Streptomyces lividans
'Streptomyces lividans' är en grampositiv bakterie som tillhör ordningen Actinomycetales och familjen Streptomycetaceae. Den är känd för sin förmåga att producera en rad olika bioaktiva molekyler, inklusive antibiotika och enzymer. 'Streptomyces lividans' används ofta som värdorganism vid genetisk manipulation och proteinproduktion på grund av sin goda tillväxt på billiga näringsmedel och sin förmåga att producera och sekretera stora mängder av heterologa proteiner. Den är också en modellorganism för studier av streptomyces-bakteriers differentiering och sekundära metabolitproduktion.
Streptomyces
Streptomyces är ett släkte av grampositiva, strikt aeroba bakterier som tillhör ordningen Actinomycetales. Dessa bakterier är kända för sin förmåga att producera en rad olika antibiotika och andra bioaktiva metaboliter, vilket gör dem viktiga inom biomedicinsk forskning. Streptomyces-arterna har en komplex livscykel som inkluderar sporbildande hyfer och vegetativa mycel. De förekommer naturligt i en rad olika miljöer, till exempel jord, vatten och på levande växter.
Streptomyces griseus
'Streptomyces griseus' är en art av Gram-positiva, strikt aeroba bakterier som tillhör släktet Streptomyces. Denna bakterie är känd för sin förmåga att producera ett antibiotikum kallat streptomycin, som är verksamt mot flera gramnegativa och grampositiva bakterier, inklusive tuberkulosbacillen. 'Streptomyces griseus' har en komplex livscykel som involverar sporbildning och koloniverspridning. Denna bakterie förekommer naturligt i jord och vattenmiljöer och spelar en viktig roll i nedbrytningen av organiska material.
Streptomyces coelicolor
'Streptomyces coelicolor' är en art av grampositiva bakterier som tillhör släktet Streptomyces och familjen Streptomycetaceae. Den är känd för sin förmåga att producera ett antal olika antibiotika, inklusive aktinorhodin, undecylprodigiosin och calciumdependentant cyklopeptid. 'Streptomyces coelicolor' används ofta som en modellorganism inom forskning om bakteriers sekundära metabolism, genetik och cellbiologi.
Streptomyces antibioticus
'Streptomyces antibioticus' är en bakteriestam som tillhör släktet Streptomyces, och är känd för sin förmåga att producera ett flertal olika antibiotika, inklusive streptomycin. Detta gram-positiva bacteria hör till aktinobakteriarna och förekommer naturligt i jordmånens mikroflora. Den har använts kommersiellt för att producera antibiotika som används inom medicinen för behandling av olika infektioner orsakade av bakterier.
Antrakinoner
Molekylsekvensdata
Kloning, molekylär
Tillförsel av molekyler av rekombinant DNA från prokaryota eller eukaryota källor till replikationsvektorer, så som plasmider eller virus, och införande av de härvid erhållna hybridmolekylerna i mottagarceller, utan att livsdugligheten hos dessa celler ändras.
Streptomyces aureofaciens
'Streptomyces aureofaciens' är en art av grampositiva bakterier som tillhör släktet Streptomyces. Dessa bakterier är gram-positiva, aeroba och bildar filamentösa kolonier med en gulorange färg, därav det vetenskapliga namnet 'aureofaciens', som kommer från latinets ord för 'guldansikte'.
Xylella
Xylella är ett släkte av bakterier som orsakar sjukdomar hos växter, särskilt i medelhavsområdet. Den mest kända arten är Xylella fastidiosa, som kan leda till dödlig skador på en rad olika värdväxter, inklusive olivträd, citrusfrukter och druvor.
Tiostrepton
Aminosyrasekvens
Plasmider
En plasmid är en liten, cirkulär dubbelsträngad DNA-molekyl som kan replikera självständigt och förekommer hos bakterier och andra encelliga organismer. Plasmider kan överföras mellan celler och innehåller ofta gener som ger resistens mot antibiotika eller kodar för toxiner. De används också i molekylärbiologi som vektorer för kloning av gener.
Endo-1,4-beta-xylanaser
Endo-1,4-beta-xylanase är ett enzym som bryter ned xilan, en hemicellulosa bestående av β(1→4)-länkade xosorideringar, genom att hydrolysera β(1→4)-glykosidbindningarna mellan xoseresenheterna. Detta enzym förekommer naturligt i många mikroorganismer och används kommersiellt inom bland annat pappers- och massaindustrin för att förbättra sakcharifieringen av växtmaterial.
Bassekvens
Reglering av genuttryck, bakterier
Prodigiosin
Prodigiosin är ett rödviolett pigment som produceras av vissa stammar av bakterien Serratia marcescens och andra relaterade arter. Det är ett sekundärt metabolit med potentialen att ha antibiotiska, antiproliferativa och cytotoxiska egenskaper. Prodigiosin har också visat sig ha immunomodulerande och neuroprotektiva effekter i vissa studier.
Multigenfamilj
En uppsättning gener som genom mångfaldigande och variation härstammar från någon ursprunglig gen. Sådana gener kan sitta tillsammans på samma kromosom eller vara utspridda på olika kromosomer. Exempel på multigenfamiljer är de som kodar för hemoglobiner, immunglobuliner, histokompatibilitetsantigener, aktiner, tubuliner, keratiner, kollagener, stressproteiner, salivproteiner, korioproteiner, membranproteiner, ägguleproteiner och faseoliner, och även histoner, ribosom-RNA och tRNA-gener. De tre senare utgör exempel på upprepningsgener, av vilka det finns hundratals identiska i tandemformationer.
Naftasener
Restriktionskartläggning
Transformation, bakteriell
"Bakteriel transformation" är ett begrepp inom mikrobiologi och genetik som refererar till processen där en bakteriecell tar upp främmande DNA (deoxyribonucleic acid) från sin omgivning, integrerar det i sitt eget genom och på så sätt förändrar sina arvsmassa och egenskaper. Detta fenomen upptäcktes av Frederick Griffith 1928 och är ett viktigt forskningsområde inom molekylär biologi, med tillämpningar inom bland annat genteknik och medicinsk forskning.
Acetylesteras
Xylosidaser
Antibakteriella medel
Kemiska substanser som produceras av mikroorganismer och som, i utspädda lösningar, har förmåga att hämma tillväxten hos eller döda andra organismer. Antibiotika vars toxicitet tolereras av värden anv änds som kemoterapeutiska preparat för behandling av infektionssjukdomar hos människor, djur och växter.
Open Reading Frames
I en mening kan "Open Reading Frames" (ORF) definieras som en sekvens av DNA eller RNA som har potentialen att koda för ett protein. ORF börjar med en startkodon, vanligtvis AUG, och fortsätter till nästa stoppkodon (UAG, UAA eller UGA). Den resulterande aminosyrasekvensen kan potentiellt vara kapabel till att bilda ett protein om den översätts korrekt. Det är värt att notera att inte alla ORF:er leder nödvändigtvis till produktionen av ett funktionellt protein, eftersom det kan finnas flera skäl till varför translationen kan misslyckas eller ge upphov till en icke-funktionell peptid.
Kolibakterie
DNA-sekvensanalys
Micromonospora
Sekvenshomologi, aminosyra
Aminosyresekvenshomologi refererer til den grad af lighed i rækkefølgen af aminosyrerne, der udgør proteiner hos to eller flere organismer. Jo større antal identiske aminosyrer i samme position i de sammenlignede sekvenser, des højere er graden af homologi. Dette begreb anvendes ofte i molekylærbiologien for at fastslå evolutionæ forhold og funktionelle egenskaber hos proteiner.
Läkemedelsresistens, mikrobiell
Oleandomycin
Oleandomycin är ett macrolidantibiotikum som används för behandling av olika typer av bakteriella infektioner, särskilt i övre luftvägarna och huden. Det fungerar genom att stoppa bakteriens förmåga att producera protein, vilket är nödvändigt för dess överlevnad och multiplikation. Oleandomycin har även visat sig vara verksamt mot atypiska mykobakterier.
Bakteriekromosomer
Kosmider
Plasmider innehållande åtminstone en lambdafag-COS (cohesive-end site). De används som kloningsverktyg vid undersökning av avvikande eukaryota, strukturella gener och som genetiska vektorer för att föra in nukleinsyra från transformerande virus i odlade celler.
Xylaner
Katekol-2,3-dioxygenas
RNA, bakteriellt
Makrolider
4-butyrolakton
Dihydro-2(3H)-furanon. En endogen substans, framställd ur gamma-aminobutyrat och prekursor till gamma-hydroxybutyrat, som även används farmakologiskt. Den verkar uppenbarligen som modulator vid bindni ngsstället för pikrotoxin på GABA-A-receptorer och kan också ha verkan på GABA-B-receptorer. Används huvudsakligen experimentellt. Bland andra systemiska effekter orsakar den en ökning av dopamin i hj ärnan genom att hämma frisläppandet från nervändarna. Har också bruk som industrellt lösningsmedel och prekursor.
Substratspecificitet
Substratspecificitet beteferrer sig inom farmakologi och enzymologi till den egenskap hos ett enzym eller en receptor där det endast binder till och katalyserar (eller påverkar) vissa specifika substanser, molekyler eller läkemedel, känt som substrat. Det innebär att en given enzymtyp endast är aktivt mot en begränsad grupp av kemiska föreningar som har en viss strukturell och kemisk likhet. Substratspecificiteten bestäms av enzymernas tredimensionella struktur och den del av substratmolekylen som interagerar med aktiva sitet på enzymet.
Kanamycin
Antibiotikumkomplex från Streptomyces kanamyceticus, en jordbakterie i Japan.
RNA, transfer, Leu
Transfer RNA leucine (tRNA-Leu) är ett specifikt ämne inom biokemi och molekylärbiologi som är en del av den genetiska koden och proteinsyntesen i celler. Transfer RNA (tRNA) är en typ av RNA-molekyler som transporterar aminosyror till ribosomen under processen att bygga upp proteiner enligt den genetiska koden specificerad i mRNA (messenger RNA).
Jordmikrobiologi
Aktinobakterier
Jäsning
Proteinsortering
Protein sorting refers to the process by which cells direct specific proteins to their correct destinations within the cell or to the cell surface. This intracellular protein trafficking is crucial for maintaining proper cellular function, as proteins must be delivered to the right locations to carry out their designated roles in various cellular processes, such as signaling, transport, and catalysis.
Kloramfenikolresistens
Viomycin
Viomycin är ett aminoglykosidantibiotikum som används för behandling av tuberkulos och andra mykobakteriella infektioner. Det verkar genom att störa proteinsyntesen hos bakterier, vilket leder till deras död. Viomycin är vanligen reserverat för behandling av multiresistenta stammar av tuberkulos och ges ofta i kombination med andra antituberkulosa läkemedel.
Reglergener
Cefamyciner
Galaktokinas
Transkription, genetisk
Alfaamylaser
Alpha-Amylasen är ett enzym som bryter ned stärkelser i kosten till maltose, en enkel sockerart bestående av två glukosmolekyler. Alpha-Amylasen används inom medicinen, specifikt inom gastroenterologi, för att behandla patienter med exokrin pankreasöverfunktion (EPI). Dessa patienter saknar tillräckligt med eget pankreasenzym och behöver därför komplettering för att bryta ned kosten i tarmarna. Alpha-Amylasen är ett av de enzymer som används i dessa preparat.
Promotorregioner, genetik
I en enkel mening kan promotorregionen inom genetiken definieras som den del av ett genetiskt material (DNA) där transkriptionsfaktorer binder till att initiera transkriptionen av ett specifikt gen. Promotorregionen ligger vanligtvis uppströms (5'-ändan) av det gen som ska transkriberas och innehåller ofta cis-regulatoriska element som reglerar genuttrycket genom att påverka bindningen av RNA-polymeras II, enzymet ansvarigt för transkriptionen av protein kodande gener.
Sekvensinpassning
I medicinen, refererar "sekvensinpassning" till processen av matchning eller korrelerande en genetisk sekvens, vanligtvis en DNA- eller RNA-sekvens, med en specifik referenssekvens, för att fastställa dess position, orientering och eventuella variationer i förhållande till den referenssekvensen. Detta används ofta inom genetisk forskning och klinisk diagnostik för att identifiera gener, mutationer eller polymorfismer som kan vara associerade med sjukdomar eller andra hälsotillstånd.
Cellulas
Test för genetisk komplementering
Operon
Ett operon är ett genkluster i prokaryota celler, som består av en grupp reglerade strukturgener och ett operatörregion som kontrolleras av ett gemensamt promotorområde, vilket tillåter koordinerad transkription av flera gener under kontroll av samma regulatorprotein.
Odlingsmedia
Varje flytande eller fast preparat som är specifikt avsett för odling, lagring eller transport av mikroorganismer eller andra sorters celler. Olika typer av media, såsom differentierande substrat, selektiva substrat, testsubstrat och definierade substrat, tillåter odling av bestämda mikroorganismer och celltyper. Fasta medier erhålls genom tillsats av agar eller gelatin till flytande substrat.
Molekylstruktur
Oxygenaser
Streptomycin
Streptomycin är ett antibiotikum som tillhör aminoglykosidgruppen och är verksamt mot flera gramnegativa och grampositiva bakterier, inklusive tuberkulosbakterien. Det fungerar genom att störa bakteriens proteinsyntes, vilket leder till död av bakterien. Streptomycin används vanligen i kombination med andra antibiotika för att behandla allvarliga infektioner och tuberkulos.
Konjugation, genetisk
En parasexuell mekanism hos bakterier, alger, svampar och flimmerhårförsedda protozoer för överföring av kromosommaterial vid sammansmältning av två celler. Hos bakterier är överföringen enkelriktad, hos protozoer är utbytet dubbelriktat. Hos alger och svampar utgör utbytet av genetiskt material en form av fortplantning, genom att han- och honceller förenas.
Kanamycinkinas
En enzymklass som inaktiverar aminocyklitol-aminoglykosidantibiotika (aminoglykosider) genom lägesspecifik fosforylering av 3'- och/eller 5'-hydroxylet. EC 2.7.1.95.
Nocardia
'Nocardia' är ett släkte grampositiva, aeroba, filamentösa bakterier som kan orsaka opportunistiska infektioner, ofta i immunsupprimerta individer. De förekommer naturligt i miljön, framförallt i fuktig jord och vatten, och kan orsaka allvarliga infektioner såsom pneumonia, ärrbildningar och hjärnhinneinflammation. Infektionerna är ofta svåra att behandla på grund av bakteriens resistens mot flera antibiotika.
Endonukleaser specifika för enkelsträngat DNA och RNA
Enzymer som katalyserar endonukleolytisk klyvning av enkelsträngat DNA eller RNA, utan att beröra dubbelsträngade områden. De är särskilt användbara i laboratoriet för framställning av "avhuggna" DNA-molekyler från DNA med enkelsträngade ändar och för känsliga gentekniker för påvisande av enkelsträngat DNA och RNA. EC 3.1.30.
Mutation
Rekombinanta proteiner
Rekombinanta proteiner är proteiner som innehåller sekvenser från två eller flera olika källor, vanligtvis genom genetisk manipulation i laboratorium. Genom användning av rekombinant-DNA-teknik kan man kombinera gener från olika organismer för att skapa en ny gen som kodar för ett protein med önskade egenskaper. Detta är en viktig metod inom biomedicinsk forskning och används bland annat för produktion av läkemedel, diagnostiska verktyg och för studier av proteiner och deras funktioner.
Nukleinsyrahybridisering
Nukleinsyrahybridisering är en laboratorieteknik där två komplementära enheter av DNA eller RNA kombineras genom att deras komplementära baspar bildar vätebindningar med varandra, vilket resulterar i en dubbelhelix. Denna metod används ofta för att identifiera och undersöka specifika sekvenser av nukleinsyror, såsom genetisk material från organismer, virus eller muterade gener.
Transformation, genetisk
"Genetisk transformation refererer til den proces, hvor DNA fra en organisme overføres til en anden organisme for at ændre dens genetiske makeup og dermed dens fysiologi eller egenskaber. Dette opnås ofte ved brug af en vektor, typisk en plasmid eller virus, der indeholder det ønskede DNA. Den resulterende ændring i genomet kaldes for en genetisk transformation."
Omflyttningsbara DNA-segment
Enskilda segment av DNA som kan falla ut och återinlämmas på annan plats i genomet. De flesta är inaktiva, dvs att de inte påträffats i annat än sitt integrerade tillstånd. Till de omflyttningsbara DNA-segmenten hör IS("insertion sequence")- och Tn-enheterna hos bakterier, Ac- och Ds-sekvenserna hos majs, P-, gypsy- och pogosekvenserna hos Drosophila, Tiggersekvenserna hos människa samt Tc- och marinersekvenserna, vilka förekommer i hela djurriket.
Kassettmutagenes
Mutagenes framkallad av införande av främmande DNA-sekvenser i en gen. Detta kan ske spontant in vivo eller experimentellt in vivo eller in vitro. Proviralt DNA kan sättas in i eller läggas intill en cellulär onkogen. Infogning av proviruset kan orsaka mutationer genom störning av kodningssekvenser eller reglerelement, eller ge upphov till oreglerat uttryck av protoonkogenen, med tumörbildning som följd.
Blotting, Southern
Genetiska vektorer
DNA-molekyler med förmåga till autonom replikation i en värdcell, och i vilka andra DNA-sekvenser kan infogas och därmed mångfaldigas. Många erhålls ur plasmider, bakteriofager eller virus. De används för att föra in främmande gener i mottagarceller. Genetiska vektorer har ett funktionsdugligt replikationsställe och innehåller genetiska markörer, som underlättar deras identifiering.
Högtrycksvätskekromatografi
Genmanipulation
DNA-restriktionsenzymer
Enzymer som ingår i restriktions-/modifieringssystemen. De katalyserar endonukleolytisk klyvning av DNA-sekvenser som saknar det artspecifika metyleringsmönstret i värdcellens DNA. Spjälkningen ger slumpartade eller specifika dubbelsträngade fragment med 5'-fosfatavslutningar. Restriktionsenzymernas uppgift är att förstöra allt främmande DNA som tränger in i värdcellen. De flesta har iakttagits i bakteriella system, men några få har påvisats i eukaryota organismer. De används även som verktyg för systematisk kartläggning av kromosomer, för bestämning av bassekvenser i DNA, och de har möjliggjort spjälkning och utbyte av gener från en organism till genomet i en annan. EC 3.1.21.-.
Sekvenshomologi, nukleinsyra
Sekvenshomologi hos nukleinsyror refererar till den grad av likhet mellan två eller flera nukleotidsekvenser, vanligtvis inom ett genetiskt sammanhang. Denna likhet kan bero på att sekvenserna har en gemensam evolutionär historia och därmed delar en gemensam förfader, vilket indikerar en evolutionär relation mellan dem. Sekvenshomologi används ofta för att undersöka evolutionära samband och funktionella egenskaper hos gener och andra genetiska element.
Genombibliotek
Sporer, bakteriella
Gendeletion
Omfördelning av gener till följd av bortfall av DNA- eller RNA-segment, vilket leder till att sekvenser som normalt befinner sig på avstånd från varandra hamnar nära varandra. Bortfallet kan påvisas med hjälp av cytogenetiska metoder, och man kan även sluta sig till det från fenotypen, antydande bortfall på en bestämd plats.
Acetyltransferaser
Genuttryck
Rekombination, genetisk
"Genetisk rekombination är ett naturligt fenomen där gener kombineras och omordnas på något sätt för att bilda ny DNA-sekvens. Detta kan ske genom olika mekanismer, till exempel crossing over under meios eller via specifika enzymer som kan klippa och klistra ihop DNA-strängar på nya sätt. Genetisk rekombination är viktig för genetisk variation och evolution."
Leukomyciner
En komplex förening med antibiotisk verkan som produceras av Streptomyces kitasatoensis. Föreningen består av åtminstone åtta biologiskt aktiva komponenter, A1 och A3 till A9. Leukomyciner är verksamma både mot bakterier och mykoplasma.
Molekylvikt
Isoelektrisk punkt
Kaliumkanaler
Polyakrylamidgelelektrofores
Artsspecificitet
"Artsspecificitet" refererer til de unikke aspekter, karakteristika og kontekster, der er forbundet med kunstformer som teater, musik, maleri, litteratur osv. Det understreger, at hver kunstform har sine egne regler, historie, teoretiske perspektiver, teknikker og udtryksformer, som bør respekteres og forstås for at opnå en dybere forståelse af det pågældende værk eller frembringelse.
Streptomycetaceae
Streptomycetaceae är en familj av gram-positiva, aeroba och filamentösa bakterier som tillhör ordningen Actinomycetales. Dessa bakterier förekommer naturligt i jord och vatten och är kända för sin förmåga att producera en rad olika antibiotika och andra bioaktiva metaboliter. De flesta arterna inom familjen Streptomycetaceae lever som saprofyter, men några få arter kan vara patogena hos människor och djur.
Bindningsplatser
Metyltransferaser
Genamplifiering
En selektiv ökning av antalet kopior av en gen som kodar för ett visst protein, utan motsvarande mångfaldigande av andra gener. Detta sker naturligt genom uttag av repetitionssekvensen ur kromosomen och dess extrakromosomala replikation i en plasmid, eller genom produktion av ett RNA-transkript av hela repetitionssekvensen av ribosom-RNA och omvänd transkription av molekylen, så att ytterligare en kopia av den ursprungliga DNA-sekvensen bildas. Det har utvecklats laboratoriemetoder för oproportionell replikation genom ojämn överkorsning, upptag av DNA från upplösta celler, eller framställning av extrakromosomala sekvenser genom cyklisk replikation.