Família de enzimas de reparo do DNA que reconhecem bases de nucleotídeos danificadas e as eliminam por meio da hidrólise da ligação N-glicosídica que as une à estrutura glicídica da molécula de DNA. O processo, denominado reparo por excisão de base, pode ser completado por uma DNA LIASE (SÍTIOS APURÍNICOS OU APIRIMIDÍNICOS) que corta o açúcar RIBOSE restante do DNA.

Classe de enzimas envolvidas na hidrólise da ligação N-glicosídica de açúcares ligados ao nitrogênio.

Enzima de reparo do DNA, uma N-glicosil-hidrolase com especificidade para resíduos de N(7)-metilguanina de anel aberto contendo DNA.

Enzima que catalisa uma clivagem endonucleolítica próximo a DÍMEROS DE PIRIMIDINA, formando um produto fosfato na posição 5'. Esta enzima atua na cadeia de DNA danificada do lado 5' do sítio danificado.

Enzima que catalisa a HIDRÓLISE da ligação N-glicosídica entre a cadeia 'fosfato açúcar' e o resíduo da URACILA durante a síntese do DNA.

Enzima que elimina as bases TIMINA e URACILA pareadas erroneamente com a GUANINA através de hidrólise da sua ligação N-glicosídica. Estes nucleotídeos com erros de pareamento geralmente ocorrem pela DESAMINAÇÃO hidrolítica da 5-METILCITOSINA, que forma timina.

Reconstrução de uma molécula contínua de DNA de fita dupla, sem incorreções, a partir de uma molécula contendo regiões lesadas. Os principais mecanismos de reparo são o reparo de excisão, em que as regiões defeituosas de uma fita são extirpadas e ressintetizadas, usando-se as informações de pareamento das bases complementares da fita intata; reparo de foto-reativação, em que os efeitos letais e mutagênicos da luz ultravioleta são eliminados; e reparo pós-replicação, em que as lesões primárias não são reparadas, mas as lacunas de uma dúplex filha são preenchidas por meio da incorporação de porções da outra dúplex filha (não danificada). Os reparos de excisão e de pós-replicação às vezes são chamados de "reparo escuro" porque não exigem luz.

Enzima reparadora do DNA que catalisa a retirada de resíduos ribose de sitios apurínicos e apirimidínicos do DNA que podem resultar da ação de DNA GLICOSILASES. A enzima catalisa uma reação de beta-eliminação na qual a ligação 3' C-O-P ao sitio apurínico ou apirimidínico do DNA se rompe liberando um açúcar insaturado 3'-terminal e um produto com um 5'-fosfato terminal. Esta enzima foi classificada previamente como EC 3.1.25.2.

Compostos baseados na imidazolidina diona. Alguns derivados são ANTICONVULSIVANTES.

5-Hidroximetil-6-metil-2,4-(1H,3H)-pirimidinodiona. Derivado do uracil usado em combinação com antibióticos tóxicos para reduzir a sua toxicidade. Também estimula a leucopoese e a imunidade. Sinônimos: pentoksil; hidroximetilmetiluracil.

Uracila é uma base nitrogenada pirimidínica que se funde com a ribose para formar o nucleosídeo uridina, presente predominantemente no RNA mas não no DNA.

Enzima que catalisa a clivagem endonucleolítica das ligações fosfodiester de sítios purínicos ou apirimidínicos (sítios AP) para formar como produtos finais, 5'-Fosfo-Oligonucleotídeos. Esta enzima tem preferência pelo DNA monocatenário (ssDNA) e foi anteriormente classificada como EC 3.1.4.30.

Guanina é uma base nitrogenada presente no DNA e RNA, formando pares de bases com citosina por meio de ligações Wasserman.

Enzimas que catalisam a clivagem de uma ligação carbono-oxigênio por meios que não a hidrólise ou oxidação. EC 4.2.

Grupo de enzimas que catalisam a clivagem endonucleolítica do DNA. Incluem membros de EC 3.1.21.-, EC 3.1.22.-, EC 3.1.23.- (ENZIMAS DE RESTRIÇÃO DO DNA), EC 3.1.24.- (ENZIMAS DE RESTRIÇÃO DO DNA), e EC 3.1.25.-.

Lesões no DNA que introduzem desvios em relação a sua conformação normal e que, se não reparadas, resultam em uma MUTAÇÃO ou bloqueio da REPLICAÇÃO DO DNA. Esses desvios podem ser causados por agentes físicos ou químicos e ocorrem tanto em circunstâncias naturais ou não. Incluem a introdução de bases erradas durante a replicação, seja por desaminação ou outras modificações de bases, perda de uma base da cadeia do DNA, deixando um local sem base, quebras da fita simples, quebra da dupla hélice e ligações intrafita (DÍMEROS DE PIRIMIDINA) ou interfita. Na maioria das vezes, o dano pode ser reparado (REPARO DO DNA). Se o dano for extenso, pode induzir APOPTOSE.

Ordem de metanógenos anaeróbios do reino EURYARCHAEOTA. São em forma de pseudossarcina, cocoide ou em bastonete envolto em bainha, e catabolizam grupos metil. A parede celular é composta de proteína. A ordem inclui uma família, METHANOCOCCACEAE.

Ligação covalente de um grupo alquila a um composto orgânico. Pode ocorrer por uma simples reação de adição ou por substituição de outro grupo funcional.

Timina é uma base nitrogenada pirimidínica presente no DNA, que forma pares de bases com a adenina através de ligações Wasserman e participa da codificação dos genes.

Base pirimídica que é uma unidade fundamental dos ácidos nucleicos.

Polímero desoxirribonucleotídeo que é material genético primário de todas as células. Organismos eucariotos e procariotos normalmente contém DNA num estado de dupla fita, ainda que diversos processos biológicos importantes envolvam transitoriamente regiões de fita simples. O DNA, cuja espinha dorsal é constituída de fosfatos poliaçucarados possuindo projeções de purinas (adenina ou guanina) e pirimidinas (timina e citosina), forma uma dupla hélice que é mantida por pontes de hidrogênio entre as purinas e as pirimidinas (adenina com timina e guanina com citosina).

Purina e uma reação intermediária no metabolismo da adenosina e na formação de ácidos nucleicos pela via de salvamento.

Base de nucleotídeo metilado encontrada no DNA de eucarióticos. Em ANIMAIS, a METILAÇÃO DE DNA de CITOSINA para formar 5-meticitosina é encontrada principalmente na sequência CpG palindrômica. Em PLANTAS, a sequência metilada é CpNpGp, onde N pode ser qualquer base.

Presença de uma base não complementar no DNA de dupla fita, causado por desaminação espontânea da citosina ou adenina. O pareamento incorreto ocorre durante a recombinação homóloga, ou por erros na replicação do DNA. Vários pares de bases incorretas levam à formação de DNA heteroduplexes (ÁCIDOS NUCLEICOS HETERODUPLEXES).

Aspecto característico [(dependência)] da atividade enzimática em relação ao tipo de substrato com o qual a enzima (ou molécula catalítica) reage.

Espécie de bactérias Gram-negativas, facultativamente anaeróbicas, em forma de bastão (BACILOS GRAM-NEGATIVOS ANAERÓBIOS FACULTATIVOS) comumente encontrada na parte mais baixa do intestino de animais de sangue quente. Geralmente não é patogênica, embora algumas linhagens sejam conhecidas por produzir DIARREIA e infecções piogênicas. As linhagens patogênicas (virotipos) são classificadas pelos seus mecanismos patogênicos específicos como toxinas (ESCHERICHIA COLI ENTEROTOXIGÊNICA), etc.

Base purínica e unidade fundamental de NUCLEOTÍDEOS DE ADENINA.

Proteínas obtidas de ESCHERICHIA COLI.

Enzima de reparo de DNA que catalisa a síntese de DNA durante o reparo da excisão de bases do DNA. EC 2.7.7.7.

Descrições de sequências específicas de aminoácidos, carboidratos ou nucleotídeos que apareceram na literatura publicada e/ou são depositadas e mantidas por bancos de dados como o GENBANK, European Molecular Biology Laboratory (EMBL), National Biomedical Research Foundation (NBRF) ou outros repositórios de sequências.

Grupo de desoxirribonucleotídeos (até 12) nos quais os resíduos de fosfato de cada desoxirribonucleotídeo agem como pontes na formação de ligações diéster entre as moléculas de desoxirribose.

Modelos usados experimentalmente ou teoricamente para estudar a forma das moléculas, suas propriedades eletrônicas ou interações [com outras moléculas]; inclui moléculas análogas, gráficos gerados por computador e estruturas mecânicas.

Reação química em que um elétron é transferido de uma molécula para outra. A molécula doadora do elétron é o agente de redução ou redutor; a molécula aceitadora do elétron é o agente de oxidação ou oxidante. Os agentes redutores e oxidantes funcionam como pares conjugados de oxidação-redução ou pares redox (tradução livre do original: Lehninger, Principles of Biochemistry, 1982, p471).

Sequência de PURINAS e PIRIMIDINAS em ácidos nucleicos e polinucleotídeos. É chamada também de sequência nucleotídica.

Polímeros constituídos por poucos (2-20) nucleotídeos. Em genética molecular, referem-se a uma sequência curta sintetizada para se combinar a uma região onde sabidamente ocorre uma mutação e, que é então, usada como uma sonda (SONDA DE OLIGONUCLEOTÍDEO). (Dorland, 28a ed)

Taxa dinâmica em sistemas químicos ou físicos.

Ordem dos aminoácidos conforme ocorrem na cadeia polipeptídica. Isto é chamado de estrutura primária das proteínas. É de importância fundamental para determinar a CONFORMAÇÃO DA PROTEÍNA.

Família das THERMOPROTEALES composta por bacilos rígidos de comprimento variável e sem septo. Crescem tanto quimolitoautotroficamente ou como por respiração sulfurosa. Os quatro gêneros são: PYROBACULUM, THERMOPROTEUS, Caldivirga e Thermocladium. (Tradução livre do original: Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, 2d ed)

Qualquer mudança detectável e hereditária que ocorre no material genético causando uma alteração no GENÓTIPO e transmitida às células filhas e às gerações sucessivas.

Partes de uma macromolécula que participam diretamente em sua combinação específica com outra molécula.

Nível de estrutura proteica em que estruturas das proteínas secundárias (alfa hélices, folhas beta, regiões de alça e motivos) se combinam dando origem a formas dobradas denominadas domínios. Pontes dissulfetos entre cisteínas em duas partes diferentes da cadeia polipeptídica juntamente com outras interações entre as cadeias desempenham um papel na formação e estabilização da estrutura terciária. As proteínas pequenas, geralmente são constituídas de um único domínio, porém as proteínas maiores podem conter vários domínios conectados por segmentos da cadeia polipeptídica que perdeu uma estrutura secundária regular.

Produtos de reações químicas que resultam na adição de grupos de substâncias químicas estranhas ao DNA.

Compostos com anel de 5 membros, sendo 4 carbonos e um oxigênio. São heterociclos aromáticos. A forma reduzida é o tetra-hidrofurano.

Combinação de dois ou mais aminoácidos ou sequências de bases de um organismo ou organismos de tal forma a alinhar áreas das sequências de distribuição das propriedades comuns. O grau de correlação ou homologia entre as sequências é previsto computacionalmente ou estatisticamente, baseado nos pesos determinados dos elementos alinhados entre as sequências. Isto pode servir como um indicador potencial de correlação genética entre os organismos.

Ácido desoxirribonucléico que forma o material genético de bactérias.

Grau de similaridade entre sequências de aminoácidos. Esta informação é útil para analisar a relação genética de proteínas e espécies.

Perturbação no equilíbrio pró-oxidante-antioxidante em favor do anterior, levando a uma lesão potencial. Os indicadores do estresse oxidativo incluem bases de DNA alteradas, produtos de oxidação de proteínas e produtos de peroxidação de lipídeos.

Adição de grupos metilas ao DNA. O DNA metiltransferases (metilases de DNA) desempenham esta reação usando S-ADENOSILMETIONINA como doador do grupo metila.

Nível da estrutura proteica em que, ao longo de uma sequência peptídica, há interações por pontes de hidrogênio; [estas interações se sucedem] regularmente [e envolvem] segmentos contíguos dando origem a alfa hélices, filamentos beta (que se alinham [lado a lado] formando folhas [pregueadas] beta), ou outros tipos de espirais. Este é o primeiro nível de dobramento [da cadeia peptídica que ocorre] na conformação proteica.

Processo pelo qual substâncias endógenas ou exógenas ligam-se a proteínas, peptídeos, enzimas, precursores proteicos ou compostos relacionados. Medidas específicas de ligantes de proteínas são usadas frequentemente como ensaios em avaliações diagnósticas.

Grupo de amidas com a fórmula geral R-CONH2.

Grupo de compostos consistindo em parte de dois anéis que compartilham um átomo (geralmente um carbono).

Imines are organic compounds containing a functional group with the general structure RR'C=N-R", formed by the condensation of an aldehyde or ketone with a primary amine.

Moléculas de adenosina que podem ser substituídas em qualquer posição, mas que são destituídas de um grupo hidroxila na parte ribose da molécula.