MikroRNA
Små, dubbelsträngade, icke proteinkodande RNA, med en längd av 21-25 nukleotider, vilka genereras från enkelsträngade mikroRNA-gentranskript av samma ribonukleas III Dicer som producerar små stör-RNA (små interferens-RNA). De utgör en del av RISC och undertrycker translationen av mål-RNA genom att binda till en homolog 3'UTR-region med ofullständig passning. stRNA let-7 och lin-4 från C. elegans är de två första miRNA som påvisats och tillhör en klass miRNA som medverkar i utvecklingstajming.
Ribonukleas III
Ribonuclease III (RNase III) er en type endonuklease, enzym som klipper RNA-molekyler innenfor specifike sekvenser, og den spesielt kutter dobbeltstrenget RNA (dsRNA) til små, regelbunde fragmenter. I mennesker er dette enzym kodet for av RNASEN3-genet og fungerer i reguleringen av genuttrykk og RNA-processing mekanismer.
3` otolkade områden
Genuttrycksmönster
RNA-sekvensanalys
RNA, växt
Argonaute Proteins
Argonaute proteins are a family of conserved nucleic acid-binding proteins that play crucial roles in gene regulation, particularly in the RNA interference (RNAi) pathway and the related microRNA (miRNA) pathway. These proteins are characterized by the presence of a PAZ domain, which binds to the 3' end of small RNAs, and a PIWI domain, which contains an endonuclease active site for cleavage of target RNAs. Argonaute proteins use small RNAs as guides to recognize and cleave complementary mRNA sequences, thereby suppressing gene expression at the post-transcriptional level. They also contribute to other cellular processes such as transposon silencing, DNA damage repair, and epigenetic regulation.
Reglering av genuttryck
Bassekvens
Reglering av genuttryck, tumörer
DNA-mikromatrisanalys
High-Throughput Nucleotide Sequencing
"High-throughput nucleotide sequencing," also known as next-generation sequencing (NGS), refers to a massively parallel sequencing technology that allows for the rapid determination of nucleotide sequences of large numbers of DNA molecules in a single run. This technology has revolutionized genomics and molecular biology research by enabling the cost-effective, efficient, and accurate sequencing of entire genomes, transcriptomes, and epigenomes. High-throughput sequencing has numerous applications, including genetic variation analysis, gene expression profiling, DNA-protein interactions, and methylation patterns, among others. Overall, it is a powerful tool for understanding complex biological systems at the molecular level.
RNA-Induced Silencing Complex
RNA-induced silencing complex (RISC) är ett protein-RNA-komplex som spelar en central roll i RNAi-mechanismen, en naturlig process som reglerar genuttrycket i eukaryota celler. RISC innehåller en guide-RNA, ofta en liten interfererande RNA (siRNA) eller ett miRNA (microRNA), och en aktiv del av komplexet som katalyserar klövning av komplementärt RNA, vilket leder till dess degradering eller översättningshämmning. På så sätt bidrar RISC till nedreglering av specifika gener och på så vis kontrollerar proteinexpressionen i cellen.
RNA Processing, Post-Transcriptional
Post-transcriptional RNA processing refers to the modifications and regulations that occur to RNA molecules after they have been transcribed from DNA. These processes include capping, splicing, and tailing, which are essential for stabilizing and enabling the mature RNA to perform its functions in protein synthesis or gene regulation. Additionally, post-transcriptional RNA processing can also involve various forms of editing, such as base modifications and insertion/deletion of nucleotides, that further diversify and refine the information encoded in the RNA.
DEAD-box RNA Helicases
DEAD-box protein helicases are a subfamily of RNA helicases that are characterized by the presence of the conserved “DEAD-box” motif, which is a sequence of amino acids (Asp-Glu-Ala-Asp) found in the catalytic core of these enzymes. These helicases use ATP hydrolysis to unwind double-stranded RNA molecules and remodel RNA-protein complexes, playing crucial roles in various aspects of RNA metabolism, such as pre-mRNA splicing, ribosome biogenesis, translation initiation, and RNA decay.
Real-Time Polymerase Chain Reaction
Real-Time Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) är en molekylärbiologisk metod som används för att kopiera och amplifiera specifika sekvenser av DNA med hög specificitet och känslighet. I motsats till traditionell PCR, som utförs i flera steg och kräver separat analys efter varje cykel, sker amplifikationen och detekteringen av produkterna i realtid under samma process i RT-PCR. Detta uppnås genom användning av fluorescerande markörer som detekteras och mäts med hjälp av en ljuskänslig detektor efter varje amplifikationscykel. RT-PCR är en mycket känslig metod, vilket gör den till ett användbart verktyg inom diagnostiska laboratorier för att upptäcka och kvantifiera små mängder av mål-DNA i en komplex bakgrund av andra sekvenser.
RNA, budbärar
Bioinformatik
RNA-interferens
RNA-interferens (RNAi) är ett naturligt förekommande cellulärt försvarsmekanism hos eukaryota celler, som reglerar genuttryck och skyddar mot främmande genetisk material, såsom virusgenomer och transponibla element. RNAi-mekanismen involverar degradering av specifika mRNA-transkript med hjälp av korta, dubbelsträngade RNA-molekyler (siRNA) som en del av ett RNA-inducerat silencing-komplex (RISC). Denna process leder till specifik nedreglering av genuttryck genom att förhindra översättningen av mål-mRNA till protein.
Tumörcellinje
En tumörcellinje refererar till en homogen grupp av cancerceller som delar gemensamma genetiska mutationer och beteenden, och som härstammar från samma ursprungscell. Denna celllinje kan behålla sin unika identitet och vårda sig lika under tumörts growth, metastas och respons på terapi. Detta är viktigt att ta hänsyn till när man utvecklar cancerbehandlingar, eftersom responsen på en viss typ av behandling kan variera mellan olika tumörcellinjer.
Omvänt transkriptaspolymeraskedjereaktion
Nedreglering
Exosomer
Exosomer är membran-belagda småpartiklar som utsöndras av levande celler och innehåller diverse biomolekyler, såsom proteiner, nukleinsyror och lipider. De har en diameter på 30-150 nanometer och bildas inuti multivesikulära kroppar (MVB) innan de releaseas ut i extracellulärt rum. Exosomer anses vara viktiga för cell-till-cell-kommunikation och har potential att användas som biomarkörer för olika sjukdomstillstånd, inklusive cancer.
Transcriptome
Transcriptom är det samlade mängden RNA-molekyler som produceras från allt aktivt genuttryck i en viss celltyp, vävnad eller organism vid en given tidpunkt. Det inkluderar både protein kodande RNA (mRNA) och icke-kodande RNA, såsom rRNA, tRNA och snRNA. Transkriptomet ger information om vilka gener som är aktiva, hur aktiva de är och på vilket sätt deras uttryck förändras under olika förhållanden eller vid sjukdomar. Studier av transkriptom kan hjälpa forskare att förstå biologiska processer och identifiera potentiala terapeutiska mål.
Regulatoriska gennätverk
Molekylsekvensdata
Mikromatrisanalys
Bevarad sekvens
Reglering av genuttryck, utveckling
Cellproliferation
RNA-stabilitet
RNA-stabilitet refererar till hur länge ett RNA-molekyl kan bibehålla sin struktur och funktion inne i en cell, innan det bryts ned eller avlägsnas. Faktorer som påverkar RNA-stabilitet inkluderar sekvensspecifika interaktioner, modifieringar av RNA-baser, och aktiviteter hos enzymer som kan bryta ned RNA. Hög RNA-stabilitet är viktig för att säkerställa att tillräckligt med funktionellt RNA finns tillgängligt för att utföra sina cellulära uppgifter, medan låg stabilitet kan leda till nedsatt proteinuttryck och cellulär dysfunktion.
Reglering av genuttryck, växter
Celldifferentiering
Genavstängning
RNA, Small Interfering
"Small interfering RNA (siRNA) is a type of small RNA molecule, typically 20-25 nucleotides in length, that plays a crucial role in the RNA interference (RNAi) pathway. siRNAs are formed from double-stranded RNA precursors and function to silence specific genes post-transcriptionally by targeting and degrading complementary messenger RNA (mRNA) molecules, thereby preventing protein synthesis."
RNA, Untranslated
"RNA, Untranslated" refers to the regions of an mRNA (messenger RNA) molecule that do not contain information for protein synthesis. These untranslated regions (UTRs) are located at the 5' end (5' UTR) and 3' end (3' UTR) of the mRNA, flanking the coding sequence (CDS). The UTRs play a role in regulating the stability, translation efficiency, and localization of the mRNA. Despite not encoding proteins directly, untranslated regions can have significant impacts on gene expression and regulation.
Mask-RNA
Klusteranalys
En uppsättning statistiska metoder för gruppering av variabler eller observationer i undergrupper med starkt inbördes förhållande. Inom epidemiologin kan metodiken användas till at analysera en serie av nära sammanhörande händelser eller sjukdomsfall eller andra hälsorelaterade fenomen i förhållande till tid eller plats eller båda.
Tumörer
En tumör är en abnorm och ofta opålitlig vävnadsformation som uppstår då celltillväxten och celldelningen överstiger normal nivå eller fortsätter utan kontroll efter cellskada eller påverkan. Tumörer kan vara godartade (benigna) eller elakartade (maligna), beroende på om de är cancer-relaterade eller inte. De kan också variera i storlek och spridning, och deras uppkomst kan bero på en kombination av genetiska, miljömässiga och livsföstylett relaterade faktorer.
RNA, Small Untranslated
RNA-prekursorer
Nukleinsyrakonfiguration
I en enkel mening kan "nukleinsyrakonfiguration" referera till den specifika rymden eller position som en nukleotid eller ett baspar tar upp i en nukleinsyra, såsom DNA eller RNA. Detta inkluderar vilken sida av strängen varje nukleotid befinner sig på, och i vilket läge de är rotade. I DNA utgörs konfigurationen ofta av en dubbelhelix med antiparallella strängar, där varje baspar består av en adenin (A) som parar sig med en timin (T), och en guanin (G) som parar sig med en cytosin (C). I RNA är konfigurationen ofta en enkelsträngad helix, där uracil (U) ersätter timin (T) som basparningspartner till adenin (A).
Databaser, nukleinsyror
Signalomvandling
I en enkel mening kan 'signalomvandling' inom medicin definieras som processen där celler konverterar inkommande signaler, ofta i form av hormoner, neurotransmittorer eller tillväxtfaktorer, till intracellulära svar genom en kaskad av biokemiska händelser. Detta kan leda till aktivering eller inhibitering av vissa cellulära funktioner och är en central mekanism i cellkommunikationen och regleringen av cellulär homeostas.
Uppreglering
I en enkel medicinsk definition kan 'uppreglering' (aktivering) syfta på den process där en cell, ett enzym eller ett signalsystem ökar sin aktivitet eller verkan i organismen. Detta sker ofta som svar på olika inre eller yttre signaler och kan vara en del av normala fysiologiska processer eller en patofysiologisk process vid sjukdom. Exempelvis kan uppgifter om cellskador, infektioner eller hormonella signalsystem aktivera genuttryck och proteinsyntes som leder till uppreglering av vissa proteiner eller signalvägar för att hantera dessa situationer.
Cellinje
I medicine refererer "cellinje" til en gruppe af celler med ensartet funktion og opbygning, der samarbejder for at udføre en specifik biologisk proces eller opgave i et levende organisme. Celliner er ofte specialiserede i deres struktur og funktion for at udføre deres rolle effektivt, og de kan findes i alle levende organismer, fra encellet bakterie til komplekse flercellede dyr og planter.
Tumörmarkörer, biologiska
Biological tumor markers are substances, such as proteins or genetic material, that are produced by cancer cells or by other cells in the body in response to cancer, which can be measured in body fluids like blood or urine to help detect, diagnose, monitor treatment response, and assess prognosis of malignancies.
RNA, tumör
RNA (Ribonucleic acid) in the context of cancer or tumors, refers to RNA molecules that are involved in the process of turning genes into proteins, known as gene expression, which is often altered in cancer cells leading to the production of abnormal proteins that contribute to cancer development and progression. Additionally, some types of RNA, like non-coding RNA, can act as regulators of gene expression and have been found to be deregulated in various types of cancer.
Embryonala stamceller
Embryonal stem cells are a type of pluripotent stem cell that are derived from embryos that are typically 3-5 days old. These stem cells have the ability to differentiate into any cell type in the body, making them a promising area of research for regenerative medicine and the treatment of various diseases and conditions. However, there are ethical concerns surrounding the use of embryonic stem cells due to the fact that their derivation requires the destruction of a human embryo.
HEK293 Cells
HEK293 cells, also known as human embryonic kidney 293 cells, are a type of immortalized cell line that were originally derived from human embryonic kidney tissue. They are widely used in scientific research due to their ability to express high levels of recombinant proteins and other foreign genes, making them valuable for the study of protein function, drug discovery, and gene therapy. HEK293 cells have a flat, fibroblast-like morphology and can be grown in culture under standard conditions, allowing for easy manipulation and analysis. It is important to note that while HEK293 cells are derived from human tissue, they are not considered to be primary cells, as they have been transformed and do not retain the same characteristics as the original tissue from which they were derived.
Molecular Sequence Annotation
"Molecular sequence annotation" refers to the process of identifying and labeling functional elements in a DNA, RNA, or protein sequence at the molecular level. This process involves comparing the query sequence to reference sequences and using various bioinformatics tools and algorithms to infer the locations and types of genes, regulatory regions, and other functional elements within the sequence. The annotation provides valuable information for understanding the function and regulation of the molecule, and it is essential for the interpretation and analysis of genomic data in molecular biology and genomics research.