Nukleosomer är de basala enheterna i kromatin, som består av DNA wrapped around histonproteinkärnor. Varje nukleosom innehåller 146 baspar DNA och två varianter av Histonoktamer (H3, H4)2(H2A, H2B)2. Nukleosomer är viktiga för kompaktiseringen av DNA i kromatin och regleringen av genuttryck genom att påverka tillgängligheten av DNA för transkriptionsfaktorer och andra proteiner som binder till DNA.

Små kromosomproteiner (ca 12-20 kD) med öppen, oveckad struktur och kopplade till cellkärnors DNA med jonbindning. Klassificeringen i olika typer (histon I, histon II osv) är baserad på mängdförhållandet mellan arginin och lysin i var och en av typerna.

Den substans som kromosomerna består av. Den utgörs av DNA, histoner och icke-histonproteiner, vilka återfinns i cellkärnan.

Ett enzym som katalyserar endonukleolytisk klyvning till 3'-fosfomononukleotid- och 3'-fosfoligonukleotidslutproduktrer. Det kan orsaka hydrolys av dubbel- och enkelsträngat DNA eller RNA. EC 3.1.31.1.

Chromatin assembly and disassembly refer to the processes of organizing and reorganizing eukaryotic DNA with histone and non-histone proteins to form chromatin structures in the cell. Chromatin is the material that makes up chromosomes, consisting of DNA wrapped around histone octamers, which are composed of two copies each of the core histones H2A, H2B, H3, and H4.

En deoxiribonukleotidpolymer som utgör den grundläggande genetiska substansen i alla celler. Eukaryota och prokaryota organismer har normalt sitt DNA ordnat i dubbelsträngade strukturer, men i många viktiga biologiska processer ingår under vissa skeden enkla strängar. DNA, som består av en flersockerarts-fosfatstam med utskott av puriner (adenin och guanin) och pyrimidiner (tymin och cytosin), bildar en dubbelspiral som hålls ihop med vätebindningar mellan purinerna och pyrimidinerna (adenin mot tymin (AT) och guanin mot cytosin (GC)).

Nukleoproteiner som i motsats till histoner är syralösliga. De spelar en roll i kromosomernas funktioner; de binder, t ex, selektivt till DNA, stimulerar transkription, vilket leder till vävnadsspecif ik RNA-syntes, och genomgår specifika förändringar som svar på olika hormoner eller växtmitogener.

Bildande av acetylderivat.

'Saccharomyces cerevisiae' är en art av jästsvamp som tillhör kungariket svampar, och är vanligt förekommande i naturen på frukt, grönsaker och jord. Den är en enkelcellig eukaryot organism med en diameter på omkring 5-10 Mikrometer.

'Saccharomyces cerevisiae proteins' refererar till proteiner som är specifika för jästsvampen Saccharomyces cerevisiae, även känd som bagerijäst eller öljäst. Detta organismer är välstuderade modellorganismer inom molekylärbiologi och genetik. Proteiner från Saccharomyces cerevisiae har varit av central betydelse för att förstå grundläggande cellulära processer, såsom celldelning, transkription, translation, DNA-replikering och metabolism. Många proteiner från Saccharomyces cerevisiae har blivit välkaraktäriserade och används ofta som referensproteiner i forskning.

Genetisk transkription är ett biologiskt process där DNA-sekvensen kopieras till en mRNA-sekvens (meddelande RNA) med hjälp av enzymet RNA-polymeras, vilket möjliggör syntesen av proteiner.

Den klara, insnörda delen av kromosomen där kromatiderna är förenade och genom vilken kromosomen är förbunden vid spindelfibrerna under celldelningen.

En familj HMG-proteiner som binder till nukleosomer.

I en enkel mening kan "nukleinsyrakonfiguration" referera till den specifika rymden eller position som en nukleotid eller ett baspar tar upp i en nukleinsyra, såsom DNA eller RNA. Detta inkluderar vilken sida av strängen varje nukleotid befinner sig på, och i vilket läge de är rotade. I DNA utgörs konfigurationen ofta av en dubbelhelix med antiparallella strängar, där varje baspar består av en adenin (A) som parar sig med en timin (T), och en guanin (G) som parar sig med en cytosin (C). I RNA är konfigurationen ofta en enkelsträngad helix, där uracil (U) ersätter timin (T) som basparningspartner till adenin (A).

Vanlig benämning för arten Gallus gallus, tamfjäderfä inom familjen Phasianidae och ordningen Galliformes.

Transkriptionsfaktorer är proteiner som binder till DNA-regulatoriska sekvenser och kontrollerar transkriptionen av gener, vilket påverkar syntesen av specifika proteinmolekyler i cellen.

Ett enzym med förmåga att hydrolysera starkt polymeriserat DNA genom att bryta fosfodiesterbindningar, företrädesvis vid en pyrimidinnukleotid. Sålunda katalyseras endonukleolytisk klyvning av DNA, vilket ger 5'-fosfodi- och oligonukleotidslutprodukter. Enzymet verkar främst på dubbelsträngat DNA. EC 3.1.21.1.

I en enkel mening kan promotorregionen inom genetiken definieras som den del av ett genetiskt material (DNA) där transkriptionsfaktorer binder till att initiera transkriptionen av ett specifikt gen. Promotorregionen ligger vanligtvis uppströms (5'-ändan) av det gen som ska transkriberas och innehåller ofta cis-regulatoriska element som reglerar genuttrycket genom att påverka bindningen av RNA-polymeras II, enzymet ansvarigt för transkriptionen av protein kodande gener.

En familj icke-histonproteiner med låg molekylvikt som finns i kromatin.

De processer genom vilka cellkärnors, cytoplasmatiska eller intercellulära faktorer inverkar på differentieringsstyrningen av genaktiviteten hos svampar.

Deoxiribonukleinsyra (arvsmassa) hos svampar.

"5S RNA är en typ av ribosomalt RNA som är en komponent i de mindre suben av ribosomen, molekyler där protein syntesis sker inom celler. Denna specifika typ av RNA hjälper till att bilda den aktiva platsen för proteinsyntesen genom att interagera med ribosomala proteiner i den mindre suben."

Nucleosome Assembly Protein 1 (NAP-1) är ett protein som hjälper till att underlätta formationen och positioneringen av histonkärnpartiklar, även kallade nucleosomer, i DNA-strängar. Nucleosomer består av en kolv av åtta histonproteiner som DNA-strängen är vindad runt. NAP-1 binder till histonerna och hjälper till att transportera dem till rätt position på DNA-strängen, där de kan organisera och komprimera DNA:t för att spara plats i cellkärnan och reglera genuttryck genom att hindra eller underlätta transkriptionsfaktorers bindning till DNA. NAP-1 är också känt som Nucleosome Assembly Factor 1 (NAF-1) och Nucleosomal Histone Binding Protein 1 (NHP1).

Ringformat, supertvinnat duplex-DNA som isolerats från virus, bakterier och mitokondrier. Denna superhelixform av DNA har tillgång till fri energi. Under transkriptionsfasen är omfattningen av RNA-initiering proportionell mot superhelixgraden hos DNA:t.

Proteiner som binder till DNA. Till denna familj hör proteiner som binder till såväl dubbelsträngat som enkelsträngat DNA, och den omfattar även specifika DNA-bindande proteiner i serum som kan användas som markörer för tumörsjukdomar.

Proteiner konjugerade med deoxiribonukleinsyror (DNA) eller specifikt DNA.

En histonacetyltransferas (HAT) är ett enzym som överför en acetylgrupp från acetyl-CoA till lysinrester på histonproteiner, vilket leder till luftigare och mer lösliga kromatinstrukturer och ökad genaktivitet.

"Proteinbindning refererar till den process där ett protein binder specifikt till ett annat molekylärt substance, såsom en liten molekyl, ett annat protein eller en jon, vanligtvis genom non-kovalenta interaktioner som hydrogenbindning, Van der Waals-kräfter och elektrostatiska attraktioner. Denna bindning kan regulera funktionen hos det bundna substanceet och är av central betydelse för många biologiska processer, inklusive signaltransduktion, enzymsk aktivitet och transport av molekyler inom cellen."

Purin- och pyrimidinföljden i nukleinsyror och polynukleotider. Kallas även nukleotid- eller nukleosidsekvens.

Enzymer som katalyserar verkan av hydrolaser på esterbindningar i DNA. EC 3.1.-.

Ett genom evolutionen bevarat 10-kD kärnprotein som binder nukleosomer och kan vara delaktigt i uppackningen av kromatin.

Transcription Initiation Site (TIS) refererar till den specifika positionen på DNA:t där transkriptionen av ett gener avses att starta. Det är platsen där RNA-polymeras binds till DNA-strecket och börjar syntetisera en mRNA-molekyl under genuttryck. I eukaryota celler kan TIS också benämnas cap site, eftersom den första nukleotiden i den transkriberade RNA-strängen ofta har en modifiering som kallas en 5'-kap.

Den fullständiga arvsmassan i kromosomuppsättningen hos svamp.

En grupp enzymer som katalyserar hydrolys av ATP i förening med annan funktion, som t ex transport av Ca(2+) genom ett membran. EC 3.6.1.3.

En i den eukaryota cellen belägen, höljeomgiven kropp, som innehåller kromosomer och en eller flera nukleoler. Höljet består av ett dubbelmembran, genomsatt av ett antal porer. Det yttre membranet öve rgår i det endoplasmatiska nätverket. Det kan finnas mer än en kärna i en cell.

Transcriptional Elongation Factors refer to a group of proteins that play an essential role in the process of transcription by regulating the elongation phase of RNA polymerase II, which is responsible for transcribing most protein-coding genes in eukaryotic cells. These factors help to facilitate the efficient and accurate synthesis of mRNA molecules from DNA templates by overcoming various barriers and promoting the stable association of RNA polymerase II with the template during transcription elongation. Transcriptional Elongation Factors can also contribute to the regulation of gene expression through their involvement in various regulatory mechanisms, such as chromatin remodeling, histone modification, and promoter clearance.

En metod för bestämning av sekvensspecificitet för proteiner som binder till DNA. Vid DNA-fotavtryck används något DNA-nedbrytande medel (kemikalie eller nukleas), som klyver alla basparen. Vid bindningsställena för proteinet i fråga sker ingen klyvning.

Antigener som, trots att de utgörs av beståndsdelar av normal kroppsvävnad, blir måltavla för ett humoralt eller cellförmedlat immunsvar.

En teknik för identifiering av specifika DNA-sekvenser, bundna, in vivo, till proteiner av intresse. Metoden omfattar formaldehydfixering av kromatin för att korslänka DNA-bindande proteiner med DNA. Sedan DNA klippts upp i små fragment isoleras specifika DNA-proteinkomplex med hjälp av immunprecipitering med proteinspecifika antikroppar.

Histone chaperons are a group of proteins that assist in the assembly, disassembly, and exchange of histone-DNA complexes during processes such as DNA replication, repair, and transcription. They play a crucial role in maintaining genome stability by preventing the formation of non-specific nucleosome structures and facilitating the access of various nuclear machinery to chromatin. Histone chaperones do not remain associated with the final nucleosome structure but rather help in the transient binding and transfer of histones during chromatin dynamics.

De reaktiva områden på en makromolekyl som är direkt envolverade i dess specifika sammankoppling med en annan molekyl.

Den första, kontinuerligt odlade cellinjen av humana, maligna celler, vilka kom från ett livmoderhalskarcinom hos "Henrietta Lacks". Cellerna används för virusodling och testning av cancerpreparat.

Tillägg av metylgrupper. I histokemi används metylering för att förestra karboxylgrupper och avlägsna sulfatgrupper genom att behandla vävnadssnitt med het metanol i närvaro av saltsyra.

Högfrekvent repetitiva DNA-sekvenser i heterokromatin, för det mesta i närheten av centromerer. De består av enkla, mycket korta sekvenser (se minisatellitupprepningar) som upprepas parvis många gånger, så att stora sekvensblock bildas. Därutöver upprepas, efter anhopning av mutationer, även dessa block parvis. Upprepningsfrekvensen är av storleksordningen 1000 till 10 miljoner gånger vid varje locus. Antalet sådana loci är litet, vanligtvis ett eller två per kromosom. De har kommit att kallas satelliter eftersom de i densitetsgradienter ofta sedimenterar som distinkta satellitband utanför den stora massan av genom-DNA pga sin speciella bassammansätting.

RNA-polymerase II är ett enzym som katalyserar transkriptionen av DNA till RNA, specifikt för protein kodande gener i eukaryota celler.

Beskrivningar av specifika sekvenser av aminosyror, kolhydrater eller nukleotider som publicerats och/eller deponerats och hålls tillgängliga i databaser som t ex Genbank, EMBL, NBRF eller andra sekvensdataarkiv.

Experimentella eller teoretiska modeller för undersökning av molekylers form, elektroniska egenskaper eller interaktioner. Hit hör även analoga molekyler, datorframställd grafik och mekaniska strukturer.

Den del av kromosommaterialet som förblir komprimerad och inte ingår i transkriptionsaktiviteten under interfasen.

Ett genom evolutionen bevarat 9-kD kärnprotein som binder nukleosomer och kan vara delaktigt i uppackningen av kromatin.

Cellkärneproteiner är proteiner som lokaliseras till cellkärnan och utövar strukturella, regulatoriska eller katabola/anabola funktioner inom cellkärnans olika kompartment, såsom kromosomer, karyolymfa och kärnmembran.

Nucleoplasmin är ett protein som huvudsakligen förekommer i kärnan hos eukaryota celler. Det har en viktig roll i den kromatinremobilisering och nukleosomförsamling som sker under celldelningen. Nucleoplasmin binder till histonproteiner, som är en del av nukleosomen, och hjälper till att destabilisera dem så att DNA-strängarna kan separeras inför celldelningen. Efter celldelningen hjälper nucleoplasmin till att återbilda nukleosomen genom att assistera vid deras sammansättning. Detta gör att nucleoplasmin är viktigt för underhållet och funktionen av kromatinstrukturen i cellkärnan.

Enzymer som katalyserar överföringen av en acetylgrupp, vanligen från acetylkoenzym-A, till någon annan förening. EC 2.3.1.

Nukleoproteiner är proteiner som har en nära association med nukleinsyra, det vill säga DNA eller RNA. Denna association kan vara permanent eller tillfällig och kan involvera icke-kovalenta bindningar mellan proteinets aminosyrarestser och fosfatgrupperna i nukleinsyran. Nukleoproteiner har ofta en strukturell roll, där de hjälper till att ge stabilitet och form åt nukleinsyrorna, men de kan också ha en funktionell roll i cellulära processer som replikation, transkription och translation. Ett exempel på ett nukleoprotein är kapsidproteinet hos en virus, som omger och skyddar virala genomet.

Mångfaldigande av en DNA-molekyl.

Röda blodceller. Mogna blodkroppar saknar kärna, är formade som bikonkava skivor, och innehåller hemoglobin, vars funktion är att transportera syre. Syn. erytrocyter.

Organoquicksilverföreningar är kemiska föreningar som innehåller kol (organisk del) bundet till kvicksilver (metallisk del) via kovalenta bindningar, vilka ofta används inom områden som medicin, odling av frön och industriella tillämpningar, men som också är föremål för miljö- och hälsofrågor på grund av deras toxicitet och långa biologiska halveringstid.

I en prokaryot cell eller i kärnan av en prokaryot cell utgör kromosomer strukturella enheter bestående av eller innehållande DNA som bär den genetiska information som är väsentlig för cellen.

En typ av svepmikrosond där en sond systematiskt åker över ytan på ett preparat i ett rastermönster. Den verikala rörelsen registreras då en fjäder på sonden stiger och faller med toppar och gropar på ytan. Dessa utslag ger upphov till en topografisk bild av preparatet.

Teoretiska framställningar som simulerar skeenden i genetiska processer eller fenomen. I modellerna ingår även matematiska beräkningar, datorer och annan elektronisk utrustning.

"Epigenetiskt genetiskt" är ett begrepp inom forskningen som refererar till de förändringar i genuttryck som inte beror på ändringar i DNA-sekvensen, utan istället på andra mekanismer som påverkar geners aktivitet. Dessa mekanismer kan inkludera metylering av DNA, modifikationer av histonproteiner och RNA-interferens. Epigenetiska förändringar kan vara reversibla och är ofta beroende av miljön och åldern, till skillnad från genetiska förändringar som är ärftliga och orsakas av mutationer i DNA-sekvensen. Epigenetiska förändringar kan spela en viktig roll i cellulär differensiering, cancerutveckling och åldrande.

En nukleinsyrasekvens med ett större än genomsnittligt antal adenin- och tyminbaser.

*Xenopus laevis* är ett grodartat vattenlevande laboratoriedjur, ursprungligen från Afrika, som används inom biomedicinsk forskning på grund av sin tolerans mot labormiljö och snabba reproduktion. Det är känt för sina läppknölar och används ofta i utvecklingsbiologi för att studera embryonal utveckling, genetik och toxikologi.

Chromatin Assembly Factor-1 (CAF-1) är ett proteincomplex som spelar en viktig roll i nukleosomförsamling och kromatinstrukturreglering under DNA-replikering och transkription. CAF-1 hjälper till att koordinera depostitionen av histon H3 och H4, tillsammans med deras modifieringsmönster, på nyss replikerad DNA för att upprätthålla kromatinstrukturen och genreglering.

I en enkel mening kan 'Poly dA-dT' definieras som en artificiell, repeaterande DNA-sekvens där en sträng bestående av adenin (A) baser parar sig med en komplementär sträng bestående av thymin (T) baser. "Poly" refererar till den repetitiva naturen av sekvensen. Denna typ av konstrukt används ofta i molekylärbiologi för att exempelvis kappa (skära upp) DNA-molekyler eller skapa plasmidkonstruktioner.

Det genetiska materialet i svampar. Hit hör även sexgenerna (typgenerna för parning) hos Saccharomyces cerevisiae.

"Tertiär proteinstruktur refererar till den tresdimensionella formen och flexibiliteten hos ett protein, som resultat av specifika interaktioner mellan dess sekundära strukturelement, såsom alfa-helixar och beta-skikt."

Föreningar och molekylkomplex som består av ett stort antal atomer och som i allmänhet är mer än 500 kD. I biologiska system kan makromolekylära ämnen åskådliggöras med elektronmikroskopi och särskiljas från organeller genom avsaknaden av membranstrukturer.

"Simian Virus 40 (SV40) is a DNA tumor virus that is found in some species of monkeys and is known to cause cancerous and noncancerous transformations in human cells in vitro. It has been studied extensively as a model for viral oncogenesis."

En plasmid är en liten, cirkulär dubbelsträngad DNA-molekyl som kan replikera självständigt och förekommer hos bakterier och andra encelliga organismer. Plasmider kan överföras mellan celler och innehåller ofta gener som ger resistens mot antibiotika eller kodar för toxiner. De används också i molekylärbiologi som vektorer för kloning av gener.

Trioxsalen är ett fotosensitivt medel som används inom dermatologi vid behandling av olika hudåkommor, såsom psoriasis och eksem. Preparatet består av en kemisk förening som kallas trimetylpsoralen och används i kombination med UV-A-strålning för att minska överdriven celldelning och på så sätt lindra symptomen på huden.

Strukturer i kärnan hos svampceller, bestående av eller innehållande DNA och som bär den genetiska information som är väsentlig för cellen.

Kromosomområden som inte är så tätpackade och som är lättare tillgängliga för RNA-polymeraser än heterokromatin. De ger även en differentierad färgning i kromosombandpreparat.

En essentiell aminosyra. Den tillsätts ofta djurfoder.

Xenopus är ett släkte av stjärtgroddjur som tillhör familjen pipagrodor. Oftast refererar termen "Xenopus" till den välkända art som kallas Xenopus laevis, eller afrikansk klumpfotgrodan, som används flitigt inom biomedicinsk forskning på grund av dess lätthanterlighet och robusta hälsa. Dessa grodor är ursprungligen från Afrika och kännetecknas av sina kraftiga, simhjulsliknande bakben och sin förmåga att producera ett stort antal ägg i en enda omgång.

Deacetylaser som avlägsnar N-acetylgrupper från sidokedjorna till aminosyror i histoner. Några av dessa tillhör proteinfamiljen sirtuiner.

Avbrytande eller undertryckande av en gens uttrycksfunktion på transkriptions- eller translationsnivå.

En typ av elektrofores där agar eller agarosgel används som diffusionsmedium.

Osmolaritet är ett mått på koncentrationen av osmotiskt aktiva partiklar, vanligtvis lösta joner och molekyler, per liter i en lösning. Det specificerar den totala mängden små partiklar som bidrar till osmosen, ett fenomen där vatten diffunderar över en semipermeabel membran från en region med lägre salthalt till en region med högre salthalt för att nå jämvikt. Osmolaritet uttrycks vanligtvis i osmol/L (osmoler per liter).

Makromolekylära "formar" för syntes av komplementära makromolekyler, som vid DNA-replikation, transkription av DNA till RNA och translation av RNA till polypeptider.

Alla proteiner som förekommer i svampar.

Kovalent slutna DNA-ringar i bakterier, många virusarter, mitokondrier och plastider. Plasmider är små molekyler av dubbelsträngat, cirkulärt DNA. Små, spridda DNA-ringar har även påträffats hos ett flertal eukaryota organismer och antas vara homologa med kromosom-DNA och ha förmåga att inkluderas i, och uteslutas ur, kromosomalt DNA. Cirkulärt DNA uppstår genom slingbildning och uteslutning av DNA-fragment, och innehåller en konstant region av my-segmentets tunga kedja och 3'-delen av my-segmentets växlingsregion. Denna DNA-variant är en normal produkt av omkastning bland gensegment som kodar för de variabla regionerna i immunglobulinets lätta och tunga kedjor och T-cellreceptorn.