Proteína multifuncional que é tanto uma RNA helicase DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp)-box quanto um componente do complexo de proteínas SMN.
Família ampla de RNA helicases que compartilham um motivo de proteína comum com uma única letra da sequência de aminoácidos D-E-A-D (Asp-Glu-Ala-Asp). Além da atividade da RNA helicase, membros da família DEAD-box participam em outros aspectos do metabolismo e regulação da função do RNA.
Família de proteínas que promovem o desenrolamento de RNA durante a quebra e tradução.
Enzimas que catalisam a incorporação dirigida por molde dos ribonucleotídeos a uma cadeia de RNA. EC 2.7.7.-.
Proteínas que se ligam a moléculas de RNA. Aqui estão incluídas as RIBONUCLEOPROTEÍNAS e outras proteínas, cuja função é ligar-se especificamente ao RNA.
Descrições de sequências específicas de aminoácidos, carboidratos ou nucleotídeos que apareceram na literatura publicada e/ou são depositadas e mantidas por bancos de dados como o GENBANK, European Molecular Biology Laboratory (EMBL), National Biomedical Research Foundation (NBRF) ou outros repositórios de sequências.
Grupo de enzimas que catalisa a hidrólise de ATP. A reação de hidrólise é geralmente acoplada com outra função, como transporte de Ca(2+) através de uma membrana. Estas enzimas podem ser dependentes de Ca(2+), Mg(2+), ânions, H+ ou DNA.
Ordem dos aminoácidos conforme ocorrem na cadeia polipeptídica. Isto é chamado de estrutura primária das proteínas. É de importância fundamental para determinar a CONFORMAÇÃO DA PROTEÍNA.
Sequências de RNA que servem como modelo para a síntese proteica. RNAm bacterianos são geralmente transcritos primários pelo fato de não requererem processamento pós-transcricional. O RNAm eucariótico é sintetizado no núcleo e necessita ser transportado para o citoplasma para a tradução. A maior parte dos RNAm eucarióticos têm uma sequência de ácido poliadenílico na extremidade 3', denominada de cauda poli(A). Não se conhece com certeza a função dessa cauda, mas ela pode desempenhar um papel na exportação de RNAm maduro a partir do núcleo, tanto quanto em auxiliar na estabilização de algumas moléculas de RNAm retardando a sua degradação no citoplasma.
Grau de similaridade entre sequências de aminoácidos. Esta informação é útil para analisar a relação genética de proteínas e espécies.
Polinucleotídeo que consiste essencialmente em cadeias contendo unidades repetidas de uma estrutura de fosfato e ribose às quais as bases nitrogenadas encontram-se unidas. O RNA é único entre as macromoléculas biológicas pelo fato de codificar informação genética, servir como um componente celular estrutural abundante e também possuir atividade catalítica. (Tradução livre do original: Rieger et al., Glossary of Genética: Classical and Molecualr, 5th ed)
Sequência de PURINAS e PIRIMIDINAS em ácidos nucleicos e polinucleotídeos. É chamada também de sequência nucleotídica.
Inserção de moléculas de DNA recombinante de origem procariótica e/ou eucariótica em um veículo replicante, tal como um plasmídeo ou vírus vetores, e a introdução das moléculas híbridas resultantes em células receptoras, sem alterar a viabilidade dessas células.
A primeira LINHAGEM CELULAR humana maligna continuamente cultivada, derivada do carcinoma cervical de Henrietta Lacks. Estas células são utilizadas para a CULTURA DE VÍRUS e em ensaios de mapeamento de drogas antitumorais.
Nucleotídeo de adenina contendo três grupos fosfatos esterificados à porção de açúcar. Além dos seus papéis críticos no metabolismo, o trifosfato de adenosina é um neurotransmissor.
Família de proteínas que compartilha os MOTIVOS F-BOX e estão envolvidas com as interações proteína-proteína. Desempenham um importante papel nos processos de ubiquitinação proteica por associação com diversos substratos que, por sua vez, vão resultar em complexos de SCF UBIQUITINA LIGASE. Estas proteínas são mantidas no complexo ubiquitina-ligase via ligação às proteínas com domínio SKP.
Complexo nuclear de proteína e RNA que desempenha um papel no processamento de RNA. No nucleoplasma, a U2 RNPnp juntamente com as demais ribonucleoproteínas pequenas (U1, U4-U6 e U5) reúnem-se em ESPLICEOSSOMAS que removem íntrons do pré RNAm por splicing. A U2 RNAnp forma pares de bases com sequências altamente conservadas no ponto de ramificação, que se associa com os fatores sensíveis ao calor e à RNAse em uma etapa inicial do splicing.
Parte do TRATO RESPIRATÓRIO (ou o ar dentro dele) que não troca OXIGÊNIO e GÁS CARBÔNICO com o sangue dos capilares do pulmão.
Proteína HMGB de 24kDa que se liga ao sulco menor do DNA e o distorce.
Componente do fator de iniciação 4F em eucariotos (que atua como RNA helicase), o qual está envolvido no 'desenovelamento' da estrutura secundária na REGIÃO 5' NÃO TRADUZIDA do MRNA. O 'desenovelamento' facilita a ligação da subunidade ribossômica 40S.
Subclasse de proteínas de ligação a DNA winged helix que compartilha homologia com seu membro principal da proteína forkhead, em drosófilas.
Sequência rica em A-T conservada que está contida nos promotores da RNA polimerase II. O segmento apresenta sete pares de bases de extensão, e os nucleotídeos mais encontrados são TATAAAA.
Proteína de ligação a DNA de sequência específica que desempenha um papel essencial como um regulador global no controle do ciclo de células de levedura. Contém um domínio MADS-box dentro de 56 aminoácidos dentro da porção N-terminal da proteína e é uma das quatro proteínas fundadoras que definem estruturalmente a superfamília de PROTEÍNAS DE DOMÍNIO MADS.
Família de proteínas não histona, de baixo peso molecular, encontradas na cromatina.
Subgrupo de ubiquitina proteína ligase formadas pela associação de uma proteína com domínio SKP, uma proteína com domínio CULINA e uma proteína com domínio F-BOX.
Superfamília de proteínas que compartilham um domínio com sequência de motivos MADS altamente conservados. O termo MADS refere-se aos quatro primeiros membros que são as PROTEÍNAS MCM1, PROTEÍNA AGAMOUS DE ARABIDOPSIS, PROTEÍNAS DEFICIENS e FATOR DE RESPOSTA SÉRICA. Muitas proteínas com domínio MADS têm sido encontradas em espécies de todos os reinos eucarióticos. Desempenham um papel importante no desenvolvimento, especialmente em plantas, nas quais têm papel importante no desenvolvimento das flores.
Processo pelo qual substâncias endógenas ou exógenas ligam-se a proteínas, peptídeos, enzimas, precursores proteicos ou compostos relacionados. Medidas específicas de ligantes de proteínas são usadas frequentemente como ensaios em avaliações diagnósticas.
Componentes estruturais de proteínas comumente observados, formados por combinações simples de estruturas secundárias adjacentes. Uma estrutura comumente observada pode ser composta por uma SEQUÊNCIA CONSERVADA que pode ser representada por uma SEQUÊNCIA CONSENSO.
Proteínas obtidas da espécie SACCHAROMYCES CEREVISIAE. A função de proteínas específicas deste organismo são objeto de intenso interesse científico e têm sido usadas para obter a compreensão básica sobre o funcionamento de proteínas semelhantes em eucariontes superiores.
Qualquer mudança detectável e hereditária que ocorre no material genético causando uma alteração no GENÓTIPO e transmitida às células filhas e às gerações sucessivas.
Exclusão final (ultimate) de sequências "nonsense" ou de sequências intervenientes (íntrons), antes que a transcrição final do RNA seja enviada para o citoplasma.
Primeiras técnicas de blindagem desenvolvidas em leveduras para identificar genes que codificam proteínas de interação. As variações são usadas para avaliar interações entre proteínas e outras moléculas. Técnicas de dois híbridos referem-se à análise de interações de proteína-proteína, e as de um e três híbridos, referem-se à análise de interações DNA-proteína e RNA-proteína (ou interações baseadas em ligantes), respectivamente. Técnicas reversas de n híbridos referem-se à análise de mutações ou outras moléculas pequenas que dissociam interações conhecidas.
Sequência de aminoácidos em um polipeptídeo ou de nucleotídeos no DNA ou RNA que é semelhante em múltiplas espécies. Um grupo conhecido de sequências conservadas é representado por uma SEQUÊNCIA CONSENSO. Os MOTIVOS DE AMINOÁCIDOS são frequentemente compostos de sequências conservadas.
Substâncias endógenas, usualmente proteínas, que são efetivas na iniciação, estimulação ou terminação do processo de transcrição genética.
Proteínas encontradas no núcleo de uma célula. Não se deve confundir com NUCLEOPROTEÍNAS, que são proteínas conjugadas com ácidos nucleicos, que não estão necessariamente no núcleo.
Nível de estrutura proteica em que estruturas das proteínas secundárias (alfa hélices, folhas beta, regiões de alça e motivos) se combinam dando origem a formas dobradas denominadas domínios. Pontes dissulfetos entre cisteínas em duas partes diferentes da cadeia polipeptídica juntamente com outras interações entre as cadeias desempenham um papel na formação e estabilização da estrutura terciária. As proteínas pequenas, geralmente são constituídas de um único domínio, porém as proteínas maiores podem conter vários domínios conectados por segmentos da cadeia polipeptídica que perdeu uma estrutura secundária regular.
Arranjo espacial dos átomos de um ácido nucleico (ou de um polinucleotídeo) que resulta em sua forma tridimensional característica.
Combinação de dois ou mais aminoácidos ou sequências de bases de um organismo ou organismos de tal forma a alinhar áreas das sequências de distribuição das propriedades comuns. O grau de correlação ou homologia entre as sequências é previsto computacionalmente ou estatisticamente, baseado nos pesos determinados dos elementos alinhados entre as sequências. Isto pode servir como um indicador potencial de correlação genética entre os organismos.
Família de proteínas de sequências relacionadas, semelhantes à PROTEÍNA HMGB1, contendo DOMÍNIOS HMG-BOX específicos.
Biossíntese de RNA realizada a partir de um molde de DNA. A biossíntese de DNA a partir de um molde de RNA é chamada de TRANSCRIÇÃO REVERSA.
Partes de uma macromolécula que participam diretamente em sua combinação específica com outra molécula.
DNA complementar de fita única sintetizado a partir de um molde de RNA pela ação da DNA polimerase dependente de RNA. O DNAc (DNA complementar, não DNA circular, não C-DNA) é utilizado numa variedade de experimentos de clonagem molecular assim como servem como uma sonda de hibridização específica.
Proteínas que se ligam ao DNA. A família inclui proteínas que se ligam às fitas dupla e simples do DNA e também inclui proteínas de ligação específica ao DNA no soro, as quais podem ser utilizadas como marcadores de doenças malignas.
Espécie do gênero SACCHAROMYCES (família Saccharomycetaceae, ordem Saccharomycetales) conhecida como levedura "do pão" ou "de cerveja". A forma seca é usada como suplemento dietético.
Corpo, limitado por uma membrana, localizado no interior das células eucarióticas. Contém cromossomos e um ou mais nucléolos (NUCLÉOLO CELULAR). A membrana nuclear consiste de uma membrana dupla que se apresenta perfurada por certo número de poros; e a membrana mais externa continua-se com o RETÍCULO ENDOPLÁSMICO. Uma célula pode conter mais que um núcleo.
Família de proteínas estruturalmente relacionadas que foram descobertas originalmente pelo seu papel na regulação do ciclo celular em CAENORHABDITIS ELEGANS. Desempenham papéis importantes na regulação do CICLO CELULAR e como componentes das UBIQUITINA-PROTEÍNA LIGASES.
Família de proteínas com domínio F-box que contem sequências homólogas às subunidades transducina beta. Estas proteínas desempenham um importante papel na via de degradação proteica por converterem em componentes das PROTEÍNAS LIGASES SKP CULINA F-BOX, que atuam seletivamente sobre um subgrupo de proteínas, entre as quais a beta-catenina e a IkappaBbeta.
Família de enzimas que catalisam a conversão de ATP e uma proteína a ADP e uma fosfoproteína.
Espécie de bactéria Gram-negativa aeróbia, em forma de bastonete, que é encontrada em fontes de água quente de pH neutro a alcalino, assim como em aquecedores de água quente.
Sequências de DNA reconhecidas (direta ou indiretamente) e ligadas por uma RNA polimerase dependente de DNA durante a iniciação da transcrição. Sequências altamente conservadas dentro do promotor incluem a caixa de Pribnow nem bactérias e o TATA BOX em eucariotos.
Fator de transcrição forkhead ativador essencial de expressão gênica do GLUCAGON.
Determinadas culturas de células que têm o potencial de se propagarem indefinidamente.
Subclasse de fatores estreitamente relacionados a fatores de transcrição SOX. Membros deste grupo foram encontrados expressos no tecido neuronal em desenvolvimento, LINFÓCITOS e durante o DESENVOLVIMENTO EMBRIONÁRIO.
Família de vírus RNA que infecta em disparado famílias de plantas. São transmitidos por vetores afídeos específicos. Há três gêneros: LUTEOVIRUS, Polerovirus e Enamovirus.
Fator de transcrição que desempenha papel essencial no desenvolvimento dos TESTÍCULOS. É codificado por um gene no cromossomo Y e contém um DOMÍNIO HMG-BOX que é encontrado nos membros da família SOX de fatores de transcrição.
Classe diversa de enzimas que interagem com as ENZIMAS DE CONJUGAÇÃO DE UBIQUITINA e substratos proteicos específicos da ubiquitinação. Cada membro deste grupo de enzimas tem sua própria especificidade distinta para um substrato e enzima de conjugação de ubiquitina. As ubiquitina-proteína-ligases existem como proteínas monoméricas e como complexos multiproteicos.
Modelos usados experimentalmente ou teoricamente para estudar a forma das moléculas, suas propriedades eletrônicas ou interações [com outras moléculas]; inclui moléculas análogas, gráficos gerados por computador e estruturas mecânicas.
Espécie de bactérias Gram-negativas, facultativamente anaeróbicas, em forma de bastão (BACILOS GRAM-NEGATIVOS ANAERÓBIOS FACULTATIVOS) comumente encontrada na parte mais baixa do intestino de animais de sangue quente. Geralmente não é patogênica, embora algumas linhagens sejam conhecidas por produzir DIARREIA e infecções piogênicas. As linhagens patogênicas (virotipos) são classificadas pelos seus mecanismos patogênicos específicos como toxinas (ESCHERICHIA COLI ENTEROTOXIGÊNICA), etc.
Família de proteínas estruturalmente relacionadas, induzidas por CITOCINAS e negativamente reguladas por vias de TRANSDUÇÃO DE SINAL mediadas por citocina. As proteínas SOCS contêm um domínio SH2 central e uma região C-terminal de homologia, conhecida como caixa SOCS.
Proteínas complexas ligando RNA com ácidos ribonucleicos (RNA).