Lyaser
Kondroitinlyaser
Enzymer som katalyserar elimineringen av delta-4,5-D-glukuronatrester från polysackarider innehållande 1,4-beta-hexosaminyl- och 1,3-beta-D-glukuronosyl- eller 1,3-alfa-L-iduronosyllänkar och som därmed åstadkommer en polymerisering. EC 4.2.2.4 verkar på kondroitinsulfat A och C, dermatansulfat och långsamt på hyaluronat. EC 4.2.2.5 verkar på kondroitinsulfat A och C.
Pectobacterium chrysanthemi
Kondroitinaser och kondroitinlyaser
Pektiner
Pektiner är en typ av komplexa kolhydrater, mer specifikt polysackarider, som förekommer naturligt i växter och frukt. De fungerar som strukturmaterial i cellväggar och hjälper till att ge växterna styrka och form. Pektiner är också viktiga för att hålla celler samman inom växten. I människokroppen kan pektiner fungera som dietär fiber och erbjuda en rad potentiala hälsobefordrande effekter, såsom att underlätta tarminnehållens gång genom kroppen och hjälpa till att reglera blodsockernivåer.
Fykobiliproteiner
Fykobiliproteiner är ett typ av protein som innehåller kromoforer och förekommer hos cyanobakterier och rödalger. De är viktiga för fotosyntesen, eftersom de absorberar ljus i olika delar av det visibla spektret och överför den energin till fotosystemet. Fykobiliproteiner delas in i två grupper: fykocyaniner (blå) och fykoerytriner (röda).
Cikoria
Aldehydlyaser
Kol-syrelyaser
Erwinia
Heparinlyas
Ett enzym i isomerasklassen som katalyserar den avskiljande klyvningen av polysackarider, innehållande 1,4-kopplat D-glukuronat eller L-iduronatrester och 1,4-alfakopplade 2-sulfoamin-2-deoxi-6-sulfo-D-glukosrester, till oligosackarider med 4-deoxi-alfa-D-gluk-4-enuronosylgrupper på de icke-reducerande ytterändarna. EC 4.2.2.7.
Oxo-syra-lyaser
Polygalakturonas
Polygalakturonase är ett enzym som bryter ned polymerer av galakturonsyra, som förekommer i pektin, en typ av komplex kolhydrat som finns i cellväggar hos växter.
Alginater
Salter av algsyra, en hydrofil kolhydratkolloid som utvinns ur kelp (framförallt brunalger). Kalcium-, natrium- och ammoniumalginater har använts i absorberande omslag. Alginater i gelform används som avtrycksmassa för tandavtryck.
Hexuronsyror
Benämning på tetrahydroxialdehydsyror som erhålls genom oxidation av hexossockerarter, som t ex glukuronsyra, galakturonsyra osv. Termen hexuronsyra användes ursprungligen för askorbinsyra.
Isocitratlyas
Rhodophyta
Rhodophyta, också kända som rödalger, är en division av marine och sötvattenslevande alger. Dessa organismers celler innehåller fyloplaster istället för de mer vanliga chloroplasterna hos andra algdivisioner. Rhodophyta-celler har också unika kolesteroler och karotenoidpigment som ger dem deras röda färg, även om vissa arter kan vara gröna, bruna eller rosa.
Substratspecificitet
Substratspecificitet beteferrer sig inom farmakologi och enzymologi till den egenskap hos ett enzym eller en receptor där det endast binder till och katalyserar (eller påverkar) vissa specifika substanser, molekyler eller läkemedel, känt som substrat. Det innebär att en given enzymtyp endast är aktivt mot en begränsad grupp av kemiska föreningar som har en viss strukturell och kemisk likhet. Substratspecificiteten bestäms av enzymernas tredimensionella struktur och den del av substratmolekylen som interagerar med aktiva sitet på enzymet.
Fykobiliner
Fykobiliner är vattenlösliga pigment som förekommer hos cyanobakterier och rödalger, där de är bundna till proteiner och bildar komplexa strukturer kända som fykobilisomer. Fykobilinerna absorberar ljus i olika våglängder och överför energin till fotosyntesen, vilket gör att dessa organismer kan utnyttja solljus av lägre intensitet eller med annorlunda spektral sammansättning än gröna växter.
Kondroitin-ABC-lyas
Ett enzym som katalyserar den eliminerande nedbrytningen av polysackarider som innehåller 1,4-beta-D-hexosaminyl- och 1,3-beta-D-glukuronosyl- eller 1,3-alfa-L-iduronosyllänkar till disackarider med 4-deoxi-beta-D-gluk-4-enuronosylgrupper. EC 4.2.2.4.
Sphingomonas
"Sphingomonas" är ett släkte av gramnegativa, aeroba bakterier som saknar yttre cellvägg och tillhör proteobacteria. De är kända för sin förmåga att metabolisera ovanliga kolväten, inklusive aromatiska kolväten, och har identifierats som en komponent i mikrobiomen på ett antal olika miljöer, inklusive vatten, jord och luft. Några arter av Sphingomonas kan orsaka infektion hos människor, särskilt hos immunförsvagna individer.
Molekylsekvensdata
Aminosyrasekvens
Cytokromer c1
Ett membranbundet mitokondrieprotein av c-typ, med molekylvikt 30 kD, som fungerar som elektrongivare till cytokrom c i andningskedjan i mitokondrier och bakterier.
Bacteroides
Flavobacterium
Adenylsuccinatlyas
Streptococcus anginosus
'Streptococcus anginosus' är en gram-positiv, kapsellös bakterie som tillhör β-hemolysinproducerande Lancefieldgrupp Streptokocker och är en del av den viridansgruppen streptokocker. Den kan orsaka en varierad klinisk bild, från odontogen (tandrelaterad) infektioner till invasiva systemiska infektioner som abscesser, endokardit, meningit och sepsis, särskilt hos immunosupprimereda individer.
Glukuronsyra
Hevea
Kloning, molekylär
Glykosaminoglykaner
Proteus vulgaris
'Proteus vulgaris' är en gramnegativ, aerob eller anaerob bakterie som tillhör familjen Enterobacteriaceae och förekommer naturligt i vatten, jord och djurs gutta. Den kan orsaka opportunistiska infektioner hos människor, särskilt hos immunsupprimerade individer eller vid medicinska ingrepp som exponerar sårbarare vävnad. Infektioner kan vara lokaliserade till urinvägar, hud och slemhinnor, och i allvarliga fall kan orsaka blodförgiftning (sepsis).
Sekvenshomologi, aminosyra
Aminosyresekvenshomologi refererer til den grad af lighed i rækkefølgen af aminosyrerne, der udgør proteiner hos to eller flere organismer. Jo større antal identiske aminosyrer i samme position i de sammenlignede sekvenser, des højere er graden af homologi. Dette begreb anvendes ofte i molekylærbiologien for at fastslå evolutionæ forhold og funktionelle egenskaber hos proteiner.
Uronsyror
Kondroitinsulfater
Derivat av kondroitin som har en sulfatdel förestrad till kondroitinets galaktosamindel. Sulfatet i kondroitinsulfat A, eller kondroitin-4-sulfat, och kondroitinsulfat C, eller kondroitin-6-sulfat, är förestrat i positionerna 4 och 6. Kondroitinsulfat B (betaheparin; dermatansulfat) är en olycklig benämning, då det inte är ett egentligt kondroitinsulfat.
Sulfoniumföreningar
Dermatansulfat
Ett naturligt förekommande glykosaminoglykan som huvudsakligen återfinns i hud och bindväv. Det skiljer sig från kondroitinsulfat A genom sitt innehåll av iduronsyra istället för glukuronsyra, dess epimer, vid den femte kolatomen.
Kol-kvävelyaser
Enzymer som katalyserar klyvning av kol-kvävebindningar på annat sätt än genom hydrolys eller oxidation. Undergrupper är ammoniaklyaser, amidinlyaser, aminlyaser och andra kol-kvävelyaser. EC 4.3.
Disackarider
Kol-kollyaser
Enzymer som katalyserar klyvning av kol-kolbindningar på annat sätt än genom hydrolys eller oxidation. Till denna undergrupp hör dekarboxylaser, aldehydlyaser och oxo-syralyaser. EC 4.1.
Pseudomonas
Pseudomonas är ett släkte gramnegativa, aeroba stavformade bakterier, vanligtvis icke-sporbildande, som förekommer vitt spridd i naturen, särskilt i fuktiga miljöer. Några arter av släktet Pseudomonas kan orsaka infektioner hos människor och djur, framför allt Pseudomonas aeruginosa, som är känd för sin förmåga att utveckla antibiotikaresistens och orsaka livshotande sjukdomar, särskilt hos immunförsvagna individer.
Nukleosidaser
Sekvensinpassning
I medicinen, refererar "sekvensinpassning" till processen av matchning eller korrelerande en genetisk sekvens, vanligtvis en DNA- eller RNA-sekvens, med en specifik referenssekvens, för att fastställa dess position, orientering och eventuella variationer i förhållande till den referenssekvensen. Detta används ofta inom genetisk forskning och klinisk diagnostik för att identifiera gener, mutationer eller polymorfismer som kan vara associerade med sjukdomar eller andra hälsotillstånd.
Svampar
Ett rike av eukaryota, heterotrofa organismer som lever som saprofyter eller parasiter, omfattande svampar, jästarter, mögel osv. De kan fortplanta sig sexuellt eller asexuellt och ha mer eller mindre komplexa livscykler. Trådsvampar bildar flercelliga kolonier.
Kolibakterie
DNA-glykosylaser
En DNA-glykosylase är ett enzym som bryter kovalenta bindningar mellan basen och den deoxyribos-fosfatbakgrund som utgör DNA:s dubbelhelix. Dessa enzymer spelar en viktig roll i reparationen av skada på DNA, särskilt skador orsakade av oxidativ stress eller mutagena substanser. Genom att bryta bindningen mellan basen och bakgrunden kan den skadade basen tas bort och ersättas med en korrekt bas, vilket hjälper till att återställa DNA:t till dess ursprungliga sekvens.
Bacillus
Intramolekylära lyaser
Heparitinsulfat
Polyakrylamidgelelektrofores
Biokatalys
En biokatalys, även känd som ett enzym, är ett protein som accelererar en biokemisk reaktion genom att sänka aktiveringsenergibehovet för reaktionen. Denna minskning av energi krav gör det möjligt för reaktionen att fortgå under mildare betingelser, såsom fysiologiska temperaturer och pH-värden, jämfört med obehindrade reaktioner. Biokatalysörer är specifika för de reaktioner de katalyserar och ökar ofta reaktionshastigheten av många magnituder. De spelar en avgörande roll i alla levande system genom att underlätta metabolismen och andra biokemiska processer.
Rekombinanta proteiner
Rekombinanta proteiner är proteiner som innehåller sekvenser från två eller flera olika källor, vanligtvis genom genetisk manipulation i laboratorium. Genom användning av rekombinant-DNA-teknik kan man kombinera gener från olika organismer för att skapa en ny gen som kodar för ett protein med önskade egenskaper. Detta är en viktig metod inom biomedicinsk forskning och används bland annat för produktion av läkemedel, diagnostiska verktyg och för studier av proteiner och deras funktioner.
Gelkromatografi
Isoenzymer
Bassekvens
Oligosackarider
Oligosaccharides are complex carbohydrates consisting of a small number (typically 2-10) of simple sugars, or monosaccharides, linked together by glycosidic bonds. They occur naturally in a variety of foods and also serve important functions in the human body, such as acting as recognition sites for cell-cell communication and promoting the growth of beneficial gut bacteria.
DNA-sekvensanalys
Kromatografi
Någon i en rad av separationsmetoder för att skilja närbesläktade ämnen i en blandning, baserade på skillnader i ämnenas affinitet för två olika media, varav ett (den rörliga fasen) är vätskeformat och det andra fast (porös substans eller gel). Den hastighet med vilken de olika ämnena förflyttar sig i den rörliga fasen beror på lösligheten (i en vätskefas) eller gastrycket (i en gasfas) och affiniteten för det fasta mediet.
Katalys
Enzymstabilitet
Modeller, molekylära
Molekylvikt
Cellvägg
Hos de flesta alger, bakterier och svampar är cellväggen en vanligtvis fast struktur som bildar ett skikt utanför cellhinnan och som ger organismen dess form och skyddar den mot mekanisk skada, osmotisk påverkan osv. Cellväggen fungerar också som en genomsläpplighetsbarriär mot t ex antibiotika och andra substanser.
P-O-lyaser
I en enkel medicinsk kontext, kan 'P-O-lyas' definieras som en typ av reaktion där en fosfatestrad (P) bryts ned till en aldehydgrupp (-CHO) och en förening med en hydroxylgrupp (-OH). Denna process kallas också för dephosphorylering. Det är värt att notera att termen 'P-O-lyas' inte används särskilt ofta inom medicinsk terminologi, utan den kan vara mer vanlig inom biokemi och molekylärbiologi.
Växter
'Växter' är en botanisk term som definierar en grupp organismar som utmärks av celldelning genom vävnadsomslutande delning, kärndelning genom mitos och cellväggar byggda av cellulosa. De flesta växter har också klorofyll och kan därför producera sin egen näring genom fotosyntes.
Proteinkonfiguration
I enkelhet kan 'proteinkonfiguration' definieras som den specifika rymdstrukturen och orienteringen hos de aminosyror som utgör ett protein. Denna konfiguration bestäms av proteinkedjans primära struktur (sekvensen av aminosyror) samt hur dessa aminosyror är hopfogade och vevda i rummet, vilket kallas för sekundär, tertiär och kvartär struktur. Proteinkonfigurationen har en direkt betydelse för proteinets funktion och stabilitet.
Bindningsplatser
Reglering av genuttryck, bakterier
Jonbytarkromatografi
Växtsjukdomar
"Växtsjukdomar" är en samlingsbeteckning för sjukdomar som drabbar växter och orsakas av diverse patogener, inklusive bakterier, svampar, virus och viroider, samt abiotiska faktorer som klimatförhållanden, näringsbrist och toxiner. Dessa sjukdomar kan påverka växternas tillväxt, utveckling och produktivitet, och i vissa fall leda till död av plantan.
Högtrycksvätskekromatografi
Temperatur
I en enkel mening kan temperatur inom medicinen definieras som den grad av värmevariation eller termisk energi som mäts i kroppen hos levande organismer, vanligtvis i enheten Celsius (°C) eller Fahrenheit (°F). Den normala kroppstemperaturen för en vuxen människa varierar vanligtvis mellan 36,5 och 37,5 °C (97,7 till 99,5 °F), även om det kan variera något beroende på individuella skillnader, tid på dygnet och metoden för temperaturmätning.
Proteoglykaner
Proteoglykaner är glykoproteiner som består av en protein-kärna kovalent bundet till en eller flera långa, repeaterande disackaridkedjor, vanligen bestående av sockerarten glukosamin och galaktosamin. Dessa disackarider är ofta sulfaterade i olika mönster, vilket ger proteoglykanerna deras negativa laddning och vattenbindande kapacitet. Proteoglykaner utgör en viktig komponent i extracellulär matrisen (ECM) där de spelar roll för struktur, mekanisk buffring och signaltransduktion. De kan också vara involverade i cell-cell-kommunikation och bindning av tillväxtfaktorer och cytokiner. Proteoglykanernas specifika struktur och funktion varierar mellan olika typer och kan ha stor betydelse för hälsa och sjukdom, exempelvis vid artros och cancer.
Mutation
Multigenfamilj
En uppsättning gener som genom mångfaldigande och variation härstammar från någon ursprunglig gen. Sådana gener kan sitta tillsammans på samma kromosom eller vara utspridda på olika kromosomer. Exempel på multigenfamiljer är de som kodar för hemoglobiner, immunglobuliner, histokompatibilitetsantigener, aktiner, tubuliner, keratiner, kollagener, stressproteiner, salivproteiner, korioproteiner, membranproteiner, ägguleproteiner och faseoliner, och även histoner, ribosom-RNA och tRNA-gener. De tre senare utgör exempel på upprepningsgener, av vilka det finns hundratals identiska i tandemformationer.
Kol-svavellyaser
Proteinbindning
"Proteinbindning refererar till den process där ett protein binder specifikt till ett annat molekylärt substance, såsom en liten molekyl, ett annat protein eller en jon, vanligtvis genom non-kovalenta interaktioner som hydrogenbindning, Van der Waals-kräfter och elektrostatiska attraktioner. Denna bindning kan regulera funktionen hos det bundna substanceet och är av central betydelse för många biologiska processer, inklusive signaltransduktion, enzymsk aktivitet och transport av molekyler inom cellen."
Mutagenes, riktad
Proteinstruktur, sekundär
DNA-reparation
Rekonstruktion av en sammanhängande, dubbelsträngad DNA-molekyl utan felparning utifrån en molekyl med skadade områden. De viktigaste typerna av reparationsmekanismer är: excisionsreparation, där defekta områden i en sträng tas ut och återsyntetiseras med hjälp av den information som de komplementära basparen i den hela strängen innehåller; ljusåteraktiveringsreparation, som innebär att de nedbrytande och mutagena effekterna av UV-strålning elimineras; samt postreplikationsreparation, där de primära skadorna inte repareras, men där gapen i en dotterdubbelsträng fylls med delar av den andra, oskadade duplexdottern. Excisionsreparation och postreplikationsreparation kallas ibland för "mörk reparation", eftersom de inte kräver ljus.
Proteinveckning
Proteinveckning, eller proteinfoldning, är den process där ett proteinmolekyl plattar ut sig självt och bildar en tredimensionell struktur, som är nödvändig för dess funktion. Denna process sker spontant och är styrd av interaktionerna mellan de aminosyror som proteinets sekvens består av. Fel i proteinveckningen kan leda till att proteinet inte fungerar korrekt, vilket kan orsaka sjukdomar.