Protein-fotavtryck
DNA-fotavtryck
En metod för bestämning av sekvensspecificitet för proteiner som binder till DNA. Vid DNA-fotavtryck används något DNA-nedbrytande medel (kemikalie eller nukleas), som klyver alla basparen. Vid bindningsställena för proteinet i fråga sker ingen klyvning.
Fotokemiska processer
Synkrotroner
I en enkel mening är en synchrotron en typ av partikelaccelerator som accelererar elektroner till mycket höga hastigheter, nästan lika snabbt som ljuset, och håller dem i banor med hjälp av magneter. När dessa accelererade elektroner passerar genom speciella typer av magnetiska strukturer, kallas de undulators eller wigglers, produceras intensiva strålar av synkrotronstrålning över ett brett spektrum, från infraröd till röntgen- och gammastrålning. Synchrotronstrålningen är mycket stark, samt kollimerad och polariserad, vilket gör den användbar för en rad olika tillämpningar inom forskning och industri, såsom strukturbestämning av material, kemiska reaktioner och studier av biologiska makromolekyler.
Masspektrometri
Modeller, molekylära
Molekylsekvensdata
Bindningsplatser
Proteinkonfiguration
I enkelhet kan 'proteinkonfiguration' definieras som den specifika rymdstrukturen och orienteringen hos de aminosyror som utgör ett protein. Denna konfiguration bestäms av proteinkedjans primära struktur (sekvensen av aminosyror) samt hur dessa aminosyror är hopfogade och vevda i rummet, vilket kallas för sekundär, tertiär och kvartär struktur. Proteinkonfigurationen har en direkt betydelse för proteinets funktion och stabilitet.
Aminosyrasekvens
Deoxiribonukleas I
Ett enzym med förmåga att hydrolysera starkt polymeriserat DNA genom att bryta fosfodiesterbindningar, företrädesvis vid en pyrimidinnukleotid. Sålunda katalyseras endonukleolytisk klyvning av DNA, vilket ger 5'-fosfodi- och oligonukleotidslutprodukter. Enzymet verkar främst på dubbelsträngat DNA. EC 3.1.21.1.