DNA de Cadeia Simples
Cadeia única de desoxirribonucleotídeos que se encontra em algumas bactérias e vírus. Geralmente existe como um círculo fechado covalentemente.
Conformação de Ácido Nucleico
Sequência de Bases
Sequência de PURINAS e PIRIMIDINAS em ácidos nucleicos e polinucleotídeos. É chamada também de sequência nucleotídica.
Replicação do DNA
Processo pelo qual se duplica a molécula de DNA.
DNA Helicases
Proteínas que catalisam o desenrolamento do DNA de fita dupla durante a replicação, ligando-se cooperativamente a regiões do DNA de fita única ou as regiões curtas de DNA de fita dupla que estão sofrendo uma abertura transitória. Além disso, as DNA helicases são ATPases dependentes de DNA que utilizam a energia livre da hidrólise do ATP para translocar as fitas de DNA.
Proteínas de Ligação a DNA
Dados de Sequência Molecular
Descrições de sequências específicas de aminoácidos, carboidratos ou nucleotídeos que apareceram na literatura publicada e/ou são depositadas e mantidas por bancos de dados como o GENBANK, European Molecular Biology Laboratory (EMBL), National Biomedical Research Foundation (NBRF) ou outros repositórios de sequências.
DNA
Polímero desoxirribonucleotídeo que é material genético primário de todas as células. Organismos eucariotos e procariotos normalmente contém DNA num estado de dupla fita, ainda que diversos processos biológicos importantes envolvam transitoriamente regiões de fita simples. O DNA, cuja espinha dorsal é constituída de fosfatos poliaçucarados possuindo projeções de purinas (adenina ou guanina) e pirimidinas (timina e citosina), forma uma dupla hélice que é mantida por pontes de hidrogênio entre as purinas e as pirimidinas (adenina com timina e guanina com citosina).
Recombinases Rec A
Família de recombinases identificadas inicialmente em BACTÉRIAS. Catalisam a troca de fitas de DNA dirigida por ATP durante a RECOMBINAÇÃO GENÉTICA. O produto da reação consiste em um duplex e uma alça de fita simples deslocada, que tem a forma da letra D, razão pela qual é denominada estrutura em alça D.
Escherichia coli
Espécie de bactérias Gram-negativas, facultativamente anaeróbicas, em forma de bastão (BACILOS GRAM-NEGATIVOS ANAERÓBIOS FACULTATIVOS) comumente encontrada na parte mais baixa do intestino de animais de sangue quente. Geralmente não é patogênica, embora algumas linhagens sejam conhecidas por produzir DIARREIA e infecções piogênicas. As linhagens patogênicas (virotipos) são classificadas pelos seus mecanismos patogênicos específicos como toxinas (ESCHERICHIA COLI ENTEROTOXIGÊNICA), etc.
Proteína de Replicação A
Proteína de ligação da cadeia única do DNA encontrada em CÉLULAS EUCARIÓTICAS. Necessita de REPLICAÇÃO DO DNA, REPARO DO DNA e RECOMBINAÇÃO GENÉTICA.
Desnaturação de Ácido Nucleico
Desorganização da estrutura secundária dos ácidos nucleicos por calor, pH ou tratamento químico. A dupla fita de DNA é desnaturada por quebra das ligações de hidrogênio e interações hidrofóbicas. O DNA desnaturado parece ser uma estrutura flexível de fita simples. Os efeitos da desnaturação sobre o RNA são semelhantes, entretanto menos pronunciado e facilmente reversível.
Oligonucleotídeos
Polímeros constituídos por poucos (2-20) nucleotídeos. Em genética molecular, referem-se a uma sequência curta sintetizada para se combinar a uma região onde sabidamente ocorre uma mutação e, que é então, usada como uma sonda (SONDA DE OLIGONUCLEOTÍDEO). (Dorland, 28a ed)
DNA Circular
Qualquer uma das moléculas de DNA fechado covalentemente encontrado em bactérias, diversos vírus, mitocôndria, plastídios e plasmídeos. Os DNAs pequenos, circulares polidispersos também têm sido observados numa variedade de organismos eucariotos e que supostamente possuem homologia com DNA cromossômico e a capacidade de ser inserido e retirado do DNA cromossômico. É um fragmento do DNA formado por processo de looping e deleção, contendo uma região constante da cadeia pesada mu e a parte 3' da região virada mu. O DNA circular é um produto normal do rearranjo de segmentos do gene encodificando as regiões variáveis das cadeias leves e pesadas das imunoglobulinas, bem como as do receptor de célula T.
Bacteriófago phi X 174
Espécie típica do gênero MICROVIRUS. Protótipo de pequenos colífagos virulentos de DNA, é composto de fita única de DNA circular "supercoiled" (superenrolada), que na infecção é convertida em forma replicativa de dupla fita por uma enzima do hospedeiro.
Ligação Proteica
Moldes Genéticos
Moldes macromoleculares para a síntese de macromoléculas complementares, como REPLICAÇÃO DO DNA, TRANSCRIÇÃO GENÉTICA do DNA para RNA e na TRADUÇÃO GENÉTICA do RNA nos POLIPEPTÍDEOS.
RNA
Polinucleotídeo que consiste essencialmente em cadeias contendo unidades repetidas de uma estrutura de fosfato e ribose às quais as bases nitrogenadas encontram-se unidas. O RNA é único entre as macromoléculas biológicas pelo fato de codificar informação genética, servir como um componente celular estrutural abundante e também possuir atividade catalítica. (Tradução livre do original: Rieger et al., Glossary of Genética: Classical and Molecualr, 5th ed)
Colífagos
Vírus cujo hospedeiro é a Escherichia coli.
Oligodesoxirribonucleotídeos
Grupo de desoxirribonucleotídeos (até 12) nos quais os resíduos de fosfato de cada desoxirribonucleotídeo agem como pontes na formação de ligações diéster entre as moléculas de desoxirribose.
DNA Primase
RNA polimerase de fita simples, dependente de DNA, que funciona para iniciar, ou começar a síntese de DNA, sintetizando primers de oligorribonucleotídeos. EC 2.7.7.-.
Plasmídeos
Moléculas extracromossômicas, geralmente de DNA CIRCULAR, que são autorreplicantes e transferíveis de um organismo a outro. Encontram-se em uma variedade de bactérias, Archaea, fungos, algas e espécies de plantas. São usadas na ENGENHARIA GENÉTICA como VETORES DE CLONAGEM.
Exonucleases
Enzimas que catalizam a liberação de mononucleotídeos pela hidrólise da ligação terminal das cadeias de desoxirribonucleotídeos ou ribonucleotídeos.
Poli T
Grupo de nucleotídeos timina nos quais os resíduos fosfato de cada nucleotídeo timina atuam como pontes formando ligações diéster entre as moléculas de desoxirribose.
DNA Polimerase Dirigida por DNA
DNA polimerases dependentes de DNA, encontradas em células bacterianas, animais e vegetais. Durante o processo de replicação, estas enzimas catalisam a adição de resíduos de desoxirribonucleotídeos até a extremidade de uma fita de DNA na presença de DNA como molde-iniciador. Também possuem atividade de exonuclease e por isso funcionam no reparo de DNA.
Exodesoxirribonucleases
Família de enzimas que catalisam a clivagem exonucleolítica de DNA. Inclui membros da classe EC 3.1.11 que formam 5'-fosfomonoésteres como produtos de clivagem.
Especificidade por Substrato
Recombinação Genética
Produção de novos arranjos de DNA por vários mecanismos, como agrupamento e segregação, INTERCÂMBIO, CONVERSÃO GÊNICA, TRANSFORMAÇÃO GENÉTICA, CONJUGAÇÃO GENÉTICA, TRADUÇÃO GENÉTICA ou infecção de vírus mistos.
RNA Nucleotidiltransferases
Enzimas que catalisam a incorporação dirigida por molde dos ribonucleotídeos a uma cadeia de RNA. EC 2.7.7.-.
Bacteriófago M13
Bacteriófago temperado do gênero INOVIRUS que infecta enterobactérias, especialmente E. coli. É um fago filamentoso que consiste de DNA de fita única e é circularmente permutado.
Adenosina Trifosfatases
Sítios de Ligação
Renaturação de Ácido Nucleico
Sequência de Aminoácidos
Reparo do DNA
Reconstrução de uma molécula contínua de DNA de fita dupla, sem incorreções, a partir de uma molécula contendo regiões lesadas. Os principais mecanismos de reparo são o reparo de excisão, em que as regiões defeituosas de uma fita são extirpadas e ressintetizadas, usando-se as informações de pareamento das bases complementares da fita intata; reparo de foto-reativação, em que os efeitos letais e mutagênicos da luz ultravioleta são eliminados; e reparo pós-replicação, em que as lesões primárias não são reparadas, mas as lacunas de uma dúplex filha são preenchidas por meio da incorporação de porções da outra dúplex filha (não danificada). Os reparos de excisão e de pós-replicação às vezes são chamados de "reparo escuro" porque não exigem luz.
Mutação
Endonucleases
Enzimas que catalisam a hidrólise de ligações internas e com isso formam polinucleotídeos ou oligonucleotídeos a partir das cadeias de ribo ou desoxirribonucleotídeos.
RNA de Cadeia Dupla
RNA que consiste de duas fitas ao contrário do mais prevalente RNA de fita única. A maior parte dos segmentos de dupla fita são formados a partir da transcrição do DNA por pareamento intramolecular de sequências de bases complementares invertidas separadas por uma alça de fita única. Alguns segmentos de dupla fita de RNA ocorrem normalmente em todos os organismos.
Polidesoxirribonucleotídeos
Grupo de 13 ou mais desoxirribonucleotídeos nos quais os resíduos fosfato de cada desoxirribonucleotídeo atuam como pontes formando ligações diéster entre as moléculas de desoxirribose.
Vírus de DNA
Vírus cujo ácido nucleico é o DNA.
Bacteriófago T7
Bacteriófago (família PODOVIRIDAE) virulento e representante do gênero fagos similares ao T7 que infecta E. coli. Consiste em DNA linear, bicatenário, com terminação redundante e não permutado.
Modelos Moleculares
Bacteriófago T4
Bacteriófago virulento (representante do gênero de Fagos semelhantes ao T4, família MYOVIRIDAE) que infecta E. coli, sendo o fago T mais conhecido. Seu virion contém DNA linear, bicatenário, com terminação redundante e permuta circular.
Ácidos Nucleicos Heteroduplexes
Moléculas de ácidos nucleicos de dupla fita (DNA-DNA ou DNA-RNA) que contêm regiões de nucleotídeos desemparelhados (não complementares). In vivo, esses heteroduplexes podem resultar da mutação ou recombinação genética; in vitro, eles são formados por hibridização de ácidos nucleicos. A análise por microscopia eletrônica dos heteroduplexes resultantes facilita o mapeamento de regiões de sequência de base homóloga de ácidos nucleicos.
Hibridização de Ácido Nucleico
Técnica amplamente usada que explora a capacidade de sequências complementares de DNAs ou RNAs de fita simples para parear entre si formando uma dupla hélice. A hibridização pode ocorrer entre duas sequências complementares de DNA, entre DNA de fita simples e um RNA complementar, ou entre duas sequências de RNA. A técnica é usada para detectar e isolar sequências específicas, medir homologia, ou definir outras características de uma ou ambas as cadeias. (Tradução livre do original: Kendrew, Encyclopedia of Molecular Biology, 1994, p503)
Proteínas de Escherichia coli
Proteínas obtidas de ESCHERICHIA COLI.
Quebras de DNA de Cadeia Simples
Rupturas em uma das fitas do eixo açúcar-fosfato do DNA de dupla fita.
Telômero
Exodesoxirribonuclease V
Fagos T
Série de 7 fagos virulentos que infectam E. coli. Os fagos T-pares, T2, T4 (BACTERIÓFAGO T4), T6 e o fago T5 são chamados de "virulentos autônomos" pois param todo o metabolismo bacteriano mediante infecção. Os fagos T1, T3 (BACTERIÓFAGO T3) e T7 (BACTERIÓFAGO T7) são chamados de "virulentos dependentes" pois dependem da continuidade do metabolismo bacteriano durante o ciclo lítico. Os fagos T-pares contêm 5-hidroximetilcitosina no lugar da citosina (comum em seu DNA).
Vírus de RNA
Vírus cujo material genético é RNA.
Polinucleotídeos
Polinucleotídeos são longas cadeias de nucleotídeos unidos por ligações fosfodiéster, frequentemente encontrados em ácidos nucléicos como DNA e RNA.
DNA Super-Helicoidal
Polimorfismo Conformacional de Fita Simples
Variação em uma sequência no DNA da população, a qual é detectada determinando-se alterações na conformação dos fragmentos de DNA desnaturados. Estes são renaturados sob condições que impedem a formação de DNA de fita dupla, mas permitem que se forme uma estrutura secundária em fragmentos de fita simples. Estes fragmentos são então analisados em gel de poliacrilamida para se detectar variação na estrutura secundária, que se manifesta como alteração na migração através de géis.
Proteínas de Ligação a Telômeros
Replicação Viral
Processo de multiplicação viral intracelular que consiste em síntese de PROTEÍNAS, ÁCIDOS NUCLEICOS, e às vezes LIPÍDEOS, e sua reunião em uma nova partícula infecciosa.
Endodesoxirribonucleases
Grupo de enzimas que catalisam a clivagem endonucleolítica do DNA. Incluem membros de EC 3.1.21.-, EC 3.1.22.-, EC 3.1.23.- (ENZIMAS DE RESTRIÇÃO DO DNA), EC 3.1.24.- (ENZIMAS DE RESTRIÇÃO DO DNA), e EC 3.1.25.-.
DNA Polimerase III
DNA polimerase dependente de DNA, caracterizada em E.coli e outros organismos inferiores (mas pode estar presente em organismos superiores). Utilizada também para uma forma mais complexa de DNA polimerase III (designada DNA polimerase III* ou pol III*), com atividade biológica 15 vezes maior (na síntese de DNA) que a da DNA polimerase I. Esta polimerase tem atividade de exonuclease (3'-5' e 5'-3'), é inibida por reagentes sulfidrílicos e tem a mesma dependência do molde-iniciador como a pol II (EC 2.7.7.7).
Centrifugação com Gradiente de Concentração
Primers do DNA
Sequências curtas (geralmente em torno de 10 pares de bases) de DNA que são complementares à sequência do RNA mensageiro e permite a transcriptase reversa, copiando as sequências adjacentes de RNAm. Os primers são utilizados largamente em técnicas de biologia molecular e genética.
Rad51 Recombinase
Rec A recombinase encontrado em eucariontes. Rad51 está envolvido na ruptura da fita dupla no REPARO DO DNA.
Clonagem Molecular
Inserção de moléculas de DNA recombinante de origem procariótica e/ou eucariótica em um veículo replicante, tal como um plasmídeo ou vírus vetores, e a introdução das moléculas híbridas resultantes em células receptoras, sem alterar a viabilidade dessas células.
Trifosfato de Adenosina
Nucleotídeo de adenina contendo três grupos fosfatos esterificados à porção de açúcar. Além dos seus papéis críticos no metabolismo, o trifosfato de adenosina é um neurotransmissor.
Endonucleases Específicas para DNA e RNA de Cadeia Simples
Enzimas que catalisam a clivagem endonucleolítica de regiões de fita simples de moléculas DNA ou de RNA, enquanto deixam as regiões de dupla fita intactas. São particularmente úteis no laboratório para a produção de moléculas de DNA com extremidades cegas a partir de DNA com extremidades em fita simples e para TÉCNICAS GENÉTICAS sensíveis, como os ENSAIOS DE PROTEÇÃO DE NUCLEASES que envolvem a detecção de DNA fita simples ou de RNA.
Eletroforese em Gel de Poliacrilamida
Ácidos Nucleicos
Polímeros de alto peso molecular contendo uma mistura de nucleotídeos purínicos e pirimidínicos encadeados por ligações ribose ou desoxirribose.
Dano ao DNA
Lesões no DNA que introduzem desvios em relação a sua conformação normal e que, se não reparadas, resultam em uma MUTAÇÃO ou bloqueio da REPLICAÇÃO DO DNA. Esses desvios podem ser causados por agentes físicos ou químicos e ocorrem tanto em circunstâncias naturais ou não. Incluem a introdução de bases erradas durante a replicação, seja por desaminação ou outras modificações de bases, perda de uma base da cadeia do DNA, deixando um local sem base, quebras da fita simples, quebra da dupla hélice e ligações intrafita (DÍMEROS DE PIRIMIDINA) ou interfita. Na maioria das vezes, o dano pode ser reparado (REPARO DO DNA). Se o dano for extenso, pode induzir APOPTOSE.
Saccharomyces cerevisiae
Linhagem Celular
Estrutura Terciária de Proteína
Nível de estrutura proteica em que estruturas das proteínas secundárias (alfa hélices, folhas beta, regiões de alça e motivos) se combinam dando origem a formas dobradas denominadas domínios. Pontes dissulfetos entre cisteínas em duas partes diferentes da cadeia polipeptídica juntamente com outras interações entre as cadeias desempenham um papel na formação e estabilização da estrutura terciária. As proteínas pequenas, geralmente são constituídas de um único domínio, porém as proteínas maiores podem conter vários domínios conectados por segmentos da cadeia polipeptídica que perdeu uma estrutura secundária regular.
Microscopia Eletrônica
Microscopia que utiliza um feixe de elétrons, em vez de luz, para visualizar a amostra, permitindo assim uma grande amplificação. As interações dos ELÉTRONS com as amostras são usadas para fornecer informação sobre a estrutura fina da amostra. Na MICROSCOPIA ELETRÔNICA DE TRANSMISSÃO, as reações dos elétrons transmitidas através da amostra são transformadas em imagem. Na MICROSCOPIA ELETRÔNICA DE VARREDURA, um feixe de elétrons incide em um ângulo não normal sobre a amostra e a imagem é formada a partir de reações que ocorrem acima do plano da amostra.
Temperatura Ambiente
Oligorribonucleotídeos
Grupo de ribonucleotídeos (até 12) no qual os resíduos fosfato de cada ribonucleotídeo atuam como pontes na formação das ligações diéster entre as porções de ribose.
Raios Ultravioleta
Parte do espectro da [radiação] eletromagnética imediatamente abaixo da faixa visível, e se estendendo para as frequências dos raios X. Os comprimentos de onda maiores (raios UV próximos, ou bióticos, ou vitais) são necessários à síntese endógena da vitamina D, sendo ainda chamados raios antirraquíticos; os comprimentos de onda menores, ionizantes (raios UV distantes, ou abióticos, ou incompatíveis com a vida) são viricidas, bactericidas, mutagênicos e carcinogênicos, sendo usados como desinfetantes.
Parvoviridae
DNA Polimerase I
DNA polimerase dependente de DNA, caracterizada em procariotos, e que pode estar presente em organismos superiores. Tem tanto atividade de exonuclease 3'-5'quanto 5'-3', mas não pode usar o DNA de fita dupla nativo como molde-iniciador. Não é inibida por reagentes sulfidrílicos e é ativa tanto na síntese quanto no reparo do DNA. Ec 2.7.7.7.
Desoxirribonucleoproteínas
Proteína Rad52 de Recombinação e Reparo de DNA
Enzimas de Restrição do DNA
Enzimas que são parte dos sistemas de restrição-modificação. Catalisam a clivagem endonucleolítica de sequências de DNA que não possuem o padrão de metilação da espécie no DNA da célula hospedeira. A clivagem produz fragmentos ao acaso, ou específicos de fita dupla, com 5'-fosfatos terminais. A função das enzimas de restrição é destruir qualquer DNA estranho que invada a célula hospedeira. A maioria tem sido estudada em sistemas bacterianos, mas poucos foram encontradas em organismos eucariotos. Também são usadas como ferramentas na dissecção sistemática e no mapeamento dos cromossomos, na determinação da sequência de bases do DNA, e tornaram possível cortar e recombinar genes de um organismo no genoma de outro. EC 3.21.1.
Origem de Replicação
Única sequência de DNA de um replicon, em que a REPLICAÇÃO DO DNA é iniciada e segue bidirecionalmente ou unidirecionalmente. Contém os sítios onde ocorre a primeira separação das fitas complementares, sintetiza-se um primeiro RNA, e ocorre a troca do primeiro RNA à síntese de DNA. (Tradução livre do original: Rieger et al., Glossary of Genetics: Classical and Molecular, 5th ed).
Proteínas Recombinantes
Proteínas preparadas através da tecnologia de DNA recombinante.
Eletroforese em Gel de Ágar
Geminiviridae
Família de vírus de plantas, nas quais o VÍRION apresenta uma morfologia incomum que consiste em um par de partículas isométricas. A transmissão ocorre via cigarrinhas verdes ou moscas brancas. Alguns vírus causam doenças de importância econômica no cultivo de plantas. Há quatro gêneros: Mastrevirus, Curtovirus, Topocuvirus e BEGOMOVIRUS.
Polirribonucleotídeos
Grupo de 13 ou mais ribonucleotídeos nos quais os resíduos fosfato de cada ribonucleotídeo atuam como pontes formando ligações diéster entre as moléculas ribose.
Transcrição Genética
Cloreto de Magnésio
Células HeLa
A primeira LINHAGEM CELULAR humana maligna continuamente cultivada, derivada do carcinoma cervical de Henrietta Lacks. Estas células são utilizadas para a CULTURA DE VÍRUS e em ensaios de mapeamento de drogas antitumorais.
Proteínas de Ligação a RNA
Proteínas que se ligam a moléculas de RNA. Aqui estão incluídas as RIBONUCLEOPROTEÍNAS e outras proteínas, cuja função é ligar-se especificamente ao RNA.
Pareamento de Bases
Deinococcus
Gênero de cocus Gram-positivos, aeróbicos, encontrados no solo, altamente resistentes à radiação (especialmente à RADIAÇÃO IONIZANTE). O Deinococcus radiodurans é o representante da espécie.
Guanina
Nucleotídeos
DNA Topoisomerases Tipo I
DNA TOPOISOMERASE que catalisa a quebra, independente de ATP, de uma das duas fitas de DNA, seguida pela passagem da fita não quebrada através da quebra, e reajuntamento da fita quebrada. As enzimas DNA Topoisomerases Tipo I realiza reduzem o estresse topológico na estrutura do DNA através do relaxamento das voltas da super-hélice no DNA e dos anéis nodulares na hélice do DNA.
Magnésio
DNA Polimerase II
DNA polimerase dependente de DNA, caracterizada em E.coli e outros organismos inferiores. Pode estar presente em organismos superiores e tem uma atividade molecular intrínseca de apenas 5 por cento daquela da DNA Polimerase I. Esta polimerase tem atividade de exonuclease 3'-5', age apenas em DNA de fita dupla com brechas, ou nos terminais de fita única menores do que 100 nucleotídeos como molde, e é inibida por reagentes sulfidrílicos. EC 2.7.7.7.
Conformação Proteica
Forma tridimensional característica de uma proteína, incluindo as estruturas secundária, supersecundária (motivos), terciária (domínios) e quaternária das cadeias peptídicas. A ESTRUTURA QUATERNÁRIA DE PROTEÍNA descreve a conformação assumida por proteínas multiméricas (agregados com mais de uma cadeia polipeptídica).
Proteínas de Saccharomyces cerevisiae
Proteínas obtidas da espécie SACCHAROMYCES CEREVISIAE. A função de proteínas específicas deste organismo são objeto de intenso interesse científico e têm sido usadas para obter a compreensão básica sobre o funcionamento de proteínas semelhantes em eucariontes superiores.
RNA Polimerases Dirigidas por DNA
Grupo de enzimas que catalisa a extensão dirigida pelo DNA molde, do terminal 3'de uma fita de RNA, um nucleotídeo de cada vez. Podem iniciar uma cadeia de novo. Em eucariotos, três formas da enzima foram identificadas de acordo com a sensibilidade à alfa-amanitina e o tipo de RNA sintetizado. (Tradução livre do original: Enzyme Nomenclature, 1992).
Resposta SOS (Genética)
Mecanismo propenso a erro ou conjunto de funções para reparar o DNA microbiano danificado. As funções de SOS (um conceito derivado do SOS do sinal internacional de perigo) estão envolvidas no reparo e na mutagênese do DNA, na inibição da divisão celular, na recuperação das condições fisiológicas normais depois do reparo do DNA e, possivelmente, na morte celular quando o dano no DNA é extenso.
Homologia de Sequência de Aminoácidos
DNA Nucleotidiltransferases
Dependovirus
Gênero da família PARVOVIRIDAE, subfamília PARVOVIRINAE, que é dependente da co-infecção com adenovírus auxiliares ou vírus de herpes para replicação eficiente. A espécie típica é o vírus adeno-associado 2.
Quadruplex G
Estruturas de RNA e DNA de ordem superior formadas por sequências ricas em guanina. São formados em torno de um núcleo de ao menos duas tétrades empilhadas da base GUANINA ligadas por pontes de hidrogênio. Podem ser formados por uma, duas ou quatro fitas separadas de DNA (ou RNA) e podem mostrar uma ampla variedade de topologias, que são consequência de várias combinações da direção das fitas, comprimento e sequência (Tradução livre do original: Nucleic Acids Res 2006; 34(19): 5402-15).
Citosina
Base pirimídica que é uma unidade fundamental dos ácidos nucleicos.
Sondas de DNA
Espécies ou subespécies específicas de DNA (incluindo DNA COMPLEMENTAR, genes conservados, cromossomos inteiros ou genomas inteiros) utilizados em estudos de hibridização para identificar micro-organismos, medir as homologias DNA-DNA ou agrupar subespécies, etc. A sonda de DNA hibridiza-se com o RNAm específico, se presente. Técnicas convencionais usadas como teste para produtos de hibridização incluem ensaios dot blot, ensaios de Southern blot e testes de anticorpo específico de híbrido DNA:RNA. Marcadores convencionais para sondas DNA incluem radioisótopos 32P e 125I e o marcador químico biotina. O uso de sondas DNA proporciona uma substituição específica, sensível, rápida e barata de técnicas de cultura celular para diagnosticar infecções.
DnaB Helicases
Família de DNA helicases que participa da REPLICAÇÃO DE DNA. Assemelham-se a anéis hexaméricos com um canal central e uma fita de DNA desenrolada na direção 5' para 3'. Para a maioria dos organismos procarióticos as DNAB helicases é considerada a principal helicase replicativa.
Ligação Competitiva
RecQ Helicases
Família de DNA helicases estruturalmente relacionadas que desempenha um importante papel na manutenção da integridade do genoma. As RecQ helicases foram descobertas originalmente em E. COLI e são altamente conservadas em organismos procarióticos e eucarióticos. Mutações genéticas que resultam na perda da atividade da RecQ helicase geram distúrbios que estão associadas com predisposição ao CÂNCER e envelhecimento prematuro.
RNA Helicases
Família de proteínas que promovem o desenrolamento de RNA durante a quebra e tradução.
Substâncias Macromoleculares
Compostos e complexos moleculares que consistem de grandes quantidades de átomos e possuem geralmente tamanho superior a 500 kDa. Em sistemas biológicos, substâncias macromoleculares geralmente podem ser visualizadas através de MICROSCOPIA ELETRÔNICA e são diferenciadas de ORGANELAS pela ausência de uma estrutura de membrana.
Mutagênese
Processo de gerar MUTAÇÃO genética. Pode ocorrer espontaneamente ou ser induzido por MUTÁGENOS.
Núcleo Celular
Corpo, limitado por uma membrana, localizado no interior das células eucarióticas. Contém cromossomos e um ou mais nucléolos (NUCLÉOLO CELULAR). A membrana nuclear consiste de uma membrana dupla que se apresenta perfurada por certo número de poros; e a membrana mais externa continua-se com o RETÍCULO ENDOPLÁSMICO. Uma célula pode conter mais que um núcleo.
RNA Bacteriano
Reação em Cadeia da Polimerase
Método in vitro para produção de grandes quantidades de DNA específico ou fragmentos de RNA de comprimento definido de pequenas quantidades de oligonucleotídeos curtos de sequências flanqueantes (iniciadores ou "primers"). O passo essencial inclui desnaturação térmica de moléculas alvo da dupla fita, reassociação dos primers a suas sequências complementares e extensão do iniciador reassociado pela síntese enzimática com DNA polimerase. A reação é eficiente, específica e extremamente sensível. A utilização da reação inclui diagnóstico de doenças, detecção de patógenos difíceis de se isolar, análise de mutações, teste genético, sequenciamento de DNA e análise das relações evolutivas.
Endorribonucleases
Família de enzimas que catalisam a clivagem endonucleolítica do RNA. Inclui EC 3.1.26.-, EC 3.1.27.-, EC 3.1.30.- e EC 3.1.31.-.
Relação Estrutura-Atividade
Nanoporos
Sequências Repetitivas de Ácido Nucleico
Sequências de DNA ou RNA que ocorrem em múltiplas cópias. Há vários tipos de sequências: SEQUÊNCIAS REPETITIVAS DISPERSAS que são cópias de ELEMENTOS DE DNA TRANSPONÍVEIS ou RETROELEMENTOS dispersos por todo o genoma. SEQUÊNCIAS REPETIDAS TERMINAIS flanqueiam ambos os terminais de outra sequência, por exemplo, repetições terminais longas (LTRs) nos RETROVÍRUS. As variações podem ser repetições diretas, que ocorrem na mesma direção ou repetições invertidas, aquelas com direções opostas umas as outras. As SEQUÊNCIAS REPETIDAS EM TANDEM são cópias que permanecem adjacentes umas às outras, diretas ou invertidas (SEQUÊNCIAS REPETIDAS INVERTIDAS).
Uracila
Cromatografia de Afinidade
Proteínas Nucleares
Proteínas encontradas no núcleo de uma célula. Não se deve confundir com NUCLEOPROTEÍNAS, que são proteínas conjugadas com ácidos nucleicos, que não estão necessariamente no núcleo.
Poli U
Grupo de ribonucleotídeos uridina nos quais os resíduos fosfato de cada ribonucleotídeo uridina atuam como pontes formando ligações diéster entre as moléculas de ribose.
Poli C
Grupo de ribonucleotídeos citosina nos quais os resíduos fosfato de cada ribonucleotídeo citosina atuam como pontes formando ligações diéster entre as moléculas de ribose.
Termodinâmica
Poli G
Grupo de ribonucleotídeos guanina nos quais os resíduos fosfato de cada ribonucleotídeo guanina atuam como pontes formando ligações diéster entre as moléculas de ribose.
Alinhamento de Sequência
Combinação de dois ou mais aminoácidos ou sequências de bases de um organismo ou organismos de tal forma a alinhar áreas das sequências de distribuição das propriedades comuns. O grau de correlação ou homologia entre as sequências é previsto computacionalmente ou estatisticamente, baseado nos pesos determinados dos elementos alinhados entre as sequências. Isto pode servir como um indicador potencial de correlação genética entre os organismos.
Ribonucleoproteínas Nucleares Heterogêneas
Família de ribonucleoproteínas que foram originalmente encontradas como proteínas ligadas aos transcritos de RNA recém-formados sob a forma de partículas de ribonucleoproteínas. Embora sejam consideradas ribonucleoproteínas, são classificadas principalmente pelo seu componente proteico. Estão envolvidas em vários processos, como empacotamento de RNA e TRANSPORTE DE RNA dentro do núcleo. Um subgrupo de ribonucleoproteínas nucleares heterogêneas está envolvido em outras funções, como transporte nucleocitoplasmático (TRANSPORTE ATIVO DO NÚCLEO CELULAR) de RNA e a estabilidade do RNAm no CITOPLASMA.
Ribonucleoproteínas Nucleares Heterogêneas Grupo A-B
Classe de ribonucleoproteínas nucleares heterogêneas intimamente relacionadas com aproximadamente 34 a 40 kDa. Embora, de modo geral, sejam encontradas no nucleoplasma, elas também se deslocam entre o núcleo e o citoplasma. Verificou-se que os membros desta classe atuam no transporte do RNAm, biogênese do telômero e no PROCESSAMENTO DE RNA.
Isótopos de Fósforo
Sais
Cristalografia por Raios X
Aptâmeros de Nucleotídeos
Sequências nucleotídicas geradas por ciclos iterativos na TÉCNICA DE SELEÇÃO DE APTÂMEROS, que se ligam especificamente, e com alta afinidade, a uma molécula alvo.
Levivirus
Gênero de bacteriófagos (família LEVIVIRIDAE) cujos vírus contêm a versão curta do genoma e possuem um gene separado para lise celular.
Modelos Genéticos
Vírus 40 dos Símios
Técnica de Seleção de Aptâmeros
Método para gerar uma grande biblioteca de nucleotídeos aleatórios e selecionar os NUCLEOTÍDEOS APTÂMEROS por etapas iterativas de seleção in vitro. Um procedimento modificado substitui AMINOÁCIDOS em lugar de NUCLEOTÍDEOS para gerar PEPTÍDEOS APTÂMEROS.
Quebras de DNA de Cadeia Dupla
Interrupções adjascentes no eixo açúcar-fosfato em ambas as fitas do DNA.
Reagentes para Ligações Cruzadas
Reagentes com dois grupos reativos, geralmente em extremidades opostas da molécula, que são capazes de reagir e assim formar pontes entre as cadeias laterais de aminoácidos nas proteínas; os sítios naturalmente reativos nas proteínas podem assim ser identificados; podem ser usados também com outras macromoléculas, como as glicoproteínas, ácidos nucleicos ou outros.
Cátions Bivalentes
Timina
Timina é uma base nitrogenada pirimidínica presente no DNA, que forma pares de bases com a adenina através de ligações Wasserman e participa da codificação dos genes.
Citidina Desaminase
Enzima que catalisa a desaminação da citidina, formando uridina. EC 3.5.4.5.
Nucleotídeos de Desoxiadenina
Deleção de Sequência
Deleção das sequências dos ácidos nucleicos a partir do material genético de um indivíduo.
Poli dA-dT
Polidesoxirribonucleotídeos feitos de nucleotídeos desoxiadenina e timina. Presentes em preparações de DNA isolados de espécies de caranguejos. Preparações sintéticas foram extensivamente utilizadas no estudo do DNA.
Mapeamento por Restrição
Uso de endonucleases de restrição para analisar e gerar um mapa físico de genomas, genes ou outros segmentos de DNA.
Nanovirus
Gênero de vírus (família NANOVIRIDAE ) contendo várias moléculas circulares de DNA monocatenário. A espécie típica é o Vírus do Nanismo do Trevo Subterrâneo.
Análise de Sequência de DNA
Processo de vários estágios que inclui clonagem, mapeamento físico, subclonagem, determinação da SEQUÊNCIA DE DNA e análise de informação.
Nucleosídeo-Trifosfatase
Enzima que catalisa a hidrólise de nucleosídeos trifosfatos a nucleosídeos difosfatos. Também pode catalisar a hidrólise de nucleotídeos trifosfatos, difosfatos, tiaminas difosfatos e FAD. O nucleosídeo trifosfato fosfohidrolases I e II são subtipos de enzimas encontradas em sua maioria nos vírus.
Trítio
Mutagênese Sítio-Dirigida
MUTAGÊNESE geneticamente construída em um ponto específico na molécula de DNA que introduz uma substituição, inserção ou deleção de uma base.
Fagos de Pseudomonas
Hidroxiapatitas
Fases de Leitura Aberta
Pareamento Incorreto de Bases
Presença de uma base não complementar no DNA de dupla fita, causado por desaminação espontânea da citosina ou adenina. O pareamento incorreto ocorre durante a recombinação homóloga, ou por erros na replicação do DNA. Vários pares de bases incorretas levam à formação de DNA heteroduplexes (ÁCIDOS NUCLEICOS HETERODUPLEXES).
RNA Mensageiro
Sequências de RNA que servem como modelo para a síntese proteica. RNAm bacterianos são geralmente transcritos primários pelo fato de não requererem processamento pós-transcricional. O RNAm eucariótico é sintetizado no núcleo e necessita ser transportado para o citoplasma para a tradução. A maior parte dos RNAm eucarióticos têm uma sequência de ácido poliadenílico na extremidade 3', denominada de cauda poli(A). Não se conhece com certeza a função dessa cauda, mas ela pode desempenhar um papel na exportação de RNAm maduro a partir do núcleo, tanto quanto em auxiliar na estabilização de algumas moléculas de RNAm retardando a sua degradação no citoplasma.
Catálise
Vírus Miúdo do Camundongo
Uracila-DNA Glicosidase
Homologia de Sequência do Ácido Nucleico
Correspondência sequencial de nucleotídeos em uma molécula de ácido nucleico com os de outras moléculas de ácido nucleico. A homologia de sequência é uma indicação da relação genética de organismos diferentes e a função gênica.
Cromatografia
Técnicas usadas para separar misturas de substâncias baseando-se nas diferenças das afinidades relativas das substâncias nas fases móvel e estacionária. A fase móvel (líquido ou gás) passa direto por uma coluna contendo uma fase estacionária de sólido poroso ou líquido revestindo um suporte sólido. O tratamento é tanto analítico para quantidades pequenas como preparatório para quantidades grandes.
Nucleotídeos de Timina
Fosfato ésteres de TIMINA em ligação N-glicosídica com ribose ou desoxirribose, tal como ocorre no ácido nucleico.
Sondas de Oligonucleotídeos
Oligonucleotídeos sintéticos ou naturais usados em estudos de hibridização para a identificação e estudo de fragmentos de ácidos nucleicos específicos, por exemplo, fragmentos de DNA próximos ou no interior de um gem ou locus específico. A sonda hibridiza-se com um RNAm específico, se presente. Técnicas convencionais usadas para o teste do produdo de hibridização incluem ensaios dot blot, ensaios Sounthern blot, e testes de anticorpos específicos para o híbrido DNA:RNA. Marcadores convencionais para a sonda incluem os marcadores radioisótopos 32P e 125I e o marcador químico biotina.
Cromatografia DEAE-Celulose
Tipo de cromatografia de troca iônica que utiliza dietilaminoetil celulose (DEAE-CELULOSE) como uma resina positivamente carregada.
RNA Replicase
Desoxirribonucleotídeos
Receptor 7 Toll-Like
Transformação Genética
Troca causada na composição genética do organismo, por meio de uma transferência unidirecional (TRANSFECÇÃO, TRADUÇÃO GENÉTICA, CONJUGAÇÃO GENÉTICA, etc.) e incorporação de DNA estranho dentro de células procarióticas ou eucarióticas por recombinação de parte ou de todo aquele DNA para dentro do genoma da célula.
Microviridae
Grande família de bacteriófagos líticos que infectam enterobactérias, SPIROPLASMA, BDELLOVIBRIO e CHAMYDIA. Constituída por quatro gêneros: MICROVIRUS, Spiromicrovirus, Bdellomicrovirus e Chlamydiamicrovirus.
Ribonucleotídeos
Cromatografia em Gel
Regiões Promotoras Genéticas
Receptor 8 Toll-Like
Receptor de reconhecimento de padrões que reconhece o RNA monocatenário rico em GUANOSINA e URIDINA.
Ensaio de Desvio de Mobilidade Eletroforética
Técnica eletroforética para identificar a ligação de um composto a outro qualquer. De modo geral, um dos compostos é marcado para que sua mobilidade na eletroforese seja acompanhada. Se o composto marcado estiver unido a outro, então, a mobilidade do composto marcado no meio eletroforético será retardada.
Vetores Genéticos
Moléculas de DNA capazes de replicação autônoma dentro de uma célula hospedeira, na qual outras sequências de DNA podem ser inseridas e amplificadas. Muitos são provenientes de PLASMÍDEOS, BACTERIÓFAGOS ou VÍRUS. São usados para transportar genes estranhos às células receptoras. Os vetores genéticos possuem um local de replicação funcional e contêm MARCADORES GENÉTICOS para facilitar seu reconhecimento seletivo.
DNA Glicosilases
Família de enzimas de reparo do DNA que reconhecem bases de nucleotídeos danificadas e as eliminam por meio da hidrólise da ligação N-glicosídica que as une à estrutura glicídica da molécula de DNA. O processo, denominado reparo por excisão de base, pode ser completado por uma DNA LIASE (SÍTIOS APURÍNICOS OU APIRIMIDÍNICOS) que corta o açúcar RIBOSE restante do DNA.
Modelos Biológicos
Representações teóricas que simulam o comportamento ou a actividade de processos biológicos ou doenças. Para modelos de doença em animais vivos, MODELOS ANIMAIS DE DOENÇAS está disponível. Modelos biológicos incluem o uso de equações matemáticas, computadores e outros equipamentos eletrônicos.
Nucleoproteínas
Proteínas conjugadas com ácidos nucleicos.