Proteinkonfiguration
I enkelhet kan 'proteinkonfiguration' definieras som den specifika rymdstrukturen och orienteringen hos de aminosyror som utgör ett protein. Denna konfiguration bestäms av proteinkedjans primära struktur (sekvensen av aminosyror) samt hur dessa aminosyror är hopfogade och vevda i rummet, vilket kallas för sekundär, tertiär och kvartär struktur. Proteinkonfigurationen har en direkt betydelse för proteinets funktion och stabilitet.
Erabutoxiner
Toxiner isolerade ur giftet från ormen Laticauda semifasciata, en havsorm (Hydrophidae). De immunogena, grundläggande polypeptiderna, med 62 aminosyror och fyra disulfidbindningar, blockerar irreversibelt de neuromuskulära ändplattorna och orsakar därmed förlamning och svåra muskelskador. De liknar nervgifterna från giftsnokar (Elapidae).
Röntgendiffraktion
Röntgendiff Franktion är en teknik där man använder sig av röntgenstrålning för att undersöka kristallstrukturen hos ett material, genom att studera hur strålningen diffunderas eller spridits av atomerna i kristallen. Detta ger upphov till unika mönster som kan användas för att identifiera och analysera materialets egenskaper på atomnivå.
Modeller, molekylära
Magnetisk resonansspektroskopi
Struktur-aktivitet-relation
"Structure-activity relationship (SAR) refers to the correlation between the chemical structure of a drug or molecule and its biological activity, describing how changes in the molecular structure can affect its ability to interact with biological targets and produce a desired pharmacological response."
Aminosyrasekvens
Proteinbindning
"Proteinbindning refererar till den process där ett protein binder specifikt till ett annat molekylärt substance, såsom en liten molekyl, ett annat protein eller en jon, vanligtvis genom non-kovalenta interaktioner som hydrogenbindning, Van der Waals-kräfter och elektrostatiska attraktioner. Denna bindning kan regulera funktionen hos det bundna substanceet och är av central betydelse för många biologiska processer, inklusive signaltransduktion, enzymsk aktivitet och transport av molekyler inom cellen."
Proteinstruktur, sekundär
Molekylsekvensdata
Cirkulär dikroism
Bindningsplatser
Proteinstruktur, tertiär
Termodynamik
Termodynamik är en gren inom fysiken som deals med studiet av system och processer där energiförändringar sker, och hur denna energi omvandlas och överförs mellan system. Termodynamiken beskriver tre lagar (eller principier) som ger oss insikt i hur energin i ett system kan förändras under en process. Dessa lagar är:
Proteinveckning
Proteinveckning, eller proteinfoldning, är den process där ett proteinmolekyl plattar ut sig självt och bildar en tredimensionell struktur, som är nödvändig för dess funktion. Denna process sker spontant och är styrd av interaktionerna mellan de aminosyror som proteinets sekvens består av. Fel i proteinveckningen kan leda till att proteinet inte fungerar korrekt, vilket kan orsaka sjukdomar.
Vätebindning
Lösningar
In the context of medicine, a solution refers to a homogeneous mixture of two or more substances, where one substance, the solute, is uniformly distributed throughout another substance, the solvent. The solvent is typically a liquid, but it can also be a gas or a solid. The solute can be a solid, liquid or gas. Once the solute is dissolved in the solvent, the particles of the solute are dispersed and cannot be seen or separated from the solvent using ordinary methods. An example of a medical solution is a saline solution, where sodium chloride (salt) is dissolved in water to create a mixture used for irrigation, cleaning wounds or as a medication.
Nukleär magnetisk resonans, biomolekular
"Nuclear magnetic resonance (NMR) in a biological or biomolecular context refers to the use of NMR spectroscopy to study the structure, dynamics, and function of biological macromolecules such as proteins, nucleic acids, and carbohydrates. By placing these molecules in a strong magnetic field and applying radiofrequency pulses, researchers can observe and measure the magnetic properties of certain atomic nuclei (such as hydrogen-1, carbon-13, and nitrogen-15) within the molecule. These measurements provide information about the local chemical environment, molecular structure, and motion, which can be used to elucidate important biological processes and interactions at the molecular level."
Polymorfism, enkelsträngad konformationell
Enkelsträngad konformationell polymorfism är en förekomst av flera stabila, diskreta konformationer hos en enskild ensträngat DNA-sekvens, orsakade av subtila skillnader i basparstaplingsvinklar och/eller rotationsfriheter, vilket ger upphov till differentierad struktur men inte ändrar den grundläggande sekvensen.
Mutation
Modeller, kemiska
Molecular Dynamics Simulation
"Molecular Dynamics Simulation" är en beräkningsmetod inom molekylär modellering där man studerar system av atomar partiklar och deras rörelser över tiden. Metoden bygger på att lösa Newtons rörelselagar för varje partikel i simulerade volymer, vilket möjliggör en detaljerad analys av systemets dynamiska egenskaper, inklusive struktur, konformation och termodynamisk beteende. Detta används ofta för att undersöka biokemiska processer på molekylär nivå, till exempel proteiners flexibilitet, ligandbindning och kemiska reaktioner.
Ligander
Molekyler som binder till andra molekyler, särskilt ifråga om små molekyler som binder specifikt till större molekyler, t ex ett antigen som binder till en antikropp, ett hormon eller en neurotransmittor som binder till en receptor, eller ett substrat eller allosterisk effektormolekyl som binder till ett enzym. Ligander kan även utgöras av molekyler som avger eller tar upp ett elektronpar för att bilda en koordinerad kovalent bindning med den centrala metallatomen i ett koordinationskomplex.