Periplasma
I en enkel medicinsk definition, är periplasma den kompartment inom en grampositiv eller gramnegativ bakteriens cellvägg som innehåller ett geléartat material och cytoplasmatisk membran. Det utgör den yttre delen av cellmembranet och innesluter periplasmiska vesiklar, enzymer och andra proteiner som är involverade i olika cellyta, såsom näringsupptag, sekretion och detoxifiering. Periplasman är också platsen för enzymer som hjälper till att bryta ned antimikrobiella peptider och andra skadliga molekyler som kan tränga igenom cellväggen.
Periplasmiska proteiner
Kolibakterie
Proteindisulfidisomeraser
Proteindisulfidisomeraser (PDI) är en grupp enzymer som hjälper till att folda proteiner korrekt genom att katalysera oxidationen av sulfhydrylgrupper (-SH) till disulfidbindningar (-S-S-) mellan två cysteinrestaur i samma protein. Denna process är viktig för stabiliseringen av proteinstrukturen och funktionen hos många proteiner, särskilt inom det endoplasmatiska retiklet (ER). PDI-enzymet kan även agera reduktivt och bryta ned disulfidbindningar när det behövs för korrekt proteinfoldning.
Periplasmiska bindande proteiner
"Periplasmiska bindande protein (PBP) är en typ av protein hos grampositiva och gramnegativa bakterier, beläget i periplasman, som katalyserar och reglerar celldelningen genom att underlätta cellväggsbildning och -expansion genom att binda till och hydrolysera peptidoglykanprekursorer."
Maltose-Binding Proteins
Maltose-binding proteins (MBPs) are a type of protein that are capable of binding specifically to the disaccharide maltose, which consists of two glucose molecules. These proteins play a crucial role in the metabolism of maltose and maltodextrins, which are polymers of glucose, in various organisms, including bacteria and plants.
Proteinsortering
Protein sorting refers to the process by which cells direct specific proteins to their correct destinations within the cell or to the cell surface. This intracellular protein trafficking is crucial for maintaining proper cellular function, as proteins must be delivered to the right locations to carry out their designated roles in various cellular processes, such as signaling, transport, and catalysis.
Molekylsekvensdata
Aminosyrasekvens
Sfäroplast
I en enkel mening kan 'sfäroplast' definieras som en konstgjord kompartment eller kapsel skapad genom att omge celler eller biomolekyler med ett lager av lipider eller polymerer, formad till en sfärisk struktur. Denna metod används ofta inom molekylärbiologi och nanoteknik för att studera cellulära processer under kontrollerade förhållanden eller för att leverera läkemedel till specifika mål i kroppen.
Disulfider
Membrantransportproteiner
Cytoplasma
Proteinveckning
Proteinveckning, eller proteinfoldning, är den process där ett proteinmolekyl plattar ut sig självt och bildar en tredimensionell struktur, som är nödvändig för dess funktion. Denna process sker spontant och är styrd av interaktionerna mellan de aminosyror som proteinets sekvens består av. Fel i proteinveckningen kan leda till att proteinet inte fungerar korrekt, vilket kan orsaka sjukdomar.
Cellmembran
Membranproteiner
Proteiner i biologiska membran, som t ex cellmembran och intracellulära membran. De utgörs av två typer, yttre (perifera) och inre, integrerade, proteiner. De omfattar de flesta membranbundna enzymer, antigena proteiner, transportproteiner, och receptorer för läkemedel, hormoner och lektiner.
Biologisk transport
Förflyttning av ämnen, inkl. biokemiska substanser och läkemedel, genom cellmembran och epitellager, vanligen med passiv diffusion.
Alkaliskt fosfatas
Reglering av genuttryck, bakterier
Kloning, molekylär
Tillförsel av molekyler av rekombinant DNA från prokaryota eller eukaryota källor till replikationsvektorer, så som plasmider eller virus, och införande av de härvid erhållna hybridmolekylerna i mottagarceller, utan att livsdugligheten hos dessa celler ändras.
Bassekvens
Plasmider
En plasmid är en liten, cirkulär dubbelsträngad DNA-molekyl som kan replikera självständigt och förekommer hos bakterier och andra encelliga organismer. Plasmider kan överföras mellan celler och innehåller ofta gener som ger resistens mot antibiotika eller kodar för toxiner. De används också i molekylärbiologi som vektorer för kloning av gener.
Mutation
Rekombinanta fusionsproteiner
Rekombinanta fusionsproteiner är proteiner som skapats genom att kombinera genetiska sekvenser från två eller fler olika proteinmolekyler, vilket resulterar i en hybridprotein med unika funktionella egenskaper. Genetisk manipulation används för att fusionera generna på ett sådant sätt att de uttrycks som ett enda proteinskapsel i värdenorganismen. Dessa tekniker används ofta inom biomedicinsk forskning för att undersöka proteininteraktioner, skapa nya diagnostiska verktyg och utveckla terapeutiska läkemedel.
Oxidoreduktaser
Koliciner
Oxidation-reduktion
Cytokrom c
ABC-bärare
En familj membrantransportproteiner som kräver ATP-hydrolys för transport av ämnen genom membran. Proteinfamiljen har fått sin benämning från den ATP-bindande domänen på proteinet.
Proteintransport
Proteintransport refererer til den proces, hvor proteiner bliver transporteret gennem cellemembraner for at nå deres destination indenfor eller udenfor cellen. Dette sker ved hjælp af specielle transportproteiner, som kender vej og kan genkende de forskellige typer proteiner. Proteintransport er en nødvendig proces for at sikre, at cellen fungerer korrekt og at proteinerne kan udføre deres biologiske funktioner på det rigtige sted i organismen.
Rekombinanta proteiner
Rekombinanta proteiner är proteiner som innehåller sekvenser från två eller flera olika källor, vanligtvis genom genetisk manipulation i laboratorium. Genom användning av rekombinant-DNA-teknik kan man kombinera gener från olika organismer för att skapa en ny gen som kodar för ett protein med önskade egenskaper. Detta är en viktig metod inom biomedicinsk forskning och används bland annat för produktion av läkemedel, diagnostiska verktyg och för studier av proteiner och deras funktioner.
Modeller, molekylära
Proteinkonfiguration
I enkelhet kan 'proteinkonfiguration' definieras som den specifika rymdstrukturen och orienteringen hos de aminosyror som utgör ett protein. Denna konfiguration bestäms av proteinkedjans primära struktur (sekvensen av aminosyror) samt hur dessa aminosyror är hopfogade och vevda i rummet, vilket kallas för sekundär, tertiär och kvartär struktur. Proteinkonfigurationen har en direkt betydelse för proteinets funktion och stabilitet.
Poriner
I en enkel medicinsk definition är poriner strukturer som spänner över cellmembran och tillåter vissa molekyler och joner att diffundera genom dem. De är speciellt viktiga för cellers förmåga att transportera näringsämnen, avfall och andra substanser in och ur sig. Poriner är exempel på proteinkanaler som bildar naturliga passagevägar genom celldelarna i bakteriers yttre membran.
Pseudomonas aeruginosa
Peptidylprolylisomeras
Molekylära chaperoner
En familj cellproteiner som förmedlar korrekt sammansättning och sönderdelning av andra polypeptider, och i vissa fall byggande av oligomera strukturer, men som själva inte ingår i de slutgiltiga strukturerna. Man antar att chaperonproteiner medverkar till polypeptiders självkonstruktion genom att hindra alternativa sammansättningsförlopp som skulle producera icke-funktionella strukturer. Några klasser av molekylära chaperoner är nukleoplasminer, chaperoniner, HSP70-stressproteiner och HSP90-stressproteiner.
Cellavdelning
Test för genetisk komplementering
Cytokromer c2
Cytochrome c2 är ett proteinet som innehåller hemgrupp och deltar i den elektrontransportkedjan i cellandningen hos vissa bakterier, såsom Rhodobacter (tidigare känd som Rhodospirillum) capsulata. Det agerar som en electron carrier mellan två komplexa enzymer inne i bakteriens fotosystem I. Proteinet har en molekylvikt på ungefär 24 kDa och består av en enda polypeptidkedja med en hemgrupp kovalent bundet till ett specifikt aminosyraresiduum.
Polyakrylamidgelelektrofores
Tioredoxiner
Tioredoxiner är en familj av låtmolekulära protein som har antioxidativ funktion och bidrar till att reducera och oxidera andra molekyler i cellen. De består av två huvudsakliga former: tioredoxinreduktas och tioredoxinperoxidas. Tioredoxiner hjälper till att reglera cellers oxidativa status och är involverade i en rad cellulära processer, inklusive celldelning, signalering och apoptos (programmerad celldöd). De kan också ha en skyddande effekt mot skada från fria radikaler och andra reaktiva syremolekyler.
Penicillinamidas
Penicillinamidas är en grupp beta-laktamantibiotika som karakteriseras av en modifierad sidekedja vid penicillinmolekylets tionylgrupp (-SO2NH2), vilket gör dem relativt resistenta mot dehydropeptidaser och därmed förlänger deras halveringstid i kroppen. Denna modifikation ger också upphov till en högre proteinbindningsfrekvens, vilket kan påverka deras farmakokinetiska och farmakodynamiska egenskaper jämfört med andra penicilliner. Penicillinamidas används ofta för behandling av olika infektioner orsakade av gram-positiva bakterier, men deras användning kan vara begränsad på grund av möjliga biverkningar och utvecklingen av resistens hos vissa bakteriestammar.
Monosackaridtransportproteiner
Proteinstruktur, tertiär
Kassettmutagenes
Mutagenes framkallad av införande av främmande DNA-sekvenser i en gen. Detta kan ske spontant in vivo eller experimentellt in vivo eller in vitro. Proviralt DNA kan sättas in i eller läggas intill en cellulär onkogen. Infogning av proviruset kan orsaka mutationer genom störning av kodningssekvenser eller reglerelement, eller ge upphov till oreglerat uttryck av protoonkogenen, med tumörbildning som följd.
Fimbrier, bakteriella
Tunna, hårliknande bihang, 1-20 mikrometer långa och talrika, på gramnegativa bakterier, särskilt Enterobacteriaceae och Neisseria. Till skillnad från flageller saknar de rörelseförmåga, men har, som proteiner, antigena och hemagglutinerande egenskaper. De är av medicinsk betydelse, eftersom vissa fimbrier medverkar till att bakterier via adhesiner kan fästa vid celler. Bakteriella fimbrier är vanliga pili, men måste särskiljas från den gängse betydelsen av "pili", vilken avser sexpili.
Fimbrieproteiner
Hexuronsyror
Benämning på tetrahydroxialdehydsyror som erhålls genom oxidation av hexossockerarter, som t ex glukuronsyra, galakturonsyra osv. Termen hexuronsyra användes ursprungligen för askorbinsyra.
Sekvenshomologi, aminosyra
Aminosyresekvenshomologi refererer til den grad af lighed i rækkefølgen af aminosyrerne, der udgør proteiner hos to eller flere organismer. Jo større antal identiske aminosyrer i samme position i de sammenlignede sekvenser, des højere er graden af homologi. Dette begreb anvendes ofte i molekylærbiologien for at fastslå evolutionæ forhold og funktionelle egenskaber hos proteiner.
Protein engineering
Protein engineering är ett samlingsbegrepp för de metoder och tekniker som används för att skapa, utveckla och justera proteiner med önskade egenskaper genom direkt manipulation av deras aminosyrasekvens och/eller tertiärstruktur. Detta kan uppnås genom användning av molekylärbiologiska tekniker, såsom mutagenes, rekombinant DNA-teknik och strukturbaserad design, för att skapa gener med önskade modifieringar som sedan exprimeras som proteiner med nya eller förbättrade funktioner.
Gluconobacter oxydans
Inovirus
Mutagenes, riktad
Isomeraser
Glukuronsyra
Paracoccus denitrificans
Paracoccus pantotrophus
'Paracoccus pantotrophus' är en gramnegativ, aerob bakterie som förekommer i vattenmiljöer och kan orsaka infektioner hos människor, särskilt hos immunsupprimerade individer. Den är känd för sin förmåga att metabolisera en mångfald av organiska och anorganiska substrat, vilket har gett den dess namn, där 'pantotrophus' kommer från grekiskan och betyder "matare av allt".
Sideroforer
Sideroforers are small, iron-binding molecules that play a crucial role in the acquisition and transport of iron in various organisms, including bacteria, fungi, and plants. They have a high affinity for iron and facilitate its uptake by chelating it in a form that can be transported across cell membranes. This is particularly important in environments where iron availability is limited, as is often the case in host-pathogen interactions.
Gendeletion
Omfördelning av gener till följd av bortfall av DNA- eller RNA-segment, vilket leder till att sekvenser som normalt befinner sig på avstånd från varandra hamnar nära varandra. Bortfallet kan påvisas med hjälp av cytogenetiska metoder, och man kan även sluta sig till det från fenotypen, antydande bortfall på en bestämd plats.
Proteinstruktur, sekundär
Serinendopeptidaser
Bakteriegifter
Osmotiskt tryck
Osmotiskt tryck är ett kolloidosmotiskt tryck som uppstår över ett semipermeabelt membran mellan en lösning med högre koncentration av osmotiskt aktiva partiklar och en lösning med lägre koncentration, på grund av diffusionskrafter som strävar efter att utjämna koncentrationsskillnaden. Detta orsakar vattenmolekyler att diffundera från den lägre koncentrerade sidan till den högre koncentrerade sidan för att nå jämvikt, vilket kan leda till volymförändringar i de berörda kompartmenten.
Proteinbindning
"Proteinbindning refererar till den process där ett protein binder specifikt till ett annat molekylärt substance, såsom en liten molekyl, ett annat protein eller en jon, vanligtvis genom non-kovalenta interaktioner som hydrogenbindning, Van der Waals-kräfter och elektrostatiska attraktioner. Denna bindning kan regulera funktionen hos det bundna substanceet och är av central betydelse för många biologiska processer, inklusive signaltransduktion, enzymsk aktivitet och transport av molekyler inom cellen."
Ferrikrom
Betalaktamaser
Betalaktamer är en grupp antibiotika som har en betalaktamring som del av sin kemiska struktur, vilket gör dem effektiva mot bakterier genom att störa deras förmåga att bilda cellväggar. Exempel på betalaktamaser inkluderar penicilliner, cefalosporiner, monobaktamer och carbapenemer.
Operon
Ett operon är ett genkluster i prokaryota celler, som består av en grupp reglerade strukturgener och ett operatörregion som kontrolleras av ett gemensamt promotorområde, vilket tillåter koordinerad transkription av flera gener under kontroll av samma regulatorprotein.
Proteinmodifiering, posttranslationell
Posttranslational protein modification (PTPM) refers to the covalent alteration of a protein's structure after its translation from mRNA to polypeptide chain but before it becomes fully functional. These modifications play crucial roles in regulating protein function, localization, stability, and interaction with other molecules within the cell. Examples of PTPMs include phosphorylation, glycosylation, ubiquitination, methylation, acetylation, and sumoylation, among others.
Modeller, biologiska
DEAE-cellulosa
Alginater
Salter av algsyra, en hydrofil kolhydratkolloid som utvinns ur kelp (framförallt brunalger). Kalcium-, natrium- och ammoniumalginater har använts i absorberande omslag. Alginater i gelform används som avtrycksmassa för tandavtryck.
Subcellulära fraktioner
Subcellular fractions refer to the distinct components or particles that are isolated from a cell by various fractionation techniques, each containing different types of cellular structures and molecules. These fractions can include organelles such as the nucleus, mitochondria, endoplasmic reticulum, Golgi apparatus, lysosomes, peroxisomes, and plasma membrane, as well as cytoskeletal elements, ribosomes, and soluble proteins. The isolation of these subcellular fractions allows for the independent study of their unique functions, compositions, and interactions in cellular processes and diseases.
Restriktionskartläggning
Polysackaridlyaser
Alcaligenes
Hem
Paracoccus
Paracoccus definieras vanligtvis som ett släkte av gramnegativa, aeroba, encelliga bakterier som tillhör familjen Rhodobacteraceae inom proteobakteriesläktet. Dessa bakterier är kemoorganotrofa och kan oxidera en rad olika organiska substrat för sin växteenergi. De flesta arterna av Paracoccus är också fototrofa, vilket betyder att de kan använda ljus som energikälla genom fotosyntes. Släktet innehåller ett antal arter, varav den mest välkända är Paracoccus denitrificans, som är en modellorganism för studier av denitrifikation och cellulär respiration.
Substratspecificitet
Substratspecificitet beteferrer sig inom farmakologi och enzymologi till den egenskap hos ett enzym eller en receptor där det endast binder till och katalyserar (eller påverkar) vissa specifika substanser, molekyler eller läkemedel, känt som substrat. Det innebär att en given enzymtyp endast är aktivt mot en begränsad grupp av kemiska föreningar som har en viss strukturell och kemisk likhet. Substratspecificiteten bestäms av enzymernas tredimensionella struktur och den del av substratmolekylen som interagerar med aktiva sitet på enzymet.