'Sulfolobus solfataricus' är en term som används inom mikrobiologin och refererar till en extremofil archaeabakterie som lever under mycket höga temperaturer och sura förhållanden. Den hör till släktet 'Sulfolobus' och finns naturligt i heta källor med svavelhaltig ånga, såsom dem som kan påträffas i områden med geotermisk aktivitet, som exempelvis Solfatara i Italien. Bakterien är termoacidofil, vilket betyder att den trivs bäst vid höga temperaturer (över 80 grader Celsius) och lågt pH (under 3). Den har en unik metabolism som tillåter den att oxidera svavelvätesgaser till svavelsyra för att producera energi. 'Sulfolobus solfataricus' är även känd för sin förmåga att reparera DNA-skador orsakade av höga temperaturer

"Sulfolobus acidocaldarius" är en term inom mikrobiologin och den refererar till en typ av arké, en grupp encelliga organismer som inte är niacinbaserade som bakterier och eukaryoter. Denna art hör till den extremofila undergruppen sulfolobus och lever i mycket heta och sura miljöer, såsom varma källor. "Sulfolobus acidocaldarius" är thermoacidophil, vilket betyder att den trivs vid höga temperaturer (50-80°C) och lågt pH (2-4). Denna art spelar ingen direkt medicinsk roll, men studier av dess extremofila egenskaper har gett insikter inom områden som DNA-replikering, reparation och proteinföldning under extrema förhållanden.

En familj citronformade DNA-virus som infekterar arkéer och som har ett enda släkte, nämligen Fusellovirus.

Deoxiribonukleinsyra (arvsmassa) hos arkéer.

Tidigare kallade arkebakterier. De utgör en av de tre huvudgrupper (domäner) av alla levande organismer som anses representera olika utvecklingsriktningar. De två övriga är bakterier och eukaryoter. A rkebakterierna har speciellt RNA, saknar peptidoglykan, men har eterbundet fett i cellmembranen, och de lever i speciella miljöer.

Rudiviridae är en familj av virus som infekterar archaeer (en domän av encelliga organismer). Virusen inom Rudiviridae har en stavformad, icke-flexibel kapsid och en linjär, dubbelsträngad DNA-genom. De är kända för att infektera hypertermofila archaeer, vilket betyder de trivs i mycket höga temperaturer, ofta runt 80-105°C. Ett exempel på ett virus inom Rudiviridae är Sulfolobus turreted icosahedral virus (STIV).

Strukturella enheter i kärnan av arkaiska celler, bestående av eller innehållande DNA, som bär den genetiska information som är väsentlig för cellen.

"Arkeavirus" är ett samlingsnamn för en grupp av virus som upptäcktes år 2014. Dessa virus har en unik dubbelmembranstruktur och en stor DNA-genom, vilket skiljer dem från andra kända virus. Arkeaviruset infekterar endast arkéer, en grupp enkelt byggda mikroorganismer som lever i extrema miljöer, till exempel mycket heta eller sura förhållanden. Det är fortfarande lite känt om arkeaviruset och dess potentiala inflytande på ekosystemen där arkéerna lever.

'Arche-RNA' är ett begrepp inom biologi och genetik som refererar till RNA-molekyler hos arkéer, en grupp enkelcelliga organismer som tillsammans med bakterier och eukaryoter utgör de tre dominerande grenarna av livets stamtree. Arke-RNA kan inkludera olika typer av RNA-molekyler såsom ribosomalt RNA (rRNA), transfer-RNA (tRNA) och messenger-RNA (mRNA). Dessa RNA-molekyler är viktiga för cellens proteinsyntes och genuttryck. Det bör dock poängteras att termen 'Arche-RNA' inte används i den vetenskapliga litteraturen, utan istället talar man om arkéers specifika RNA-molekyler.

Den genetiska massan hos arkéer.

Den kompletta arvsmassan i en arkés DNA.

En stor grupp bakterier, omfattande dem som oxiderar ammonium eller nitrit, omsätter svavel och svavelföreningar, eller avsätter järn- eller manganoxider.

Beskrivningar av specifika sekvenser av aminosyror, kolhydrater eller nukleotider som publicerats och/eller deponerats och hålls tillgängliga i databaser som t ex Genbank, EMBL, NBRF eller andra sekvensdataarkiv.

En form av energi och en känsla av förhöjd temperatur. Inom medicinen är värme av intresse för sina fysiologiska effekter, för terapeutisk användning, och för bruk i förfaranden inom fysik eller fysikalisk kemi.

Ett enzyms förmåga att bibehålla sin strukturform eller sin verkan när det utsätts för lagring, isolering, rening eller annan fysikalisk eller kemisk manipulering, inklusive proteolytiska enzymer och värme.

Sulfolobaceae är en familj inom archaealdomen, som tillhör den termofila och acidofila ordningen Sulfolobales. Dessa archaea lever vanligtvis under extremt sure (pH 1-6) och höga temperaturförhållanden (50-80°C), vilket gör dem anpassade till att leva i heta källor och andra extrema miljöer. Organismer inom Sulfolobaceae har en unik cellmembranstruktur som består av två skikt, etanolaminfosfolipider och caldarchaeol, vilket gör dem resistenta mot höga temperaturer och sura förhållanden. Släktet Sulfolobus inom familjen är välstuderade modellorganismer för att undersöka archaeella cellulära processer och molekylär mekanismer, såsom DNA-replikering, transkription och translation.

Aminosyrors ordningsföljd i en polypeptidkedja. Den utgör proteiners primärstruktur och är av avgörande betydelses för proteinkonfigurationen.

Sulfolobus is a genus of extremophilic archaea belonging to the order Sulfolobales, which are characterized by their ability to thrive in harsh environments with high temperatures (50-90°C) and acidic pH levels (1-6). These organisms are found in various hot and acidic habitats such as volcanic springs, sulfur-rich mudpots, and acid mine drainage sites. They obtain energy through the oxidation of sulfur compounds and can play a significant role in the global sulfur cycle. Sulfolobus species are also known for their unique cell membrane structure and unusual tRNA processing mechanisms.

Ett rike inom domänen Archaea (arkéer), bestående av termofila, acidofila (dvs sådana som trivs i varma, sura miljöer) och svavelberoende organismer. De två ordningarna är Sulfolobales och Thermoproteales.

'Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats' (CRISPR) refererar till ett naturligt förekommande immunsystem hos vissa bakterier och arkéer, som fungerar som en adaptiv immunförsvarsmekanism mot främmande DNA, såsom från virusangrepp. CRISPR-systemet består av korta, upprepade DNA-sekvenser (palindromiska repetitioner) som alternerar med korta icke-upprepade sekvenser (spacers), ofta interspersade med cas-gener (CRISPR associated genes). Detta system möjliggör för cellen att 'minnas' och skydda sig mot tidigare upplevda infektioner genom att klippa bort och integrera en del av främmande DNA-sekvensen i sitt eget genos, vilket ger upphov till en specifik immunitet. CRISPR-Cas-systemet har blivit en revolutionerande teknik inom molekylär

Thermoplasma är ett genus av arkéer som lever under extremt höga temperaturer och syrorikt miljöer, såsom svavelkällor. De saknar cellvägg och har istället en yttre membran skapad av eterlipider. Thermoplasma är termofila, vilket betyder att de trivs vid höga temperaturer upp till 60°C. Dessa arkéer spelar en viktig roll i studiet av extrema livsvillkor och extremofila organismer.

Substratspecificitet beteferrer sig inom farmakologi och enzymologi till den egenskap hos ett enzym eller en receptor där det endast binder till och katalyserar (eller påverkar) vissa specifika substanser, molekyler eller läkemedel, känt som substrat. Det innebär att en given enzymtyp endast är aktivt mot en begränsad grupp av kemiska föreningar som har en viss strukturell och kemisk likhet. Substratspecificiteten bestäms av enzymernas tredimensionella struktur och den del av substratmolekylen som interagerar med aktiva sitet på enzymet.

I en enkel mening kan temperatur inom medicinen definieras som den grad av värmevariation eller termisk energi som mäts i kroppen hos levande organismer, vanligtvis i enheten Celsius (°C) eller Fahrenheit (°F). Den normala kroppstemperaturen för en vuxen människa varierar vanligtvis mellan 36,5 och 37,5 °C (97,7 till 99,5 °F), även om det kan variera något beroende på individuella skillnader, tid på dygnet och metoden för temperaturmätning.

Ett DNA-reparationsenzym som katalyserar syntes av DNA vid basexcisionsreparation av DNA. EC 2.7.7.7.

Enzymer som hydrolyserar O-glukosylföreningar. EC 3.2.1.-.

Purin- och pyrimidinföljden i nukleinsyror och polynukleotider. Kallas även nukleotid- eller nukleosidsekvens.

Encelliga, prokaryota mikroorganismer som i allmänhet har fast cellvägg, som förökar sig genom celldelning och som uppvisar i huvudsak tre former: rund, avlång eller stavliknande, och spiralform. Någr a arter har särskilda rörelseorgan, flageller.

I medicinen, refererar "sekvensinpassning" till processen av matchning eller korrelerande en genetisk sekvens, vanligtvis en DNA- eller RNA-sekvens, med en specifik referenssekvens, för att fastställa dess position, orientering och eventuella variationer i förhållande till den referenssekvensen. Detta används ofta inom genetisk forskning och klinisk diagnostik för att identifiera gener, mutationer eller polymorfismer som kan vara associerade med sjukdomar eller andra hälsotillstånd.

Aminosyresekvenshomologi refererer til den grad af lighed i rækkefølgen af aminosyrerne, der udgør proteiner hos to eller flere organismer. Jo større antal identiske aminosyrer i samme position i de sammenlignede sekvenser, des højere er graden af homologi. Dette begreb anvendes ofte i molekylærbiologien for at fastslå evolutionæ forhold og funktionelle egenskaber hos proteiner.

Undersöknig av kristallstrukturer med hjälp av röntgendiffraktionsteknik.

Experimentella eller teoretiska modeller för undersökning av molekylers form, elektroniska egenskaper eller interaktioner. Hit hör även analoga molekyler, datorframställd grafik och mekaniska strukturer.

En fosfotriesterhydrolas är ett enzym som katalyserar hydrolysreaktioner av fosfotriesterbindningar, vilket innebär att de bryter ned dessa estrar till korresponderande alkoholer och fosfat. Dessa enzymar har betydelse inom flera biologiska processer, men de är också relevanta i medicinsk kontext då de kan spela roll i nedbrytningen av nervgiftiga organofosforsubstanser, såsom nervgas och vissa insekticider.

En art gramnegativa, fakultativt anaeroba och stavformade bakterier som normalt förekommer i den nedre delen av tarmkanalen hos varmblodiga djur. Vanligtvis är den inte patogen, men vissa stammar kan ge upphov till diarré och variga infektioner. Syn. E. coli.

Ett glukosdehydrogenas som katalyserar oxidation av beta-D-glukos till D-glukono-1,5-lakton, under medverkan av NAD och NADP som koenzymer. EC 1.1.1.118; 1.1.1.119.

Tillförsel av molekyler av rekombinant DNA från prokaryota eller eukaryota källor till replikationsvektorer, så som plasmider eller virus, och införande av de härvid erhållna hybridmolekylerna i mottagarceller, utan att livsdugligheten hos dessa celler ändras.

En familj höljeförsedda, lipidhaltiga, trådiga DNA-virus som infekterar arkéer.

Ett mått på en lösnings surhetsgrad.

I enkelhet kan 'proteinkonfiguration' definieras som den specifika rymdstrukturen och orienteringen hos de aminosyror som utgör ett protein. Denna konfiguration bestäms av proteinkedjans primära struktur (sekvensen av aminosyror) samt hur dessa aminosyror är hopfogade och vevda i rummet, vilket kallas för sekundär, tertiär och kvartär struktur. Proteinkonfigurationen har en direkt betydelse för proteinets funktion och stabilitet.

CRISPR-associated proteins (Cas) refer to a family of proteins that are involved in the CRISPR-Cas system, which is a defense mechanism used by bacteria and archaea to protect themselves against foreign genetic elements such as viruses and plasmids. The most well-known Cas protein is Cas9, which is used in gene editing technologies due to its ability to cleave DNA at specific sequences defined by a guide RNA. However, there are many other Cas proteins that have different functions and mechanisms of action in the CRISPR-Cas system. In general, Cas proteins play a crucial role in recognizing and processing foreign DNA or RNA, and targeting it for destruction.

Järnhaltiga proteiner som överför elektroner, vanligtvis vid en låg potential, till flavoproteiner. Järnet uppträder inte som i hem.

Ett släkte ytterst saltälskande Halobacteriaceae som är kemoheterotropa och strikt aeroba. De återfinns i neutrala salta miljöer, som t ex saltsjöar (särskilt Döda havet) och marina saltgårdar.

Läran om förloppsdynamik i kemiska och fysikaliska system.

Cytosinnukleotider som har deoxiribos som sockerdel.

Bildande av kristallina ämnen ur lösningar eller smältor.

Cytokromer (elektronbärande proteiner), där den hembildande gruppen utgörs av hem a, dvs järnkelatet av cytoporfyrin IX.

Rekombinanta proteiner är proteiner som innehåller sekvenser från två eller flera olika källor, vanligtvis genom genetisk manipulation i laboratorium. Genom användning av rekombinant-DNA-teknik kan man kombinera gener från olika organismer för att skapa en ny gen som kodar för ett protein med önskade egenskaper. Detta är en viktig metod inom biomedicinsk forskning och används bland annat för produktion av läkemedel, diagnostiska verktyg och för studier av proteiner och deras funktioner.

Påskyndande av en kemisk reaktion genom medverkan av en särskild reaktorsubstans, katalysator.

Föreningar där en eller fler hydroxylgrupper av glycerol har eterbindning med en mättad eller omättad alifatisk alkohol. En eller två av glycerolhydroxylgrupperna kan vara förestrade. Dessa ämnen har påträffats i olika typer av djurvävnad.

I en enda mening kan 'Acidianus' definieras som ett genus av extremofila arkéer som tillhör den termofila och acidofila gruppen sulfurales. Dessa organismer förekommer naturligt i heta källor med lågt pH, ofta över 70°C och vid mycket låga pH-värden, ned till pH 2. De är också autotrofa, vilket betyder att de kan producera sin egen mat genom att oxidera svavelväte (H2S) till svavel (S) och vatten (H2O).

Ett enzym som ingår i tryptofans biosyntesförlopp. EC 4.1.1.48.

En grupp proteiner som har järn-svavelkomplexet som prostetisk grupp. Dessa proteiner deltar i alla viktigare elektrontransportförlopp: fotosyntes, andning, hydroxylering och bakteriell väte- och kvävefixering.

1,4-alfa-D-glukan-1,4-alfa-D-glukan-4-alfa-D-glukosyltransferas/dextrin-6-alfa-D-glukanohydrolas. Ett enzymsystem med både 4-alfa-glukanotransferas (EC 2.4.1.25)- och amylo-1,6-glukosidas (EC 3.2.1.33)-verkan. Som transferas överför det ett segment av ett 1,4-alfa-D-glukan till en annan 4-position i en acceptor, vilken kan vara glukos eller ett annat 1,4-alfa-D-glukan. Som glukosidas katalyserar det endohydrolys av 1,6-alfa-D-glukosidbindningar vid förgreningsställen i kedjor av 1,4-kopplade alfa-D-glukosrester. Vid glykongenlagringssjukdomen glykogenos III föreligger en defekt i amylo-1,6-glukosidasverkan.

Den genetiska massan hos bakterier.

I en mening kan "Open Reading Frames" (ORF) definieras som en sekvens av DNA eller RNA som har potentialen att koda för ett protein. ORF börjar med en startkodon, vanligtvis AUG, och fortsätter till nästa stoppkodon (UAG, UAA eller UGA). Den resulterande aminosyrasekvensen kan potentiellt vara kapabel till att bilda ett protein om den översätts korrekt. Det är värt att notera att inte alla ORF:er leder nödvändigtvis till produktionen av ett funktionellt protein, eftersom det kan finnas flera skäl till varför translationen kan misslyckas eller ge upphov till en icke-funktionell peptid.

"Archaeal large ribosomal subunit" refers to the larger of the two components that make up the archaeal ribosome, which is the complex molecular machine responsible for protein synthesis in archaea. The large ribosomal subunit plays a crucial role in the elongation phase of translation, where it helps catalyze the formation of peptide bonds between amino acids to build new proteins.

DNA-beroende DNA-polymeras i bakterier, djur- och växtceller. Under replikationsförloppet katalyserar dessa enzymer anslutningen av deoxiribonukleotidrester till änden av en DNA-sträng i närvaro av DNA som mallprimer. De har även exonukleasverkan och spelar därför en roll vid DNA-reparation. EC 2.7.7.7.

Enzymer som katalyserar klyvning av kol-kolbindningen i molekyler med en hydroxyl- och en karbonylgrupp för att bilda två små molekyler, som var och en är en aldehyd eller en keton. Enzymerna kallas o ckså aldolaser. EC 4.1.2.

"Kvartära proteinstrukturen refererar till den rumsliga organisationen hos komplexa proteinmolekyler, vilket inkluderar både den enskilda proteinkedjans sekundära och tertiära struktur samt positionen och orienteringen av eventuella subuniteter eller ligander i ett multiomeriskt proteinprotein."

Summan av atomvikterna för de atomer som ingår i en molekyl. En modernare benämning är relativ molekylmassa.

Svavel (S) är ett icke-metalliskt grundämne som förekommer naturligt i naturen och är en essentiell näringsämne för levande organismer. Det är ett giftigt, illaluktande, gulaktigt gas vid rumstemperatur och omvandlas till en fast, vit substans under lägre temperaturer. Svavel förekommer i proteiner och som svavelkväveföreningar i levande växter och djur. Det används också inom industrin för att producera svavelsyra, kemikalier, gummi, pesticider och som desinfektionsmedel.

"Proteinbindning refererar till den process där ett protein binder specifikt till ett annat molekylärt substance, såsom en liten molekyl, ett annat protein eller en jon, vanligtvis genom non-kovalenta interaktioner som hydrogenbindning, Van der Waals-kräfter och elektrostatiska attraktioner. Denna bindning kan regulera funktionen hos det bundna substanceet och är av central betydelse för många biologiska processer, inklusive signaltransduktion, enzymsk aktivitet och transport av molekyler inom cellen."

Neopren är ett varumärke som ägs av företaget DuPont och refererar till en typ av syntetisk gummimaterial, även känt som chloroprenrubber. Det används ofta inom medicinska sammanhang för att tillverka kompressionskläder, ortoser och andra produkter som behöver vara vattentäta, flexibla och motståndskraftiga mot fukt, UV-strålning och utslitning.

"Small archaeal ribosomal subunit" refers to the smaller of the two components that make up the archaeal ribosome, a complex molecular machine responsible for protein synthesis in archaea. The small subunit is primarily involved in decoding the mRNA (messenger RNA) sequence and positioning tRNAs (transfer RNAs) during translation. Its structure includes the binding site for the tRNA and the key functional components, such as the 16S rRNA and associated proteins, necessary for accurate decoding of genetic information during protein synthesis in archaea.

Tetrationsyra, även känt som tetrafosforsyrlig syra eller HFPA (förkortning för "hexafluorophosphoric acid"), är en stark svavelsyra-liknande superacid med formeln H[PF6]. Det är en olöslig, färglös kristallinsk substans som främst används inom organisk syntes och som en katalysator i olika kemiska reaktioner.

CRISPR-Cas systems are adaptive immune mechanisms in bacteria and archaea that provide protection against foreign genetic elements, such as viruses and plasmids. They consist of two main components: a Cas (CRISPR-associated) protein and a guided RNA (crRNA), which is derived from a CRISPR array in the host genome. The crRNA contains a sequence complementary to a target DNA or RNA, and the Cas protein uses this guide to recognize and cleave the target, thereby neutralizing the foreign genetic element. CRISPR-Cas systems have been adapted for use in molecular biology as powerful tools for genome editing and gene regulation.

Släktskapsförhållanden mellan grupper av organismer, baserade på deras genuppsättningar.

En teknik som är tillämpbar på en mängd olika ämnen som uppvisar paramagnetism till följd av magnetismen alstrad av opariga elektroner. Erhållna spektra kan användas för påvisande, identifiering, och bestämning av elektronstrukturer, undersökning av molekylers interaktioner, och för mätning av kärnspinn och magnetiska moment. Elektronisk dubbelresonansspektrografi (ENOR) är en variant av tekniken som ger bättre upplösning. Spinnresonansanalys kan göras in vivo, och inkluderar tillämpningar som t ex magnetresonans (MRI). Syn. ESR.

En typ av elektrofores där polyakrylamidgel används som diffusionsmedium.

Ett leucin- och DNA-bindande protein som huvudsakligen finns i bakterier och arkeer. Det reglerar genetisk transkription i samband med omsättningen av aminosyror som svar på ökad halt av leucin.

'Alfaglukosidase' är ett enzym som bryter ned specifika kolhydrater, så kallade oligosackarider, till enklare sockermolekyler i kroppen. Det är involverat i krossningen av alfa-1,4- och alfa-1,6-glykosidbindningar i substraten. Mutationer i genen som kodar för detta enzym kan leda till en sjukdom som kallas Gaucher sjukdom, där alfaglukosidasaktiviteten är nedsatt och lagring av specifika fetter (glukocerebrosid) sker i olika celltyper.

De reaktiva områden på en makromolekyl som är direkt envolverade i dess specifika sammankoppling med en annan molekyl.

Mångfaldigande av en DNA-molekyl.

I en enkel mening kan "nukleinsyrakonfiguration" referera till den specifika rymden eller position som en nukleotid eller ett baspar tar upp i en nukleinsyra, såsom DNA eller RNA. Detta inkluderar vilken sida av strängen varje nukleotid befinner sig på, och i vilket läge de är rotade. I DNA utgörs konfigurationen ofta av en dubbelhelix med antiparallella strängar, där varje baspar består av en adenin (A) som parar sig med en timin (T), och en guanin (G) som parar sig med en cytosin (C). I RNA är konfigurationen ofta en enkelsträngad helix, där uracil (U) ersätter timin (T) som basparningspartner till adenin (A).

Prokaryotic initiation factors are a set of proteins required for the accurate and efficient initiation of protein synthesis in prokaryotic organisms, such as bacteria, by facilitating the binding of messenger RNA (mRNA) to the small ribosomal subunit and promoting the formation of the initiation complex.

Enzymer som känner igen korsformade DNA-strukturer och åstadkommer pariga inskärningar som leder till att strukturen löses upp i två DNA-spiraler. EC 3.1.22.4.

Selenomethionine is a organic compound of the essential trace element selenium, which is incorporated into proteins in place of methionine during protein synthesis, serving as an important antioxidant and helping to prevent cellular damage.

Spermidinsyntase är ett enzym som katalyserar syntesen av polyaminen spermidin genom att överföra en aminogrupp från putrescin till MTA (5'-metylotetrahydrofolat-homocystein-diamin), vilket resulterar i bildandet av spermidin, en viktig molekyl för celldelning och DNA-replikation.

"Orotsyra, eller pyridoxin, är ett vattenlösligt vitamin som spelar en viktig roll i ämnesomsättningen, särskilt vid produktionen av neurotransmittorer och hemoglobin. Det förekommer naturligt i flera livsmedel, till exempel kött, fisk, ägg, nötter och grönsaker."

Sockerarter som bl a bildas genom amylasers spjälkning av stärkelse.

Det först upptäckta DNA-bindande proteinmotivet. Helix-sväng-helixmotiven påvisades ursprungligen i bakterieproteiner, men har senare hittats i hundratals DNA-bindande proteiner hos både eukaryoter och prokaryoter. De består av två alfaspiraler som är förbundna med en kort, utskjutande kedja av aminosyror, vilken utgör svängen. De två spiralerna hålls i en fast vinkel, främst genom samverkan mellan de båda spiralerna.

Reaktionen när två kemiskt lika molekyler förenas.

"23S rRNA (ribosomal RNA) refers to a type of RNA molecule that is a component of the large subunit of prokaryotic ribosomes, which are cellular structures involved in protein synthesis. The 23S rRNA plays a crucial role in the decoding and translation of genetic information contained within messenger RNA (mRNA) into proteins."

En ordning av anaeroba, metanbildande bakterier i riket Euryarchaeota. De är pseudosarcina, kockoida eller höljeförsedda stavformade, och de kataboliserar metylgrupper. Cellväggen består av protein. Ordningen omfattar endast en familj, Methanococcaceae.

Tetramethylphenylenediamine (TMPD) är ett organisk ämne som används inom kemin som en stark reduktionsmedel. Det består av två diaminogrupper som är bunden till ett centralt bensenring, med fyra metylgrupper (–CH3) som substituenter på bensenringet i 1,4-positioner relativt varandra.

"Tertiär proteinstruktur refererar till den tresdimensionella formen och flexibiliteten hos ett protein, som resultat av specifika interaktioner mellan dess sekundära strukturelement, såsom alfa-helixar och beta-skikt."

En flerstegsprocess som omfattar DNA-kloning, mappning, subkloning, sekvensering och analys av data.

Proteiner som binder till DNA. Till denna familj hör proteiner som binder till såväl dubbelsträngat som enkelsträngat DNA, och den omfattar även specifika DNA-bindande proteiner i serum som kan användas som markörer för tumörsjukdomar.

En plasmid är en liten, cirkulär dubbelsträngad DNA-molekyl som kan replikera självständigt och förekommer hos bakterier och andra encelliga organismer. Plasmider kan överföras mellan celler och innehåller ofta gener som ger resistens mot antibiotika eller kodar för toxiner. De används också i molekylärbiologi som vektorer för kloning av gener.

Ett viktigt enzym i glyoxylsyracykeln som omvänt katalyserar syntesen av L-malat från acetyl-CoA och glyoxylat. EC 2.3.3.9.

Spjälkning av ett kemiskt ämne genom tillägg av en vattenmolekyl.

Röntgendiff Franktion är en teknik där man använder sig av röntgenstrålning för att undersöka kristallstrukturen hos ett material, genom att studera hur strålningen diffunderas eller spridits av atomerna i kristallen. Detta ger upphov till unika mönster som kan användas för att identifiera och analysera materialets egenskaper på atomnivå.

Proteiner förekommande hos någon bakterieart.

En grupp enzym som katalyserar hydrolys av difosfatbindningarna i sådana föreningar som nukleosiddi- och trifosfat och i sulfonylbärande anhydrider såsom adenylylsulfat. EC 3.6.

D-glukos:1-oxidoreduktaser. Dessa katalyserar oxidation av D-glukos till D-glukono-gammalakton och en reducerad acceptor. Alla acceptorer utom molekylärt syre tillåts. EC 1.1.1.47; EC 1.1.1.118; EC 1.1.1.119 och EC 1.1.99.10.

'Winged-helix transcription factors' is a term used to describe a family of proteins involved in DNA transcription, characterized by a specific structure consisting of a winged helix motif. This motif includes three α-helices and two beta-sheets, which form a "winged-helix" or "helix-turn-helix" structure that can bind to specific DNA sequences, regulating the expression of target genes. Examples of winged-helix transcription factors include HNF-3 (hepatocyte nuclear factor 3) and FOXP1 (forkhead box protein P1).

En grupp enzymer som katalyserar hydrolys av ATP i förening med annan funktion, som t ex transport av Ca(2+) genom ett membran. EC 3.6.1.3.

En uppsättning gener som genom mångfaldigande och variation härstammar från någon ursprunglig gen. Sådana gener kan sitta tillsammans på samma kromosom eller vara utspridda på olika kromosomer. Exempel på multigenfamiljer är de som kodar för hemoglobiner, immunglobuliner, histokompatibilitetsantigener, aktiner, tubuliner, keratiner, kollagener, stressproteiner, salivproteiner, korioproteiner, membranproteiner, ägguleproteiner och faseoliner, och även histoner, ribosom-RNA och tRNA-gener. De tre senare utgör exempel på upprepningsgener, av vilka det finns hundratals identiska i tandemformationer.

Sekvenshomologi hos nukleinsyror refererar till den grad av likhet mellan två eller flera nukleotidsekvenser, vanligtvis inom ett genetiskt sammanhang. Denna likhet kan bero på att sekvenserna har en gemensam evolutionär historia och därmed delar en gemensam förfader, vilket indikerar en evolutionär relation mellan dem. Sekvenshomologi används ofta för att undersöka evolutionära samband och funktionella egenskaper hos gener och andra genetiska element.

En koenzym är ett organisk molekyl som hjälper till att aktivera enzym, en protein som accelererar kemiska reaktioner inom celler. Koenzymer binder till enzym vid en viss aktivt site och hjälper till att omvandla substrat, den ursprungliga molekylen som enzymet agerar på, till produkt, den slutgiltiga molekylen som bildas efter reaktionen. Koenzymer deltar ofta i oxidation-reduktionreaktioner och kan hjälpa till att överföra elektroner eller protoner mellan substrat. Ett exempel på en koenzym är NAD+ (nikotinamidadenindinukleotid), som hjälper till att överföra elektroner i cellandningen.

Kemiska föreningar som lösta i vatten ger vätejoner eller protoner; vars väte kan ersättas av metaller eller basiska radikaler; som vid reaktion med baser bildar salter och vatten (neutralisering).

Biological toxins are poisonous substances that are produced by living organisms such as bacteria, plants, and animals, and can cause harm or damage to humans, animals, or the environment.

En övergång från plan till elliptisk polarisering när en ursprungligen i ett plan polariserad ljusvåg passerar ett optiskt aktivt medium.

Proteinveckning, eller proteinfoldning, är den process där ett proteinmolekyl plattar ut sig självt och bildar en tredimensionell struktur, som är nödvändig för dess funktion. Denna process sker spontant och är styrd av interaktionerna mellan de aminosyror som proteinets sekvens består av. Fel i proteinveckningen kan leda till att proteinet inte fungerar korrekt, vilket kan orsaka sjukdomar.

Termodynamik är en gren inom fysiken som deals med studiet av system och processer där energiförändringar sker, och hur denna energi omvandlas och överförs mellan system. Termodynamiken beskriver tre lagar (eller principier) som ger oss insikt i hur energin i ett system kan förändras under en process. Dessa lagar är:

Deoxiribonukleinsyra (arvsmassa) hos bakterier.

"Oxidation-reduction, or redox, refers to a type of chemical reaction where there is a transfer of electrons between two molecules, leading to a change in their oxidation state."

"Sekundær proteinstruktur refererer til den lokale, regulære foldning af en del af et proteins peptidkæde, der er stabiliseret af hydrogenbindinger mellem aminosyrestrupperne, f.eks. alfa-helix eller beta-skal."

'Betaglukosidaser' är ett enzym som bryter ned specifika slags sockerbindningar, nämligen betaglykosidbindningar, genom att spjälka sönder dem i en monosackarid och en aglykon. Detta enzym är viktigt för celldelningen och nedbrytningen av vissa toxiner i kroppen.

En deoxiribonukleotidpolymer som utgör den grundläggande genetiska substansen i alla celler. Eukaryota och prokaryota organismer har normalt sitt DNA ordnat i dubbelsträngade strukturer, men i många viktiga biologiska processer ingår under vissa skeden enkla strängar. DNA, som består av en flersockerarts-fosfatstam med utskott av puriner (adenin och guanin) och pyrimidiner (tymin och cytosin), bildar en dubbelspiral som hålls ihop med vätebindningar mellan purinerna och pyrimidinerna (adenin mot tymin (AT) och guanin mot cytosin (GC)).

En metod för bestämning av sekvensspecificitet för proteiner som binder till DNA. Vid DNA-fotavtryck används något DNA-nedbrytande medel (kemikalie eller nukleas), som klyver alla basparen. Vid bindningsställena för proteinet i fråga sker ingen klyvning.

Genetisk transkription är ett biologiskt process där DNA-sekvensen kopieras till en mRNA-sekvens (meddelande RNA) med hjälp av enzymet RNA-polymeras, vilket möjliggör syntesen av proteiner.

Protein denaturering refererar till processen där ett protein förlorar sin naturliga, biologiskt funktionella konformation och tredimensionell struktur som resulterar från att den korrekta sekvensordningen av aminosyror i polypeptidkedjan störs. Detta kan orsakas av faktorer såsom förändringar i pH, temperatur, koncentrationen av salt eller organiska lösningsmedel, mekanisk påverkan eller exponering för kemiska substanser som t.ex. detergenter eller lösningsmedel. När ett protein denatureras kan det bli mer benäget att aggregera och bilda insolubila klumpar, vilket kan leda till förlust av dess funktionella kapacitet. Det är värt att notera att proteiner ofta kan delvis eller fullständigt återfå sin ursprungliga konformation och funktion om de exponeras för normala villkor igen, men i vissa fall kan denaturering vara permanent och leda till

Purine nucleoside phosphorylase (PNP) är ett enzym som katalyserar nedbrytningen av purinbaserade nukleosider till deras respektive bas och ribosa-1-fosfat. Detta enzym spelar en viktig roll i purinn metabolism, speciellt inom immunsystemet där det hjälper till att reglera aktiviteten hos vissa typer av vita blodkroppar genom att kontrollera nivåerna av dess substrat.

"Sekvenshomologi" refererar till den grad av likhet mellan två eller flera DNA-, RNA- eller proteinsekvenser som indikerar ett evolutionärt relaterat ursprung. Högre sekvenshomologi antyder närmare evolutionär släktskap mellan de jämförda biomolekylerna.

Det område i ett enzym som genom verkan på sitt substrat utlöser en enzymreaktion.

Varje påvisbar och ärftlig förändring i det genetiska materialet som medför ändrad genotyp och som överförs till dotterceller och efterföljande generationer.

En dextrodisackarid av malt och stärkelse.

Faktorer som utnyttjar energi från hydrolysen av GTP till GDP för förlängning av peptidkedjor. EC 3.6.1.-.

DNA-topoisomeraser som katalyserar ATP-beroende klyvning av den ena av de två DNA-strängarna, genomföring av den obrutna strängen genom brottpunkten och återförening av den kluvna strängen. Typ 1-DNA-topoisomeraser minskar belastningen på DNA-strukturen genom att relaxera superhelixvindlingarna och knutringarna i DNA-spiralen. EC 5.99.1.2.

Minichromosome Maintenance 1 Protein (MCM1) är ett protein som spelar en viktig roll i initieringen av DNA-replikation under cellcykeln. Det är en del av en heterohexamerisk komplex (MCM2-7) som hjälper till att separera dubbela DNA-strängar och binder till origo, den punkt där replikeringen startar. MCM1 har också visat sig vara involverat i transkriptionsreglering i vissa eukaryota organismer.

Peptidylglycine alpha-amidating monooxygenase (PAM), även känt som peptidförlängningsfaktor 1, är ett enzymkomplex involverat i posttranslationell modifiering av peptider genom att katalysera konverteringen av peptidylglycin till den aktiva peptidhormonformen genom alpha-amidering, vilket ökar stabiliteten och biologisk aktiviteten hos peptiden.

Ett enzym som reversibelt katalyserar slutsteget i alkoholjäsning genom reduktion av aldehyd till alkohol. När det gäller etanol, så reduceras acetaldehyd till etanol i närvaro av NADH och väte. Enzym et är ett zinkprotein med verkan på primära och sekundära alkoholer hemiacetaler. EC 1.1.1.1.

I molekylærbiologi, refererer "replikationsorigin" specifikt til den position på en delt genetisk materiale (såsom en DNA-molekyle) hvor replikationen begynder under celledelingen. Det er typisk et kort sekvensområde, der indeholder nøglesequencer, som rekrutterer og aktiverer enzymer, der udfører processen med at skabe to identiske kopier af originalmaterialet. Replikationsoriginen er essentiel for cellens evne til at fordoble sit genetiske materiale korrekt og sikre arvemassens overførsel fra modercellen til dattercellerne under celldelingen.

Adenosin-5´-(tetravätetrifosfat). En adeninnukleotid innehållande tre fosfatgrupper som förestrats till en sockerdel. Adenosintrifosfat har en betydande roll i ämnesomsättningen och som neurotransmitt or.

En nukleosid bestående av basen guanin och sockret deoxiribos.

Nukleotider är de grundläggande byggstenarna i DNA och RNA, molekyler som lagrar genetisk information och kodar för proteiner. En nukleotid består av en pentos-socker (ribosa eller deoxyribosa), en fosfatgrupp och en nitrogenbas. Nitrogenbaserna kan vara adenin, guanin, cytosin och uracil i RNA eller thymin i DNA. Nukleotider kopplas samman med varandra genom fosfatbrückor mellan sockerstrukturerna och bildar på så sätt långa polymerkedjor.

'Pyrococcus furiosus' är en extremofil archaeabakterie som lever under höga temperaturer (100°C eller högre) och har potential att producera industriellt användbar termostabilt enzym. Denna mikroorganism hittas vanligtvis i marina hydrotermiska ventar och utgör ett viktigt forskningsobjekt inom områdena bioenergi, extremofil biologi och evolution.

Identifiering och mätning av grundämnen utifrån den vetskap att röntgenstrålar avgivna av ett överaktiverat ("exciterat") grundämne har en för ämnet karakteristisk våglängd och en intensitet beroende på ämnets koncentration. Hit hör också fluorescensspektrometri (sekundärstrålningsspektrometri), där provet röntgenbestrålas. Primärstrålningsspektrometri, där provet utsätts för elektronbestrålning, kallas oftast mikrosondanalys.

Kromatografimetod på icke-joniska geler utan hänsyn till det sätt på vilket preparatet urskiljs.

Elektrontransportkomplex III, även känt som cytochrom b-c1 komplex eller ubihydrokinas, är ett enzymkomplex inblandat i den mitokondriella elektrontransportkedjan, där det katalyserar överföringen av elektroner från ubichinol till cytochrom c. Detta steg genererar energi i form av protonmotivkraft, vilket används för att producera ATP, den huvudsakliga energikällan i celler.

Protein undersyrer, eller proteindeficiens, refererer til et tilstand hvor kroppen mangler tilstrækkelig med proteiner for at fungere korrekt. Proteiner er essentielle for at bygge og reparere væv, producere hormoner og enzymer, og styrke immunforsvaret. En proteindeficiens kan føre til muskelatrofi, øget infektionsrisiko, langsomme vækst hos børn, svækkelse af immunsystemet, og i alvorlige tilfælde kan det også medføre koma eller død. Proteinmangel kan skyldes en mangel på proteinindtag eller en øget proteinbehov, fx som følge af sygdom, graviditet eller svær fysisk aktivitet.

Ett släkte anaeroba, kockoida Methanococcaceae, som förflyttar sig med hjälp av polära flagelltofsar. Dessa metanbildande bakterier finns i saltsjöar, marina och flodsediment, samt i tarmkanalen hos djur.

Ett operon är ett genkluster i prokaryota celler, som består av en grupp reglerade strukturgener och ett operatörregion som kontrolleras av ett gemensamt promotorområde, vilket tillåter koordinerad transkription av flera gener under kontroll av samma regulatorprotein.

Succinatdehydrogenas (SDH) är ett enzymkomplex som deltar i cellandningen, eller celldygnaden, i mitokondrier. Det katalyserar omvandlingen av succinat till fumarat i citronsyracykeln och reducerar samtidigt FAD (flavinadeningdion) till FADH2. SDH fungerar också som en del av elektrontransportkedjan, där FADH2 överför sina elektroner till ubichinon, vilket genererar ATP genom kemiosmos. Mutationer i generna för SDH kan leda till olika sjukdomstillstånd, inklusive cancer och neurologiska störningar.

Kovalenta anslutningar mellan mutagena kemiska ämnen och DNA. Sådana kopplingar aktiverar reparationsprocesser i DNA och kan, om reparation inte ägt rum före replikation, leda till utbyte eller bortfall av nukleotider och omkastningar i kromosomerna.