En DNA-glykosylase är ett enzym som bryter kovalenta bindningar mellan basen och den deoxyribos-fosfatbakgrund som utgör DNA:s dubbelhelix. Dessa enzymer spelar en viktig roll i reparationen av skada på DNA, särskilt skador orsakade av oxidativ stress eller mutagena substanser. Genom att bryta bindningen mellan basen och bakgrunden kan den skadade basen tas bort och ersättas med en korrekt bas, vilket hjälper till att återställa DNA:t till dess ursprungliga sekvens.
Nukleosidaser är en grupp av enzymer som bryter ned nukleosider till en bas och en pentos (sötningsmedel) genom hydrolys. De spelar därför en viktig roll i nedbrytningen och metabolismen av nukleinsyror.
DNA-Formamidpyrimidinglykosylas (FPG) är ett enzym som främjar reparation av DNA-skador genom att klyva en specifik typ av skada, nämligen lesioner orsakade av oxidativ stress. FPG binder till den skadade basen och klipper ut den från DNA-strängen, vilket möjliggör för cellens reparationssystem att ersätta den med en korrekt bas. Den specifika typen av lesion som FPG tar hand om är så kallade formamidpyrimidinger, vilka bildas när baserna i DNA utsätts för oxidativ stress och då deformeras på ett sätt som kan störa replikationen och transkriptionen.
'Uracil-DNA-glycosylase' är ett enzym som katalyserar reparationen av DNA genom att taa bort uracilbaser från DNA-strängar, där de eventuellt har uppstått på grund av spontan hydrolys av cytosinbaser eller felaktig syntes. Detta är en viktig del i cellens mekanism för att korrigera replikationsfelet och underhålla genombestämmande integriteten.
Tymin-DNA-glykosylas är ett enzym som katalyserar första steget i basexcisionsreparationen av DNA, där det tar bort den skadade eller felplacerade tyminbasen från DNA-strängen. Detta gör att cellen kan reparera och korrigera mutationer eller skador på DNA:t, vilket är viktigt för att undvika genetiska missbildningar och cancersjukdomar.
Rekonstruktion av en sammanhängande, dubbelsträngad DNA-molekyl utan felparning utifrån en molekyl med skadade områden. De viktigaste typerna av reparationsmekanismer är: excisionsreparation, där defekta områden i en sträng tas ut och återsyntetiseras med hjälp av den information som de komplementära basparen i den hela strängen innehåller; ljusåteraktiveringsreparation, som innebär att de nedbrytande och mutagena effekterna av UV-strålning elimineras; samt postreplikationsreparation, där de primära skadorna inte repareras, men där gapen i en dotterdubbelsträng fylls med delar av den andra, oskadade duplexdottern. Excisionsreparation och postreplikationsreparation kallas ibland för "mörk reparation", eftersom de inte kräver ljus.
I en enkel medicinsk definition är ett hydantoin en typ av kemisk förening som innehåller en hydantoinring, en fem-ledad ringstruktur som består av två kolatomer, två kväveatomer och en syreatom.
Pentoxifylline är ett kardiovaskulärt läkemedel som används för att behandla perifera artärsjukdom (små blodkärl i extremiteterna), klåda och svullnad orsakad av blodproppar. Det fungerar genom att öka rörelsen av de röda blodkropparna, förbättra blodflödet och minska viskositeten i blodet. Pentoxifylline kan också användas off-label för behandling av andra tillstånd såsom multipel skleros och sjukdomar i njurarna.
Uracil är en av de nucleotider som förekommer i RNA, där det ersätter tymin som en beståndsdel i en del av RNA:s building block, ribonukleotider. Uracil är en pyrimidinbas och har en liknande struktur som tymin, men saknar en metylgrupp som tymin innehåller. Det spelar en viktig roll i kopiering och syntes av RNA under cellens normala funktioner.
Organisk bas, 6-oxi-2-aminopurin (C5H5N5O). Det ingår i guaninnukleotider.
Enzymer som katalyserar klyvningen av kol-syrebindningar på annat sätt än genom hydrolys eller oxidation. EC 4.2.
En grupp enzymer som katalyserar den endonukleolytiska delningen av DNA. De omfattar enzymklasserna EC 3.1.21.-, EC 3.1.23.- (DNA-restriktionsenzymer), EC 3.1.24.- (DNA-restriktionsenzymer) och EC 3.1.25.-.
Läkemedels- eller strålningsframkallade skador på DNA som medför avvikelser från den normala dubbelspiralkonformationen. Till dessa hör strukturella förvrängningar som stör replikation och transkription, samt punktmutationer som splittrar baspar och ger skadliga effekter på efterföljande generationer genom ändringar i DNA-sekvensen. Om skadan är av mindre omfattning kan den repareras (DNA-reparation), men stor skada kan leda till apoptos (celldöd).
En ordning av anaeroba, metanbildande bakterier i riket Euryarchaeota. De är pseudosarcina, kockoida eller höljeförsedda stavformade, och de kataboliserar metylgrupper. Cellväggen består av protein. Ordningen omfattar endast en familj, Methanococcaceae.
Ersättning av en aktiv vätejon med en alkylgrupp i en organisk förening.
"Thymine är en pyrimidinnukleotid som förekommer i DNA, där den bildar par med adenin genom två vätebindningar."
En pyrimidinbas som utgör en av de grundläggande enheterna i nukleinsyror.
En deoxiribonukleotidpolymer som utgör den grundläggande genetiska substansen i alla celler. Eukaryota och prokaryota organismer har normalt sitt DNA ordnat i dubbelsträngade strukturer, men i många viktiga biologiska processer ingår under vissa skeden enkla strängar. DNA, som består av en flersockerarts-fosfatstam med utskott av puriner (adenin och guanin) och pyrimidiner (tymin och cytosin), bildar en dubbelspiral som hålls ihop med vätebindningar mellan purinerna och pyrimidinerna (adenin mot tymin (AT) och guanin mot cytosin (GC)).
Ett purin och intermediärt reaktionsämne i adenosinomsättningen och vid bildandet av nukleinsyror via räddningsprocessen.
5-Methylcytosine (5mC) är en modifierad form av nukleotiden cytosin, som förekommer naturligt i DNA hos flera olika arter, inklusive människor. Det bildas genom en process som kallas DNA-metylering, där ett metylgrupp (CH3) adderas till den 5-karbonylpositionen på cytosinbasen.
Förekomst av en icke-komplementär bas i dubbelsträngat DNA orsakad av spontan deaminering av cytosin eller adenin, felaktig passning under homolog rekombination, eller fel i DNA-replikationen. Upprepa de, sekvensiella felanpassningar av baspar resulterar i heteroduplex-DNA.
Substratspecificitet beteferrer sig inom farmakologi och enzymologi till den egenskap hos ett enzym eller en receptor där det endast binder till och katalyserar (eller påverkar) vissa specifika substanser, molekyler eller läkemedel, känt som substrat. Det innebär att en given enzymtyp endast är aktivt mot en begränsad grupp av kemiska föreningar som har en viss strukturell och kemisk likhet. Substratspecificiteten bestäms av enzymernas tredimensionella struktur och den del av substratmolekylen som interagerar med aktiva sitet på enzymet.
En art gramnegativa, fakultativt anaeroba och stavformade bakterier som normalt förekommer i den nedre delen av tarmkanalen hos varmblodiga djur. Vanligtvis är den inte patogen, men vissa stammar kan ge upphov till diarré och variga infektioner. Syn. E. coli.
En viktig purinbas. I djur- och växtceller förekommer det vanligen kondenserat med ribos eller deoxyribos i nukleosiderna adenosin och deoxyadenosin. Det är således en komponent i nukleinsyror, vissa nukleotider och många koenzymer. Det finns i bukspottkörteln och mjälten.
Proteiner från Escherichia coli.
Ett DNA-reparationsenzym som katalyserar syntes av DNA vid basexcisionsreparation av DNA. EC 2.7.7.7.
Beskrivningar av specifika sekvenser av aminosyror, kolhydrater eller nukleotider som publicerats och/eller deponerats och hålls tillgängliga i databaser som t ex Genbank, EMBL, NBRF eller andra sekvensdataarkiv.
"Oligodeoxiribonukleotider (ODNs) är korta syntetiska enkelsträngade DNA-molekyler, som består av mellan några få upp till hundratals nukleotider."
Experimentella eller teoretiska modeller för undersökning av molekylers form, elektroniska egenskaper eller interaktioner. Hit hör även analoga molekyler, datorframställd grafik och mekaniska strukturer.
"Oxidation-reduction, or redox, refers to a type of chemical reaction where there is a transfer of electrons between two molecules, leading to a change in their oxidation state."
Purin- och pyrimidinföljden i nukleinsyror och polynukleotider. Kallas även nukleotid- eller nukleosidsekvens.
"Oligonukleotider" refererar till korta, syntetiska eller naturliga sekvenser av nukleotider, som är byggstenarna i DNA och RNA. Oligonukleotider kan vara upp till 20-25 nukleotider långa och används ofta inom molekylärbiologi för att undersöka specifika gener eller funktioner på genetisk nivå. De kan också användas som medicinska terapeutika, till exempel i form av antisense-oligonukleotider eller RNA-interferens, för att störta specifika proteiner som är involverade i sjukdomsprocesser.
Läran om förloppsdynamik i kemiska och fysikaliska system.
Aminosyrors ordningsföljd i en polypeptidkedja. Den utgör proteiners primärstruktur och är av avgörande betydelses för proteinkonfigurationen.
Thermoproteaceae is a family of archaea within the order Thermoproteales and the phylum Crenarchaeota. These extremophilic organisms are typically found in hot environments such as volcanic vents and hot springs, with optimum growth temperatures ranging from 75 to 105°C. They are characterized by their rod-shaped or filamentous morphology and the presence of a unique type of flagella called archaellum, which they use for movement. Thermoproteaceae species obtain energy through either chemolithotrophic or organotrophic metabolism, with some being sulfur-dependent. They play important roles in global carbon and sulfur cycling in extreme environments.
Varje påvisbar och ärftlig förändring i det genetiska materialet som medför ändrad genotyp och som överförs till dotterceller och efterföljande generationer.
De reaktiva områden på en makromolekyl som är direkt envolverade i dess specifika sammankoppling med en annan molekyl.
"Tertiär proteinstruktur refererar till den tresdimensionella formen och flexibiliteten hos ett protein, som resultat av specifika interaktioner mellan dess sekundära strukturelement, såsom alfa-helixar och beta-skikt."
Kovalenta anslutningar mellan mutagena kemiska ämnen och DNA. Sådana kopplingar aktiverar reparationsprocesser i DNA och kan, om reparation inte ägt rum före replikation, leda till utbyte eller bortfall av nukleotider och omkastningar i kromosomerna.
Föreningar med femgrenad ring av fyra kol och en syreatom. De är aromatiska heterocykliska föreningar. Den reducerade formen är tetrahydrofuran.
I medicinen, refererar "sekvensinpassning" till processen av matchning eller korrelerande en genetisk sekvens, vanligtvis en DNA- eller RNA-sekvens, med en specifik referenssekvens, för att fastställa dess position, orientering och eventuella variationer i förhållande till den referenssekvensen. Detta används ofta inom genetisk forskning och klinisk diagnostik för att identifiera gener, mutationer eller polymorfismer som kan vara associerade med sjukdomar eller andra hälsotillstånd.
Deoxiribonukleinsyra (arvsmassa) hos bakterier.
Aminosyresekvenshomologi refererer til den grad af lighed i rækkefølgen af aminosyrerne, der udgør proteiner hos to eller flere organismer. Jo større antal identiske aminosyrer i samme position i de sammenlignede sekvenser, des højere er graden af homologi. Dette begreb anvendes ofte i molekylærbiologien for at fastslå evolutionæ forhold og funktionelle egenskaber hos proteiner.
"Oxidativ stress definieras som ett tillstånd av obalance mellan produktionen av fria radikaler och andra reaktiva syre-species (ROS) och förmågan till cellulär neutralisering genom antioxidativa försvarsmekanismer. Denna obalance kan leda till skada på cellulära strukturer, såsom proteiner, lipider och DNA, vilket i sin tur kan bidra till åldrande och utveckling av flera sjukdomar."
Fogning av metylgrupper till DNA. DNA-metyltransferaser (DNA-metylaser) katalyserar denna reaktion med S-adenosylmetionin som givare av metylgrupper.
"Sekundær proteinstruktur refererer til den lokale, regulære foldning af en del af et proteins peptidkæde, der er stabiliseret af hydrogenbindinger mellem aminosyrestrupperne, f.eks. alfa-helix eller beta-skal."
"Proteinbindning refererar till den process där ett protein binder specifikt till ett annat molekylärt substance, såsom en liten molekyl, ett annat protein eller en jon, vanligtvis genom non-kovalenta interaktioner som hydrogenbindning, Van der Waals-kräfter och elektrostatiska attraktioner. Denna bindning kan regulera funktionen hos det bundna substanceet och är av central betydelse för många biologiska processer, inklusive signaltransduktion, enzymsk aktivitet och transport av molekyler inom cellen."
En grupp amider med den generella formeln R-CONH2.
Spiroföreningar är en klass av organiska föreningar som innehåller en spiroatom, vanligtvis kol, som knyts till två eller flera cykloalkanringar i en spirokonformation, vilket ger upphov till en unik, rymlig tre-dimensionell struktur.
I en enkel medicinsk betydelse är ett imin ett organisk förening som innehåller en funktionell grupp bestående av en kolatom bunden till två kväveatomer genom dubbla bindningar, med en av kväveatomerna som också är bunden till en annan substituent. Denna struktur skiljer sig från en amin, där kvävet endast har en singelbindning till kol. Iminer kan vara stabila eller innebära en reaktiv mellanprodukt i en kemisk reaktion. De kan också ingå i strukturen hos vissa biologiskt aktiva föreningar, såsom alkaloider och läkemedel.
Adenosinmolekyler som kan ha ersättningar i samtliga positioner, men som saknar en hydroxylgrupp i ribosdelen.