RNA-polymeras II
Transkription, genetisk
Genetisk transkription är ett biologiskt process där DNA-sekvensen kopieras till en mRNA-sekvens (meddelande RNA) med hjälp av enzymet RNA-polymeras, vilket möjliggör syntesen av proteiner.
DNA-styrt RNA-polymeraser
En grupp enzymer som katalyserar DNA-mallstyrd förlängning av 3'-änden av en RNA-sträng med en nukleotid åt gången. De kan initiera en helt ny sträng. Hos eukaryoter har tre former av enzymet kunnat särskiljas utifrån känslighet för alfa-amanitin och den typ av RNA som syntetiseras. EC 2.7.7.6.
RNA-polymeras III
RNA-polymeras I
RNA polymerase I är ett enzymkomplex som initierar och katalyserar transkriptionen av genomet till det ribosomala RNA (rRNA) under syntesen av ribosomer i eukaryota celler.
Transcriptional Elongation Factors
Transcriptional Elongation Factors refer to a group of proteins that play an essential role in the process of transcription by regulating the elongation phase of RNA polymerase II, which is responsible for transcribing most protein-coding genes in eukaryotic cells. These factors help to facilitate the efficient and accurate synthesis of mRNA molecules from DNA templates by overcoming various barriers and promoting the stable association of RNA polymerase II with the template during transcription elongation. Transcriptional Elongation Factors can also contribute to the regulation of gene expression through their involvement in various regulatory mechanisms, such as chromatin remodeling, histone modification, and promoter clearance.
Amanitiner
Cykliska peptider utvunna ur karpoforer av olika svamparter. De är kraftfulla RNA-polymerashämmare i de flesta eukaryoter och blockerar mRNA-produktion och proteinsyntes. Peptiderna är viktiga i trans kriptionsstudier. Alfaamanitin är det viktigaste giftet i Amanita phalloides (lömsk flugsvamp).
Transkriptionsfaktorer, TFII
Transkriptionsfaktorer, TFII, refererar till en grupp proteiner som är involverade i initieringen av transkriptionen av protein kodande gener inom eukaryota celler. De bildar en komplex multi-protein struktur tillsammans med RNA polymeras II och andra cofaktorer för att binda till promotorregionen av genen och initiera transkriptionen av DNA till mRNA. TFII-komplexet består av flera olika underenheter, TFIIA, TFIIB, TFIID, TFIIE, TFIIF och TFIIH, som var och en har en specifik roll i initieringen av transkriptionen.
Molekylsekvensdata
Beskrivningar av specifika sekvenser av aminosyror, kolhydrater eller nukleotider som publicerats och/eller deponerats och hålls tillgängliga i databaser som t ex Genbank, EMBL, NBRF eller andra sekvensdataarkiv.
RNA
RNA, eller Ribonukleinsyra, är ett biologiskt molekyll som består av en lång kedja av nukleotider. Det spelar en central roll i cellens proteinsyntes genom att transkribera DNA:t till mRNA (messenger RNA), som sedan kan översättas till protein av ribosomer. RNA förekommer också i andra funktioner, såsom reglering av genuttryck och katabolism av signalsubstanser.
Promotorregioner, genetik
I en enkel mening kan promotorregionen inom genetiken definieras som den del av ett genetiskt material (DNA) där transkriptionsfaktorer binder till att initiera transkriptionen av ett specifikt gen. Promotorregionen ligger vanligtvis uppströms (5'-ändan) av det gen som ska transkriberas och innehåller ofta cis-regulatoriska element som reglerar genuttrycket genom att påverka bindningen av RNA-polymeras II, enzymet ansvarigt för transkriptionen av protein kodande gener.
Bassekvens
Transkriptionsfaktorer
Transkriptionsfaktorer är proteiner som binder till DNA-regulatoriska sekvenser och kontrollerar transkriptionen av gener, vilket påverkar syntesen av specifika proteinmolekyler i cellen.
Genetiska mallar
Makromolekylära "formar" för syntes av komplementära makromolekyler, som vid DNA-replikation, transkription av DNA till RNA och translation av RNA till polypeptider.
Transkriptionsfaktorer, allmänna
Transkriptionsfaktorer är proteiner som binder till DNA-sekvenser och reglerar transkriptionen av gener, vilket innebär att de kontrollerar hur mycket av ett visst protein som ska produceras i cellen. Allmänna transkriptionsfaktorer är en grupp av transkriptionsfaktorer som kan binda till och aktivera en stor mängd olika gener, istället för att vara specialiserade att reglera endast en eller ett fåtal gener.
Saccharomyces cerevisiae
Hela-celler
RNA, viralt
"Viralt RNA" refererer til RNA-molekyler som er en del av strukturen eller funksjonen på et virus. Virus er små infektiøse partikler som består av genetisk materiale (RNA eller DNA) emballert i et proteinhylle. Viralt RNA kan være enten en del av viruset selv, som ses i positive-sense enkelstrengede RNA-viruser og negative-sense enkelstrengede RNA-viruser, eller det kan være et mellemledd i replikasjonen av retrovirus, som har RNA-genomer. Viralt RNA kan også være involvert i syntesen av proteiner for viruset.
Transkriptionsfaktor TFIIB
Transkriptionsfaktor TFIIB är ett protein som spelar en viktig roll i initieringen av transkription, det process där DNA kopieras till mRNA, genom att hjälpa till att rekrytera RNA-polymeras II till promotorregionen vid början av ett genetiskt segment.
Transkriptionsfaktor TFIID
TATA-boxbindande protein
A 'TATA-box binding protein' (TBP) is a crucial transcription factor that recognizes and binds to the TATA box, a specific DNA sequence located in the promoter region of many genes. This protein plays a critical role in initiating gene transcription by appropriately positioning the RNA polymerase II complex for accurate and efficient transcription.
Saccharomyces cerevisiae Proteins
'Saccharomyces cerevisiae proteins' refererar till proteiner som är specifika för jästsvampen Saccharomyces cerevisiae, även känd som bagerijäst eller öljäst. Detta organismer är välstuderade modellorganismer inom molekylärbiologi och genetik. Proteiner från Saccharomyces cerevisiae har varit av central betydelse för att förstå grundläggande cellulära processer, såsom celldelning, transkription, translation, DNA-replikering och metabolism. Många proteiner från Saccharomyces cerevisiae har blivit välkaraktäriserade och används ofta som referensproteiner i forskning.
Aminosyrasekvens
RNA, budbärar
"RNA (Ribonucleic acid) är ett ensträngat nucleotidmolekylt som fungerar som genetisk budbärare i celler, transportierande genetisk information från DNA till ribosomer under protein syntesprocessen."
Diklororibofuranosylbensimidazol
Transcription Elongation, Genetic
Transcription elongation, genetic, refers to the process in molecular biology where RNA polymerase continues adding nucleotides to the growing RNA chain, synthesizing a complete and accurate transcript of the DNA template, while traversing along the length of the gene, until it reaches the end of the transcription unit.
DNA-polymeras II
Ett DNA-beroende DNA-polymeras som påvisats i E.coli och andra lägre organismer. Det kan förekomma hos högre organismer. Den egna molekylaktiviteten uppgår till endast 5% av motsvarande aktivitet i DNA-polymeras I. Enzymet har 3'-5'-exonukleasaktivitet, kan ha som mall endast DNA med gap eller enkelsträngade ändsekvenser med färre än 100 nukleotider, och hämmas av sulfhydrylföreningar. EC 2.7.7.7.
Mediator Complex
A medical definition for 'Mediator Complex' is: "A multi-protein complex that plays a crucial role in the regulation of gene expression in eukaryotic cells. It acts as a bridge between transcription factors and RNA polymerase II, facilitating the initiation and activation of transcription."
Kromatin
Proteinbindning
"Proteinbindning refererar till den process där ett protein binder specifikt till ett annat molekylärt substance, såsom en liten molekyl, ett annat protein eller en jon, vanligtvis genom non-kovalenta interaktioner som hydrogenbindning, Van der Waals-kräfter och elektrostatiska attraktioner. Denna bindning kan regulera funktionen hos det bundna substanceet och är av central betydelse för många biologiska processer, inklusive signaltransduktion, enzymsk aktivitet och transport av molekyler inom cellen."
Transkriptionsfaktor TFIIH
Transkriptionsfaktor TFIIH är ett proteincomplex som spelar en central roll i transkriptionen av DNA till mRNA genom att verka som helikas och ATPas, bidra till öppning av DNA-dubbelspiralen och rekrytering av andra transkriptionsfaktorer under initieringen av transkription.
RNA, Small Interfering
"Small interfering RNA (siRNA) is a type of small RNA molecule, typically 20-25 nucleotides in length, that plays a crucial role in the RNA interference (RNAi) pathway. siRNAs are formed from double-stranded RNA precursors and function to silence specific genes post-transcriptionally by targeting and degrading complementary messenger RNA (mRNA) molecules, thereby preventing protein synthesis."
Polymeraskedjereaktion
En polymerase chain reaction (PCR) är en laboratorieteknik som verkar genom att kopiera en specifik DNA-sekvens i ett exponentiellt tempo, vilket möjliggör detaljerad analys av mycket små mängder av ursprungligt DNA. PCR utförs genom att upprepade gånger höja temperaturen och sänka den igen, vilket låter enzymet polymeras skapa kopior av DNA-sekvensen med hjälp av två specifika primers. Detta möjliggör identifiering och analys av specifika DNA-sekvenser i forskning, diagnostik och forensiska tillämpningar.
Mutation
RNA-splitsning
RNA-splitsning, eller RNA-splicing, är ett posttranskriptionellt process där intronsekvenser (icke-kodande sekvenser) exciseras och exonsekvenser (kodande sekvenser) sammanfogas i en RNA-molekyl, vilket resulterar i ett mognare, funktionellt RNA-transkript som kan antingen vara ett messenger RNA (mRNA) för proteintranslering eller ett icke-kodande RNA med viktiga regulatoriska funktioner.
Kolibakterie
DNA-styrt DNA-polymeras
DNA-beroende DNA-polymeras i bakterier, djur- och växtceller. Under replikationsförloppet katalyserar dessa enzymer anslutningen av deoxiribonukleotidrester till änden av en DNA-sträng i närvaro av DNA som mallprimer. De har även exonukleasverkan och spelar därför en roll vid DNA-reparation. EC 2.7.7.7.
TATA-box
The TATA-box is a cis-acting DNA sequence element, typically located between -30 and -100 base pairs upstream of the transcription start site in eukaryotic protein-coding genes, which serves as a binding site for the TATA-binding protein (TBP) and plays a crucial role in the initiation of transcription by RNA polymerase II.
Cellkärna
DNA
En deoxiribonukleotidpolymer som utgör den grundläggande genetiska substansen i alla celler. Eukaryota och prokaryota organismer har normalt sitt DNA ordnat i dubbelsträngade strukturer, men i många viktiga biologiska processer ingår under vissa skeden enkla strängar. DNA, som består av en flersockerarts-fosfatstam med utskott av puriner (adenin och guanin) och pyrimidiner (tymin och cytosin), bildar en dubbelspiral som hålls ihop med vätebindningar mellan purinerna och pyrimidinerna (adenin mot tymin (AT) och guanin mot cytosin (GC)).
RNA, ribosomalt
Ribosomalt RNA (rRNA) är den typ av RNA som utgör en viktig komponent i ribosomer, de cellulära organeller där proteinsyntesen sker i levande celler. rRNA-molekyler fungerar som strukturella stommar och katalytiska center för ribosomen, underlättar bindningen av aminosyror och bildandet av peptidbindningar under proteinsyntesen.
Histoner
RNA-replikas
"RNA-replicase" refers to an enzyme that catalyzes the replication of RNA molecules. It is responsible for producing complementary copies of RNA sequences, often using an RNA template. This process is essential in many viral life cycles and has been studied extensively in the context of virology research.
Positive Transcriptional Elongation Factor B
Cyklinberoendekinas 9
Cyclin-dependent kinase 9 (CDK9) är ett enzym som hör till familjen av serin/treoninkinaser och spelar en viktig roll i regleringen av transkription genom att fosforylera flera proteiner involverade i denna process. CDK9 bildar komplex tillsammans med cyklin T och är aktivt under hela cellcykeln, men är speciellt viktigt för initiering och elongation av transkription av protein kodande gener genom att fosforylera RNA-polymeras II.
Cyclin-Dependent Kinase 8
Cyclin-Dependent Kinase 8 (CDK8) är ett enzym som tillhör familjen serin/treoninkinaser och spelar en viktig roll i celldelningen och regleringen av genuttryck. CDK8 bildar komplex tillsammans med cyklin C, MED12 och MED13 och är involverat i aktivering och stängning av transkriptionsfaktorer som påverkar uttrycket av gener relaterade till celldelning, differentiering och cellcykelkontroll. CDK8 kan också vara involverad i andra cellulära processer såsom DNA-reparation och signaltransduktion.
TATA-Binding Protein Associated Factors
I en simpel medicinsk definition är "TATA-Binding Protein Associated Factors" (TAF) en typ av proteiner som interagerar med TATA-bindningsproteinet (TBP), ett centralt protein involverat i initieringen av transkriptionen av genetisk information till mRNA i celler. TAF-proteinerna bildar ofta komplex med TBP och andra proteiner, kända som general transkriptionsfaktorer (GTF), för att hjälpa till att initiera transkriptionen av gener genom att underlätta bindningen av RNA-polymeras II till promotorregionen av genen. TAF-proteinerna kan också vara involverade i regleringen av genuttryck och kan ha en roll i cellcykeln, celldifferentiering och cancerutveckling.
DNA-bindande proteiner
Proteiner som binder till DNA. Till denna familj hör proteiner som binder till såväl dubbelsträngat som enkelsträngat DNA, och den omfattar även specifika DNA-bindande proteiner i serum som kan användas som markörer för tumörsjukdomar.
Bindningsplatser
Terminator Regions, Genetic
"Terminator regions in genetics refer to specific DNA sequences that regulate gene expression by controlling transcription termination. These sequences signal the end of transcription, after which the resulting mRNA molecule can be translated into protein or degraded."
RNA, smått nukleärt
"Small nuclear RNA (snRNA) refers to a class of small, non-coding RNAs that are typically around 100-300 nucleotides in length and are found within the nucleus of eukaryotic cells."
Makromolekylära substanser
RNA, svamp
RNA (Ribonucleic acid) är ett nukleinsyremedel som spelar en central roll i den genetiska informationens flöde och proteinsyntes inom celler hos levande organismer, inklusive svampar. RNA består av en lång kedja av nukleotider som innehåller fyra olika baser: adenin (A), uracil (U), cytosin (C) och guanin (G). I svampar, liksom i andra eukaryota organismer, finns det tre huvudsakliga typer av RNA: messenger RNA (mRNA), ribosomalt RNA (rRNA) och transfer RNA (tRNA). Dessa olika RNA-typer har specifika funktioner i cellen, exempelvis att transportera genetisk information från DNA till ribosomen där proteinsyntesen sker eller att utgöra en del av ribosomerna där proteiner syntetiseras.
Kromatinimmunprecipitation
En teknik för identifiering av specifika DNA-sekvenser, bundna, in vivo, till proteiner av intresse. Metoden omfattar formaldehydfixering av kromatin för att korslänka DNA-bindande proteiner med DNA. Sedan DNA klippts upp i små fragment isoleras specifika DNA-proteinkomplex med hjälp av immunprecipitering med proteinspecifika antikroppar.
Plasmider
En plasmid är en liten, cirkulär dubbelsträngad DNA-molekyl som kan replikera självständigt och förekommer hos bakterier och andra encelliga organismer. Plasmider kan överföras mellan celler och innehåller ofta gener som ger resistens mot antibiotika eller kodar för toxiner. De används också i molekylärbiologi som vektorer för kloning av gener.
RNA Processing, Post-Transcriptional
Post-transcriptional RNA processing refers to the modifications and regulations that occur to RNA molecules after they have been transcribed from DNA. These processes include capping, splicing, and tailing, which are essential for stabilizing and enabling the mature RNA to perform its functions in protein synthesis or gene regulation. Additionally, post-transcriptional RNA processing can also involve various forms of editing, such as base modifications and insertion/deletion of nucleotides, that further diversify and refine the information encoded in the RNA.
Sarkosin
Sarkosin är ett signalsubstans som förekommer i centrala nervsystemet hos djur och människor. Det är en derivatprodukt vid nedbrytningen av aminosyran arginin. Sarkosin har visat sig ha viss neuroprotektiv verkan, men dess exakta funktion och roll inom kroppen är fortfarande under forskning.
Proteinstruktur, tertiär
Reglering av genuttryck, svampar
Nukleinsyrakonfiguration
I en enkel mening kan "nukleinsyrakonfiguration" referera till den specifika rymden eller position som en nukleotid eller ett baspar tar upp i en nukleinsyra, såsom DNA eller RNA. Detta inkluderar vilken sida av strängen varje nukleotid befinner sig på, och i vilket läge de är rotade. I DNA utgörs konfigurationen ofta av en dubbelhelix med antiparallella strängar, där varje baspar består av en adenin (A) som parar sig med en timin (T), och en guanin (G) som parar sig med en cytosin (C). I RNA är konfigurationen ofta en enkelsträngad helix, där uracil (U) ersätter timin (T) som basparningspartner till adenin (A).
Cellkärneproteiner
RNA-prekursorer
Cellinje
I medicine refererer "cellinje" til en gruppe af celler med ensartet funktion og opbygning, der samarbejder for at udføre en specifik biologisk proces eller opgave i et levende organisme. Celliner er ofte specialiserede i deres struktur og funktion for at udføre deres rolle effektivt, og de kan findes i alle levende organismer, fra encellet bakterie til komplekse flercellede dyr og planter.
Protein-underenheter
Protein undersyrer, eller proteindeficiens, refererer til et tilstand hvor kroppen mangler tilstrækkelig med proteiner for at fungere korrekt. Proteiner er essentielle for at bygge og reparere væv, producere hormoner og enzymer, og styrke immunforsvaret. En proteindeficiens kan føre til muskelatrofi, øget infektionsrisiko, langsomme vækst hos børn, svækkelse af immunsystemet, og i alvorlige tilfælde kan det også medføre koma eller død. Proteinmangel kan skyldes en mangel på proteinindtag eller en øget proteinbehov, fx som følge af sygdom, graviditet eller svær fysisk aktivitet.
Alfaamanitin
Alpha-amanitin är ett cykliskt peptidtoxin som produceras av flera giftiga svampar i släktet Amanita, inklusive knutskaftad flugsvamp och panterflugsvamp. Det är en stark inhibitor av RNA-polymeras II, en enzym som spelar en central roll i transkriptionen av DNA till mRNA i eukaryota celler. Alpha-amanitin binder till och stannar upp denna process, vilket stoppar syntesen av proteiner och kan leda till celldöd. Det används i forskning för att studera transkription och har potential som en möjlig behandling för vissa typer av cancer, men det är mycket giftigt och måste hanteras med stor försiktighet.
Transcription Initiation, Genetic
Transcription initiation, genetic, refers to the process by which RNA polymerase and transcription factors bind to specific regions of DNA, known as promoters, to initiate the transcription of a gene into messenger RNA (mRNA). This is the first step in gene expression, where the information encoded in the DNA is used to produce a functional protein. The initiation process involves the recognition and binding of RNA polymerase and transcription factors to specific DNA sequences, unwinding of the double-stranded DNA, and the formation of the open complex, which allows for the synthesis of mRNA to begin.
RNA, bakteriellt
Transcription Initiation Site
Transcription Initiation Site (TIS) refererar till den specifika positionen på DNA:t där transkriptionen av ett gener avses att starta. Det är platsen där RNA-polymeras binds till DNA-strecket och börjar syntetisera en mRNA-molekyl under genuttryck. I eukaryota celler kan TIS också benämnas cap site, eftersom den första nukleotiden i den transkriberade RNA-strängen ofta har en modifiering som kallas en 5'-kap.
Holoenzymer
Kloning, molekylär
Fosforylering
RNA-interferens
RNA-interferens (RNAi) är ett naturligt förekommande cellulärt försvarsmekanism hos eukaryota celler, som reglerar genuttryck och skyddar mot främmande genetisk material, såsom virusgenomer och transponibla element. RNAi-mekanismen involverar degradering av specifika mRNA-transkript med hjälp av korta, dubbelsträngade RNA-molekyler (siRNA) som en del av ett RNA-inducerat silencing-komplex (RISC). Denna process leder till specifik nedreglering av genuttryck genom att förhindra översättningen av mål-mRNA till protein.
Reglering av genuttryck
Sigmafaktor
I biokemi, er en sigma-faktor (σ-faktor) et specifikt protein som binder sig til RNA-polymeraset i bakteriers celler. Denne bindingen øker RNA-polymerasens transkriptionsaktivitet og hjælper med at regulere udtrykket af visse gener under forskellige celleforhold, såsom stres, celledeling eller næringsmangel. Sigma-faktorer er essentielle for korrekt initiering af transkriptionen og kan have forskellige speциfiske roller i reguleringen af forskellige gener. Der findes flere forskellige typer sigma-faktorer, hver med deres egen specifiske rolle i transkriptionsreguleringen.
RNA Editing
RNA editing refererer til den proces, hvor der foretages ændringer i det posttranskriptionelle RNA, før det oversættes til protein. Dette kan involvere indsættelse, deletyion eller substitution af nukleotider, der resulterer i en forandring af aminosyresekvensen i det endelige protein. Den mest almindelige form for RNA editing hos pattedyr er den reversible konvertering af adenosin (A) til inosin (I), katalyseret af enzymerne ADAR (Adenosine Deaminases Acting on RNA). Inosin kan derefter behandles som guanosin under oversættelsesprocessen, hvilket resulterer i en aminosyreforandring i det endelige protein.
Sekvenshomologi, aminosyra
Aminosyresekvenshomologi refererer til den grad af lighed i rækkefølgen af aminosyrerne, der udgør proteiner hos to eller flere organismer. Jo større antal identiske aminosyrer i samme position i de sammenlignede sekvenser, des højere er graden af homologi. Dette begreb anvendes ofte i molekylærbiologien for at fastslå evolutionæ forhold og funktionelle egenskaber hos proteiner.
Nukleosomer
Nukleosomer är de basala enheterna i kromatin, som består av DNA wrapped around histonproteinkärnor. Varje nukleosom innehåller 146 baspar DNA och två varianter av Histonoktamer (H3, H4)2(H2A, H2B)2. Nukleosomer är viktiga för kompaktiseringen av DNA i kromatin och regleringen av genuttryck genom att påverka tillgängligheten av DNA för transkriptionsfaktorer och andra proteiner som binder till DNA.
RNA-bindande proteiner
RNA-binding proteins (RBPs) are a type of protein that selectively interact with RNA molecules, playing crucial roles in post-transcriptional regulation of gene expression. They can bind to various structural elements within RNA, such as double-stranded RNA, single-stranded RNA, hairpins, and other secondary structures, influencing RNA processing, stability, localization, and translation. The specificity of RNA-protein interactions is determined by the recognition of distinct RNA sequences and/or structural motifs through the modular domains present in RBPs.
RNA Caps
"RNA caps" refer to the modified structures found at the 5' end of RNA molecules, including both messenger RNA (mRNA) and certain types of non-coding RNAs. These caps consist of a methylated guanosine triphosphate (GTP) molecule that is linked to the first nucleotide of the RNA chain through a 5'-5' triphosphate bridge. The RNA cap plays a crucial role in protecting the RNA from degradation, promoting its stability, and facilitating its translation into protein. Additionally, the RNA cap can also serve as a binding site for various proteins involved in RNA processing, transport, and regulation.
Svampgener
Det genetiska materialet i svampar. Hit hör även sexgenerna (typgenerna för parning) hos Saccharomyces cerevisiae.
Virusproteiner
"Virusproteiner" refererer til proteiner som produceres af et virus for å fullføre sin infeksjonsprosess og reproducerer seg i værtsorganismen. Disse proteinet kan ha ulike funksjoner, såsom å binde til værtscellene for å fremme infeksjonen, å beskytte virusgenomet under overføringen mellom værter eller å hjelpe med replikasjonen av viruset.
DNA-polymeras I
Ett DNA-beroende DNA-polymeras som påvisats i prokaryoter och som möjligen förekommer hos högre organismer. Det uppvisar såväl 3'-5'- som 5'-3'-exonukleasaktivitet, men kan inte använda naturligt förekommande dubbelsträngat DNA som mönsterprimer. Det hämmas inte av sulfhydrylföreningar och är verksamt i både DNA-syntes och -reparation. EC 2.7.7.7.
Transcription Termination, Genetic
Transcription Termination, Genetic, är ett samlingsbegrepp för de mekanismer som leder till att transkriptionen av ett genetiskt material stoppas och en mRNA-molekyl kan klippas loss från DNA-matrisen. Detta är en nödvändig process i den genetiska informationens överföring från DNA till protein, och två huvudsakliga mekanismer har identifierats hos eukaryota celler: RNA-polymeras II-beroende poli(A)-styrd termination och RNA-polymeras III-beroende intrinsekt termination. Den förstnämnda innebär att en poly(A)-sekvens i slutet av genen leder till att RNA-polymeraset stannar upp, medan den senare innebär att vissa strukturer i själva DNA-sekvensen får RNA-polymeraset att frigöra sig från matrisen.
Cyklinberoende kinaser
Proteinkinaser som kontrollerar cellcykelns gång hos alla eukaryoter och som kräver förbindelse med cykliner för att nå sin fulla enzymatiska verkan. Cyklinberoende kinaser styrs av fosforylerings- och defosforyleringsprocesser.
Transkriptionsfaktor TFIIA
Transkriptionsfaktor TFIIA är ett protein som hjälper till att initiera transkriptionen av gener genom att underlätta bindningen av RNA-polymeras II till promotorregionen vid början av genen, vilket är en nödvändig första steg i uttrycket av genetisk information till proteiner. TFIIA gör detta genom att interagera med den generella transkriptionsfaktorn TFIIB och den proximala sequensen vid -30 bp från transkriptionsstartplatsen, vilket stabiliserar initieringskomplexet och underlättar RNA-polymeras II:s bindning.
Rekombinanta proteiner
Rekombinanta proteiner är proteiner som innehåller sekvenser från två eller flera olika källor, vanligtvis genom genetisk manipulation i laboratorium. Genom användning av rekombinant-DNA-teknik kan man kombinera gener från olika organismer för att skapa en ny gen som kodar för ett protein med önskade egenskaper. Detta är en viktig metod inom biomedicinsk forskning och används bland annat för produktion av läkemedel, diagnostiska verktyg och för studier av proteiner och deras funktioner.
Modeller, molekylära
Modeller, genetiska
Bakteriofag T7
Virulent bakteriofag och typarten för släktet T7-liknande fager, inom familjen Podoviridae, som infekterar E. coli. Den består av linjärt, dubbelsträngat DNA, med terminal redundans och icke permutera t.
Kaliumpermanganat
DNA-polymeras III
Ett DNA-beroende DNA-polymeras som påvisats i E.coli och andra lägre organismer. Det kan förekomma hos högre organismer. Namnet används även för den mer komplexa varianten DNA-polymeras III* (pol III*), som har 15 gånger högre biologisk aktivitet än DNA-polymeras I vid DNA-syntes. Enzymet har både 3'-5'- och 5'-3'-exonukleasaktivitet, hämmas av sulfhydrylföreningar och har samma mönsterprimerberoende som DNA-polymeras II. EC 2.7.7.7.
mRNA-splitsnings- och polyadenyleringsfaktorer
Faktorer som medverkar i reglering av klyvningen och polyadenyleringen av budbärar-RNA intill platsen för RNA 3'-polyadenyleringssignalerna.
RNA-virus
DNA-primrar
Transaktivatorer
I en enkel mening kan transaktionsfaktorer (TF) definieras som en grupp proteiner som reglerar genuttryck genom att binde till specifika DNA-sekvenser och påverka transkriptionen av angränsande gener. De aktiverar eller stänger av genuttrycket beroende på cellens behov och omgivning. Transaktionsfaktorer spelar därför en viktig roll i cellulär differentiering, homeostas och patologiska tillstånd, inklusive cancer.
RNA, dubbelsträngat
Rekombinanta fusionsproteiner
Rekombinanta fusionsproteiner är proteiner som skapats genom att kombinera genetiska sekvenser från två eller fler olika proteinmolekyler, vilket resulterar i en hybridprotein med unika funktionella egenskaper. Genetisk manipulation används för att fusionera generna på ett sådant sätt att de uttrycks som ett enda proteinskapsel i värdenorganismen. Dessa tekniker används ofta inom biomedicinsk forskning för att undersöka proteininteraktioner, skapa nya diagnostiska verktyg och utveckla terapeutiska läkemedel.
DNA-helicaser
Precipitintester
I en enkel medicinsk definition kan man säga att en "Precipitintest" är ett laboratorietest som används för att undersöka om en given substans, till exempel ett läkemedel eller en biologisk vätska som urin, kan orsaka en kemisk reaktion i form av en så kallad precipitatsbildning när den blandas med en specifik testvätska. Precipitatet är ett fast, oftast olösligt ämne som bildas när två lösningar blandas och deras komponenter reagerar tillsammans.
Cellfritt system
Fraktionerat cellextrakt med bibehållen biologisk funktion. Först sedan en subcellulär fraktion isolerats genom ultracentrifugering eller annan separationsteknik kan ett förlopp utan inverkan av alla komplexa reaktioner i en cell studeras. Cellfria system har utbredd användning inom cellbiologin.
RNA 3' End Processing
"RNA 3' End Processing" refererer til den biokjemiske proces, hvor der foretages modifikationer og klipning af det tresidede ende (3'-ende) af et RNA-molekyle (ribonukleinsyre). Denne proces omfatter typisk tilføjelse af en specifik gruppe af nukleotider, såsom adeniner (A-hale), eller andre modifikationer som hydroxyl-, methyl- eller andre funktionelle grupper. Disse ændringer kan have indvirkning på RNA-molekylets stabilitet, transport, traduction og/eller interaktion med andre molekyler.
Cyclin T
Cyclin T är ett protein som hör till familjen av cyklinproteiner och spelar en viktig roll i cellcykeln. Cyclin T kopplas till och aktiverar en specifik kinase, CDK9 (Cyclin-dependent kinase 9), för att bilda komplexet P-TEFb (Positivt transcriptionsfaktor b). Detta komplex är involverat i transkriptionell kontroll genom fosforylering av CTD (Carboxyterminal domain) hos RNA-polymeras II, vilket leder till elongationen av mRNA-syntesen. Cyclin T har också visat sig vara involverad i andra cellulära processer som DNA-reparation och apoptos.
RNA, transfer
Transfer RNA (tRNA) är ett slags RNA-molekyler som spelar en central roll i den genetiska koden och proteinsyntesen. Varje tRNA-molekyl bär en specifik aminosyra, och under proteinsyntesen matchas varje tRNA med en komplementär mRNA-sekvens (ett kodon) i ribosomen för att korrekt infoga den rätta aminosyran i den nya peptidkedjan som byggs upp.
RNA Polymerase Sigma 54
RNA polymerase sigma 54 är ett transkriptionsinitieringsfaktorprotein som hjälper till att kontrollera genuttrycket hos bakterier. Det binder till RNA-polymeras holoenzym och hjälper det att binda till specifika promotorregioner på DNA-molekylen, vilket initierar transkriptionen av genen till mRNA. Sigma 54 är involverat i regleringen av en rad cellulära processer, inklusive metabolism, sporulation och stressrespons.
Ribonukleoproteiner
Ribonukleoproteiner (RNPs) är komplexe av RNA (ribonukleinsyra) och protein som spelar viktiga roller inom cellens biologiska processer, såsom RNA-syntes, transport, lagrande och nedbrytning. Exempel på olika typer av RNPs inkluderar ribosomer, splicesosomer, snRNPs (små jämna nucleära ribonukleoproteiner) och mRNPs (messenger RNA-ribonukleoproteiner).
Peptidkedjeförlängning, translational
Molekylvikt
RNA-stabilitet
RNA-stabilitet refererar till hur länge ett RNA-molekyl kan bibehålla sin struktur och funktion inne i en cell, innan det bryts ned eller avlägsnas. Faktorer som påverkar RNA-stabilitet inkluderar sekvensspecifika interaktioner, modifieringar av RNA-baser, och aktiviteter hos enzymer som kan bryta ned RNA. Hög RNA-stabilitet är viktig för att säkerställa att tillräckligt med funktionellt RNA finns tillgängligt för att utföra sina cellulära uppgifter, medan låg stabilitet kan leda till nedsatt proteinuttryck och cellulär dysfunktion.
Nukleinsyrahybridisering
Nukleinsyrahybridisering är en laboratorieteknik där två komplementära enheter av DNA eller RNA kombineras genom att deras komplementära baspar bildar vätebindningar med varandra, vilket resulterar i en dubbelhelix. Denna metod används ofta för att identifiera och undersöka specifika sekvenser av nukleinsyror, såsom genetisk material från organismer, virus eller muterade gener.
Peptidförlängningsfaktorer
Peptide extension factors are a group of enzymes that facilitate the elongation process during protein synthesis by catalyzing the addition of amino acids to growing peptide chains in a ribosome-dependent manner, playing a crucial role in the regulation and maintenance of proper protein synthesis in cells.
Metylering
Tillägg av metylgrupper. I histokemi används metylering för att förestra karboxylgrupper och avlägsna sulfatgrupper genom att behandla vävnadssnitt med het metanol i närvaro av saltsyra.
Gener
Specifika sekvenser av nukleotider längs en DNA-molekyl (RNA-molekyl hos vissa virus), vilka utgör funktionella enheter för ärftlighet. De flesta eukaryota gener innehåller kodande områden (kodoner) som är åtskilda av icke-kodande områden (introner) och kallas därför uppdelade gener.
Pol1 Transcription Initiation Complex Proteins
Pol1 Transcription Initiation Complex Proteins refer to a set of proteins that come together to form the initiation complex for RNA polymerase I (Pol1) transcription in eukaryotic cells. This complex plays a crucial role in the transcription of ribosomal DNA (rDNA) genes, which are responsible for producing ribosomal RNA (rRNA), a key component of ribosomes that facilitate protein synthesis.
RNA, Untranslated
"RNA, Untranslated" refers to the regions of an mRNA (messenger RNA) molecule that do not contain information for protein synthesis. These untranslated regions (UTRs) are located at the 5' end (5' UTR) and 3' end (3' UTR) of the mRNA, flanking the coding sequence (CDS). The UTRs play a role in regulating the stability, translation efficiency, and localization of the mRNA. Despite not encoding proteins directly, untranslated regions can have significant impacts on gene expression and regulation.
Nukleotider
Nukleotider är de grundläggande byggstenarna i DNA och RNA, molekyler som lagrar genetisk information och kodar för proteiner. En nukleotid består av en pentos-socker (ribosa eller deoxyribosa), en fosfatgrupp och en nitrogenbas. Nitrogenbaserna kan vara adenin, guanin, cytosin och uracil i RNA eller thymin i DNA. Nukleotider kopplas samman med varandra genom fosfatbrückor mellan sockerstrukturerna och bildar på så sätt långa polymerkedjor.
Polyakrylamidgelelektrofores
Chromatin Assembly and Disassembly
Chromatin assembly and disassembly refer to the processes of organizing and reorganizing eukaryotic DNA with histone and non-histone proteins to form chromatin structures in the cell. Chromatin is the material that makes up chromosomes, consisting of DNA wrapped around histone octamers, which are composed of two copies each of the core histones H2A, H2B, H3, and H4.
Bevarad sekvens
En aminosyrasekvens i en polypeptid eller en nukleotidsekvens i DNA eller RNA som är den samma hos flera arter. En känd uppsättning bevarade sekvenser representeras av en konsensussekvens. Aminosyramotiv består ofta av bevarade sekvenser.
RNA-helikaser
En RNA-helikase är ett enzym som katalyserar separationen av dubbelsträngat RNA eller att separera en RNA-stump från en DNA-stump, genom att bryta de vätebindningar som håller samman basparparen i RNA-molekylen, vilket resulterar i två enskilda RNA-strängar.
Nukleinsyrasynteshämmare
Nucleic acid synthesis inhibitors are a class of drugs that interfere with the production of nucleic acids, which are the building blocks of DNA and RNA. These drugs are commonly used as antiviral and chemotherapeutic agents to treat various diseases, including viral infections, cancer, and autoimmune disorders. Nucleic acid synthesis inhibitors work by targeting specific enzymes involved in the replication or transcription of nucleic acids, thereby preventing the growth and multiplication of harmful cells.
Repressorproteiner
Repressorproteiner är proteiner som binds till specifika DNA-sekvenser och hämmar transkriptionen av ett visst genetiskt material, vilket leder till nedreglering av genuttrycket för de gener som kontrolleras av dessa repressorproteiner.
Antisens-RNA
"Antisense RNA" refererer til en type RNA-molekyle som er komplementært til et bestemt stykke messenger RNA (mRNA). Denne form for RNA produceres naturligt i cellen og fungerer ved at binde seg til dets complementære mRNA-sekvens, hvilket forhindrer oversættelsen af mRNA til protein. Dette gør at antisense RNA kan regulere genudtryk og proteinexpression i cellen.
Operon
Temperatur
I en enkel mening kan temperatur inom medicinen definieras som den grad av värmevariation eller termisk energi som mäts i kroppen hos levande organismer, vanligtvis i enheten Celsius (°C) eller Fahrenheit (°F). Den normala kroppstemperaturen för en vuxen människa varierar vanligtvis mellan 36,5 och 37,5 °C (97,7 till 99,5 °F), även om det kan variera något beroende på individuella skillnader, tid på dygnet och metoden för temperaturmätning.
Cellnukleol
I de flesta typer av eukaryota cellkärnor utgör nukleolen en membranlös, avgränsad del, inom vilken några arter av rRNA (ribosomal RNA) syntetiseras och sätts samman till ribonukleoproteinenheter av r ibosomer. I nukleolen transkriberas rRNA från en nukleolär styrenhet, dvs en grupp (NOR - nucleolar organizer region) parvis upprepade kromosomgener som kodar för rRNA och som transkriberas av RNA-pol ymeras I.
Reglering av genuttryck, virus
Restriktionskartläggning
Restriktionskartläggning är en molekylärbiologisk metod som används för att bestämma den exakta ordningen av gener och andra sekvenser på ett DNA-molekyl, genom att karta positionerna för specifika restriktionsenzymer som kan klippa sönder DNA-strängarna vid vissa sekvensspecifika ställen.
Virusförökning
Polyadenylering
Polyadenylering är ett posttranskriptionellt modifieringssteg i eukaryota celler, där en poly(A)-svans bestående av en lång kedja av adenin (A)-nukleotider tillfogas 3'-slutet av mRNA-molekyler. Denna process underlättar stabiliteten och translationsprocessen av mRNA, samt hjälper till att exportera det från nucleus till cytoplasma.
Ribosom-DNA
Kromosomala proteiner av icke-histontyp
Sekvensinpassning
I medicinen, refererar "sekvensinpassning" till processen av matchning eller korrelerande en genetisk sekvens, vanligtvis en DNA- eller RNA-sekvens, med en specifik referenssekvens, för att fastställa dess position, orientering och eventuella variationer i förhållande till den referenssekvensen. Detta används ofta inom genetisk forskning och klinisk diagnostik för att identifiera gener, mutationer eller polymorfismer som kan vara associerade med sjukdomar eller andra hälsotillstånd.
tat Gene Products, Human Immunodeficiency Virus
Tat proteins are accessory gene products of the Human Immunodeficiency Virus (HIV) that play a crucial role in the replication and pathogenesis of the virus. The Tat protein is a transcriptional transactivator, meaning it increases the transcription of the viral genome, leading to increased production of viral particles. This protein is essential for HIV replication and is a target for potential antiretroviral therapies.
Drosophila
Omvänt transkriptaspolymeraskedjereaktion
En omvänd transkriptaspolymerasekedjereaktion (RT-PCR) är en molekylärbiologisk metod som används för att kopiera komplementär DNA (cDNA) från ett given RNA-molekyl, vilket möjliggör dess detektering och analys.
Sekvensdeletion
En sekvensdeleción innebär en form av genetisk mutation där en eller flera nukleotidsekvenser i DNA-molekylen fattas ut, vilket orsakar en skiftning i den genetiska koden och kan potentiellt leda till förändrade eller avslagna proteiner med möjliga konsekvenser för individens fenotyp och hälsostatus.
Uridintrifosfat
Modeller, biologiska
Drosophila melanogaster
Histonacetyltransferas
En histonacetyltransferas (HAT) är ett enzym som överför en acetylgrupp från acetyl-CoA till lysinrester på histonproteiner, vilket leder till luftigare och mer lösliga kromatinstrukturer och ökad genaktivitet.
Serin
I en enkel medicinsk definition är serin (Ser) en essentiell aminosyra som spelar en viktig roll i många kroppsliga processer, såsom proteinsyntes, cellsignaleringsvägar och neurotransmission. Serin är också en prekursor till andra biologiskt aktiva ämnen, inklusive neurotransmittorerna glycin och GABA (gamma-aminobutyriska syran). Det kan bildas i kroppen genom metabolismen av andra aminosyror, såsom glycin och metionin, men den diätära behovet täcks vanligtvis genom konsumtionen av proteinrika livsmedel.
Genprodukter, tat
Transaktiva transkriptionsfaktorer bestående av kärnproteiner som är nödvändiga för virusreplikation hos HIV. tat-proteinet stimulerar HIV-LTR-styrd RNA-syntes för såväl regler- som strukturproteiner. tat är förkortning för transaktivering av transkription.
Schizosaccharomyces
'Schizosaccharomyces' är ett släkte av encelliga svampar som tillhör jästdivisionen. Dessa jästen tillhör de ascomycetasvamparna och kännetecknas av sin förmåga att reproducera sig asexuellt genom multipolär knoppning, samt sexuellt genom konjugation följt av meios. Släktet innehåller ett antal arter, varav den mest välkända är 'Schizosaccharomyces pombe', som används som en modellorganism inom molekylärbiologi och genetik.
Poly A
I en enkel medicinsk definition, refererar "Poly A" till en sekvens av adenin (A) baser som förekommer vid 3'-slutet av eukaryota messenger RNA (mRNA) strängar. Denna sekvens kallas även för poly(A)-svansen och är vanligtvis mellan 50 och 250 nukleotider lång. Poly(A)-svansen hjälper till att stabilisera mRNA, underlätta transporten av mRNA från nucleus till cytoplasma och bidra till translationsinitieringen.
RNA, Spliced Leader
"Spliced leader RNA (SL-RNA) refers to a type of small nuclear RNA (snRNA) that is involved in the trans-splicing process of eukaryotic messenger RNA (mRNA) maturation. In this process, a short sequence known as the spliced leader is added to the 5' end of the mRNA, replacing the original 5' cap structure and creating a new 5' untranslated region (5' UTR). This mechanism is found in some eukaryotic organisms such as trypanosomes and nematodes, and plays an important role in regulating gene expression."
Mutagenes
Process som leder till genetisk mutation. Den kan uppstå spontant eller inledas av s k mutagener.
DNA-fotavtryck
En metod för bestämning av sekvensspecificitet för proteiner som binder till DNA. Vid DNA-fotavtryck används något DNA-nedbrytande medel (kemikalie eller nukleas), som klyver alla basparen. Vid bindningsställena för proteinet i fråga sker ingen klyvning.
Proteinkonfiguration
I enkelhet kan 'proteinkonfiguration' definieras som den specifika rymdstrukturen och orienteringen hos de aminosyror som utgör ett protein. Denna konfiguration bestäms av proteinkedjans primära struktur (sekvensen av aminosyror) samt hur dessa aminosyror är hopfogade och vevda i rummet, vilket kallas för sekundär, tertiär och kvartär struktur. Proteinkonfigurationen har en direkt betydelse för proteinets funktion och stabilitet.
Oligoribonukleotider
Oligoribonukleotider (ORNs) är korta en- eller flerfaldigt polymeriserade molekyler av ribonukleotider, som utgör byggstenarna i RNA. ORNs kan variera i längd från några få upp till hundratals nukleotider och har en rad olika funktioner inom cellen, till exempel som delar i regleringen av genuttryck och proteinsyntes. De kan även ha en roll i celldefens och sjukdomsprocesser, såsom virusinfektioner och neurologiska störningar.
T-fager
En "T-cell" (T-cell or T-lymphocyte) är en typ av vita blodcellar som hör till det adaptiva immunsystemet och spelar en central roll i cellmedierad immunitet, särskilt mot virusinfektioner och cancer. De utvecklas från stamceller i benmärgen och mognar i thymus, varifrån de får sitt namn (T-cell = Thymus-cell). T-celler kan identifiera och binder till specifika antigener på ytan av infekterade celler eller främmande partiklar, vilket aktiverar dem att utveckla ett effektivt svar genom att sekretiera cytokiner, rekrytera andra immunceller och direkt döda de infekterade cellerna. T-celler kan delas upp i olika undergrupper baserat på deras fenotyp och funktion, till exempel CD4+ T-hjälparceller (T-helper cells) och CD8+ cytotox
Transkriptionsfaktor TFIIB
Transkriptionsfaktor TFIIB är ett protein som spelar en viktig roll i initieringen av transkription, det process där DNA kopieras till mRNA, genom att hjälpa till att rekrytera RNA-polymeras II till promotorregionen vid början av ett genetiskt segment.
Substratspecificitet
Substratspecificitet beteferrer sig inom farmakologi och enzymologi till den egenskap hos ett enzym eller en receptor där det endast binder till och katalyserar (eller påverkar) vissa specifika substanser, molekyler eller läkemedel, känt som substrat. Det innebär att en given enzymtyp endast är aktivt mot en begränsad grupp av kemiska föreningar som har en viss strukturell och kemisk likhet. Substratspecificiteten bestäms av enzymernas tredimensionella struktur och den del av substratmolekylen som interagerar med aktiva sitet på enzymet.
RNA, katalytiskt
En medicinsk definition av "RNA, katalytisk" är "Ribonukleinsyra med förmåga att fungera som en biokemisk katalysator, underlättande och accelererande specifika kemiska reaktioner inom cellen." Katalytiskt RNA, även känt som ribozym, är en typ av RNA-molekyl som kan binda till specifika substrat och utöva enzymatisk aktivitet, det vill säga att underlätta och accelerera kemiska reaktioner. Detta upptäcktes på 1980-talet och var en banbrytande upptäckt inom molekylärbiologin eftersom det ifrånsakade den länge gällande uppfattningen att endast proteiner kunde fungera som enzymer.
Cyclin C
Cyclin C är ett protein som spelar en viktig roll i cellcykeln hos eukaryota celler. Det binder till och aktiverar kinaset CDK3 (Cyclin-dependent kinase 3), vilket reglerar ingången till den sena G1-fasen av cellcykeln. Cyclin C/CDK3-komplexet är också involverat i transkriptionsreglering genom fosforylering av RNA-polymerase II och transkriptionsfaktorer som till exempel TFIIB. I onormala situationer kan förhöjda nivåer av Cyclin C leda till oreglerad celldelning och cancer. Dessutom har Cyclin C visat sig ha en roll i programmerad celldöd (apoptos) under speciella omständigheter. Sammanfattningsvis är Cyclin C ett viktigt regulatoriskt protein som hjälper till att kontrollera cellcykeln och celldelningen, men dess onormala funktion kan leda till allvar
Suppression, genetisk
"Genetic suppression refers to the process by which the expression of a specific gene is reduced or prevented, often through various molecular mechanisms such as epigenetic modifications, RNA interference, or mutations in regulatory elements. This can be used as a strategy to study gene function, or to counteract the effects of deleterious mutations in genetic disorders."
Sekvenshomologi, nukleinsyra
Sekvenshomologi hos nukleinsyror refererar till den grad av likhet mellan två eller flera nukleotidsekvenser, vanligtvis inom ett genetiskt sammanhang. Denna likhet kan bero på att sekvenserna har en gemensam evolutionär historia och därmed delar en gemensam förfader, vilket indikerar en evolutionär relation mellan dem. Sekvenshomologi används ofta för att undersöka evolutionära samband och funktionella egenskaper hos gener och andra genetiska element.
Transfektion
Transfektion är en process där DNA, RNA eller andra molekyler överförs till eukaryota celler, ofta med syfte att introducera en specifik gen så att cellen kan producera ett protein som kodas av den genen. Detta kan göras för forskningsändamål, till exempel för att studera proteinet och dess funktion, eller för medicinska ändamål, till exempel för att ersätta en defekt gen hos en patient med ärftlig sjukdom. Transfektion kan ske med olika metoder, såsom elektroporering, kemisk transfektion eller viralvektorbaserad transfektion.
Uracil
Uracil är en av de nucleotider som förekommer i RNA, där det ersätter tymin som en beståndsdel i en del av RNA:s building block, ribonukleotider. Uracil är en pyrimidinbas och har en liknande struktur som tymin, men saknar en metylgrupp som tymin innehåller. Det spelar en viktig roll i kopiering och syntes av RNA under cellens normala funktioner.
Cyclin H
Cyclin H är ett protein som hör till cyklinfamiljen och spelar en viktig roll i cellcykeln. Det bildar tillsammans med CDK7 komplexet, även känt som cyklin-dependent kinase 7 (CDK-aktiverande komplex), vilket är involverat i transkriptionsinitiering och cellcykelreglering. Cyclin H har sin högsta koncentration under G1-fasen och börjar avta under G1/S-gränsen, för att sedan öka igen under den senare delen av cellcykeln.
Genavstängning
Nukleotidyltransferaser
Nukleotidyltransferaser är en grupp enzymer som katalyserar överföringen av nukleotider från nucleosidtriphosphat till en acceptor, ofta en annan nukleotid eller en nukleinsyra. Detta process involverar att enzymet hydrolyserar en fosfatbindning i det donerade nukleosidtriphosphatet och etablerar en ny bindning mellan den frigjorda fosfatgruppen och acceptorn, vilket resulterar i en längre polymer. Nukleotidyltransferaser spelar därför en viktig roll i syntesen av nukleinsyror, såsom DNA och RNA.
RNA-nukleotidyltransferaser
RNA-nukleotidyltransferaser är en grupp enzymer som katalyserar additionen av nukleotider till 3'-slutet av en RNA-molekyl. Denna process kallas nukleotidylering och är en viktig biokemisk reaktion i biosyntesen av olika typer av RNA, inklusive messenger-RNA (mRNA), ribosomalt RNA (rRNA) och transfer-RNA (tRNA). Dessa enzymer spelar därför en central roll i regleringen av cellens proteinsyntes och genuttryck.
DNA-polymeras-beta
Proteinkinaser
Proteinkinaser är en grupp enzymer som katalyserar additionen av fosfatgrupper till proteiner, vilket ofta resulterar i att proteinets funktion eller lokalisation i cellen ändras. Denna process, kallad fosforylering, är en central mekanism i cellsignalering och regulerar en mängd cellulära processer, inklusive celldelning, apoptos (programmerad celldöd) och metabolism. Proteinkinaser spelar därför en viktig roll i underhåll och kontroll av cellens homeostas.
DNA-reparation
Rekonstruktion av en sammanhängande, dubbelsträngad DNA-molekyl utan felparning utifrån en molekyl med skadade områden. De viktigaste typerna av reparationsmekanismer är: excisionsreparation, där defekta områden i en sträng tas ut och återsyntetiseras med hjälp av den information som de komplementära basparen i den hela strängen innehåller; ljusåteraktiveringsreparation, som innebär att de nedbrytande och mutagena effekterna av UV-strålning elimineras; samt postreplikationsreparation, där de primära skadorna inte repareras, men där gapen i en dotterdubbelsträng fylls med delar av den andra, oskadade duplexdottern. Excisionsreparation och postreplikationsreparation kallas ibland för "mörk reparation", eftersom de inte kräver ljus.
Gendeletion
Omfördelning av gener till följd av bortfall av DNA- eller RNA-segment, vilket leder till att sekvenser som normalt befinner sig på avstånd från varandra hamnar nära varandra. Bortfallet kan påvisas med hjälp av cytogenetiska metoder, och man kan även sluta sig till det från fenotypen, antydande bortfall på en bestämd plats.
Transkriptionsfaktorer, TFIII
Transkriptionsfaktor III (TFIII) är ett samlingsnamn för en grupp av proteiner som spelar en viktig roll i processen med transkription av DNA till mRNA inom genetisk expressión. TFIII hjälper till att initiera transkriptionen av gener genom att binda till specifika sekvenser av DNA, och aktivera eller stänga av genuttrycket beroende på cellens behov.
DNA-sekvensanalys
Open Reading Frames
I en mening kan "Open Reading Frames" (ORF) definieras som en sekvens av DNA eller RNA som har potentialen att koda för ett protein. ORF börjar med en startkodon, vanligtvis AUG, och fortsätter till nästa stoppkodon (UAG, UAA eller UGA). Den resulterande aminosyrasekvensen kan potentiellt vara kapabel till att bilda ett protein om den översätts korrekt. Det är värt att notera att inte alla ORF:er leder nödvändigtvis till produktionen av ett funktionellt protein, eftersom det kan finnas flera skäl till varför translationen kan misslyckas eller ge upphov till en icke-funktionell peptid.
Jästsvampar
Jästsvampar, eller candida albicans, är en typ av opportunistiska svampar som naturligt förekommer på huden och slimhinnor hos människor utan att vanligtvis orsaka några besvär. De kan dock leda till infektioner, särskilt i samband med försvagad immunförsvar eller vid störningar i den normala bakteriefloran. Jästsvampar kan ge upphov till diverse symptom beroende på vilken del av kroppen de infekterar, exempelvis orala eller genitala sår, hudirritationer eller invasiva systemiska infektioner.
Proteinbiosyntes
Proteinbiosyntese refererer til den proces, hvor celler syntetiserer proteiner baseret på informationen i DNA-molekylet. Denne proces foregår i to etaper: transkription og translation. Under transkriptionen konverteres DNA-sekvensen til en komplementær mRNA-sekvens, der derefter transporteres ud af cellkernen. I den efterfølgende translation skaber ribosomerne forbindelsen mellem aminosyrerne i overensstemmelse med sekvensen af nukleotider i mRNA-molekylet, hvilket resulterer i dannelse af et protein. Proteinbiosyntesen er en essentiel livsfunktion for alle levende organismer.
Multiproteinkomplex
Ett multiproteinkomplex är en sammansättning av två eller flera proteiner som interagerar och fungerar tillsammans för att utöva en specifik cellulär funktion. Dessa proteiner binds till varandra med hjälp av icke-kovalenta interaktioner, såsom vätebindningar, hydrofoba interaktioner och Van der Waals-krfter. Många cellulära processer, inklusive signaltransduktion, DNA-replikering, transkription och proteinsyntes, kräver multiproteinkomplex för att koordinera och reglera dessa funktioner effektivt.
RNA, heterogent nukleärt
"Heterogenet nukleärt RNA (hnRNA) refererar till en typ av RNA-molekyler som primärt produceras inom cellkärnan och som är involverade i den eukaryota transkriptionsprocessen. hnRNA består av olika slags RNA-transkript, inklusive pre-mRNA (precursor-messenger RNA) som kommer att klipas och bearbetas till sitt slutliga messenger RNA (mRNA), samt en mängd icke-kodande RNA-sekvenser, såsom snRNA (small nuclear RNA), snoRNA (small nucleolar RNA) och andra långa icke-kodande RNA. Namnet 'heterogen' återspeglar den varierande strukturen och funktionen hos dessa olika RNA-molekyler."
3' Flanking Region
I medically related context, the term "flanking region" is used to describe the genetic sequence adjacent to a specific gene or DNA region of interest. These sequences are located on either side of the target region and can play a role in regulating the expression or function of that region. The flanking regions may contain regulatory elements such as promoters, enhancers, or silencers that influence transcription factor binding and gene expression. In some cases, variations in these flanking regions can contribute to genetic disorders or phenotypic differences among individuals.
Drosophilaproteiner
Proteiner från insektarter tillhörande släktet Drosophila (bananfluga, fruktfluga). Särskilt proteiner från den mest välundersökta Drosophilaarten, Drosophila melanogaster, tilldrar sig stort intresse när det gäller forskning inom morfogenes och utveckling.
Ribonukleotider
Ribonucleotider är building blocks, eller byggstenar, i RNA (Ribonukleinsyra), en viktig biomolekyl som spelar en central roll i cellens proteinsyntes och genuttryck. Varje ribonukleotid består av en ribos och en nucleotidbas – adenin, uracil, guanin eller cytosin – bundna till varandra via en fosfatgrupp.
Mutagenes, riktad
Arrangerad genetisk mutagenes på någon specifik plats i DNA-molekylen som ger en bassubstitution, infogning eller radering.
Virusgener
Upprepade sekvenser, aminosyra
'Upprepade sekvenser av aminosyror refererar till en sträcka av DNA eller protein där samma sekvens av baspar eller aminosyror upprepas minst två gånger i rad.'
Struktur-aktivitet-relation
"Structure-activity relationship (SAR) refers to the correlation between the chemical structure of a drug or molecule and its biological activity, describing how changes in the molecular structure can affect its ability to interact with biological targets and produce a desired pharmacological response."
RNA Cleavage
RNA cleavage refers to the breaking of phosphodiester bonds in RNA molecules, resulting in the separation of the RNA chain into two or more fragments. This process can occur naturally as part of RNA maturation, regulation, or degradation, and it can also be induced experimentally for research purposes. Cleavage of RNA can be carried out by enzymes called ribonucleases (RNases), which specifically recognize and cut RNA molecules at specific sequences or structures. Additionally, RNA cleavage can occur non-enzymatically through chemical reactions, such as those induced by hydroxyl radicals, reactive oxygen species, or alkylating agents.
Ultraviolett strålning
"Ultraviolett strålning (UV-strålning) är en form av elektromagnetisk strålning som har kortare våglängd än synligt ljus och längre våglängd än rent röntgenstrålning, vilket gör den osynlig för människan. UV-strålning delas in i tre typer: UVA, UVB och UVC, beroende på deras relativa våglängder och energier. Denna strålning produceras naturligt av solen, men kan också genereras syntetiskt genom artificiella källor. Överexponering av UV-strålning kan leda till skador på huden, ögonen och immunförsvaret, samt öka risken för hudcancer."
Oligonukleotider
"Oligonukleotider" refererar till korta, syntetiska eller naturliga sekvenser av nukleotider, som är byggstenarna i DNA och RNA. Oligonukleotider kan vara upp till 20-25 nukleotider långa och används ofta inom molekylärbiologi för att undersöka specifika gener eller funktioner på genetisk nivå. De kan också användas som medicinska terapeutika, till exempel i form av antisense-oligonukleotider eller RNA-interferens, för att störta specifika proteiner som är involverade i sjukdomsprocesser.
Regulatoriska sekvenser, nukleinsyra
Regulatoriska sekvenser inom nukleinsyramolekyler refererar till specifika DNA-sekvenser som kontrollerar genuttryck och -regulering genom att interagera med proteiner, såsom transskriptionsfaktorer och enzym, för att modulera transkriptionen av gener till mRNA. Dessa sekvenser inkluderar promotor- och enhancersekvenser, silencersekvenser, intron-exonspecifika sekvenser och andra cis-regulatoriska element som påverkar genuttrycket i rymden och tiden.
Ribonukleoproteiner, små nukleära
Små nukleäre ribonukleoproteiner (snRNPs) är komplexe molekyler bestående av RNA och protein som deltar i processandet av nyss transkriberad RNA inom cellkärnan, särskilt vid splicingprocessen där icke-kodande intronsekvenser excideras och kodande exonssekvenser sammanfogas till ett kontinuerligt RNA-transkript.
Reglering av genuttryck, bakterier
RNA, protozoiskt
"Protozoan RNA" refers to the ribonucleic acid molecules found in protozoa, which are single-celled eukaryotic organisms. Protozoan RNA can include various types such as messenger RNA (mRNA), ribosomal RNA (rRNA), and transfer RNA (tRNA) that play crucial roles in protein synthesis and other cellular processes within protozoa.
RNA, växt
Globiner
Ribonukleaser
En ribonukleas (RNas) är ett enzym som bryter ned RNA-molekyler i mindre segment genom att hydrolysavspjälka fosfodiesterbindningarna mellan dess nucleotider. Det finns olika typer av ribonukleaser, inklusive RNas A, RNas B och RNas C, som är specifika för att klyva specifika sekvenser i RNA-molekyler. Dessa enzymer spelar viktiga roller i cellulär regulering, såsom proteinsyntes, RNA-modifiering och immunförsvar.