Pentosfosfatbana
I en enkel medicinsk definition, är pentosfosfatbanan (PP-pathway) en biochemisk väg som innebär en serie enzymkatalyserade reaktioner inom cellen. Denna väg spelar en central roll i cellens energihushållning, särskilt under cellandningen (oxidativ metabolism), och är också involverad i syntesen av vissa biologiskt viktiga molekyler som ribose-5-fosfat, som används för att bygga upp DNA och RNA. PP-pathway hjälper också till att reglera nivåerna av oxidativ stress inom cellen genom att producera NADPH, en molekyl som deltar i antioxidativt försvar.
Pentosfosfater
"Pentosifosfat är ett molekylärt substance och en viktig del i cellens energihushållning. Det är en fosforesterad pentos, en sockerart med fem kolatomer, och fungerar som en viktig reduktant i cellens metabolism."
Transaldolas
Transaldolase är ett enzym som katalyserar överföringen av en tre carbonsyraenhet (dihydroxyacetonfosfat) från sedoheptulozofosfat till glyceraldehyd-3-fosfat under glukoneogenes och pentosfosfatvägen. Detta enzym hjälper till att reglera ämnesomsättningen i celler genom att producera nya kolhydrater och återanvända delar av dem som redan finns.
Transketolas
Transketolase är ett enzym som katalyserar överföringen av en aktivt kol (ett två-carbon-grupp) från en ketosuktoros till en aldose under pentosfosatvägen i glukoneogenes och Calvin-cykeln. Detta hjälper till att producera pentoser, som är fem-karbonylhydrater, vilket är viktigt för syntesen av nukleotider och andra biomolekyler. Transketolas har också visat sig ha en potential roll i att reducera oxidativ stress genom att konvertera glukos till sedoheptuloz, en aldopentos, vilket kan hjälpa till att minska nivåerna av reaktiva syrearter.
Fosfoglukonatdehydrogenas
Glukosfosfatdehydrogenas
Xylos
Xylos är ett kolhydrat som är en pentos, en monosackarid med fem kolatomer, och består av en pentosestruktur som innehåller en hydroxylgrupp (-OH) i position 5 istället för en Aldehydgrupp (-CHO), vilket gör att det är en sockeralkohol (en polyol). Xylos förekommer naturligt i vissa vegetabiliska material, såsom trä, spannmål och frukt. Det används också kommersiellt inom livsmedelsindustrin som en sockerersättning och som en råvara för framställning av andra kemikalier.
Ribos
Ribosomes are complex molecular machines found within cells that translate messenger RNA (mRNA) into proteins during the process of protein synthesis. They consist of two subunits, one large and one small, composed of ribosomal RNA (rRNA) and proteins. Ribosomes play a crucial role in maintaining cellular function and survival by producing the necessary proteins required for various biological processes.
Ribosmonofosfater
Ribosomal monophosphates are chemical compounds that constitute the building blocks of ribonucleic acid (RNA) in a cell. Specifically, they refer to the monophosphate esters of ribose, a sugar, linked to one of the four nitrogenous bases found in RNA: adenine, guanine, cytosine, or uracil. These compounds are crucial for protein synthesis as they participate in the formation of ribosomes where translation of genetic information into proteins occurs.
Arabinos
En pentos vars D-isomer har stor utbredning i växtriket, i komplexa polysaccharider. Det används i odlingsmedia.
Ribulosfosfater
Ribulose-1,5-bisfosfat är ett viktigt intermediärt compound i Calvincykeln, även känd som den ljusberoende delen av fotosyntesen hos växter och vissa bakterier. Det är en pentosa (en fem carbonsyra) fosfaterad vid båda kol 1- och kol 5-positionerna. Ribulose-1,5-bisfosfat spelar en central roll i den första reaktionen av Calvincykeln där koldioxid fixeras till organisk form.
Glukos
Glykolys
Den process i vilken glukos kataboliseras till två pyrodruvsyramolekyler med bildande av ATP.
Xylitol
Xylitol är ett sötningsmedel som är naturligt förekommande i vissa frukter och grönsaker, men som vanligtvis framställs kommersiellt genom att behandla xylan, en typ av kolhydrat som finns i trä och andra vegetabiliska material. Xylitol har ungefär lika mycket sötma som socker, men har cirka 40% färre kcal per gram. Det är ett populärt alternativ till socker för diabetiker och för dem som vill minska sin intag av kolhydrater och kalorier. Xylitol används också i vissa tandvårdsprodukter, eftersom det har visat sig kunna reducera tooth decay genom att hämma bakteriers förmåga att metabolisera socker och producera syra som skadar tänderna.
NADP
NADP, eller mer formellt NADP+ (nicotinamidadenindinukleotidfosfat), är ett viktigt koenzym i celler och spelar en central roll i cellers energihushållning och metabolism. Det är ett vattenlösligt koenzym som deltar i redoxreaktioner, det vill säga reaktioner där elektroner överförs mellan molekyler. NADP+ kan acceptera två elektroner och en proton (H+), vilket resulterar i att den reduceras till NADPH.
Glukonater
Glukonogenesis är en metabolisk process där kroppen producerar glukos (en enkel sockerart) från icke-sockermolekyler, ofta aminosyror eller fettsyror. Glukonater är intermediära produkter i denna process och består av en lång kedja av kol, syre och vattenmolekyler som bildas när ett ämne bryts ned och omvandlas till glukos. Detta sker vanligtvis under fastande tillstånd eller när kroppen behöver mer energi än vad den får från kolhydratrik matintag.
Hexoser
Citronsyracykel
Glyceraldehyd-3-fosfat
En aldotrios som utgör ett viktigt mellansteg vid glykolys och vid biosyntesen av tryptofan.
Kolisotoper
Stabila kolatomer med samma atomnummer som grundämnet kol, men med annan atomvikt. C-13 är en stabil kolisotop.
Glukos-6-fosfat
En ester av glukos med fosforsyra, som bildas under glukosomsättningen i däggdjursceller och andra celler. Den ingår normalt i muskelvävnad i vila, och är sannolikt i ständig jämvikt med fruktos-6-fosfat.
Xylulos
Xylulose är en hexos, det vill säga en monosackarid med sex kolatomer, som förekommer naturligt i naturen. Det är ett så kallat epimer av ribulose och kan konverteras till varandra genom en process som kallas epimerisering. Xylulose kan bland annat bildas som en del av stoffomsättningen hos människor och djur, men det spelar ingen direkt roll i vår energiproduktion eller ämnesomsättning.
Glukos-6-fosfatisomeras
Ett enzym som katalyserar den reversibla omvandlingen mellan glukos-6-fosfat och fruktos-6-fosfat och utgör en del av de glykolytiska och glukoneogena förloppen. Brist på enzymet, en autosomalt recessiv egenskap, leder till glykogenes i levern och hemolytisk anemi. EC 5.3.1.9.
Jäsning
Koldioxid
Aldos-ketosisomeraser
Enzymer som katalyserar omvandlingen mellan aldoser och ketoser. EC 5.3.1.
Aldehydlyaser
Kolhydratmetabolism
Kolhydratmetabolism är den biologiska processen där kolhydrater, som glukos, stärkelse och cellulosa, baksedes, omvandlas och lagras eller oxideras för att frigöra energi i levande organismer. Denna process inkluderar nedbrytning av komplexa kolhydrater till enklare sockermolekyler, glukos, som kan tas upp av cellerna och användas som energikälla eller lagras som glykogen i levern och musklerna. Kolhydratmetabolismen innefattar också syntesen av ny kolhydrater från enklare byggstenar, såsom glukos, för att producera bland annat polysackarider som cellulosa och stärkelse i växter.
Sockeralkoholer
Sockeralkoholer, även kända som sugeralkoholer eller polyoler, är en grupp sockerartade substanser som används som sötningsmedel och texturbildare inom livsmedelsindustrin. De är strukturellt relaterade till sockret (sackaros), men har en annorlunda kemisk struktur som ger upphov till lägre kaloriinnehåll och långsammare sötningskurva än sockret.
Gluconobacter oxydans
En stavformad eller avlång, gramnegativ bakterie som oxiderar etanol till ättiksyra och trivs i sockerrik miljö.
Biofuels
Biobränslen är en typ av förnyelsebar energikälla som produceras från organiskt material, såsom växter eller avfall, genom biokemiska processer som fermentering och/eller termisk konversion. Detta till skillnad från fossila bränslen, som bildats under miljoner år genom geologiska processer och är en ändlig resurs. Biobränslen används ofta som alternativ till traditionella bränslen i transportsektorn och kan hjälpa till att minska beroendet av fossila bränslen samt minska utsläppen av växthusgaser.
Kol
Hexosfosfater
Hexosfosfater refererar till organiska föreningar som innehåller en hexos (en sex-kolsyra) grupp som är fosforylerad, det vill säga försedd med en eller flera fosfatgrupper. Dessa föreningar spelar en viktig roll i cellens energimetabolism och signaltransduktion. Ett exempel på en hexosfosfat är glukos-6-fosfat, en viktig intermediär i cellens glukosmetabolism.
Kolhydratepimeraser
Enzymer som katalyserar epimeriseringen av kirala centra i kolhydrater och deras derivat. EC 5.1.3.
Ribitol
Ribitol är ett reducerat socker (en pentitol) som är relaterat till ribos, ett socker som finns naturligt i levande organismer och är en del av riboflavin (vitamin B2)-kofaktorn. Ribitol används inom biokemi och molekylärbiologi som en del av kromatidstabiliseringskomplexet i PCR-baserade metoder för att stabilisera dubbelsträngsbindningen under termocyklingen.
Hexokinas
Ett enzym som katalyserar omvandlingen av ATP och en D-hexos till ADP och ett D-hexos 6-fosfat. D-glukos, D-mannos, D-fruktos, sorbitol och D-glukosamin kan vara mottagare; ITP och dATP kan vara givare. Leverisoenzymet kallas ibland glukokinas. EC 2.7.1.1.
Pyruvater
Pyruvate är ett intermediärt molekyl i den cellulära ämnesomsättningen, särskilt under glukosens nedbrytning i en process som kallas glykolys. Det bildas när en 6-carbon sockermolekyl, glukos, bryts ner till två 3-carbon molekyler av pyruvate i cytosolen. Pyruvate kan sedan undergå olika metaboliska öden beroende på cellens behov, exempelvis kan det konverteras till laktat under anaeroba förhållanden eller transporteras in i mitokondrien där det kan omvandlas till acetyl-CoA och fortsätta deltage i celldelenans energiproduktion genom citronsyracykeln.
Fosforibosylpyrofosfat
Isomeraser
Tiamin
Tiamin, även känt som vitamin B1, är ett vattenlösligt vitamin som spelar en viktig roll i energimetabolismen, särskilt vid nedbrytningen av kolhydrater till energi. Det är också involverat i nervsystemets funktion och hjärt-kärlsystemet. Tiamin finns naturligt i livsmedel som hela grönsaker, frukt, nötter, frön, kött, fisk och ägg. Undervikt, trötthet, minnesförlust och neurologiska symptom kan vara tecken på ett tiaminbristtillstånd.
Oxidation-reduktion
Metabola nätverk och banor
Kolradioisotoper
Instabila kolisotoper som sönderfaller under avgivande av strålning. Kolatomer med atomvikterna 10, 11 och 14-16 är radioaktiva kolisotoper.
Laktater
Salter eller estrar av mjölksyra med generell kemisk formel CH3CHOHCOOR.
Fruktosfosfater
Sockerfosfater
Oxitiamin
Oxitiamin är ett syntetiskt, kirurgiskt klämhjälpmedel som används för att kontrollera blödningar under operationer genom att orsaka konstriktion (smalning) av blodkärl. Det är en blandning av parakrinol och adrenalin, två substanser som orsakar smalning av blodkärlen när de kommer i kontakt med varandra. Oxitiamin används vanligtvis som ett pulver som sprutas in direkt på det blödande området under operationen. Det är inte avsett för systemisk användning (dvs. att ges via en injektion eller tablett som tas upp i kroppen) och bör endast användas under direkt medicinsk övervakning.
Talaromyces
Talaromyces är ett släkte av svampar som tillhör klassen Eurotiomycetes och divisionen Ascomycota. Släktet innehåller flera arter, varav några kan orsaka sjukdom hos människor och djur. En medicinsk definition av Talaromyces är därför "ett släkte av patogena svampar som kan orsaka invasiv mykos eller andra infektioner hos människor och djur."
Fruktosdifosfataldolas
Ett enzym i lyasklassen som katalyserar spjälkningen av fruktos-1,6-difosfat till att ge dihydroxiacetonfosfat och glyceraldehyd-3-fosfat. Enzymet har även verkan på (3S,4R)-ketos-1-fosfater. Dessa jäst- och bakterieenzymer är zinkproteiner. EC 4.1.2.13.
Pyrodruvsyra
Pyruvic acid, also known as 2-oxopropanoic acid, is a key intermediate in several metabolic pathways, including glycolysis and the citric acid cycle. It is a carboxylic acid with an alpha-keto group and has the chemical formula CH3COCOOH. Pyruvic acid plays a crucial role in energy production and can be converted into various other molecules, such as lactic acid or acetyl-CoA, depending on cellular needs and conditions.
Metylfenazonmetosulfat
Genmanipulation
Acetater
Thermoanaerobacter
Thermoanaerobacter är ett släkte av anaeroba, termofila (växer optimalt vid högre temperaturer) bakterier som förekommer naturligt i heta miljöer som kompost, geotermiska källor och andra extrema områden. Dessa bakterier är av intresse inom bioteknik på grund av deras förmåga att producera en rad industriellt användbara enzymer och metaboliter under extrema förhållanden.
Fosfofruktokinaser
Allosteriska enzymer som reglerar glykolys och glukoneogenes (nybildning av glukos). Enzymerna katalyserar fosforylering av fruktos-6-fosfat till antingen fruktos-1,6-bisfosfat (fosfofruktokinas 1-reaktionen) eller till fruktos-2,6-bisfosfat (fosfofruktokinas 2-reaktionen). EC 2.7.1.4.
NAD
NAD (Nicotinamid Adenin Dinukleotid) är ett viktigt koenzym som deltar i flertalet biokemiska reaktioner inom kroppen, särskilt vid cellandningen där det hjälper till att konvertera energireserver i form av kolhydrater, fetter och protein till ATP (Adenosintrifosfat), som används som direkt energikälla i cellerna. NAD förekommer i två former: NAD+ (oxiderad form) och NADH (reducerad form). Vid cellandningen oxideras NADH tillbaka till NAD+, vilket genererar elektroner som driver den elektrontransportkedja som producerar ATP. Därutöver är NAD också inblandat i andra processer såsom DNA-reparation och cellulär signalering.
Sugar Alcohol Dehydrogenases
"Sugar alcohol dehydrogenases (SADHs) are a group of enzymes that catalyze the reversible oxidation and reduction reactions involving sugar alcohols, also known as polyols, to and from their corresponding aldoses or ketoses. These enzymes play a crucial role in the metabolism of sugar alcohols in various organisms, including bacteria, fungi, and plants."
Etanol
En färglös, klar och flyktig vätska (alkohol) med allmän kemisk formel C2H5OH. Den tas snabbt upp i tarmkanalen och sprids i hela kroppen. Etanol har bakteriedödande verkan och används som lokalt desinfektionsmedel. Den har utbredd användning som lösningsmedel och konserveringsmedel i t ex farmaceutiska preparat, och den utgör den viktigaste beståndsdelen i alkoholdrycker.
Trioser
En triose är en organisk förening som innehåller tre kolatomer och tre hydroxylgrupper, vilket gör den till en slags monosackarid eller enkelsackarid. Ett exempel på en naturligt förekommande triose är glyceraldehyd, som spelar en viktig roll i cellandets energiproduktion genom celldygnets cykel (Calvin-cykeln).
Glyceraldehyd-3-fosfatdehydrogenas (fosforylerande)
Ett NAD-beroende glyceraldehyd-3-fosfatdehydrogenas som finns i eukaryoters cytosol. Det katalyserar dehydrogeneringen och fosforyleringen av glyceraldehyd-3-fosfat till 3-fosfo-D-glyceroylfosfat, som är ett viktigt steg i glykolysförloppet. EC 1.2.1.12.
Renewable Energy
Renewable energy, also known as clean energy, refers to energy sources that are naturally replenished and do not deplete over time. These sources include solar power, wind energy, hydroelectric power, biomass energy, and geothermal energy. Unlike fossil fuels such as coal, oil, and natural gas, which are finite resources and contribute to climate change through greenhouse gas emissions, renewable energy sources offer a sustainable and environmentally friendly alternative for meeting our energy needs. They provide the benefit of reducing dependence on non-renewable resources, improving air quality, and mitigating the impacts of climate change.
Glycerol
Glukoneogenes
Den process genom vilken glukos bildas ur en icke-kolhydratkälla.
Fosfotransferaser
Enterobacter aerogenes
Lignin
Transferaser
Enligt IUPAC (International Union of Pure and Applied Chemistry) definieras en transferas som: "En enzym som katalyserar överföringen av en funktionell grupp (-X), till exempel en metyl-, acetyl- eller aminosgrupp, från ett donorsubstrat till ett acceptorsubstrat, vanligtvis en molekyl med en aktivt hydroxyl (-OH) eller amino (-NH2) grupp." Transferaser utgör en av sex huvudklasser av enzymer enligt den systematiska EC-numreringen.
Flödesmätning med radioisotop
En flödesmätning med radioisotop är en non-invasiv diagnostisk metod som innebär att ett litet målmedel, konjugerat med en svagt aktiv radioisotop, införs i kroppen för att mäta flödet av blod, luft eller andra fluider genom ett specifikt organ eller kärlsystem. Detta gör det möjligt att upptäcka och bedöma olika medicinska tillstånd som exempelvis hjärt- och kärlsjukdomar, lungemboli och njursjukdomar.
Ketoser
En grupp enkla sockerarter (monosackarider).
Biomassa
I vid bemärkelse den totala massan av allt levande; i mer specifik mening massan (i färskvikt eller torrvikt) av en viss organism eller växt inom ett bestämt geografiskt område eller avsedd för ett be stämt ändamål. Ett exempel på biomassa är s k energiskog, som odlas för energiändamål.
Metabolom
Metabolom är det globala profilen av små molekyler, kända som metaboliter, som finns i ett biologiskt system, såsom en cell, vävnad eller organism. Metaboliterna utgör de slutliga produkterna av genetisk expressión, miljöfaktorer och interaktioner mellan dem. Metabolomet ger därför en direkt representation av den fysiologiska tillståndet hos ett system och är därför av intresse inom forskning kring sjukdomar, farmakologisk behandling och personlig medicin.
Dehydroepiandrosteron
Dehydroepiandrosteron (DHEA) är ett steroidhormon som produceras av binjurarna och fungerar som en prekursor till både östrogen och testosteron i kroppen. Det är det mest prevalenta steroidhormonet i serum och produceras huvudsakligen under tidig medelålder, för att sedan avta med åldrandet. DHEA har också visat sig ha potential som en antiaging-behandling, även om dess effekter och säkerhet fortfarande är föremål för forskning.
Fenaziner
"Fenaziner" är ett samlingsnamn för en grupp syntetiska föreningar med en speciell kemisk struktur, bestående av två benzenringar som är fästade vid varandra genom en nitrogenatom. Fenaziner har potentialen att agera som elektrontransportörer och har därför studerats inom områdena medicin och biologi för möjliga användningsområden, till exempel som läkemedel mot infektioner orsakade av mikroorganismer respektive som antioxidanter. Det bör dock poängteras att fenaziner ännu inte har blivit etablerade som kliniskt använda substanser inom medicinen.
Industriell mikrobiologi
Ribos-fosfatpyrofosfokinas
Ribosome-associated phosphatidylinositol phosphate kinase (Ribos-fosfatpyrofosfokinas) refererar till ett enzymkomplex som är associerat med ribosomer, det organell där protein syntesis sker i cellen. Detta enzymkomplex katalyserar en reaktion där fosfatidylinositol 4,5-bisfosfat (PIP2) förändras till fosfatidylinositol 4,5-bisfosfat triphosphate (PIP3) genom att addera en extra fosfatgrupp. Denna reaktion är viktig för cellsignalering och reglering av celldelning, apoptos och cellcykeln.
6-fosfofruktokinas
Ett allosteriskt enzym som reglerar glykolys genom att katalysera omvandlingen av en ATP-fosfatgrupp till fruktos-6-fosfat, varvid fås fruktos-1,6-bifosfat. D-tagatos-6-fosfat, D-tagatos-6-fosfat och sedoheptulos-7-fosfat kan verka som mottagare; UTP, CTP och ITP kan verka som givare. Hos människan har tre slags underenheter av fosfofruktokinas-1 identifierats: typ M (muskeltyp), typ L (levertyp) och typ C (i blodplättar, hjärna och annnan vävnad). Syn. fosfofruktokinas-1. EC 2.7.1.11.
Monosackarider
Heinz' inklusionskroppar
Glutation
Glukosfosfatdehydrogenasbrist
Glyceraldehyd
En monosackarid med tre kolatomer (trios). Sockret finns i levande celler i form av glyceraldehyd-3-fosfat.
Formater
I medicinsk kontext, betyder "formatera" att organisera information eller data på ett standardiserat sätt, ofta genom att använda kontrollerade språk och terminologier, för att underlätta datainsamling, analys, utbyte och tolkning mellan olika vårdsystem, forskningsstudier eller offentliga hälsoregistret.
Catabolite Repression
Catabolite repression är ett fenomen inom mikrobiologi där produktionen av enzymer som bryter ned specifika substrat i en mikroorganism minskar när tillgången på en favoriserad energikälla, till exempel glukos, ökar. Detta sker genom att cAMP-reaktivproteinet (CAP) inte aktiveras korrekt, vilket annars skulle ha lett till induktion av genuttryck för de enzymer som bryter ned substraten. Catabolite repression är ett exempel på negativ feedback och hjälper mikroorganismerna att prioritera användningen av energirika födoämnen när de finns tillgängliga.
Mjölksyra
Metabolic Engineering
Metabolic engineering är ett forskningsområde där man använder tekniker inom molekylärbiologi, genetik och bioinformatik för att systematiskt modifiera metaboliska vägar i celler, med syfte att optimera produktionen av specifika metaboliter eller förändra cellens fenotyp på ett önskvärt sätt. Detta kan exempelvis innebära att introducera nya enzymer eller regulatoriska element i cellen, för att styrka eller försvaga vissa metaboliska reaktioner, eller att blockera oönskade biverkningar. Metabolic engineering används inom flera områden, till exempel för att producera biobränslen, farmaceutiska preparat och industriella kemikalier i celler.
Cellobios
En disackarid bestående av två glukosenheter med beta-(1-4)-glukosidbindning. Den fås vid partiell hydrolys av cellulosa.
Plastider
Plastider är membranomslutna organeller som förekommer hos växter, alger och vissa protister. De innehåller fettlösliga pigment och är huvudsakligen involverade i fotosyntesen, ett process där solljusenergi omvandlas till kemisk energi i form av ATP (adenosintrifosfat) och NADPH (nikotinamidadenindinukleotidfosfat). Plastider kan också fungera som lagringsplats för näringsmolekyler, till exempel stärkelse och oljor. De kan utvecklas från protoplastider, som är små sfäroidiska organeller som finns i cytoplasman hos celler som genomgår en process som kallas endosymbiontteorin. Plastider kan vara gröna (kloroplast), röda (rhodoplast) eller färglösa (leukoplast, etioplast).
Odlingsmedia
Varje flytande eller fast preparat som är specifikt avsett för odling, lagring eller transport av mikroorganismer eller andra sorters celler. Olika typer av media, såsom differentierande substrat, selektiva substrat, testsubstrat och definierade substrat, tillåter odling av bestämda mikroorganismer och celltyper. Fasta medier erhålls genom tillsats av agar eller gelatin till flytande substrat.
Dekarboxylering
Avlägsnande av en karboxylgrupp, oftast som koldioxid, från en kemisk förening.
Modeller, biologiska
Aldehydreduktas
Magnetisk resonansspektroskopi
Glukos-1-dehydrogenas
D-xylulosreduktas
D-Xylulose reduktasa är ett enzym som katalyserar reductionen av D-xylulose till xylitol, vilket är en del av pentosfosatvägen, en metabolisk väg som bryter ner pentoser (socker med fem kolatomer) i celler.
Fruktsocker
Ramnos
I medicinen refererer 'ramnos' til et sukker som findes i visse glycoproteiner og glycolipider i kroppen. Det er et hexose-sukker, der består af seks carbonatomer, og det kan have en vigtig rolle for cellernes funktioner, herunder celleadhæsion og signaltransduktion. Ramnos er også et substrat i nogle biokemiske reaktionsveje, såsom syntesen af glycosaminoglykaner.
Metabolomik
Metabolomik är ett forskningsområde inom systembiologi som fokuserar på att studera det komplexa nätverket av metabola processer och den kemiska makeupen hos små molekyler, kallade metaboliter, i biologiska system, såsom celler, vävnader eller organismar. Metabolomiken strävar efter att kvantifiera och identifiera alla metaboliter i ett system för att ge en omfattande och detaljerad bild av dess aktuella tillstånd och funktion. Denna globala analys av metabolitprofilen ger information om interaktioner mellan gener, enzymer, metabola vägar och miljöfaktorer, vilket kan användas för att diagnosticera sjukdomar, utveckla personligad medicin och förstå biologiska system på ett djupare plan.
Corynebacterium
Metabolism
Kolibakterie
Pentoser
Trehalos
Trehalos är ett naturligt förekommande sockerartat kolhydrat som består av två glukoseenheter. Det finns hos en rad olika levande organismer, inklusive bakterier, svampar, växter och djur, och har en stabil struktur som gör att det kan agera som ett effektivt skyddsmolekyl under extrema förhållanden såsom torka, höga temperaturer och högt saltinnehåll. Trehalos används inom medicinen som en excipient i vissa läkemedel och har också visat potential som en terapeutisk substans i behandlingen av neurodegenerativa sjukdomar och andra patologiska tillstånd.
Cellulosa
Glutationreduktas
Ett enzym som katalyserar reaktionen 2 glutation + NADP+ = glutationdisulfid + NADPH + H+. EC 1.8.1.7.
Galaktos
En aldohexos som uppträder naturligt i D-form i laktos, cerebrosider, gangliosider och mukoproteiner. Brist på galaktosyl-1-fosfaturidyltransferas ger upphov till felaktig galaktosomsättning, galaktosemi, som leder till höjda halter av galaktos i blodet.
Svält
Glyceraldehyd-3-fosfatdehydrogenaser
Enzymer som katalyserar dehydrogeneringen av glyceraldehyd-3-fosfat. Det finns flera typer av glyceraldehyd-3-fosfatdehydrogenaser: fosforylerande och icke-fosforylerande, sådana som omvandlar väte till NADP och sådana som omvandlar väte till NAD. EC 1.2.1.9; EC 1.2.1.12; EC 1.2.1.13.
Pyruvatkinas
Pyruvate kinase (PK) är ett enzym som katalyserar den sista steget i glykolysen, en metabolisk väg som bryter ner glukos till pyruvat och genererar ATP, NADH och andra prekursorer för cellens energiproduktion.
Fettsyror
Organiska syror (alifatiska karboxylsyror), med grundformeln CH3(CH2)nCOOH, vilka fås genom oxidation av en metylgrupp till en alkohol, aldehyd och därefter syra. Det finns mättade, enkelomättade (med en dubbelbindning) och fleromättade (med mer än en dubbelbindning) fettsyror.
Pediococcus
'Pediococcus' är ett släkte av grampositiva, icke-rörliga, fakultativt anaeroba kocker som förekommer naturligt i vissa livsmedel och på växter. Dessa bakterier är vanligen fyrkantiga eller ovala och bildar par eller tetrader (grupp av 4) när de delar sig. De kan orsaka förruttnelse av livsmedel, men vissa arter används också inom livsmedelsindustrin som starterkulturer för tillverkning av fermenterade livsmedel som ost och sauerkraut. I medicinskt hänseende kan Pediococcus orsaka infektioner, särskilt hos immunförsvagna individer, men detta är ovanligt.
Acetic Acid
Oxidationsprodukt av etanol och en nedbrytningsprodukt vid destillation av trä. Det används lokalt, ibland invärtes, som irritationsdämpande medel, samt som reagens.
Gramnegativa anaeroba bakterier
Adeninnukleotider
Adeninnukleotider är molekyler som består av ribose (en sockerart) och adenin (en näringsrikt aromatisk bas). De två mest förekommande formerna av adeninnukleotider är adenosindifosfat (ADP) och adenosintrifosfat (ATP), som båda spelar viktiga roller i cellens energiproduktion och energiöverföring. ATP, den energirikaste formen av adeninnukleotid, fungerar som en direkt källa till energibehov i celler genom att släppa ifrån sig ett fosfatgrupp (i en reaktion katalyserad av ATPas) och omvandlas till ADP. Energin frigjord i denna process används för att driva andra celulära processer som kräver energi, såsom muskelkontraktioner, transport över cellmembran och syntes av andra molekyler. ADP kan sedan regenereras tillbaka till ATP
Acetyl-CoA
Diamid
Isotopmärkning
Fatty Acid Synthase, Type I
Fatty acid synthase (FAS) type I är ett enzymkomplex som syntetiserar de långa kedjorna av fettsyror i djurceller. Det består av två identiska subenheter, var och en med sju olika enzymatiska aktiviteter och ett regulatoriskt domän. FAS type I är ansvarig för att producera de mättade fettsyrorna med 16 kolatomer (palmitat) från acetyl-CoA och malonyl-CoA som substrat. Detta inträffar i cytoplasman hos djurceller, till skillnad från FAS type II som finns i endoplasmatiska nätverket hos växter och bakterier. FAS type I spelar en viktig roll i lipidmetabolismen och överproduktion av detta enzym har visats korrelera med fetma, diabetes och cancer.
Glykogen
Sorbitol
Sorbitol är ett sötningsmedel och kolhydrat som används i vissa livsmedel, läkemedel och hälsoprodukter. Det är en sakaridalcohol som kan tas upp i kroppen utan insulin och används därför som ett sötningsmedel i produkter marknadsförda till diabetiker. Sorbitol fungerar också som fuktbindemedel och kan hjälpa att förlänga produkternas hållbarhet.
Saccharomyces cerevisiae
Succinater
I en enkel mening kan 'succiner' definieras som ett enzymkomplex som katalyserar omvandlingen av pyruvat till acetyl-CoA under cellens energiproduktion i mitokondrien, en process som är viktig för celld Foxögats sjukdom (FOXE3-relaterad) är en ärftlig ögonsjukdom som orsakas av mutationer i FOXE3-genen. Denna gen kodar för en transkriptionsfaktor som spelar en viktig roll i utvecklingen och differensieringen av ögonvävnaden. Mutationer i FOXE3 kan leda till en rad olika ögonsjukdomar, inklusive katarakt, glaukom, mikroftalmi och andra strukturella abnormaliteter i ögat.
Glukokinas
Furaldehyd
Furaldehyd, även känd som furan, är en organisk förening med formeln C4H4O2. Det är en aromatisk heterocyklisk komponent som består av en fem-ledad ring med fyra kolatomer och två syreatomer. Furaldehyd är en farlig kemikalie som används inom flera industriella tillämpningar, men den kan också vara skadlig för människors hälsa och miljön.
Molekylsekvensdata
Beskrivningar av specifika sekvenser av aminosyror, kolhydrater eller nukleotider som publicerats och/eller deponerats och hålls tillgängliga i databaser som t ex Genbank, EMBL, NBRF eller andra sekvensdataarkiv.
Malatdehydrogenas
Reglering av genuttryck, bakterier
Råttor, inavlade BUF
Inbred Brown Norway (BN) råttor är en speciell stam av laboratorieråttor som används inom biomedicinsk forskning, kända för sin homozygositet och predikterbar genetisk konstitution, vilket underlättar reproducerbara experimentella resultat.
Corynebacterium glutamicum
Purin-pyrimidin, medfödda ämnesomsättningsrubbningar
Purine-pyrimidine metabolic disorders are inherited conditions that affect the body's ability to properly break down and process purines and pyrimidines, which are nitrogenous bases that form the building blocks of DNA and RNA. These disorders can lead to an accumulation of toxic byproducts in various organs and tissues, resulting in a range of symptoms such as developmental delay, neurological impairment, kidney problems, and increased risk of uric acid stones and gout. Examples of purine-pyrimidine metabolic disorders include Lesch-Nyhan syndrome, adenosine deaminase deficiency, and orotic aciduria.
Fosfoenolpyruvat
Fosfoenolpyruvat (PEP) är ett viktigt intermediärt compound i cellens energiproducerande process, glykolys. Det bildas genom att en fosfatgrupp adderas till enolpyruvat med hjälp av enzymet fosfoenolpyruvatkinas (PEP-karboksikinase). Fosfoenolpyruvat kan sedan omvandlas till pyruvat, som i sin tur kan fortsätta genom citronsyracykeln för att producera ytterligare energi i form av ATP (adenosintrifosfat) och NADH.
Antimetaboliter
Oxidativ stress
"Oxidativ stress definieras som ett tillstånd av obalance mellan produktionen av fria radikaler och andra reaktiva syre-species (ROS) och förmågan till cellulär neutralisering genom antioxidativa försvarsmekanismer. Denna obalance kan leda till skada på cellulära strukturer, såsom proteiner, lipider och DNA, vilket i sin tur kan bidra till åldrande och utveckling av flera sjukdomar."
Zymomonas
Zymomonas är ett släkte av gramnegativa, fakultativt anaeroba bakterier som är specialiserade på att metabolisera sockerarter, särskilt glukos och fruktos. Den mest studerade arten inom släktet är Zymomonas mobilis, som är känd för sin effektiva etanolproduktion under fermentationen av sockerarter. Dessa bakterier förekommer naturligt i nektar, bladmjuka växter och frukter, och de kan också påträffas i alkoholdrycker som cider och öl. Zymomonas-bakterier är av intresse inom biotekniken för sin potential att producera bioetanol och andra industriellt användbara kemikalier.
Bioteknologi
Vetenskapsgren med inriktning på utnyttjande av organismer, celler eller celldelar för utveckling av tekniskt och kliniskt användbara produkter. Av central betydelse är s k genetisk ingenjörskonst, dv s manipulation av biologiska funktioner på molekylär nivå. De metoder som tillämpas kan omfatta transfektion, kloning, algoritmer för sekvens- och strukturanalys, databaser och analys och förutsägelse av gen- och proteinstrukturfunktioner.
Glyoxylater
Glyoxylate är ett derivat av oxalacetat, som är en tvåcarboxylsyra. Det är en intermediär metabolit i levern hos däggdjur och spelar en roll i leverns metabolism av glykolysintermediärer och aminosyror.
Energiomsättning
Energiomsättning (energy expenditure) refererar till den totala mängden energi som används av kroppen för att underhålla livsviktiga funktioner, aktivitet och termoreglering. Det inkluderar basal metabolism (energi som behövs för att underhålla organ och celler i vila), aktivitetsenergiomsättning (energi som används under fysisk aktivitet) och termogenes (energi som används för digestion och assimilation av näringsämnen).
Masskromatografi-Masspektrometri
Maillardreaktion
En typ av icke-enzymatisk reaktion där aldehyder, ketoner eller reducerande sockerarter reagerar med aminosyror, peptider eller proteiner. Färgförändringar i livsmedel, som t ex vid tillagning av kött eller vid nedbrytningsreaktioner, är resultat av denna reaktionstyp. Maillardreaktionen är föremål för intresse inom jordbruk, livsmedels- och näringsforskning och kolhydratkemi.
Fruktosdifosfatas
Kolhydrater
Den största klassen organiska föreningar, bestående av aldehyd- eller ketonderivat av polyhydriska alkoholer, särskilt pentahydriska och hexahydriska, så benämnda därför att vätet och syret förekommer i sådana proportioner att de bildar vatten, Cn(H2O)n. De viktigaste omfattas av små sockerarter (enkla monosackarider) såväl som stora stärkelsearter, glykogener, cellulosa- och gummiarter. Födoämnesrelaterade kolhydrater hänförs till "kolhydrater i kosten".
Bärnstenssyra
Fotosyntes
Produktion av kolhydrater, med frigörande av molekylärt syre, utifrån koldioxid och vatten i klorofyllvävnad hos växter och blågröna alger under inverkan av ljus. Vid fotosyntes hos bakterier förbrukas svavelväte, molekylärt väte och andra reducerade föreningar i stället för vatten, varvid molekylärt syre inte frigörs.
Papperskromatografi
Röda blodkroppar
Tritium
Tritium, symbolized as ^{3}H, is a radioactive isotope of hydrogen with a half-life of approximately 12.3 years. It consists of one proton and two neutrons in its nucleus. Tritium is commonly used in research and in the production of self-luminous compounds, such as in glow-in-the-dark watches and exit signs. When tritium decays, it emits a low-energy beta particle, which can be utilized in various applications, including nuclear medicine and scientific research. However, exposure to tritium should be limited due to its radioactive nature, as it can pose potential health risks if ingested, inhaled, or absorbed through the skin.
Forskning
Adenosintrifosfat
Adenosin-5´-(tetravätetrifosfat). En adeninnukleotid innehållande tre fosfatgrupper som förestrats till en sockerdel. Adenosintrifosfat har en betydande roll i ämnesomsättningen och som neurotransmitt or.
Reglering av genuttryck, svampar
Alkoholer
Alkylföreningar med en hydroxylgrupp. De klassificeras efter kolatomens förhållande: primära alkoholer (R-CH2OH), sekundära (R2-CHOH), tertiära (R3-COH).