'Lac repressor' är ett protein som förekommer hos bakterien *Escherichia coli* och som reglerar genuttrycket av en grupp gener kända som 'lac-operon'. Lac repressorn binds till operonets promotorregion och förhindrar därmed transkriptionen av de associerade generna. När specifika molekyler, såsom allos, är närvarande i bakteriens miljö, kan de binda till lac repressorn och orsaka en konformationsförändring som får proteinet att släppa loss från DNA-strängen. Detta möjliggör transkription av lac-operonets gener och syntesen av de enzymer som krävs för att bryta ned allos till en form som bakterien kan använda som energikälla. Lac repressorn är ett exempel på ett regulatoriskt protein, vilka ofta fungerar som switche för genuttryck i celler.

Repressorproteiner är proteiner som binds till specifika DNA-sekvenser och hämmar transkriptionen av ett visst genetiskt material, vilket leder till nedreglering av genuttrycket för de gener som kontrolleras av dessa repressorproteiner.

Genetisk enhet bestående av tre strukturella gener, en operator och en reglergen. Reglergenen styr syntesen av de tre strukturella generna för beta-galaktosidas, beta-galaktosidpermeas (som medverkar till laktosomsättningen) och beta-tiogalaktosidacetyltransferas.

I geneticen refererar "operator regions" till specifika sekvenser av DNA som kontrollerar genuttryck genom att reglera transkriptionen av angränsande gener. De flesta operatorregionerna är belägna i bakterier och arkeer, där de fungerar som samlingsplatser för regulatoriska proteiner, som kan binda till operatorn och påverka om transkription skall ske eller inte. I eukaryota celler (t.ex. djur- och växtceller) är kontrollen av genuttryck mer komplex och involverar flera olika mekanismer, inklusive epigenetiska modifieringar och långa icke-kodande RNA, så operatorregioner som i prokaryota celler saknas.

En icke-metaboliserbar galaktosanalog som sätter igång uttryck av Lac-operon.

En disackarid av glukos och galaktos i mjölk från människor och kor.

En art gramnegativa, fakultativt anaeroba och stavformade bakterier som normalt förekommer i den nedre delen av tarmkanalen hos varmblodiga djur. Vanligtvis är den inte patogen, men vissa stammar kan ge upphov till diarré och variga infektioner. Syn. E. coli.

Tiogalaktosider är en typ av komplexa socker (oligosacharid) molekyler som innehåller svavelatomen (-SH gruppen) i varje monosackarid enhet, vanligtvis bestående av D-galaktozresidor. De förekommer naturligt i vissa bakterier och svampar, och fungerar som viktiga strukturella komponenter i deras cellytor eller som virulensfaktorer som hjälper till att undertrycka immunförsvaret hos värden. Tiogalaktosider spelar också en roll i bakteriers och svampars förmåga att anpassa sig till förändringar i sin miljö, såsom temperatur- eller pH-skiftningar.

En familj galaktosidhydrolaser som hydrolyserar föreningar med O-galaktosylkoppling. EC 3.2.1.-.

Nitrophenylgalactoside är ett kemiskt compound som består av en galaktoz (en sockerart) kopplad till en nitrofenylgrupp (enoftast en kolvätekedja med en nitrogrupp). Det används ofta som en substrat i biokemiska reaktioner för att studera enzymer som är involverade i galaktosemetabolismen.

Deoxiribonukleinsyra (arvsmassa) hos bakterier.

Transkriptionsfaktorer är proteiner som binder till DNA-regulatoriska sekvenser och kontrollerar transkriptionen av gener, vilket påverkar syntesen av specifika proteinmolekyler i cellen.

Purin- och pyrimidinföljden i nukleinsyror och polynukleotider. Kallas även nukleotid- eller nukleosidsekvens.

Ett operon är ett genkluster i prokaryota celler, som består av en grupp reglerade strukturgener och ett operatörregion som kontrolleras av ett gemensamt promotorområde, vilket tillåter koordinerad transkription av flera gener under kontroll av samma regulatorprotein.

Proteiner förekommande hos någon bakterieart.

Gener som reglerar eller begränsar andra geners aktivitet, i synnerhet gener som kodar för proteiner (repressor- och aktivatorproteiner), vilka styr den genetiska transkriptionen av strukturella eller reglerande gener.

I en enkel mening kan facilitated diffusion definieras som en typ av passiv transportmekanism över cellytan, där små polära eller icke-polära molekyler diffunderar genom cellmembranet med hjälp av transportproteiner, så kallade kanalproteiner eller transportörer. Dessa proteiner underlättar diffusionen genom att öka den koncentrationsgradient som driver processen, men de behöver inte konsumera energi för att göra det, till skillnad från aktiv transport. Exempel på substanser som kan diffundera faciliterat inkluderar glukos, aminosyror och joner som natrium (Na+) och kalium (K+).

En plasmid är en liten, cirkulär dubbelsträngad DNA-molekyl som kan replikera självständigt och förekommer hos bakterier och andra encelliga organismer. Plasmider kan överföras mellan celler och innehåller ofta gener som ger resistens mot antibiotika eller kodar för toxiner. De används också i molekylärbiologi som vektorer för kloning av gener.

Plasmider som avgör bakteriers förmåga att jäsa laktos.

Proteiner från Escherichia coli.

Beskrivningar av specifika sekvenser av aminosyror, kolhydrater eller nukleotider som publicerats och/eller deponerats och hålls tillgängliga i databaser som t ex Genbank, EMBL, NBRF eller andra sekvensdataarkiv.

I en enkel mening kan "nukleinsyrakonfiguration" referera till den specifika rymden eller position som en nukleotid eller ett baspar tar upp i en nukleinsyra, såsom DNA eller RNA. Detta inkluderar vilken sida av strängen varje nukleotid befinner sig på, och i vilket läge de är rotade. I DNA utgörs konfigurationen ofta av en dubbelhelix med antiparallella strängar, där varje baspar består av en adenin (A) som parar sig med en timin (T), och en guanin (G) som parar sig med en cytosin (C). I RNA är konfigurationen ofta en enkelsträngad helix, där uracil (U) ersätter timin (T) som basparningspartner till adenin (A).

"Proteinbindning refererar till den process där ett protein binder specifikt till ett annat molekylärt substance, såsom en liten molekyl, ett annat protein eller en jon, vanligtvis genom non-kovalenta interaktioner som hydrogenbindning, Van der Waals-kräfter och elektrostatiska attraktioner. Denna bindning kan regulera funktionen hos det bundna substanceet och är av central betydelse för många biologiska processer, inklusive signaltransduktion, enzymsk aktivitet och transport av molekyler inom cellen."

Störning i syntesen av ett enzym pga ökad förekomst av något verksamt ämne, oftast en metabolit, som undertrycker den gen som styr enzymsyntesen.

Betagalaktosidas är ett enzym som bryter ned specifika sockerstrukturer, så kallade betagalaktosider, genom att hydrolysera (splittra) deras glykosidbindningar. Det används inom forskning och diagnoser av olika medicinska tillstånd, exempelvis visar ökat aktivitet av betagalaktosidas på förekomsten av certaina genetiska sjukdomar som Gaucher sjukan och Parkinson's disease.

De reaktiva områden på en makromolekyl som är direkt envolverade i dess specifika sammankoppling med en annan molekyl.

Proteiner som binder till DNA. Till denna familj hör proteiner som binder till såväl dubbelsträngat som enkelsträngat DNA, och den omfattar även specifika DNA-bindande proteiner i serum som kan användas som markörer för tumörsjukdomar.

De processer genom vilka cytoplasmatiska eller intercellulära faktorer inverkar på differentieringsstyrningen av genaktiviteten hos bakterier.

Genetisk transkription är ett biologiskt process där DNA-sekvensen kopieras till en mRNA-sekvens (meddelande RNA) med hjälp av enzymet RNA-polymeras, vilket möjliggör syntesen av proteiner.

I en enkel mening kan promotorregionen inom genetiken definieras som den del av ett genetiskt material (DNA) där transkriptionsfaktorer binder till att initiera transkriptionen av ett specifikt gen. Promotorregionen ligger vanligtvis uppströms (5'-ändan) av det gen som ska transkriberas och innehåller ofta cis-regulatoriska element som reglerar genuttrycket genom att påverka bindningen av RNA-polymeras II, enzymet ansvarigt för transkriptionen av protein kodande gener.

Aminosyrors ordningsföljd i en polypeptidkedja. Den utgör proteiners primärstruktur och är av avgörande betydelses för proteinkonfigurationen.

Varje påvisbar och ärftlig förändring i det genetiska materialet som medför ändrad genotyp och som överförs till dotterceller och efterföljande generationer.

'Viral Regulatory and Accessory Proteins' refer to a group of proteins encoded by viruses that play roles in regulating viral replication, gene expression, and host immune response, as well as modulating the cellular environment for optimal viral infection and propagation. These proteins are not essential for viral replication in isolation but can significantly enhance viral fitness and pathogenesis during infection. They often manipulate various cellular signaling pathways, interfere with host defense mechanisms, or interact with other viral components to ensure efficient virus life cycles.

I enkelhet kan 'proteinkonfiguration' definieras som den specifika rymdstrukturen och orienteringen hos de aminosyror som utgör ett protein. Denna konfiguration bestäms av proteinkedjans primära struktur (sekvensen av aminosyror) samt hur dessa aminosyror är hopfogade och vevda i rummet, vilket kallas för sekundär, tertiär och kvartär struktur. Proteinkonfigurationen har en direkt betydelse för proteinets funktion och stabilitet.

En deoxiribonukleotidpolymer som utgör den grundläggande genetiska substansen i alla celler. Eukaryota och prokaryota organismer har normalt sitt DNA ordnat i dubbelsträngade strukturer, men i många viktiga biologiska processer ingår under vissa skeden enkla strängar. DNA, som består av en flersockerarts-fosfatstam med utskott av puriner (adenin och guanin) och pyrimidiner (tymin och cytosin), bildar en dubbelspiral som hålls ihop med vätebindningar mellan purinerna och pyrimidinerna (adenin mot tymin (AT) och guanin mot cytosin (GC)).

Läran om förloppsdynamik i kemiska och fysikaliska system.

Den genetiska massan hos bakterier.

Betydelsen av bassekvensen i förhållande till hur den översätts till aminosyrasekvens. Början, slutet och ordningsföljden av aminosyrorna i ett protein bestäms av en följd av nukleotidtripletter, benämnda kodoner.

Varje förening innehållande ett socker, i vilket den hydroxylgrupp som är kopplad till det första kolet ersatts med en alkohol-, fenol- eller annan grupp. De benämns utifrån det socker de innehåller, som t ex glukosid (glukos), pentosid (pentos), fruktosid (fruktos) osv. Vid hydrolys bildas en sockerdel och en icke-sockerdel (aglykon).

Spektroskopimetod för mätning av det magnetiska momentet hos elementärpartiklar, så som atomkärnor, protoner eller elektroner. Tekniken har kliniska tillämpningar i form av NMR-tomografi (magnetisk resonanstomografi).

Ringformat, supertvinnat duplex-DNA som isolerats från virus, bakterier och mitokondrier. Denna superhelixform av DNA har tillgång till fri energi. Under transkriptionsfasen är omfattningen av RNA-initiering proportionell mot superhelixgraden hos DNA:t.

Rekombinanta fusionsproteiner är proteiner som skapats genom att kombinera genetiska sekvenser från två eller fler olika proteinmolekyler, vilket resulterar i en hybridprotein med unika funktionella egenskaper. Genetisk manipulation används för att fusionera generna på ett sådant sätt att de uttrycks som ett enda proteinskapsel i värdenorganismen. Dessa tekniker används ofta inom biomedicinsk forskning för att undersöka proteininteraktioner, skapa nya diagnostiska verktyg och utveckla terapeutiska läkemedel.

Föreningar och molekylkomplex som består av ett stort antal atomer och som i allmänhet är mer än 500 kD. I biologiska system kan makromolekylära ämnen åskådliggöras med elektronmikroskopi och särskiljas från organeller genom avsaknaden av membranstrukturer.

En "T-cell" (T-cell or T-lymphocyte) är en typ av vita blodcellar som hör till det adaptiva immunsystemet och spelar en central roll i cellmedierad immunitet, särskilt mot virusinfektioner och cancer. De utvecklas från stamceller i benmärgen och mognar i thymus, varifrån de får sitt namn (T-cell = Thymus-cell). T-celler kan identifiera och binder till specifika antigener på ytan av infekterade celler eller främmande partiklar, vilket aktiverar dem att utveckla ett effektivt svar genom att sekretiera cytokiner, rekrytera andra immunceller och direkt döda de infekterade cellerna. T-celler kan delas upp i olika undergrupper baserat på deras fenotyp och funktion, till exempel CD4+ T-hjälparceller (T-helper cells) och CD8+ cytotox

De processer genom vilka cellkärnors, cytoplasmatiska eller intercellulära faktorer inverkar på differentieringsstyrningen av genaktiviteten under transkriptions- eller translationsstadierna. Hit hör även genaktivering och geninduktion.

Tillförsel av molekyler av rekombinant DNA från prokaryota eller eukaryota källor till replikationsvektorer, så som plasmider eller virus, och införande av de härvid erhållna hybridmolekylerna i mottagarceller, utan att livsdugligheten hos dessa celler ändras.

En grupp enzymer som katalyserar DNA-mallstyrd förlängning av 3'-änden av en RNA-sträng med en nukleotid åt gången. De kan initiera en helt ny sträng. Hos eukaryoter har tre former av enzymet kunnat särskiljas utifrån känslighet för alfa-amanitin och den typ av RNA som syntetiseras. EC 2.7.7.6.

Specifika sekvenser av nukleotider längs en DNA-molekyl (RNA-molekyl hos vissa virus), vilka utgör funktionella enheter för ärftlighet. De flesta eukaryota gener innehåller kodande områden (kodoner) som är åtskilda av icke-kodande områden (introner) och kallas därför uppdelade gener.

En övergång från plan till elliptisk polarisering när en ursprungligen i ett plan polariserad ljusvåg passerar ett optiskt aktivt medium.

Ett enzym med förmåga att hydrolysera starkt polymeriserat DNA genom att bryta fosfodiesterbindningar, företrädesvis vid en pyrimidinnukleotid. Sålunda katalyseras endonukleolytisk klyvning av DNA, vilket ger 5'-fosfodi- och oligonukleotidslutprodukter. Enzymet verkar främst på dubbelsträngat DNA. EC 3.1.21.1.

Enzymer som ingår i restriktions-/modifieringssystemen. De katalyserar endonukleolytisk klyvning av DNA-sekvenser som saknar det artspecifika metyleringsmönstret i värdcellens DNA. Spjälkningen ger slumpartade eller specifika dubbelsträngade fragment med 5'-fosfatavslutningar. Restriktionsenzymernas uppgift är att förstöra allt främmande DNA som tränger in i värdcellen. De flesta har iakttagits i bakteriella system, men några få har påvisats i eukaryota organismer. De används även som verktyg för systematisk kartläggning av kromosomer, för bestämning av bassekvenser i DNA, och de har möjliggjort spjälkning och utbyte av gener från en organism till genomet i en annan. EC 3.1.21.-.

Biologiskt aktivt DNA som sammansatts in vitro av DNA-segment från olika källor. Det innehåller sammanfogningspunkten för en heteroduplexregion, där två olika DNA-molekyler är förenade.

"Virusproteiner" refererer til proteiner som produceres af et virus for å fullføre sin infeksjonsprosess og reproducerer seg i værtsorganismen. Disse proteinet kan ha ulike funksjoner, såsom å binde til værtscellene for å fremme infeksjonen, å beskytte virusgenomet under overføringen mellom værter eller å hjelpe med replikasjonen av viruset.

Enzyminduktion refererar till processen där aktiviteten hos ett enzym ökar som ett resultat av exponering för en inducerande agent. Detta sker vanligtvis genom att induceringsagenten påverkar genuttrycket och/eller syntesen av enzymet, vilket leder till en ökad mängd fungerande enzym i cellen. Enzyminduktion kan ha kliniskt relevans inom områden som farmakologi och toxicologi, eftersom den kan påverka både farmakokinetiken och toxikokinetiken av olika substanser.

Experimentella eller teoretiska modeller för undersökning av molekylers form, elektroniska egenskaper eller interaktioner. Hit hör även analoga molekyler, datorframställd grafik och mekaniska strukturer.

Teoretiska framställningar som simulerar skeenden i genetiska processer eller fenomen. I modellerna ingår även matematiska beräkningar, datorer och annan elektronisk utrustning.

Restriktionskartläggning är en molekylärbiologisk metod som används för att bestämma den exakta ordningen av gener och andra sekvenser på ett DNA-molekyl, genom att karta positionerna för specifika restriktionsenzymer som kan klippa sönder DNA-strängarna vid vissa sekvensspecifika ställen.

"Structure-activity relationship (SAR) refers to the correlation between the chemical structure of a drug or molecule and its biological activity, describing how changes in the molecular structure can affect its ability to interact with biological targets and produce a desired pharmacological response."

I medicine refererer "cellinje" til en gruppe af celler med ensartet funktion og opbygning, der samarbejder for at udføre en specifik biologisk proces eller opgave i et levende organisme. Celliner er ofte specialiserede i deres struktur og funktion for at udføre deres rolle effektivt, og de kan findes i alle levende organismer, fra encellet bakterie til komplekse flercellede dyr og planter.

Arrangerad genetisk mutagenes på någon specifik plats i DNA-molekylen som ger en bassubstitution, infogning eller radering.

Fenomenet att en fag tar plats i värdbakteriens DNA och etablerar ett slags symbios mellan profagen och bakterien, vilket resulterar i att profagen förevigas i kommande bakterieceller. Vid aktivering av viruset genom olika utlösande faktorer, som t ex ultraviolett strålning, frigörs fagen, blir virulent och löser upp bakterien.

En typ av elektrofores där polyakrylamidgel används som diffusionsmedium.

Trypsin är ett enzym som produceras i bukspottskörteln och spjälkar proteiner i mag-tarmsystemet genom att bryta ned dem till mindre peptider och aminosyror, vilket underlättar deras absorption i kroppen.

Rekombinanta proteiner är proteiner som innehåller sekvenser från två eller flera olika källor, vanligtvis genom genetisk manipulation i laboratorium. Genom användning av rekombinant-DNA-teknik kan man kombinera gener från olika organismer för att skapa en ny gen som kodar för ett protein med önskade egenskaper. Detta är en viktig metod inom biomedicinsk forskning och används bland annat för produktion av läkemedel, diagnostiska verktyg och för studier av proteiner och deras funktioner.

Deoxiribonukleinsyra som utgör arvsmassan hos virus.

Den relativa mängden purin och pyrimidin i en nukleinsyra.

En tempererad, inducerbar bakteriofag som utgör typarten av släktet lambdaliknande fager i familjen Siphoviridae. Dess naturliga värd är E. coli K12. Viruspartikeln innehåller linjärt, dubbelsträngat DNA med undantag för 12 komplementbaser vid 5´-änden av polynukleotidkedjorna. Vid infektion sluter sig DNA i cirkel.

DNA-molekyler med förmåga till autonom replikation i en värdcell, och i vilka andra DNA-sekvenser kan infogas och därmed mångfaldigas. Många erhålls ur plasmider, bakteriofager eller virus. De används för att föra in främmande gener i mottagarceller. Genetiska vektorer har ett funktionsdugligt replikationsställe och innehåller genetiska markörer, som underlättar deras identifiering.

Organiska föreningar som generellt innehåller en aminogrupp (-NH2) och en karboxylgrupp (-COOH). Tjugo alfaaminosyror är de subenheter som polymeriseras till proteiner.

En ascomycetjästsvamp i familjen Saccharomycetaceae och ordningen Saccharomycetales.

Mätning av intensitet och kvalitet hos fluorescerande ljus.

Cyclic AMP Response Element Modulator (CREM) is a transcription factor that regulates gene expression in response to changes in cellular levels of cyclic AMP (cAMP), a secondary messenger involved in various cellular processes. CREM binds to cis-acting elements called cyclic AMP response elements (CREs) in the promoter or enhancer regions of target genes, thereby modulating their transcription.

Ultraviolettspektrofotometri (UV-spektrofotometri) är en laboratorieteknik som används för att bestämma koncentrationen av ett ämne i en lösning genom att mäta absorptionen av ultraviolett ljus. Detta görs genom att lysa upp lösningen med UV-ljus och mäta den absorbierade strålningen vid specifika våglängder. Resultaten presenteras i form av ett spektrum, som visar absorptionen som en funktion av våglängden. Metoden är vanlig inom områden som kemi, biokemi och miljöanalys för att bestämma koncentrationer av olika organiska och oorganiska ämnen, till exempel aminosyror, vitaminer, pigment och vissa typer av föroreningar.

Virus med Escherichia coli som värdorganism.

Cellkärneproteiner är proteiner som lokaliseras till cellkärnan och utövar strukturella, regulatoriska eller katabola/anabola funktioner inom cellkärnans olika kompartment, såsom kromosomer, karyolymfa och kärnmembran.

Ett peptidfragment är en kort sekvens av aminosyror som har beeneds klippt isär från ett större peptid eller protein.

'Zinkfingrar' är ett medicinskt termer som refererar till små, tunna plattor gjorda av zinkmetall, som används inom tandvården för att understödja och skydda sårade, känsliga eller utsatta tandrotar. De placeras vanligtvis i direkt kontakt med rotarna under en restaurativ behandling och kan hjälpa till att förebygga fortsatt nedbrytning och infektion.

En aldohexos som uppträder naturligt i D-form i laktos, cerebrosider, gangliosider och mukoproteiner. Brist på galaktosyl-1-fosfaturidyltransferas ger upphov till felaktig galaktosomsättning, galaktosemi, som leder till höjda halter av galaktos i blodet.

Deacetylaser som avlägsnar N-acetylgrupper från sidokedjorna till aminosyror i histoner. Några av dessa tillhör proteinfamiljen sirtuiner.

Proteiner som kodas av homeoboxgener och som uppvisar strukturella likheter med vissa prokaryota och eukaryota DNA-bindande proteiner. Homeodomänproteiner medverkar i regleringen av genuttryck i samband med morfogenes och utveckling.

"RNA (Ribonucleic acid) är ett ensträngat nucleotidmolekylt som fungerar som genetisk budbärare i celler, transportierande genetisk information från DNA till ribosomer under protein syntesprocessen."

I en enkel mening kan transaktionsfaktorer (TF) definieras som en grupp proteiner som reglerar genuttryck genom att binde till specifika DNA-sekvenser och påverka transkriptionen av angränsande gener. De aktiverar eller stänger av genuttrycket beroende på cellens behov och omgivning. Transaktionsfaktorer spelar därför en viktig roll i cellulär differentiering, homeostas och patologiska tillstånd, inklusive cancer.

Gener som uttrycker sig på ett lätt påvisbart sätt och därför används för att studera promotoraktivitet på många platser i ett målgenom. Inom rekombinant DNA-teknik kan dessa gener kopplas till ett promotorområde av intresse.

En transkriptionsregulator hos prokaryoter som verkar vid flera promotorer, sedan den aktiverats genom bindning till cykliskt AMP (cAMP). Detta receptorprotein identifierades ursprungligen som ett katabolismgenaktiveringsprotein. Det har senare visat sig reglera flera funktioner ej förknippade med katabolism, samt att fungera som såväl negativ som positiv transkriptionsregulator. Hit räknas inte cellytereceptorer för cyklist AMP (cykliskt AMP-receptorer) eller eukaryota cytoplasmatiska cAMP-receptorproteiner, vilka utgör regulatorenheterna hos cAMP-beroende proteinkinaser.

En oplacerad temperad colifag tillhörande familjen Myoviridae med en linjär, dubbelsträngad DNA-molekyl som slumpmässigt kan tränga in vid vilken punkt som helst på värdkromosomen. Den ger ofta upphov till mutationer genom att störa bakteriens operon vid angreppspunkten.