Metagenomics är ett omfattande studieområde inom genomik som fokuserar på att studera alla genomer i en given miljö, till exempel jord, vatten eller mänskliga kroppen, istället för att endast undersöka en specifik organisms genomi. Det innebär att metagenomik handlar om att analysera och identifiera gener och andra genetiska material från alla organismer i en given miljö, oavsett om de kan kultiveras eller inte i ett laboratorium. Denna metod ger forskare möjlighet att upptäcka och undersöka mikroorganismer som tidigare har varit svåra att odla och studera på traditionellt sätt, vilket ger en mer omfattande och detaljerad förståelse av mikrobiella samhällen och deras funktioner.
Metagenom är studiet och analysen av samtliga genomer innehållna i ett specifikt miljöprover, vilket kan innefatta allt från jord, vatten och luft till levande organismer så som mikroorganismer. Detta inkluderar kända arter, tidigare okända arter samt virus, plasmider och andra genetiska element. Metagenomik ger forskarna en unik möjlighet att undersöka mikrobiella gemenskaper i sin naturliga miljö utan behov av isolering och kultivering av renar kulturer, vilket kan ge en mer representativ bild av den biologiska mångfalden i ett visst ekosystem.
Vetenskapen om de mikroorganismer som lever i olika miljöer omkring oss (i luft, jord, vatten osv) och deras eventuella patogena egenskaper i förhållande till andra organismer, inklusive människor.
Encelliga, prokaryota mikroorganismer som i allmänhet har fast cellvägg, som förökar sig genom celldelning och som uppvisar i huvudsak tre former: rund, avlång eller stavliknande, och spiralform. Någr a arter har särskilda rörelseorgan, flageller.
En flerstegsprocess som omfattar DNA-kloning, mappning, subkloning, sekvensering och analys av data.
Släktskapsförhållanden mellan grupper av organismer, baserade på deras genuppsättningar.
Det systematiska studiet av organismers kompletta uppsättning av DNA-sekvenser.
Vanligtvis avses matsmältningssystemet från munnen till ändtarmsöppningen, men inte de anslutna körtelorganen (lever, gallvägar, bukspottkörtel).
Chenopodium ambrosioides, also known as Epazote or Wormseed, is a medicinal plant native to Central America and Mexico. It has been traditionally used in herbal medicine for its antiparasitic, carminative, and analgesic properties. The leaves and seeds are used to treat various ailments such as intestinal parasites, bacterial infections, inflammation, and gastrointestinal disorders including bloating and pain. It is important to note that its use should be under the guidance of a healthcare professional due to potential toxicity in large doses.
I en enkel medicinsk definition kan 'biota' definieras som:
"Microbial Consortia" refererar till en grupp eller en samling av olika mikroorganismer, som normalt förekommer tillsammans i ett specifikt ekologiskt sammanhang och har potentialen att interagera och påverka varandra och sin gemensamma miljö. Dessa mikroorganismer kan vara bakterier, archaeer, svampar, protozoer eller virus, och de kan leva i en symbiotisk, kommensalistisk eller patogenisk relation med varandra. Microbial Consortia kan hittas i en rad olika miljöer, inklusive jord, vatten, luft, djursamhällen och människokroppen. De har potentialen att spela en viktig roll i närings Cykler, biogeokemi, sjukdomsutveckling och bioteknologi.
'Oceans and seas' are vast bodies of saltwater that cover about 71% of the Earth's surface, and they are interconnected as a single global ocean system, which is divided into several large basins, including the Pacific, Atlantic, Indian, Southern (Antarctic), and Arctic Oceans, each with distinct physical and biological characteristics.
Microbiota kan definieras som den sammansatta populationen av små levande organismer, främst bakterier, som lever i och på ett visst miljö, såsom kroppen hos djur och människor. Denna population inkluderar ofta också archaea, svampar, protozoer och virus. Microbiota spelar en viktig roll för sin värdds hälsa genom att bidra till näringsomsättning, skydd mot patogena mikroorganismer och stöd till immunsystemet.
Virusarter, vars nukleinsyra (arvsmassa) består av DNA (deoxiribonukleinsyra).
Den fullständiga arvsmassan i bakteriekromosomen.
'Saltvatten' är en medicinsk term som refererar till vatten med en högre koncentration av salt än vad som finns i vanligt dricksvatten, vilket normalt är mellan 0,5 och 3,5%. Detta är oftast ett ökat innehåll av natriumklorid (NaCl), men kan också innefatta andra slag av salter. Saltvatten kan användas terapeutiskt för att behandla vissa medicinska tillstånd, såsom hudinflammationer och mag-tarmsjukdomar.
Sekventiella instruktioner (programkod) för utförande av en speciell uppgift eller funktion i en dator.
Ett område inom biologin för utveckling och tillämpning av metoder att samla och bearbeta biologiska data, och för bruk av dessa data för upptäckter eller förutsägelser.
Ett fylum anaeroba, gramnegativa bakterier med kemoorganotrof, heterotrof metabolism. Bakterierna tillhör floran i mun och svalg.
En familj mycket små virus, innehållande cirkelformat, enkelsträngat DNA, utan hölje.
En medicinsk definiering av 'virus' är: "Ett smittagent som består av genetisk material, DNA eller RNA, inneslutet i ett proteinhölje och är beroende av värdcellens mekanismer för att kunna reproducera sig."
Tidigare kallade arkebakterier. De utgör en av de tre huvudgrupper (domäner) av alla levande organismer som anses representera olika utvecklingsriktningar. De två övriga är bakterier och eukaryoter. A rkebakterierna har speciellt RNA, saknar peptidoglykan, men har eterbundet fett i cellmembranen, och de lever i speciella miljöer.
16S RNA er en typ av ribosomalt RNA (rRNA) som finnes i prokaryote ribosomer og har en viktig rolle i translasjonen av genetisk informasjon til proteinsyntese. 16S rRNA-molekylen er en del av den lille ribosomale subuniten og inneholder konserverte sekvensregioner som kan brukes til identifisering og klassifisering av forskjellige arter av bakterier og archaea.
"Biologisk mångfald" refererar till den genetiska, arterliga och ekologiska variationen som finns bland levande organismer, inklusive alla deras interaktioner med varandra och deras fysiska omgivning.
En familj gramnegativa bakterier inom ordningen Methylophilales.
I medicinsk kontext, refererar "lesions" till skador eller skadliga förändringar av vävnader eller organ i kroppen. Dessa kan vara orsakade av olika faktorer som trauma, infektion, cancer, genetiska störningar eller åldrande. Lesions kan variera i storlek, djup och svårighetsgrad och de kan ha lokaliserats till en viss plats i kroppen eller spridas över flera områden. De kan orsaka symtom beroende på deras storlek, plats och funktionell påverkan på omgivande vävnader. Vissa lesions kan behandlas med mediciner, operationer eller strålbehandling, medan andra kan vara icke-curabla och kräva livslång övervakning och vård.
Proteobacteria är en fylum (division) av gramnegativa bakterier, inklusive en mångfald artar med olika egenskaper och former. De flesta proteobakterier lever som frisättande individer eller i symbiotiska associationer med andra organismer. Flera är viktiga patogener hos människor, djur och växter. Proteobacteria innehåller även en stor andel artar som spelar nyckelroller i naturens närings- och energicykler, till exempel syrefixerande bakterier och fotosyntetiserande cyanobakterier.
Läran om förhållandet mellan organismer och deras omgivning, särskilt som det yttrar sig i naturliga kretslopp och rytmer, samhällsutveckling och -struktur, samspel mellan olika typer av organismer, geografisk fördelning och populationsförändringar.
Speciella databaser för fakta om gener och genprodukter.
En (schematisk) beräkningsmetod bestående av en serie algebraiska formler och/eller logiska steg för lösning av ett givet problem.
En underavdelning av genetiken som är inriktad på genetiska mekanismer och processer hos mikroorganismer.
I en enkel mening kan "aquatic organisms" definieras som levande väsen som lever och utvecklas i vattenmiljöer. Detta inkluderar både växter (till exempel alger och sjögräs) och djur (till exempel fiskar, blötdjur, kräftdjur och groddjur). Aquatic organisms kan vara marina (levande i saltvatten, till exempel i haven) eller ferska (levande i sötvatten, till exempel i sjöar, floder och vattendrag).
Heterotrofa processer är processer där organismer tar upp och metaboliserar organisk materia från sin omgivning för att få energi och byggmaterial till tillväxt och reproduktion. Heterotroferna skiljer sig på det sättet från autotrofer, som kan producera sin egen organiska materia genom fotosyntes eller kemosyntes.
Marinbiologi är ett forskningsfält som handlar om studiet av organismer och ekosystem som lever i marina (havs) miljöer.
En uppsättning statistiska metoder för gruppering av variabler eller observationer i undergrupper med starkt inbördes förhållande. Inom epidemiologin kan metodiken användas till at analysera en serie av nära sammanhörande händelser eller sjukdomsfall eller andra hälsorelaterade fenomen i förhållande till tid eller plats eller båda.
Vetenskapsgren med inriktning på utnyttjande av organismer, celler eller celldelar för utveckling av tekniskt och kliniskt användbara produkter. Av central betydelse är s k genetisk ingenjörskonst, dv s manipulation av biologiska funktioner på molekylär nivå. De metoder som tillämpas kan omfatta transfektion, kloning, algoritmer för sekvens- och strukturanalys, databaser och analys och förutsägelse av gen- och proteinstrukturfunktioner.
En omfattande samling DNA-fragment som klonats från en viss organism, vävnad, visst organ eller viss celltyp. Biblioteket kan innehålla fullständiga genomsekvenser eller sekvenser av komplementärt DNA; de senare är bildade av mRNA och saknar intronsekvenser.
Närvaron av bakterier, virus och svampar i jord. Termen är inte begränsad till att gälla sjukdomsalstrande organismer.
"High-throughput nucleotide sequencing," also known as next-generation sequencing (NGS), refers to a massively parallel sequencing technology that allows for the rapid determination of nucleotide sequences of large numbers of DNA molecules in a single run. This technology has revolutionized genomics and molecular biology research by enabling the cost-effective, efficient, and accurate sequencing of entire genomes, transcriptomes, and epigenomes. High-throughput sequencing has numerous applications, including genetic variation analysis, gene expression profiling, DNA-protein interactions, and methylation patterns, among others. Overall, it is a powerful tool for understanding complex biological systems at the molecular level.
Ett funktionellt system omfattande organismerna i ett naturligt samfund och deras miljö.
Den fullständiga arvsmassan i DNA- eller RNA-molekylen i ett virus.
En klass bakterier med varierande morfologiska egenskaper. Stammar av Actinobacteria har mer än 80% 16SrRNA-sekvensöverensstämmelse sinsemellan, samt vissa signaturnukleotider.
'Arche-RNA' är ett begrepp inom biologi och genetik som refererar till RNA-molekyler hos arkéer, en grupp enkelcelliga organismer som tillsammans med bakterier och eukaryoter utgör de tre dominerande grenarna av livets stamtree. Arke-RNA kan inkludera olika typer av RNA-molekyler såsom ribosomalt RNA (rRNA), transfer-RNA (tRNA) och messenger-RNA (mRNA). Dessa RNA-molekyler är viktiga för cellens proteinsyntes och genuttryck. Det bör dock poängteras att termen 'Arche-RNA' inte används i den vetenskapliga litteraturen, utan istället talar man om arkéers specifika RNA-molekyler.
Den kompletta arvsmassan i en arkés DNA.
En organisms fullständiga arvsmassa, så som den är representerad i dess DNA eller, i vissa fall, RNA
Vattenflöden, uppvärmda genom geotermisk påverkan. Varma källor i dagen har använts för balneoterapi.
Beskrivningar av specifika sekvenser av aminosyror, kolhydrater eller nukleotider som publicerats och/eller deponerats och hålls tillgängliga i databaser som t ex Genbank, EMBL, NBRF eller andra sekvensdataarkiv.
"Vattenmikrobiologi" är ett område inom mikrobiologin som handlar om studiet av mikroskopiska livsformer, såsom bakterier, archaea, alger, svampar och protozoer, i vattenmiljöer. Detta inkluderar såväl sötvatten som saltvatten, och kan omfatta studier av mikroorganismernas förekomst, aktivitet, interaktion med varandra och med miljön, samt deras roll i vattnets ekosystem och globala näringscykel. Vattenmikrobiologi har betydelse för att förstå och lösa problem relaterade till vattenkvalitet, hälsan hos vattenlevande organismer och människor, och klimatförändringar.
Den genetiska massan hos arkéer.
Ett löst samordnat, världsomfattande datornätverk. De nätverk som utgör Internet är sammankopplade via ett flertal stamnätverk. Internet har sitt ursprung i det amerikanska statliga ARPAnet-projektet, som utvecklades för att underlätta informationsutbyte.
I medicinen, refererar "sekvensinpassning" till processen av matchning eller korrelerande en genetisk sekvens, vanligtvis en DNA- eller RNA-sekvens, med en specifik referenssekvens, för att fastställa dess position, orientering och eventuella variationer i förhållande till den referenssekvensen. Detta används ofta inom genetisk forskning och klinisk diagnostik för att identifiera gener, mutationer eller polymorfismer som kan vara associerade med sjukdomar eller andra hälsotillstånd.