Denitrification
Denitrification är ett biologiskt process som sker under anoxiska (syrefria) förhållanden, där vissa bakterier omvandlar kväveoxider (t.ex. nitrat och nitrit) till gasformig kväve (N2), som sedan frisläpps till atmosfären. Detta är en viktig del av naturliga näringsämnescykler, men kan även bidra till föroreningar i mark och vatten om det sker i överdriven grad, exempelvis vid felaktig användning av konstgödsel eller avlopp.
Lustgas
Nitritreduktaser
Nitrater
"Nitrater" är ett samlingsnamn för salter av salpetersyra och inkluderar tre naturligt förekommande nitrater: natronitrat (NaNO3), kalciumnitrat (Ca(NO3)2) och kaliumnitrat (KNO3). Nitrater används främst som gödselmedel på grund av deras innehåll av växtnäringsämnet kväve. De kan även förekomma i vissa livsmedel, till exempel grönsaker och köttprodukter, och har då i regel bildats som en naturlig biprodukt under fermentationsprocesser. I högre koncentrationer kan nitrater vara skadliga för människor och orsaka bl.a. methemoglobinemi, ett tillstånd där syretransporterna i blodet påverkas negativt.
Nitriter
I en enkel medicinsk definition är nitriter kemiska föreningar som innehåller en nitrogrupp bundet till en eller två väteatomer och en kolgruppering. De används vanligtvis inom medicinen som läkemedel, särskilt under namnet glycerintrinitrat, för att behandla angina pectoris (svår bröstsmärta orsakad av hjärtklafforsmak) eftersom de verkar vidga blodkärlen och förbättra blodflödet till hjärtat.
Nitrification
I en enkel medicinsk kontext kan "nitrification" definieras som den process där ammonium (AMM) eller ammoniak (NH3) omvandlas till nitrit (NO2-) och sedan till nitrat (NO3-) av specifika bakterier. Denna process är viktig i naturen för att bryta ned organiskt material, men den kan också ha relevans inom medicinen vid behandling av avfallsvatten från exempelvis dialysbehandlingar och för att reducera föroreningar i vattenförsörjning.
Kväve
Acetylen
Pseudomonas stutzeri
Nitratreduktas
En nitratreduktas är ett enzym som katalyserar reduktionen av nitrat (NO3-) till nitrit (NO2-). Detta enzym förekommer hos både prokaryota och eukaryota organismer och spelar en viktig roll i olika metaboliska processer, såsom näringsupptag och avfallsbortskaffning. I vissa mikroorganismer kan nitratreduktasen även vara involverad i den anaeroba energiproduktionen genom den särskilda processen som kallas denitrifiering.
Anaerobios
En livsmiljö utan syrgas.
Kväveisotoper
Stabila kväveatomer med samma atomnummer som grundämnet kväve, men annan atomvikt. N-15 är en stabil kväveisotop.
Nitrogen Cycle
The nitrogen cycle is a natural process that converts different forms of nitrogen (a essential component of amino acids, proteins, and nucleic acids) in the environment, making it available for use and recycling by living organisms. The cycle includes various stages such as fixation, ammonification, nitrification, and denitrification, which are carried out by different types of bacteria that live in soil, water, and air. This process helps maintain the balance of nitrogen in ecosystems and is vital for the survival of plants and animals.
Autotrofa processer
I en enkel medicinsk kontext, kan autotrofa processer definieras som metaboliska processer där organismer producerar sin egen föda med hjälp av kemiska eller solenergi. Detta innebär att de kan syntetisera organiska molekyler från antingen oorganiska källor (som i kemiautotrofi) eller genom fotosyntes, där de använder solljus som energikälla för att omvandla koldioxid och vatten till syre och glukos. Autotrofa processer är av central betydelse för primärproduktionen i ekosystem, eftersom de autotrofa organismerna, som huvudsakligen utgörs av växter, alger och visst batterium, bildar grunden för näringskedjan.
Foraminifera
Foraminifera är en taxonomisk grupp av encelliga organismer, som tillhör supergruppen Rhizaria. De kännetecknas av ett komplext skal med hålrum (foramina), genom vilka trådlika utskott sträcker sig ut. Dessa utskott används för att fånga föda och röra sig. Foraminifera lever främst i marina miljöer, från kustnära områden till djupt vatten, och spelar en viktig roll i marine sedimentation och koldioxidcykeln.
Geologiska sediment
Pseudomonas
Pseudomonas är ett släkte gramnegativa, aeroba stavformade bakterier, vanligtvis icke-sporbildande, som förekommer vitt spridd i naturen, särskilt i fuktiga miljöer. Några arter av släktet Pseudomonas kan orsaka infektioner hos människor och djur, framför allt Pseudomonas aeruginosa, som är känd för sin förmåga att utveckla antibiotikaresistens och orsaka livshotande sjukdomar, särskilt hos immunförsvagna individer.
Oxidoreduktaser
Nitratreduktaser
Ralstonia pickettii
"Ralstonia pickettii" är en opportunistisk gramnegativ bakterie som kan orsaka infektioner, särskilt hos immunsupprimierade individer. Den förekommer naturligt i vatten och jord och kan kolonisera olika miljöer, inklusive medicinska utrustningar och lösningar. Infektioner orsakade av "R. pickettii" är sällsynta men kan vara svåra att behandla på grund av bakteriens resistens mot många antibiotika.
Kväveföreningar
Oorganiska föreningar som har kväve som fast beståndsdel i molekylen.
Jordmikrobiologi
Paracoccus denitrificans
"Paracoccus denitrificans" är en gramnegativ, aerob bakterie som utför denitrifikation, en process där nitrat reduceras till gasformig kväve (N2) under syrebrist. Den kan leva på ett varierat näringsval och är vanligen belägen i vattenmiljöer, såsom mark och vattenreningssystem.
Bakterier
Vattenrengöring
"Vattenrening är ett samlingsbegrepp för processer som tar bort eller reducerar föroreningar i vattendrag, grundvatten, avloppsvatten och industriellt avfallsvatten, med syfte att göra det användbart eller säkert för återanvändning, behandling eller utsläpp."
Nitrosomonas europaea
'Nitrosomonas europaea' är en typ av ammoniakoxiderande bakterie som omvandlar ammoniak (NH³) till nitrit (NO²-) under näringsmedelsförsörjningsprocessen i den biologiska behandlingen av avloppsvatten.
Bioreaktorer
Anläggningar för framställning av produkter genom utnyttjande av syntesförmågan eller den kemiska omvandlingsförmågan hos biologiska system. Det kan röra sig om vanliga fermentorer, cellkulturperfusio n eller enzymbioreaktorer. För framställning av proteiner och enzymer används oftast rekombinanta mikroorganismer, däggdjursceller, insektceller eller växtceller.
Methylophilaceae
En familj gramnegativa bakterier inom ordningen Methylophilales.
Alcaligenes faecalis
*Alcaligenes faecalis* är en gramnegativ, aerob bakterie som förekommer naturligt i miljöer såsom vatten, jord och djurspillning. Den är en opportunistisk patogen hos människor, vilket betyder att den kan orsaka infektioner, särskilt hos immunsupprimerade individer. Infektioner som orsakas av *A. faecalis* innefattar urinvägsinfektioner, blodförgiftning och hud- och webbinfektioner. Den kan vara svår att behandla på grund av dess resistens mot flera antibiotika.
Biological Oxygen Demand Analysis
"Biological Oxygen Demand (BOD) analysis is a laboratory test used to determine the amount of oxygen consumed by microorganisms while they break down organic material in a sample of water or wastewater, typically over a five-day period. This measurement helps assess the water quality and the level of pollution in a given body of water."
Acenaftener
Oxidation-reduktion
Rhodocyclaceae
Rhodocyclaceae är en familj av proteobakterier inom fylumet Pseudomonadota. Bakterier inom denna familj är vanligen gramnegativa, aeroba eller anaeroba och har ofta en cirkulär eller spiralformad morfologi. De flesta arterna är kända för sin förmåga att oxidera ammoniak till nitrit och kan spela en viktig roll i den biogeochemiska kvävecykeln.
Avloppsvatten
"Avloppsvatten" är ett samlingsbegrepp inom medicinen för vatten som innehåller bakterier, virus eller andra mikroorganismer som kan vara skadliga för människors hälsa. Detta vatten kommer oftast från toaletter, badrum, kök och industriella processer. Avloppsvatten kan innehålla patogener som orsakar sjukdomar såsom diarré, mag-tarmloppstillstånd, hudinfektioner och andningsvägsinfektioner. Riskerna med avloppsvatten är speciellt höga i områden med bristfällig sanitet och hygien.
Kvävefixering
Ammoniak
Våtmarker
"Våtmarker" är en ekologisk term som refererar till områden av mark som är helt eller delvis översvämmade under en betydande del av året, så att vattenhaltens nivå nära markytan är nära nog konstant. De kan vara naturliga eller skapade av människor och inkluderar en rad olika miljötyper som sumpskogar, träsk, myrar, flodmeadowmar och kusteruvatten. Våtmarker är viktiga ekosystem som stödjer en stor mångfald av växter och djur, inklusive många hotade och hotade arter, och de erbjuder också ett flertal ekosystemtjänster som skyddar mot översvämningar, rening av vatten och klimatreglering.
Floder
I en enstaka medicinsk betydelse kan "floder" referera till abnormal accumulation eller flow of body fluids, som exempelvis lymphflöde eller utsöndring av kroppsvätskor i fel plats. Men detta är inte en vanlig användning och det är viktigt att betrakta begreppet inom dess specifika kontext, eftersom det kan ha olika betydelser beroende på området inom medicinen.
Saltvatten
'Saltvatten' är en medicinsk term som refererar till vatten med en högre koncentration av salt än vad som finns i vanligt dricksvatten, vilket normalt är mellan 0,5 och 3,5%. Detta är oftast ett ökat innehåll av natriumklorid (NaCl), men kan också innefatta andra slag av salter. Saltvatten kan användas terapeutiskt för att behandla vissa medicinska tillstånd, såsom hudinflammationer och mag-tarmsjukdomar.
Vattenmikrobiologi
"Vattenmikrobiologi" är ett område inom mikrobiologin som handlar om studiet av mikroskopiska livsformer, såsom bakterier, archaea, alger, svampar och protozoer, i vattenmiljöer. Detta inkluderar såväl sötvatten som saltvatten, och kan omfatta studier av mikroorganismernas förekomst, aktivitet, interaktion med varandra och med miljön, samt deras roll i vattnets ekosystem och globala näringscykel. Vattenmikrobiologi har betydelse för att förstå och lösa problem relaterade till vattenkvalitet, hälsan hos vattenlevande organismer och människor, och klimatförändringar.
Ponds
RNA, ribosomalt, 16S
16S RNA er en typ av ribosomalt RNA (rRNA) som finnes i prokaryote ribosomer og har en viktig rolle i translasjonen av genetisk informasjon til proteinsyntese. 16S rRNA-molekylen er en del av den lille ribosomale subuniten og inneholder konserverte sekvensregioner som kan brukes til identifisering og klassifisering av forskjellige arter av bakterier og archaea.
Waste Water
Acromobacter cycloclastes
"Acinetobacter cycloclastes" är en art av grampositiva, aeroba bakterier som förekommer i naturen, särskilt i vatten- och jordmiljöer. Denna bakterie är vanligen icke-patogent, men har rapporterats orsaka infektioner hos människor, särskilt hos immunförsvagna individer. Infektioner kan vara relaterade till kontaminerad utrustning i sjukvården och kan orsaka diverse kliniska manifestationer som lunginflammation, blodinfektion och sårinfektion. Det är viktigt att identifiera den korrekt för att ge rätt behandling, men det kan vara en utmaning eftersom den lätt kan förväxlas med andra Acinetobacter-arter.
Kol
Betaproteobakteri
Betaproteobacteria är en klass av proteobakterier, som är en grupp av gramnegativa bakterier. Dessa bakterier är vanligen stavformade och kan vara aeroba eller anaeroba. De finns i en mängd olika miljöer, inklusive vatten, jord, och association med djur och människor. Några exempel på betaproteobakterier är *Burkholderia*, *Stenotrophomonas*, och *Comamonas*.
Proteobakterier
Proteobacteria är en fylum (division) av gramnegativa bakterier, inklusive en mångfald artar med olika egenskaper och former. De flesta proteobakterier lever som frisättande individer eller i symbiotiska associationer med andra organismer. Flera är viktiga patogener hos människor, djur och växter. Proteobacteria innehåller även en stor andel artar som spelar nyckelroller i naturens närings- och energicykler, till exempel syrefixerande bakterier och fotosyntetiserande cyanobakterier.
Bradyrhizobium
Ett släkte gramnegativa, aeroba, stavformade bakterier som vanligtvis innehåller korn av polybetahydroxibutyrat. De invaderar rothåren på baljväxter där de lever i intracellulär symbios.
Avfallshantering, vätska
Liquid waste management in a medical setting refers to the systematic collection, transportation, treatment, and disposal of wastewater and other liquid byproducts generated from healthcare activities, with the aim of preventing infection, protecting public health and the environment, and ensuring compliance with relevant regulations.
Bakterie-DNA
Deoxiribonukleinsyra (arvsmassa) hos bakterier.
Beggiatoa
'Beggiatoa' är ett släkte av svavelbakterier som utför kemosyntetisk fototrof metabolism, vilket innebär att de oxiderar reducerade svavelkomponenter och producerar organisk substans som energikälla. Dessa bakterier är ofta filamentösa (trådformiga) och kan ses med blotta ögat i vissa miljöer, såsom svavelkällor och sediment i oceaner. De spelar en viktig roll i den biogeochemiska svavelcykeln.
Kväveoxid
Gasformig fri radikal som produceras ur arginin i en rad olika däggdjursceller genom verkan av kväveoxidsyntas. Kväveoxid är en endotelberoende relaxerande faktor som frisätts från kärlendotelvävnad och förmedlar kärlutvidgning. Den hämmar även trombocytaggregation, löser upp trombocytaggregat och hindrar att trombocyter fastnar på kärlendotelet. Kväveoxid aktiverar cytosoliskt guanylatcyklas och höjer därmed de intracellulära nivåerna av cykliskt GMP.
Oligochaeta
DNA-sekvensanalys
Livsuppehållande system
System som innehåller alla nödvändiga komponenter för att upprätthålla liv och hälsa. Det finns funktioner för tillförsel av syrgas, näring och vatten, temperatur- och tryckreglering, och avlägsnande av koldioxid och slaggprodukter. Miljön kan vara en rymdfarkost, ubåt eller månens yta. Inom sjukvård, vanligtvis sjukhusvård, finns termen "livsuppehållande vård".
Bakteriegener
Den genetiska massan hos bakterier.
Molekylsekvensdata
Konstgödning
Industriellt framställda ämnen eller föreningar, ofta ammoniakföreningar, avsedda att berika odlingsjord med näringsämnen eller frigöra i jorden befintlig näring för att öka grödors tillväxt och odlingsproduktivitet.
Biologisk nedbrytning
Träsprit
Reglering av genuttryck, bakterier
De processer genom vilka cytoplasmatiska eller intercellulära faktorer inverkar på differentieringsstyrningen av genaktiviteten hos bakterier.
Ekologiska system, slutna
Rhizaria
Rhizaria är ett taxonomiskt rike inom biologin som omfattar en grupp eukaryota encelliga organismer, däribland amöbor och flagellater. Dessa organismer kännetecknas av att de har en speciell typ av cytoskelettstruktur, så kallade rhizoplastier, som hjälper till att stödja deras cellyta. Rhizaria inkluderar även vissa marina organismer som bor i sediment och livnär sig på bakterier genom fagocytos. Det är ett mycket diversifierat rike med över 20 000 beskrivna arter, men det finns troligen många fler som fortfarande inte har upptäckts eller beskrivits vetenskapligt.
Syrgas
"Syrgas" er en sammentrekning av ordene "syre" og "luft", og refererer til den atmosfæriske luften som vi normalt inhalerer, som består av omkring 21% syre (O2), 78% kv nitrogen (N2) og små mengder av andre gasser som argon, kultilkristaller og spor av kullilkristaller. I denne enkelte meningen kan syrgas definieres som den atmosfæriske luft som inneholder 21% syre (O2) som er livsviktig for mennesker og andre levende vesen for å oksidere (forbranne) næringsstoffer for å produsere energi i cellene.
Fusarium
Sjukhusavfall, hantering
Epsilonproteobakterier
Alcaligenes
Piscirickettsiaceae
Piscirickettsiaceae är en familj av gramnegativa, aeroba eller fakultativt anaeroba bakterier inom klassen Gammaproteobacteria. Den mest kända arten inom denna familj är Piscirickettsia salmonis, som orsakar en allvarlig sjukdom hos laxar och övriga saltvattensfiskar, kallad piscirickettsios eller salmonsjukan. Bakterien kan orsaka systemiska infektioner med symtom som röda fläckar på fiskarnas skinn, trötthet, minskad aptit och andning. Infektionen sprids främst genom direkt kontakt mellan fiskar eller via vattenburna partiklar.
Heterotrofa processer
Heterotrofa processer är processer där organismer tar upp och metaboliserar organisk materia från sin omgivning för att få energi och byggmaterial till tillväxt och reproduktion. Heterotroferna skiljer sig på det sättet från autotrofer, som kan producera sin egen organiska materia genom fotosyntes eller kemosyntes.
Vattenförorenande ämnen, kemiska
Vattenförorening, kemisk
Biologisk mångfald
Dreissena
'Dreissena' är ett släkte av musslor som tillhör familjen Dreissenidae. En medicinsk definition av 'Dreissena' kan vara: "Släkte av encelliga, sötvattenslevande musslor som kan kolonisera och förorena vattenverksinstallationer genom att bilda täta, skiktade aggregationer på ytor." Dreissenidae-musslor är också kända för sin förmåga att filtrera växtplankton och andra partiklar ur vattnet, vilket kan ha både positiva och negativa effekter på vattenkvaliteten. De två vanligaste arterna inom släktet 'Dreissena' är zebramusslan ('Dreissena polymorpha') och quagga-musslan ('Dreissena rostriformis bugensis').
Achromobacter
'Achromobacter' är ett släkte av gramnegativa, aeroba stavformade bakterier som förekommer i naturen, särskilt i vattenmiljöer. De kan också kolonisera människokroppen, framförallt i luftvägarna och urinvägarna hos friska individer, men de kan även orsaka infektioner, särskilt hos immunsupprimerade personer. Infektioner som orsakas av Achromobacter kan vara svåra att behandla på grund av bakteriens resistens mot många antibiotika.
Xanthomonadaceae
Xanthomonadaceae är en familj av gramnegativa, stavformade bakterier inom proteobacteria som omfattar flera sjukdomsalstrande arter hos växter och djur, inklusive vissa mänskliga patogener. Bakterier i denna familj producerar ofta gula eller gulbruna pigment och kan vara rörliga på grund av en eller flera flageller. De är vanligen aeroba eller facultativt anaeroba och har en genomsnittlig storlek på 0,5-0,8 x 1,5-4,0 mikrometer. Xanthomonadaceae inkluderar bland annat släktet Xanthomonas, som orsakar viktiga sjukdomar hos växter som ris, tobak och citrusfrukter.
Gödsel
Burkholderiaceae
Burkholderiaceae är en familj av gramnegativa, aeroba eller facultativt anaeroba bakterier inom ordningen Betaproteobacteria. Familjen innehåller ett stort antal släkten, däribland Burkholderia, Cupriavidus och Ralstonia. Många arter inom familjen är kända för sin förmåga att bryta ned oorganiska ämnen och vissa av dem kan orsaka sjukdomar hos människor, djur och växter.
Azurin
Ett bakteriellt protein från Pseudomonas, Bordetella eller Alcaligenes som fungerar som elektronöverföringsenhet tillsammans med cytokromkedjan. Molekylvikten är ca 16 000, och det innehåller en enda kopparatom, har intensivt blå färg och fluorescerar vid 308 nm.
Pseudomonas aeruginosa
Metagenome
Metagenom är studiet och analysen av samtliga genomer innehållna i ett specifikt miljöprover, vilket kan innefatta allt från jord, vatten och luft till levande organismer så som mikroorganismer. Detta inkluderar kända arter, tidigare okända arter samt virus, plasmider och andra genetiska element. Metagenomik ger forskarna en unik möjlighet att undersöka mikrobiella gemenskaper i sin naturliga miljö utan behov av isolering och kultivering av renar kulturer, vilket kan ge en mer representativ bild av den biologiska mångfalden i ett visst ekosystem.
Metabola nätverk och banor
Ribosom-DNA
Gaskromatografi
Kväveoxider
Oorganiska oxider av kväve.
Gammaproteobakterier
En grupp proteobakterier bestående av fakultativt anaeroba och fermenterande, gramnegativa bakterier.
Hydroxylamin
Paracoccus
Paracoccus definieras vanligtvis som ett släkte av gramnegativa, aeroba, encelliga bakterier som tillhör familjen Rhodobacteraceae inom proteobakteriesläktet. Dessa bakterier är kemoorganotrofa och kan oxidera en rad olika organiska substrat för sin växteenergi. De flesta arterna av Paracoccus är också fototrofa, vilket betyder att de kan använda ljus som energikälla genom fotosyntes. Släktet innehåller ett antal arter, varav den mest välkända är Paracoccus denitrificans, som är en modellorganism för studier av denitrifikation och cellulär respiration.
Odlingsmedia
Varje flytande eller fast preparat som är specifikt avsett för odling, lagring eller transport av mikroorganismer eller andra sorters celler. Olika typer av media, såsom differentierande substrat, selektiva substrat, testsubstrat och definierade substrat, tillåter odling av bestämda mikroorganismer och celltyper. Fasta medier erhålls genom tillsats av agar eller gelatin till flytande substrat.
Räka
Celler, immobiliserade
Nitrosomonas
'Nitrosomonas' är ett släkte av aerobiska, fria levnadsföringssättet bakterier som oxiderar ammoniak till nitrit under den biologiska nätsprocessen, vilket kallas nittogenes. Dessa bakterier spelar en viktig roll i kvävekretsloppet i miljön. (En: 'Nitrosomonas' is a genus of aerobic, free-living bacteria that oxidize ammonia to nitrite during the biological nitrogen cycle, a process called nitrification.)
Methylococcus capsulatus
Växthuseffekt
Alkaner
Eutrophication
Kraftigt ökad tillväxt av alger eller andra mikroskopiska växter till följd av tillförsel av ffa kväve- och fosforhaltiga näringsämnen till naturliga vattendrag. Anrikningen kan ha naturliga orsaker, vara en följd av förorening eller kontrollerad (för odling av växtplankton som foder ("biomassa")). Syn. eutrofiering.
Alfaproteobakterier
Alfaproteobakterier, eller Alphaproteobacteria, är en klass inom protebakterier (Proteobacteria) som inkluderar en rad olika bakteriestammar med varierande egenskaper och livsmönster. Denna grupp innehåller flera viktiga patogener hos människor, såsom Rickettsia, Bartonella och Brucella arter, men omfattar också symbiotiska bakterier som lever i association med växter och djur. Exempel på alfaproteobakterier är Rhizobium, som bildar noduler på rotsystemet hos vissa växter och fixerar atmosfärisk kväve till en form som kan användas av växten, samt SAR11-kladen, som utgör en av de vanligaste grupperna av marina bakterier.
Arkeer
Tidigare kallade arkebakterier. De utgör en av de tre huvudgrupper (domäner) av alla levande organismer som anses representera olika utvecklingsriktningar. De två övriga är bakterier och eukaryoter. A rkebakterierna har speciellt RNA, saknar peptidoglykan, men har eterbundet fett i cellmembranen, och de lever i speciella miljöer.
Svavel
Svavel (S) är ett icke-metalliskt grundämne som förekommer naturligt i naturen och är en essentiell näringsämne för levande organismer. Det är ett giftigt, illaluktande, gulaktigt gas vid rumstemperatur och omvandlas till en fast, vit substans under lägre temperaturer. Svavel förekommer i proteiner och som svavelkväveföreningar i levande växter och djur. Det används också inom industrin för att producera svavelsyra, kemikalier, gummi, pesticider och som desinfektionsmedel.
Sulfider
I en enkel medicinsk definition, är "sulfider" kemiska föreningar som innehåller svavelatomer (S) i sin molekylstruktur, vanligtvis bundna till kol (C) i organiska sulfider eller till metaller i metalloorganiska sulfider. Organiska sulfider kan också benämnas "tioeter" och förekommer naturligt i vissa livsmedel som exempelvis vitlök och lök. Vissa sulfider kan ha farmakologisk aktivitet och användas inom medicinen, medan andra kan vara skadliga eller toxiska i högre koncentrationer.