Peptidhydrolaser
Sukras
I en enda mening kan sukras (eller sucrose) definieras som ett disaccharid som består av två monosackarider, glukos och fruktos, kopplade tillsammans. Det är en vanlig sockertyp som ofta används i livsmedel för sötning.
Hydrolaser
Peptider
"Peptider är korta aminosyrekedjor som bildas genom att flera aminosyror binds samman med peptidbindningar, vilket skapar en polymer med biologisk aktivitet."
Peptidfragment
Ett peptidfragment är en kort sekvens av aminosyror som har beeneds klippt isär från ett större peptid eller protein.
Peptidbibliotek
Ett peptidbibliotek är en samling av ett stort antal olika syntetiska peptider, som tillsammans bildar en resurs för forskning inom områden såsom strukturell biologi, biokemi och medicinsk kemi. Peptidbiblioteken kan vara specialdesignade för att undersöka specifika frågeställningar, till exempel hur olika peptider interagerar med proteiner eller andra molekyler i levande system. Varje peptid i biblioteket är unik och består av en kedja av aminosyror som är kovalent bundna till varandra. Peptidbiblioteken kan användas för att hitta nya ledtrådar om hur olika biologiska processer fungerar, och de kan också vara värdefulla vid utvecklingen av nya läkemedel och terapeutiska behandlingsmetoder.
Epoxidhydrolaser
Aminosyrasekvens
Antimikrobiella katjoniska peptider
Små, katjoniska peptider som hos de flesta arter utgör en viktig del av det tidiga, medfödda och framkallade försvaret mot angripande mikroorganismer. Hos djur finns de på slemhinnor, i fagocytkorn oc h på kroppsytorna. Också insekter och växter har dessa peptider. Gruppen omfattar bl a defensiner, protegriner, takyplesiner och tioniner.
Peptider, cykliska
Cycliska peptider är en typ av peptidmolekyler som innehåller en sluten ringstruktur bildad genom kovalenta bindningar mellan deras aminosyrares sidokedjor, vilket ger dem en stabilare och mer kompakt konformation jämfört med linjära peptider, och de har viktiga biologiska funktioner som hormoner, neurotransmittorer och antimikrobiella agenter.
Karboxylesterhydrolaser
Enzymer som katalyserar hydrolys av estrar av karboxylsyra under bildande av alkohol och en karboxylsyraanjon.
Molekylsekvensdata
Beskrivningar av specifika sekvenser av aminosyror, kolhydrater eller nukleotider som publicerats och/eller deponerats och hålls tillgängliga i databaser som t ex Genbank, EMBL, NBRF eller andra sekvensdataarkiv.
Lysosomer
En klass morfologiskt heterogena cytoplasmapartiklar i djur- och växtvävnader som kännetecknas av sitt innehåll av hydrolytiska enzym och dessas strukturbundna latens. Lysosomernas intracellulära funktioner beror på deras lytiska potential. Lysosomens enkla membran verkar som barriär mellan de inneslutna enzymen och substratet utanför. Lysosomenzymens verkan är begränsad eller ingen alls så länge blåsan de är inneslutna i inte brister.
Peptidkartläggning
Peptidkartläggning, även kallat peptidmappning, är en biokemisk metod som används för att bestämma aminosyrasequensen hos ett okänt peptidmolekyul genom att successivt bryta ned det i kortare fragment med hjälp av proteaser och sedan bestämma sekvensen av varje fragment genom till exempel Edman degradering eller masspektrometri.
Oligopeptider
Oligopeptider är korta peptidmolekyler bestående av två till tio aminosyror som är länkade till varandra via peptidbindningar. De bildas ofta genom proteolys, en nedbrytande process där proteiner splittras upp i mindre peptidfragment eller enskilda aminosyror. Oligopeptider har diverse funktioner inom levande organismers cellulära signalering och reglering av biologiska processer.
Substratspecificitet
Substratspecificitet beteferrer sig inom farmakologi och enzymologi till den egenskap hos ett enzym eller en receptor där det endast binder till och katalyserar (eller påverkar) vissa specifika substanser, molekyler eller läkemedel, känt som substrat. Det innebär att en given enzymtyp endast är aktivt mot en begränsad grupp av kemiska föreningar som har en viss strukturell och kemisk likhet. Substratspecificiteten bestäms av enzymernas tredimensionella struktur och den del av substratmolekylen som interagerar med aktiva sitet på enzymet.
Sekvenshomologi, aminosyra
Aminosyresekvenshomologi refererer til den grad af lighed i rækkefølgen af aminosyrerne, der udgør proteiner hos to eller flere organismer. Jo større antal identiske aminosyrer i samme position i de sammenlignede sekvenser, des højere er graden af homologi. Dette begreb anvendes ofte i molekylærbiologien for at fastslå evolutionæ forhold og funktionelle egenskaber hos proteiner.
Modeller, molekylära
Natriuretisk peptid, hjärna
Surt fosfatas
Glukuronidas
Proteinbindning
"Proteinbindning refererar till den process där ett protein binder specifikt till ett annat molekylärt substance, såsom en liten molekyl, ett annat protein eller en jon, vanligtvis genom non-kovalenta interaktioner som hydrogenbindning, Van der Waals-kräfter och elektrostatiska attraktioner. Denna bindning kan regulera funktionen hos det bundna substanceet och är av central betydelse för många biologiska processer, inklusive signaltransduktion, enzymsk aktivitet och transport av molekyler inom cellen."
Bindningsplatser
Hexosaminidaser
Enzymer som katalyserar hydrolysen av N-acylhexosaminrester i N-acylhexosaminer. Hexosaminidaser verkar också på glukosider, galaktosider och ett flertal oligosackarider.
Proteinkonfiguration
I enkelhet kan 'proteinkonfiguration' definieras som den specifika rymdstrukturen och orienteringen hos de aminosyror som utgör ett protein. Denna konfiguration bestäms av proteinkedjans primära struktur (sekvensen av aminosyror) samt hur dessa aminosyror är hopfogade och vevda i rummet, vilket kallas för sekundär, tertiär och kvartär struktur. Proteinkonfigurationen har en direkt betydelse för proteinets funktion och stabilitet.
N-acetylmuramoyl-L-alaninamidas
N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase är ett enzym som deltar i nedbrytningen av peptidoglykan, ett viktigt strukturell polymer i bakteriens cellväggar. Det fungerar genom att hydrolysera (spjälka) den specifika bindningen mellan N-acetylmuraminsyra och L-alanin i peptidoglykan, vilket leder till nedbrytning av polymeren. Detta enzym är känt för att spela en roll i bakteriens cellväggsremodellering och kan vara involverat i immunförsvarets bekämpning av bakteriella infektioner.
Kloning, molekylär
Vasoaktiv intestinal peptid
Bassekvens
Proteinstruktur, sekundär
Kalcitoningenrelaterad peptid
En 37-aminosyrorspeptid som är en produkt av kalcitoningenen och som uppkommer genom alternativ behandling av mRNA från denna gen. Neuropeptiden är utbredd i hjärnans nervvävnad, i tarmen, i perivasku lära nerver och i annan vävnad. Den har ett flertal biologiska effekter och har verkan på både cirkulation och på signalöverföring. I synnerhet som endogen kärlvidgande substans har den kraftig verkan .
Cell-Penetrating Peptides
Cell-penetrating peptides (CPPs) are short, typically less than 30 amino acids long, positively charged or amphipathic peptides that have the ability to cross cell membranes and deliver various cargoes, such as proteins, nucleic acids, and small molecules, into cells. This property makes CPPs useful tools in the field of drug delivery and gene therapy.
Tiolesterhydrolaser
En tiolesterhydrolas är ett enzym som katalyserar hydrolysreaktionen hos tiolester, vilket resulterar i att karboxylsyra och tiolgrupp bildas. Detta enzym har en viktig roll inom kroppen då det bidrar till nedbrytningen av specifika ämnen som är involverade i signaltransduktionen, inflammation och immunförsvaret.
Mukolipidoser
En grupp metabola sjukdomar som kännetecknas av ansamling av onormalt stora mängder sura mukopolysackarider, sfingolipider och/eller glykolipider i inälvs- och mesenkymceller. Onormala mängder sfingolipider eller glykolipider förekommer i nervvävnad. Utvecklingsstörning och skelettförändringar, främst dysostosis multiplex, är vanliga.
Peptidbiosyntes
Peptidbiosyntese refererer til den proces, hvor flere aminosyrer kombineres for at danne et peptidbindingsmønster under dannelse af en peptidkæde eller et protein. Denne proces foregår normalt i ribosomerne under kontrol af genetisk information fra mRNA-molekyler og kræver energiforbrugt i form af GTP (guanosintrifosfat). Peptidbiosyntesen involverer også en række andre molekyler, herunder tRNA (transfer RNA), aminosyratransportører og enzymer.
Receptor, IGF typ 2
IGF-2 (Insulin-like Growth Factor 2) Receptor är ett tyrosinkinaspringprotein som binder till och internaliserar IGF-2 ligander. Det uttrycks främst i fetal vävnad, men även i vuxna lever-, muskel- och hjärnvävnader. IGF-2 Receptorn deltar i cellcykeln, celldelning och differentiering, samt kan ha en roll i tumörsuppression genom att fungera som en negativ regulator av IGF-1-signaleringsvägen.
Rekombinanta proteiner
Rekombinanta proteiner är proteiner som innehåller sekvenser från två eller flera olika källor, vanligtvis genom genetisk manipulation i laboratorium. Genom användning av rekombinant-DNA-teknik kan man kombinera gener från olika organismer för att skapa en ny gen som kodar för ett protein med önskade egenskaper. Detta är en viktig metod inom biomedicinsk forskning och används bland annat för produktion av läkemedel, diagnostiska verktyg och för studier av proteiner och deras funktioner.
Peptid YY
Peptid YY (PYY) är ett hormon som produceras i tarmen och reglerar aptiten genom att signalera till hjärnan när mag-tarmtrakten är full efter en måltid. Detta leder till en minskad känsla av hunger och en minskad födointag. PYY är ett peptidhormon som består av 36 aminosyror och är en del av neuropeptid Y-familjen.
Sekvensinpassning
I medicinen, refererar "sekvensinpassning" till processen av matchning eller korrelerande en genetisk sekvens, vanligtvis en DNA- eller RNA-sekvens, med en specifik referenssekvens, för att fastställa dess position, orientering och eventuella variationer i förhållande till den referenssekvensen. Detta används ofta inom genetisk forskning och klinisk diagnostik för att identifiera gener, mutationer eller polymorfismer som kan vara associerade med sjukdomar eller andra hälsotillstånd.
Högtrycksvätskekromatografi
Peptidnukleinsyror
Peptidnukleinsyra (PNA) är en syntetisk nucleinsyraliknande molekyl, som består av en peptidkedja med neutrala aminosyror, som är kovalent bundna till en nukleinsyrakedja med baser som kan para med komplementära DNA- eller RNA-baser. PNAs har potentialen att användas inom molekylärbiologi och medicin, exempelvis för att hämma genuttryck eller för att fungera som diagnostiska reagens.
Struktur-aktivitet-relation
"Structure-activity relationship (SAR) refers to the correlation between the chemical structure of a drug or molecule and its biological activity, describing how changes in the molecular structure can affect its ability to interact with biological targets and produce a desired pharmacological response."
Acetylglukosaminidas
2-acetamid-2-deoxy-beta-D-glukosid-acetamid-deoxyglukohydrolas. Katalyserar hydrolys av terminala, ickereducerande 2-acetamid-2-deoxy-betaglukosrester i kitobios och högre analoger liksom i glykoprote iner. Har haft utbredd användning vid studier av bakteriers cellmembran och vid studier av sjukdomar som mukolipidos och olika muskel- och bindvävsinflammationer.
Kolibakterie
Natriuretisk peptid, C-typ
C-typ natriuretisk peptid (CNP) är ett hormon som verkar som en vasodilator och påverkar också vatten- och saltbalansen i kroppen. Det produceras främst av endotelceller, de celler som tapetserar blodkärlen, och har en viktig roll i regleringen av blodflödet och blodtrycket. CNP bidrar till att minska blodvolymen genom att öka utsöndringen av natrium och vätska i urinen (natriures och diures), vilket leder till en sänkning av blodtrycket. Det är också involverat i benvävnadsomsättningen och har visats ha en skyddande effekt på hjärtats funktion.
Proteinstruktur, tertiär
Natriuretiska peptider
Natriuretiska peptider är hormoner som sekreteras av hjärtat i respons på ökat intravaskulär volym och tryck, med syfte att underlätta diures och kvasidures (natriures), samt relaxera vaskulär muskulatur, vilket leder till minskad preload och efterload på hjärtat. De två huvudsakliga typerna av natriuretiska peptider är atriellt natriuretiskt peptid (ANP) och B-type natriuretisk peptid (BNP).
Alfa-L-fukosidas
Alpha-L-fucosidase är ett enzym som bryter ned specifika sockerarter (fukos) från proteiner och lipider i kroppen.
Masspektrometri
Gastrinfrisättande peptid
Xylosidaser
Formylpeptidreceptorer
Formylpeptide receptors (FPRs) are a type of G protein-coupled receptors that play a crucial role in the innate immune system. They are responsible for recognizing and responding to formylated peptides, which are produced by bacteria and mitochondria, as well as other danger signals. Upon activation, FPRs trigger a variety of cellular responses, including chemotaxis, phagocytosis, and release of inflammatory mediators, which help to protect the host from infection and injury. There are several subtypes of FPRs, each with distinct functions and ligand specificities, that contribute to the regulation of immune responses in health and disease.
Peptid PHI
Peptid PHI, också känt som Pediocin PA-1, är ett bakteriellt peptidaktivt protein med antimikrobiell verkan, framställs av grampositiva bakterien Pediococcus acidilactici. Det används som en naturlig konserveringsmetod inom livsmedelsindustrin för att förhindra tillväxten av vissa skadliga bakterier, såsom Listeria monocytogenes och Staphylococcus aureus.
Cellulas
Peptidsyntaser
En peptidsyntase är ett enzym som katalyserar reaktioner involverade i skapandet av peptidbindningar mellan aminosyror för att bilda peptider eller proteiner.
Proteinprekursorer
Protein precursors, also known as proproteins or preproproteins, are inactive forms of proteins that undergo post-translational modification to become active. These precursors contain additional sequences of amino acids, called signal peptides, which direct the protein to specific cellular compartments for processing. During processing, enzymes remove the signal peptide and may cleave the protein into smaller functional units. The resulting mature protein can then perform its intended function in the body.
Betaglukosidas
Peptidreceptorer
Peptidreceptorer är proteiner på cellmembranet som binder specifika peptider (korta aminosyrekedjor) och aktiverar signaltransduktionsvägar som får cellen att reagera på olika sätt. Dessa receptorer spelar en viktig roll i regleringen av flera fysiologiska processer, såsom smakupplevelse, smärta, hunger och homeostas.
Amidohydrolaser
En amidohydrolase är ett enzym som katalyserar hydrolysreaktioner av amider och tiolater till deras korresponderande karboxylsyror och aminer eller tioler. Dessa enzymer spelar en viktig roll i olika metaboliska processer, såsom nedbrytning av toxiska ämnen och biosyntes av essentiella komponenter i celler.
Natriuretisk förmaksfaktor
ANF. Ett hormon med kraftig verkan på njurarnas natriumutsöndring och kraftig kärlvidgande verkan som utsöndras av hjärtats förmak. Det består av en blandning av lågviktspeptider av varierande storlek från en gemensam prekursor och med en gemensam sekvens på ca 20 aminosyror.
Katepsiner
En grupp lysomala proteinaser eller endopeptidaser som finns i vattenbaserade extrakt i en rad djurvävnader. De har bäst verkan vid surt pH.
Aminosyror
Organiska föreningar som generellt innehåller en aminogrupp (-NH2) och en karboxylgrupp (-COOH). Tjugo alfaaminosyror är de subenheter som polymeriseras till proteiner.
Cellinje
I medicine refererer "cellinje" til en gruppe af celler med ensartet funktion og opbygning, der samarbejder for at udføre en specifik biologisk proces eller opgave i et levende organisme. Celliner er ofte specialiserede i deres struktur og funktion for at udføre deres rolle effektivt, og de kan findes i alle levende organismer, fra encellet bakterie til komplekse flercellede dyr og planter.
Galaktosidaser
Polyakrylamidgelelektrofores
Endo-1,4-beta-xylanaser
Endo-1,4-beta-xylanase är ett enzym som bryter ned xilan, en hemicellulosa bestående av β(1→4)-länkade xosorideringar, genom att hydrolysera β(1→4)-glykosidbindningarna mellan xoseresenheterna. Detta enzym förekommer naturligt i många mikroorganismer och används kommersiellt inom bland annat pappers- och massaindustrin för att förbättra sakcharifieringen av växtmaterial.
Betamannosidas
Betamannosidas är ett enzym som bryter ned komplexa kolhydrater, så kallade glykaner, genom att hydrolysera (spjälka) specifika bindningar mellan sockermolekyler i substratet. Mer konkret så avlägsnar betamannosidas specificerat en beta-mannosbindning och används bland annat inom medicinen för att behandla vissa lagrara sjukdomar, som Gaucher sjukdomen, genom att underlätta nedbrytningen av glykolipider i cellerna.
Molekylvikt
Endopeptidaser
En undergrupp av peptidhydrolaser. De klassificeras huvudsakligen utifrån sin katalytiska verkan. Specificitet används endast för identifiering av enskilda enzymer. De omfattar serinendopeptidaser (EC 3.4.21), cysteinendopeptidaser (EC 3.4.22), asparaginendopeptidaser (EC 3.4.23), metalloendopeptidaser (EC 3.4.24) samt en grupp enzymer som ännu inte placerats in i någon av ovannämnda klasser (EC 3.4.99). EC 3.4.-.
Trypsin
Trypsin är ett enzym som produceras i bukspottskörteln och spjälkar proteiner i mag-tarmsystemet genom att bryta ned dem till mindre peptider och aminosyror, vilket underlättar deras absorption i kroppen.
Xylaner
Proteiner
Proteiner är komplexa biomolekyler, byggda av aminosyror som kedjas samman i en polymer. De utför viktiga funktioner inom levande organismers celler, såsom att fungera som strukturella komponenter, hormoner, enzymer och signalsubstanser. Proteinernas specifika aminosyrasekvens bestämmer deras tertiärstruktur och därmed också deras funktionella egenskaper.
Sura anhydridhydrolaser
En grupp enzym som katalyserar hydrolys av difosfatbindningarna i sådana föreningar som nukleosiddi- och trifosfat och i sulfonylbärande anhydrider såsom adenylylsulfat. EC 3.6.
Arylsulfataser
Enzym som katalyserar hydrolys av fenolsulfat till fenol och sulfat. Det finns arylsulfatas A, B och C. Arylsulfatasdefekt är en av orsakerna till metakromatisk leukodystrofi. EC 3.1.6.1.
beta-N-acetylhexosaminidaser
'Beta-N-acetylhexosaminidase' är ett enzym involverat i nedbrytningen av glykoproteiner och glykolipider i cellerna, genom att bryta ned sackarider som är kopplade till varandra med en speciell typ av bindning (ett beta-1,4-glycosidbindning) mellan två hexosaminogrupper. Det finns olika former av detta enzym, men denna definition refererar vanligtvis till de isoenzym som kallas beta-N-acetylhexosaminidase A och B. Mutationer i genen för beta-N-acetylhexosaminidase A kan leda till Tay-Sachs sjukdom, en allvarlig neurologisk störning.
Katalys
Proteinmodifiering, posttranslationell
Posttranslational protein modification (PTPM) refers to the covalent alteration of a protein's structure after its translation from mRNA to polypeptide chain but before it becomes fully functional. These modifications play crucial roles in regulating protein function, localization, stability, and interaction with other molecules within the cell. Examples of PTPMs include phosphorylation, glycosylation, ubiquitination, methylation, acetylation, and sumoylation, among others.
Pyrofosfataser
Pyrophosphatases are enzymes that catalyze the hydrolysis of pyrophosphate (PPi) into two phosphate (Pi) molecules. This reaction helps to drive various biochemical processes in the cell by lowering the energy barrier and making them thermodynamically favorable. In a single definition, Pyrophosphatases can be described as:
Cellvägg
Hos de flesta alger, bakterier och svampar är cellväggen en vanligtvis fast struktur som bildar ett skikt utanför cellhinnan och som ger organismen dess form och skyddar den mot mekanisk skada, osmotisk påverkan osv. Cellväggen fungerar också som en genomsläpplighetsbarriär mot t ex antibiotika och andra substanser.
Disackaridaser
Mutation
Katepsin D
Spectrometry, Mass, Matrix-Assisted Laser Desorption-Ionization
Matrix-Assisted Laser Desorption-Ionization Mass Spectrometry (MALDI-MS) is a technique used for the analysis of biomolecules, such as proteins and peptides, as well as small molecules. This method combines matrix-assisted laser desorption/ionization (MALDI) with mass spectrometry (MS) to ionize and separate analytes based on their mass-to-charge ratio.
Celler, odlade
Mannosidaser
Glykosidhydrolaser som katalyserar hydrolys av alfa- eller betalänkad mannos.