"Paracoccus denitrificans" är en gramnegativ, aerob bakterie som utför denitrifikation, en process där nitrat reduceras till gasformig kväve (N2) under syrebrist. Den kan leva på ett varierat näringsval och är vanligen belägen i vattenmiljöer, såsom mark och vattenreningssystem.

Paracoccus definieras vanligtvis som ett släkte av gramnegativa, aeroba, encelliga bakterier som tillhör familjen Rhodobacteraceae inom proteobakteriesläktet. Dessa bakterier är kemoorganotrofa och kan oxidera en rad olika organiska substrat för sin växteenergi. De flesta arterna av Paracoccus är också fototrofa, vilket betyder att de kan använda ljus som energikälla genom fotosyntes. Släktet innehåller ett antal arter, varav den mest välkända är Paracoccus denitrificans, som är en modellorganism för studier av denitrifikation och cellulär respiration.

Det sista oxidaset i andningskedjan. Det samlar ihop elektroner som överförts från reducerat cytokrom c och avger dem till molekylärt syre, som sedan reduceras till vatten. Enzymet består av cytokrom a och cytokrom b, två kopparatomer och 13 olika proteinunderenheter, av vilka kodas av mitokondrie-DNA. Ibland kallas det även komplex IV i andningskedjan. EC 1.9.3.1.

'Paracoccus pantotrophus' är en gramnegativ, aerob bakterie som förekommer i vattenmiljöer och kan orsaka infektioner hos människor, särskilt hos immunsupprimerade individer. Den är känd för sin förmåga att metabolisera en mångfald av organiska och anorganiska substrat, vilket har gett den dess namn, där 'pantotrophus' kommer från grekiskan och betyder "matare av allt".

En grupp cytokromer med kovalenta tioeterbindningar mellan den ena av eller båda protohemvinylsidokedjorna och proteinet.

"Oxidoreduktaser är ett enzym som katalyserar oxidation-reduktionreaktioner, där elektroner överförs från ett molekylärt substrat, det reducerade substratet, till en acceptor, det oxiderade substratet."

Enzym som katalyserar dehydrogeneringen av sekundära aminer och ger upphov till en C=N dubbelbindning som primär reaktion. I vissa fall hydrolyseras denna senare.

En nitritreduktase är ett enzym som katalyserar reduktionen av nitriter till någon form av kväve, inklusive ammoniak eller kvävgas. Dessa enzymer spelar en viktig roll i den biologiska nitrogenfixeringen och kan också vara involverade i patofysiologiska processer som hypoxia och cancer.

En stor grupp bakterier, omfattande dem som oxiderar ammonium eller nitrit, omsätter svavel och svavelföreningar, eller avsätter järn- eller manganoxider.

Electron-transferring flavoproteins (ETFs) are small, soluble proteins that play a crucial role in the electron transport chain in various organisms, including bacteria, archaea, and eukaryotes. They function as mobile carriers of electrons between different enzyme complexes within the respiratory and fermentative pathways.

"Oxidation-reduction, or redox, refers to a type of chemical reaction where there is a transfer of electrons between two molecules, leading to a change in their oxidation state."

En viktig process i cellens energiomsättning. Förloppet då elektroner transporteras från ett reducerat substrat till molekylärt syre.

Quinone reductases are a group of enzymes that catalyze the reduction of quinones to hydroquinones using NADH or NADPH as an electron donor. This reaction is important in the detoxification of quinones, which are produced during the metabolism of certain drugs and chemicals, as well as in normal cellular processes. High levels of quinone reductase activity have been associated with a reduced risk of cancer and other diseases, making it a potential target for therapeutic intervention.

En nitratreduktas är ett enzym som katalyserar reduktionen av nitrat (NO3-) till nitrit (NO2-). Detta enzym förekommer hos både prokaryota och eukaryota organismer och spelar en viktig roll i olika metaboliska processer, såsom näringsupptag och avfallsbortskaffning. I vissa mikroorganismer kan nitratreduktasen även vara involverad i den anaeroba energiproduktionen genom den särskilda processen som kallas denitrifiering.

Denitrification är ett biologiskt process som sker under anoxiska (syrefria) förhållanden, där vissa bakterier omvandlar kväveoxider (t.ex. nitrat och nitrit) till gasformig kväve (N2), som sedan frisläpps till atmosfären. Detta är en viktig del av naturliga näringsämnescykler, men kan även bidra till föroreningar i mark och vatten om det sker i överdriven grad, exempelvis vid felaktig användning av konstgödsel eller avlopp.

En teknik som är tillämpbar på en mängd olika ämnen som uppvisar paramagnetism till följd av magnetismen alstrad av opariga elektroner. Erhållna spektra kan användas för påvisande, identifiering, och bestämning av elektronstrukturer, undersökning av molekylers interaktioner, och för mätning av kärnspinn och magnetiska moment. Elektronisk dubbelresonansspektrografi (ENOR) är en variant av tekniken som ger bättre upplösning. Spinnresonansanalys kan göras in vivo, och inkluderar tillämpningar som t ex magnetresonans (MRI). Syn. ESR.

Metylaminers är en grupp signalsubstanser i hjärnan som är involverade i regleringen av kognitiva funktioner, emotioner och homeostatiska processer. De är excitatoriska neurotransmittorer som verkar genom att påverka jonkanaler i postsynaptiska neuron. Metylaminerna inkluderar dopamin, norepinefrin (noradrenalin) och serotonin, vilka alla har unika effekter beroende på var de aktiveras i centrala nervsystemet.

"Nitrater" är ett samlingsnamn för salter av salpetersyra och inkluderar tre naturligt förekommande nitrater: natronitrat (NaNO3), kalciumnitrat (Ca(NO3)2) och kaliumnitrat (KNO3). Nitrater används främst som gödselmedel på grund av deras innehåll av växtnäringsämnet kväve. De kan även förekomma i vissa livsmedel, till exempel grönsaker och köttprodukter, och har då i regel bildats som en naturlig biprodukt under fermentationsprocesser. I högre koncentrationer kan nitrater vara skadliga för människor och orsaka bl.a. methemoglobinemi, ett tillstånd där syretransporterna i blodet påverkas negativt.

Ett hemprotein som katalyserar oxidationen av ferrocytokrom c till ferricytokrom c i närvaro av väteperoxid. EC 1.11.1.5.

En nitratreduktase är ett enzym som katalyserar reduktionen av nitrat (NO3-) till nitrit (NO2-).

En färglös, brännbar vätska som används vid framställning av formaldehyd och ättiksyra, i kemiska synteser, som frostskyddsvätska och lösningsmedel. Förtäring av metanol ger förgiftning och kan orsaka blindhet.

Elektrontransportkomplex III, även känt som cytochrom b-c1 komplex eller ubihydrokinas, är ett enzymkomplex inblandat i den mitokondriella elektrontransportkedjan, där det katalyserar överföringen av elektroner från ubichinol till cytochrom c. Detta steg genererar energi i form av protonmotivkraft, vilket används för att producera ATP, den huvudsakliga energikällan i celler.

Beskrivningar av specifika sekvenser av aminosyror, kolhydrater eller nukleotider som publicerats och/eller deponerats och hålls tillgängliga i databaser som t ex Genbank, EMBL, NBRF eller andra sekvensdataarkiv.

I medicinen refererer protoner til positivt ladede partikler, som normalt findes i atomkerner sammen med neutroner og neutroner. Protoner spiller en vigtig rolle i kemiske reaktioner, herunder også i cellers energiproduktion, hvor de frigives under nedbrydningen af glukose via cellemembranens protonpumpe og dermed producerer ATP, cellsensenergi.

Det färggivande ämnet i hemoglobin. Det förekommer fritt i kroppsvävnader och som prostetisk grupp i många hemproteiner.

Proteiner som har en eller fler hårt bundna metalljoner i sin struktur.

Ett membranbundet mitokondrieprotein av c-typ, med molekylvikt 30 kD, som fungerar som elektrongivare till cytokrom c i andningskedjan i mitokondrier och bakterier.

En livsmiljö utan syrgas.

Proteiner förekommande hos någon bakterieart.

Ett bakteriellt protein från Pseudomonas, Bordetella eller Alcaligenes som fungerar som elektronöverföringsenhet tillsammans med cytokromkedjan. Molekylvikten är ca 16 000, och det innehåller en enda kopparatom, har intensivt blå färg och fluorescerar vid 308 nm.

*Alcaligenes faecalis* är en gramnegativ, aerob bakterie som förekommer naturligt i miljöer såsom vatten, jord och djurspillning. Den är en opportunistisk patogen hos människor, vilket betyder att den kan orsaka infektioner, särskilt hos immunsupprimerade individer. Infektioner som orsakas av *A. faecalis* innefattar urinvägsinfektioner, blodförgiftning och hud- och webbinfektioner. Den kan vara svår att behandla på grund av dess resistens mot flera antibiotika.

I en enkel medicinsk definition är nitriter kemiska föreningar som innehåller en nitrogrupp bundet till en eller två väteatomer och en kolgruppering. De används vanligtvis inom medicinen som läkemedel, särskilt under namnet glycerintrinitrat, för att behandla angina pectoris (svår bröstsmärta orsakad av hjärtklafforsmak) eftersom de verkar vidga blodkärlen och förbättra blodflödet till hjärtat.

Spektrofotometri är en teknik för att mäta absorptionen av ljus av olika våglängder, vilket används inom medicinen för att exempelvis bestämma koncentrationen av olika substanser i ett prov, såsom blodprov.

En stor grupp aeroba bakterier som färgas rosa (negativ färgning) vid gramfärgning. Detta beror på att de gramnegativa bakterierna har liten mängd peptidoglykan i cellväggen och därför låg affinitet för lila färgämnen och hög affinitet för det rosa färgämnet safranin.

Den genetiska massan hos bakterier.

En grupp proteiner som har järn-svavelkomplexet som prostetisk grupp. Dessa proteiner deltar i alla viktigare elektrontransportförlopp: fotosyntes, andning, hydroxylering och bakteriell väte- och kvävefixering.

Ett släkte gramnegativa, aeroba, rörliga bakterier som förekommer i vatten och jord. Några arter ingår i tarmfloran hos ryggradsdjur. Ibland kan dessa bakterier orsaka opportunistiska infektioner hos människa.

'Rhodobacter sphaeroides' är en gramnegativ, icke-sjukdomsbildande bakterie som tillhör alfaproteobakteriella divisionen. Den är strikt aerob men kan även växa anaerobt under fototrofa förhållanden genom att använda sig av fotosyntes. Bakterien är känd för sin förmåga att producera stora mängder karotenoider och bakterieblå pigment, som ger den en rödaktig färg. 'Rhodobacter sphaeroides' har potentialen att användas inom bioteknologi och för bioenergi på grund av dess förmåga till fotosyntes och produktion av biogaser som väte och metan.

Oorganiska salter av saltsyra som innehåller en ClO3-jon.

Metalliskt grundämne, och tillika spårämne, med kemiskt tecken Cu, atomnummer 29 och atomvikt 63,55. Koppar ingår i hemocyanin, som är syrebärare hos de flesta leddjur.

Liv eller metaboliska reaktioner i närvaro av molekylärt syre.

Kväveoxid (N2O), en färglös och luktfri gas som används för narkos och smärtlindring. Höga halter har en bedövningseffekt och kan ersätta syre, vilket leder till död genom syrebrist. Gasen används även i livsmedelsindustrin som aerosol vid framställning av vispgrädde.

Flavoproteiner är proteiner som binder flavinmononukleotid (FMN) eller flavinadensindinukleotid (FAD), två former av vitamin B2. Dessa koenzymers fungerar som elektrontransportörer i en rad biologiska reaktioner, inklusive oxidation-reduktionreaktioner. Flavoproteiner deltar i ett brett spektra av cellulära processer, såsom aerobisk and respiration, fotosyntes och metabolismen av aminosyror, fettsyror och karbohydrater.

'Achromobacter denitrificans' är en grampositiv, aerob bakterie som förekommer i vatten- och jordmiljöer. Den är känd för sin förmåga att reducera nitrat till kvävegas genom denitrifikationsprocessen. Organismen kan orsaka infektioner hos människor, särskilt hos immungcompromiserade individer, men är vanligtvis inte patogen.

Aminosyrors ordningsföljd i en polypeptidkedja. Den utgör proteiners primärstruktur och är av avgörande betydelses för proteinkonfigurationen.

Rhodotermus är ett släkte små insekter som tillhör ordningen skalbaggar (Coleoptera) och familjen Ptinidae, även kända som bröskbaggar eller spannmålsbaggar. En typisk art i släktet är Rhodotermus gallicus, även kallad rödfläckig mjöldaggbagge. Dessa insekter lever främst i fuktiga miljöer och kan orsaka skada på födoämnen som mjöl, flingor och andra sädesslag. De är också kända för att kunna bära på olika sorters mögelsvampar och bakterier.

Indoler med två ketogrupper som bildar kinonliknande strukturer av den aromatiska indolringen.

Läran om förloppsdynamik i kemiska och fysikaliska system.

I en enkel medicinsk kontext kan potentiometri definieras som en metod för att mäta elektrisk potentialskillnad mellan två punkter i ett elektrokemiskt system. Potentiometri används ofta för att bestämma koncentrationen av joner i en lösning, till exempel när man vill mäta pH-värdet i en lösning med hjälp av en pH-elektrod. Metoden bygger på att man använder en nonpolariserbar elektrod som inte själv orsakar någon ström, utan endast registrerar potentialskillnaden mellan de två punkterna.

En färglös, sirapsliknande och starkt sur vätska som tillsammans med oljesyra kan bilda rengöringsmedel.

'Nitrosomonas' är ett släkte av aerobiska, fria levnadsföringssättet bakterier som oxiderar ammoniak till nitrit under den biologiska nätsprocessen, vilket kallas nittogenes. Dessa bakterier spelar en viktig roll i kvävekretsloppet i miljön. (En: 'Nitrosomonas' is a genus of aerobic, free-living bacteria that oxidize ammonia to nitrite during the biological nitrogen cycle, a process called nitrification.)

Thiobacillus är ett släkte av svavelbakterier som utför oxidation av svavelväte (H2S) och sulfider till svavelsyra (H2SO4). Dessa bakterier lever i miljöer med låga pH-värden, till exempel i syrerika sjöar, mark och mineraler. De kan också orsaka korrosion av metaller genom att producera svavelsyra som en biprodukt under sin näringsupptagning.

Cytokromer (elektronbärande proteiner), där protohem eller liknande hem utgör den prostetiska gruppen. Denna har inte kovalent bindning till proteindelen.

Purin- och pyrimidinföljden i nukleinsyror och polynukleotider. Kallas även nukleotid- eller nukleosidsekvens.

Deoxiribonukleinsyra (arvsmassa) hos bakterier.

Titrimetri är en laboratorieanalysmetod där en målvolym av ett bekant koncentrerat ämne (titrant) tillsätts till en viss volym av ett analytämnte med okänd koncentration, tills en slutpunkt nås som kan uppfattas visuellt eller instrumentellt. Slutpunkten definieras vanligtvis av en kemisk reaktion som orsakar en markant förändring i ett fysikaliskt egenskap, såsom pH, färg, ledningsevighet eller svällning. Titrering används ofta för att bestämma koncentrationen av en substans genom att jämföra den med en standardlösning och beräkna mängden titrant som behövs för att reagera fullständigt med analytämnets målvolym.

Tillförsel av molekyler av rekombinant DNA från prokaryota eller eukaryota källor till replikationsvektorer, så som plasmider eller virus, och införande av de härvid erhållna hybridmolekylerna i mottagarceller, utan att livsdugligheten hos dessa celler ändras.

NAD(P)H-oxidoreduktaser är ett samlingsnamn för en grupp enzymer som katalyserar oxidationen av NADH (reducerad nicotinamidadenindinukleotid) eller NADPH (reducerad nicotinamidadenindinukleotidfosfat) till NAD+ (oxiderad nicotinamidadenindinukleotid) eller NADP+ (oxiderad nicotinamidadenindinukleotidfosfat), samtidigt som de reducerar ett elektronacceptor. Denna katalytiska process är central för cellens metabolism och energiproduktion, särskilt inom cellandning (oxidativ fosforylering) där NADH och NADPH fungerar som elektrondonatorer i den elektrontransportkedja som genererar ATP (adenosintrifosfat). NAD(P)H-oxidoreduktaserna kan också spela en viktig roll i det redoxbalansen

Pseudomonas är ett släkte gramnegativa, aeroba stavformade bakterier, vanligtvis icke-sporbildande, som förekommer vitt spridd i naturen, särskilt i fuktiga miljöer. Några arter av släktet Pseudomonas kan orsaka infektioner hos människor och djur, framför allt Pseudomonas aeruginosa, som är känd för sin förmåga att utveckla antibiotikaresistens och orsaka livshotande sjukdomar, särskilt hos immunförsvagna individer.

Kolväteringar med två ketondelar i någon position. De kan substitueras i alla positioner utom där ketongrupperna sitter.

Enzymer som katalyserar föreningen av två molekyler genom bildande av en kol-svavelbindning. EC 6.2.

Spectral analysis är en teknik inom signalbehandling och fysik som används för att bestämma frekvenskomponenterna i en given signal. Det innebär att man tar en tidsvariabel signal, vanligen en kontinuerlig funktion av tiden, och omvandlar den till frekvensdomänen med hjälp av Fouriertransformen eller en annan liknande metod. På så sätt kan man studera amplitud och fas för de olika frekvenser som ingår i signalen, vilket kan vara mycket användbart inom flera områden som till exempel elektroteknik, akustik och optik. I en enda mening:

En flerstegsprocess som omfattar DNA-kloning, mappning, subkloning, sekvensering och analys av data.

Elektrontransportkomplex I, också känt som NADH-dehydrogenas, är ett enzymkomplex inblandat i cellandets elektrontransportkedja, som är lokaliserad i mitokondriens inner membran hos eukaryota celler och cellmembranet hos prokaryota celler. Detta komplex spelar en central roll i cellandets energiproduktion genom att oxidera NADH och reducera coenzym Q, vilket leder till pumpning av protoner över mitokondriens inner membran och skapande av ett protonkoncentrationsgradient. Denna gradient driver därefter syntesen av ATP, en energirik molekyl som används av cellen för att driva olika processer. Elektrontransportkomplex I består av flera subenheter och kofaktorer, inklusive flaviner, järn-svavelkluster och kvävebaserade grupper, som tillsammans utgör den aktiva plats där elektr

En typ av elektrofores där polyakrylamidgel används som diffusionsmedium.

En art gramnegativa, fakultativt anaeroba och stavformade bakterier som normalt förekommer i den nedre delen av tarmkanalen hos varmblodiga djur. Vanligtvis är den inte patogen, men vissa stammar kan ge upphov till diarré och variga infektioner. Syn. E. coli.

I en enkel mening kan 'succiner' definieras som ett enzymkomplex som katalyserar omvandlingen av pyruvat till acetyl-CoA under cellens energiproduktion i mitokondrien, en process som är viktig för celld Foxögats sjukdom (FOXE3-relaterad) är en ärftlig ögonsjukdom som orsakas av mutationer i FOXE3-genen. Denna gen kodar för en transkriptionsfaktor som spelar en viktig roll i utvecklingen och differensieringen av ögonvävnaden. Mutationer i FOXE3 kan leda till en rad olika ögonsjukdomar, inklusive katarakt, glaukom, mikroftalmi och andra strukturella abnormaliteter i ögat.

Ubiquinon, även känt som koenzym Q10, är ett lipidlösligt antioxidant som naturligt förekommer i alla celler i den mänskliga kroppen. Det spelar en viktig roll i cellernas energiproduktion genom att hjälpa till att överföra elektroner i mitokondrierna, de subcellulära organellerna som är ansvariga för cellens energiproduktion. Ubiquinon bidrar också till att skydda cellmembranen från skada orsakad av fria radikaler och hjälper till att reglera celldelning och apoptos, en normal och nödvändig process där celler elimineras för att underhålla homeostas i kroppen.

"Uncoupling agents" är en term inom farmakologi och biokemi som refererar till substanser som förhindrar effektiv energiproduktion i mitokondrier, de subcellulära organellerna där cellernas energi produceras. Dessa agenter fungerar genom att blockera den oxidativa fosforyleringen, ett process där protoner (H+) pumparas över mitokondriens membran för att skapa ett elektrokemiskt potential som sedan används för att producera ATP (adenosintrifosfat), den primära energibäraren i cellen.

Aminosyresekvenshomologi refererer til den grad af lighed i rækkefølgen af aminosyrerne, der udgør proteiner hos to eller flere organismer. Jo større antal identiske aminosyrer i samme position i de sammenlignede sekvenser, des højere er graden af homologi. Dette begreb anvendes ofte i molekylærbiologien for at fastslå evolutionæ forhold og funktionelle egenskaber hos proteiner.

Hemproteiner som spelar en viktig roll i redoxreaktioner, där de medverkar till överföring av reduktionsekvivalenter vid reversibla skiftningar i oxidationsgraden hos den prostetiska gruppen. Cytokromernas järnjoner kan nämligen, i motsats till t ex hemoglobinernas, oxideras och reduceras. Redoxskiftningen har samband med ett reversibelt, en-elektronsekvilibrium mellan Fe(II)- och Fe(III)-tillstånden i den centrala järnatomen.

Ett mått på en lösnings surhetsgrad.