Kromatin
Kromatinimmunprecipitation
En teknik för identifiering av specifika DNA-sekvenser, bundna, in vivo, till proteiner av intresse. Metoden omfattar formaldehydfixering av kromatin för att korslänka DNA-bindande proteiner med DNA. Sedan DNA klippts upp i små fragment isoleras specifika DNA-proteinkomplex med hjälp av immunprecipitering med proteinspecifika antikroppar.
Chromatin Assembly and Disassembly
Chromatin assembly and disassembly refer to the processes of organizing and reorganizing eukaryotic DNA with histone and non-histone proteins to form chromatin structures in the cell. Chromatin is the material that makes up chromosomes, consisting of DNA wrapped around histone octamers, which are composed of two copies each of the core histones H2A, H2B, H3, and H4.
Promotorregioner, genetik
I en enkel mening kan promotorregionen inom genetiken definieras som den del av ett genetiskt material (DNA) där transkriptionsfaktorer binder till att initiera transkriptionen av ett specifikt gen. Promotorregionen ligger vanligtvis uppströms (5'-ändan) av det gen som ska transkriberas och innehåller ofta cis-regulatoriska element som reglerar genuttrycket genom att påverka bindningen av RNA-polymeras II, enzymet ansvarigt för transkriptionen av protein kodande gener.
Histoner
Transkription, genetisk
Genetisk transkription är ett biologiskt process där DNA-sekvensen kopieras till en mRNA-sekvens (meddelande RNA) med hjälp av enzymet RNA-polymeras, vilket möjliggör syntesen av proteiner.
Transkriptionsfaktorer
Proteinbindning
"Proteinbindning refererar till den process där ett protein binder specifikt till ett annat molekylärt substance, såsom en liten molekyl, ett annat protein eller en jon, vanligtvis genom non-kovalenta interaktioner som hydrogenbindning, Van der Waals-kräfter och elektrostatiska attraktioner. Denna bindning kan regulera funktionen hos det bundna substanceet och är av central betydelse för många biologiska processer, inklusive signaltransduktion, enzymsk aktivitet och transport av molekyler inom cellen."
Immunprecipitation
Reglering av genuttryck
DNA-bindande proteiner
Proteiner som binder till DNA. Till denna familj hör proteiner som binder till såväl dubbelsträngat som enkelsträngat DNA, och den omfattar även specifika DNA-bindande proteiner i serum som kan användas som markörer för tumörsjukdomar.
Responselement
I en medicinsk kontext kan "response element" definieras som en sekvens av DNA-baserade nukleotider, vanligtvis upp till 20 baspar lång, som binder till en specifik transkriptionsfaktor. När denna transkriptionsfaktor binder till response elementet aktiveras eller inhiberas transkriptionen av det angränsande genetiska materialet, vilket i sin tur påverkar proteinexpressionen och cellens funktion. Response elementer spelar därför en viktig roll i regleringen av genuttryck under olika fysiologiska och patologiska tillstånd.
Bindningsplatser
Nukleosomer
Nukleosomer är de basala enheterna i kromatin, som består av DNA wrapped around histonproteinkärnor. Varje nukleosom innehåller 146 baspar DNA och två varianter av Histonoktamer (H3, H4)2(H2A, H2B)2. Nukleosomer är viktiga för kompaktiseringen av DNA i kromatin och regleringen av genuttryck genom att påverka tillgängligheten av DNA för transkriptionsfaktorer och andra proteiner som binder till DNA.
Bassekvens
Precipitintester
I en enkel medicinsk definition kan man säga att en "Precipitintest" är ett laboratorietest som används för att undersöka om en given substans, till exempel ett läkemedel eller en biologisk vätska som urin, kan orsaka en kemisk reaktion i form av en så kallad precipitatsbildning när den blandas med en specifik testvätska. Precipitatet är ett fast, oftast olösligt ämne som bildas när två lösningar blandas och deras komponenter reagerar tillsammans.
Cellinje
I medicine refererer "cellinje" til en gruppe af celler med ensartet funktion og opbygning, der samarbejder for at udføre en specifik biologisk proces eller opgave i et levende organisme. Celliner er ofte specialiserede i deres struktur og funktion for at udføre deres rolle effektivt, og de kan findes i alle levende organismer, fra encellet bakterie til komplekse flercellede dyr og planter.
Tumörcellinje
En tumörcellinje refererar till en homogen grupp av cancerceller som delar gemensamma genetiska mutationer och beteenden, och som härstammar från samma ursprungscell. Denna celllinje kan behålla sin unika identitet och vårda sig lika under tumörts growth, metastas och respons på terapi. Detta är viktigt att ta hänsyn till när man utvecklar cancerbehandlingar, eftersom responsen på en viss typ av behandling kan variera mellan olika tumörcellinjer.
Repressorproteiner
Repressorproteiner är proteiner som binds till specifika DNA-sekvenser och hämmar transkriptionen av ett visst genetiskt material, vilket leder till nedreglering av genuttrycket för de gener som kontrolleras av dessa repressorproteiner.
Cellkärneproteiner
Cellkärneproteiner är proteiner som lokaliseras till cellkärnan och utövar strukturella, regulatoriska eller katabola/anabola funktioner inom cellkärnans olika kompartment, såsom kromosomer, karyolymfa och kärnmembran.
Molekylsekvensdata
EMSA
Genavstängning
Histondeacetylaser
Deacetylaser som avlägsnar N-acetylgrupper från sidokedjorna till aminosyror i histoner. Några av dessa tillhör proteinfamiljen sirtuiner.
Kromosomala proteiner av icke-histontyp
Sp1-transkriptionsfaktor
Sp1-transkriptionsfaktoren är en typ av proteiner som binder till specifika DNA-sekvenser och reglerar transkriptionen av genuttryck för målgener. Sp1 står för Specificity protein 1, och dessa transkriptionsfaktorer har en central roll i basal transkription och regulering av cellytiska processer som celldelning, differentiering och apoptos.
DNA
En deoxiribonukleotidpolymer som utgör den grundläggande genetiska substansen i alla celler. Eukaryota och prokaryota organismer har normalt sitt DNA ordnat i dubbelsträngade strukturer, men i många viktiga biologiska processer ingår under vissa skeden enkla strängar. DNA, som består av en flersockerarts-fosfatstam med utskott av puriner (adenin och guanin) och pyrimidiner (tymin och cytosin), bildar en dubbelspiral som hålls ihop med vätebindningar mellan purinerna och pyrimidinerna (adenin mot tymin (AT) och guanin mot cytosin (GC)).
Cellkärna
En i den eukaryota cellen belägen, höljeomgiven kropp, som innehåller kromosomer och en eller flera nukleoler. Höljet består av ett dubbelmembran, genomsatt av ett antal porer. Det yttre membranet öve rgår i det endoplasmatiska nätverket. Det kan finnas mer än en kärna i en cell.
Epigenes, genetisk
"Epigenetiskt genetiskt" är ett begrepp inom forskningen som refererar till de förändringar i genuttryck som inte beror på ändringar i DNA-sekvensen, utan istället på andra mekanismer som påverkar geners aktivitet. Dessa mekanismer kan inkludera metylering av DNA, modifikationer av histonproteiner och RNA-interferens. Epigenetiska förändringar kan vara reversibla och är ofta beroende av miljön och åldern, till skillnad från genetiska förändringar som är ärftliga och orsakas av mutationer i DNA-sekvensen. Epigenetiska förändringar kan spela en viktig roll i cellulär differensiering, cancerutveckling och åldrande.
RNA, budbärar
"RNA (Ribonucleic acid) är ett ensträngat nucleotidmolekylt som fungerar som genetisk budbärare i celler, transportierande genetisk information från DNA till ribosomer under protein syntesprocessen."
RNA, Small Interfering
"Small interfering RNA (siRNA) is a type of small RNA molecule, typically 20-25 nucleotides in length, that plays a crucial role in the RNA interference (RNAi) pathway. siRNAs are formed from double-stranded RNA precursors and function to silence specific genes post-transcriptionally by targeting and degrading complementary messenger RNA (mRNA) molecules, thereby preventing protein synthesis."
Metylering
Tillägg av metylgrupper. I histokemi används metylering för att förestra karboxylgrupper och avlägsna sulfatgrupper genom att behandla vävnadssnitt med het metanol i närvaro av saltsyra.
Celler, odlade
Transaktivatorer
I en enkel mening kan transaktionsfaktorer (TF) definieras som en grupp proteiner som reglerar genuttryck genom att binde till specifika DNA-sekvenser och påverka transkriptionen av angränsande gener. De aktiverar eller stänger av genuttrycket beroende på cellens behov och omgivning. Transaktionsfaktorer spelar därför en viktig roll i cellulär differentiering, homeostas och patologiska tillstånd, inklusive cancer.
Histonacetyltransferas
En histonacetyltransferas (HAT) är ett enzym som överför en acetylgrupp från acetyl-CoA till lysinrester på histonproteiner, vilket leder till luftigare och mer lösliga kromatinstrukturer och ökad genaktivitet.
Hela-celler
RNA-polymeras II
DNA-metylering
Fogning av metylgrupper till DNA. DNA-metyltransferaser (DNA-metylaser) katalyserar denna reaktion med S-adenosylmetionin som givare av metylgrupper.
Omvänt transkriptaspolymeraskedjereaktion
En omvänd transkriptaspolymerasekedjereaktion (RT-PCR) är en molekylärbiologisk metod som används för att kopiera komplementär DNA (cDNA) från ett given RNA-molekyl, vilket möjliggör dess detektering och analys.
Blotting, Western
TNas
Transfektion
Transfektion är en process där DNA, RNA eller andra molekyler överförs till eukaryota celler, ofta med syfte att introducera en specifik gen så att cellen kan producera ett protein som kodas av den genen. Detta kan göras för forskningsändamål, till exempel för att studera proteinet och dess funktion, eller för medicinska ändamål, till exempel för att ersätta en defekt gen hos en patient med ärftlig sjukdom. Transfektion kan ske med olika metoder, såsom elektroporering, kemisk transfektion eller viralvektorbaserad transfektion.
RNA-interferens
RNA-interferens (RNAi) är ett naturligt förekommande cellulärt försvarsmekanism hos eukaryota celler, som reglerar genuttryck och skyddar mot främmande genetisk material, såsom virusgenomer och transponibla element. RNAi-mekanismen involverar degradering av specifika mRNA-transkript med hjälp av korta, dubbelsträngade RNA-molekyler (siRNA) som en del av ett RNA-inducerat silencing-komplex (RISC). Denna process leder till specifik nedreglering av genuttryck genom att förhindra översättningen av mål-mRNA till protein.
Reglering av genuttryck, tumörer
Mutation
Rapportörgener
DNA-mikromatrisanalys
Saccharomyces cerevisiae Proteins
'Saccharomyces cerevisiae proteins' refererar till proteiner som är specifika för jästsvampen Saccharomyces cerevisiae, även känd som bagerijäst eller öljäst. Detta organismer är välstuderade modellorganismer inom molekylärbiologi och genetik. Proteiner från Saccharomyces cerevisiae har varit av central betydelse för att förstå grundläggande cellulära processer, såsom celldelning, transkription, translation, DNA-replikering och metabolism. Många proteiner från Saccharomyces cerevisiae har blivit välkaraktäriserade och används ofta som referensproteiner i forskning.
Heterokromatin
p300-CBP-transkriptionsfaktorer
The p300-CBP transcription factors are a group of proteins that play crucial roles in regulating gene expression through chromatin remodeling and activation of transcription. Both p300 and CBP (CREB binding protein) are large, multi-domain proteins that function as histone acetyltransferases (HATs), adding acetyl groups to histone proteins around which DNA is wound, thereby relaxing the chromatin structure and allowing for transcription factor access and gene activation. They also serve as scaffolds, interacting with a variety of other transcription factors and co-regulators to form large protein complexes involved in signal transduction pathways that control cell growth, differentiation, and development. Dysfunction in p300-CBP transcription factors has been implicated in several diseases, including cancer and neurodevelopmental disorders.
Signalomvandling
I en enkel mening kan 'signalomvandling' inom medicin definieras som processen där celler konverterar inkommande signaler, ofta i form av hormoner, neurotransmittorer eller tillväxtfaktorer, till intracellulära svar genom en kaskad av biokemiska händelser. Detta kan leda till aktivering eller inhibitering av vissa cellulära funktioner och är en central mekanism i cellkommunikationen och regleringen av cellulär homeostas.
Gene Knockdown Techniques
Gene knockdown techniques refer to scientific methods used to reduce the expression of a specific gene, typically through the inhibition of its messenger RNA (mRNA) molecule. This is often achieved using RNA interference (RNAi), where short double-stranded RNA (dsRNA) molecules are introduced into cells to trigger the degradation of corresponding mRNA sequences, thereby preventing protein synthesis. Another method includes using antisense oligonucleotides that bind to and block the translation of target mRNAs. These techniques are widely used in molecular biology research to study gene function and its impact on cellular processes and disease states.
Luciferaser
Enzym som oxiderar vissa luminiscerande ämnen så att de avger ljus (fysisk luminiscens). Luciferaser från olika organismer har utvecklats olika under evolutionen. EC 1.13.12 (?).
Transcription Initiation Site
Transcription Initiation Site (TIS) refererar till den specifika positionen på DNA:t där transkriptionen av ett gener avses att starta. Det är platsen där RNA-polymeras binds till DNA-strecket och börjar syntetisera en mRNA-molekyl under genuttryck. I eukaryota celler kan TIS också benämnas cap site, eftersom den första nukleotiden i den transkriberade RNA-strängen ofta har en modifiering som kallas en 5'-kap.
Histon-lysin-N-metyltransferas
Saccharomyces cerevisiae
Förstärkare, genetiska
Histone Deacetylase 1
Histone Deacetylase 1 (HDAC1) är ett enzym som tillhör klassen I av histondeacetylaser och spelar en viktig roll i epigenetiska regleringar av genuttryck genom att avlägsna acetylgrupper från histonproteiner, vilket leder till en täta struktur av kromatin som oftast är associerad med undertryckt genuttryck. HDAC1 deltar också i andra cellulära processer, såsom celldelning och DNA-reparation.
Fosforylering
CCAAT-bindande faktor
Histone Deacetylase Inhibitors
Histone Deacetylase Inhibitors (HDACis) are a class of drugs that inhibit the function of histone deacetylases (HDACs), which are enzymes that remove acetyl groups from histone proteins, leading to chromatin condensation and transcriptional repression. By inhibiting HDACs, HDACis increase histone acetylation, resulting in the relaxation of chromatin structure and increased accessibility of transcription factors to DNA, thereby promoting gene expression. HDACis have been shown to have anti-cancer effects by inducing apoptosis, cell cycle arrest, and differentiation in various cancer cells.
Cellcykelproteiner
Proteiner som kontrollerar celldelningscykeln. Denna proteinfamilj omfattar ett stort antal klasser, inklusive cyklinberoende kinaser, mitogenaktiverade kinaser, cykliner och fosfoproteinfosfataser, s amt deras förmodade substrat, så som kromatinassocierade proteiner, cytoskelettproteiner och transkriptionsfaktorer.
Reglering av genuttryck, utveckling
Uppreglering
I en enkel medicinsk definition kan 'uppreglering' (aktivering) syfta på den process där en cell, ett enzym eller ett signalsystem ökar sin aktivitet eller verkan i organismen. Detta sker ofta som svar på olika inre eller yttre signaler och kan vara en del av normala fysiologiska processer eller en patofysiologisk process vid sjukdom. Exempelvis kan uppgifter om cellskador, infektioner eller hormonella signalsystem aktivera genuttryck och proteinsyntes som leder till uppreglering av vissa proteiner eller signalvägar för att hantera dessa situationer.
Celldifferentiering
Proteinstruktur, tertiär
Nedreglering
DNA-primrar
Deoxiribonukleas I
Ett enzym med förmåga att hydrolysera starkt polymeriserat DNA genom att bryta fosfodiesterbindningar, företrädesvis vid en pyrimidinnukleotid. Sålunda katalyseras endonukleolytisk klyvning av DNA, vilket ger 5'-fosfodi- och oligonukleotidslutprodukter. Enzymet verkar främst på dubbelsträngat DNA. EC 3.1.21.1.
Homeodomänproteiner
Proteiner som kodas av homeoboxgener och som uppvisar strukturella likheter med vissa prokaryota och eukaryota DNA-bindande proteiner. Homeodomänproteiner medverkar i regleringen av genuttryck i samband med morfogenes och utveckling.
Aminosyrasekvens
Genuttrycksmönster
E1A-associerat p300-protein
E1A-associated protein, also known as p300, is a transcriptional coactivator that plays a crucial role in the regulation of gene expression. It is called E1A-associated because it was initially identified as a protein that interacts with the adenovirus early region 1A (E1A) oncoprotein. The p300 protein contains several functional domains, including a histone acetyltransferase (HAT) domain, which can modify histone proteins and alter chromatin structure to facilitate transcription. It also has binding sites for various transcription factors, allowing it to integrate signals from multiple signaling pathways and enhance the transcription of target genes.
Regulatoriska element, transkriptionella
"Transcriptional regulatory elements are DNA sequences that bind to proteins or protein complexes known as transcription factors, which control the initiation, rate, and termination of gene transcription into messenger RNA (mRNA). These elements include promoters, enhancers, silencers, and insulators, and they play a crucial role in determining the spatial and temporal expression patterns of genes during development and homeostasis."
Reglering av genuttryck, enzymer
Reglering av genuttryck, svampar
E-Box Elements
I molekylærbiologi, er E-box elementer specifikke DNA-sequencer der binder til regulerende proteiner kaldet transkriptionsfaktorer, som kontrollerer udtrykket af gener. E-box elementer består af en 6-basers sekvens (CANNTG) og findes ofte i promotorregionen af geni, hvor de regulerer transkriptionen. De er især vigtige for reguleringen af genudtryk i cellulære processer som differentiering, proliferation og apoptose.
Modeller, genetiska
Modeller, biologiska
Kruppelproteinliknande transkriptionsfaktorer
En familj zinkfinger-transkriptionsfaktorer som delar homologi med Kruppelprotein hos Drosophila. De innehåller en väl bevarad mellansekvens av sju aminosyror mellan zinkfingrarna.
NIH.3T3-celler
NIH 3T3 celler är en immortaliserad musmuscellinje som vanligtvis används inom grundläggande forskning för att studera celldifferentiering, signaltransduktion och genuttryck. Denna celllinje utvecklades ursprungligen från embryonala fibroblastceller hos mus (Mus musculus) och är nu etablerad som en standardcellinj i biomedicinsk forskning. NIH 3T3-celler har en normal kromosomal status och kan differensieras till adipocyter under speciella kulturförhållanden, vilket gör dem användbara för att studera fettcellsdifferentiering och relaterade sjukdomar.
Chromatin Assembly Factor-1
Chromatin Assembly Factor-1 (CAF-1) är ett proteincomplex som spelar en viktig roll i nukleosomförsamling och kromatinstrukturreglering under DNA-replikering och transkription. CAF-1 hjälper till att koordinera depostitionen av histon H3 och H4, tillsammans med deras modifieringsmönster, på nyss replikerad DNA för att upprätthålla kromatinstrukturen och genreglering.
Centromer
Könskromatin
En komprimerad massa av kromatin, som utgör en inaktiverad X-kromosom, i cellkärnan under interfas. Varje X-kromosom, utöver en, bildar könskromatin (Barrkropp) i cellkärnan hos däggdjur.
Eukromatin
Kromosomområden som inte är så tätpackade och som är lättare tillgängliga för RNA-polymeraser än heterokromatin. De ger även en differentierad färgning i kromosombandpreparat.
CpG-öar
Förtätade områden i dinukleotidsekvensen cytosin-fosfatdiester-guanin. De bildar dna-sträckor som är flera hundra till flera tusen baspar i längd. Hos människor finns det ca 45 000 CpG-öar, huvudsakligen vid genernas 5´-ändor. De är ometylerade, med undantag för dem på den inaktiva X-kromosomen och några som hör samman med präglade gener.
Sp3-transkriptionsfaktor
Som en enda mening: "Sp3 är ett så kallat Sp-transkriptionsfaktorprotein som binder till specifika DNA-sekvenser och fungerar som en negativ regulerande transkriptionsfaktor, vilket innebär att det kan hämma genuttryck av målgener."
Acetyltransferaser
Proteinmodifiering, posttranslationell
Posttranslational protein modification (PTPM) refers to the covalent alteration of a protein's structure after its translation from mRNA to polypeptide chain but before it becomes fully functional. These modifications play crucial roles in regulating protein function, localization, stability, and interaction with other molecules within the cell. Examples of PTPMs include phosphorylation, glycosylation, ubiquitination, methylation, acetylation, and sumoylation, among others.
CREB-bindande protein
CREB (cAMP Response Element Binding) protein is a transcription factor that binds to specific DNA sequences called cAMP response elements (CRE), which are located in the promoter region of certain genes. When CREB is activated through phosphorylation, it forms a complex with other co-activator proteins and binds to the CRE site, leading to the recruitment of RNA polymerase II and initiation of transcription of the target gene. This process plays a crucial role in various cellular processes such as learning, memory, and metabolism regulation.
Plasmider
En plasmid är en liten, cirkulär dubbelsträngad DNA-molekyl som kan replikera självständigt och förekommer hos bakterier och andra encelliga organismer. Plasmider kan överföras mellan celler och innehåller ofta gener som ger resistens mot antibiotika eller kodar för toxiner. De används också i molekylärbiologi som vektorer för kloning av gener.
5' Flanking Region
I en genetisk kontext, refererer "5' flanking region" til den sekvens af DNA-baser der findes opstream (5') for et specifikt gen. Denne region omfatter ofte regulatoriske elementer såsom promotorer og enhancerne, som er vigtige for kontrollen af genekspression. Disse elementer binder transskriptionsfaktorer, der hjælper med at koordinere starten og stoppen af transkriptionen af det pågældende gen. I nogle tilfælde kan 5' flanking region også inkludere såkaldte silencer- eller enhancer-blockere, der hver især kan undertrykke eller forstærke transkriptionsaktiviteten i det pågældende gen.
Cellcykel
Genuppsättning
En organisms fullständiga arvsmassa, så som den är representerad i dess DNA eller, i vissa fall, RNA
Genuttryck
Cellproliferation
Estrogen Receptor alpha
HEK293 Cells
HEK293 cells, also known as human embryonic kidney 293 cells, are a type of immortalized cell line that were originally derived from human embryonic kidney tissue. They are widely used in scientific research due to their ability to express high levels of recombinant proteins and other foreign genes, making them valuable for the study of protein function, drug discovery, and gene therapy. HEK293 cells have a flat, fibroblast-like morphology and can be grown in culture under standard conditions, allowing for easy manipulation and analysis. It is important to note that while HEK293 cells are derived from human tissue, they are not considered to be primary cells, as they have been transformed and do not retain the same characteristics as the original tissue from which they were derived.
Protonkogenproteiner c-myc
'c-myc' är ett protoonkogen protein som reglerar celldelning, differentiering och apoptos (programmerad celldöd). Det kodas av c-myc-genen och ingår i en familj av onkogena transkriptionsfaktorer. Oreglerad aktivitet av c-myc-genen har visats korrelera med cancerutveckling, då det kan leda till oregelbunden celldelning och cellytiskt växtstimuli.
Möss, inavlade C57BL
"C57BL mice" är en specifik stam av möss som används inom forskning. De är så kallade inbredda möss, vilket betyder att de har en mycket konsekvent genetisk bakgrund eftersom de härstammar från en enda individ och har förökat sig genom systerskötsel under många generationer. Detta gör att deras egenskaper är väldigt repeterbara, vilket är användbart inom experimentell forskning. C57BL-stammen är känd för sin robusta hälsa och långa livslängd jämfört med andra mössstammar. De används ofta inom olika områden av biomedicinsk forskning, till exempel cancer-, neurologi- och immunologiforskning.
Möss, knockout
Musstammar, hos vars individer vissa gener inaktiverats, eller slagits ut. Utslagningen åstadkoms genom att man med hjälp av rekombinant DNA-teknik ändrar den normala DNA-sekvensen hos den gen som är föremål för studier, för att förhindra syntes av normala genprodukter. Klonade celler med lyckad DNA-förändring injiceras sedan i musembryon för framställning av chimärer. De chimära mössen avlas därefter för att ge en stam där alla celler i varje mus innehåller den brutna genen. Knockout-möss används i experimentella djurmodeller av sjukdomar och för att klarlägga geners funktioner.
Two-Hybrid System Techniques
Two-hybrid system techniques are a group of genetic methods used in molecular biology to detect and study protein-protein interactions within living cells. These techniques are based on the modular nature of transcription factors, which consist of two separate domains: one for DNA binding and another for transcription activation. In a two-hybrid system, these two domains are split and linked to two proteins of interest (target proteins). When the target proteins interact, the functional transcription factor is reconstituted, leading to the expression of a reporter gene. The activity of the reporter gene serves as an indicator of protein-protein interaction, allowing researchers to identify and analyze specific interactions between proteins in a high-throughput manner.
Kromosomer
I en prokaryot cell eller i kärnan av en prokaryot cell utgör kromosomer strukturella enheter bestående av eller innehållande DNA som bär den genetiska information som är väsentlig för cellen.
Drosophilaproteiner
Proteiner från insektarter tillhörande släktet Drosophila (bananfluga, fruktfluga). Särskilt proteiner från den mest välundersökta Drosophilaarten, Drosophila melanogaster, tilldrar sig stort intresse när det gäller forskning inom morfogenes och utveckling.
bHLH-proteiner
"bHLH-proteiner (basic helix-loop-helix proteins) är en typ av transkriptionsfaktorer som innehåller ett välbevarat domän bestående av en basisk region följt av en aminosyrasekvens med två α-helixar som är separerade av en variabel loop. De spelar en central roll i reguleringen av cellulär differensiering, proliferation och apoptos under embryonal utveckling och adulthood."
Insulatorelement
Nucleotide Motifs
A "nucleotide motif" in molecular biology refers to a specific pattern or sequence of nucleotides (the building blocks of DNA and RNA) that has biological significance. These motifs can be as short as two nucleotides long, such as the "AT" motif, or longer, such as the "CG-rich" motif. Nucleotide motifs can play crucial roles in various biological processes, including gene regulation, DNA replication, and repair, as well as in the recognition of specific sequences by proteins, such as transcription factors and enzymes.
Fibroblaster
Polymeraskedjereaktion
En polymerase chain reaction (PCR) är en laboratorieteknik som verkar genom att kopiera en specifik DNA-sekvens i ett exponentiellt tempo, vilket möjliggör detaljerad analys av mycket små mängder av ursprungligt DNA. PCR utförs genom att upprepade gånger höja temperaturen och sänka den igen, vilket låter enzymet polymeras skapa kopior av DNA-sekvensen med hjälp av två specifika primers. Detta möjliggör identifiering och analys av specifika DNA-sekvenser i forskning, diagnostik och forensiska tillämpningar.
DNA-helicaser
Transkriptionsfaktor ReIA
En transkriptionsfaktor är ett protein som binder till DNA och reglerar genuttrycket genom att påverka transkriptionen av gener till mRNA. ReIA (även känd som NF-1) är en specifik transkriptionsfaktor som aktiveras i monocyter och macrofager vid inflammation och infektion. Den binder till specifika DNA-sekvenser, kända som gamma-interferonaktiverade sekvenser (GAS), och reglerar uttrycket av gener involverade i immunförsvaret och inflammatoriska svar.
C-EBP beta
Ett CCAAT-förstärkarebindande protein (CCAAT-enhancer-binding protein beta) i lever, tarmar, lungor och fettvävnad. Det är en viktig förmedlare av interleukin-6-signalering.
Rekombinanta fusionsproteiner
Rekombinanta fusionsproteiner är proteiner som skapats genom att kombinera genetiska sekvenser från två eller fler olika proteinmolekyler, vilket resulterar i en hybridprotein med unika funktionella egenskaper. Genetisk manipulation används för att fusionera generna på ett sådant sätt att de uttrycks som ett enda proteinskapsel i värdenorganismen. Dessa tekniker används ofta inom biomedicinsk forskning för att undersöka proteininteraktioner, skapa nya diagnostiska verktyg och utveckla terapeutiska läkemedel.
Proteinmetyltransferaser
Protein metyltransferases are enzymes that catalyze the transfer of methyl groups from a donor, such as S-adenosylmethionine (SAM), to specific residues on protein substrates, including lysine, arginine, and histidine residues. This post-translational modification plays a crucial role in various cellular processes, such as gene expression, DNA damage repair, and signal transduction.
NF-kappa B
NF-κB (Nuclear Factor kappa-light-chain-enhancer of activated B cells) är ett transkriptionsfaktorprotein som spelar en central roll i reguleringen av immunresponsen, inflammation och cellcykeln. I vila finns NF-κB komplexat med dess inhibitor IκB och hålls inaktiverat i cytoplasman. När cellen aktiveras genom olika signaltransduktionsvägar får IκB en signalserie av fosforyleringar som leder till att det degraderas, vilket frigör NF-κB att transloeras in i kärnan där det binder till specifika DNA-sekvenser och påverkar transkriptionen av målgener.
USF-transkriptionsfaktorer
USF (Upstream Stimulatory Factor) transcription factors are a class of eukaryotic transcriptional regulators that bind to the E-box element in the promoter regions of genes to regulate their transcription, functioning as homodimers or heterodimers and playing important roles in various cellular processes including cell growth, differentiation, and DNA damage response.
Transkriptionsfaktor AP-1
Transcription factor AP-1 is a protein complex that binds to specific DNA sequences, known as AP-1 sites, and regulates the transcription of target genes involved in various cellular processes such as proliferation, differentiation, and apoptosis.
DNA-skador
Läkemedels- eller strålningsframkallade skador på DNA som medför avvikelser från den normala dubbelspiralkonformationen. Till dessa hör strukturella förvrängningar som stör replikation och transkription, samt punktmutationer som splittrar baspar och ger skadliga effekter på efterföljande generationer genom ändringar i DNA-sekvensen. Om skadan är av mindre omfattning kan den repareras (DNA-reparation), men stor skada kan leda till apoptos (celldöd).
Polycomb-Group Proteins
Polycomb-group proteins (PcG proteins) are a set of conserved epigenetic regulators that play crucial roles in the development and maintenance of multicellular organisms. They form large multi-protein complexes, such as Polycomb Repressive Complex 1 and 2 (PRC1 and PRC2), which modify chromatin structure to repress gene transcription. These proteins are essential for establishing and maintaining cell fate decisions, X-chromosome inactivation, and imprinting. Dysregulation of PcG proteins has been associated with various human diseases, including cancers.
Genom, humant
Regulatoriska sekvenser, nukleinsyra
Regulatoriska sekvenser inom nukleinsyramolekyler refererar till specifika DNA-sekvenser som kontrollerar genuttryck och -regulering genom att interagera med proteiner, såsom transskriptionsfaktorer och enzym, för att modulera transkriptionen av gener till mRNA. Dessa sekvenser inkluderar promotor- och enhancersekvenser, silencersekvenser, intron-exonspecifika sekvenser och andra cis-regulatoriska element som påverkar genuttrycket i rymden och tiden.
K562-celler
K562-celler är en typ av immortaliserade celler som isolerades från en patient med chronic myeloid leukemia (CML), en typ av blodcancer. Dessa celler har använts flitigt inom forskning, särskilt inom områdena cancer och genetik, på grund av deras förmåga att dela sig oändligt och deras känslighet för olika typer av behandlingar. K562-celler är exempelvis känsliga för apoptoseinducerande substanser, vilket gör dem användbara för att studera mekanismerna bakom cellsdöd och resistance mot läkemedel. Dessutom har K562-celler potentialen att skilja sig differensierade till olika typer av blodceller, vilket gör dem användbara för att studera de molekylära mekanismerna bakom cellulär differentiering.
E2F1-transkriptionsfaktorer
E2F1 är en transkriptionsfaktor som är involverad i regleringen av cellcykelns progression och apoptos, eller programmerad celldöd. E2F1 hör till den familj av transkriptionsfaktorer som binder till DNA-sekvensen som kallas E2F-bindningssites och aktiverar eller repressar transkriptionen av målgener som är involverade i cellcykelkontroll, differentiering, apoptos och DNA-reparation. E2F1 har bland annat en roll i att initiera celldelning genom att aktivera genuttryck för G1/S-övergången.
cAMP-responsivt elementbindande protein
Hep G2 Cells
"Hep G2 cells are a type of human liver cancer cell line that are commonly used in scientific research. They are named after the hospital where they were originally isolated, the Hamatomedical Center in Tokyo, Japan. Hep G2 cells have the ability to grow and divide indefinitely in laboratory conditions, making them a valuable tool for studying the biology of liver cancer and for testing potential new therapies."
DNA-sekvensanalys
Multiproteinkomplex
Ett multiproteinkomplex är en sammansättning av två eller flera proteiner som interagerar och fungerar tillsammans för att utöva en specifik cellulär funktion. Dessa proteiner binds till varandra med hjälp av icke-kovalenta interaktioner, såsom vätebindningar, hydrofoba interaktioner och Van der Waals-krfter. Många cellulära processer, inklusive signaltransduktion, DNA-replikering, transkription och proteinsyntes, kräver multiproteinkomplex för att koordinera och reglera dessa funktioner effektivt.
Histone Deacetylase 2
Histone Deacetylase 2 (HDAC2) är ett enzym som tillhör klassen histondeacetylaser, som spelar en viktig roll i epigenetiska regleringsprocesser genom att avlägsna acetylgrupper från histonproteiner i kromatinstrukturen. Detta leder till en tämmare struktur av DNA och undertryckt transkriptionsaktivitet, vilket påverkar genuttrycket negativt. HDAC2 har visat sig vara involverad i reguleringen av olika cellulära processer som celldelning, differentiering och apoptos. Dysfunktion eller överaktivitet hos HDAC2 har kopplats till flera sjukdomstillstånd, inklusive cancer och neurodegenerativa sjukdomar.
Transkriptionsfaktor AP-2
Transkriptionsfaktor AP-2 är ett protein som binder till specifika DNA-sekvenser och reglerar genuttrycket av målgenen under fostertid och i vuxna djur, inklusive celldifferentiering, cellytfunktion och cellcykelkontroll.
Apoptos
En av de två formerna av celldöd. Till skillnad från den patologiska processen nekros är apoptos en biologiskt programmerad process, ansvarig för en fysiologisk likvidering av celler. Denna typ av cel ldöd tjänar som en motvikt mot mitos och utgör ett led i regleringen av vävnaders tillväxt och storlek.
Embryonala stamceller
Embryonal stem cells are a type of pluripotent stem cell that are derived from embryos that are typically 3-5 days old. These stem cells have the ability to differentiate into any cell type in the body, making them a promising area of research for regenerative medicine and the treatment of various diseases and conditions. However, there are ethical concerns surrounding the use of embryonic stem cells due to the fact that their derivation requires the destruction of a human embryo.
Proteintransport
Proteintransport refererer til den proces, hvor proteiner bliver transporteret gennem cellemembraner for at nå deres destination indenfor eller udenfor cellen. Dette sker ved hjælp af specielle transportproteiner, som kender vej og kan genkende de forskellige typer proteiner. Proteintransport er en nødvendig proces for at sikre, at cellen fungerer korrekt og at proteinerne kan udføre deres biologiske funktioner på det rigtige sted i organismen.
Tumörsuppressorprotein p53
Tumörsuppressorproteinet p53 är ett protein som spelar en central roll i cellcykeln och DNA-reparationen, och som undertrycker oregelbunden celldelning och neoplasi (abnorm tumörväxt). Det gör detta genom att initiera apoptos eller celldelningsstopp vid skadad DNA eller påträngande onkogena signaler.
Tumörceller, odlade
Molekylvikt
Polyakrylamidgelelektrofores
Azacytidin
HNF3-alfa-protein
HNF3-alpha-proteinet, också känt som FOXA1-proteinet, är ett transskriptionsfaktorprotein som hör till FOX-familjen av proteiner och spelar en viktig roll i utvecklingen av lever, bukspottkörtel och andra organ. Det binder till DNA och regulerar genuttrycket av flera gener som är involverade i glukosmetabolismen. Mutationer i HNF3-alpha-genen har associerats med vissa arvsamma sjukdomar, såsom diabetes typ 1.
Polycomb Repressive Complex 2
Polycomb Repressive Complex 2 (PRC2) är ett proteinkomplex som spelar en viktig roll i regleringen av genuttryck, särskilt under embryonal utveckling. PRC2 katalyserar metylering av histonproteinet H3 på specifika positioner (H3K27me2/3), vilket leder till kompaktisering av kromatin och försäljning av genuttryck. Anomalier i PRC2-relaterade processer har visats korrelera med olika sjukdomar, inklusive cancer.
Tidsfaktorer
"Tidsfaktorer" refererar inom medicinen till de aspekter av tiden som kan spela in på en persons hälsa, sjukdomsutveckling eller svar på behandling. Detta kan omfatta sådant som tidpunkt för exponering för en skada eller en infektion, tid som har gått sedan symtom uppstod, eller den tid det tar för en behandling att verka. Tidsfaktorer kan vara av avgörande betydelse för att ställa diagnoser, planera behandlingar och förutse prognoser.
bZIP-proteiner
bZIP (basic region leucine zipper) proteiner är en typ av transkriptionsfaktorer som innehåller en conserved basisk region och en leucin Zinkfinger-domän, vilken medierar dimerisering och DNA-bindning. De är involverade i reguleringen av olika cellulära processer, inklusive celldelning, differentiering, apoptos och respons på stress.
Fosfoproteiner
Fosfoproteiner är proteiner som innehåller kovalent bundna fosfatgrupper, ofta på serin-, treonin- eller tyrosinresidveni. Dessa fosfatgrupper kan spela en viktig roll i regleringen av proteinkunktioner, såsom enzymsaktivitet och signaltransduktion. Fosforylering och dephosphorylering av fosfoproteiner är centrala för cellulär reglering och styrs ofta av kinaser och fosfataser.
Gendeletion
Omfördelning av gener till följd av bortfall av DNA- eller RNA-segment, vilket leder till att sekvenser som normalt befinner sig på avstånd från varandra hamnar nära varandra. Bortfallet kan påvisas med hjälp av cytogenetiska metoder, och man kan även sluta sig till det från fenotypen, antydande bortfall på en bestämd plats.
Metyl-CpG-bindande protein 2
Ett DNA-bindande protein som interagerar med metylerade cpg-öar. Det har betydelse för undertryckande av genetisk transkription och är ofta i muterad form i Retts syndrom.
Tumörsuppressorproteiner
Tumörsuppressorproteiner är proteiner som reglerar celldelningen och skyddar mot oregelbunden celldelning och cancertillväxt genom att hämma onkogena signaler och främja reparation av skadad DNA.
HMG-proteiner
Erytroida celler
Erythrocytes, also known as red blood cells, are non-nucleated, biconcave shaped cells that primarily function to transport oxygen from the lungs to the body's tissues and carbon dioxide from the tissues to the lungs. They are the most abundant type of blood cell in mammals, and their distinctive red color is due to the presence of hemoglobin, an iron-containing protein that binds to oxygen and gives blood its red color. Erythrocytes have a lifespan of about 120 days in humans, after which they are removed from circulation by the spleen and liver.
RNA
RNA, eller Ribonukleinsyra, är ett biologiskt molekyll som består av en lång kedja av nukleotider. Det spelar en central roll i cellens proteinsyntes genom att transkribera DNA:t till mRNA (messenger RNA), som sedan kan översättas till protein av ribosomer. RNA förekommer också i andra funktioner, såsom reglering av genuttryck och katabolism av signalsubstanser.
Mitos
High-Throughput Nucleotide Sequencing
"High-throughput nucleotide sequencing," also known as next-generation sequencing (NGS), refers to a massively parallel sequencing technology that allows for the rapid determination of nucleotide sequences of large numbers of DNA molecules in a single run. This technology has revolutionized genomics and molecular biology research by enabling the cost-effective, efficient, and accurate sequencing of entire genomes, transcriptomes, and epigenomes. High-throughput sequencing has numerous applications, including genetic variation analysis, gene expression profiling, DNA-protein interactions, and methylation patterns, among others. Overall, it is a powerful tool for understanding complex biological systems at the molecular level.
GATA1-transkriptionsfaktor
GATA1 är ett transkriptionsfaktorprotein som binder till GATA-sekvensen inom DNA och reglerar genuttrycket hos flera gener involverade i hematopoies, särskilt de röda blodcellernas differentiering och utveckling.
Mi-2 Nucleosome Remodeling and Deacetylase Complex
The Mi-2/NuRD (Nucleosome Remodeling and Deacetylase) complex is a large, multi-subunit protein complex involved in epigenetic regulation of gene expression in eukaryotic cells. It is named after its catalytic subunit, Mi-2, which has ATPase activity and is responsible for nucleosome remodeling. The NuRD complex also contains histone deacetylases (HDACs) that remove acetyl groups from histone proteins, leading to a more compact chromatin structure and repression of gene transcription. Overall, the Mi-2/NuRD complex plays important roles in various cellular processes, including development, differentiation, and tumor suppression.
Tumörproteiner
Bevarad sekvens
En aminosyrasekvens i en polypeptid eller en nukleotidsekvens i DNA eller RNA som är den samma hos flera arter. En känd uppsättning bevarade sekvenser representeras av en konsensussekvens. Aminosyramotiv består ofta av bevarade sekvenser.
Protonkogenproteiner
Proton pump inhibitor proteins, also known as protono pumpare, refer to a group of protein pumps found primarily in the parietal cells of the stomach that play a key role in regulating gastric acid secretion. These proteins are responsible for transporting hydrogen ions (protons) from the cytoplasm of the cell into the lumen of the stomach, where they combine with chloride ions to form hydrochloric acid. By inhibiting the function of these proton pumps, medications known as proton pump inhibitors can reduce gastric acid secretion and alleviate symptoms associated with acid-related disorders such as gastroesophageal reflux disease (GERD) and peptic ulcers.
Protonkogenproteiner c-ets-1
'c-ets-1' är ett protoonkogen protein som tillhör ETS-familjen av transkriptionsfaktorer och spelar en viktig roll i cellcykeln, celldifferentiering och cellproliferation. Det kan bidra till cancerutveckling när det blir överaktiverat eller muterat.
Möss, genetiskt förändrade
Kycklingar
Polycomb Repressive Complex 1
Polycomb Repressive Complex 1 (PRC1) är ett proteincomplex som spelar en viktig roll i den epigenetiska regleringen av genuttryck. PRC1 hjälper till att undertrycka transkriptionen av specifika gener genom att modifiera histonproteiner i kromatinstrukturen runt dessa gener. Detta sker genom en process som kallas monoubiquitinering av histon H2A, vilket förändrar den kemiska strukturen hos kromatinet och gör det svårare för transkriptionsfaktorer att binda till DNA-sekvensen och aktivera genuttrycket. PRC1 är involverad i cellcykelreglering, stammcellsunderhåll och cancerutveckling.
Drosophila
Membranproteiner
Immunfluorescensteknik
Jumonji Domain-Containing Histone Demethylases
Jumonji Domain-Containing Histone Demethylases (JHDMs) are a family of enzymes that play a crucial role in the regulation of gene expression through the removal of methyl groups from histone proteins. These proteins are involved in the packaging and organization of DNA within the cell nucleus, and their modification through processes like methylation and demethylation can influence the accessibility of DNA to transcription factors and other regulatory elements.
Protonkogenproteiner c-jun
'Protoncogenproteinet c-Jun' är ett transkriptionellt aktiveringsfaktorprotein som spelar en viktig roll i cellcykeln, celldifferentiering och programmerad celldöd (apoptos). Det är en del av activator protein 1 (AP-1) transkriptionsfaktor komplexet och kan påverka uttrycket av gener som är involverade i cellproliferation, differentiering, inflammation och cancer. Fostrets onkogen c-jun kodas av protoonkogenet JUN.
Drosophila melanogaster
En flugart som används mycket i genetisk forskning pga sina stora kromosomer.
Co-Repressor Proteins
Co-repressor proteiner är proteiner som binder till en transkriptionsfaktor för att hämta dess transkriptionella aktivitet, vilket resulterar i nedreglering av genuttrycket av målgenen.
Fluorescensmikroskopi
S-fas
S-fase (Syntese-fase) er en fase i cellers delingsprosess, kaldet cellcyklus. Under S-fasen syntesiserer cellen ny DNA for at forberede sig på celldeling, hvorved cellens genetiske materiale bliver duplikeret. Dette sker således, at hver dattercelle, der dannes under celldelingen, får en kopi af modercellens DNA.
Kärnreceptorer
Proteiner i cytoplasman eller cellkärnan som specifikt binder signalmolekyler och utlöser förändringar som påverkar hur celler beter sig. De största grupperna är steroidhormonreceptorerna, som normalt finns i cytoplasman, och sköldkörtelhormonreceptorerna, som normalt finns i cellkärnan. Receptorer, till skillnad från enzym, katalyserar vanligtvis inte kemiska förändringar i sina ligander.
Adenosintrifosfataser
Histone Chaperones
Histone chaperons are a group of proteins that assist in the assembly, disassembly, and exchange of histone-DNA complexes during processes such as DNA replication, repair, and transcription. They play a crucial role in maintaining genome stability by preventing the formation of non-specific nucleosome structures and facilitating the access of various nuclear machinery to chromatin. Histone chaperones do not remain associated with the final nucleosome structure but rather help in the transient binding and transfer of histones during chromatin dynamics.
EGR1-transkriptionsfaktor
EGR1 (Early Growth Response 1) är ett transkriptionsfaktorprotein som binder till specifika DNA-sekvenser och reglerar genuttrycket av målgenar involverade i olika cellulära processer, inklusive cellytocycel, differentiering och apoptos. EGR1 aktiveras i respons på mitogena och kväveoxidaktiverande signalsubstanser och fungerar som en nedrestråkning av signaltransduktionsvägar som reglerar cellproliferation och överlevnad.
Rekombinanta proteiner
Rekombinanta proteiner är proteiner som innehåller sekvenser från två eller flera olika källor, vanligtvis genom genetisk manipulation i laboratorium. Genom användning av rekombinant-DNA-teknik kan man kombinera gener från olika organismer för att skapa en ny gen som kodar för ett protein med önskade egenskaper. Detta är en viktig metod inom biomedicinsk forskning och används bland annat för produktion av läkemedel, diagnostiska verktyg och för studier av proteiner och deras funktioner.
Proteinisoformer
En proteinisoform är en variant av ett protein som uppstår genom differentierad exonskaping, alternativ splicing av RNA eller post-translationell modifikation av aminosyrakedjan. Dessa variationer kan resultera i skilda funktioner, aktiviteter och subcellulära lokaliseringsmönster hos proteinet. Proteinisoformer bidrar till den biologiska mångfalden och komplexiteten i levande organismer.
Embryo, däggdjur
Immunsorbenttekniker
Konsensussekvens
En teoretiskt representativ nukleotid- eller aminosyrasekvens, i vilken varje nukleotid eller aminosyra är den vanligast förkommande på den platsen i de olika sekvenser som förekommer i naturen. Benämningen används också för en sekvens som är nära överensstämmande med den teoretiska konsensussekvensen. En känd uppsättning bevarade sekvenser representeras av en konsensussekvens. Aminosyramotiv bildas ofta av bevarade sekvenser.
Hepatocyte Nuclear Factor 4
Hepatocyte Nuclear Factor 4 (HNF4) är ett transkriptionsfaktorprotein som spelar en viktig roll i leverns utveckling, differentiering och homeostas. Det finns två huvudsakliga isoformer av HNF4: HNF4α och HNF4γ. Dessa proteiner binder till DNA och reglerar genuttrycket av flera enzymer och andra proteiner som är involverade i glukos- och lipidmetabolism, bland annat glukosgenkinas, fosfoenolpyruvatkarboxylas och apolipoproteiner. Mutationer i HNF4-generna har associerats med leverrelaterade sjukdomar som diabetes typ 2 och leverdysfunktion.
Enzymhämmare
Enzyminhibitorer är substanser som sänker eller helt stoppar en enzymes aktivitet genom att binda till enzymet. Detta resulterar i försening eller minskning av den kemiska reaktionen som enzymet annars skulle ha katalyserat. Enzymer är proteinmolekyler som accelererar biologiska reaktioner inom celler, och deras aktivitet kan regleras genom olika mekanismer, däribland användning av enzyminhibitorer.
Kloning, molekylär
Telomer
Ett telomér är en upprepad DNA-sekvens (typically TTAGGG in vertebrates) som skyddar kromosomernas ändar från nedbrytning och fusion med varandra under celldelningen. Vid varje celldelning förkortas telomeret något, och när det blir för kort kan cellen inte längre dela sig korrekt, vilket kan leda till celldöd eller onkogenes. Telomerase är ett enzym som kan förlänga telomererna och hittats vara överaktiverat i flera cancertyper.
Silencer Elements, Transcriptional
Transcriptional silencer elements are DNA sequences that bind to specific proteins, known as transcriptional repressors or silencers, to inhibit the transcription of nearby genes into messenger RNA (mRNA). These elements play a crucial role in regulating gene expression by preventing the production of unnecessary or unwanted proteins. They are often located in non-coding regions of DNA, such as enhancers and promoters, and can function independently or in conjunction with other regulatory elements to modulate gene activity. Transcriptional silencer elements can be involved in various biological processes, including development, differentiation, and disease pathogenesis.
YYY1-transkriptionsfaktor
The YYY1-transcription factor is a protein that regulates gene expression by binding to specific DNA sequences, known as enhancers, in the genome and promoting the initiation of transcription of nearby genes into messenger RNA (mRNA). This process plays a crucial role in various biological processes, including cell growth, differentiation, and survival.
CBFA1-protein
Core-binding factor subunit alpha-1 (CBFA1), även känt som runt-related transcription factor 2 (RUNX2), är ett transkriptionsfaktorprotein involverat i den regulativa nätverksmekanismen för ben- och kartskelettsutveckling. Detta protein binder till DNA och fungerar som en nyckelkomponent i koordineringen av cellulär differentiering, celldelning och apoptos under osteogenes (benbildnings) processen. Genetiska mutationer eller abnorma nivåer av CBFA1-proteinet kan leda till allvarliga skelettrelaterade sjukdomar som exempelvis osteoporos, osteogenesis imperfecta och flera typer av bencancer.
Cercopithecus aethiops
En art av Cercopithecus med tre underarter: C. tantalus, C. pygerythrus och C. sabeus. De lever i skogs- och savannområden i Afrika. Den afrikanska grönapan, C. pygerythrus, är den naturliga värden fö r SIV och används i AIDS-forskningen.
DNA-fotavtryck
En metod för bestämning av sekvensspecificitet för proteiner som binder till DNA. Vid DNA-fotavtryck används något DNA-nedbrytande medel (kemikalie eller nukleas), som klyver alla basparen. Vid bindningsställena för proteinet i fråga sker ingen klyvning.
Aktiv transport i cellkärna
Kontrollerad transport av proteiner och RNA genom cellkärnans hölje.
Histonkod
De specifika mönstren för proteinmodifikation hos histoner efter translation, t ex histonacetylering, metylering, fosforylering och ubikvitinering på specifika aminosyrarester, som ingår i sammansättning, upprätthållande och modifiering av olika kromatinstrukturfaser, såsom eukromatin och heterokromatin.
Genetic Loci
"Genetic locus" (plural: "loci") refererar till en specifik position på ett kromosom där ett bestämt gen eller en genetisk markör finns. Det kan jämföras med en adress på en karta, som pekar ut var en viss plats är lokaliserad. Genetiska loci kan variera mellan individer, och skillnader i dessa loci kan leda till genetisk variation och individuella differenser.
DNA-reparation
Rekonstruktion av en sammanhängande, dubbelsträngad DNA-molekyl utan felparning utifrån en molekyl med skadade områden. De viktigaste typerna av reparationsmekanismer är: excisionsreparation, där defekta områden i en sträng tas ut och återsyntetiseras med hjälp av den information som de komplementära basparen i den hela strängen innehåller; ljusåteraktiveringsreparation, som innebär att de nedbrytande och mutagena effekterna av UV-strålning elimineras; samt postreplikationsreparation, där de primära skadorna inte repareras, men där gapen i en dotterdubbelsträng fylls med delar av den andra, oskadade duplexdottern. Excisionsreparation och postreplikationsreparation kallas ibland för "mörk reparation", eftersom de inte kräver ljus.
Reglering av genuttryck, virus
COS-celler
Cellinje från den afrikanska grönapan som används för transfektion och kloning.