flera isoschizomerer har identifierats. Syn. typ II-restriktionsenzym. EC 3.1.21.4.
En art gramnegativa, fakultativt anaeroba och stavformade bakterier som normalt förekommer i den nedre delen av tarmkanalen hos varmblodiga djur. Vanligtvis är den inte patogen, men vissa stammar kan ge upphov till diarré och variga infektioner. Syn. E. coli.
Protein splitsning, eller proteinproteolys, är ett biologiskt fenomen där proteiner delas upp i mindre peptidfragment av enzymatiska proteaser. Denna process är involverad i många cellulära funktioner som celldelning, signaltransduktion och cellsdöd. Proteinsplitsning kan också vara en nödvändig steg i aktiveringen eller deaktiveringen av vissa proteiner genom att exponera eller dölja viktiga funktionella domäner.
Restriktionskartläggning är en molekylärbiologisk metod som används för att bestämma den exakta ordningen av gener och andra sekvenser på ett DNA-molekyl, genom att karta positionerna för specifika restriktionsenzymer som kan klippa sönder DNA-strängarna vid vissa sekvensspecifika ställen.
Enzymer som känner igen korsformade DNA-strukturer och åstadkommer pariga inskärningar som leder till att strukturen löses upp i två DNA-spiraler. EC 3.1.22.4.
Kovalent slutna DNA-ringar i bakterier, många virusarter, mitokondrier och plastider. Plasmider är små molekyler av dubbelsträngat, cirkulärt DNA. Små, spridda DNA-ringar har även påträffats hos ett flertal eukaryota organismer och antas vara homologa med kromosom-DNA och ha förmåga att inkluderas i, och uteslutas ur, kromosomalt DNA. Cirkulärt DNA uppstår genom slingbildning och uteslutning av DNA-fragment, och innehåller en konstant region av my-segmentets tunga kedja och 3'-delen av my-segmentets växlingsregion. Denna DNA-variant är en normal produkt av omkastning bland gensegment som kodar för de variabla regionerna i immunglobulinets lätta och tunga kedjor och T-cellreceptorn.
Naegleria är ett släkte av free-living amoebae (en art av encelliga organismer) som kan orsaka en allvarlig och oftast dödlig hjärninfektion vid människor, känd som primär amoebisk meningoencefalit (PAM). Amoeben kan påträffas i vattenreservoarer såsom varma källor, sjöar, floder och även i vattenbehållare i hem. Infektionen uppstår vanligen när människor simmar eller dyker i kontaminierade vattenreservoarer och amoeban tränger sedan in genom näsan och når hjärnan via nasofarynxgångarna. Det är värt att notera att Naegleria-infektioner är extremt sällsynta, men de kan ha hög dödlighet om de inte behandlas omedelbart.
Virus som infekterar bakterieceller.
Rekonstruktion av en sammanhängande, dubbelsträngad DNA-molekyl utan felparning utifrån en molekyl med skadade områden. De viktigaste typerna av reparationsmekanismer är: excisionsreparation, där defekta områden i en sträng tas ut och återsyntetiseras med hjälp av den information som de komplementära basparen i den hela strängen innehåller; ljusåteraktiveringsreparation, som innebär att de nedbrytande och mutagena effekterna av UV-strålning elimineras; samt postreplikationsreparation, där de primära skadorna inte repareras, men där gapen i en dotterdubbelsträng fylls med delar av den andra, oskadade duplexdottern. Excisionsreparation och postreplikationsreparation kallas ibland för "mörk reparation", eftersom de inte kräver ljus.
Enkelsträngat DNA-brott, eller singel strand break (SSB), är en typ av skada på DNA-molekylen där en enda av de två strängarna som utgör den dubbelhelixstruktur som DNA normalt har klipps av eller bryts. Detta kan orsakas av externa faktorer såsom UV-strålning, joniserande strålning eller kemiska agenter, eller interna processer som reaktiva syremolekyler som bildas som en del av normal cellfunktion. SSB:er kan ha negativa konsekvenser för cellens överlevnad och funktion eftersom de stör DNA-replikationen och transkriptionen, och om de inte repareras korrekt kan leda till mutationer eller celldöd.
I en enkel mening kan "nukleinsyrakonfiguration" referera till den specifika rymden eller position som en nukleotid eller ett baspar tar upp i en nukleinsyra, såsom DNA eller RNA. Detta inkluderar vilken sida av strängen varje nukleotid befinner sig på, och i vilket läge de är rotade. I DNA utgörs konfigurationen ofta av en dubbelhelix med antiparallella strängar, där varje baspar består av en adenin (A) som parar sig med en timin (T), och en guanin (G) som parar sig med en cytosin (C). I RNA är konfigurationen ofta en enkelsträngad helix, där uracil (U) ersätter timin (T) som basparningspartner till adenin (A).
Aminosyrors ordningsföljd i en polypeptidkedja. Den utgör proteiners primärstruktur och är av avgörande betydelses för proteinkonfigurationen.
DNA-hydrolysat där purinbaserna tagits bort.
Protein engineering är ett samlingsbegrepp för de metoder och tekniker som används för att skapa, utveckla och justera proteiner med önskade egenskaper genom direkt manipulation av deras aminosyrasekvens och/eller tertiärstruktur. Detta kan uppnås genom användning av molekylärbiologiska tekniker, såsom mutagenes, rekombinant DNA-teknik och strukturbaserad design, för att skapa gener med önskade modifieringar som sedan exprimeras som proteiner med nya eller förbättrade funktioner.
Tillförsel av molekyler av rekombinant DNA från prokaryota eller eukaryota källor till replikationsvektorer, så som plasmider eller virus, och införande av de härvid erhållna hybridmolekylerna i mottagarceller, utan att livsdugligheten hos dessa celler ändras.
RNA cleavage refers to the breaking of phosphodiester bonds in RNA molecules, resulting in the separation of the RNA chain into two or more fragments. This process can occur naturally as part of RNA maturation, regulation, or degradation, and it can also be induced experimentally for research purposes. Cleavage of RNA can be carried out by enzymes called ribonucleases (RNases), which specifically recognize and cut RNA molecules at specific sequences or structures. Additionally, RNA cleavage can occur non-enzymatically through chemical reactions, such as those induced by hydroxyl radicals, reactive oxygen species, or alkylating agents.
Gensekvenser i DNA-strängen som är belägna mellan exoner. De transkriberas tillsammans med exonerna och avlägsnas från det primära gentranskriptet genom RNA-splitsning så att moget RNA blir kvar. Några introner kodar för separata gener.
Ett typ II-lägesspecifikt deoxiribonukleas. Det känner igen och klyver sekvensen AAGCTT mellan A och A. HindIII finns hos Haemophilus influenzae R(d). Flera isoschizomerer har identifierats. Syn. typ II-restriktionsenzym. EC 3.1.21.4.
En familj enzymer som katalyserar endonukleolytisk klyvning av RNA. Hit hör EC 3.1.26.-, EC 3.1.27.-, EC 3.1.30.- och EC 3.1.31.-.
De reaktiva områden på en makromolekyl som är direkt envolverade i dess specifika sammankoppling med en annan molekyl.
Arvsmassan hos virus, som hos alla DNA- och vissa RNA-virus består av en enda nukleinsyramolekyl, och hos några RNA-virus av flera separata RNA-bitar.
System bestående av två enzymer, ett modifieringsmetylas och ett restriktionsendonukleas. De är samhöriga i fråga om specificitet och skyddar en given bakteriearts DNA. Metylaset fogar metylgrupper till adenin- eller cytosinrester inom samma målsekvens som utgör bindningsställe för restriktionsenzymet. Metyleringen gör målområdet oangripbart för restriktion och skyddar därmed DNA't mot spjälkning. EC 3.1.21.-.
Biologiskt aktivt DNA som sammansatts in vitro av DNA-segment från olika källor. Det innehåller sammanfogningspunkten för en heteroduplexregion, där två olika DNA-molekyler är förenade.
I medicinen, refererar "sekvensinpassning" till processen av matchning eller korrelerande en genetisk sekvens, vanligtvis en DNA- eller RNA-sekvens, med en specifik referenssekvens, för att fastställa dess position, orientering och eventuella variationer i förhållande till den referenssekvensen. Detta används ofta inom genetisk forskning och klinisk diagnostik för att identifiera gener, mutationer eller polymorfismer som kan vara associerade med sjukdomar eller andra hälsotillstånd.
Enzymer som katalyserar klyvningen av kol-syrebindningar på annat sätt än genom hydrolys eller oxidation. EC 4.2.
Det område i ett enzym som genom verkan på sitt substrat utlöser en enzymreaktion.
Ringformat, supertvinnat duplex-DNA som isolerats från virus, bakterier och mitokondrier. Denna superhelixform av DNA har tillgång till fri energi. Under transkriptionsfasen är omfattningen av RNA-initiering proportionell mot superhelixgraden hos DNA:t.
Metoder för bestämning av läge för och avstånd mellan gener på en kromosom.
Enzymsystem med två underenheter och som kräver ATP och magnesium för endonukleolytisk verkan. De fungerar inte som ATPaser. De finns i komplex med modifieringsmetylaser med liknande specificitet under EC 2.1.1.72 (DNA-metyltransferas, adeninspecifikt) eller EC 2.1.1.73 (DNA-metyltransferas, cytosinspecifikt). Systemen känner igen specifika, korta DNA-sekvenser och klyver nära, 24 till 27 baser, den igenkända sekvensen för att ge specifika, dubbelsträngade fragment med 5'-fosfatändar. Enzymer från olika mikroorganismer med samma specificitet kallas isoschizomerer. EC 3.1.21.5.
Enzymer som katalyserar frisättande av mononukleotider genom hydrolys av ändbindningarna på deoxiribonukleotid- eller ribonukleotidkedjor. EC 3.1.-.
CRISPR-associated proteins (Cas) refer to a family of proteins that are involved in the CRISPR-Cas system, which is a defense mechanism used by bacteria and archaea to protect themselves against foreign genetic elements such as viruses and plasmids. The most well-known Cas protein is Cas9, which is used in gene editing technologies due to its ability to cleave DNA at specific sequences defined by a guide RNA. However, there are many other Cas proteins that have different functions and mechanisms of action in the CRISPR-Cas system. In general, Cas proteins play a crucial role in recognizing and processing foreign DNA or RNA, and targeting it for destruction.
Experimentella eller teoretiska modeller för undersökning av molekylers form, elektroniska egenskaper eller interaktioner. Hit hör även analoga molekyler, datorframställd grafik och mekaniska strukturer.
Summan av atomvikterna för de atomer som ingår i en molekyl. En modernare benämning är relativ molekylmassa.
Enzymer som ingår i restriktions-modifieringssystemen. De ligger bakom ett artspecifikt metyleringsmönster, med verkan på antingen adenin- eller cytosinrester i en kort, specifik bassekvens i värdcellens eget DNA. Denna metylerade sekvens förekommer ofta i värdcellens DNA och förblir intakt under cellens livstid. Varje form av artfrämmande DNA som kommer in i en levande cell och saknar det typiska metyleringsmönstret känns igen av restriktionsendonukleaser med motsvarande specificitet och förstörs genom klyvning. De flesta har studerats i bakteriesystem, men några få har påträffats i eukaryota organismer. EC 2.1.1.113. Syn. DNA-metyltransferas.
En elektroforesteknik där riktningen på det elektriska fältet ändras periodiskt. Tekniken liknar andra elektroforesmetoder för separering av dubbelsträngat DNA med molekylstorlekar upp till tiotusentals baspar. Men genom att alternera riktningen på det elektriska fältet kan DNA-molekyler med flera miljoner baspar separeras.
Virus med Escherichia coli som värdorganism.
En familj av enzymer som katalyserar den exonukleolytiska klyvningen av DNA. Den inkluderar medlemmar av klassen EC 3.1.11 som ger 5'-fosfomonoestrar som spjälkningsprodukter. EC 3.1.-.
"Genetisk rekombination är ett naturligt fenomen där gener kombineras och omordnas på något sätt för att bilda ny DNA-sekvens. Detta kan ske genom olika mekanismer, till exempel crossing over under meios eller via specifika enzymer som kan klippa och klistra ihop DNA-strängar på nya sätt. Genetisk rekombination är viktig för genetisk variation och evolution."
Fysiologiska processer och egenskaper hos mikroorganismer, inkl. arkéer, bakterier, rickettsior, virus och många protozoer och svampar.
En "T-cell" (T-cell or T-lymphocyte) är en typ av vita blodcellar som hör till det adaptiva immunsystemet och spelar en central roll i cellmedierad immunitet, särskilt mot virusinfektioner och cancer. De utvecklas från stamceller i benmärgen och mognar i thymus, varifrån de får sitt namn (T-cell = Thymus-cell). T-celler kan identifiera och binder till specifika antigener på ytan av infekterade celler eller främmande partiklar, vilket aktiverar dem att utveckla ett effektivt svar genom att sekretiera cytokiner, rekrytera andra immunceller och direkt döda de infekterade cellerna. T-celler kan delas upp i olika undergrupper baserat på deras fenotyp och funktion, till exempel CD4+ T-hjälparceller (T-helper cells) och CD8+ cytotox
En tempererad, inducerbar bakteriofag som utgör typarten av släktet lambdaliknande fager i familjen Siphoviridae. Dess naturliga värd är E. coli K12. Viruspartikeln innehåller linjärt, dubbelsträngat DNA med undantag för 12 komplementbaser vid 5´-änden av polynukleotidkedjorna. Vid infektion sluter sig DNA i cirkel.
Specifika sekvenser av nukleotider längs en DNA-molekyl (RNA-molekyl hos vissa virus), vilka utgör funktionella enheter för ärftlighet. De flesta eukaryota gener innehåller kodande områden (kodoner) som är åtskilda av icke-kodande områden (introner) och kallas därför uppdelade gener.
De inre fragmenten hos proteinförelöpare (INternal proTEINS), vilka avlägsnas genom autokatalys vid proteinsplitsning. De flankerande fragmenten (exteiner) binds och bildar mogna proteiner. De nukleinsyrasekvenser som kodar för inteiner anses vara rörliga genelement. Inteiner består av självsplitsande domäner och en endonukleasdomän som har betydelse för spridningen av inteinets genomsekvens. Miniinteiner består bara av de självsplitsande domänerna.
Varje påvisbar och ärftlig förändring i det genetiska materialet som medför ändrad genotyp och som överförs till dotterceller och efterföljande generationer.
Läran om förloppsdynamik i kemiska och fysikaliska system.
En polymerase chain reaction (PCR) är en laboratorieteknik som verkar genom att kopiera en specifik DNA-sekvens i ett exponentiellt tempo, vilket möjliggör detaljerad analys av mycket små mängder av ursprungligt DNA. PCR utförs genom att upprepade gånger höja temperaturen och sänka den igen, vilket låter enzymet polymeras skapa kopior av DNA-sekvensen med hjälp av två specifika primers. Detta möjliggör identifiering och analys av specifika DNA-sekvenser i forskning, diagnostik och forensiska tillämpningar.
"Korsformig DNA" (engelska: "cross-linked DNA") refererar till ett tillstånd där två eller flera DNA-strängar är sammanbundna på ett abnormt sätt, ofta som en följd av skada från aggressiva yttre agenter som UV-strålning, kemoterapi eller strålbehandling. Denna typ av skada kan störa reproduktionen och transkriptionen av genetisk information, vilket kan ha påtagliga konsekvenser för cellens funktion och överlevnad.
Ett släkte grampositiva, runda bakterier som förekommer i jord och sötvatten, och ofta på huden hos människor och djur.
"Artsspecificitet" refererer til de unikke aspekter, karakteristika og kontekster, der er forbundet med kunstformer som teater, musik, maleri, litteratur osv. Det understreger, at hver kunstform har sine egne regler, historie, teoretiske perspektiver, teknikker og udtryksformer, som bør respekteres og forstås for at opnå en dybere forståelse af det pågældende værk eller frembringelse.
Ett enzym med förmåga att hydrolysera starkt polymeriserat DNA genom att bryta fosfodiesterbindningar, företrädesvis vid en pyrimidinnukleotid. Sålunda katalyseras endonukleolytisk klyvning av DNA, vilket ger 5'-fosfodi- och oligonukleotidslutprodukter. Enzymet verkar främst på dubbelsträngat DNA. EC 3.1.21.1.
Tillägg av metylgrupper. I histokemi används metylering för att förestra karboxylgrupper och avlägsna sulfatgrupper genom att behandla vävnadssnitt med het metanol i närvaro av saltsyra.
Virulent bakteriofag och typarten för släktet T4-liknande fager, inom familjen Myoviridae. Den infekterar E. coli och är den mest kända av denna fagtyp. Virionet innehåller linjärt, dubbelsträngat DNA , med terminal redundans och cirkulärt permuterat.
Enzymer som katalyserar endonukleolytisk klyvning av enkelsträngat DNA eller RNA, utan att beröra dubbelsträngade områden. De är särskilt användbara i laboratoriet för framställning av "avhuggna" DNA-molekyler från DNA med enkelsträngade ändar och för känsliga gentekniker för påvisande av enkelsträngat DNA och RNA. EC 3.1.30.
En pyrimidinbas som utgör en av de grundläggande enheterna i nukleinsyror.
Strukturer i bakteriecellers kärna, bestående av eller innehållande DNA, som bär den genetiska information som är väsentlig för cellen.
"Oligodeoxiribonukleotider (ODNs) är korta syntetiska enkelsträngade DNA-molekyler, som består av mellan några få upp till hundratals nukleotider."
'Arche-RNA' är ett begrepp inom biologi och genetik som refererar till RNA-molekyler hos arkéer, en grupp enkelcelliga organismer som tillsammans med bakterier och eukaryoter utgör de tre dominerande grenarna av livets stamtree. Arke-RNA kan inkludera olika typer av RNA-molekyler såsom ribosomalt RNA (rRNA), transfer-RNA (tRNA) och messenger-RNA (mRNA). Dessa RNA-molekyler är viktiga för cellens proteinsyntes och genuttryck. Det bör dock poängteras att termen 'Arche-RNA' inte används i den vetenskapliga litteraturen, utan istället talar man om arkéers specifika RNA-molekyler.
Proteiner från Escherichia coli.
DNA-sekvenser som innehåller kod för ribosom-RNA och de DNA-segment som separerar enskilda ribosom-RNA-gener, och som benämns ribosomseparations-DNA (ribosomalt spacer-DNA). Syn. rDNA.
Den genetiska massan hos bakterier.
En biokatalys, även känd som ett enzym, är ett protein som accelererar en biokemisk reaktion genom att sänka aktiveringsenergibehovet för reaktionen. Denna minskning av energi krav gör det möjligt för reaktionen att fortgå under mildare betingelser, såsom fysiologiska temperaturer och pH-värden, jämfört med obehindrade reaktioner. Biokatalysörer är specifika för de reaktioner de katalyserar och ökar ofta reaktionshastigheten av många magnituder. De spelar en avgörande roll i alla levande system genom att underlätta metabolismen och andra biokemiska processer.
Aminosyresekvenshomologi refererer til den grad af lighed i rækkefølgen af aminosyrerne, der udgør proteiner hos to eller flere organismer. Jo større antal identiske aminosyrer i samme position i de sammenlignede sekvenser, des højere er graden af homologi. Dette begreb anvendes ofte i molekylærbiologien for at fastslå evolutionæ forhold og funktionelle egenskaber hos proteiner.
A satellite virus is a type of defective virus that depends on a helper virus for its replication. It lacks certain genetic material needed for complete replication and must use the helper virus’s machinery to produce new viral particles. Satellite viruses can either be satellite RNA (svRNA) or satellite DNA (sdDNA) and are often associated with plant viruses, but some have been found in animals and humans as well. They can affect the severity of the disease caused by the helper virus, either increasing or decreasing it.
Läkemedels- eller strålningsframkallade skador på DNA som medför avvikelser från den normala dubbelspiralkonformationen. Till dessa hör strukturella förvrängningar som stör replikation och transkription, samt punktmutationer som splittrar baspar och ger skadliga effekter på efterföljande generationer genom ändringar i DNA-sekvensen. Om skadan är av mindre omfattning kan den repareras (DNA-reparation), men stor skada kan leda till apoptos (celldöd).
"Oligonukleotider" refererar till korta, syntetiska eller naturliga sekvenser av nukleotider, som är byggstenarna i DNA och RNA. Oligonukleotider kan vara upp till 20-25 nukleotider långa och används ofta inom molekylärbiologi för att undersöka specifika gener eller funktioner på genetisk nivå. De kan också användas som medicinska terapeutika, till exempel i form av antisense-oligonukleotider eller RNA-interferens, för att störta specifika proteiner som är involverade i sjukdomsprocesser.
Ett släkte av Pasteurellaceae med många arter som förekommer hos djur och människor. Organismerna är gramnegativa, fakultativt anaeroba, kul- eller stavformade, och utan rörelseförmåga.
"Tertiär proteinstruktur refererar till den tresdimensionella formen och flexibiliteten hos ett protein, som resultat av specifika interaktioner mellan dess sekundära strukturelement, såsom alfa-helixar och beta-skikt."
Metod för påvisande av DNA som separerats med elektrofores och immobiliserats på nitrocellulosa eller annan film av papper eller nylon. Metoden utvecklades av E.M. Southern.
Enskilda segment av DNA som kan falla ut och återinlämmas på annan plats i genomet. De flesta är inaktiva, dvs att de inte påträffats i annat än sitt integrerade tillstånd. Till de omflyttningsbara DNA-segmenten hör IS("insertion sequence")- och Tn-enheterna hos bakterier, Ac- och Ds-sekvenserna hos majs, P-, gypsy- och pogosekvenserna hos Drosophila, Tiggersekvenserna hos människa samt Tc- och marinersekvenserna, vilka förekommer i hela djurriket.
Förfarande för framställning av flerbandade mönster av ett DNA-prov genom spjälkning av DNA med restriktionsenzymer och med efterföljande elektrofores och visualisering genom hybridisering med sökfragment, specifika för repetitiva sekvenser. Inom rättsmedicin är de sökfragment som används grundsträngar som är specifika för enkla tandemupprepningar (minisatellitupprepningar; VNTR). De flerbandade mönstren, vilka kallas DNA-fingeravtryck, jämförs med en persons DNA.
Ribosomalt RNA (rRNA) är den typ av RNA som utgör en viktig komponent i ribosomer, de cellulära organeller där proteinsyntesen sker i levande celler. rRNA-molekyler fungerar som strukturella stommar och katalytiska center för ribosomen, underlättar bindningen av aminosyror och bildandet av peptidbindningar under proteinsyntesen.
CRISPR-Cas systems are adaptive immune mechanisms in bacteria and archaea that provide protection against foreign genetic elements, such as viruses and plasmids. They consist of two main components: a Cas (CRISPR-associated) protein and a guided RNA (crRNA), which is derived from a CRISPR array in the host genome. The crRNA contains a sequence complementary to a target DNA or RNA, and the Cas protein uses this guide to recognize and cleave the target, thereby neutralizing the foreign genetic element. CRISPR-Cas systems have been adapted for use in molecular biology as powerful tools for genome editing and gene regulation.
Släktskapsförhållanden mellan grupper av organismer, baserade på deras genuppsättningar.
5-brom-2,4(1H,3H)-pyrimidindion. Ett bromerat derivat av uracil som verkar som antimetabolit sedan det ersatt tymidin i DNA. Medlet används mest som ett experimentellt mutagent preparat, men dess deox iribosid (bromdeoxiuridin) används för behandling av tumörer.
Nukleinsyredegeneration (eller nukleinsyrenaturation) refererer til den proces, hvor dobbeltstrenget DNA eller RNA bliver omdannet til en enkeltstrenget molekyle som følge af ophevelse af de hydrogenbindinger, der holder strengene sammen. Denne proces kan forekomme under høje temperaturer eller pH-værdier, og den kan også være medvirkende til genetisk materiales skade under cellestress eller sygdomme.
Den relativa mängden purin och pyrimidin i en nukleinsyra.
Proteiner förekommande hos någon bakterieart.
"Bakteriel transformation" är ett begrepp inom mikrobiologi och genetik som refererar till processen där en bakteriecell tar upp främmande DNA (deoxyribonucleic acid) från sin omgivning, integrerar det i sitt eget genom och på så sätt förändrar sina arvsmassa och egenskaper. Detta fenomen upptäcktes av Frederick Griffith 1928 och är ett viktigt forskningsområde inom molekylär biologi, med tillämpningar inom bland annat genteknik och medicinsk forskning.
Polynucleotide ligases are enzymes that catalyze the formation of a phosphodiester bond between the 3'-hydroxyl group of one nucleotide and the 5'-phosphate group of another nucleotide, thereby joining two polynucleotide strands together. This process is essential for DNA replication, repair, and recombination.
Riktad modifiering av genuppsättningen hos en levande organism genom ändring av DNA, utbyte av genetiskt material med hjälp av t ex virus, transplantation av cellkärnor, transplantation av cellhybrider osv.
Vertikal överföring av arvsegenskaper med DNA från cytoplasmatiska organeller, så som plasmider, mitokondrier, kloroplaster och andra plastider, eller från intracellulära parasiter, som t ex virus. Mitokondriell nedärvning kallas ofta modersarv, men måste skiljas från kromosomalt överfört modersarv.
I en enda mening kan 'gRNA' (guide RNA) definieras som en typ av RNA-molekyl som används inom CRISPR-Cas9-systemet för att guida systemets aktivitet och specificera vilket DNA-segment som ska tas bort eller redigeras. gRNA-molekylen innehåller en specifik sekvens som matchar delen av DNA-molekylen som ska redigeras, och den interagerar med Cas9-enzymet för att skapa en skärande verkan på det angivna stället i DNA-molekylen.
Ett släkte av Bacillaceae som utgörs av sporbildande, stavformade celler. De flesta arter är jordlevande saprofyter. Endast ett fåtal arter är patogena.
En nucleotidheterodupleks (Nucleic Acid Heteroduplex) är en dubbelsträngad molekyl bestående av två komplementära enskilda DNA- eller RNA-strängar som bildar vätebindningar mellan varandra. Molekylen kan innehålla olika sekvenssekvenser på de två strängarna, och dessa skillnader kallas för mutationer eller polymorfismler. Nucleotidheterodupleksen kan bildas naturligt under DNA-replikering eller transkription, eller konstlats i laboratoriet för att undersöka komplementariteten mellan två olika nukleotidsekvenser. Dessa heteroduplekser spelar en viktig roll inom genetisk forskning och medicinsk diagnostik, särskilt vid studier av genetiska sjukdomar och cancer.
Nukleosidaser är en grupp av enzymer som bryter ned nukleosider till en bas och en pentos (sötningsmedel) genom hydrolys. De spelar därför en viktig roll i nedbrytningen och metabolismen av nukleinsyror.
En enkel kedja av deoxiribonukleinsyra som förekommer i vissa bakterier och virus. Den uppträder vanligtvis som en ring med kovalent slutning.
Ett lätt, silverfärgat, metalliskt grundämne. Det har kemiskt tecken Mg, atomnummer 12 och atomvikt 24,31. Dess salter är nödvändiga i näringskedjan, då de behövs för många enzymers verkan, särskilt för sådana som deltar i oxidativ fosforylering. Magnesium ingår i såväl intra- som extracellulära vätskor och utsöndras via urin och avföring. Brist på ämnet ger upphov till nervretning, med stelkramp, kärlvidgning, kramper, darrningar, depression och psykotiska beteenden.
Positivt laddade atomer, radikaler eller atomgrupper med tvåvärd laddning, som vandrar mot katoden eller den negativa polen vid elektrolys.
Pyrococcus är ett släkte av archaea, som tillhör den termofila gruppen hypertermofila arkéer. Dessa encelliga organismer trivs i extrema höga temperaturer, upp till 105 °C, och förekommer naturligt i marina hydrotermiska ventilationssystem (MHVS) på oceanens botten. Pyrococcus-arterna är kemoorganotrofa och får sin energi genom att oxidera organiska ämnen under anoxisk respiration eller genom fermentation av sockerarter. Släktet Pyrococcus innehåller flera arter, däribland P. furiosus, P. abyssi och P. woesei, som alla är viktiga modellorganismer inom forskningen om arkéers extremofila livsvillkor och deras användning i bioteknologin.
'Pyrococcus furiosus' är en extremofil archaeabakterie som lever under höga temperaturer (100°C eller högre) och har potential att producera industriellt användbar termostabilt enzym. Denna mikroorganism hittas vanligtvis i marina hydrotermiska ventar och utgör ett viktigt forskningsobjekt inom områdena bioenergi, extremofil biologi och evolution.
Art- eller underartspecifikt DNA (inkl. komplementärt DNA, bevarade gener, hela kromosomer eller hela genom), vilket används i hybridiseringsstudier för att identifiera mikroorganismer, mäta DNA-DNA-homologier, gruppera underarter osv. DNA-sonden hybridiseras med specifikt mRNA, om sådant finns. Konventionella metoder för påvisande av hybridiseringsprodukten omfattar dot blot-test, Southern blot-test och DNA:RNA-hybridspecifika antikroppstest. Konventionell märkning av DNA-sonden sker med radioisotoperna 32P och 125I, eller med den kemiska markören biotin. DNA-sondtekniken utgör ett specifikt, känsligt, snabbt och billigt alternativ till cellodlingsmetoder för diagnostisering av infektionssjukdomar.
Proteiner som binder till DNA. Till denna familj hör proteiner som binder till såväl dubbelsträngat som enkelsträngat DNA, och den omfattar även specifika DNA-bindande proteiner i serum som kan användas som markörer för tumörsjukdomar.
5-Methylcytosine (5mC) är en modifierad form av nukleotiden cytosin, som förekommer naturligt i DNA hos flera olika arter, inklusive människor. Det bildas genom en process som kallas DNA-metylering, där ett metylgrupp (CH3) adderas till den 5-karbonylpositionen på cytosinbasen.
Myoviridae is a family of viruses that infect both prokaryotic and eukaryotic hosts, including bacteria and archaea. These viruses are characterized by their icosahedral heads and contractile tails, which they use to inject their genetic material into host cells during infection. Myoviridae viruses have double-stranded DNA (dsDNA) genomes that can vary in size from around 40 to over 170 kilobases (kb). The family includes many well-known bacteriophages, such as T4 and lambda phages, which have been extensively studied for their biological properties and potential applications in molecular biology and medicine.
DNA-reparationsenzym är en grupp av enzym som har förmågan att korrigera skador eller felaktigheter i DNA-molekylen. Deras huvudsakliga funktion är att hjälpa till att underhålla genetisk information och säkerställa stabiliteten i arvsmassan. Genom att reparera skador orsakade av intern mutation eller externt värre, som UV-strålning eller giftiga kemikalier, bidrar DNA-reparationsenzym till cellens överlevnad och integritet. Exempel på DNA-reparationsenzymer inkluderar nucleas, ligaser, polymeraser och glykosylaser.
Vanliga proteinstrukturer, sammansatta av enkla kombinationer av angränsande, sekundära strukturer.
'Upprepade sekvenser, nukleinsyra' refererar till en del av DNA- eller RNA-molekyler som innehåller en upprepad sekvens av nucleotider som upprepas minst två gånger i rad. Dessa upprepningar kan vara identiska eller något varierande, och de kan variera i längd från några få baspar upp till tusentals baspar. Upprepade sekvenser kan förekomma på flera olika sätt, inklusive direkt upprepning (till exempel 'AAAA'), inverterad upprepning ('ATAT' följt av 'ATAT') och komplext upprepande ('AGGA' följt av 'CTTC'). Upprepade sekvenser kan spela en viktig roll i genetisk styrning, evolution och sjukdom.
"Simian Virus 40 (SV40) is a DNA tumor virus that is found in some species of monkeys and is known to cause cancerous and noncancerous transformations in human cells in vitro. It has been studied extensively as a model for viral oncogenesis."
En DNA-dubbelsträngsbrott (double-stranded DNA break, DSDB) är skada på båda strängarna i den tvåsträngade DNA-molekylen, vilket kan orsaka genetisk instabilitet och potentialen för kromosomala abnormaliteter om det inte repareras korrekt.
En aminosyrasekvens i en polypeptid eller en nukleotidsekvens i DNA eller RNA som är den samma hos flera arter. En känd uppsättning bevarade sekvenser representeras av en konsensussekvens. Aminosyramotiv består ofta av bevarade sekvenser.
Dubbelsträngat DNA i mitokondrier. Hos eukaryoter är mitokondriegenomet cirkelformat och kodar för ribosom-RNA, transfer-RNA och ca 10 proteiner.
Purin som är en isomer till adenin (6-aminopurin).
Deoxiribonukleinsyra (arvsmassa) hos svampar.
'Saccharomyces cerevisiae' är en art av jästsvamp som tillhör kungariket svampar, och är vanligt förekommande i naturen på frukt, grönsaker och jord. Den är en enkelcellig eukaryot organism med en diameter på omkring 5-10 Mikrometer.
Reaktionen när två kemiskt lika molekyler förenas.
"Proteinbindning refererar till den process där ett protein binder specifikt till ett annat molekylärt substance, såsom en liten molekyl, ett annat protein eller en jon, vanligtvis genom non-kovalenta interaktioner som hydrogenbindning, Van der Waals-kräfter och elektrostatiska attraktioner. Denna bindning kan regulera funktionen hos det bundna substanceet och är av central betydelse för många biologiska processer, inklusive signaltransduktion, enzymsk aktivitet och transport av molekyler inom cellen."
Rekombinaser är en typ av enzymer som katalyserar processen att skära och samman DNA-strängar på specifika ställen, vilket möjliggör konstruktionen av genetiskt modifierade organismer och syntesen av rekombinant DNA.
'Thermus' är ett släkte av extremofila, termofila bakterier, som lever vid höga temperaturer nära varma källor och har förmågan att reproducera sig vid temperaturer upp till 70-80°C. De är också kända för att producera en termostabil DNA-polymeras, Taq polymeras, som används i molekylärbiologiska tekniker såsom PCR (polymeraskedjereaktion).
Strålning är en allmän term för energi som utsänds i form av elektromagnetisk strålning eller partikelstrålning, och kan vara naturligt förekommande eller skapad av mänsklig aktivitet.
Undersöknig av kristallstrukturer med hjälp av röntgendiffraktionsteknik.
Ett släkte gramnegativa, stavformade eller avlånga bakterier som uppträder enskilt eller parvis i blommor, jord, honungsbin, frukt, cider, öl, vin och vinäger.
Tupaia, också känt som trädmakaker, är ett släkte i primatordningen och består av arter som lever i sydöstra Asien och på några öar i Stilla havet. De är små till medelstora djur, vanligen mellan 20 och 60 cm långa, inklusive svansen. Tupaior har en spetsig nos, stora ögon och öron samt en yvig svans.
Elektropositiva grundämnen som kännetecknas av böjlighet, smidbarhet, glans och värmelednings- och elektrisk ledningsförmåga. De kan ersätta vätejonen i syror och bilda baser med hydroxylradikaler.
DNA-Cytosine methylases are enzymes that transfer a methyl group (-CH3) to the cytosine base in DNA, creating 5-methylcytosine. This process is known as DNA methylation and plays an important role in regulating gene expression, genomic imprinting, and suppressing repetitive elements in the genome. The addition of a methyl group to cytosine can prevent the binding of transcription factors and other proteins to the DNA, leading to the silencing of genes. DNA-Cytosine methylases are crucial for normal development and cell differentiation, but abnormal methylation patterns have been associated with various diseases, including cancer.
Den fullständiga arvsmassan i bakteriekromosomen.
Samtidig inflammation i hornhinnan och bindhinnan.
Polynukleotider är långa kedjor av nukleotider, som är de grundläggande byggstenarna i nucleinsyror såsom DNA och RNA. Varje nukleotid består av en sockerhaltig bas (purin eller pyrimidin), en fosfatgrupp och en pentos-socker (ribose eller deoxyribose). I polynukleotider är dessa nukleotider kedjebundna med varandra genom fosfatbrückor mellan sockerna i varje nukleotid, vilket resulterar i en lång, slingrande kedja. DNA-molekyler består av två komplementära polynukleotidkedjor som är sammanbundna med varandra genom basparning (A-T och G-C), medan RNA oftast består av en enda polynukleotidkedja. Polynukleotider spelar därför en central roll i arvsförutsättningarna, genuttryck och cellulär reglering
Införande av exogent DNA i någon organisms genom på ställen där det kan komma till uttryck på ett kontrollerat sätt. Integreringen sker som följd av homolog rekombination.
Chromosomal position effects refer to the phenomenon where the location of a gene on a chromosome can affect its expression, or the rate at which it is transcribed and translated into a protein. This can occur when a gene is translocated or repositioned to a new location in the genome through processes such as genetic rearrangement or chromosomal translocation.
En fosfodiesteras är ett enzym som bryter ned specifika fosfatesterbindningar, vanligtvis i molekyler såsom nucleotider och nukleotidföreningar, vilket resulterar i frisättning av fosfatgrupper.
Process som leder till genetisk mutation. Den kan uppstå spontant eller inledas av s k mutagener.
RNA-splitsning, eller RNA-splicing, är ett posttranskriptionellt process där intronsekvenser (icke-kodande sekvenser) exciseras och exonsekvenser (kodande sekvenser) sammanfogas i en RNA-molekyl, vilket resulterar i ett mognare, funktionellt RNA-transkript som kan antingen vara ett messenger RNA (mRNA) för proteintranslering eller ett icke-kodande RNA med viktiga regulatoriska funktioner.
Påskyndande av en kemisk reaktion genom medverkan av en särskild reaktorsubstans, katalysator.
En DNA-glykosylase är ett enzym som bryter kovalenta bindningar mellan basen och den deoxyribos-fosfatbakgrund som utgör DNA:s dubbelhelix. Dessa enzymer spelar en viktig roll i reparationen av skada på DNA, särskilt skador orsakade av oxidativ stress eller mutagena substanser. Genom att bryta bindningen mellan basen och bakgrunden kan den skadade basen tas bort och ersättas med en korrekt bas, vilket hjälper till att återställa DNA:t till dess ursprungliga sekvens.
'Saccharomyces cerevisiae proteins' refererar till proteiner som är specifika för jästsvampen Saccharomyces cerevisiae, även känd som bagerijäst eller öljäst. Detta organismer är välstuderade modellorganismer inom molekylärbiologi och genetik. Proteiner från Saccharomyces cerevisiae har varit av central betydelse för att förstå grundläggande cellulära processer, såsom celldelning, transkription, translation, DNA-replikering och metabolism. Många proteiner från Saccharomyces cerevisiae har blivit välkaraktäriserade och används ofta som referensproteiner i forskning.
Gener som är delaktiga i aktiveringen av enzymet VDJ-rekombinas. RAG-1 ligger på kromosom 11 hos människa (kromosom 2 hos möss) och uttrycks uteslutande i mognande lymfocyter.
I en mening kan "Open Reading Frames" (ORF) definieras som en sekvens av DNA eller RNA som har potentialen att koda för ett protein. ORF börjar med en startkodon, vanligtvis AUG, och fortsätter till nästa stoppkodon (UAG, UAA eller UGA). Den resulterande aminosyrasekvensen kan potentiellt vara kapabel till att bilda ett protein om den översätts korrekt. Det är värt att notera att inte alla ORF:er leder nödvändigtvis till produktionen av ett funktionellt protein, eftersom det kan finnas flera skäl till varför translationen kan misslyckas eller ge upphov till en icke-funktionell peptid.
Poly(deoxiribonukleotid):poly(deoxiribonukleotid)-ligaser. Enzymer som katalyserar hopkopplingen av redan bildade deoxiribonukleotider med fosfodiesterlänkning vid genetiska processer i samband med reparation av enkelsträngsbrott i duplex-DNA. EC 6.5.1.1 (ATP) och EC 6.5.1.2 (NAD).
Korta DNA-sekvenser (vanligtvis ca 10 baspar) som är komplementära till sekvenser av budbärar-RNA och som tillåter omvänt transkriptas att påbörja kopiering av angränsande mRNA-sekvenser. Primrar har utbredd användning som verktyg vid genetiskt och molekylärbiologiskt arbete.
En flerstegsprocess som omfattar DNA-kloning, mappning, subkloning, sekvensering och analys av data.
Utveckling på molekylär nivå i DNA-sekvenser och proteiner.
Proteiner från någon arkeart.
I en enkel medicinsk definition kan 'Pyrimidindimer' beskrivas som två sammanlänkade pyrimidinbaser, vilka är en typ av nukleotidbas som ofta förekommer i DNA och RNA. Pyrimidindimrar kan uppstå naturligt under celldelning eller som ett resultat av mutationer, och de kan ha negativa effekter på cellens funktion och överlevnad. Vissa cancerbehandlingar, såsom chemo- och strålterapi, kan öka antalet pyrimidindimrar i celler, men det är fortfarande oklart om dessa förändringar bidrar till eller skyddar mot cancersjukdomen.
En nukleotidkartläggning är en metod inom genetisk forskning och klinisk diagnostik som används för att bestämma den exakta sekvensen av nukleotider (baser) i DNA:t, vilket kan hjälpa identifiera genetiska varianter eller mutationer som kan vara associerade med olika sjukdomar och tillstånd.
Cytophagaceae is a family of Gram-negative, rod-shaped bacteria that are commonly found in various environments such as soil, water, and the gastrointestinal tracts of animals. These bacteria are known for their ability to degrade complex organic matter, including polysaccharides, proteins, and lipids, using a range of extracellular enzymes.
Arter av släktet Mastadenovirus som orskar en rad sjukdomar hos människa. Infektionerna är mestadels symtomfria, men kan kopplas till sjukdomar i luftvägarna, ögonen och matsmältningssystemet.
"Nukleinsyranaturation" refererer til den proces, hvor nukleinsyre (som DNA eller RNA) ændres fra en "ufoldet" eller "løs" konformation til en mere "foldet" eller "struktureret" konformation som følge af interaktioner mellem de komplementære baser i dobbeltstrengede regioner. Denne proces er ofte katalyseret af temperaturændringer, saltkoncentrationer og andre miljøfaktorer, der påvirker den termodynamiske stabilitet af de intramolekylære interaktioner. I en enkel mening kan "Nukleinsyranaturation" defineres som den proces, hvor nukleinsyren ændrer sin struktur til en mere foldet konformation pga. af intermolekylære interaktioner mellem komplementære baser.
Ett DNA-beroende DNA-polymeras som påvisats i prokaryoter och som möjligen förekommer hos högre organismer. Det uppvisar såväl 3'-5'- som 5'-3'-exonukleasaktivitet, men kan inte använda naturligt förekommande dubbelsträngat DNA som mönsterprimer. Det hämmas inte av sulfhydrylföreningar och är verksamt i både DNA-syntes och -reparation. EC 2.7.7.7.
I medicine, er R-faktorer (Resistansfaktorer) et tal som beskriver graden av resistens hos bakterier eller andre mikroorganismer overfor antibiotika og andre antimikrobielle medisiner. Det oppgis som en verdi som viser hvor mange ganger større resistans en bakteriestam har i forhold til en standardstamme.
DNA-Formamidpyrimidinglykosylas (FPG) är ett enzym som främjar reparation av DNA-skador genom att klyva en specifik typ av skada, nämligen lesioner orsakade av oxidativ stress. FPG binder till den skadade basen och klipper ut den från DNA-strängen, vilket möjliggör för cellens reparationssystem att ersätta den med en korrekt bas. Den specifika typen av lesion som FPG tar hand om är så kallade formamidpyrimidinger, vilka bildas när baserna i DNA utsätts för oxidativ stress och då deformeras på ett sätt som kan störa replikationen och transkriptionen.
Tidigare kallade arkebakterier. De utgör en av de tre huvudgrupper (domäner) av alla levande organismer som anses representera olika utvecklingsriktningar. De två övriga är bakterier och eukaryoter. A rkebakterierna har speciellt RNA, saknar peptidoglykan, men har eterbundet fett i cellmembranen, och de lever i speciella miljöer.
Teknikmetoder för framställning av molekyler som uppvisar de egenskaper som eftersträvas.
Bakteriociner som produceras av stammar av Escherichia coli och därmed besläktade arter. De utgörs av proteiner eller protein-lipopolysackaridkomplex, vilka har dödlig effekt på andra stammar av samma art.
5-((3-karboxi-4-hydroxifenyl)(3-karboxi-4-oxo-2,5-cyklohexadien-1-yliden)metyl)-2-hydroxibensoesyra. Ett färgämne som hämmar proteinbiosyntesen i de första stadierna. Ammoniumsaltet (aluminon) är en f ärgreagens för mätning av aluminium i vatten, livsmedel och vävnader.
Hopparning av purin- och pyrimidinbaser med vätebindningar i dubbelsträngat DNA eller RNA.
"Bakteriellt RNA" refererar till RNA (Ribonukleinsyra) som förekommer hos bakterier. Detta inkluderar olika typer av RNA: messenger RNA (mRNA), ribosomalt RNA (rRNA) och transfer RNA (tRNA). Dessa molekyler spelar viktiga rollar i protein syntesen hos bakterier.
I medicine refererer "cellinje" til en gruppe af celler med ensartet funktion og opbygning, der samarbejder for at udføre en specifik biologisk proces eller opgave i et levende organisme. Celliner er ofte specialiserede i deres struktur og funktion for at udføre deres rolle effektivt, og de kan findes i alle levende organismer, fra encellet bakterie til komplekse flercellede dyr og planter.
I en enkel mening kan temperatur inom medicinen definieras som den grad av värmevariation eller termisk energi som mäts i kroppen hos levande organismer, vanligtvis i enheten Celsius (°C) eller Fahrenheit (°F). Den normala kroppstemperaturen för en vuxen människa varierar vanligtvis mellan 36,5 och 37,5 °C (97,7 till 99,5 °F), även om det kan variera något beroende på individuella skillnader, tid på dygnet och metoden för temperaturmätning.
Poxviridae är en familj av stora, komplexa dubbelsträngade DNA-virus som orsakar sjukdomar hos både djur och människor. De är kända för sin robusta kapsidstruktur och förmågan att producera komplexa virusfabriker inne i värdcellen. Exempel på sjukdomar orsakade av Poxviridae inkluderar mjältbrandsvirus hos människor och smittkoppsvirus hos djur.
I enkelhet kan 'proteinkonfiguration' definieras som den specifika rymdstrukturen och orienteringen hos de aminosyror som utgör ett protein. Denna konfiguration bestäms av proteinkedjans primära struktur (sekvensen av aminosyror) samt hur dessa aminosyror är hopfogade och vevda i rummet, vilket kallas för sekundär, tertiär och kvartär struktur. Proteinkonfigurationen har en direkt betydelse för proteinets funktion och stabilitet.
Metoder för bestämning av olika typer och stammar av bakterier. De mest använda typningssytemen är bakteriofagtypning och serotypning jämte bakteriocintypning och biotypning.
Arrangerad genetisk mutagenes på någon specifik plats i DNA-molekylen som ger en bassubstitution, infogning eller radering.
I jord och vatten vanligt förekommande saprofytisk, grampositiv bakterie.
Kopior av omflyttningsbara (transponerbara) element, spridda i genomet, av vilka några fortfarande är aktiva och ofta kallas hoppande gener. Det finns två klasser av sådana komponenter. Klass 1-element (retroelement, som t ex retrotransposoner, retrovirus, långa och korta spridda nukleotidsegment) ändrar läge genom omvänd transkription av en RNA-intermediär. Klass II-element (omflyttningsbara DNA-segment, som t ex transposoner, Tn-element, infogningssekvenssegment och rörliga genpaket av bakterieintegroner) byter plats direkt från ett läge i DNA till ett annat.
'Proteus vulgaris' är en gramnegativ, aerob eller anaerob bakterie som tillhör familjen Enterobacteriaceae och förekommer naturligt i vatten, jord och djurs gutta. Den kan orsaka opportunistiska infektioner hos människor, särskilt hos immunsupprimerade individer eller vid medicinska ingrepp som exponerar sårbarare vävnad. Infektioner kan vara lokaliserade till urinvägar, hud och slemhinnor, och i allvarliga fall kan orsaka blodförgiftning (sepsis).
Mångfaldigande av en DNA-molekyl.
Polydeoxyribonucleotides are long, synthetic chains of deoxyribonucleotides that are often used in research and medical settings as a component of nucleic acid-based therapies or for the study of DNA structure and function. They can be chemically synthesized with specific sequences to target and manipulate specific genes or genetic elements.
En undergrupp enzymer av transferasklassen som katalyserar överföringen av en metylgrupp från en förening till en annan. EC 2.1.1.
Purin- eller pyrimidinbaser bundna till deoxiribos, med bindning till en fosfatgrupp.
Nukleotider är de grundläggande byggstenarna i DNA och RNA, molekyler som lagrar genetisk information och kodar för proteiner. En nukleotid består av en pentos-socker (ribosa eller deoxyribosa), en fosfatgrupp och en nitrogenbas. Nitrogenbaserna kan vara adenin, guanin, cytosin och uracil i RNA eller thymin i DNA. Nukleotider kopplas samman med varandra genom fosfatbrückor mellan sockerstrukturerna och bildar på så sätt långa polymerkedjor.
DNA-beroende DNA-polymeras i bakterier, djur- och växtceller. Under replikationsförloppet katalyserar dessa enzymer anslutningen av deoxiribonukleotidrester till änden av en DNA-sträng i närvaro av DNA som mallprimer. De har även exonukleasverkan och spelar därför en roll vid DNA-reparation. EC 2.7.7.7.
Sekvenshomologi hos nukleinsyror refererar till den grad av likhet mellan två eller flera nukleotidsekvenser, vanligtvis inom ett genetiskt sammanhang. Denna likhet kan bero på att sekvenserna har en gemensam evolutionär historia och därmed delar en gemensam förfader, vilket indikerar en evolutionär relation mellan dem. Sekvenshomologi används ofta för att undersöka evolutionära samband och funktionella egenskaper hos gener och andra genetiska element.
"Virusproteiner" refererer til proteiner som produceres af et virus for å fullføre sin infeksjonsprosess og reproducerer seg i værtsorganismen. Disse proteinet kan ha ulike funksjoner, såsom å binde til værtscellene for å fremme infeksjonen, å beskytte virusgenomet under overføringen mellom værter eller å hjelpe med replikasjonen av viruset.
En viktig purinbas. I djur- och växtceller förekommer det vanligen kondenserat med ribos eller deoxyribos i nukleosiderna adenosin och deoxyadenosin. Det är således en komponent i nukleinsyror, vissa nukleotider och många koenzymer. Det finns i bukspottkörteln och mjälten.
'Aviärt myeloblastosvirus' är ett RNA- virus som orsakar en dödlig form av leukemi hos höns och använder härmojonger för sin replikering. Det är inte känt att det kan infektera människor eller andra djurartar än höns.
16S RNA er en typ av ribosomalt RNA (rRNA) som finnes i prokaryote ribosomer og har en viktig rolle i translasjonen av genetisk informasjon til proteinsyntese. 16S rRNA-molekylen er en del av den lille ribosomale subuniten og inneholder konserverte sekvensregioner som kan brukes til identifisering og klassifisering av forskjellige arter av bakterier og archaea.
Metalliskt grundämne med kemiskt tecken Mn, atomnummer 25 och atomvikt 54,94. Det är anrikat i cellmitokondrier, främst i hypofysen, levern, bukspottkörteln, njurarna och skelettvävnaden. Det påverkar syntesen av mukopolysackarider, stimulerar produktionen av kolesterol och fettsyror i levern, och utgör en kofaktor för många enzymer, bl a arginas och alkalinfosfatas i levern.
Spjälkning av ett kemiskt ämne genom tillägg av en vattenmolekyl.
'Zinkfingrar' är ett medicinskt termer som refererar till små, tunna plattor gjorda av zinkmetall, som används inom tandvården för att understödja och skydda sårade, känsliga eller utsatta tandrotar. De placeras vanligtvis i direkt kontakt med rotarna under en restaurativ behandling och kan hjälpa till att förebygga fortsatt nedbrytning och infektion.
Plasmider innehållande åtminstone en lambdafag-COS (cohesive-end site). De används som kloningsverktyg vid undersökning av avvikande eukaryota, strukturella gener och som genetiska vektorer för att föra in nukleinsyra från transformerande virus i odlade celler.
Den substans som kromosomerna består av. Den utgörs av DNA, histoner och icke-histonproteiner, vilka återfinns i cellkärnan.
"Biological evolution" refers to the gradual change and diversification of species over time through processes such as mutation, selection, gene flow, and genetic drift. This results in the development of new characteristics and traits in populations, leading to the emergence of new species and the extinction of others. It is a fundamental concept in biology that explains the diversity of life on Earth.
Typarten för släktet Microvirus. Den är en prototyp av små, virulenta DNA-colifager med en enda spiralsträng av cirkulärt DNA som i samband med infektion konverteras till en dubbelsträngad, replikerba r form genom enzymverkan i värdcellen.
"Structure-activity relationship (SAR) refers to the correlation between the chemical structure of a drug or molecule and its biological activity, describing how changes in the molecular structure can affect its ability to interact with biological targets and produce a desired pharmacological response."
Polyomavirus är ett släkte av små, icke-veloppade DNA-virus som infekterar däggdjur, inklusive människor. De orsakar oftast asymptomatiska infektioner hos vuxna, men kan leda till allvarliga sjukdomar hos immunosuppicerade individer. Mänskliga polyomavirus innefattar JC-virus och BK-virus, som kan orsaka progressiv multifokala leukoencefalopati (PML) respektive nefropati.
Ett enzyms förmåga att bibehålla sin strukturform eller sin verkan när det utsätts för lagring, isolering, rening eller annan fysikalisk eller kemisk manipulering, inklusive proteolytiska enzymer och värme.
Genetisk transkription är ett biologiskt process där DNA-sekvensen kopieras till en mRNA-sekvens (meddelande RNA) med hjälp av enzymet RNA-polymeras, vilket möjliggör syntesen av proteiner.