Kloroplast ATPas
Bakteriella protontranslokerande ATPaser
En bakteriell protontranslokerande ATPase är ett proteincomplex hos bakterier och archaeer, som katalyserar ATP-syntesen genom att konvertera den energirika gradienten av protoner över cellytan till kemisk energi i form av ATP. Processen kallas också oxidativ fosforylering och är en central del i cellens energihushållning.
Protontranslokerande ATPaser
En protontransportörande ATPas är ett membranprotein som konverterar kemisk energi (i form av ATP) till elektromekanisk potentialenergi genom att pumpa protoner över cellytan, under uppbyggandet av ett pH- och elektrokemiskt gradient. Detta gradient kan sedan användas för olika cellulära processer som syrefrisättning, syrabearbetning och aktiv transport av näringsämnen.
Vacuolar Proton-Translocating ATPases
"Vacuolar-type H+ (proton) translocating ATPases" är en grupp enzymer som förekommer hos eukaryota celler och som katalyserar ATP-hydrolys till ADP och fosfat, varvid protoner transporteras från cytosolen in i organeller såsom vakuoler, endosomer, golgiapparaten och lysosomer. Denna protontransport skapar en gradient över membranen med högre pH utanpå membranen jämfört med inne i organellen, samt ett lägre potentialenerginyttelag för protoner (högre koncentration av protoner) inuti organellen. Denna gradient används sedan för att driva olika cellulära processer såsom transport av näringsämnen, jontransport och andra energikrävande processer.
NADP Transhydrogenases
NADP Transhydrogenases är ett enzym som katalyserar den reversibla överföringen av hydrogener mellan två koenzym Q (CoQ) eller nicotinamidadenindinukleotidfosfat (NAD(P)H) molekyler, vilket hjälper till att balansera cellens redoxpotential och energistatus. Det finns två typer av NADP Transhydrogenases: intra-Mitosomal NADP+ reduktas och membranbundna NAD(P) transhydrogenaser. Den intramitosomala formen hjälper till att producera NADPH för fettsyrasyntes, medan den membranbundna formen hjälper till att reglera cellens energibalans genom att överföra reduktiva ekvivalenter mellan NAD(P)H och NAD(P)+.
Mitokondriella protontranslokerande ATPaser
Protoner
I medicinen refererer protoner til positivt ladede partikler, som normalt findes i atomkerner sammen med neutroner og neutroner. Protoner spiller en vigtig rolle i kemiske reaktioner, herunder også i cellers energiproduktion, hvor de frigives under nedbrydningen af glukose via cellemembranens protonpumpe og dermed producerer ATP, cellsensenergi.
Adenosintrifosfataser
Rhodospirillum rubrum
Rhodospirillum rubrum är en gramnegativ, strikt aerob eller fakultativt anaerob, fotosyntetiserande bakterie som tillhör purpurbakterierna. Den är rödbrunfärgad på grund av sina fotosyntetiska pigment och har en spiralformad morfologi med en eller flera flageller som används för svängkraftsbetonad rörelse. R. rubrum kan grova näringsämnen genom kvävefixering och är känd för sin förmåga att metabolisera en rad olika kolhydrat- och organiska syremolekyler som acetat, malat och butyrat. Denna bakterie återfinns vanligtvis i sötvattenmiljöer med låg syrehalt, såsom sediment och vattendrag, men kan även förekomma i jord- och växtassociationer.
Dicyklohexylkarbodiimid
Vakuoler
I en enkel medicinsk definition kan vakuoler beskrivas som membranomskydda kompartment innehållande vätska och/eller olika organellmaterial, som förekommer inne i celler hos levande organismer. Vakuoler är vanligen associerade med specifika funktioner såsom intracellulär lagring, nedbrytning av material eller homeostasis.
Protonpumpar
En medicinsk definition av 'Protonpumpar' är en typ av transporterande protein som aktivt pumpar protoner (H+) över celmembranet, vilket genererar ett protonsgradient och konsekvent elektrokemisk potential. Denna potential används sedan av andra cellulära processer, såsom ATP-syntes eller sekundära aktiva transportörer. Ett exempel på en protonpumpa är den gastriska H+/K+-ATPasen i magsäckens slemhinnor, som utsöndrar protoner till maginnehållet för att skapa den sura miljön som behövs för proteinernas nedbrytning.
Oorganiskt pyrofosfatas
Quinone Reductases
Quinone reductases are a group of enzymes that catalyze the reduction of quinones to hydroquinones using NADH or NADPH as an electron donor. This reaction is important in the detoxification of quinones, which are produced during the metabolism of certain drugs and chemicals, as well as in normal cellular processes. High levels of quinone reductase activity have been associated with a reduced risk of cancer and other diseases, making it a potential target for therapeutic intervention.
Kalciumtransporterande ATPaser
Ett enzym som förekommer i rörmembranen i det sarkoplasmatiska retiklet. Under avslappningsfasen hos skelettmuskler och mitokondrierika muskler katalyserar detta enzym den aktiva transporten av kalciu m från sarkoplasman in i det sarkoplasmatiska retiklets rör. Det kräver mikromolkoncentrationer av Ca(2+) och utnyttjar MgATP som substrat. EC 3.6.1.38.
Paracoccus denitrificans
Kolibakterie
NAD
NAD (Nicotinamid Adenin Dinukleotid) är ett viktigt koenzym som deltar i flertalet biokemiska reaktioner inom kroppen, särskilt vid cellandningen där det hjälper till att konvertera energireserver i form av kolhydrater, fetter och protein till ATP (Adenosintrifosfat), som används som direkt energikälla i cellerna. NAD förekommer i två former: NAD+ (oxiderad form) och NADH (reducerad form). Vid cellandningen oxideras NADH tillbaka till NAD+, vilket genererar elektroner som driver den elektrontransportkedja som producerar ATP. Därutöver är NAD också inblandat i andra processer såsom DNA-reparation och cellulär signalering.
Protonpotential
Protonpotential, även kallat elektrokemiskt potential eller protongradient, är ett mått på skillnaden i koncentration och laddning mellan två areaer inom en cell, som orsakas av gradienten för vätejoner (H+). Detta potential skapar en drivkraft som gör att protoner kan diffundera från ett område med högre protonkoncentration till ett område med lägre koncentration, och samtidigt genererar elektrisk energi. Protonpotentialet är viktigt för cellers energiproduktion, särskilt i mitochondrier och kloroplasten, där det används för att producera ATP (adenosintrifosfat) som en energikälla.
NADP
NADP, eller mer formellt NADP+ (nicotinamidadenindinukleotidfosfat), är ett viktigt koenzym i celler och spelar en central roll i cellers energihushållning och metabolism. Det är ett vattenlösligt koenzym som deltar i redoxreaktioner, det vill säga reaktioner där elektroner överförs mellan molekyler. NADP+ kan acceptera två elektroner och en proton (H+), vilket resulterar i att den reduceras till NADPH.
Adenosintrifosfat
Oxidative Phosphorylation Coupling Factors
In enkel mening är oxidativa fosforyleringskopplingsfaktorer (OPCF) proteinkomplex som spelar en central roll i cellandningen, det vill säga den process där celler genererar energi i form av ATP (adenosintrifosfat) genom att oxidera organiska molekyler. OPCF hjälper till att koppla två viktiga processer i cellandningen: elektrontransportkedjan och syntesen av ATP.
Molekylsekvensdata
Aminosyrasekvens
Alanindehydrogenas
Cellmembran
Proteolipider
Proteolipids are a type of complex lipid molecule that contain both fatty acid chains and proteins. They are found in various biological membranes, including the brain, where they play important roles in cell signaling and communication. Proteolipids are unique because their protein and lipid components are tightly associated and function together as a single unit. They are also known to be involved in several neurological disorders, such as Alzheimer's disease and multiple sclerosis.
Elektrontransportkomplex I
Elektrontransportkomplex I, också känt som NADH-dehydrogenas, är ett enzymkomplex inblandat i cellandets elektrontransportkedja, som är lokaliserad i mitokondriens inner membran hos eukaryota celler och cellmembranet hos prokaryota celler. Detta komplex spelar en central roll i cellandets energiproduktion genom att oxidera NADH och reducera coenzym Q, vilket leder till pumpning av protoner över mitokondriens inner membran och skapande av ett protonkoncentrationsgradient. Denna gradient driver därefter syntesen av ATP, en energirik molekyl som används av cellen för att driva olika processer. Elektrontransportkomplex I består av flera subenheter och kofaktorer, inklusive flaviner, järn-svavelkluster och kvävebaserade grupper, som tillsammans utgör den aktiva plats där elektr
Järn-svavelproteiner
Saccharomyces cerevisiae
Protein-underenheter
Protein undersyrer, eller proteindeficiens, refererer til et tilstand hvor kroppen mangler tilstrækkelig med proteiner for at fungere korrekt. Proteiner er essentielle for at bygge og reparere væv, producere hormoner og enzymer, og styrke immunforsvaret. En proteindeficiens kan føre til muskelatrofi, øget infektionsrisiko, langsomme vækst hos børn, svækkelse af immunsystemet, og i alvorlige tilfælde kan det også medføre koma eller død. Proteinmangel kan skyldes en mangel på proteinindtag eller en øget proteinbehov, fx som følge af sygdom, graviditet eller svær fysisk aktivitet.
Operon
Valinomycin
Valinomycin är ett cycliskt decapeptid som fungerar som en jonofor, specifikt för potassium-joner (K+). Det bildas naturligt av vissa bakterier och svampar. I biokemi används valinomycin ofta för att skapa kontrollerade miljöer med höga koncentrationer av potassium-joner inom membranstrukturer, eftersom det har en hög affinitet till K+ och kan diffundera jonen genom lipid bilayer. Det används också för att studera mekanismer kring aktiv transport och selektivitet hos jonkanaler.
Bakteriella kromatoforer
Kromaffinkorn
Nukleotider
Nukleotider är de grundläggande byggstenarna i DNA och RNA, molekyler som lagrar genetisk information och kodar för proteiner. En nukleotid består av en pentos-socker (ribosa eller deoxyribosa), en fosfatgrupp och en nitrogenbas. Nitrogenbaserna kan vara adenin, guanin, cytosin och uracil i RNA eller thymin i DNA. Nukleotider kopplas samman med varandra genom fosfatbrückor mellan sockerstrukturerna och bildar på så sätt långa polymerkedjor.
Makromolekylära substanser
Intracellulära membran
Biologisk transport
NADH, NADPH-oxidoreduktaser
NAD(P)H-oxidoreduktaser är ett samlingsnamn för en grupp enzymer som katalyserar oxidationen av NADH (reducerad nicotinamidadenindinukleotid) eller NADPH (reducerad nicotinamidadenindinukleotidfosfat) till NAD+ (oxiderad nicotinamidadenindinukleotid) eller NADP+ (oxiderad nicotinamidadenindinukleotidfosfat), samtidigt som de reducerar ett elektronacceptor. Denna katalytiska process är central för cellens metabolism och energiproduktion, särskilt inom cellandning (oxidativ fosforylering) där NADH och NADPH fungerar som elektrondonatorer i den elektrontransportkedja som genererar ATP (adenosintrifosfat). NAD(P)H-oxidoreduktaserna kan också spela en viktig roll i det redoxbalansen
Mutation
Plasmider
En plasmid är en liten, cirkulär dubbelsträngad DNA-molekyl som kan replikera självständigt och förekommer hos bakterier och andra encelliga organismer. Plasmider kan överföras mellan celler och innehåller ofta gener som ger resistens mot antibiotika eller kodar för toxiner. De används också i molekylärbiologi som vektorer för kloning av gener.
Kloning, molekylär
Bindningsplatser
Väte
Det första grundämnet i det periodiska systemet. Väte har kemiskt tecken H (Hydrogen), atomnummer 1 och atomvikt 1. Det förekommer normalt i form av en färglös, luktfri och smaklös gas, vätgas, med formeln H2. Vätejoner är protoner. Förutom den vanliga isotopen H1 finns den stabila isotopen deuterium (D) och den instabila radioisotopen tritium (T).
Karbonylcyanid-m-klorfenylhydrazon
Nötkreatur
Bassekvens
Oxidation-reduktion
Elektronspinnresonansspektrografi
En teknik som är tillämpbar på en mängd olika ämnen som uppvisar paramagnetism till följd av magnetismen alstrad av opariga elektroner. Erhållna spektra kan användas för påvisande, identifiering, och bestämning av elektronstrukturer, undersökning av molekylers interaktioner, och för mätning av kärnspinn och magnetiska moment. Elektronisk dubbelresonansspektrografi (ENOR) är en variant av tekniken som ger bättre upplösning. Spinnresonansanalys kan göras in vivo, och inkluderar tillämpningar som t ex magnetresonans (MRI). Syn. ESR.
Elektrontransport
Jontransport
Jästsvampar
Jästsvampar, eller candida albicans, är en typ av opportunistiska svampar som naturligt förekommer på huden och slimhinnor hos människor utan att vanligtvis orsaka några besvär. De kan dock leda till infektioner, särskilt i samband med försvagad immunförsvar eller vid störningar i den normala bakteriefloran. Jästsvampar kan ge upphov till diverse symptom beroende på vilken del av kroppen de infekterar, exempelvis orala eller genitala sår, hudirritationer eller invasiva systemiska infektioner.
Pyrofosfataser
Pyrophosphatases are enzymes that catalyze the hydrolysis of pyrophosphate (PPi) into two phosphate (Pi) molecules. This reaction helps to drive various biochemical processes in the cell by lowering the energy barrier and making them thermodynamically favorable. In a single definition, Pyrophosphatases can be described as:
Proteinkonfiguration
I enkelhet kan 'proteinkonfiguration' definieras som den specifika rymdstrukturen och orienteringen hos de aminosyror som utgör ett protein. Denna konfiguration bestäms av proteinkedjans primära struktur (sekvensen av aminosyror) samt hur dessa aminosyror är hopfogade och vevda i rummet, vilket kallas för sekundär, tertiär och kvartär struktur. Proteinkonfigurationen har en direkt betydelse för proteinets funktion och stabilitet.
Adenosindifosfat
Biologisk transport, aktiv
Sekvenshomologi, aminosyra
Aminosyresekvenshomologi refererer til den grad af lighed i rækkefølgen af aminosyrerne, der udgør proteiner hos to eller flere organismer. Jo større antal identiske aminosyrer i samme position i de sammenlignede sekvenser, des højere er graden af homologi. Dette begreb anvendes ofte i molekylærbiologien for at fastslå evolutionæ forhold og funktionelle egenskaber hos proteiner.
Proteinstruktur, tertiär
Modeller, molekylära
Plasma Membrane Calcium-Transporting ATPases
Plasma Membrane Calcium-Transporting ATPases (PMCA) är en typ av proteinkomplex som aktivt transporterar calciumjoner (Ca2+) ut från cellens cytosol till det extracellulära matrixet. Denna transport process kräver energi i form av ATP (Adenosintrifosfat), därav prefixet "ATPases". PMCA hjälper till att reglera intracellulärt calciumnivåer och underhåller homeostas. Dessa proteiner spelar en viktig roll i cellsignalering, muskelkontraktion och neurotransmission.
Magnesium
Ett lätt, silverfärgat, metalliskt grundämne. Det har kemiskt tecken Mg, atomnummer 12 och atomvikt 24,31. Dess salter är nödvändiga i näringskedjan, då de behövs för många enzymers verkan, särskilt för sådana som deltar i oxidativ fosforylering. Magnesium ingår i såväl intra- som extracellulära vätskor och utsöndras via urin och avföring. Brist på ämnet ger upphov till nervretning, med stelkramp, kärlvidgning, kramper, darrningar, depression och psykotiska beteenden.
Liposomer
Rekombinanta proteiner
Rekombinanta proteiner är proteiner som innehåller sekvenser från två eller flera olika källor, vanligtvis genom genetisk manipulation i laboratorium. Genom användning av rekombinant-DNA-teknik kan man kombinera gener från olika organismer för att skapa en ny gen som kodar för ett protein med önskade egenskaper. Detta är en viktig metod inom biomedicinsk forskning och används bland annat för produktion av läkemedel, diagnostiska verktyg och för studier av proteiner och deras funktioner.
Sekvensinpassning
I medicinen, refererar "sekvensinpassning" till processen av matchning eller korrelerande en genetisk sekvens, vanligtvis en DNA- eller RNA-sekvens, med en specifik referenssekvens, för att fastställa dess position, orientering och eventuella variationer i förhållande till den referenssekvensen. Detta används ofta inom genetisk forskning och klinisk diagnostik för att identifiera gener, mutationer eller polymorfismer som kan vara associerade med sjukdomar eller andra hälsotillstånd.
Test för genetisk komplementering
Saccharomyces cerevisiae Proteins
'Saccharomyces cerevisiae proteins' refererar till proteiner som är specifika för jästsvampen Saccharomyces cerevisiae, även känd som bagerijäst eller öljäst. Detta organismer är välstuderade modellorganismer inom molekylärbiologi och genetik. Proteiner från Saccharomyces cerevisiae har varit av central betydelse för att förstå grundläggande cellulära processer, såsom celldelning, transkription, translation, DNA-replikering och metabolism. Många proteiner från Saccharomyces cerevisiae har blivit välkaraktäriserade och används ofta som referensproteiner i forskning.
Molekylvikt
Växter
Mutagenes, riktad
Proteinbindning
"Proteinbindning refererar till den process där ett protein binder specifikt till ett annat molekylärt substance, såsom en liten molekyl, ett annat protein eller en jon, vanligtvis genom non-kovalenta interaktioner som hydrogenbindning, Van der Waals-kräfter och elektrostatiska attraktioner. Denna bindning kan regulera funktionen hos det bundna substanceet och är av central betydelse för många biologiska processer, inklusive signaltransduktion, enzymsk aktivitet och transport av molekyler inom cellen."
Katjontransportproteiner
Katalys
Membranproteiner
Mitokondrier
Halvautonoma, självförökande organeller som finns i cytoplasman hos alla celler hos nästan alla eukaryoter. Varje mitokondrie omges av ett dubbelt membran. Det inre är kraftigt inbuktat, och dess utskott kallas kristor (cristae). I mitokondrierna sker oxidativa fosforyleringsreaktioner, vilka leder till bildande av ATP. De innehåller bestämda ribosomer, transfer-RNA, aminacyl-tRNA-syntetaser, och förlängnings- och termineringsfaktorer. Mitokondrier är beroende av generne i kärnan i den cell de befinner sig i för många avgörande typer av budbärar-RNA. Mitokondrier antas ha uppstått ur aeroba bakterier som etablerat ett symbiotiskt förhållande med primitiva protoeukaryoter.
Na-K-ATPas
Na-K-ATPase, eller sodium-potassium-pumpen, är ett transmembrant enzym som aktivt transporterar natrium (Na+) ut och kalium (K+) in över cellmembranet i alla däggdjursceller. Denna process är nödvändig för att underhålla osmotisk jämvikt, membranpotential och cellytorvolym. ATPas står för adenosintrifosfatas, vilket betyder att en molekyl ATP (adenosintrifosfat) spjälkas till ADP (adenosindifosfat) och en fosfatgrupp under processen. Denna energi används för att pumpa natrium- och kaliumjoner mot deras koncentrationsgradienter.
Archaeoglobus fulgidus
Modeller, biologiska
Sarcoplasmic Reticulum Calcium-Transporting ATPases
Ca(2+)-Mg(2+)-ATPas
Membranpotentialer
Spänningsskillnaderna över ett membran. För cellmembran beräknas de genom att spänningen uppmätt på utsidan membranet subtraheras från den spänning som uppmätts innanför membranet. Potentialskillnaderna beror på olikheter i koncentrationen av kalium, natrium, klorid och andra joner utanför och innanför membranen hos celler eller organeller. För retningsbara celler varierar membranens vilopotential mellan -30 och -100 mV. Fysikaliska, kemiska eller elektriska stimuli kan bidra till att öka den negativa potentialen (hyperpolarisering) eller minska den (depolarisering).
Vanadater
I en enkel mening kan vanadater definieras som joner eller föreningar som innehåller vanadium i oxidationstillståndet +5, bundet till syreatomer. Vanadater är vanligtvis färgade och förekommer naturligt i vissa mineraler, men de kan även produceras syntetiskt. De har potentialen att agera som katalysatorer och har visats ha en rad biologiska verkan, inklusive insulinliknande aktivitet, vilket gör dem intressanta inom forskning om diabetesbehandlingar.
Koppar
Metallochaperones
Metallochaperons är proteiner som hjälper till att transportera och leverera metallioner, såsom koppar, järn och zink, till rätt plats inne i ett cellulärt enzym eller ett annat protein. De gör detta genom att bilda komplex med metallionen och sedan interagera med och överför metallionen till acceptorproteinet. Metallochaperoner spelar därmed en viktig roll i att reglera cellens metallhomeostas och skydda den mot skadlig påverkan från överskott av metallioner.
Makrolider
Gramnegativa kemolitotrofa bakterier
Kalcium
Grundämne som förekommer i nästan all organiserad vävnad. Det tillhör alkalimetallerna och har kemiskt tecken Ca, atomnummer 20 och atomvikt 40. Kalcium är det allra vanligaste mineralämnet i kroppen och bildar i förening med fosfor kalciumfosfat, som ingår i ben och tänder. Det spelar en essentiell roll för nerv- och muskelfunktioner, i blodkoagulationsprocessen (som faktor IV) och i många enzymp rocesser.