Enzymer som katalyserar omvandlingen mellan aldoser och ketoser. EC 5.3.1.

En klass enzymer som katalyserar geometriska eller strukturella förändringar inom en molekyl, med en enda produkt som resultat. Reaktionerna medför inte någon nettoförändring i halten av föreningar, annan än substratet och produkten. EC 5.

Enzymer som katalyserar förflyttning av en kol-koldubbelbindning från en position till en annan inom samma molekyl. EC 5.3.3.

Peptidylprolyl isomerases are a group of enzymes that catalyze the cis-trans isomerization of peptide bonds preceding proline residues in polypeptide chains, which is a rate-limiting step in protein folding.

Enzym som katalyserar antingen racemisering eller epimerisering av kirala centra i aminosyror eller deras derivat. EC 5.1.1.

Enzymer som katalyserar epimeriseringen av kirala centra i kolhydrater och deras derivat. EC 5.1.3.

Proteindisulfidisomeraser (PDI) är en grupp enzymer som hjälper till att folda proteiner korrekt genom att katalysera oxidationen av sulfhydrylgrupper (-SH) till disulfidbindningar (-S-S-) mellan två cysteinrestaur i samma protein. Denna process är viktig för stabiliseringen av proteinstrukturen och funktionen hos många proteiner, särskilt inom det endoplasmatiska retiklet (ER). PDI-enzymet kan även agera reduktivt och bryta ned disulfidbindningar när det behövs för korrekt proteinfoldning.

En medicinsk definition är en steroidisomerase ett enzym som katalyserar omvandlingen av strukturella isomerer av steroidmolekyler genom att bryta och forma kemiska bindningar, vilket resulterar i nya funktionella grupper eller omlagda ringstrukturer. Detta process är viktig för regleringen av steroidhormoners syntes och biologisk aktivitet inom kroppen.

En familj av peptidylprolylcis-transisomeraser som binder till cyklosporiner och reglerar immunsystemet. EC 5.2.1.-.

En familj väl bevarade proteiner som alla är cis-transpeptidyl-prolylisomeraser. De binder de immunsuppressiva medlen cyklosporin, takrolimus och sirolimus. De har rotomasegenskaper, vilka hämmas av de immunsuppressiva medel som binds till dem. EC 5.2.1.8.

'Dodecenoyl-CoA Isomerase' är ett enzym som katalyserar den kemiska reaktionen där en kolbindning i en fettsyra med en dubbelbindning på position 12 omvandlas till en konfiguration med dubbelbindning på position 9, vilket resulterar i en omläggning av bindningen mellan kolatomerna 9 och 10. Detta enzym är viktigt inom fettsyremetabolismen hos bakterier och djur.

"Takrolimusbindande proteiner" refererar till proteinmolekyler som binder specifikt till immunosuppressiva läkemedlet Takrolimus, även känt som FK506. Denna typ av proteiner, som exempelvis FKBP (FK506-bindande proteiner), fungerar som intracellulära receptorer och bildar en komplex med Takrolimus, vilket i sin tur hämmar kalciumberoende signaltransduktionsvägar involverade i T-cellsaktivering. Detta gör att Takrolimus används som en immunosuppressiv behandling efter transplantationer för att förebygga avstötningar.

Ammonium hydroxide är en lösning av ammoniak (NH3) i vatten, där ammoniaketionen har reagerat med vattnet och bildat ammoniumjoner (NH4+) och hydroxidioner (OH-). Detta ger en basisk lösning med hög pH-värde. Ammoniumhydroxid används inom medicinen som ett rengöringsmedel för sår och som katalysator i vissa laboratorieprocesser.

Ett 17-kD cytoplasmatiskt peptidylprolylisomeras som ingår i immunregleringen. Enzymet tillhör cyklofilinfamiljen av proteiner, vilken binder till cyklosporin. EC 5.2.1.-.

Sulfur-Sulfur Bond Isomerases are a class of enzymes that catalyze the conversion of sulfur-sulfur bonds within molecules, specifically converting persulfide bonds (-S-S-) to disulfide bonds (-S-S-) or vice versa. This process is essential for maintaining proper protein structure and function in cells. These enzymes play a crucial role in various cellular processes such as redox regulation, detoxification, and stress response.

"En pentose är en monosackarid bestående av fem kolatomer, vanligtvis förekommande i formen av en ketos eller aldos sugar."

Ett enzym som katalyserar den reversibla omvandlingen mellan glukos-6-fosfat och fruktos-6-fosfat och utgör en del av de glykolytiska och glukoneogena förloppen. Brist på enzymet, en autosomalt recessiv egenskap, leder till glykogenes i levern och hemolytisk anemi. EC 5.3.1.9.

Ett enzym som katalyserar den reversibla isomeriseringen av D-mannos-6-fosfat till D-fruktos-6-fosfat, ett viktigt steg i glykolysprocessen. EC 5.3.1.8.

Beskrivningar av specifika sekvenser av aminosyror, kolhydrater eller nukleotider som publicerats och/eller deponerats och hålls tillgängliga i databaser som t ex Genbank, EMBL, NBRF eller andra sekvensdataarkiv.

Aminosyrors ordningsföljd i en polypeptidkedja. Den utgör proteiners primärstruktur och är av avgörande betydelses för proteinkonfigurationen.

Triosephosphate isomerase (TPI) är ett enzym som katalyserar omvandlingen av den triosa fosfatnedan G3P (D-glyceraldehyd-3-fosfat) till DHAP (dihydroxyacetonfosfat) och vice versa inom glykolys- och glukoneogenesvägar. Detta steg är ett reversibelt, snabbt och essentiellt steget i dessa metaboliska vägar.

En disackarid bestående av två glukosenheter med alfa (1-6)-glykosidlänkning.

Xylos är ett kolhydrat som är en pentos, en monosackarid med fem kolatomer, och består av en pentosestruktur som innehåller en hydroxylgrupp (-OH) i position 5 istället för en Aldehydgrupp (-CHO), vilket gör att det är en sockeralkohol (en polyol). Xylos förekommer naturligt i vissa vegetabiliska material, såsom trä, spannmål och frukt. Det används också kommersiellt inom livsmedelsindustrin som en sockerersättning och som en råvara för framställning av andra kemikalier.

Aminosyresekvenshomologi refererer til den grad af lighed i rækkefølgen af aminosyrerne, der udgør proteiner hos to eller flere organismer. Jo større antal identiske aminosyrer i samme position i de sammenlignede sekvenser, des højere er graden af homologi. Dette begreb anvendes ofte i molekylærbiologien for at fastslå evolutionæ forhold og funktionelle egenskaber hos proteiner.

Metabolic engineering är ett forskningsområde där man använder tekniker inom molekylärbiologi, genetik och bioinformatik för att systematiskt modifiera metaboliska vägar i celler, med syfte att optimera produktionen av specifika metaboliter eller förändra cellens fenotyp på ett önskvärt sätt. Detta kan exempelvis innebära att introducera nya enzymer eller regulatoriska element i cellen, för att styrka eller försvaga vissa metaboliska reaktioner, eller att blockera oönskade biverkningar. Metabolic engineering används inom flera områden, till exempel för att producera biobränslen, farmaceutiska preparat och industriella kemikalier i celler.

Proteinveckning, eller proteinfoldning, är den process där ett proteinmolekyl plattar ut sig självt och bildar en tredimensionell struktur, som är nödvändig för dess funktion. Denna process sker spontant och är styrd av interaktionerna mellan de aminosyror som proteinets sekvens består av. Fel i proteinveckningen kan leda till att proteinet inte fungerar korrekt, vilket kan orsaka sjukdomar.

Substratspecificitet beteferrer sig inom farmakologi och enzymologi till den egenskap hos ett enzym eller en receptor där det endast binder till och katalyserar (eller påverkar) vissa specifika substanser, molekyler eller läkemedel, känt som substrat. Det innebär att en given enzymtyp endast är aktivt mot en begränsad grupp av kemiska föreningar som har en viss strukturell och kemisk likhet. Substratspecificiteten bestäms av enzymernas tredimensionella struktur och den del av substratmolekylen som interagerar med aktiva sitet på enzymet.

En art gramnegativa, fakultativt anaeroba och stavformade bakterier som normalt förekommer i den nedre delen av tarmkanalen hos varmblodiga djur. Vanligtvis är den inte patogen, men vissa stammar kan ge upphov till diarré och variga infektioner. Syn. E. coli.

Läran om förloppsdynamik i kemiska och fysikaliska system.

Tioredoxiner är en familj av låtmolekulära protein som har antioxidativ funktion och bidrar till att reducera och oxidera andra molekyler i cellen. De består av två huvudsakliga former: tioredoxinreduktas och tioredoxinperoxidas. Tioredoxiner hjälper till att reglera cellers oxidativa status och är involverade i en rad cellulära processer, inklusive celldelning, signalering och apoptos (programmerad celldöd). De kan också ha en skyddande effekt mot skada från fria radikaler och andra reaktiva syremolekyler.

En familj cellproteiner som förmedlar korrekt sammansättning och sönderdelning av andra polypeptider, och i vissa fall byggande av oligomera strukturer, men som själva inte ingår i de slutgiltiga strukturerna. Man antar att chaperonproteiner medverkar till polypeptiders självkonstruktion genom att hindra alternativa sammansättningsförlopp som skulle producera icke-funktionella strukturer. Några klasser av molekylära chaperoner är nukleoplasminer, chaperoniner, HSP70-stressproteiner och HSP90-stressproteiner.

Påskyndande av en kemisk reaktion genom medverkan av en särskild reaktorsubstans, katalysator.

Proteiner som transporterar specifika ämnen i blodet eller genom cellväggar.

Enkla sockerarter som inte kan brytas ned genom hydrolys. De utgörs av färglösa, kristallina ämnen med söt smak och den allmänna formeln CnH2nOn.

I medicinen, refererar "sekvensinpassning" till processen av matchning eller korrelerande en genetisk sekvens, vanligtvis en DNA- eller RNA-sekvens, med en specifik referenssekvens, för att fastställa dess position, orientering och eventuella variationer i förhållande till den referenssekvensen. Detta används ofta inom genetisk forskning och klinisk diagnostik för att identifiera gener, mutationer eller polymorfismer som kan vara associerade med sjukdomar eller andra hälsotillstånd.

Tillförsel av molekyler av rekombinant DNA från prokaryota eller eukaryota källor till replikationsvektorer, så som plasmider eller virus, och införande av de härvid erhållna hybridmolekylerna i mottagarceller, utan att livsdugligheten hos dessa celler ändras.

Det område i ett enzym som genom verkan på sitt substrat utlöser en enzymreaktion.

'Pyrococcus furiosus' är en extremofil archaeabakterie som lever under höga temperaturer (100°C eller högre) och har potential att producera industriellt användbar termostabilt enzym. Denna mikroorganism hittas vanligtvis i marina hydrotermiska ventar och utgör ett viktigt forskningsobjekt inom områdena bioenergi, extremofil biologi och evolution.

Positivt laddade atomer, radikaler eller atomgrupper med tvåvärd laddning, som vandrar mot katoden eller den negativa polen vid elektrolys.

Ett enzyms förmåga att bibehålla sin strukturform eller sin verkan när det utsätts för lagring, isolering, rening eller annan fysikalisk eller kemisk manipulering, inklusive proteolytiska enzymer och värme.

Purin- och pyrimidinföljden i nukleinsyror och polynukleotider. Kallas även nukleotid- eller nukleosidsekvens.

Ett släkte av Bacillaceae som utgörs av sporbildande, stavformade celler. De flesta arter är jordlevande saprofyter. Endast ett fåtal arter är patogena.

De reaktiva områden på en makromolekyl som är direkt envolverade i dess specifika sammankoppling med en annan molekyl.

Förekomsten av strukturella skillnader hos vissa kemiska föreningar, fast föreningarna har samma elementära sammansättning.

Experimentella eller teoretiska modeller för undersökning av molekylers form, elektroniska egenskaper eller interaktioner. Hit hör även analoga molekyler, datorframställd grafik och mekaniska strukturer.

Takrolimus är ett immunsupressivt läkemedel som används för att förhindra avstötningsreaktioner efter transplantationer, samt behandla vissa autoimmuna sjukdomar. Det verkar genom att hämta ned aktiviteten i T-celler, en typ av vita blodkroppar som är inblandade i immunförsvaret.

Den genetiska massan hos bakterier.

En form av energi och en känsla av förhöjd temperatur. Inom medicinen är värme av intresse för sina fysiologiska effekter, för terapeutisk användning, och för bruk i förfaranden inom fysik eller fysikalisk kemi.

Streptomyces är ett släkte av grampositiva, strikt aeroba bakterier som tillhör ordningen Actinomycetales. Dessa bakterier är kända för sin förmåga att producera en rad olika antibiotika och andra bioaktiva metaboliter, vilket gör dem viktiga inom biomedicinsk forskning. Streptomyces-arterna har en komplex livscykel som inkluderar sporbildande hyfer och vegetativa mycel. De förekommer naturligt i en rad olika miljöer, till exempel jord, vatten och på levande växter.

Proteiner förekommande hos någon bakterieart.

I enkelhet kan 'proteinkonfiguration' definieras som den specifika rymdstrukturen och orienteringen hos de aminosyror som utgör ett protein. Denna konfiguration bestäms av proteinkedjans primära struktur (sekvensen av aminosyror) samt hur dessa aminosyror är hopfogade och vevda i rummet, vilket kallas för sekundär, tertiär och kvartär struktur. Proteinkonfigurationen har en direkt betydelse för proteinets funktion och stabilitet.

Proteiner som alstras i eukaryota organismer och bakterier som svar på överhettning och andra stressfaktorer i omgivningen. De ökar värmetåligheten och utför funktioner som är livsviktiga under sådana förhållanden.

Varje påvisbar och ärftlig förändring i det genetiska materialet som medför ändrad genotyp och som överförs till dotterceller och efterföljande generationer.

En cyklisk undecapeptid (peptid med 11 aminosyrakomponenter) från extrakt av jordsvampar. Den är ett kraftigt immunsuppressivt medel med specifik verkan på T-lymfocyter, och används mot avstötningsreaktioner vid organ- eller vävnadstransplantationer. Syn. cyklosporin.

Protein engineering är ett samlingsbegrepp för de metoder och tekniker som används för att skapa, utveckla och justera proteiner med önskade egenskaper genom direkt manipulation av deras aminosyrasekvens och/eller tertiärstruktur. Detta kan uppnås genom användning av molekylärbiologiska tekniker, såsom mutagenes, rekombinant DNA-teknik och strukturbaserad design, för att skapa gener med önskade modifieringar som sedan exprimeras som proteiner med nya eller förbättrade funktioner.

Proteiner från Escherichia coli.

Rekombinanta proteiner är proteiner som innehåller sekvenser från två eller flera olika källor, vanligtvis genom genetisk manipulation i laboratorium. Genom användning av rekombinant-DNA-teknik kan man kombinera gener från olika organismer för att skapa en ny gen som kodar för ett protein med önskade egenskaper. Detta är en viktig metod inom biomedicinsk forskning och används bland annat för produktion av läkemedel, diagnostiska verktyg och för studier av proteiner och deras funktioner.

"Tertiär proteinstruktur refererar till den tresdimensionella formen och flexibiliteten hos ett protein, som resultat av specifika interaktioner mellan dess sekundära strukturelement, såsom alfa-helixar och beta-skikt."

Kemiska grupper med de kovalenta disulfidbindningarna -S-S-. Svavelatomerna kan binda till såväl oorganiska som organiska molekyldelar.

En essentiell aminosyra som är nödvändig för produktion av histamin.

Prolin är en icke-polär, sekundär aminosyra som förekommer naturligt i proteiner. Det kännetecknas av sin cykliska sidokedja, vilket gör den till en imidazolidinonring, och är den enda proteinogenetiska aminosyran med en sekundär struktur inbyggd i peptidkedjan. Prolin fungerar ofta som en flexibel punkt i proteinstrukturen och kan påverka proteinkonformationen.

Strukturellt likartade enzymer med samma katalytiska mekanism, men med olika kemiska, fysikaliska eller immunologiska egenskaper.

Undersöknig av kristallstrukturer med hjälp av röntgendiffraktionsteknik.

"Oxidoreduktaser är ett enzym som katalyserar oxidation-reduktionreaktioner, där elektroner överförs från ett molekylärt substrat, det reducerade substratet, till en acceptor, det oxiderade substratet."

Ett mått på en lösnings surhetsgrad.

En uppsättning gener som genom mångfaldigande och variation härstammar från någon ursprunglig gen. Sådana gener kan sitta tillsammans på samma kromosom eller vara utspridda på olika kromosomer. Exempel på multigenfamiljer är de som kodar för hemoglobiner, immunglobuliner, histokompatibilitetsantigener, aktiner, tubuliner, keratiner, kollagener, stressproteiner, salivproteiner, korioproteiner, membranproteiner, ägguleproteiner och faseoliner, och även histoner, ribosom-RNA och tRNA-gener. De tre senare utgör exempel på upprepningsgener, av vilka det finns hundratals identiska i tandemformationer.

Arrangerad genetisk mutagenes på någon specifik plats i DNA-molekylen som ger en bassubstitution, infogning eller radering.

"Proteinbindning refererar till den process där ett protein binder specifikt till ett annat molekylärt substance, såsom en liten molekyl, ett annat protein eller en jon, vanligtvis genom non-kovalenta interaktioner som hydrogenbindning, Van der Waals-kräfter och elektrostatiska attraktioner. Denna bindning kan regulera funktionen hos det bundna substanceet och är av central betydelse för många biologiska processer, inklusive signaltransduktion, enzymsk aktivitet och transport av molekyler inom cellen."

Släktskapsförhållanden mellan grupper av organismer, baserade på deras genuppsättningar.

Den inbördes placeringen av atomer, atomgrupper eller joner i en molekyl, samt antal, typ av och plats för kovalenta bindningar.

En aminosyrasekvens i en polypeptid eller en nukleotidsekvens i DNA eller RNA som är den samma hos flera arter. En känd uppsättning bevarade sekvenser representeras av en konsensussekvens. Aminosyramotiv består ofta av bevarade sekvenser.

"Oxidation-reduction, or redox, refers to a type of chemical reaction where there is a transfer of electrons between two molecules, leading to a change in their oxidation state."

Ett system av cisterner (vätskefyllda hålrum) i cytoplasman hos många celler. Ställvis går det endoplasmatiska nätverket i ett med plasmamembranet eller kärnhöljets yttermembran. Om nätverksmembranets ytor är täckta med ribosomer sägs det vara kornigt, annars sägs det vara glatt.

'Saccharomyces cerevisiae' är en art av jästsvamp som tillhör kungariket svampar, och är vanligt förekommande i naturen på frukt, grönsaker och jord. Den är en enkelcellig eukaryot organism med en diameter på omkring 5-10 Mikrometer.

Det genetiska materialet i svampar. Hit hör även sexgenerna (typgenerna för parning) hos Saccharomyces cerevisiae.

"Structure-activity relationship (SAR) refers to the correlation between the chemical structure of a drug or molecule and its biological activity, describing how changes in the molecular structure can affect its ability to interact with biological targets and produce a desired pharmacological response."

Restriktionskartläggning är en molekylärbiologisk metod som används för att bestämma den exakta ordningen av gener och andra sekvenser på ett DNA-molekyl, genom att karta positionerna för specifika restriktionsenzymer som kan klippa sönder DNA-strängarna vid vissa sekvensspecifika ställen.

Summan av atomvikterna för de atomer som ingår i en molekyl. En modernare benämning är relativ molekylmassa.

Enzyminhibitorer är substanser som sänker eller helt stoppar en enzymes aktivitet genom att binda till enzymet. Detta resulterar i försening eller minskning av den kemiska reaktionen som enzymet annars skulle ha katalyserat. Enzymer är proteinmolekyler som accelererar biologiska reaktioner inom celler, och deras aktivitet kan regleras genom olika mekanismer, däribland användning av enzyminhibitorer.