SREBP1-protein
SREBP1 (Sterol Regulatory Element Binding Protein 1) är ett transkriptionsfaktorprotein som spelar en viktig roll i regleringen av kolesterol- och lipidhomöostasen i celler. Det existerar två isoformer av SREBP1, nämligen SREBP1a och SREBP1c, båda av vilka aktiveras under nedbrytningen av membrankolesterol till ett maturerat transkriptionsfaktorprotein som kan binda till DNA och stimulera transkriptionen av gener involverade i lipidsyntes och kolesterolmetabolism.
SREBP2-protein
SREBP2 (Sterol Regulatory Element Binding Protein 2) är ett transkriptionellt faktorprotein som aktiveras under lägre nivåer av kolesterol i cellen och stimulerar transkriptionen av gener involverade i kolesterolsyntes och absorption i cellytan, för att öka intracellulärt kolesterol.
SREBP-proteiner
SREBP-proteiner, eller sterol regulatory element binding proteiner, är transkriptionsfaktorer som aktiveras under lägre nivåer av kolesterol och reglerar uttrycket av gener involverade i kolesterol- och lipidsyntes, samt upptag av lipider i cellen.
C-EBP
En klass av proteiner som ursprungligen påvisades för sin förmåga att binda till DNA-sekvensen CCAAT. Det typiska CCAAT-förstärkarebindande proteinet bildar dimerer och består av en aktiveringsdomän, en DNA-bindande grundregion och en leucinrik dimeriseringsdomän (leucinzipper). CCAAT-bindande faktor är en strukturellt distinkt typ av CCAAT-förstärkarebindande protein (C/EBP), bestående av en trim er av tre olika underenheter.
Steroler
Transkriptionsfaktorer
DNA-bindande proteiner
Proteiner som binder till DNA. Till denna familj hör proteiner som binder till såväl dubbelsträngat som enkelsträngat DNA, och den omfattar även specifika DNA-bindande proteiner i serum som kan användas som markörer för tumörsjukdomar.
Lipogenes
Nybildning av fett i kroppen. Denna inkluderar syntes av fettsyror och därpå följande triglycerider i lever och fettvävnad. Fettbildningen regleras av en mångfald faktorer, bl a näringsintag, hormoner och genetiska förutsättningar.
Fatty Acid Synthases
Fatty acid synthase (FAS) är ett enzymkomplex som syntetiserar de mättade fettsyrorna med kedjor upp till 16 kolatomer längd, genom en serie av reaktioner som startar med acetyl-CoA och malonyl-CoA. Detta enzymkomplex består av flera olika enheter som katalyserar varsin reaktionssteg i syntesprocessen. FAS är viktigt för cellernas tillväxt och överlevelelse, men överskjutande aktivitet kan leda till onormal celltillväxt och cancer.
Hydroximetylglutaryl-CoA-syntas
Reglering av genuttryck
Promotorregioner, genetik
I en enkel mening kan promotorregionen inom genetiken definieras som den del av ett genetiskt material (DNA) där transkriptionsfaktorer binder till att initiera transkriptionen av ett specifikt gen. Promotorregionen ligger vanligtvis uppströms (5'-ändan) av det gen som ska transkriberas och innehåller ofta cis-regulatoriska element som reglerar genuttrycket genom att påverka bindningen av RNA-polymeras II, enzymet ansvarigt för transkriptionen av protein kodande gener.
Nostoc commune
Nostoc commune är en kolonibildande cyanobakterie (blågrön alg), som förekommer i sötvatten och fuktiga jordar över hela världen. Den kan bilda tjocka, geléartade mattor eller klumpar med gröna, blågröna eller bruna celler inbäddade i en slags sklerotium (en typ av överlevnadsstruktur). Nostoc commune är känd för sin förmåga att fixera kväve gas från luften och konvertera den till ammoniak, vilket gör den viktig för närings cykeln i ekosystem. Den kan också producera en rad bioaktiva ämnen med potential medicinsk användning, såsom antibiotika, antivirala medel och cancerbekämpande substanser.
Kolesterol
Fettomsättning
Fysiologiska processer vid biosyntesen (anabolism) och nedbrytningen (katabolism) av fetter.
Cellkärneproteiner
Geranyltranstransferas
En medicinsk definition av 'Geranyltranstransferas' är ett enzym som katalyserar reaktionen där en geranylgrupp (C10) överförs från en donator, ofta den aktiva isoprenoiden geranyldifosfat, till en acceptor, vanligtvis en karboxylgrupp i ett protein. Detta posttranslationella modifieringsprocess kallas prenylering och är viktig för att stabilisera proteiner i cellmembranet och reglera deras funktioner.
Stearoyl-CoA-desaturas
Stearoyl-CoA-desaturase (SCD) är ett enzym som katalyserar en desaturationsreaktion där en enkel bindning mellan två kolatomer ersätts med en dubbelbindning i en fettsyra. Konkret konverterar SCD stearoyl-CoA till oleoyl-CoA, vilket innebär att den desurerar en fettsyra med 18 kolatomer (stearoyl-CoA) till en fettsyra med samma antal kolatomer men med en extra dubbelbindning (oleoyl-CoA). Detta är viktigt eftersom mängden monounsaturaerade fettsyror, som oleoyl-CoA är ett exempel på, har visats ha betydelse för cellmembranens funktion och lipidmetabolismen.
Leucinblixtlås
DNA-bindande motiv som bildas genom att två alfahelixsträngar flätas ihop på en längd av ungefär åtta varv och sedan grenar isär i Y-liknande strukturer. Leuciner i upprepningar av sju hamnar på samma sida av spiralerna och intill varandra på stjälken ("blixtlåset"). De DNA-bindande restsekvenserna sitter i Y-förgreningen.
RNA, budbärar
"RNA (Ribonucleic acid) är ett ensträngat nucleotidmolekylt som fungerar som genetisk budbärare i celler, transportierande genetisk information från DNA till ribosomer under protein syntesprocessen."
LDL-receptorer
Receptorer på plasmamembranet till andra celler än leverceller som specifikt binder LDL. Receptorerna är belägna i specialiserade områden som kallas täckta gropar. Hyperkolesteremi orsakas av tre typer av allelisk genetisk defekt: 1. Receptorer binder inte till LDL; 2. Bindningsförmåga till LDL är nedsatt; 3. Det sker en normal bindning, men LDL tas inte upp. Till följd härav hindras kolesterolestrar att tas upp av cellen och den intracellulära responsen genom kolesterol på 3-hydroxi-3-metylglutaryl CoA- reductas uteblir.
Hydroximetylglutaryl-CoA-reduktaser
Bassekvens
Acetyl-CoA-karboxylas
Transkription, genetisk
cAMP-responsivt elementbindande protein
Helix-ögla-helixmotiv
Upprepade supersekundära strukturer med 20 aminosyror, hopveckade till två alfaspiraler som sammanbinds med ett ovridet öglesegment. De återfinns i många sekvensspecifika DNA-bindande proteiner och kalciumbindande proteiner.
Orphan Nuclear Receptors
Orphan nuclear receptors are a type of transcription factor, which are proteins that regulate gene expression by binding to specific DNA sequences in the promoter region of target genes. Orphan nuclear receptors get their name because they were initially discovered as "orphans," meaning that their endogenous ligands (the molecules that bind to and activate or inhibit the receptor) were not known.
Fettsyror
Organiska syror (alifatiska karboxylsyror), med grundformeln CH3(CH2)nCOOH, vilka fås genom oxidation av en metylgrupp till en alkohol, aldehyd och därefter syra. Det finns mättade, enkelomättade (med en dubbelbindning) och fleromättade (med mer än en dubbelbindning) fettsyror.
Molekylsekvensdata
Reglering av genuttryck, enzymer
Fetter
Transfektion
Transfektion är en process där DNA, RNA eller andra molekyler överförs till eukaryota celler, ofta med syfte att introducera en specifik gen så att cellen kan producera ett protein som kodas av den genen. Detta kan göras för forskningsändamål, till exempel för att studera proteinet och dess funktion, eller för medicinska ändamål, till exempel för att ersätta en defekt gen hos en patient med ärftlig sjukdom. Transfektion kan ske med olika metoder, såsom elektroporering, kemisk transfektion eller viralvektorbaserad transfektion.
Cricetinae
Bindningsplatser
Cellinje
I medicine refererer "cellinje" til en gruppe af celler med ensartet funktion og opbygning, der samarbejder for at udføre en specifik biologisk proces eller opgave i et levende organisme. Celliner er ofte specialiserede i deres struktur og funktion for at udføre deres rolle effektivt, og de kan findes i alle levende organismer, fra encellet bakterie til komplekse flercellede dyr og planter.
Membranproteiner
Fatty Acid Synthase, Type I
Fatty acid synthase (FAS) type I är ett enzymkomplex som syntetiserar de långa kedjorna av fettsyror i djurceller. Det består av två identiska subenheter, var och en med sju olika enzymatiska aktiviteter och ett regulatoriskt domän. FAS type I är ansvarig för att producera de mättade fettsyrorna med 16 kolatomer (palmitat) från acetyl-CoA och malonyl-CoA som substrat. Detta inträffar i cytoplasman hos djurceller, till skillnad från FAS type II som finns i endoplasmatiska nätverket hos växter och bakterier. FAS type I spelar en viktig roll i lipidmetabolismen och överproduktion av detta enzym har visats korrelera med fetma, diabetes och cancer.
Intracellulära signalpeptider och -proteiner
Proteiner och peptider som deltar i signalöverföringen inuti cellen. Dessa omfattar peptider och proteiner som reglerar transkriptionsfaktorernas verksamhet och cellulära förlopp till följd av svar på signaler från cellytereceptorer. De intracellulära signalpeptiderna och -proteinerna kan utgöra en del av en enzymatisk signalkaskad, eller verka genom att binda till och modifiera verkan av andra signalfaktorer.
CHO-celler
Fettceller
Celler, odlade
Farnesyl-difosfatfarnesyltransferas
Farnesyl-difosfatfarnesyltransferase (FDFT) är ett enzym som katalyserar en stearylsyretransfersreaktion involverad i den tidiga delen av den mevalonatbiosyntesvägen, vilket leder till produktionen av kolesterol och andra isoprenoider i cellen.
Insulin
Ett proteinhormon som utsöndras av bukspottkörtelns betaceller. Insulin har en avgörande roll i regleringen av sockeromsättningen, där det främjar cellernas förbrukning av glukos. Det spelar även en viktig roll för omsättningen av proteiner och lipider. Insulin används som läkemedel för hålla insulinberoende diabetes mellitus under kontroll.
Triglycerider
Triglycerider är en typ av lipid som förekommer naturligt i kroppen och även finns i vissa livsmedel. De utgör den huvudsakliga formen av fett som lagras i kroppen och används som energikälla när kroppen behöver mer energi än vad som kan tas från dagens kost. Normala triglyceridnivåer i blodet varierar beroende på ålder, kön och andra faktorer, men höga nivåer kan öka risken för hjärt-kärlsjukdomar.
Proteinmodifiering, posttranslationell
Posttranslational protein modification (PTPM) refers to the covalent alteration of a protein's structure after its translation from mRNA to polypeptide chain but before it becomes fully functional. These modifications play crucial roles in regulating protein function, localization, stability, and interaction with other molecules within the cell. Examples of PTPMs include phosphorylation, glycosylation, ubiquitination, methylation, acetylation, and sumoylation, among others.
Responselement
I en medicinsk kontext kan "response element" definieras som en sekvens av DNA-baserade nukleotider, vanligtvis upp till 20 baspar lång, som binder till en specifik transkriptionsfaktor. När denna transkriptionsfaktor binder till response elementet aktiveras eller inhiberas transkriptionen av det angränsande genetiska materialet, vilket i sin tur påverkar proteinexpressionen och cellens funktion. Response elementer spelar därför en viktig roll i regleringen av genuttryck under olika fysiologiska och patologiska tillstånd.
Omvänt transkriptaspolymeraskedjereaktion
En omvänd transkriptaspolymerasekedjereaktion (RT-PCR) är en molekylärbiologisk metod som används för att kopiera komplementär DNA (cDNA) från ett given RNA-molekyl, vilket möjliggör dess detektering och analys.
Mutation
Regulatoriska sekvenser, nukleinsyra
Regulatoriska sekvenser inom nukleinsyramolekyler refererar till specifika DNA-sekvenser som kontrollerar genuttryck och -regulering genom att interagera med proteiner, såsom transskriptionsfaktorer och enzym, för att modulera transkriptionen av gener till mRNA. Dessa sekvenser inkluderar promotor- och enhancersekvenser, silencersekvenser, intron-exonspecifika sekvenser och andra cis-regulatoriska element som påverkar genuttrycket i rymden och tiden.
Kolväten, fluorerade
Signalomvandling
I en enkel mening kan 'signalomvandling' inom medicin definieras som processen där celler konverterar inkommande signaler, ofta i form av hormoner, neurotransmittorer eller tillväxtfaktorer, till intracellulära svar genom en kaskad av biokemiska händelser. Detta kan leda till aktivering eller inhibitering av vissa cellulära funktioner och är en central mekanism i cellkommunikationen och regleringen av cellulär homeostas.
Möss, inavlade C57BL
"C57BL mice" är en specifik stam av möss som används inom forskning. De är så kallade inbredda möss, vilket betyder att de har en mycket konsekvent genetisk bakgrund eftersom de härstammar från en enda individ och har förökat sig genom systerskötsel under många generationer. Detta gör att deras egenskaper är väldigt repeterbara, vilket är användbart inom experimentell forskning. C57BL-stammen är känd för sin robusta hälsa och långa livslängd jämfört med andra mössstammar. De används ofta inom olika områden av biomedicinsk forskning, till exempel cancer-, neurologi- och immunologiforskning.
CREB-bindande protein
CREB (cAMP Response Element Binding) protein is a transcription factor that binds to specific DNA sequences called cAMP response elements (CRE), which are located in the promoter region of certain genes. When CREB is activated through phosphorylation, it forms a complex with other co-activator proteins and binds to the CRE site, leading to the recruitment of RNA polymerase II and initiation of transcription of the target gene. This process plays a crucial role in various cellular processes such as learning, memory, and metabolism regulation.
Luciferaser
Enzym som oxiderar vissa luminiscerande ämnen så att de avger ljus (fysisk luminiscens). Luciferaser från olika organismer har utvecklats olika under evolutionen. EC 1.13.12 (?).
Regulatoriska element, transkriptionella
"Transcriptional regulatory elements are DNA sequences that bind to proteins or protein complexes known as transcription factors, which control the initiation, rate, and termination of gene transcription into messenger RNA (mRNA). These elements include promoters, enhancers, silencers, and insulators, and they play a crucial role in determining the spatial and temporal expression patterns of genes during development and homeostasis."
Rapportörgener
Kärnreceptorer
Proteiner i cytoplasman eller cellkärnan som specifikt binder signalmolekyler och utlöser förändringar som påverkar hur celler beter sig. De största grupperna är steroidhormonreceptorerna, som normalt finns i cytoplasman, och sköldkörtelhormonreceptorerna, som normalt finns i cellkärnan. Receptorer, till skillnad från enzym, katalyserar vanligtvis inte kemiska förändringar i sina ligander.
Proteinbindning
"Proteinbindning refererar till den process där ett protein binder specifikt till ett annat molekylärt substance, såsom en liten molekyl, ett annat protein eller en jon, vanligtvis genom non-kovalenta interaktioner som hydrogenbindning, Van der Waals-kräfter och elektrostatiska attraktioner. Denna bindning kan regulera funktionen hos det bundna substanceet och är av central betydelse för många biologiska processer, inklusive signaltransduktion, enzymsk aktivitet och transport av molekyler inom cellen."
Aminosyrasekvens
PPAR alfa
Peroxisome Proliferator-Activated Receptor Alpha (PPAR-α) är en nukleär receptor som fungerar som transkriptionsfaktor och spelar en viktig roll inom cellers energibalans, metabolism av lipider och inflammation. Den aktiveras av fettburna syraderivat och andra ligander, vilket leder till att den binder till DNA och regulerar genuttrycket av gener involverade i lipidmetabolismen, såsom gener kodande för enzymer som metaboliserar fettsyror. PPAR-α är specifikt uttryckt i organ med hög lipidmetabolism, till exempel levern, hjärtat och skelettmuskulaturen.
DNA-primrar
Cellkärna
Blotting, Western
Genuttryck
Förstärkare, genetiska
Kloning, molekylär
Möss, genetiskt förändrade
Fettvävnad
Bindväv bestående av fettceller (adipocyter) i ett nätverk av stödjeceller. Pigmenterad, värmealstrande fettvävnad i många däggdjurarters foster och nyfödda kallas brunt fett.
Leverceller
Nedreglering
PPAR gamma
PPAR gamma, eller peroxisome proliferator-activated receptor gamma, är ett transkriptionsfaktorprotein som spelar en viktig roll inom cellulär differentiering, glukosmetabolism och lipidmetabolism. Det aktiveras av specifika ligander och reglerar sedan genuttrycket av målgenen involverade i dessa processer. PPAR gamma är särskilt välkänt för sin roll inom adipocyt differentiering, glukos tolerans och insulin-senstivitet, samt inflammation och kolesterolhomöostas.
DNA, komplementärt
Råttor, Sprague-Dawley
"Sprague-Dawley råtta" är en typ av albino släthårig laboratorieråtta som vanligtvis används inom forskning på grund av deras förutsägbara och reproducerbara genetiska, fysiologiska och beteendemönster. De utvecklades under 1920-talet i USA av biologerna Robert Sprague och Harold Dawley och är idag en av de mest använda råttorna inom forskning världen över.
Rekombinanta proteiner
Rekombinanta proteiner är proteiner som innehåller sekvenser från två eller flera olika källor, vanligtvis genom genetisk manipulation i laboratorium. Genom användning av rekombinant-DNA-teknik kan man kombinera gener från olika organismer för att skapa en ny gen som kodar för ett protein med önskade egenskaper. Detta är en viktig metod inom biomedicinsk forskning och används bland annat för produktion av läkemedel, diagnostiska verktyg och för studier av proteiner och deras funktioner.
Sterol 14-Demethylase
Sterol 14-demethylase är ett enzym som spelar en viktig roll i steroidbiosyntesen hos däggdjur och andra eukaryota organismer. Det katalyserar en av de successiva enzymatiska stegen i syntesen av kolesterol, nämligen den oxidativa demetyleringen av lanosterol till 4,4-dimethylcholesta-8,14,24-trienol. Detta steg är nödvändigt för att reducera antalet metylgrupper i steroidkärnan från fyra till tre. Sterol 14-demethylase inaktiveras av en grupp läkemedel som kallas azoler, vilket utnyttjas vid behandlingen av sjukdomar orsakade av överproduktion av kolesterol, såsom vissa former av högt blodtryck och höga kolesterolvärden.
DNA
En deoxiribonukleotidpolymer som utgör den grundläggande genetiska substansen i alla celler. Eukaryota och prokaryota organismer har normalt sitt DNA ordnat i dubbelsträngade strukturer, men i många viktiga biologiska processer ingår under vissa skeden enkla strängar. DNA, som består av en flersockerarts-fosfatstam med utskott av puriner (adenin och guanin) och pyrimidiner (tymin och cytosin), bildar en dubbelspiral som hålls ihop med vätebindningar mellan purinerna och pyrimidinerna (adenin mot tymin (AT) och guanin mot cytosin (GC)).
Fetter i kosten
Lipoproteiner
Lipid-proteinkomplex som ingår i transport och omsättning av fettämnen i kroppen. De är runda partiklar, bestående av en hydrofob kärna av triglycerider och kolesterolestrar som är omgiven av ett lager hydrofilt, fritt kolesterol, fosfolipider och apolipoproteiner. Lipoproteiner definieras utifrån sin varierande densitet och storlek. De stora lipoproteinerna, som kylomikroner och VLDL, transporterar triglycerider, och de små lipoproteinerna, som LDL och HDL, transporterar kolesterol.
DNA-fotavtryck
En metod för bestämning av sekvensspecificitet för proteiner som binder till DNA. Vid DNA-fotavtryck används något DNA-nedbrytande medel (kemikalie eller nukleas), som klyver alla basparen. Vid bindningsställena för proteinet i fråga sker ingen klyvning.
Möss, knockout
Musstammar, hos vars individer vissa gener inaktiverats, eller slagits ut. Utslagningen åstadkoms genom att man med hjälp av rekombinant DNA-teknik ändrar den normala DNA-sekvensen hos den gen som är föremål för studier, för att förhindra syntes av normala genprodukter. Klonade celler med lyckad DNA-förändring injiceras sedan i musembryon för framställning av chimärer. De chimära mössen avlas därefter för att ge en stam där alla celler i varje mus innehåller den brutna genen. Knockout-möss används i experimentella djurmodeller av sjukdomar och för att klarlägga geners funktioner.
Leptin
Ett 16 kD-peptidhormon som utsöndras av vita fettceller och som medverkar i regleringen av födointaget och energibalansen. Leptin avger den viktigaste afferenta signalen (insignalen) från fettceller i det svarssystem som reglerar kroppens fettlager.
Fosforylering
Skelettmuskulatur
Glukos
Reglergener
Plasmider
En plasmid är en liten, cirkulär dubbelsträngad DNA-molekyl som kan replikera självständigt och förekommer hos bakterier och andra encelliga organismer. Plasmider kan överföras mellan celler och innehåller ofta gener som ger resistens mot antibiotika eller kodar för toxiner. De används också i molekylärbiologi som vektorer för kloning av gener.
Kost
Människors eller djurs normala intag av föda eller dricka. Hit hör inte kostterapi, som avser speciell kost för behandling av sjukdom.
RNA-bindande proteiner
RNA-binding proteins (RBPs) are a type of protein that selectively interact with RNA molecules, playing crucial roles in post-transcriptional regulation of gene expression. They can bind to various structural elements within RNA, such as double-stranded RNA, single-stranded RNA, hairpins, and other secondary structures, influencing RNA processing, stability, localization, and translation. The specificity of RNA-protein interactions is determined by the recognition of distinct RNA sequences and/or structural motifs through the modular domains present in RBPs.