Archaea
Uno de los tres dominios de la vida (los otros son BACTERIA y Eucarya), conocido anteriormente como Archaebacteria bajo el taxon Bacteria, pero considerado ahora separado y diferente. Se caracterizan por: 1) la presencia de ARN de transferencia y de ARNs ribosómicos característicos; 2) la ausencia de peptidoglicanos en las paredes celulares; 3) la presencia de lípidos vinculados con el éter construidos a partir de subunidades de cadena ramificada; y 4) su aparición en hábitats inusuales. Mientras que la archaea recuerda a las bacterias en su morfología y organización genómica, recuerdan a la eucaria en su método de replicación genómica. El dominio contiene al menos cuatro reinos: CRENARCHAEOTA, EURYARCHAEOTA, NANOARCHAEOTA y KORARCHAEOTA.
ARN de Archaea
Genoma Arqueal
Crenarchaeota
Reino del dominio ARCHAEA que comprende organismos termoacidofílicos dependientes del azufre. Los dos órdenes son SULFOLOBALES y THERMOPROTEALES.
Regulación de la Expresión Génica Arqueal
Metano
Methanococcus
Género de METHANOCOCCACEAE cocoides cuyos organismos se mueven por medio de un penacho de flagelos polares. Estos metágenos se encuentran en pantanos salinos, sedimentos marinos y estuarios, y en el tracto gastrointestinal de animales.
Bacterias
Uno de los tres dominios de la vida (los otros son Eukarya y ARCHAEA), también llamado Eubacteria. Son microorganismos procarióticos unicelulares que generalmente poseen paredes celulares rígidas, se multiplican por división celular y muestran tres formas principales: redonda o cocos, bastones o bacilos y espiral o espiroquetas. Las bacterias pueden clasificarse por su respuesta al OXÍGENO: aerobias, anaerobias o facultativamente anaerobias; por su modo de obtener su energía: quimiotróficas (mediante reacción química) o fototróficas (mediante reacción luminosa); las quimiotróficas por su fuente de energía química: litotróficas (a partir de compuestos inorgánicos) u organotróficas (a partir de compuestos orgánicos); y por donde obtienen su CARBONO: heterotróficas (de fuentes orgánicas)o autotróficas (a partir del DIÓXIDO DE CARBONO). También pueden ser clasificadas según tiñan o no(basado en la estructura de su PARED CELULAR) con tintura VIOLETA CRISTAL: gramnegativa o grampositiva.
Sulfolobus
Género de cocos ARCHAEA aeróbicos, quemolitotróficos cuyos organismos son termoacidofílicos. Sus células tienen forma muy irregular, a menudo lobuladas, pero ocasionalmente esféricas. Tienen una distribución mundial con organismos aislados de suelos calientes acídicos y del agua. El azufre se utiliza como fuente de energía.
Methanobacteriaceae
Datos de Secuencia Molecular
Descripciones de secuencias específicas de aminoácidos, carbohidratos o nucleótidos que han aparecido en lpublicaciones y/o están incluidas y actualizadas en bancos de datos como el GENBANK, el Laboratorio Europeo de Biología Molecular (EMBL), la Fundación Nacional de Investigación Biomédica (NBRF) u otros archivos de secuencias.
Euryarchaeota
Methanosarcina
Género de METHANOSARCINALES anaerobios, de forma esférica irregular, cuyos organismos son inmóviles. No se forman endosporas. Estos archaea derivan su energía de la formación de metano a partir de acetato, metanol, mono-, di-, y trimetilamina, y posiblemente, monóxido de carbono. Los organismos son aislados a partir de agua dulce y de ambientes marinos.
Nitrificación
Un proceso facilitado por bacterias especializadas que implican la oxidación de amonio a nitrito y nitrato.
Methanobacterium
Desulfurococcaceae
Familia de archaea, del orden DESULFUROCOCCALES, constituida por cocos anaerobios que utilizan facultativamente péptidos, proteínas o carbohidratos por respiración sulfurosa o fermentación. Hay ocho géneros: AEROPYRUM, Desulfurococcus, Ignicoccus, Staphylothermus, Stetteria, Sulfophoboccus, Thermodiscus y Thermosphaera (Adaptación del original: Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, 2d ed).
Methanosarcinales
Orden de metanógenos anaerobios del reino EURYARCHAEOTA. Hay dos familias: METHANOSARCINACEAE y Methanosaetaceae.
Halobacteriales
Orden de archae extremadamente halofílica, en el reino EURYARCHAEOTA. Ocurren frecuentemente en la naturaleza donde la concentración de sal es alta, y son quimorganotróficos, utilizan aminoácidos o carbohidratos como fuentes de carbono.
Haloferax
Género de HALOBACTERIACEAE extremadamente halofílico, quimioheterotróficas y estrictamente aerobias. Se encuentran en ambientes salinos neutros como los lagos salados (especialmente el Mar Muerto) y salinas marinas.
Pyrococcus
Sulfolobus acidocaldarius
Especie de ARCHEA quimiolitotrófica y aerobia constituida por células cocoides que utilizan al azufre como fuente de energía. La temperatura óptima para su crecimiento es de 70-75 grados C. Se aislan de campos acídicos.
ARN Ribosómico 16S
Methanosarcinaceae
Familia de METHANOSARCINALES anaerobios cuyas células son mesofílicas o termofílicas y se observan como cuerpos esféricos irregulares o bacilos encubiertos. Estos metágenos se encuentran en cualquier medio ambiente anaerobio incluidos los sedimentos acuáticos, digestores anaerobios de aguas de albañales y tracto gastrointestinal. Hay cuatro géneros: METHANOSARCINA, Methanolobus, Methanothrix, y Methanococcoides.
Pyrococcus abyssi
Cromosomas de Archaea
Sulfolobus solfataricus
especie de ARCHAEA termoácidofilica de la familia Sulfolobaceae, encontrada en áreas volcánicas donde la temperatura llega casi a los 80 grados C y hay presencia de SULFURO.
Sedimentos Geológicos
Masa de material orgánico o inorgánico sólido fragmentado, o el propio fragmento sólido, que procede de la acción del intemperismo sobre las rocas y es transportada por, suspendida en o dejado caer por el aire, agua o hielo. Se refiere también a una masa que se acumula por cualquier otro agente natural y forma capas en la superficie terrestre, tales como arena, grava, limo, lodo, relleno o marga.
Methanococcales
Orden de metágenos anaerobios en el reino EURYARCHAEOTA. Tienen forma de pseudosarcina, cocoide o bastoncillos envueltos en vainas y catabolizan a grupos metilo. Las paredes celulares están compuestas de proteínas. El orden incluye una familia, METHANOCOCCACEAE.
Archaeoglobus fulgidus
Especie de archaea extremadamente termofílica y reductora de azufre. Crece a una temperatura máxima de 95 grados C. en áreas geotérmicas marinas o submarinas.
Pyrococcus furiosus
Evolución Molecular
Thermococcus
Células Eucariotas
Methanosarcina barkeri
Halobacteriaceae
Familia de archaea extremadamente halofílica que se encuentra en ambientes con altas concentraciones de sal, como los lagos salados, salinas evaporadas o pescado salado. Las Halobacteriaceae son aerobios obligados o anaerobios facultativos y se dividen en al menos veintiséis géneros: HALOARCULA, HALOBACTERIUM, HALOCOCCUS, HALOFERAX, HALORUBRUM, NATRONOBACTERIUM y NATRONOCOCCUS.
Amoníaco
Secuencia de Aminoácidos
Éteres de Glicerilo
Eucariotas
Uno de los tres dominios de la vida (los otros son BACTERIAS y ARCHAEA), también llamado de Eukarya. Son organismos cuyas células están envueltas en membranas y poseen un núcleo. Comprenden casi todos los organismos unicelulares y muchos organismos pluricelulares. Tradicionalmente se dividen en grupos (a veces llamados reinos), incluyendo ANIMALES, PLANTAS, HONGOS, diferentes algas, y otros taxones que anteriormente formaban parte del antiguo reino Protista.
Thermoplasma
Género de archaea heterotrófica facultativamente anaerobia del orden THERMOPLASMALES, aisladas de pilas de residuos de carbón para autocalentamiento y de fuentes de aguas calientes ácidas. Son termofílicas y pueden crecer tanto con como sin azufre.
Alineación de Secuencia
Combinación de dos o más aminoácidos o secuencias de bases de un organismo u organismos de manera que quedan alineadas las áreas de las secuencias que comparten propiedades comunes. El grado de correlación u homología entre las secuencias se pronostica por medios computarizados o basados estadísticamente en los pesos asignados a los elementos alineados entre las secuencias. Ésto a su vez puede servir como un indicador potencial de la correlación genética entre organismos.
Análisis de Secuencia de ADN
Un proceso de múltiples etapas que incluye la clonación,mapeo del genoma, subclonación, determinación de la SECUENCIA DE BASES, y análisis de la información.
ADN Ribosómico
Homología de Secuencia de Aminoácido
Procesos Autotróficos
Procesos por los cuales los organismos usan sustancias inorgánicas simples, tales como dióxido de carbono gaseoso o disuelto y nitrógeno inorgánico como fuente de nutrientes. Contrasta con procesos heterotróficos que hacen uso de materiales orgánicos como la fuente de suministro de nutrientes. Los autótrofos pueden ser tanto quimioautótrofos (o quimiolitótrofos), principalmente ARCHAEA y BACTERIAS, que también consumen sustancias inorgánicas simples para sus requisitos de energía metabólica, o fotoautótrofos (o fotolitótrofos), tales como PLANTAS y CIANOBACTERIAS, que derivan su energía de la luz. Dependiendo de las condiciones ambientales, algunos organismos pueden cambiar entre los diferentes modos de nutrición (PROCESOS AUTOTRÓFICOS; PROCESOS HETEROTRÓFICOS; procesos quimiotróficos; o PROCESOS FOTOTRÓFICOS) para utilizar diferentes fuentes para satisfacer sus necesidades de nutrientes y energía.
Haloferax mediterranei
Células Procariotas
Thermoproteaceae
Familia de THERMOPROTEALES constituida por bacilos rígidos de longitud variable y sin septum. Crecen quemolitoautotróficamente o por respiración sulfurosa. Los cuatro géneros son: PYROBACULUM, THERMOPROTEUS, Caldivirga y Thermocladium (Adaptación del original: Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, 2d ed).
Halobacterium salinarum
Especie de Archaea halofílica que se encuentra en lagos salados. Algunas cepas forman una MEMBRANA PÚRPURA, en condiciones anaeróbicas.
Biodiversidad
La variedad de todos los organismos vivientes nativos y sus variadas formas de interrelación. (MeSH, 2010) Contenido vivo de la Tierra en su conjunto, todo cuanto vive en los océanos, las montañas y los bosques. La encontramos en todos los niveles, desde la molécula de ADN hasta los ecosistemas y la biosfera. Todos los sistemas y entidades biológicos están interconectados y son interdependientes. La importancia de la biodiversidad estriba en que nos facilita servicios esenciales: protege y mantiene los suelos, regula el clima y hace posible la biosíntesis, proporcionándonos así el oxígeno que respiramos y la materia básica para nuestros alimentos, vestidos, medicamentos y viviendas (Material IV - Glosario de Protección Civil, OPS, 1992)
Secuencia de Bases
Thermoplasmales
Orden de archae aerobios, termofílicos en el reino EURYARCHAEOTA, caracterizados por la ausencia de una pared celular. Se han descrito dos géneros: THERMOPLASMA y Picrophilus.
Transferencia de Gen Horizontal
Transmisión de información genética entre organismos, emparentados o sin parentesco, burlando la transmisión de padres a hijos, que se da de forma natural. Puede darse mediante procesos naturales como la CONJUGACIÓN GENÉTICA, TRANSDUCCIÓN GENÉTICA y la TRANSFECCIÓN. Puede dar lugar a un cambio de la composición genética del organismo recipiente (TRANSFORMACIÓN GENÉTICA).
Methanobrevibacter
Género de ARCHAEA grampositivos, anaeróbicos, en forma de coco a bacilos cortos, en la familia METHANOBACTERIACEAE, orden METHANOBACTERIALES. Se encuentran en el TRACTO GASTROINTESTINAL o en otros ambientes anóxicos.
Haloarcula marismortui
Genes de ARNr
Genes que se hallan tanto en procariotas como en eucariotas, que son transcritos para producir el ARN que se incorpora a los RIBOSOMAS. Los genes procarióticos rARN generalmente se encuentran en operones (OPERÓN) dispersos por el GENOMA, mientras que los genes eucarióticos rARN son unidades transcripcionales multicistrónicas agrupadas.
Sulfolobales
Orden de CRENARCHAEOTA que está constituido por cocos aeróbicos o facultativamente aeróbicos, quimolitotróficos que son termoacidófilos extremos. Carecen de peptidoglicanos en sus paredes celulares.
Oxidorreductasas
Clase de todas las enzimas que catalizan reacciones de oxidación-reducción. El sustrato que es oxidado es considerado donador de hidrógeno. El nombre sistemático está basado en la oxidorreductasa donadora:aceptora. El nombre recomendado es deshidrogenasa, siempre que sea posible. Como alternativa puede usarse reductasa. Oxidasa sólo se usa en los casos en que el O2 es el aceptor.
Modelos Moleculares
Microbiología del Agua
Presencia de bacterias, virus y hongos en el agua. Este término no está restringido a los organismos patógenos.
Methanomicrobiaceae
Familia de METHANOMICROBIALES anaerobios cuyas células tienen forma de cocos, bastoncillos rectos o ligeramente curvos. Hay seis géneros.
Ecosistema
Archaeoglobus
Anaerobiosis
ARN de Transferencia
Pequeñas moléculas de ARN, 73-80 nucleótidos de longitud, que funcionan durante la traducción (BIOSÍNTESIS DE PROTEÍNAS) para alinear AMINOÁCIDOS en los RIBOSOMAS en una secuencia determinada por el ARNm (ARN MENSAJERO). Hay alrededor de 30 diferentes ARN de transferencia. Cada uno reconoce un específico CODÓN establecido en el ARNm a través de su propia ANTICODÓN y como aminoacil-ARNt ( AMINOACIL ARN DE TRANSFERENCIA), cada uno lleva un aminoácido específico al ribosoma para añadir a la longitud en las cadenas peptídicas.
Secuencia Conservada
Una secuencia de aminoácidos en un polipéptido o de nucleótidos en el ADN o ARN que es similar en múltiples especies. Un grupo de secuencias conservadas conocidas está representada por una SECUENCIA DE CONSENSO. Los MOTIVOS DE AMINOACIDOS están formados frecuentemente por secuencias conservadas.
Salinidad
Escherichia coli
Especie de BACILOS GRAMNEGATIVOS ANEROBIOS FACULTATIVOS que suelen encontrarse en la parte distal del intestino de los animales de sangre caliente. Por lo general no son patógenos, pero algunas cepas producen DIARREA e infecciones piógenas. Las cepas patógenos (viriotipos) se clasifican según sus mecanismos patógenos específicos, como toxinas (ESCHERICHIA COLI ENTEROTOXÍGENA).
Microbiología del Suelo
La presencia de bacterias, virus y hongos en la tierra. Este término no está restringido a organismos patógenos.
Plancton
Conjunto de organismos acuáticos diminutos PLANTAS y ANIMALES y BACTERIAS fotosintéticas, que flotan libremente o están suspendidos en el agua, con poco o ningún poder de locomoción. Están divididos en FITOPLANCTON y ZOOPLANCTON.
Oxidación-Reducción
Reacción química en que un electrón se transfiere de una molécula a otra. La molécula donante del electrón es el agente de reduccción o reductor; la molécula aceptora del electrón es el agente de oxidación u oxidante. Los agentes reductores y oxidantes funcionan como pares conjugados de oxidación-reducción o pares redox.
ARN Bacteriano
Ácido ribonucleico de bacterias que desempeña funciones reguladoras y catalíticas así como participa en la síntesis de proteínas.
Subunidades Ribosómicas Grandes de Archaea
Sulfolobaceae
Familia de SULFOLOBALES constituida por cocos aeróbicos o facultativamente anaeróbicos quemolitotróficos, que ocurren usualmente en solitario. Ellos crecen mejor a un pH de alrededor de 2.
Reactores Biológicos
Herramientas o aparatos para generar productos empleando la capacidad de conversión sintética o química de un sistema biológico. Pueden ser fermentadores clásicos, sistemas de perfusión de cultivo de células, o biorreactores de enzimas. Para la producción de proteínas o enzimas, se seleccionan microorganismos recombinantes como las bacterias, células de mamífero, o células de insectos o de vegetales.
Calor
Presencia de calor o calentamiento o de una temperatura notablemente superior a una norma acostumbrada.
Respiraderos Hidrotermales
Estructura Terciaria de Proteína
Nivel de la estructura proteica en el cual las combinaciones de estructuras secundarias de proteína (alfa hélices, regiones lazo y motivos) están empacadas juntas en formas plegadas que se denominan dominios. Los puentes disulfuro entre cisteínas de dos partes diferentes de la cadena polipeptídica junto con otras interacciones entre cadenas desempeñan un rol en la formación y estabilización de la estructura terciaria. Las pequeñas proteínas generalmente consisten de un dominio único, pero las proteínas mayores pueden contener una cantidad de dominios conectados por segmentos de cadena polipeptídica que no tienen estructura secundaria.
Proteobacteria
Filo de bacterias constituida por la bacteria púrpura y sus semejantes y que constituyen una de las ramas del árbol eubacteriano. Este grupo esta constituido predominantemente por bacterias gramnegativas y se clasifican en base a la homología de las secuencias de nucleótidos equivalentes del ARN ribosómico 16S o por hibridización del ARN o ADN ribosómico con 16S y ARN ribosómico 16S y 23S.
ADN Bacteriano
Ácido desoxirribonucleico que constituye el material genético de las bacterias.
Océano Pacífico
Genes Bacterianos
Unidades hereditarias funcionales de las BACTERIAS.
Deltaproteobacteria
Grupo de PROTEOBACTERIA representadas por sulfidógenos anaerobios, morfológicamente variados. Algunos miembros de este grupo se consideran depredadores bacterianos, con propiedades bacteriolíticas.
Biota
Azufre
Haloarcula
Género de HALOBACTERIACEAE que se distingue de otros géneros de la familia por la presencia de derivados específicos de lípidos polares TGD-2. La Haloarcula se encuentra en ambientes salinos neutros como en los lagos salados, salinas marinas y suelos salinos.
Consorcios Microbianos
Manantiales de Aguas Termales
Bacterias Reductoras del Azufre
Temperatura Ambiental
Estado del ambiente que se manifiesta en el aire y en los cuerpos en forma de calor, en una gradación que fluctúa entre dos extremos que, convencionalmente, se denominan: caliente y frío (Material IV - Glosario de Protección Civil, OPS, 1992)
Clonación Molecular
Inserción de moléculas de ADN recombinante de fuentes procariotas y/o eucariotas en un vehículo replicador, como el vector de virus o plásmido, y la introducción de las moléculas híbridas resultantes en células receptoras sin alterar la viabilidad de tales células.
Estuarios
Un cuerpo parcialmente cerrado de agua, y sus alrededores hábitats costeros, donde agua salada del mar se mezcla con el agua dulce de los ríos o arroyos. La mezcla resultante de agua de mar y agua dulce se llama agua salobre y su salinidad puede variar de 0,5 a 35 ppt. (consultado el http://oceanservice.noaa.gov/education/kits/estuaries/estuaries01_whatis.html)
Pyrococcus horikoshii
Methanomicrobiales
Orden de metanógenos anaerobios, altamente especializados, del reino de los EURYARCHAEOTA. Sus organismos son inmóviles o móviles, con células que son como cuerpos cocoides, pseudosarcina o bastoncillos. Las familias incluyen los METHANOMICROBIACEAE, Methanocorpusculaceae y Methanospirillaceae.
Pyrobaculum
Un género de ARCHAEA con forma de bacilos, casi rectangulares, en la familia THERMOPROTEACEAE. Los organismos son facultativamente aerobios o estrictamente anaerobios, crecen en varios sustratos orgánicos, y se encuentran en solfataras continentales.
Lagos
Cristalografía por Rayos X
Thermoproteus
Un género de ARCHAEA obligatoriamente anaerobios, en la familia THERMOPROTEACEAE. Se encuentran en manantiales calientes ácidos y en hoyos de agua.
Aeropyrum
Un género de cocoides anaerobios, quimiolitotrópicos ARCHAEA, en la familia DESULFUROCOCCACEAE. Viven en ambientes marinos.
Especificidad de la Especie
Restricción de un comportamiento característico, estructura anatómica o sistema físico, tales como la respuesta inmune, respuesta metabólica, o la variante del gen o genes a los miembros de una especie. Se refiere a la propiedad que distingue una especie de otra, pero también se utiliza para los niveles filogenéticos más altos o más bajos que el de la especie.
Conformación de Ácido Nucleico
Procesos Heterotróficos
Procesos en los que los organismos utilizan sustancias orgánicas como fuente de nutrientes. Se diferencian de los PROCESOS AUTÓTROFOS, que recurren a sustancias inorgánicas simples como fuente de aporte de nutrientes. Los heterótrofos pueden ser quimioheterótrofos (o quimioorganótrofos), que también necesitan compuestos orgánicos como la glucosa para satisfacer sus necesidades energéticas metabólicas principales, o fotoheterótrofos (o fotoorganótrofos), que satisfacen sus necesidades energéticas principales gracias a la luz. Dependiendo de las condiciones ambientales, algunos organismos pueden pasar de un modo nutricional a otro diferente (AUTOTROFIA, heterotrofia, quimiotrofia o FOTOTROFIA) para utilizar distintas fuentes con el fin de satisfacer sus necesidades de nutrientes y energía.