Ribonukleoproteiner
Ribonukleoproteiner (RNPs) är komplexe av RNA (ribonukleinsyra) och protein som spelar viktiga roller inom cellens biologiska processer, såsom RNA-syntes, transport, lagrande och nedbrytning. Exempel på olika typer av RNPs inkluderar ribosomer, splicesosomer, snRNPs (små jämna nucleära ribonukleoproteiner) och mRNPs (messenger RNA-ribonukleoproteiner).
Ribonukleoproteiner, små nukleära
Små nukleäre ribonukleoproteiner (snRNPs) är komplexe molekyler bestående av RNA och protein som deltar i processandet av nyss transkriberad RNA inom cellkärnan, särskilt vid splicingprocessen där icke-kodande intronsekvenser excideras och kodande exonssekvenser sammanfogas till ett kontinuerligt RNA-transkript.
Heterogena kärnribonukleoproteiner
En familj ribonukleoproteiner som ursprungligen påvisades bundna till påbörjade RNA-transkript som ribonukleoproteinpartiklar.
RNA, heterogent nukleärt
"Heterogenet nukleärt RNA (hnRNA) refererar till en typ av RNA-molekyler som primärt produceras inom cellkärnan och som är involverade i den eukaryota transkriptionsprocessen. hnRNA består av olika slags RNA-transkript, inklusive pre-mRNA (precursor-messenger RNA) som kommer att klipas och bearbetas till sitt slutliga messenger RNA (mRNA), samt en mängd icke-kodande RNA-sekvenser, såsom snRNA (small nuclear RNA), snoRNA (small nucleolar RNA) och andra långa icke-kodande RNA. Namnet 'heterogen' återspeglar den varierande strukturen och funktionen hos dessa olika RNA-molekyler."
RNA, Small Cytoplasmic
"Small cytoplasmic RNA (scRNA)" refers to a heterogeneous group of small, non-coding RNAs that are located in the cytoplasm of eukaryotic cells. They range in size from 15 to 300 nucleotides and play important roles in various cellular processes such as post-transcriptional gene regulation, RNA processing, and translation.
snRNP Core Proteins
SnRNP (small nuclear ribonucleoprotein) core proteins are a group of proteins that are associated with small nuclear RNA (snRNA) molecules to form small nuclear ribonucleoprotein complexes, which are involved in various aspects of RNA processing in the cell, such as splicing, 3'-end formation, and degradation. The snRNP core proteins include seven Sm proteins (B, D1, D2, D3, E, F, and G) that form a heptameric ring structure called the Sm core, which binds to a conserved sequence motif in the snRNA called the Sm site. Additionally, there are also other snRNP-specific proteins that associate with the Sm core and the snRNA to form the functional snRNP complex.
Coiled bodies
En distinkt kärndomän med anrikning av spliceosomala snRNP (små, nukleära ribonukleoproteiner, "snurpar") och p80-coilin.
Heterogent kärnribonukleoprotein, grupp F-H
En grupp närbesläktade heterogena kärnribonukleoproteiner som deltar i pre-mRNA-spjälkning.
Heterogent kärnribonukleoprotein, grupp A-B
En klass närbesläktade heterogena kärnribonukleoproteiner av ungefär storleken 34-40 kD. De uppträder normalt i nukleoplasman, men kan även pendla mellan kärnan och cytoplasman. Proteiner tillhörande denna klass har visat sig spela en roll vid mRNA-transport, telomerbiogenes och RNA-spjälkning.
Ribonukleoproteiner, små nukleolära
Små nukleolära ribonukleoproteiner (snRNPs) är komplexe molekyler bestående av proteiner och en typ av RNA-molekyler kallade små nukleära RNA (snRNA), som spelar en viktig roll i processandet av rRNA (ribosomalt RNA) under transkriptionen och deltagande i splicingen av pre-mRNA (förbearbetad messenger RNA) i eukaryota celler.
Nukleoproteiner
Nukleoproteiner är proteiner som har en nära association med nukleinsyra, det vill säga DNA eller RNA. Denna association kan vara permanent eller tillfällig och kan involvera icke-kovalenta bindningar mellan proteinets aminosyrarestser och fosfatgrupperna i nukleinsyran. Nukleoproteiner har ofta en strukturell roll, där de hjälper till att ge stabilitet och form åt nukleinsyrorna, men de kan också ha en funktionell roll i cellulära processer som replikation, transkription och translation. Ett exempel på ett nukleoprotein är kapsidproteinet hos en virus, som omger och skyddar virala genomet.
Spliceosomer
RNA-bindande proteiner
RNA-binding proteins (RBPs) are a type of protein that selectively interact with RNA molecules, playing crucial roles in post-transcriptional regulation of gene expression. They can bind to various structural elements within RNA, such as double-stranded RNA, single-stranded RNA, hairpins, and other secondary structures, influencing RNA processing, stability, localization, and translation. The specificity of RNA-protein interactions is determined by the recognition of distinct RNA sequences and/or structural motifs through the modular domains present in RBPs.
RNA, smått nukleärt
"Small nuclear RNA (snRNA) refers to a class of small, non-coding RNAs that are typically around 100-300 nucleotides in length and are found within the nucleus of eukaryotic cells."
DEAD Box Protein 20
DEAD-box protein 20 (DDX20) is a member of the DEAD-box family of RNA helicases, which are proteins that use ATP hydrolysis to unwind RNA molecules and play crucial roles in various aspects of RNA metabolism. DDX20, also known as p68 or DP103, is involved in several cellular processes, including transcription, pre-mRNA splicing, ribosome biogenesis, and miRNA processing. It has been implicated in the regulation of gene expression, DNA damage response, and neurological disorders.
SMN Complex Proteins
Survival Motor Neuron (SMN) complex proteins are a group of proteins that make up the SMN complex, which plays an essential role in the biogenesis of small nuclear ribonucleoproteins (snRNPs), crucial components of the spliceosome involved in mRNA processing. The SMN complex includes SMN1 and SMN2 proteins, Gemins 2-8, and several other factors. Defects in the SMN1 protein can lead to spinal muscular atrophy (SMA), a genetic disorder characterized by degeneration of motor neurons in the spinal cord.
Heterogent kärnribonukleoprotein, grupp C
En grupp närbesläktade heterogena kärnribonukleoproteiner av ungefär storleken 41-43 kD som finns i cellkärnan. Dessa proteiner deltar i en rad processer, som t ex spjälkning, polyadenylering och RNA-retention i kärnan.
RNA-splitsning
RNA-splitsning, eller RNA-splicing, är ett posttranskriptionellt process där intronsekvenser (icke-kodande sekvenser) exciseras och exonsekvenser (kodande sekvenser) sammanfogas i en RNA-molekyl, vilket resulterar i ett mognare, funktionellt RNA-transkript som kan antingen vara ett messenger RNA (mRNA) för proteintranslering eller ett icke-kodande RNA med viktiga regulatoriska funktioner.
Hela-celler
RNA-prekursorer
Cellkärna
Autoantigener
Ribonukleoproteiner, små nukleära U4-U6
Ribonucleoproteiner (RNPs) med de specifika benämningarna U4 och U6 utgör en del av det komplexa snRNP-partikelkärnan som är involverad i den sönderklippande processen, spliceosomen, där intronsekvenser tas bort från pre-mRNA under mRNA-maturationen. U4 och U6 RNPs kombineras med en annan snRNP-partikel, U2, för att bilda den aktiva spliceosomen. Dessa små nukleära RNP:er är essentiella för korrekt splicing av eukaryota pre-mRNA.
Ribonukleoproteiner, små nukleära U1
Små nukleäre Ribonukleoproteiner (snRNPs) är komplexe med sammansatta av RNA och protein som deltar i processingen av pre-mRNA i cellkärnan, och U1 är en typ av snRNP. Den specifika uppsättningen små nukleära Ribonukleoproteiner kallas för spliceosomer och de är involverade i splicingprocessen där intronsekvenser tas bort från pre-mRNA och exonsekvenserna sammanfogas för att bilda ett mognat mRNA. U1 snRNP har en speciell roll i initieringen av splicingprocessen genom att binda till startsekvensen för splicingen, känd som 5'-splice site, och hjälper till att stabilisera spliceosomen under dess sammansättning.
RNA
RNA, eller Ribonukleinsyra, är ett biologiskt molekyll som består av en lång kedja av nukleotider. Det spelar en central roll i cellens proteinsyntes genom att transkribera DNA:t till mRNA (messenger RNA), som sedan kan översättas till protein av ribosomer. RNA förekommer också i andra funktioner, såsom reglering av genuttryck och katabolism av signalsubstanser.
Molekylsekvensdata
Artemia
Ett kräftdjursläkte av ordningen Anostraca som förekommer i saltsjöar och som ofta odlas som fiskfoder. Artemia har 168 kromosomer och har hemoglobin i blodet.
Nucleocytoplasmic Transport Proteins
Nucleocytoplasmic transport proteins, also known as nuclear pore complex proteins, are a group of specialized proteins that regulate the movement of molecules between the nucleus and the cytoplasm of a eukaryotic cell. These proteins form large, multimeric structures called nuclear pore complexes (NPCs), which act as selective gates or channels in the nuclear envelope.
Ribonukleoproteiner, små nukleära U5
Små nukleäre Ribonukleoproteiner (snRNPs) är komplexe molekyler bestående av RNA och protein, som spelar en viktig roll i processeringen av nyss transkriberad RNA i cellkärnan. U5 snRNP är en specifik typ av snRNP som inkluderar ett litet RNA-molekyl känt som U5 snRNA och en upsättning associerade proteiner. U5 snRNP är en viktig komponent i spliceosomen, maskineriet som exciserar icke-kodande intronsekvenser från pre-mRNA under splicingprocessen.
Lupus vulgaris
RNA Processing, Post-Transcriptional
Post-transcriptional RNA processing refers to the modifications and regulations that occur to RNA molecules after they have been transcribed from DNA. These processes include capping, splicing, and tailing, which are essential for stabilizing and enabling the mature RNA to perform its functions in protein synthesis or gene regulation. Additionally, post-transcriptional RNA processing can also involve various forms of editing, such as base modifications and insertion/deletion of nucleotides, that further diversify and refine the information encoded in the RNA.
Bassekvens
Notophthalmus viridescens
Ribonukleotider, små cytoplasmiska
Ribonucleotides are the building blocks of RNA, consisting of a ribose sugar, a phosphate group, and one of four nitrogenous bases (A, U, C, or G). Small cytoplasmic ribonucleotides refer to these molecules that are present in the cytoplasm of the cell, where they play various roles in cellular metabolism, including serving as precursors for RNA synthesis and participating in energy transfer through the formation of nucleotide triphosphates.
Muskelatrofi, spinal
Methanococcales
Cellnukleol
I de flesta typer av eukaryota cellkärnor utgör nukleolen en membranlös, avgränsad del, inom vilken några arter av rRNA (ribosomal RNA) syntetiseras och sätts samman till ribonukleoproteinenheter av r ibosomer. I nukleolen transkriberas rRNA från en nukleolär styrenhet, dvs en grupp (NOR - nucleolar organizer region) parvis upprepade kromosomgener som kodar för rRNA och som transkriberas av RNA-pol ymeras I.
RNA, smått nukleolärt
RNA, budbärar
Ribonukleoproteiner, små nukleära U2
Små nukleäre Ribonukleoproteiner (snRNPs) av typ U2 är subkomplex som innehåller en liten RNA-molekyl (U2 snRNA) och ett antal proteiner, vilka tillsammans deltar i splicingprocessen av eukaryota pre-mRNA genom att bilda en del av spliceosomen.
Uukuniemivirus
'Uukuniemivirus' är ett sjukvårdsrelaterat begrepp som refererar till ett släkte av små, enkelsträngade RNA-virus som tillhör familjen Picornaviridae och underfamiljen Dicistrovirinae. Dessa virus är kända för att infektera insekter, framförallt flugor och getingar, men de anses inte vara en direkt fara eller infektionsrisk för människor.
Protein-Arginine N-Methyltransferases
Protein-Arginine N-Methyltransferases (PRMTs) are a group of enzymes that catalyze the transfer of methyl groups from S-adenosylmethionine (SAM) to specific arginine residues in proteins, resulting in the formation of mono- or dimethylated arginines. This post-translational modification plays a crucial role in various cellular processes, including gene expression, DNA repair, and signal transduction. There are nine known PRMTs, classified into three types based on the type of methylarginine produced: Type I (PRMT1, 2, 3, 4, 6, and 8) produces asymmetric dimethylarginines; Type II (PRMT5 and 9) generates symmetric dimethylarginines; and Type III (PRMT7) forms monomethylated arginines. Dysregulation of PRMTs has been implicated in several diseases, including cancer and neurological disorders.
Proteinbindning
"Proteinbindning refererar till den process där ett protein binder specifikt till ett annat molekylärt substance, såsom en liten molekyl, ett annat protein eller en jon, vanligtvis genom non-kovalenta interaktioner som hydrogenbindning, Van der Waals-kräfter och elektrostatiska attraktioner. Denna bindning kan regulera funktionen hos det bundna substanceet och är av central betydelse för många biologiska processer, inklusive signaltransduktion, enzymsk aktivitet och transport av molekyler inom cellen."
Cellkärneproteiner
Influensa A-virus
Aminosyrasekvens
Heterogent kärnribonukleoprotein K
Ett heterogent kärnribonukleoprotein som finns i cellkärnan och cytoplasman. Proteinet deltar i regleringen av genuttrycket på nästan alla nivåer: transkription, mRNA-beredning, mRNA-transport, mRNA-stabilisering och translation. Det har hög affinitet för polypyrimidinrikt RNA och för enkelsträngat polypyrimidinrikt DNA. Ett flertal isomerer av detta protein finns, pga alternativ spjälkning, och de uppvisar olika nukleinsyrabindande egenskaper.
Cytoplasma
Survival of Motor Neuron 1 Protein
'Survival of Motor Neuron 1 Protein' (SMN1) refererar till ett protein som kodas av genen SMN1 och är viktigt för att säkerställa överlevnaden och funktionen hos motorneuron, de nervceller i ryggmärgen och hjärnan som kontrollerar muskelrörelser. Mutationer i denna gen kan leda till en sjukdom som kallas spinal muskulär atrofi typ 1 (SMA), som orsakas av ett brist på fungerande SMN1-protein och leder till progressiv svaghet och degenerering av motorneuron.
Pseudouridin
Pseudouridin (Ψ) är en modifierad nukleosid som förekommer naturligt i RNA. Det bildas genom en isomerisering av uridin, där den cykliska sockermolekylen omvandlas från en furanosform till en pyranform. Denna modifikation påverkar RNAs stabilitet, struktur och funktion, och förekommer i alla livsformer.
Trypanosomatina
Trypanosomatina är ett taxonomiskt überordnat till kryptogama protister inom gruppen Euglenozoa, som innefattar encelliga eukaryota organismer med två mitokondrier och en unik typ av flagell (en slags rörlig utskott) som används för att flytta sig. De mest välkända arterna inom Trypanosomatina är de som orsakar sjukdomar hos djur och människor, såsom Chagas sjukdom (orsakad av Trypanosoma cruzi) och sömnssjuka (orsakad av Trypanosoma brucei). Dessa parasiter har komplexa livscyklar som innefattar olika värdar, ofta en insekt och en djur- eller människovärd. De kan orsaka allvarliga sjukdomar genom att angripa och föröka sig i olika typer av celler i kroppen, vilket kan leda till organs
Nukleinsyrakonfiguration
I en enkel mening kan "nukleinsyrakonfiguration" referera till den specifika rymden eller position som en nukleotid eller ett baspar tar upp i en nukleinsyra, såsom DNA eller RNA. Detta inkluderar vilken sida av strängen varje nukleotid befinner sig på, och i vilket läge de är rotade. I DNA utgörs konfigurationen ofta av en dubbelhelix med antiparallella strängar, där varje baspar består av en adenin (A) som parar sig med en timin (T), och en guanin (G) som parar sig med en cytosin (C). I RNA är konfigurationen ofta en enkelsträngad helix, där uracil (U) ersätter timin (T) som basparningspartner till adenin (A).
Heterogent kärnribonukleoprotein, grupp M
En grupp närbesläktade heterogena kärnribonukleoproteiner av storleken 72-74 kD som deltar i RNA-spjälkning.
Transkription, genetisk
Genetisk transkription är ett biologiskt process där DNA-sekvensen kopieras till en mRNA-sekvens (meddelande RNA) med hjälp av enzymet RNA-polymeras, vilket möjliggör syntesen av proteiner.
Aktiv transport i cellkärna
Kontrollerad transport av proteiner och RNA genom cellkärnans hölje.
RNA, viralt
"Viralt RNA" refererer til RNA-molekyler som er en del av strukturen eller funksjonen på et virus. Virus er små infektiøse partikler som består av genetisk materiale (RNA eller DNA) emballert i et proteinhylle. Viralt RNA kan være enten en del av viruset selv, som ses i positive-sense enkelstrengede RNA-viruser og negative-sense enkelstrengede RNA-viruser, eller det kan være et mellemledd i replikasjonen av retrovirus, som har RNA-genomer. Viralt RNA kan også være involvert i syntesen av proteiner for viruset.
Heterogent kärnribonukleoprotein L
Cellinje
I medicine refererer "cellinje" til en gruppe af celler med ensartet funktion og opbygning, der samarbejder for at udføre en specifik biologisk proces eller opgave i et levende organisme. Celliner er ofte specialiserede i deres struktur og funktion for at udføre deres rolle effektivt, og de kan findes i alle levende organismer, fra encellet bakterie til komplekse flercellede dyr og planter.
RNA-transport
RNA-transport refererer til processen hvor messenger RNA (mRNA) transporteres fra cellens kerna, hvor det er syntetiseret, til ribosomerne i cytoplasmaet, hvor protein syntesen foregår. Dette sker for at sikre at de nyskabte proteiner kan syntetiseres korrekt og effektivt ud fra den genetiske information, der er kodet i mRNA-molekylet. Transporten af mRNA styres af et kompleks system af proteiner og RNA-molekyler, der sørger for at stabilisere, transportere og regulere mRNA'ets aktivitet i cytoplasmaet.
Polyribosomer
En polyribosom är en struktur bestående av flera ribosomer som sitter på ett stycke RNA, ofta messenger-RNA (mRNA). Varje ribosom i en polyribosom översätter mRNA:t till en polypeptidkedja genom att koppla aminosyror efter varandra. På det sättet kan flera ribosomer översätta samma mRNA-molekyl samtidigt, vilket leder till en effektiv produktion av proteiner i cellen.
Proteinbiosyntes
Proteinbiosyntese refererer til den proces, hvor celler syntetiserer proteiner baseret på informationen i DNA-molekylet. Denne proces foregår i to etaper: transkription og translation. Under transkriptionen konverteres DNA-sekvensen til en komplementær mRNA-sekvens, der derefter transporteres ud af cellkernen. I den efterfølgende translation skaber ribosomerne forbindelsen mellem aminosyrerne i overensstemmelse med sekvensen af nukleotider i mRNA-molekylet, hvilket resulterer i dannelse af et protein. Proteinbiosyntesen er en essentiel livsfunktion for alle levende organismer.
Systemisk lupus erythematosus
En kronisk, återkommande, inflammatorisk och ofta febrig bindvävssjukdom som omfattar flera organsystem, huvudsakligen huden, lederna, njurarna och serösa hinnor. Orsaken är okänd, men man misstänker en brist i regleringen av det autoimmuna systemet. Sjukdomen kännetecknas av en rad systemiska funktionsbrister, förhöjd sänka och bildande av LE-celler i blod eller benmärg.
Ribonukleas T1
Ribonuclease T1 är ett enzym som binder och hydrolyserar RNA-molekyler, specifikt en monospecificitetsribonukleas som preferentiellt klipper efter guaninbasen i enskelsträngat RNA.
RNA, ribosomalt
Ribosomalt RNA (rRNA) är den typ av RNA som utgör en viktig komponent i ribosomer, de cellulära organeller där proteinsyntesen sker i levande celler. rRNA-molekyler fungerar som strukturella stommar och katalytiska center för ribosomen, underlättar bindningen av aminosyror och bildandet av peptidbindningar under proteinsyntesen.
Precipitintester
I en enkel medicinsk definition kan man säga att en "Precipitintest" är ett laboratorietest som används för att undersöka om en given substans, till exempel ett läkemedel eller en biologisk vätska som urin, kan orsaka en kemisk reaktion i form av en så kallad precipitatsbildning när den blandas med en specifik testvätska. Precipitatet är ett fast, oftast olösligt ämne som bildas när två lösningar blandas och deras komponenter reagerar tillsammans.
Nukleinsyraprekursorer
Nucleotide precursors are chemical compounds that are used in the synthesis of nucleotides, which are the building blocks of nucleic acids such as DNA and RNA. These precursors include molecules such as ribose or deoxyribose, phosphoric acid, and nitrogenous bases like adenine, guanine, cytosine, thymine, and uracil. The process of synthesizing nucleotides from these precursors is tightly regulated in cells to ensure the accurate replication and transmission of genetic information.
Gradientcentrifugering
Virusproteiner
"Virusproteiner" refererer til proteiner som produceres af et virus for å fullføre sin infeksjonsprosess og reproducerer seg i værtsorganismen. Disse proteinet kan ha ulike funksjoner, såsom å binde til værtscellene for å fremme infeksjonen, å beskytte virusgenomet under overføringen mellom værter eller å hjelpe med replikasjonen av viruset.
Orthomyxoviridae
Orthomyxoviridae är en familj av viruses som innefattar de sjukdomsalstrande agensen bakom influensa hos människor och djur, även känd som influensavirus. Dessa virusar har en enkel, segmenterad RNA-genom och omges av ett lipidmembran med två membranproteiner: hemagglutinin (HA) och neuraminidase (NA). Virusen sprids vanligtvis via droppinfektion från en smittad individ och orsakar symptom som feber, hosta, nästäppa och muskelsmärta. Det finns tre typer av influensavirus som infekterar människor: A, B och C, där typ A är den mest virulenta och kan orsaka pandemier.
Antinukleära antikroppar
Autoantikroppar riktade mot olika antigen i cellkärnor, så som DNA, RNA, histoner, sura kärnproteiner eller komplex av sådana molekyler. Antinukleära antikroppar förekommer i systemiska, autoimmuna sj ukdomar, som t ex systemisk lupus erythematosus (SLE), Sjögrens syndrom, skleroderma, polymyosit och blandad bindvävssjukdom.
Molekylvikt
DEAD-box RNA Helicases
DEAD-box protein helicases are a subfamily of RNA helicases that are characterized by the presence of the conserved “DEAD-box” motif, which is a sequence of amino acids (Asp-Glu-Ala-Asp) found in the catalytic core of these enzymes. These helicases use ATP hydrolysis to unwind double-stranded RNA molecules and remodel RNA-protein complexes, playing crucial roles in various aspects of RNA metabolism, such as pre-mRNA splicing, ribosome biogenesis, translation initiation, and RNA decay.
cAMP-responsivt elementbindande protein
Virala matrixproteiner
"Viral matrix proteins" refer to a class of structural proteins found in the viral particle, or capsid, of many viruses. These proteins are typically located just inside the viral envelope and provide support and stability to the virion. They also play important roles in the virus's replication cycle, such as assisting in the assembly of new virions and interacting with host cell components during infection. The matrix protein can vary in structure and function depending on the type of virus, but generally, they are considered crucial for the viral life cycle.
Telomeras
Proteinmetyltransferaser
Protein metyltransferases are enzymes that catalyze the transfer of methyl groups from a donor, such as S-adenosylmethionine (SAM), to specific residues on protein substrates, including lysine, arginine, and histidine residues. This post-translational modification plays a crucial role in various cellular processes, such as gene expression, DNA damage repair, and signal transduction.
Ribonukleas P
Ribonuclease P (RNase P) är ett ribozym, det vill säga ett enzym som består av en RNA-molekyl snarare än en proteinmolekyl, och som katalyserar klipningen av pre-tRNA till att bilda den mognade tRNA-molekylen. Detta är en nödvändig process för syntesen av proteiner i celler. Ribonuclease P finns hos de flesta levande organismer, inklusive bakterier, arkéer och eukaryoter.
Viral Core Proteins
'Viral core proteins' refer to the protein components that make up the structural framework of a virus. These proteins play a crucial role in the viral life cycle as they encapsidate the viral genome, protecting it from degradation and helping it to efficiently transmit its genetic material into host cells during infection.
RNA-replikas
"RNA-replicase" refers to an enzyme that catalyzes the replication of RNA molecules. It is responsible for producing complementary copies of RNA sequences, often using an RNA template. This process is essential in many viral life cycles and has been studied extensively in the context of virology research.
Immunprecipitation
Poly A
I en enkel medicinsk definition, refererar "Poly A" till en sekvens av adenin (A) baser som förekommer vid 3'-slutet av eukaryota messenger RNA (mRNA) strängar. Denna sekvens kallas även för poly(A)-svansen och är vanligtvis mellan 50 och 250 nukleotider lång. Poly(A)-svansen hjälper till att stabilisera mRNA, underlätta transporten av mRNA från nucleus till cytoplasma och bidra till translationsinitieringen.
RNA-stabilitet
RNA-stabilitet refererar till hur länge ett RNA-molekyl kan bibehålla sin struktur och funktion inne i en cell, innan det bryts ned eller avlägsnas. Faktorer som påverkar RNA-stabilitet inkluderar sekvensspecifika interaktioner, modifieringar av RNA-baser, och aktiviteter hos enzymer som kan bryta ned RNA. Hög RNA-stabilitet är viktig för att säkerställa att tillräckligt med funktionellt RNA finns tillgängligt för att utföra sina cellulära uppgifter, medan låg stabilitet kan leda till nedsatt proteinuttryck och cellulär dysfunktion.
Polyakrylamidgelelektrofores
Bindningsplatser
Sekvenshomologi, aminosyra
Aminosyresekvenshomologi refererer til den grad af lighed i rækkefølgen af aminosyrerne, der udgør proteiner hos to eller flere organismer. Jo større antal identiske aminosyrer i samme position i de sammenlignede sekvenser, des højere er graden af homologi. Dette begreb anvendes ofte i molekylærbiologien for at fastslå evolutionæ forhold og funktionelle egenskaber hos proteiner.
Saccharomyces cerevisiae
Saccharomyces cerevisiae Proteins
'Saccharomyces cerevisiae proteins' refererar till proteiner som är specifika för jästsvampen Saccharomyces cerevisiae, även känd som bagerijäst eller öljäst. Detta organismer är välstuderade modellorganismer inom molekylärbiologi och genetik. Proteiner från Saccharomyces cerevisiae har varit av central betydelse för att förstå grundläggande cellulära processer, såsom celldelning, transkription, translation, DNA-replikering och metabolism. Många proteiner från Saccharomyces cerevisiae har blivit välkaraktäriserade och används ofta som referensproteiner i forskning.
Elektronmikroskopi
Visuell eller fotografisk mikroskopi, där elektronstrålar (med våglängder tusentals gånger kortare än synligt ljus) används i stället för ljus, vilket ger avsevärt större förstoring. Elektronernas interaktion med preparaten ger upplysning om preparatens finstruktur. Vid transmissionselektronmikroskopi ger elektronernas reaktioner under passage genom ett mycket tunt preparat upphov till en bild. Vid svepelektronmikroskopi faller en elektronstråle snett mot preparatytan, och av reaktionerna ovan ytan alstras en bild. Elektronmikroskopi förkortas ofta EM.
Mutation
RNA, svamp
RNA (Ribonucleic acid) är ett nukleinsyremedel som spelar en central roll i den genetiska informationens flöde och proteinsyntes inom celler hos levande organismer, inklusive svampar. RNA består av en lång kedja av nukleotider som innehåller fyra olika baser: adenin (A), uracil (U), cytosin (C) och guanin (G). I svampar, liksom i andra eukaryota organismer, finns det tre huvudsakliga typer av RNA: messenger RNA (mRNA), ribosomalt RNA (rRNA) och transfer RNA (tRNA). Dessa olika RNA-typer har specifika funktioner i cellen, exempelvis att transportera genetisk information från DNA till ribosomen där proteinsyntesen sker eller att utgöra en del av ribosomerna där proteiner syntetiseras.
Karyoferiner
En grupp proteiner som deltar i transport i nukleocytoplasman. Karyoferiner är heteromera molekyler, bestående av två huvudkomponenter: alfakaryoferiner och betakaryoferiner, vilka samverkar vid förflyttning av molekyler genom cellkärnans porkomplex. Flera andra proteiner, som t ex Ran GTP-bindande protein och celldödskänslighetsprotein, binder till karyoferiner och deltar i transportförloppet.
RNA-helikaser
En RNA-helikase är ett enzym som katalyserar separationen av dubbelsträngat RNA eller att separera en RNA-stump från en DNA-stump, genom att bryta de vätebindningar som håller samman basparparen i RNA-molekylen, vilket resulterar i två enskilda RNA-strängar.
Alternativ splitsning
Bildande av multipla proteinisoformer utifrån en enda gen. Alternativ splitsning innefattar sammanfogning av icke-konsekutiva exoner under tillkomsten av några, men inte alla, av genens transkript. En viss exon kan sålunda förenas med vilken som helst av flera andra exoner för att bilda budbärar-RNA. De alternativa formerna producerar proteiner som har en gemensam del och en avvikande del.
Kärnporkomplexproteiner
RNA Caps
"RNA caps" refer to the modified structures found at the 5' end of RNA molecules, including both messenger RNA (mRNA) and certain types of non-coding RNAs. These caps consist of a methylated guanosine triphosphate (GTP) molecule that is linked to the first nucleotide of the RNA chain through a 5'-5' triphosphate bridge. The RNA cap plays a crucial role in protecting the RNA from degradation, promoting its stability, and facilitating its translation into protein. Additionally, the RNA cap can also serve as a binding site for various proteins involved in RNA processing, transport, and regulation.
Virusförökning
Kloroplaster
Inklusionskroppar i växtceller som innehåller fotosyntespigmentet klorofyll, vilket hör samman med tylakoidmembranet. Kloroplaster finns i bladceller och unga stammar hos högre växter.
RNA, katalytiskt
En medicinsk definition av "RNA, katalytisk" är "Ribonukleinsyra med förmåga att fungera som en biokemisk katalysator, underlättande och accelererande specifika kemiska reaktioner inom cellen." Katalytiskt RNA, även känt som ribozym, är en typ av RNA-molekyl som kan binda till specifika substrat och utöva enzymatisk aktivitet, det vill säga att underlätta och accelerera kemiska reaktioner. Detta upptäcktes på 1980-talet och var en banbrytande upptäckt inom molekylärbiologin eftersom det ifrånsakade den länge gällande uppfattningen att endast proteiner kunde fungera som enzymer.
Blotting, Western
Tvådimensionell gelelektrofores
Endoribonukleaser
En familj enzymer som katalyserar endonukleolytisk klyvning av RNA. Hit hör EC 3.1.26.-, EC 3.1.27.-, EC 3.1.30.- och EC 3.1.31.-.
Metylering
Tillägg av metylgrupper. I histokemi används metylering för att förestra karboxylgrupper och avlägsna sulfatgrupper genom att behandla vävnadssnitt med het metanol i närvaro av saltsyra.
Uridin
Uridin är ett nucleosid som består av en pyrimidinbas (uracil) kovalent bundet till en femtoribos (ribose) via en beta-N1-glykosidbindning. Det förekommer naturligt i RNA och har en central roll i cellers proteinsyntes som en del av transfer-RNA (tRNA).
Trypanosoma brucei brucei
'Trypanosoma brucei brucei' är en subspecies av parasiten Trypanosoma brucei, som orsakar sjukdomen nagana hos djur i Afrika söder om Saharaöknen. Denna encelliga protozo växer och förökar sig i blodomloppet hos värddjuret och sprids genom myggor av arten Glossina, även känd som tsétsemyggor. Parasiten orsakar inflammation och skador på olika organ, vilket kan leda till allvarliga symptom och död hos drabbade djur. Det är värt att notera att denna subspecies inte infekterar människor.
Introner
Gensekvenser i DNA-strängen som är belägna mellan exoner. De transkriberas tillsammans med exonerna och avlägsnas från det primära gentranskriptet genom RNA-splitsning så att moget RNA blir kvar. Några introner kodar för separata gener.
Kloning, molekylär
Makromolekylära substanser
Föreningar och molekylkomplex som består av ett stort antal atomer och som i allmänhet är mer än 500 kD. I biologiska system kan makromolekylära ämnen åskådliggöras med elektronmikroskopi och särskiljas från organeller genom avsaknaden av membranstrukturer.
Proteinstruktur, tertiär
Korsreaktioner
Immunelektronmikroskopi
Nervvävnadsproteiner
"Nervvävnadsproteiner" refererar till de proteiner som utgör strukturella och funktionella komponenter hos nervceller (neuron) och deras stödjande celler (glialceller) i nervsystemet. Dessa proteiner är involverade i en rad olika processer, inklusive signaltransduktion, cellytiska processer, neurotransmission och homeostas. Exempel på nervvävnadsproteiner är neurofilament, tubulin, aktin, laminer, GFAP (glial fibrillär acidisk protein) och diverse receptorer och kanaler.
Sekvensinpassning
I medicinen, refererar "sekvensinpassning" till processen av matchning eller korrelerande en genetisk sekvens, vanligtvis en DNA- eller RNA-sekvens, med en specifik referenssekvens, för att fastställa dess position, orientering och eventuella variationer i förhållande till den referenssekvensen. Detta används ofta inom genetisk forskning och klinisk diagnostik för att identifiera gener, mutationer eller polymorfismer som kan vara associerade med sjukdomar eller andra hälsotillstånd.
Xenopus laevis
*Xenopus laevis* är ett grodartat vattenlevande laboratoriedjur, ursprungligen från Afrika, som används inom biomedicinsk forskning på grund av sin tolerans mot labormiljö och snabba reproduktion. Det är känt för sina läppknölar och används ofta i utvecklingsbiologi för att studera embryonal utveckling, genetik och toxikologi.
Exoner
De delar av en genetisk kopia som återstår sedan intronerna avlägsnats och som sammanflätas till budbärare eller strukturellt RNA.
Antigen-antikroppskomplex
Det aggregat som bildas när antigen- och antikroppsmolekyler förenas. Vävnadsskador till följd av avsättning av stora antigen-antikroppskomplex orsakar immunkomplexsjukdomar.
Immunfluorescensteknik
Analysmetod för vävnadsantigener, antingen direkt, genom konjugering av antikroppar med fluorescensfärg, eller indirekt, genom framställning av antigen-antikroppskomplex, som sedan märks med fluoresceinkonjugerade antiimmunglobulinantikroppar. Provet undersöks därpå i fluorescensmikroskop.
Rekombinanta fusionsproteiner
Rekombinanta fusionsproteiner är proteiner som skapats genom att kombinera genetiska sekvenser från två eller fler olika proteinmolekyler, vilket resulterar i en hybridprotein med unika funktionella egenskaper. Genetisk manipulation används för att fusionera generna på ett sådant sätt att de uttrycks som ett enda proteinskapsel i värdenorganismen. Dessa tekniker används ofta inom biomedicinsk forskning för att undersöka proteininteraktioner, skapa nya diagnostiska verktyg och utveckla terapeutiska läkemedel.
Blotting, Northern
Påvisande av RNA som separerats med elektrofores och immobiliserats på nitrocellulosa eller annan film av papper eller nylon.
RNA, Untranslated
"RNA, Untranslated" refers to the regions of an mRNA (messenger RNA) molecule that do not contain information for protein synthesis. These untranslated regions (UTRs) are located at the 5' end (5' UTR) and 3' end (3' UTR) of the mRNA, flanking the coding sequence (CDS). The UTRs play a role in regulating the stability, translation efficiency, and localization of the mRNA. Despite not encoding proteins directly, untranslated regions can have significant impacts on gene expression and regulation.
Ribosomer
Ett ribosom är en komplex struktur i cellen som syntetiserar proteiner genom att translatera information från RNA till aminosyror, vilket resulterar i bildandet av en peptidkedja. Ribosomen består av två subenheter, en större och en mindre, som innehåller ribosomalt RNA (rRNA) och proteiner. De två subenheterna interagerar med varandra samt med mRNA (budbärar-RNA) och tRNA (transfer-RNA), för att bygga upp en proteinmolekyl korrekt enligt genetisk information. Ribosomer finns i både cytoplasma och mitokondrier, och spelar därför en central roll i cellens proteinsyntes.
Rekombinanta proteiner
Rekombinanta proteiner är proteiner som innehåller sekvenser från två eller flera olika källor, vanligtvis genom genetisk manipulation i laboratorium. Genom användning av rekombinant-DNA-teknik kan man kombinera gener från olika organismer för att skapa en ny gen som kodar för ett protein med önskade egenskaper. Detta är en viktig metod inom biomedicinsk forskning och används bland annat för produktion av läkemedel, diagnostiska verktyg och för studier av proteiner och deras funktioner.
Bevarad sekvens
En aminosyrasekvens i en polypeptid eller en nukleotidsekvens i DNA eller RNA som är den samma hos flera arter. En känd uppsättning bevarade sekvenser representeras av en konsensussekvens. Aminosyramotiv består ofta av bevarade sekvenser.
DNA
En deoxiribonukleotidpolymer som utgör den grundläggande genetiska substansen i alla celler. Eukaryota och prokaryota organismer har normalt sitt DNA ordnat i dubbelsträngade strukturer, men i många viktiga biologiska processer ingår under vissa skeden enkla strängar. DNA, som består av en flersockerarts-fosfatstam med utskott av puriner (adenin och guanin) och pyrimidiner (tymin och cytosin), bildar en dubbelspiral som hålls ihop med vätebindningar mellan purinerna och pyrimidinerna (adenin mot tymin (AT) och guanin mot cytosin (GC)).
Plasmider
En plasmid är en liten, cirkulär dubbelsträngad DNA-molekyl som kan replikera självständigt och förekommer hos bakterier och andra encelliga organismer. Plasmider kan överföras mellan celler och innehåller ofta gener som ger resistens mot antibiotika eller kodar för toxiner. De används också i molekylärbiologi som vektorer för kloning av gener.
Daktinomycin
Ett antibiotikum med anticancereffekt från Streptomyces parvullus. Det binder till DNA och hämmar RNA-syntes (transkription), där förlängning av kedjan är känsligare än början, slut eller frisläppande. Till följd av nedsatt mRNA-produktion avtar också proteinsyntesen efter dactinomycinbehandling.
Modeller, molekylära
Autoimmuna sjukdomar
RNA-interferens
RNA-interferens (RNAi) är ett naturligt förekommande cellulärt försvarsmekanism hos eukaryota celler, som reglerar genuttryck och skyddar mot främmande genetisk material, såsom virusgenomer och transponibla element. RNAi-mekanismen involverar degradering av specifika mRNA-transkript med hjälp av korta, dubbelsträngade RNA-molekyler (siRNA) som en del av ett RNA-inducerat silencing-komplex (RISC). Denna process leder till specifik nedreglering av genuttryck genom att förhindra översättningen av mål-mRNA till protein.
Ultraviolett strålning
"Ultraviolett strålning (UV-strålning) är en form av elektromagnetisk strålning som har kortare våglängd än synligt ljus och längre våglängd än rent röntgenstrålning, vilket gör den osynlig för människan. UV-strålning delas in i tre typer: UVA, UVB och UVC, beroende på deras relativa våglängder och energier. Denna strålning produceras naturligt av solen, men kan också genereras syntetiskt genom artificiella källor. Överexponering av UV-strålning kan leda till skador på huden, ögonen och immunförsvaret, samt öka risken för hudcancer."
Oocyter
En oöcyt (singular form av oocyter) är ett äggcell som mognar inne i en honas äggstock (ovarium). Den är den största cellen i den mänskliga kroppen och kan delas in i olika stadier baserat på dess utveckling. Oöcyten består av två delar: den haploida kärnan, som innehåller halva antalet kromosomer jämfört med en vanlig diploid cell, och den omgivande zonapellucidamembranen. När oöcyten har nått full mognad är den redo för befruktning och utvecklas sedan till en zygot och fortsätter att dela sig och utvecklas till ett embryo.
Ribonukleaser
En ribonukleas (RNas) är ett enzym som bryter ned RNA-molekyler i mindre segment genom att hydrolysavspjälka fosfodiesterbindningarna mellan dess nucleotider. Det finns olika typer av ribonukleaser, inklusive RNas A, RNas B och RNas C, som är specifika för att klyva specifika sekvenser i RNA-molekyler. Dessa enzymer spelar viktiga roller i cellulär regulering, såsom proteinsyntes, RNA-modifiering och immunförsvar.
Drosophila melanogaster
Affinitetskromatografi
Modeller, biologiska
Biologisk transport
Virion
DNA-bindande proteiner
Proteiner som binder till DNA. Till denna familj hör proteiner som binder till såväl dubbelsträngat som enkelsträngat DNA, och den omfattar även specifika DNA-bindande proteiner i serum som kan användas som markörer för tumörsjukdomar.
Transfektion
Transfektion är en process där DNA, RNA eller andra molekyler överförs till eukaryota celler, ofta med syfte att introducera en specifik gen så att cellen kan producera ett protein som kodas av den genen. Detta kan göras för forskningsändamål, till exempel för att studera proteinet och dess funktion, eller för medicinska ändamål, till exempel för att ersätta en defekt gen hos en patient med ärftlig sjukdom. Transfektion kan ske med olika metoder, såsom elektroporering, kemisk transfektion eller viralvektorbaserad transfektion.
Reglering av genuttryck
Arginin
Proteinisoformer
En proteinisoform är en variant av ett protein som uppstår genom differentierad exonskaping, alternativ splicing av RNA eller post-translationell modifikation av aminosyrakedjan. Dessa variationer kan resultera i skilda funktioner, aktiviteter och subcellulära lokaliseringsmönster hos proteinet. Proteinisoformer bidrar till den biologiska mångfalden och komplexiteten i levande organismer.
DNA-primrar
Celler, odlade
Fluorescensmikroskopi
DNA, komplementärt
In situ-hybridisering, fluorescerande
Kaniner
Nukleinsyrahybridisering
Nukleinsyrahybridisering är en laboratorieteknik där två komplementära enheter av DNA eller RNA kombineras genom att deras komplementära baspar bildar vätebindningar med varandra, vilket resulterar i en dubbelhelix. Denna metod används ofta för att identifiera och undersöka specifika sekvenser av nukleinsyror, såsom genetisk material från organismer, virus eller muterade gener.
Substratspecificitet
Substratspecificitet beteferrer sig inom farmakologi och enzymologi till den egenskap hos ett enzym eller en receptor där det endast binder till och katalyserar (eller påverkar) vissa specifika substanser, molekyler eller läkemedel, känt som substrat. Det innebär att en given enzymtyp endast är aktivt mot en begränsad grupp av kemiska föreningar som har en viss strukturell och kemisk likhet. Substratspecificiteten bestäms av enzymernas tredimensionella struktur och den del av substratmolekylen som interagerar med aktiva sitet på enzymet.
Proteomik
Proteomik är ett område inom biomedicin som handlar om studien av proteomer, det vill säga den totala mängden proteiner och deras interaktioner, funktioner och reglering i ett levande system, såsom en cell, vävnad eller organism. Proteomiken inkluderar identifiering och karakterisering av proteiner, deras struktur, funktion och interaktion med andra molekyler, samt förändringar i proteinuttryck och aktivitet under olika fysiologiska och patologiska tillstånd. Proteomiken använder sig ofta av högthroughput-tekniker såsom masspektrometri och proteinkromatografi.
Modeller, genetiska
Drosophilaproteiner
Proteiner från insektarter tillhörande släktet Drosophila (bananfluga, fruktfluga). Särskilt proteiner från den mest välundersökta Drosophilaarten, Drosophila melanogaster, tilldrar sig stort intresse när det gäller forskning inom morfogenes och utveckling.