Serin
I en enkel medicinsk definition är serin (Ser) en essentiell aminosyra som spelar en viktig roll i många kroppsliga processer, såsom proteinsyntes, cellsignaleringsvägar och neurotransmission. Serin är också en prekursor till andra biologiskt aktiva ämnen, inklusive neurotransmittorerna glycin och GABA (gamma-aminobutyriska syran). Det kan bildas i kroppen genom metabolismen av andra aminosyror, såsom glycin och metionin, men den diätära behovet täcks vanligtvis genom konsumtionen av proteinrika livsmedel.
Serinendopeptidaser
Serine Proteases
'Serine proteases' är ett samlingsnamn för en grupp enzymer som bryter ned specifika proteinbindningar genom att klyva peptidbindningar med serin aminosyrans sidokedja som katalytisk aktiv centrum. De spelar viktiga roller i olika fysiologiska processer, såsom blodkoagulering, immunförsvar och digestion.
Serinproteinashämmare
"Serinproteinashämmare är en typ av enzyminhibitorer som specificerat binder till och hämmar aktiviteten hos serinproteas, en grupp enzym som katalyserar nedbrytningen av proteiner med serinrestar i sin aktiva plats."
Aminosyrasekvens
Fosforylering
Molekylsekvensdata
Beskrivningar av specifika sekvenser av aminosyror, kolhydrater eller nukleotider som publicerats och/eller deponerats och hålls tillgängliga i databaser som t ex Genbank, EMBL, NBRF eller andra sekvensdataarkiv.
Serin-C-palmitoyltransferas
Serin-C-palmitoyltransferase (SCPT) är ett enzymkomplex som katalyserar den första steget i biosyntesen av lipider med en fettacylerad serinresidue, så kallade lipoater. Detta enzymkomplex består av två subenheter, SCPT1 och SCPT2, som tillsammans katalyserar överföringen av en palmitoylgrupp från palmitoyl-CoA till serinresten på ett acceptorsubstrat. Denna reaktion är viktig för cellens energihushållning och signaltransduktion, och störningar i SCPT-aktiviteten har visats vara associerade med flera olika sjukdomstillstånd, inklusive neurodegenerativa sjukdomar.
Serin-O-acetyltransferas
'Serin-O-acetyltransferase' (SAT) er ein viktig enzym i syntesen av glycin, som er en grunnleggjande aminosyre. SAT katalyserer overføringa av en acetylgruve fra acetyl-CoA til en serin-rest i en reaksjon som fører til danningen av den intermedierte forbindelsen S-acetylert serin. Denne forbindelsen blir deretter omsatt til glycin og acetat i et senere steg i syntesen. SAT finnes i flere former, og noen av dem er involvert i reguleringen av neurotransmittersyntese i hjerna.
Glycinhydroximetyltransferas
Protein-serin-treoninkinaser
Protein-serin-treonin kinases are a type of enzyme that plays a crucial role in various cellular processes by adding phosphate groups to serine and threonine residues on target proteins. This post-translational modification can activate or inhibit the function of these proteins, thereby regulating signal transduction pathways involved in cell growth, differentiation, metabolism, and survival. Dysregulation of protein-serin-treonin kinases has been implicated in numerous diseases, including cancer, diabetes, and neurodegenerative disorders.
Treonin
Treonin är en essentiell aminosyra, vilket betyder att det måste införas genom kosten eftersom kroppen inte kan syntetisera den själv i tillräckliga mängder. Det är en av de 20 standardaminosyrorna som är byggstenar i proteiner och har beteckningen Thr eller T i treställiga kodonsekvensen TTT, TTC, TCT och TCC. Treonin har en hydroxylgrupp (–OH) som kan fosforyleras, vilket är viktigt för cellsignalering och reglering av proteinkinaser.
Substratspecificitet
Substratspecificitet beteferrer sig inom farmakologi och enzymologi till den egenskap hos ett enzym eller en receptor där det endast binder till och katalyserar (eller påverkar) vissa specifika substanser, molekyler eller läkemedel, känt som substrat. Det innebär att en given enzymtyp endast är aktivt mot en begränsad grupp av kemiska föreningar som har en viss strukturell och kemisk likhet. Substratspecificiteten bestäms av enzymernas tredimensionella struktur och den del av substratmolekylen som interagerar med aktiva sitet på enzymet.
Bassekvens
Mutagenes, riktad
Arrangerad genetisk mutagenes på någon specifik plats i DNA-molekylen som ger en bassubstitution, infogning eller radering.
Sekvenshomologi, aminosyra
Aminosyresekvenshomologi refererer til den grad af lighed i rækkefølgen af aminosyrerne, der udgør proteiner hos to eller flere organismer. Jo større antal identiske aminosyrer i samme position i de sammenlignede sekvenser, des højere er graden af homologi. Dette begreb anvendes ofte i molekylærbiologien for at fastslå evolutionæ forhold og funktionelle egenskaber hos proteiner.
Bindningsplatser
Cellinje
I medicine refererer "cellinje" til en gruppe af celler med ensartet funktion og opbygning, der samarbejder for at udføre en specifik biologisk proces eller opgave i et levende organisme. Celliner er ofte specialiserede i deres struktur og funktion for at udføre deres rolle effektivt, og de kan findes i alle levende organismer, fra encellet bakterie til komplekse flercellede dyr og planter.
Mutation
Rekombinanta proteiner
Rekombinanta proteiner är proteiner som innehåller sekvenser från två eller flera olika källor, vanligtvis genom genetisk manipulation i laboratorium. Genom användning av rekombinant-DNA-teknik kan man kombinera gener från olika organismer för att skapa en ny gen som kodar för ett protein med önskade egenskaper. Detta är en viktig metod inom biomedicinsk forskning och används bland annat för produktion av läkemedel, diagnostiska verktyg och för studier av proteiner och deras funktioner.
MASP-proteaser
Serumserinproteaser som medverkar vid komplementaktivering. De aktiveras vid komplexbildning med mannosbindande lektin och benämns därför "Mannose-binding protein-Associated Serine Proteases" (MASP-proteaser). De klyver komplement C4 och komplement C2 till C4b2a, den klassiska aktiveringsvägens C3-konvertas (EC 3.4.21.43). EC 3.4.21.104.
Serpiner
En serpin (serine proteinase inhibitor) är ett slags proteiner som fungerar som inhibitorer för serinproteas, en grupp enzymer som bryter ned andra proteiner genom att klippa sönder specifika peptidbindningar. Serpiner spelar en viktig roll i regleringen av olika fysiologiska processer, såsom blodkoagulering, inflammation och immunförsvar. Genom att hämma serinproteasens verksamhet kan serpiner hjälpa till att kontrollera dessa processer och förhindra överdrivna eller oregelbundna reaktioner i kroppen.
Kloning, molekylär
Enzymaktivering
Proteinbindning
"Proteinbindning refererar till den process där ett protein binder specifikt till ett annat molekylärt substance, såsom en liten molekyl, ett annat protein eller en jon, vanligtvis genom non-kovalenta interaktioner som hydrogenbindning, Van der Waals-kräfter och elektrostatiska attraktioner. Denna bindning kan regulera funktionen hos det bundna substanceet och är av central betydelse för många biologiska processer, inklusive signaltransduktion, enzymsk aktivitet och transport av molekyler inom cellen."
Proteinkinaser
Proteinkinaser är en grupp enzymer som katalyserar additionen av fosfatgrupper till proteiner, vilket ofta resulterar i att proteinets funktion eller lokalisation i cellen ändras. Denna process, kallad fosforylering, är en central mekanism i cellsignalering och regulerar en mängd cellulära processer, inklusive celldelning, apoptos (programmerad celldöd) och metabolism. Proteinkinaser spelar därför en viktig roll i underhåll och kontroll av cellens homeostas.
Signalomvandling
I en enkel mening kan 'signalomvandling' inom medicin definieras som processen där celler konverterar inkommande signaler, ofta i form av hormoner, neurotransmittorer eller tillväxtfaktorer, till intracellulära svar genom en kaskad av biokemiska händelser. Detta kan leda till aktivering eller inhibitering av vissa cellulära funktioner och är en central mekanism i cellkommunikationen och regleringen av cellulär homeostas.
Aminosyror
Organiska föreningar som generellt innehåller en aminogrupp (-NH2) och en karboxylgrupp (-COOH). Tjugo alfaaminosyror är de subenheter som polymeriseras till proteiner.
L-serindehydratas
L-serine hydroxymethyltransferase (L-serindehydratase) är ett enzym som katalyserar omvandlingen av L-serin till glycin och en formaldehydgrupp i metabolismen av aminosyror. Detta enzym spelar därför en viktig roll i syntesen av glycin, en av de simplaste aminosyrorna som är involverad i produktionen av proteiner, neurotransmittorer och andra biologiskt aktiva ämnen i kroppen.
Proteinstruktur, tertiär
Isoflurofat
Fosfoproteinfosfataser
En grupp enzymer som avskiljer serin- eller treoninbundna fosfatgrupper från ett stort antal fosfoproteiner. Till gruppen hör även ett antal enzymer som fosforylerats genom verkan av ett kinas. EC 3.1.3.16.
Proteashämmare
Peptidkartläggning
Peptidkartläggning, även kallat peptidmappning, är en biokemisk metod som används för att bestämma aminosyrasequensen hos ett okänt peptidmolekyul genom att successivt bryta ned det i kortare fragment med hjälp av proteaser och sedan bestämma sekvensen av varje fragment genom till exempel Edman degradering eller masspektrometri.
Fenylmetylsulfonylfluorid
Fenylmetylsulfonylfluorid (PMSF) är ett proteasinhibitor molekyл, som används inom biokemi och molekylärbiologi för att hбsta tillbaka dеgraderingen av proteiner under exempelvis västern blus-förberedelse (Western blotting) och proteinfraktionering. PMSF irreversibelt inhiberar serinproteas, genom att reagera med serinen i aktiva centret hos enzymerna. Det bör användas just innan proteinextraktion eller andra metoder som involverar proteinfrånställning, eftersom det lбttar snabbt ned i vattenlцsning och inte kan passera genom cellytorna.
Trypsin
Trypsin är ett enzym som produceras i bukspottskörteln och spjälkar proteiner i mag-tarmsystemet genom att bryta ned dem till mindre peptider och aminosyror, vilket underlättar deras absorption i kroppen.
Cathepsin G
Cathepsin G är ett enzym som tillhör de proteolytiska enzymerna, och är beläget inuti vissa vita blodkroppar (neutrofila granulocyter). Det har förmågan att bryta ned proteiner, peptider och andra biologiskt aktiva molekyler. Cathepsin G spelar en roll i immunförsvaret genom att hjälpa till att eliminera patogena mikroorganismer som invaderat kroppen.
Aminosyrasubstitution
Naturligt förekommande eller experimentellt utbyte av en eller flera aminosyror i ett protein mot en eller flera andra, varvid proteinets funktioner kan bibehållas, förändras eller utebli. Experimente ll substitution används för att studera enzymaktiviteter och bindningsegenskaper.
Glycin
Endopeptidaser
En undergrupp av peptidhydrolaser. De klassificeras huvudsakligen utifrån sin katalytiska verkan. Specificitet används endast för identifiering av enskilda enzymer. De omfattar serinendopeptidaser (EC 3.4.21), cysteinendopeptidaser (EC 3.4.22), asparaginendopeptidaser (EC 3.4.23), metalloendopeptidaser (EC 3.4.24) samt en grupp enzymer som ännu inte placerats in i någon av ovannämnda klasser (EC 3.4.99). EC 3.4.-.
Sekvensinpassning
I medicinen, refererar "sekvensinpassning" till processen av matchning eller korrelerande en genetisk sekvens, vanligtvis en DNA- eller RNA-sekvens, med en specifik referenssekvens, för att fastställa dess position, orientering och eventuella variationer i förhållande till den referenssekvensen. Detta används ofta inom genetisk forskning och klinisk diagnostik för att identifiera gener, mutationer eller polymorfismer som kan vara associerade med sjukdomar eller andra hälsotillstånd.
Proteinmodifiering, posttranslationell
Posttranslational protein modification (PTPM) refers to the covalent alteration of a protein's structure after its translation from mRNA to polypeptide chain but before it becomes fully functional. These modifications play crucial roles in regulating protein function, localization, stability, and interaction with other molecules within the cell. Examples of PTPMs include phosphorylation, glycosylation, ubiquitination, methylation, acetylation, and sumoylation, among others.
Polyakrylamidgelelektrofores
Racemaser och epimeraser
Racemasers and epimerases are enzymes that catalyze the interconversion of stereoisomers, specifically involving the conversion of D-stereoisomers to L-stereoisomers (racemization) or the conversion of one stereoisomer to another while retaining the configuration at one stereocenter (epimerization).
Transfektion
Transfektion är en process där DNA, RNA eller andra molekyler överförs till eukaryota celler, ofta med syfte att introducera en specifik gen så att cellen kan producera ett protein som kodas av den genen. Detta kan göras för forskningsändamål, till exempel för att studera proteinet och dess funktion, eller för medicinska ändamål, till exempel för att ersätta en defekt gen hos en patient med ärftlig sjukdom. Transfektion kan ske med olika metoder, såsom elektroporering, kemisk transfektion eller viralvektorbaserad transfektion.
Fosfotreonin
Kymotrypsin
Ett serinendopeptidas som utsöndras av bukspottkörteln i form av zymogenet kymotrypsinogen och som med bukspottkörtelvätskan förs till tolvfingertarmen där det aktiveras av trypsin. Det klyver selekti vt aromatiska aminosyror på karboxylsidan. EC 3.4.21.1.
Fosfoglyceratdehydrogenas
Fosfoglyceratdehydrogenas (PGDH) är ett enzym som katalyserar oxidationen av 3-fosfoglycerat till 2-fosfoglycerat i glykolys och glukoneogenes processer. Detta steg inkluderar också reduktionen av NAD+ till NADH som en del av reaktionen. PGDH spelar därför en viktig roll i cellers energiproduktion och ämnesomsättning.
Modeller, molekylära
Fosfopeptider
Fosfopeptider refererar till peptider (korta proteiner) som innehåller fosfatgrupper. Dessa molekyler spelar viktiga roller inom cellulär signalering och regulering av olika fysiologiska processer, såsom celldelning, differentiering och apoptos (programmerad celldöd). Exempel på fosfopeptider inkluderar proteinkinaser och fosfataser, som är involverade i överföringen och reguleringen av signalsubstanser inom cellen.
Alanin
En icke-essentiell aminosyra, alfaaminopropansyra, som finns i proteiner. Kan förekomma fritt i höga halter i plasma.
Fosfoproteiner
Fosfoproteiner är proteiner som innehåller kovalent bundna fosfatgrupper, ofta på serin-, treonin- eller tyrosinresidveni. Dessa fosfatgrupper kan spela en viktig roll i regleringen av proteinkunktioner, såsom enzymsaktivitet och signaltransduktion. Fosforylering och dephosphorylering av fosfoproteiner är centrala för cellulär reglering och styrs ofta av kinaser och fosfataser.
Kolibakterie
Celler, odlade
Struktur-aktivitet-relation
"Structure-activity relationship (SAR) refers to the correlation between the chemical structure of a drug or molecule and its biological activity, describing how changes in the molecular structure can affect its ability to interact with biological targets and produce a desired pharmacological response."
Enzymhämmare
Enzyminhibitorer är substanser som sänker eller helt stoppar en enzymes aktivitet genom att binda till enzymet. Detta resulterar i försening eller minskning av den kemiska reaktionen som enzymet annars skulle ha katalyserat. Enzymer är proteinmolekyler som accelererar biologiska reaktioner inom celler, och deras aktivitet kan regleras genom olika mekanismer, däribland användning av enzyminhibitorer.
Okadasyra
I medicinsk kontext, kan "okadasyra" tolkas som en försämring eller ökning av ett symptom, tillstånd eller sjukdom över tid. Detta är motsatsen till "förbättringssyra", som betyder att patientens tillstånd har förbättrats. Okadasyra kan användas för att beskriva en rad olika medicinska situationer, beroende på kontexten. Till exempel kan det användas för att beskriva en ökning av smärta, inflammation, svullnad eller funktionsnedsättning.
Proteinfosfatas 2
Protein Phosphatase 2 (PP2A) är ett enzym som spelar en viktig roll i cellulär signalering genom att reglera fosforylering av proteiner, det vill säga tillstånd då en fosfatgrupp fogats till ett protein. PP2A verkar som en nedreglerande mekanism genom att avlägsna fosfatgrupper från specifika serin- eller threoninresidyer på målproteiner, vilket kan påverka deras funktion, lokalisation och interaktion med andra proteiner. PP2A är involverad i en rad cellulära processer som celldelning, signaltransduktion, metabolism och apoptos.
DNA, komplementärt
Peptidfragment
Ett peptidfragment är en kort sekvens av aminosyror som har beeneds klippt isär från ett större peptid eller protein.
Proteinkonfiguration
I enkelhet kan 'proteinkonfiguration' definieras som den specifika rymdstrukturen och orienteringen hos de aminosyror som utgör ett protein. Denna konfiguration bestäms av proteinkedjans primära struktur (sekvensen av aminosyror) samt hur dessa aminosyror är hopfogade och vevda i rummet, vilket kallas för sekundär, tertiär och kvartär struktur. Proteinkonfigurationen har en direkt betydelse för proteinets funktion och stabilitet.
Rekombinanta fusionsproteiner
Rekombinanta fusionsproteiner är proteiner som skapats genom att kombinera genetiska sekvenser från två eller fler olika proteinmolekyler, vilket resulterar i en hybridprotein med unika funktionella egenskaper. Genetisk manipulation används för att fusionera generna på ett sådant sätt att de uttrycks som ett enda proteinskapsel i värdenorganismen. Dessa tekniker används ofta inom biomedicinsk forskning för att undersöka proteininteraktioner, skapa nya diagnostiska verktyg och utveckla terapeutiska läkemedel.
Kaseinkinas II
Ett allmänt utbrett kaseinkinas (CKII) med två distinkta katalytiska enheter och en dimerisk reglerenhet. CKII har visat sig fosforylera ett stort antal ämnen, av vilka många är proteiner som ingår i regleringen av det genetiska uttrycket. EC 2.7.1.37.
COS-celler
Cellinje från den afrikanska grönapan som används för transfektion och kloning.
Subtilisiner
Subtilisiner är ett enzym som bryter ned proteiner genom att klippa sönder specifika peptidbindningar, vilket resulterar i kortare peptider och enskilda aminosyror som slutprodukter. Detta enzym uttrycks av bakterien Bacillus subtilis och har potentialen att användas inom medicinska tillämpningar, såsom behandling av proteinaggregationssjukdomar som Alzheimers sjukdom och Parkinsonism.
Katalys
Molekylvikt
Proteinkinas C
Protein Kinase C (PKC) är ett enzym som spelar en viktig roll inom cellsignalering och regulerar en rad cellulära processer, såsom celldelning, differentiering, apoptos och cellytiska respons på till exempel växt hormoner och tillväxthormon. PKC aktiveras av diacylglycerol (DAG) och calciumjoner (Ca2+) och får därigenom förmågan att fosforylera, det vill säga överföra en fosfatgrupp till, specifika serin- eller treoninresidyer på målproteiner. Detta leder till en förändring av proteinet som kan leda till aktivering eller inaktivering av dess funktion. PKC finns i flera olika isoformer som varierar mellan olika celltyper och har olika substratspecifitet, reguleringsmekanismer och subcellulära lokaliseringsställen.
Trypsinhämmare
En trypsinhibitor, eller Trypsinhämmare, är ett protein som binds till och nedsätter aktiviteten hos enzymet trypsin, som är involverat i protein- och peptidnedbrytning i kroppen.
Blotting, Western
Tyrosin
Tyrosine är en aromatisk essentiell aminosyra som fungerar som byggsten i proteiner och neurotransmittor i kroppen. Det syntetiseras i kroppen från den icke-essentiella aminosyran fenylalanin.
Peptidhydrolaser
Pankreatisk elastas
"Pancreatic elastase" refers to an enzyme that is produced and released by the pancreas, one of several digestive enzymes that help break down food in the small intestine. Specifically, pancreatic elastase helps digest proteins by breaking down the elastic fibers that are found in connective tissue. It is often measured in stool samples as a way to assess exocrine pancreatic function, since low levels of pancreatic elastase in the stool can indicate impaired digestion and possible pancreatic disease.
Subtilisin
Subtilisin är ett enzym som tillhör serineproteasklassen och produceras av bakterien Bacillus subtilis. Det fungerar genom att bryta ned proteiner till mindre peptider eller enskilda aminosyror, vilket underlättar nedbrytningen och återvinningen av näringsämnen i naturen. Subtilisin är känt för sin termostabilitet och specifika katalytiska aktivitet, vilket gör det användbart inom en rad industriella tillämpningar, såsom tvättmedel, livsmedelsförädling och medicinsk diagnostik.
Leukocytelastas
DNA-primrar
Kallikreiner
Proteolytiska enzymer i serinendopeptidasfamiljen som finns i normalt blod och urin. Kallikreiner har specifikt kraftfull kärlvidgande och blodtryckssänkande effekt, och de ökar kärlgenomsläppligheten och påverkar glatt muskulatur. Hos män är de fruktsamhetshämmande. Det finns tre kända former: plasmakallikrein (EC 3.4.21.34), vävnadskallikrein (EC 3.4.21.35) och prostataspecifikt antigen (EC 3.4.21.77).
Peptider
"Peptider är korta aminosyrekedjor som bildas genom att flera aminosyror binds samman med peptidbindningar, vilket skapar en polymer med biologisk aktivitet."
Hela-celler
RNA, transfer, Ser
Transfer RNA serine (tRNASer) är ett specifikt transfer RNA-molekyl som transporterar aminosyran serin till ribosomen during protein synthesis. Det finns två former av tRNASer, som skiljer sig åt beroende på vilken variant av serin de binder till: den ena binder till den L-formen av serin och den andra binder till den D-formen av serin. Transfer RNA är en sorts RNA-molekyl som hjälper till att översätta genetisk kod från DNA till proteiner under processen med protein syntes.
Precipitintester
I en enkel medicinsk definition kan man säga att en "Precipitintest" är ett laboratorietest som används för att undersöka om en given substans, till exempel ett läkemedel eller en biologisk vätska som urin, kan orsaka en kemisk reaktion i form av en så kallad precipitatsbildning när den blandas med en specifik testvätska. Precipitatet är ett fast, oftast olösligt ämne som bildas när två lösningar blandas och deras komponenter reagerar tillsammans.
Cykliskt AMP-beroende proteinkinaser
En grupp enzymer som är beroende av cykliskt AMP (cAMP) och som katalyserar fosforyleringen av serin- och treoninrester på proteiner. EC 2.7.10.-.
Proteinase Inhibitory Proteins, Secretory
Proteinase Inhibitory Proteins, Secretory (PIPS) are a group of proteins that play a crucial role in regulating the activity of proteinases, which are enzymes that break down other proteins. PIPS are produced by various cells and secreted into extracellular spaces, where they inhibit proteinases to prevent excessive protein degradation and maintain tissue homeostasis.
RNA, budbärar
"RNA (Ribonucleic acid) är ett ensträngat nucleotidmolekylt som fungerar som genetisk budbärare i celler, transportierande genetisk information från DNA till ribosomer under protein syntesprocessen."
14-3-3-proteiner
14-3-3-proteiner är en familj av konservade molekyler som bindar till och regulerar andra proteiner, vilket påverkar deras funktion, lokalisation och stabilitet inne i cellen. De spelar en viktig roll i cellulär signalering, apoptos (programmerad celldöd) och stressrespons. Dysfunktion i 14-3-3-proteiner har visats vara associerade med flera olika sjukdomstillstånd, inklusive cancer och neurodegenerativa sjukdomar.
DNA-bindande proteiner
Proteiner som binder till DNA. Till denna familj hör proteiner som binder till såväl dubbelsträngat som enkelsträngat DNA, och den omfattar även specifika DNA-bindande proteiner i serum som kan användas som markörer för tumörsjukdomar.
Membranproteiner
Proteiner i biologiska membran, som t ex cellmembran och intracellulära membran. De utgörs av två typer, yttre (perifera) och inre, integrerade, proteiner. De omfattar de flesta membranbundna enzymer, antigena proteiner, transportproteiner, och receptorer för läkemedel, hormoner och lektiner.
Protonkogenproteiner
Proton pump inhibitor proteins, also known as protono pumpare, refer to a group of protein pumps found primarily in the parietal cells of the stomach that play a key role in regulating gastric acid secretion. These proteins are responsible for transporting hydrogen ions (protons) from the cytoplasm of the cell into the lumen of the stomach, where they combine with chloride ions to form hydrochloric acid. By inhibiting the function of these proton pumps, medications known as proton pump inhibitors can reduce gastric acid secretion and alleviate symptoms associated with acid-related disorders such as gastroesophageal reflux disease (GERD) and peptic ulcers.
Protonkogenproteiner c-akt
Protoncogenproteinet c-AKT, också känt som protein kinase B (PKB), är ett intracellulärt enzym som spelar en central roll i cellers överlevnad, tillväxt och differentiering. Det aktiveras av signalsubstanser utsöndrade från extracellulära receptorer och reglerar diverse cellulära processer genom fosforylering av olika proteiner involverade i apoptos, metabolism, celldelning och transkription.
Nötkreatur
Aprotinin
En enkelkedjad polypeptid från bovin vävnad och bestående av 58 aminosyrarester. Den hämmar proteolytiska enzym som kymotrypsin, kallikrein, plasmin och trypsin, och används för behanding av blödninga r förenade med höga plasminhalter. Substansen används också vid risk för stora blodförluster i samband med öppen hjärtkirurgi.
Transkription, genetisk
Genetisk transkription är ett biologiskt process där DNA-sekvensen kopieras till en mRNA-sekvens (meddelande RNA) med hjälp av enzymet RNA-polymeras, vilket möjliggör syntesen av proteiner.
Ca(2+)-kalmodulinberoende proteinkinas
Ett kalmodulinberoende enzym som katalyserar fosforylering av proteiner. Enzymet är ibland också kalciumberoende. Ett stort antal proteiner verkar som mottagare, däribland vimentin, synapsin, glykogen syntas, myosinets lätta kedjor och mikrotubulusassocierade proteiner.
Tumörceller, odlade
Proteiner
Proteiner är komplexa biomolekyler, byggda av aminosyror som kedjas samman i en polymer. De utför viktiga funktioner inom levande organismers celler, såsom att fungera som strukturella komponenter, hormoner, enzymer och signalsubstanser. Proteinernas specifika aminosyrasekvens bestämmer deras tertiärstruktur och därmed också deras funktionella egenskaper.
Cellmembran
Aminosyramönster
Cricetinae
DNA
En deoxiribonukleotidpolymer som utgör den grundläggande genetiska substansen i alla celler. Eukaryota och prokaryota organismer har normalt sitt DNA ordnat i dubbelsträngade strukturer, men i många viktiga biologiska processer ingår under vissa skeden enkla strängar. DNA, som består av en flersockerarts-fosfatstam med utskott av puriner (adenin och guanin) och pyrimidiner (tymin och cytosin), bildar en dubbelspiral som hålls ihop med vätebindningar mellan purinerna och pyrimidinerna (adenin mot tymin (AT) och guanin mot cytosin (GC)).
Katepsiner
En grupp lysomala proteinaser eller endopeptidaser som finns i vattenbaserade extrakt i en rad djurvävnader. De har bäst verkan vid surt pH.
Punktmutation
En punktmutation är en typ av genetisk mutation där endast en enskild nukleotid (en building block av DNA) byts ut, infrias eller tas bort i ett DNA-molekyl. Denna förändring kan leda till att aminosyrasekvensen i det resulterande protein som kodas för av genen ändras, vilket kan ha varierande effekter på proteinets funktion, beroende på var mutationen finns och huruvida den leder till en substitution av en liknande aminosyra eller en helt annan. Punktmutationer kan vara ärftliga eller spontana och kan orsaka genetiska sjukdomar eller öka risken för cancer.
Protonkogenproteiner c-raf
Enzymstabilitet
Reglering av genuttryck, enzymer
Serin-tRNA-ligas
Serin-tRNA-ligase, även känt som Seryl-tRNAsynthetas, är ett enzym som katalyserar den sista steget i syntesen av serin-tRNA, vilket är en nödvändig komponent i den genetiska koden för proteintranslering. Detta enzym katalyserar kopplingen av aminosyran serin till dess specifika transfer-RNA (tRNA) via en esterbindning. Denna reaktion är viktig för att säkerställa korrekt dekodning och syntes av proteiner i cellen.
Kaseinkinaser
En grupp protein-serin-treoninkinaser som ursprungligen påvisades vara ansvariga för fosforyleringen av kaseiner. De är allmänt utbredda enzymer med förkärlek för sura proteiner. Kaseinkinaser spelar en roll i signalöverföring genom att fosforylera ett antal olika reglerproteiner i cytoplasman och cellkärnorna. EC 2.7.1.37.
Cellkärna
Plasmider
En plasmid är en liten, cirkulär dubbelsträngad DNA-molekyl som kan replikera självständigt och förekommer hos bakterier och andra encelliga organismer. Plasmider kan överföras mellan celler och innehåller ofta gener som ger resistens mot antibiotika eller kodar för toxiner. De används också i molekylärbiologi som vektorer för kloning av gener.
Isoenzymer
Cellkärneproteiner
Cellkärneproteiner är proteiner som lokaliseras till cellkärnan och utövar strukturella, regulatoriska eller katabola/anabola funktioner inom cellkärnans olika kompartment, såsom kromosomer, karyolymfa och kärnmembran.
Högtrycksvätskekromatografi
Asparaginsyra
Protonkogenproteiner c-pim-1
I en enkel mening kan 'protonkogen proteiner c-pim-1' definieras som en typ av protein som kodas av onkogena protonkogenet c-pim-1. Detta protoonkogen är associerat med celldelning och tillväxt, och mutationer i det kan leda till oreglerad celltillväxt och cancer. Proteinet som kodas av c-pim-1 påverkar också celldifferentiering och apoptos (programmerad celldöd). Det är vanligt förekommande i vissa typer av cancer, till exempel bröstcancer och leukemi.
Karboxipeptidaser
Enzymer som verkar på polypeptiders fria C-ände genom att frigöra en enkel aminosyrarest. Beroende på sin katalytiska mekanism delas de vidare in i karboxipeptidaser av serintyp (EC 3.4.16), metalloka rboxipeptidaser (EC 3.4.17) och karboxipeptidaser av cysteintyp (EC 3.4.18). EC 3.4.-.
Etanolamin
En seg, hygroskopisk aminalkohol med ammoniakdoft. Den är utbredd i biologisk vävnad och utgör en del av lecitin. Etanolamin används som ytaktivt medel, fluorometriskt reaktionsmedel och för att avlägsna CO2 och H2S från naturgas och andra gaser.
Transferaser
Enligt IUPAC (International Union of Pure and Applied Chemistry) definieras en transferas som: "En enzym som katalyserar överföringen av en funktionell grupp (-X), till exempel en metyl-, acetyl- eller aminosgrupp, från ett donorsubstrat till ett acceptorsubstrat, vanligtvis en molekyl med en aktivt hydroxyl (-OH) eller amino (-NH2) grupp." Transferaser utgör en av sex huvudklasser av enzymer enligt den systematiska EC-numreringen.
Bevarad sekvens
En aminosyrasekvens i en polypeptid eller en nukleotidsekvens i DNA eller RNA som är den samma hos flera arter. En känd uppsättning bevarade sekvenser representeras av en konsensussekvens. Aminosyramotiv består ofta av bevarade sekvenser.
Glykogensyntaskinas 3
Ett glykogensyntaskinas som beskrivits som ett nyckelenzym i glykogenmetabolismen. Det reglerar ett skiftande antal funktioner, som t ex celldelning, mikrotubulifunktioner och apoptos (programmerad celldöd). EC 2.7.1.37.
Proteinfosfatas 1
Protein Phosphatase 1 (PP1) är ett enzym som spelar en viktig roll inom cellulär signalering genom att reglera fosforylering och deaktivering av proteiner, vilket påverkar deras funktion och interaktion med andra molekyler.
Gelkromatografi
Proteintransport
Proteintransport refererer til den proces, hvor proteiner bliver transporteret gennem cellemembraner for at nå deres destination indenfor eller udenfor cellen. Dette sker ved hjælp af specielle transportproteiner, som kender vej og kan genkende de forskellige typer proteiner. Proteintransport er en nødvendig proces for at sikre, at cellen fungerer korrekt og at proteinerne kan udføre deres biologiske funktioner på det rigtige sted i organismen.
Masspektrometri
Fosfospecifika antikroppar
"Fosfospecifika antikroppar" refererar till antikroppar som specifikt binder till fosforylerade proteiner eller peptider. Fosforylering är en posttranslatorisk modifikation av protein som ofta involverar läggning av en fosfatgrupp på serin, treonin eller tyrosinresidyer, och spelar en viktig roll i cellsignalering och reglering av cellulära processer. Fosfospecifika antikroppar används som ett viktigt verktyg inom forskning för att undersöka aktiveringsmönster hos proteiner och deras interaktioner i olika signaltransduktionsvägar.
Cercopithecus aethiops
En art av Cercopithecus med tre underarter: C. tantalus, C. pygerythrus och C. sabeus. De lever i skogs- och savannområden i Afrika. Den afrikanska grönapan, C. pygerythrus, är den naturliga värden fö r SIV och används i AIDS-forskningen.
Tosyllysine Chloromethyl Ketone
Tosyllysine Chloromethyl Ketone (TLCK) är ett kemiskt ämne som används som en irreversibel inhibitor av serinproteas, särskilt trypsin och plasmin. Det gör det genom att reagera covalent med serinresten i aktiva centrumet hos dessa enzymer, vilket förhindrar deras förmåga att katalysera proteolytiska reaktioner.
Modeller, biologiska
Immunprecipitation
Tumörcellinje
En tumörcellinje refererar till en homogen grupp av cancerceller som delar gemensamma genetiska mutationer och beteenden, och som härstammar från samma ursprungscell. Denna celllinje kan behålla sin unika identitet och vårda sig lika under tumörts growth, metastas och respons på terapi. Detta är viktigt att ta hänsyn till när man utvecklar cancerbehandlingar, eftersom responsen på en viss typ av behandling kan variera mellan olika tumörcellinjer.
Prolin
Prolin är en icke-polär, sekundär aminosyra som förekommer naturligt i proteiner. Det kännetecknas av sin cykliska sidokedja, vilket gör den till en imidazolidinonring, och är den enda proteinogenetiska aminosyran med en sekundär struktur inbyggd i peptidkedjan. Prolin fungerar ofta som en flexibel punkt i proteinstrukturen och kan påverka proteinkonformationen.
Mutagenes
Process som leder till genetisk mutation. Den kan uppstå spontant eller inledas av s k mutagener.
Cathepsin C
Cathepsin C, också känt som dipeptidylpeptidas I (DPP-I), är ett enzym som tillhör de cysteinproteasklasserna och finns naturligt i många olika celltyper hos djur. Det spelar en viktig roll inom immunförsvaret genom att aktivera andra proteaser, men kan också vara involverat i celldöd och sjukdomsprocesser som cancer och neurodegenerativa tillstånd när det finns en överproduktion eller mutation av Cathepsin C.
Oxazoler
"Oxazoler" är ett sammanfattande namn på en grupp av antibiotika som innehåller en oxazolidinring i sin kemiska struktur. Dessa antibiotika har bakteriedödande effekt genom att hämma proteinsyntesen i bakterier. De används främst för behandling av allvarliga infektioner orsakade av gram-positiva bakterier, som exempelvis meticillinresistenta Staphylococcus aureus (MRSA). Linazolid och tedizolid är två exempel på oxazoler.
Apoptos
En av de två formerna av celldöd. Till skillnad från den patologiska processen nekros är apoptos en biologiskt programmerad process, ansvarig för en fysiologisk likvidering av celler. Denna typ av cel ldöd tjänar som en motvikt mot mitos och utgör ett led i regleringen av vävnaders tillväxt och storlek.
Trombin
Protease Nexins
Protease nexins are a group of proteins that regulate the activity of proteases, which are enzymes that break down other proteins. Protease nexins bind to and inhibit specific proteases, helping to control their activity within the body. This regulation is important for maintaining proper biological processes and preventing excessive protein degradation, which can contribute to various diseases.
3T3-celler
En cellinje som härstammar från fibroblaster från särade embryon av schweiziska möss. Linjen är ett värdefullt in vitro-värdsystem förtransformationsstudier av onkogena virus, eftersom 3T3-celler besi tter hög känslighet för kontaktinhibition.
Granzymer
p21-Activated Kinases
P21-activated kinases (PAKs) are a family of serine/threonine protein kinases that play important roles in various cellular processes, including cytoskeleton reorganization, cell motility, and gene transcription. They are activated by binding to small GTPases of the Rho family, such as Cdc42 and Rac, which become active upon stimulation of cell surface receptors. Once activated, PAKs phosphorylate a variety of downstream targets that regulate various cellular functions, making them critical components in intracellular signaling pathways. Abnormal regulation of PAKs has been implicated in several diseases, including cancer and neurological disorders.
Tidsfaktorer
"Tidsfaktorer" refererar inom medicinen till de aspekter av tiden som kan spela in på en persons hälsa, sjukdomsutveckling eller svar på behandling. Detta kan omfatta sådant som tidpunkt för exponering för en skada eller en infektion, tid som har gått sedan symtom uppstod, eller den tid det tar för en behandling att verka. Tidsfaktorer kan vara av avgörande betydelse för att ställa diagnoser, planera behandlingar och förutse prognoser.
Genuttryck
Oligopeptider
Oligopeptider är korta peptidmolekyler bestående av två till tio aminosyror som är länkade till varandra via peptidbindningar. De bildas ofta genom proteolys, en nedbrytande process där proteiner splittras upp i mindre peptidfragment eller enskilda aminosyror. Oligopeptider har diverse funktioner inom levande organismers cellulära signalering och reglering av biologiska processer.
Alfa 1-antitrypsin
Alfa 1-antitrypsin (AAT) är ett protein som produceras i levern och har till uppgift att skydda lungorna från inflammation och skada. Det gör detta genom att neutralisera en grupp enzymer, inklusive neutrofil elastas, som kan orsaka skada på lungvävnaden vid överdriven aktivering under inflammatoriska tillstånd. AAT är också känt som serumproteinaseinhibitor och ingår i akutfasresponsen. Genetisk mutation eller nedsatt produktion av AAT kan leda till en sjukdomsbild som kallas Alfa 1-antitrypsinbrist, vilket ökar risken för lungsjukdomar såsom kronisk obstruktiv lungsjukdom (KOL) och emfysem.
Cytoplasma
CHO-celler
Mitogenaktiverade proteinkinaser
En överordnad familj av protein-serin-treoninkinaser som aktiveras av olika stimuli via proteinkinaskaskader. De utgör slutprodukterna i kaskaderna, som utlöses av fosforylering genom mitogenaktiverade proteinkinaskinaser, vilka i sin tur aktiveras av mitogenaktiverade proteinkinaskinaskinaser. EC 2.7.11.24.
Jonbytarkromatografi
Reglering av genuttryck
Transaminaser
Transaminaser, också kända som aminotransferaser, är en grupp av enzymer som hjälper till att katalysera överföringen av aminosyror mellan olika molekyler i kroppen. De flesta transaminaserna finns i levern, men de kan även påträffas i andra delar av kroppen, såsom hjärtat, musklerna och njurarna. Ökade nivåer av transaminaser i blodet kan vara ett tecken på skada eller sjukdom i levern eller andra organ.
Insulin Receptor Substrate Proteins
Insulin Receptor Substrate Proteins (IRSP) er en type intracellulære proteiner som spiller en viktig rolle i insulinets signalvei i celler. Når insulin binder til sin reseptor på cellens overflate, fører det til aktivering av tyrosinkinasen del av insulinreceptoren, som deretter fosforylerer IRSP-proteinene. Dette resulterer i aktivering av en kaskade av intracellulære signalveier som regulerer cellers vekst, differentiering og metabolisme. Der er flere forskjellige typer IRSP-proteiner, inkludert IRS-1, IRS-2, IRS-3, IRS-4 og IRS-5, hver med sine spesifikke funksjoner i insulinets signalvei.
Saccharomyces cerevisiae
Transkriptionsfaktorer
Transkriptionsfaktorer är proteiner som binder till DNA-regulatoriska sekvenser och kontrollerar transkriptionen av gener, vilket påverkar syntesen av specifika proteinmolekyler i cellen.
Tosylphenylalanyl Chloromethyl Ketone
Tosylphenylalanyl Chloromethyl Ketone (TPCK) är ett kemiskt ämne som används som en inhibitor av proteaser, specifikt serinproteas. Det är en modifierad peptid med en tosylgrupp (p-toluen sulfon grupp), fenylalanin och en klorometylketongrupp. TPCK fungerar genom att reagera covalent med serinen i aktiva centrumet hos serinproteas, vilket blockerar dess proteolytiska aktivitet.
Kymaser
En familj neutrala serinproteaser med kymotrypsinliknande verkan. Kymaser finns främst i mastcellernas sekretoriska korn och frigörs under mastcellernas degranulering. EC 3.4.21.39.
Periplasmiska proteiner
Periplasmiska proteiner är proteinmolekyler som lokaliseras i det periplasmiska rummet, ett kompartment mellan cellmembranet och yttre membranet hos grampositiva bakterier och vissa gramnegativa bakteriers yttre membran.
Karboxylesterhydrolaser
Enzymer som katalyserar hydrolys av estrar av karboxylsyra under bildande av alkohol och en karboxylsyraanjon.
Transaktivatorer
I en enkel mening kan transaktionsfaktorer (TF) definieras som en grupp proteiner som reglerar genuttryck genom att binde till specifika DNA-sekvenser och påverka transkriptionen av angränsande gener. De aktiverar eller stänger av genuttrycket beroende på cellens behov och omgivning. Transaktionsfaktorer spelar därför en viktig roll i cellulär differentiering, homeostas och patologiska tillstånd, inklusive cancer.
Proteinstruktur, sekundär
Kolhydratdehydrogenaser
Glykosylering
Kaniner
Komplement 1s
Sekvenshomologi, nukleinsyra
Sekvenshomologi hos nukleinsyror refererar till den grad av likhet mellan två eller flera nukleotidsekvenser, vanligtvis inom ett genetiskt sammanhang. Denna likhet kan bero på att sekvenserna har en gemensam evolutionär historia och därmed delar en gemensam förfader, vilket indikerar en evolutionär relation mellan dem. Sekvenshomologi används ofta för att undersöka evolutionära samband och funktionella egenskaper hos gener och andra genetiska element.
Fibrinolysin
Glutationtransferas
HEK293 Cells
HEK293 cells, also known as human embryonic kidney 293 cells, are a type of immortalized cell line that were originally derived from human embryonic kidney tissue. They are widely used in scientific research due to their ability to express high levels of recombinant proteins and other foreign genes, making them valuable for the study of protein function, drug discovery, and gene therapy. HEK293 cells have a flat, fibroblast-like morphology and can be grown in culture under standard conditions, allowing for easy manipulation and analysis. It is important to note that while HEK293 cells are derived from human tissue, they are not considered to be primary cells, as they have been transformed and do not retain the same characteristics as the original tissue from which they were derived.
Tetradekanoylforbolacetat
Tetradekanoylforbolacetat, även känt som TPA eller PMA (Phorbol 12-myristat 13-acetat), är ett kemiskt ämne som tillhör esterklassen och är derivat av forbol, en diterpenoid som utvinns från crotonolja. Det används främst inom forskning för att aktivera proteinkinas C (PKC) enzymkomplexet, vilket i sin tur leder till signaltransduktion och cellrespons.
Antipain
En oligopeptid från olika bakterier som verkar som en proteashämmare.
Fosfotyrosin
En aminosyra som förekommer i endogena proteiner. Fosforylering och defosforylering av tyrosin har betydelse för cellulär signalöverföring och möjligen för kontroll av celltillväxt och tumöruppkomst.
Cellcykelproteiner
Proteiner som kontrollerar celldelningscykeln. Denna proteinfamilj omfattar ett stort antal klasser, inklusive cyklinberoende kinaser, mitogenaktiverade kinaser, cykliner och fosfoproteinfosfataser, s amt deras förmodade substrat, så som kromatinassocierade proteiner, cytoskelettproteiner och transkriptionsfaktorer.
Serpin E2
'Serpin E2', også kendt som 'Neuroserpin', er et protein som tilhører serinprotease inhibitor (SERPIN) familien og spiller en rolle i reguleringen af neuroinflammation og neurale celledød. Dets specifikke funktion inkluderer at forhindre overaktivitet hos en type enzymer kaldet tisse-serinproteaser, som er involveret i degradationen af proteiner i centralnervesystemet. Mutationer i SERPIN E2/Neuroserpin-generne har været associeret med neurologiske lidelser såsom de generelle serpin-relaterede sygdomme og specifikt en form for arvelig cerebral autosomal dominant hjerneblødning kaldet 'autosomal dominante cerebrale hjerneblødning med type 2 neuroserpin'.
Fibroblaster
Metionin
Phosphatidylinositol 3-Kinases
Phosphatidylinositol 3-Kinases (PI3K) är en grupp enzymer som spelar en viktig roll inom cellsignalering och regulerar celldelning, celldifferentiering, apoptos (programmerad celldöd), cellcykelns reglering och cellytets metabolism. PI3K fosphorylerar fosfatidylinositol (PI) till fosfatidylinositol 3-fosfat (PIP3), vilket aktiverar proteiner som är involverade i cellsignalering, särskilt Akt/PKB. Dessa signaleringsvägar är ofta överaktiverade i cancer och är därför mål för utveckling av nya cancerterapeutika.
Cysteinsyntas
Enzym som i mikroorganismer och växter katalyserar biosyntesen av cystein från O-acetyl-L-serin och vätesulfid. EC 4.2.99.8.
Dos-responskurva, läkemedel
Intracellulära signalpeptider och -proteiner
Proteiner och peptider som deltar i signalöverföringen inuti cellen. Dessa omfattar peptider och proteiner som reglerar transkriptionsfaktorernas verksamhet och cellulära förlopp till följd av svar på signaler från cellytereceptorer. De intracellulära signalpeptiderna och -proteinerna kan utgöra en del av en enzymatisk signalkaskad, eller verka genom att binda till och modifiera verkan av andra signalfaktorer.
Affinitetskromatografi
Temperatur
I en enkel mening kan temperatur inom medicinen definieras som den grad av värmevariation eller termisk energi som mäts i kroppen hos levande organismer, vanligtvis i enheten Celsius (°C) eller Fahrenheit (°F). Den normala kroppstemperaturen för en vuxen människa varierar vanligtvis mellan 36,5 och 37,5 °C (97,7 till 99,5 °F), även om det kan variera något beroende på individuella skillnader, tid på dygnet och metoden för temperaturmätning.
Restriktionskartläggning
Komplement 1r
Cytosol
Tetrahydrofolater
Tetrahydrofolate (THF) är ett aktivt derivat av folsyra, som spelar en viktig roll i metabolismen av aminosyror och nukleotider. Det fungerar som en kofaktor i flera enzymreaktioner, inklusive syntesen av thymidylat under DNA-replikationen och syntesen av serin, glycin, methionin och puriner. THF är också involverat i metabolismen av homocystein till methionin, vilket är viktigt för att hålla nere homocysteinspåret i blodet, som annars kan vara skadligt för kroppen.
Acyltransferaser
PAR-2-receptor
Protease-activated receptor 2 (PAR-2) är en typ av G-proteinkopplad receptor som aktiveras av serinproteaser, såsom trypsin och thrombin. När PAR-2 aktiveras, ledde det till en aktiviering av intracellulära signaltransduktionsvägar som involverar flera olika cellulära processer, inklusive inflammation, smärta, celldelning och migration. PAR-2 har visat sig vara viktigt i en rad fysiologiska och patofysiologiska processer, såsom smärtperception, lungfunktion, immunförsvar och cancer.