Ubiquitina-Proteína Ligases
Classe diversa de enzimas que interagem com as ENZIMAS DE CONJUGAÇÃO DE UBIQUITINA e substratos proteicos específicos da ubiquitinação. Cada membro deste grupo de enzimas tem sua própria especificidade distinta para um substrato e enzima de conjugação de ubiquitina. As ubiquitina-proteína-ligases existem como proteínas monoméricas e como complexos multiproteicos.
Coenzima A
Coenzima A é uma pequena molécula essencial em diversas reações metabólicas, principalmente no ciclo de Krebs e na beta-oxidação de ácidos graxos, transportando grupos acetil e atuando como um cofator nessas reações.
Coenzimas
Moléculas pequenas exigidas para a função catalítica de ENZIMAS. Muitas VITAMINAS são coenzimas.
DNA Ligases
Proteínas Ligases SKP Culina F-Box
Subgrupo de ubiquitina proteína ligase formadas pela associação de uma proteína com domínio SKP, uma proteína com domínio CULINA e uma proteína com domínio F-BOX.
Proteínas Culina
Família de proteínas estruturalmente relacionadas que foram descobertas originalmente pelo seu papel na regulação do ciclo celular em CAENORHABDITIS ELEGANS. Desempenham papéis importantes na regulação do CICLO CELULAR e como componentes das UBIQUITINA-PROTEÍNA LIGASES.
Ubiquinona
Ubiquitinação
Ato de ligação de UBIQUITINAS a PROTEÍNAS formando complexos ubiquitina-proteína ligase, que marcam as proteínas que deverão ser transportadas para o COMPLEXO ENDOPEPTIDASE PROTEASSOMA, onde ocorre proteólise.
Acetilcoenzima A
Acetil CoA participa na biossíntese de ácidos graxos e esteróis, na oxidação de ácidos graxos e no metabolismo de muitos aminoácidos. Também atua como agente biológico acetilante.
Polinucleotídeo Ligases
Ubiquitina
Peptídeo altamente conservado composto por 76 aminoácidos universalmente encontrado nas células de eucariotos que atua como marcador no TRANSPORTE PROTEICO intracelular e na degradação proteica. A ubiquitina torna-se ativada após várias etapas complexas e forma uma ligação isopeptídica com os resíduos de lisina de proteínas específicas na célula. Estas proteínas "ubiquitinadas" podem ser reconhecidas e degradadas por proteossomos ou serem transportadas para compartimentos específicos na célula.
Domínios RING Finger
Domínio de ligação com zinco definido pela sequência Cisteína-X2-Cisteína-X(9-39)-Cisteína-X(l-3)-His-X(2-3)-Cisteína-X2-Cisteína -X(4-48)-Cisteína-X2-Cisteína, onde X é qualquer aminoácido. O motivo 'RING finger' liga-se a dois átomos de zinco, em que cada átomo de zinco está ligado em forma tetraédrica a quatro cisteínas ou três cisteínas e uma histidina. O motivo também forma uma estrutura unitária com um cruzamento central, presente em muitas proteínas envolvidas em interações proteína-proteína. O acrônimo RING vem de 'Really Interesting New Gene'(Novo Gene Realmente Interessante).
Enzimas de Conjugação de Ubiquitina
Classe de enzimas que forma uma ligação tioester para a UBIQUITINA com a ajuda das ENZIMAS ATIVADORAS DE UBIQUITINA. Transferem a ubiquitina para a LISINA de um substrato proteico com a ajuda das UBIQUITINA-PROTEÍNA-LIGASES.
Cobamidas
Cobamidas referem-se a um grupo de compostos relacionados, incluindo vitaminas B12, que atuam como cofatores em reações enzimáticas envolvendo o metabolismo de aminoácidos e ácidos graxos.
Coenzima A-Transferases
Enzimas que transferem resíduos de coenzima A de acil- ou acetil-CoA para vários aceptores carboxílicos formando tioésteres. Enzimas deste grupo são úteis no metabolismo de corpos cetônicos e na utilização de acetoacetato na mitocôndria. EC 2.8.3.
RNA Ligase (ATP)
Hidroximetilglutaril-CoA Redutases
Enzimas que catalisam a redução reversível do grupo alfa-carboxila de 3-hidroxi-3-metilglutaril-coenzima A originando ÁCIDO MEVALÔNICO.
Mesna
Dados de Sequência Molecular
Descrições de sequências específicas de aminoácidos, carboidratos ou nucleotídeos que apareceram na literatura publicada e/ou são depositadas e mantidas por bancos de dados como o GENBANK, European Molecular Biology Laboratory (EMBL), National Biomedical Research Foundation (NBRF) ou outros repositórios de sequências.
Sequência de Aminoácidos
Ordem dos aminoácidos conforme ocorrem na cadeia polipeptídica. Isto é chamado de estrutura primária das proteínas. É de importância fundamental para determinar a CONFORMAÇÃO DA PROTEÍNA.
Especificidade por Substrato
Proteínas F-Box
Família de proteínas que compartilha os MOTIVOS F-BOX e estão envolvidas com as interações proteína-proteína. Desempenham um importante papel nos processos de ubiquitinação proteica por associação com diversos substratos que, por sua vez, vão resultar em complexos de SCF UBIQUITINA LIGASE. Estas proteínas são mantidas no complexo ubiquitina-ligase via ligação às proteínas com domínio SKP.
NAD
Coenzima composta de nicotinamida monoculeotídeo (NMN) acoplada à adenosina monofosfato (AMP) por ligação pirofosfato. É encontrada amplamente na natureza e está envolvida em numerosas reações enzimáticas nas quais serve como portador de elétrons sendo alternadamente oxidada (NAD+) e reduzida (NADH). (Dorland, 28a ed)
Complexos Endossomais de Distribuição Requeridos para Transporte
Conjunto de subcomplexos proteicos envolvidos no direcionamento de PROTEÍNAS UBIQUITINADAS para as vesículas intraluminais dos CORPOS MULTIVESICULARES e na cisão da membrana durante a formação de vesículas intraluminais, durante a fase final da CITOCINESE e durante o brotamento de vírus envelopados. A maquinaria ESCRT é composta dos produtos proteicos dos genes da classe E de distribuição de proteínas do vacúolo.
Peptídeo Sintases
Ácido Pantotênico
Butiril-beta-alanina que também pode ser visto como um ácido pantoico complexado com BETA ALANINA. É incorporado na COENZIMA A e protege as células contra danos peroxidativos por elevar o nível de GLUTATIONA.
Ubiquitinas
Família de proteínas estruturalmente relacionadas com a ubiquitina. As ubiquitinas e as proteínas semelhantes à ubiquitina participam de várias funções celulares, como a degradação de proteínas e a RESPOSTA A CHOQUE TÉRMICO, conjugando-se a outras proteínas.
Complexo de Endopeptidases do Proteassoma
Grande complexo de múltiplas subunidades que desempenha um papel importante na degradação da maioria das proteínas nucleares e citosólicas das células eucarióticas. Contém um subcomplexo catalítico de 700 KDa e dois subcomplexos regulatórios de 700 kDa. O complexo digere as proteínas ubiquitinadas e as ativadas via antienzima ornitina descarboxilase.
Ligação Proteica
Estrutura Terciária de Proteína
Nível de estrutura proteica em que estruturas das proteínas secundárias (alfa hélices, folhas beta, regiões de alça e motivos) se combinam dando origem a formas dobradas denominadas domínios. Pontes dissulfetos entre cisteínas em duas partes diferentes da cadeia polipeptídica juntamente com outras interações entre as cadeias desempenham um papel na formação e estabilização da estrutura terciária. As proteínas pequenas, geralmente são constituídas de um único domínio, porém as proteínas maiores podem conter vários domínios conectados por segmentos da cadeia polipeptídica que perdeu uma estrutura secundária regular.
Complexos Ubiquitina-Proteína Ligase
Complexos enzimáticos que catalisam a ligação covalente da UBIQUITINA a outras proteínas formando uma ligação peptídica entre a GLICINA C-terminal da UBIQUITINA e os grupos alfa-amino dos resíduos de LISINA na proteína. Os complexos desempenham um papel importante na mediação da degradação seletiva das proteínas anormais e de vida curta. O complexo enzimático pode ser quebrado em três componentes que envolvem a ativação da ubiquitina (ENZIMAS ATIVADORAS DE UBIQUITINA), conjugação da ubiquitina ao complexo ligase (ENZIMAS DE CONJUGAÇÃO DE UBIQUITINA) e ligação da ubiquitina ao substrato proteico (UBIQUITINA-PROTEÍNA LIGASES).
Poliubiquitina
Oligômero formado pela sequência de ligação isopeptídica da glicina C-terminal de uma molécula de UBIQUITINA ao resíduo lisina de outra molécula de ubiquitina. É estruturalmente distinto da UBIQUITINA C, que é uma proteína simples contendo uma sequência de peptídeos da ubiquitina arranjados um atrás do outro.
Euryarchaeota
Enzimas Ativadoras de Ubiquitina
Classe de enzimas que cataliza a formação dependente de ATP de uma ligação tioester entre si mesma e a UBIQUITINA. Transfere então, a ubiquitina ativada para uma das UBIQUITINA-PROTEÍNA LIGASES.
Propanodiol Desidratase
Carbono-Oxigênio Ligases
Catálise
Homologia de Sequência de Aminoácidos
Grau de similaridade entre sequências de aminoácidos. Esta informação é útil para analisar a relação genética de proteínas e espécies.
Sítios de Ligação
Proteínas Proto-Oncogênicas c-cbl
Methanosarcina barkeri
Mutação
NADP
Acetato-CoA Ligase
Proteólise
Clivagem de proteínas em peptídeos menores ou aminoácidos por PROTEASES ou por mecanismo não enzimático (por exemplo, hidrólise). Não inclui PROCESSAMENTO DE PROTEÍNA PÓS-TRADUCIONAL.
Ácido Mevalônico
Àcido mevalónico é um intermediário metabólico essencial no processo de biossíntese do colesterol e outos isoprenoides, produzido a partir do acetato via o metabolismo da HMG-CoA.
Inibidores de Hidroximetilglutaril-CoA Redutases
Compostos que inibem as HMG-CoA redutases. Foi demonstrado que reduzem diretamente a síntese de colesterol.
Oxirredutases do Álcool
Subclasse de enzimas que inclui todas as desidrogenases que agem sobre álcoois primários e secundários, bem como sobre hemiacetais. São classificados posteriormente de acordo com o aceptor, que pode ser NAD+ ou NADP+ (subclasse 1.1.1), citocromo (1.1.2), oxigênio (1.1.3), quinona (1.1.5) ou outro aceptor (1.1.99).
Proteínas Quinases Associadas a Fase S
Família de proteínas, estruturalmente relacionadas, que foram originalmente identificadas por sua capacidade em formar complexos com proteínas CICLINAS. Todas apresentam um dominio comum que se liga especificamente aos MOTIVOS F-BOX. Formam parte das PROTEÍNAS LIGASES SKP CULINA F-BOX, nas quais podem unir-se a diversas PROTEÍNAS F-BOX.
Riboflavina
Fator nutricional encontrado no leite, ovos, cevada maltada, fígado, rim, coração e vegetais folhosos. A mais rica fonte natural é a levedura. Encontrada sob a forma livre somente na retina do olho, soro do leite e urina. Suas principais formas em tecidos e células são os MONONUCLEOTÍDEOS DE FLAVINA e FLAVINA-ADENINA DINUCLEOTÍDEO.
Proteínas Inibidoras de STAT Ativados
Família de proteínas estruturalmente relacionadas que são constitutivamente expressas e que regulam negativamente as VIAS DE SINALIZAÇÃO mediadas por citocinas. As proteínas inibidoras de STAT ativados (PIAS) inibem a atividade dos transdutores de sinal e dos ativadores da transcrição.
Panteteína
Proteína SUMO-1
Pequena proteína modificadora de 1,5 kDa relacionada com a ubiquitina que pode se ligar covalentemente por meio de uma ligação isopeptídica a várias proteínas celulares. Pode desempenhar um papel no transporte de proteína intracelular e vários outros processos celulares.
Proteínas Modificadoras Pequenas Relacionadas à Ubiquitina
Classe de proteínas relacionadas estruturalmente de tamanho 12-20 kDa. Modificam covalentemente proteínas específicas de uma maneira análoga à UBIQUITINA.
Monofosfato de Adenosina
Escherichia coli
Espécie de bactérias Gram-negativas, facultativamente anaeróbicas, em forma de bastão (BACILOS GRAM-NEGATIVOS ANAERÓBIOS FACULTATIVOS) comumente encontrada na parte mais baixa do intestino de animais de sangue quente. Geralmente não é patogênica, embora algumas linhagens sejam conhecidas por produzir DIARREIA e infecções piogênicas. As linhagens patogênicas (virotipos) são classificadas pelos seus mecanismos patogênicos específicos como toxinas (ESCHERICHIA COLI ENTEROTOXIGÊNICA), etc.
Palmitoil Coenzima A
Derivado da coenzima A com ácido graxo, que exerce um papel chave na oxidação e na biossíntese de ácidos graxos.
Modelos Moleculares
Methanobacterium
Gênero de METHANOBACTERIACEAE, anaeróbicos e corpo em forma de bastonete. Os organismos não possuem motilidade e usam amônia como única fonte de nitrogênio. Estes metanógenos são encontrados em sedimentos aquáticos, solo, esgotos e no trato gastrointestinal de animais.
Lovastatina
Metabólito fúngico isolado de culturas de Aspergillus terreus. O composto é um agente anticolesterêmico potente. Inibe a 3-hidroxi-3-metilglutaril coenzima A redutase (HIDROXIMETILGLUTARIL COA REDUTASES), que é a enzima limitante da velocidade da reação na biossíntese de colesterol. Também estimula a produção de receptores de lipoproteína de baixa densidade no fígado.
Malonil Coenzima A
Derivado da coenzima A que exerce um papel fundamental na síntese de ácidos graxos, nos sistemas citoplasmático e microssomal.
Alinhamento de Sequência
Combinação de dois ou mais aminoácidos ou sequências de bases de um organismo ou organismos de tal forma a alinhar áreas das sequências de distribuição das propriedades comuns. O grau de correlação ou homologia entre as sequências é previsto computacionalmente ou estatisticamente, baseado nos pesos determinados dos elementos alinhados entre as sequências. Isto pode servir como um indicador potencial de correlação genética entre os organismos.
Clonagem Molecular
Inserção de moléculas de DNA recombinante de origem procariótica e/ou eucariótica em um veículo replicante, tal como um plasmídeo ou vírus vetores, e a introdução das moléculas híbridas resultantes em células receptoras, sem alterar a viabilidade dessas células.
Saccharomyces cerevisiae
Sumoilação
Tipo de PROCESSAMENTO DE PROTEÍNA PÓS-TRADUCIONAL por PROTEÍNAS MODIFICADORAS PEQUENAS RELACIONADAS À UBIQUITINA (também conhecidas como proteínas SUMO).
Proteínas de Transporte
Proteínas de Saccharomyces cerevisiae
Proteínas obtidas da espécie SACCHAROMYCES CEREVISIAE. A função de proteínas específicas deste organismo são objeto de intenso interesse científico e têm sido usadas para obter a compreensão básica sobre o funcionamento de proteínas semelhantes em eucariontes superiores.
Motivos de Aminoácidos
Componentes estruturais de proteínas comumente observados, formados por combinações simples de estruturas secundárias adjacentes. Uma estrutura comumente observada pode ser composta por uma SEQUÊNCIA CONSERVADA que pode ser representada por uma SEQUÊNCIA CONSENSO.
Oxirredutases
Classe de todas as enzimas que catalisam reações de oxidorredução. O substrato que é oxidado é considerado doador de hidrogênio. O nome sistemático é baseado na oxidorredutase doador:receptor. O nome recomendado é desidrogenase, onde for possível. Como alternativa, redutase pode ser usado. O termo oxidase é usado apenas nos casos em que o O2 é o receptor.
Fosfato de Piridoxal
Esta é a forma ativa da VITAMINA B6 servindo como coenzima para a síntese de aminoácidos, neurotransmissores (serotonina, norepinefrina), esfingolipídeos e ácido aminolevulínico. Durante a transaminação de aminoácidos, o fosfato de piridoxal é transitoriamente convertido em fosfato de piridoxamina (PIRIDOXAMINA).
Hidroximetilglutaril-CoA-Redutases NADP-Dependentes
Hidroximetilglutaril-CoA-redutases específicas que utilizam o cofator NAD. As emzimas hepáticas desta classe estão envolvidas na biossíntese do colesterol.
Metilmalonil-CoA Mutase
Cristalografia por Raios X
Sequência de Bases
Proteínas Recombinantes
Proteínas preparadas através da tecnologia de DNA recombinante.
Linhagem Celular
Complexos Multienzimáticos
Sistemas de enzimas que funcionam sequencialmente catalisando reações consecutivas ligadas por intermediários metabólicos comuns. Podem envolver simplesmente uma transferência de átomos de hidrogênio ou moléculas de água e podem estar associados com grandes estruturas supramoleculares, como as MITOCÔNDRIAS ou os RIBOSSOMOS.
Atrofia Muscular
Trifosfato de Adenosina
Nucleotídeo de adenina contendo três grupos fosfatos esterificados à porção de açúcar. Além dos seus papéis críticos no metabolismo, o trifosfato de adenosina é um neurotransmissor.
Succinato-CoA Ligases
Enzimas que catalisam o primeiro passo que leva à oxidação do ácido succínico pela formação reversível de succinil-CoA a partir do succinato e CoA, com a clivagem concomitante de ATP a ADP (EC 6.2.1.5) ou GTP a GDP (EC 6.2.1.4) e ortofosfato. Itaconato pode agir no lugar do succinato e ITP em vez de GTP. EC 6.2.1.-.
Oxirredução
Reação química em que um elétron é transferido de uma molécula para outra. A molécula doadora do elétron é o agente de redução ou redutor; a molécula aceitadora do elétron é o agente de oxidação ou oxidante. Os agentes redutores e oxidantes funcionam como pares conjugados de oxidação-redução ou pares redox (tradução livre do original: Lehninger, Principles of Biochemistry, 1982, p471).
Aciltransferases
Enzimas da classe das transferases que catalisam a transferência de grupos acil de doador para recebedor, formando ésteres ou amidas. EC 2.3.
Biocatálise
Conformação Proteica
Forma tridimensional característica de uma proteína, incluindo as estruturas secundária, supersecundária (motivos), terciária (domínios) e quaternária das cadeias peptídicas. A ESTRUTURA QUATERNÁRIA DE PROTEÍNA descreve a conformação assumida por proteínas multiméricas (agregados com mais de uma cadeia polipeptídica).
Complexos Multiproteicos
Metano
Proteínas de Ciclo Celular
Proteínas que controlam o CICLO DE DIVISÃO CELULAR. Esta família de proteínas inclui uma ampla variedade de classes, entre elas as QUINASES CICLINA-DEPENDENTES, quinases ativadas por mitógenos, CICLINAS e FOSFOPROTEÍNAS FOSFATASES, bem como seus supostos substratos, como as proteínas associadas à cromatina, PROTEÍNAS DO CITOESQUELETO e FATORES DE TRANSCRIÇÃO.
Acetatos
Derivados do ÁCIDO ACÉTICO. Sob este descritor estão incluídos uma grande variedade de formas ácidas, sais, ésteres e amidas que contêm a estrutura carboximetano.
Células HeLa
A primeira LINHAGEM CELULAR humana maligna continuamente cultivada, derivada do carcinoma cervical de Henrietta Lacks. Estas células são utilizadas para a CULTURA DE VÍRUS e em ensaios de mapeamento de drogas antitumorais.
Sinvastatina
Derivado da LOVASTATINA e inibidor competitivo potente da 3-hidroxi-3-metilglutaril coenzima A redutase (HIDROXIMETILGLUTARIL COA REDUTASES), que é a enzima limitante da velocidade de reação na biossíntese de colesterol. Pode também interferir com a produção de hormônios esteroides. Devido à indução de RECEPTORES LDL hepáticos, aumenta a quebra do LDL-COLESTEROL.
Modelos Biológicos
Representações teóricas que simulam o comportamento ou a actividade de processos biológicos ou doenças. Para modelos de doença em animais vivos, MODELOS ANIMAIS DE DOENÇAS está disponível. Modelos biológicos incluem o uso de equações matemáticas, computadores e outros equipamentos eletrônicos.
Vitamina B 12
Composto de coordenação que contém cobalto produzido por micro-organismos do intestino e também encontrado no solo e água. As plantas superiores não concentram a vitamina B 12 do solo e, portanto, são uma fonte pobre dessa substância quando comparadas aos tecidos animais. O FATOR INTRÍNSECO é importante para a assimilação da vitamina B 12.
Receptores do Fator Autócrino de Motilidade
Receptores da superfície celular para o fator de mobilidade autócrino, que é a forma secretada da GLUCOSE-6-FOSFATO ISOMERASE. O receptor possui uma composição incomum porque compartilha algumas semelhanças com os RECEPTORES ACOPLADOS À PROTEÍNA G e funciona como uma proteína ubiquitina ligase quando é internalizado.
Fosfato Acetiltransferase
Ciclossomo-Complexo Promotor de Anáfase
Ubiquitina E3 ligase envolvida inicialmente na regulação da transição da metáfase para anáfase durante a MITOSE por meio da ubiquitinação de PROTEÍNAS DO CICLO CELULAR específicas. A atividade da enzima é fortemente regulada por subunidades e cofatores, que modulam a ativação, a inibição e a especificidade do substrato. O complexo promotor de anáfase, ou o APC-C, também está envolvido na diferenciação dos tecidos na PLACENTA, CRISTALINO e MÚSCULO ESQUELÉTICO, além da regulação pós-mitótica da PLASTICIDADE NEURONAL e da excitabilidade.
Transdução de Sinal
Transferência intracelular de informação (ativação/inibição biológica) através de uma via de sinalização. Em cada sistema de transdução de sinal, um sinal de ativação/inibição proveniente de uma molécula biologicamente ativa (hormônio, neurotransmissor) é mediado, via acoplamento de um receptor/enzima, a um sistema de segundo mensageiro ou a um canal iônico. A transdução de sinais desempenha um papel importante na ativação de funções celulares, bem como de diferenciação e proliferação das mesmas. São exemplos de sistemas de transdução de sinal: o sistema do receptor pós-sináptico do canal de cálcio ÁCIDO GAMA-AMINOBUTÍRICO, a via de ativação da célula T mediada pelo receptor e a ativação de fosfolipases mediada por receptor. Estes sistemas acoplados à despolarização da membrana ou liberação de cálcio intracelular incluem a ativação mediada pelo receptor das funções citotóxicas dos granulócitos e a potencialização sináptica da ativação da proteína quinase. Algumas vias de transdução de sinal podem ser parte de um sistema de transdução muito maior, como por exemplo, a ativação da proteína quinase faz parte da via de sinalização da ativação plaquetária.
Processamento de Proteína Pós-Traducional
Qualquer das várias modificações pós-traducionais de PEPTÍDEOS ou PROTEÍNAS catalisadas enzimaticamente na célula de origem. Essas modificações incluem carboxilação, HIDROXILAÇÃO, ACETILAÇÃO, FOSFORILAÇÃO, METILAÇÃO, GLICOSILAÇÃO, ubiquitinação, oxidação, proteólise e a formação de ligações cruzadas e resultam em alterações no peso molecular e na motilidade eletroforética.
Flavina-Adenina Dinucleotídeo
Produto de condensação da riboflavina e de adenosina difosfato. Coenzima de várias desidrogenases aeróbicas, como p.ex., a D-aminoácido oxidase e a L-aminoácido oxidase. (Tradução livre do original: Lehninger, Principles of Biochemistry, 1982, p972)
Fígado
Glutamato Desidrogenase
Domínio Catalítico
Células HEK293
Oxo-Ácido-Liases
Proteínas de Arabidopsis
Proteínas que se originam de espécies de plantas do gênero ARABIDOPSIS. A espécie de Arabidopsis mais intensamente estudada é a Arabidopsis thaliana, comumente utilizada como modelo experimental.
Hidroximetilglutaril-CoA Sintase
Concentração de Íons de Hidrogênio
Normalidade de uma solução com relação a íons de HIDROGÊNIO, H+. Está relacionada com medições de acidez na maioria dos casos por pH = log 1/2[1/(H+)], onde (H+) é a concentração do íon hidrogênio em equivalentes-grama por litro de solução. (Tradução livre do original: McGraw-Hill Dictionary of Scientific and Technical Terms, 6th ed)
Proteínas de Ligação a DNA
Proteínas Nucleares
Proteínas encontradas no núcleo de uma célula. Não se deve confundir com NUCLEOPROTEÍNAS, que são proteínas conjugadas com ácidos nucleicos, que não estão necessariamente no núcleo.
Estabilidade Enzimática
Técnicas do Sistema de Duplo-Híbrido
Primeiras técnicas de blindagem desenvolvidas em leveduras para identificar genes que codificam proteínas de interação. As variações são usadas para avaliar interações entre proteínas e outras moléculas. Técnicas de dois híbridos referem-se à análise de interações de proteína-proteína, e as de um e três híbridos, referem-se à análise de interações DNA-proteína e RNA-proteína (ou interações baseadas em ligantes), respectivamente. Técnicas reversas de n híbridos referem-se à análise de mutações ou outras moléculas pequenas que dissociam interações conhecidas.
Proteases Específicas de Ubiquitina
Membros da família das peptidases C19 que regulam a transdução de sinal por meio da remoção da UBIQUITINA de substratos proteicos específicos via um processo conhecido como desubiquitinação ou desubiquitinação.
Mitocôndrias
Organelas semiautônomas que se autorreproduzem, encontradas na maioria do citoplasma de todas as células, mas não de todos os eucariotos. Cada mitocôndria é envolvida por uma membrana dupla limitante. A membrana interna é altamente invaginada e suas projeções são denominadas cristas. As mitocôndrias são os locais das reações de fosforilação oxidativa, que resultam na formação de ATP. Elas contêm RIBOSSOMOS característicos, RNA DE TRANSFERÊNCIA, AMINOACIL-T RNA SINTASES e fatores de elongação e terminação. A mitocôndria depende dos genes contidos no núcleo das células no qual se encontram muitos RNAs mensageiros essenciais (RNA MENSAGEIRO). Acredita-se que a mitocôndria tenha se originado a partir de bactérias aeróbicas que estabeleceram uma relação simbiótica com os protoeucariotos primitivos. (Tradução livre do original: King & Stansfield, A Dictionary of Genetics, 4th ed).
Álcool Desidrogenase
Enzima contendo zinco que oxida álcoois primários e secundários ou hemiacetais na presença de NAD. Na fermentação alcoólica, catalisa a etapa final de redução de um aldeído a um álcool na presença de NADH e hidrogênio.
Methanosarcina
Gênero de METHANOSARCINALES anaeróbios, de forma esférica irregular, cujos organismos não possuem motilidade. Não há formação de endosporos. Estes archaea derivam energia via produção de metano a partir de acetato, metanol, mono-, di- e trimetilamina e, possivelmente, monóxido de carbono. Os organismos são isolados de ambientes de marinhos e de água doce.
Metiltransferases
Proteínas Repressoras
Proteínas que mantêm a dormência transcricional de GENES ou ÓPERONS específicos. As proteínas repressoras clássicas são as proteínas ligantes de DNA que estão normalmente ligadas à REGIÃO OPERADORA de um óperon, ou os ELEMENTOS FACILITADORES de um gene até que ocorra algum sinal que ocasione seu desprendimento.
Ésteres
Mercaptoetanol
Mercaptoetanol é um agente redutor com a fórmula química HOCH2CH2SH, utilizado em bioquímica e biologia molecular para quebrar pontes dissulfeto (-S-S-) em proteínas e manter soluções anidras.
Glutaratos
Arabidopsis
Gênero de plantas (família BRASSICACEAE) contendo PROTEÍNAS DE ARABIDOPSIS e PROTEÍNAS DE DOMÍNIO MADS. A espécie 'A. thaliana' é utilizada em experimentos em genética vegetal clássica, bem como em estudos de genética molecular em fisiologia, bioquímica e desenvolvimento de plantas.
Relação Estrutura-Atividade
Apoenzimas
Proteínas Recombinantes de Fusão
Sequência Conservada
Sequência de aminoácidos em um polipeptídeo ou de nucleotídeos no DNA ou RNA que é semelhante em múltiplas espécies. Um grupo conhecido de sequências conservadas é representado por uma SEQUÊNCIA CONSENSO. Os MOTIVOS DE AMINOÁCIDOS são frequentemente compostos de sequências conservadas.
Fatores de Transcrição
Substâncias endógenas, usualmente proteínas, que são efetivas na iniciação, estimulação ou terminação do processo de transcrição genética.
Transporte Proteico
Processo de movimento de proteínas de um compartimento celular (incluindo extracelular) para outro por várias separações e mecanismos de transporte, tais como transporte de comporta, translocação proteica e transporte vesicular.
Regulação Enzimológica da Expressão Gênica
Proteínas Musculares
Proteínas que compõem o músculo, sendo as principais as ACTINAS e MIOSINAS. Existem mais de uma dúzia de proteínas acessórias, incluindo a TROPONINA, TROPOMIOSINA e DISTROFINA.
Imunoprecipitação
Reparo do DNA
Reconstrução de uma molécula contínua de DNA de fita dupla, sem incorreções, a partir de uma molécula contendo regiões lesadas. Os principais mecanismos de reparo são o reparo de excisão, em que as regiões defeituosas de uma fita são extirpadas e ressintetizadas, usando-se as informações de pareamento das bases complementares da fita intata; reparo de foto-reativação, em que os efeitos letais e mutagênicos da luz ultravioleta são eliminados; e reparo pós-replicação, em que as lesões primárias não são reparadas, mas as lacunas de uma dúplex filha são preenchidas por meio da incorporação de porções da outra dúplex filha (não danificada). Os reparos de excisão e de pós-replicação às vezes são chamados de "reparo escuro" porque não exigem luz.
Mutagênese Sítio-Dirigida
MUTAGÊNESE geneticamente construída em um ponto específico na molécula de DNA que introduz uma substituição, inserção ou deleção de uma base.
Modelos Químicos
Colesterol
Polinucleotídeo 5'-Hidroxiquinase
Enzima que catalisa a transferência de um grupo fosfato para os grupos hidroxila 5'-terminais do DNA e RNA. EC 2.7.1.78.
Propilenoglicol
Xanthobacter
Gênero de bactérias Gram-negativas aeróbias, em forma de bastonete, que são encontradas no solo úmido contendo matéria orgânica em decomposição e na água. As células tendem a ser pleomórficas se cultivadas em meio contendo succinato, ou cocoides se cultivadas na presença de um álcool como única fonte de carbono.
Espectrofotometria Ultravioleta
Esterol O-Aciltransferase
Enzima que catalisa a formação de ésteres de colesterol pela transferência direta de um grupo de ácido graxo de um derivado de ácido graxo com CoA. Esta enzima foi encontrada nas adrenais, gônadas, fígado, mucosa intestinal e aorta de muitas espécies de mamíferos. EC 2.3.1.26.
Peptídeo Hidrolases
Hidrolases que especificamente clivam as ligações peptídicas encontradas em PROTEÍNAS e PEPTÍDEOS. Exemplos de subclasses deste grupo são as EXOPEPTIDASES e ENDOPEPTIDASES.
Teste de Complementação Genética
Clostridium
Proteínas Proto-Oncogênicas c-mdm2
Carboxiliases
Methanobacteriaceae
Proteínas de Membrana
Proteínas encontradas em membranas, incluindo membranas celulares e intracelulares. Consistem em dois grupos, as proteínas periféricas e as integrais. Elas incluem a maioria das enzimas associadas a membranas, proteínas antigênicas, proteínas de transporte e receptores de drogas, hormônios e lectinas.
Plasmídeos
Moléculas extracromossômicas, geralmente de DNA CIRCULAR, que são autorreplicantes e transferíveis de um organismo a outro. Encontram-se em uma variedade de bactérias, Archaea, fungos, algas e espécies de plantas. São usadas na ENGENHARIA GENÉTICA como VETORES DE CLONAGEM.
Acetiltransferases
Enzimas que catalisam a transferência de um grupo acetil, geralmente da acetil coenzima A, para outro composto. EC 2.3.1.
Bacteriófago T4
Bacteriófago virulento (representante do gênero de Fagos semelhantes ao T4, família MYOVIRIDAE) que infecta E. coli, sendo o fago T mais conhecido. Seu virion contém DNA linear, bicatenário, com terminação redundante e permuta circular.
Mononucleotídeo de Flavina
Coenzima de várias enzimas oxidativas, entre elas a NADH DESIDROGENASE. Forma principal em que a RIBOFLAVINA é encontrada nas células e tecidos.
Temperatura Ambiente
Eletroforese em Gel de Poliacrilamida
Degradação Associada com o Retículo Endoplasmático
Perda de algumas sequências do TELÔMERO durante a REPLICAÇÃO DO DNA dos primeiros vários pares de bases de uma molécula de DNA linear ou por DANO AO DNA. As células possuem vários mecanismos para restaurar o comprimento dos cromossomos (HOMEOSTASE TELOMÉRICA). O encurtamento do telômero está envolvido na progressão do ENVELHECIMENTO CELULAR.
Interferência de RNA
Fenômeno de inativação gênica, pelo qual os RNAds (RNA DE CADEIA DUPLA) desencadeiam a degradação de RNAm homólogo (RNA MENSAGEIRO). Os RNAs de cadeia dupla específicos são processados em RNA INTERFERENTE PEQUENO (RNAsi) que serve como guia para a clivagem do RNAm homólogo no COMPLEXO DE INATIVAÇÃO INDUZIDO POR RNA. A METILAÇÃO DE DNA também pode ser desencadeada durante este processo.
Ácidos Graxos
Ácidos monobásicos orgânicos derivados de hidrocarbonetos pela oxidação equivalente de um grupo metil em um álcool, aldeído e, então, ácido. Ácidos graxos são saturados e não saturados (ÁCIDOS GRAXOS NÃO SATURADOS).
Esteróis
Transferases Intramoleculares
Ácidos Cumáricos
Isoenzimas
Estrutura Molecular
Parabenos
Dano ao DNA
Lesões no DNA que introduzem desvios em relação a sua conformação normal e que, se não reparadas, resultam em uma MUTAÇÃO ou bloqueio da REPLICAÇÃO DO DNA. Esses desvios podem ser causados por agentes físicos ou químicos e ocorrem tanto em circunstâncias naturais ou não. Incluem a introdução de bases erradas durante a replicação, seja por desaminação ou outras modificações de bases, perda de uma base da cadeia do DNA, deixando um local sem base, quebras da fita simples, quebra da dupla hélice e ligações intrafita (DÍMEROS DE PIRIMIDINA) ou interfita. Na maioria das vezes, o dano pode ser reparado (REPARO DO DNA). Se o dano for extenso, pode induzir APOPTOSE.
Dimetilaminas
Domínios e Motivos de Interação entre Proteínas
Módulos de proteínas com superfícies de ligação a ligantes conservadas, que medeiam funções de interação específicas em VIAS DE SINALIZAÇÃO e SÍTIOS DE LIGAÇÃO específicos de seus LIGANTES de proteínas cognatas.
Acetil-CoA Carboxilase
Regulação da Expressão Gênica de Plantas
Proteínas
Polipeptídeos lineares sintetizados nos RIBISSOMOS e posteriormente podem ser modificados, entrecruzados, clivados ou agrupados em proteínas complexas com várias subunidades. A sequência específica de AMINOÁCIDOS determina a forma que tomará o polipeptídeo, durante o DOBRAMENTO DE PROTEÍNA e a função da proteína.
Acetil-CoA C-Acetiltransferase
Enzima que catalisa a formação de acetoacetil-CoA a partir de duas moléculas de Acetil-CoA. Algumas enzimas denominadas tiolase ou tiolase-I possuem esta atividade ou a atividade da ACETIL-COA C-ACILTRANSFERASE.
RNA Mensageiro
Sequências de RNA que servem como modelo para a síntese proteica. RNAm bacterianos são geralmente transcritos primários pelo fato de não requererem processamento pós-transcricional. O RNAm eucariótico é sintetizado no núcleo e necessita ser transportado para o citoplasma para a tradução. A maior parte dos RNAm eucarióticos têm uma sequência de ácido poliadenílico na extremidade 3', denominada de cauda poli(A). Não se conhece com certeza a função dessa cauda, mas ela pode desempenhar um papel na exportação de RNAm maduro a partir do núcleo, tanto quanto em auxiliar na estabilização de algumas moléculas de RNAm retardando a sua degradação no citoplasma.
Ubiquitina Tiolesterase
Tioéster hidrolase que atua sobre ésteres formados entre os tióis (como DITIOTREITOL ou GLUTATIONA) e o resíduo de glicina C-terminal da UBIQUITINA.
Células Cultivadas
Células propagadas in vitro em meio especial apropriado ao seu crescimento. Células cultivadas são utilizadas no estudo de processos de desenvolvimento, processos morfológicos, metabólicos, fisiológicos e genéticos, entre outros.
Ativação Enzimática
Conversão da forma inativa de uma enzima a uma que possui atividade metabólica. Este processo inclui 1) ativação por íons (ativadores), 2) ativação por cofatores (coenzimas) e 3) conversão de um precursor enzimático (pró-enzima ou zimógeno) a uma enzima ativa.
Estabilidade Proteica
Espectrofotometria
Família Multigênica
Conjunto de genes originados por duplicação e variação de algum gene ancestral. Estes genes podem estar reunidos nos mesmo cromossomo ou dispersos em cromossomos diferentes. São exemplos de famílias multigênicas as que codificam as hemoglobinas, imunoglobulinas, antígenos de histocompatibilidades, actinas, tubulinas, queratinas, colágenos, proteínas de choque térmico, proteínas adesivas salivares, proteínas coriônicas, proteínas de cutícula, proteínas vitelínicas, e faseolinas, bem como as histonas, RNA ribossômico, e genes de RNA de transferência. Os últimos três são exemplos de genes repetidos, onde centenas de genes idênticos estão presentes e ordenados em fila.
Subunidade Apc11 do Ciclossomo-Complexo Promotor de Anáfase
Junto com a subunidade Apc2, forma o eixo catalítico da ubiquitina E3 ligase, complexo promotor de anáfase do ciclossomo. Possui um domínio RING H2 que interage com o domínio culina da Apc2. A Apc11 também interage com as ubiquitina E2 ligases envolvidas nas reações de ubiquitinação de APC-C.
Piridoxamina
Forma 4-aminometil da VITAMINA B 6. Durante a transaminação de aminoácidos, o FOSFATO DE PIRIDOXAL é transitoriamente convertido em fosfato de piridoxamina.
Immunoblotting
Acetil-CoA C-Aciltransferase
Enzima que catalisa a etapa final da oxidação de ácidos graxos na qual é liberada a ACETIL COA e é formado o éster de CoA de um ácido graxo dois carbonos mais curto.
Tiamina Pirofosfato
DNA
Polímero desoxirribonucleotídeo que é material genético primário de todas as células. Organismos eucariotos e procariotos normalmente contém DNA num estado de dupla fita, ainda que diversos processos biológicos importantes envolvam transitoriamente regiões de fita simples. O DNA, cuja espinha dorsal é constituída de fosfatos poliaçucarados possuindo projeções de purinas (adenina ou guanina) e pirimidinas (timina e citosina), forma uma dupla hélice que é mantida por pontes de hidrogênio entre as purinas e as pirimidinas (adenina com timina e guanina com citosina).
Coanoflagelados
Espectroscopia de Ressonância Magnética
Flavinas
Peptídeos e Proteínas de Sinalização Intracelular
Proteínas e peptídeos envolvidos na TRANSDUÇÃO DE SINAL na célula. Estão incluídos os peptídeos e proteínas que regulam a atividade dos FATORES DE TRANSCRIÇÃO e os processos celulares em resposta aos sinais dos RECEPTORES DA SUPERFÍCIE CELULAR. Os peptídeos e proteínas de sinalização intracelular podem fazer parte de uma cascata de sinalização enzimática ou atuar ligando-se a outros fatores de sinalização, modificando seus efeitos.
NADH NADPH Oxirredutases
Grupo de oxidorredutases que agem sobre o NADH ou NADPH. Em geral, enzimas que usam NADH ou NADPH para reduzir um substrato são classificadas de acordo com a reação reversa, na qual o NAD+ ou NADP+ é formalmente considerado como um aceptor. Esta subclasse inclui apenas aquelas enzimas nas quais algum outro transportador de redox é o aceptor. EC 1.6.
Succinatos
Derivados do ÁCIDO SUCCÍNICO. Está incluída sob este descritor uma ampla variedade de formas de ácidos, sais, ésteres e amidas que contêm uma estrutura alifática terminada em uma carboxila 1,4.
Ácido Tióctico
Ácido octanoico ligado com dois enxofres, de forma que às vezes é denominado ácido pentanoico em alguns esquemas de nomenclatura. É biossintetizado por clivagem do ÁCIDO LINOLEICO e é uma coenzima de oxoglutarato desidrogenase (COMPLEXO CETOGLUTARATO DESIDROGENASE). É usado na SUPLEMENTAÇÃO DIETÉTICA.