Systembiologi
"Systembiologi är ett multidisciplinärt forskningsfält som kombinerar systemteknik, datavetenskap och biologi för att studera och förstå komplexa biologiska system som celler, vävnader och organismer på en systemnivå. Det innebär att man ser på interaktionerna mellan olika delar av ett system, såsom gener, proteiner och metaboliter, för att få en helhetlig förståelse av systemets funktion och beteende."
Biologi
Bioinformatik
Metabola nätverk och banor
Modeller, biologiska
Teoretiska modeller som efterliknar förlopp hos biologiska processer eller sjukdomar. För sjukdomsmodeller hos levande djur
Regulatoriska gennätverk
Mjukvara
Proteomik
Proteomik är ett område inom biomedicin som handlar om studien av proteomer, det vill säga den totala mängden proteiner och deras interaktioner, funktioner och reglering i ett levande system, såsom en cell, vävnad eller organism. Proteomiken inkluderar identifiering och karakterisering av proteiner, deras struktur, funktion och interaktion med andra molekyler, samt förändringar i proteinuttryck och aktivitet under olika fysiologiska och patologiska tillstånd. Proteomiken använder sig ofta av högthroughput-tekniker såsom masspektrometri och proteinkromatografi.
Molekylärbiologi
Datorsimulering
Algoritmer
Genuttrycksmönster
Proteom
Proteom refererar till det totala settet av proteiner som uttrycks eller förekommer i ett visst celltyp, vävnad, eller organism under specifika förhållanden och tidpunkter. Det inkluderar studiet av proteinfunktioner, interaktioner, struktur, och reglering på generell nivå samt särskilt i samband med olika sjukdomszustånd. Proteomet är en dynamisk disciplin som undersöker proteiner och deras roll i biologiska system.
Kartläggning av proteininteraktion
Proteininteraktionskartläggning refererar till den systematiska undersökningen och visualiseringen av de interaktioner som sker mellan olika proteiner inom en cell, vilket hjälper forskare att förstå hur proteiners funktioner påverkar varandra och regulerar cellulära processer under normala och patologiska förhållanden.
Programmeringsspråk
A programming language is a formal, symbolic system of communication, consisting of a set of rules and instructions, used to express algorithms and create computer software applications, through the manipulation of symbols representing data, operations, and structures, that can be translated into executable code by a machine.
Metabolomik
Metabolomik är ett forskningsområde inom systembiologi som fokuserar på att studera det komplexa nätverket av metabola processer och den kemiska makeupen hos små molekyler, kallade metaboliter, i biologiska system, såsom celler, vävnader eller organismar. Metabolomiken strävar efter att kvantifiera och identifiera alla metaboliter i ett system för att ge en omfattande och detaljerad bild av dess aktuella tillstånd och funktion. Denna globala analys av metabolitprofilen ger information om interaktioner mellan gener, enzymer, metabola vägar och miljöfaktorer, vilket kan användas för att diagnosticera sjukdomar, utveckla personligad medicin och förstå biologiska system på ett djupare plan.
Systemintegration
I medicinsk kontext, betyder systemintegration integrationen av olika medicinska informationssystem för att skapa en sammanhängande och koordinerad vårdprocess. Det innebär att kombinera olika databaser, applikationer och tekniker till ett helhetligt system som möjliggör utbyte av information och samarbete mellan olika vårdenheter och aktörer. Systemintegration kan omfatta allt från elektroniska patientjournaler, laboratoriesystem, bildhanteringssystem, till medicinska enhetssystem som exempelvis sängplacerings- och observationssystem. Målet med systemintegration är att förbättra effektiviteten, kvaliteten och säkerheten i vården genom att underlätta informationsutbyte, undvika dataredundans och minimera risken för mänskliga misstag.
Användare-datorgränssnitt
A user-computer interface, also known as human-computer interaction or user interface, refers to the space where humans and computers interact, including both hardware and software components. This interface is designed to allow users to effectively and efficiently communicate with the computer system to accomplish tasks by inputting commands and receiving output in a intuitive and understandable manner.
Signalomvandling
I en enkel mening kan 'signalomvandling' inom medicin definieras som processen där celler konverterar inkommande signaler, ofta i form av hormoner, neurotransmittorer eller tillväxtfaktorer, till intracellulära svar genom en kaskad av biokemiska händelser. Detta kan leda till aktivering eller inhibitering av vissa cellulära funktioner och är en central mekanism i cellkommunikationen och regleringen av cellulär homeostas.
Cellfysiologi
Fysiologiska särdrag och skeenden i celler, från celldelning till celldöd.
Faktadatabaser
Strukturerade samlingar av mer eller mindre fullständiga faktauppgifter, ofta inom bestämda ämnesområden och med funktioner för automatisk hantering av informationen. De kan ha formen av uppslagsböcker, statistikdatabaser, samlingar av kemiska och fysikaliska data osv. Begreppet faktadatabas skall inte förväxlas med bibliografisk databas.
Protein Interaction Maps
Protein Interaction Maps, också kända som Protein-Protein Interaction Networks (PPIN), är grafiska representationer av proteiner och deras inbördes interaktioner inom ett cellulärt system. De visar hur proteiner binder till varandra och arbetar tillsammans för att utföra olika cellulära funktioner. Protein Interaction Maps kan hjälpa forskare att förstå komplexa biologiska processer, identifiera nyckelproteiner som är involverade i sjukdomar och utveckla nya terapeutiska strategier.
Systemteori
"Systemteori är ett interdisciplinärt perspektiv som fokuserar på studiet av komplexa, sammanlänkade fenomen som helheter snarare än enskilda delar. I en medicinsk kontext kan systemteori användas för att förstå och analysera interaktioner och feedbackmekanismer mellan olika biologiska komponenter, såsom organ, celler och molekyler, i en levande organism. Detta kan hjälpa till att klargöra systemets emergenta egenskaper och beteenden, vilket kan vara användbart för att utveckla mer effektiva diagnoser, behandlingsstrategier och preventionsåtgärder."
Internet
Läkemedelsutveckling
Individualized Medicine
Individualized medicine, also known as personalized medicine, refers to a medical model that incorporates both genetic and environmental information to prevent, diagnose, and treat diseases on a person-specific basis. This approach takes into account variability in genes, environment, and lifestyle to customize medical treatment for each individual, with the goal of achieving better outcomes and reducing adverse effects.
DNA-mikromatrisanalys
Databasadministrativa system
Biokemiska processer
"Biokemiska processer" refererar till de kemiska reaktionerna och mekanismerna som sker inom levande organismer, där biologiska molekyler, såsom proteiner, kolhydrater, lipider och nukleinsyror, interagerar för att underhålla livets funktioner.
Metabolom
Metabolom är det globala profilen av små molekyler, kända som metaboliter, som finns i ett biologiskt system, såsom en cell, vävnad eller organism. Metaboliterna utgör de slutliga produkterna av genetisk expressión, miljöfaktorer och interaktioner mellan dem. Metabolomet ger därför en direkt representation av den fysiologiska tillståndet hos ett system och är därför av intresse inom forskning kring sjukdomar, farmakologisk behandling och personlig medicin.
Transcriptome
Transcriptom är det samlade mängden RNA-molekyler som produceras från allt aktivt genuttryck i en viss celltyp, vävnad eller organism vid en given tidpunkt. Det inkluderar både protein kodande RNA (mRNA) och icke-kodande RNA, såsom rRNA, tRNA och snRNA. Transkriptomet ger information om vilka gener som är aktiva, hur aktiva de är och på vilket sätt deras uttryck förändras under olika förhållanden eller vid sjukdomar. Studier av transkriptom kan hjälpa forskare att förstå biologiska processer och identifiera potentiala terapeutiska mål.
Synthetic Biology
Synthetic biology is a multidisciplinary field that combines science and engineering to design and construct new biological parts, devices, and systems, or to redesign existing ones for useful purposes. It often involves the use of synthetic DNA components to create novel genetic circuits, pathways, and organisms with desired functions and properties. Synthetic biology has applications in various areas such as medicine, agriculture, energy, and environmental conservation.
Biologiska processer
"Biologiska processer" refererar till de komplexa system av interaktioner mellan olika levande organismer och deras omgivning, inklusive alla kemiska och fysiska reaktioner som sker i celler, vävnader och organismen som helhet. Dessa processer kan vara celulära, såsom proteinsyntes och energiomsättning, eller övergripande, till exempel homeostas och reproduktion. Biologiska processer styr livets funktioner och är nödvändiga för att upprätthålla livet hos alla levande varelser.
Modeller, teoretiska
Modeller, genetiska
Celler
Små protoplasmamassor som bygger upp organiserad vävnad och som består av en kärna omgiven av protoplasma, vilken innehåller de s k organellerna och är innesluten i cell- eller plasmamembranet. Celler na utgör de grundläggande strukturella och funktionella enheterna i levande organismer.
Systemanalys
"Systemanalyse är en metod inom medicinen där man systematiskt undersöker och analyserar ett patients eller en population's medicinska problem, behandlingsbehov och möjliga lösningar, med fokus på interaktionerna mellan olika aspekter av det medicinska systemet, såsom anatomi, fysiologi, sjukdomsmekanismer, diagnostiska tester och behandlingsalternativ."
Metabolism
De kemiska reaktioner som äger rum i celler, vävnader eller en organism. Dessa reaktionsförlopp omfattar både biosyntes (anabolism) och nedbrytning (katabolism) av organiska ämnen som brukas av den levande organismen.
Informationslagring och -återvinning
Bioteknologi
Vetenskapsgren med inriktning på utnyttjande av organismer, celler eller celldelar för utveckling av tekniskt och kliniskt användbara produkter. Av central betydelse är s k genetisk ingenjörskonst, dv s manipulation av biologiska funktioner på molekylär nivå. De metoder som tillämpas kan omfatta transfektion, kloning, algoritmer för sekvens- och strukturanalys, databaser och analys och förutsägelse av gen- och proteinstrukturfunktioner.
Data Mining
I en enkel medicinsk kontext kan "data mining" definieras som den process där systematiska metoder används för att analysera och utvinna information eller kunskap från stora datamängder, ofta inkluderande elektroniska hälsodata. Det handlar om att upptäcka mönster, korrelationer och trender som kan användas för att stödja klinisk beslutsfattning, forskning, population hälsa, kvalitetssäkring och andra avdelningar inom medicinen. Data mining är en delmängd av den större disciplinen biostatistik och använder sig ofta av tekniker som maskininlärning, statistik och datavisualisering.
Biokemi
Biovetenskaper
Alla grenar av naturvetenskaperna som befattar sig med någon aspekt av livet eller livsprocesserna. Hit hör anatomi och fysiologi, biokemi och biofysik samt djurens, växternas och mikroorganismernas b iologi. Begreppet bör särskiljas från underavdelningen biologi, som specifikt sysslar med de levande organismernas ursprung och livsformer.
Stokastiska processer
Databaser, protein
Specialdatabaser med information om proteiner, som t ex aminosyrasekvenser, proteinkonformation och andra egenskaper.
High-Throughput Screening Assays
High-throughput screening (HTS) assays are a class of biochemical or cellular assays that are performed in a high-throughput format, allowing for the rapid and efficient testing of large libraries of chemicals or biological molecules. These assays are typically automated and miniaturized, enabling the simultaneous testing of thousands to millions of compounds in a single experiment. The goal of HTS assays is to identify hit compounds that modulate a specific biomolecular target or pathway, which can then be further optimized and developed into lead compounds for drug discovery and development.
Genuppsättning
Fenotyp
Biomedicinsk forskning
"Biomedical research" refererar till vetenskaplig forskning som fokuserar på biologiska och medicinska aspekter av levande system, ofta med målet att förbättra människors hälsa genom att utveckla ett djupare förstånd för biologiska processer och sjukdomar. Denna typ av forskning kan involvera studier av cellulära och molekylära mekanismer, genetik, patofysiologi, farmakologi, och utveckling av nya terapeutiska strategier och tekniker. Biomedical research kan vara baserad på både grundläggande forskning (som undersöker de grundläggande principerna för biologiska processer) och translational research (som fokuserar på att översätta forskningsresultat till klinisk praktik).
Fysik
I en enkel mening kan fysik inom medicinen definieras som studiet av de mekaniska, fysiska och kemiska principerna bakom livets processer samt sjukdomars orsaker och behandlingsmetoder. Detta inkluderar bland annat studiet av cellers och organers funktion, läkemedelsverkningar på molekylär nivå, strålningens effekter på kroppen och hur olika medicinska behandlingar påverkar kroppens mekaniska egenskaper.
Saccharomyces cerevisiae
Kronobiologiska fenomen
Metabolic Engineering
Metabolic engineering är ett forskningsområde där man använder tekniker inom molekylärbiologi, genetik och bioinformatik för att systematiskt modifiera metaboliska vägar i celler, med syfte att optimera produktionen av specifika metaboliter eller förändra cellens fenotyp på ett önskvärt sätt. Detta kan exempelvis innebära att introducera nya enzymer eller regulatoriska element i cellen, för att styrka eller försvaga vissa metaboliska reaktioner, eller att blockera oönskade biverkningar. Metabolic engineering används inom flera områden, till exempel för att producera biobränslen, farmaceutiska preparat och industriella kemikalier i celler.
Klusteranalys
En uppsättning statistiska metoder för gruppering av variabler eller observationer i undergrupper med starkt inbördes förhållande. Inom epidemiologin kan metodiken användas till at analysera en serie av nära sammanhörande händelser eller sjukdomsfall eller andra hälsorelaterade fenomen i förhållande till tid eller plats eller båda.
Reglering av genuttryck
Processer inom virusfysiologi
Inom virusfysiologi refererar "processer" till de olika biokemiska och molekylära aktiviteterna som en virus utför under sin livscykel. Dessa processer inkluderar bland annat anl lagring, replikation, sammansättning och frigivande av virala genomer och proteiner, vilka alla är nödvändiga för att virus ska kunna infektera och reproducera sig i värdcellen. Exempel på specifika processer inom virusfysiologi är transkription (skapandet av RNA-kopior av virala genomer), translation (syntesen av proteiner från RNA-kopier), encapsidation (paketering av virala genomer och protein i en viruskapsel) och budding (frigivande av nya viruspartiklar från värdcellen).
Värd-patogenförhållanden
'Värd-patogenförhållanden' refererar till det komplexa interaktionsmönstret mellan en patogen (en mikroorganism som kan orsaka sjukdom) och dess värd (vanligtvis ett djur, inklusive människor), inbegripet värdens immunrespons, patogens infektionsstrategier och sjukdomsmekanismer, samt eventuella påverkan av värden på patogenens virulens och överlevnad.
Bayes teorem
En sannolikhetsteoretisk modell uppkallad efter Thomas Bayes (1702-1761). Inom epidemiologin används metoden för beräkning av sannolikheten för förekomsten av en viss sjukdom hos personer med något vi sst kännetecken, utifrån kännedom om sjukdomens prevalens och förekomsten av detta kännetecken hos friska och sjuka individer. I klinisk beslutsanalys används modellen för beräkning av sannolikheten f ör en viss diagnos, med givna symtom eller provresultat.
Translational Medical Research
Translational medical research refererar till den process där forskningsresultat från laboratoriemiljö och grundläggande vetenskap överförs och appliceras i klinisk praktik, för att förbättra människors hälsa och behandlingsmetoder. Det innebär att översätta forskningsrön från molekylär nivå till patientvård, genom att stödja sig på multidisciplinära team och kliniska prövningar. Syftet är att snabbt och effektivt förbättra diagnoser, behandlingar och prevention av sjukdomar, samtidigt som man strävar efter en bättre förståelse av biologiska mekanismer och patofysiologiska processer.
Tumörer
En tumör är en abnorm och ofta opålitlig vävnadsformation som uppstår då celltillväxten och celldelningen överstiger normal nivå eller fortsätter utan kontroll efter cellskada eller påverkan. Tumörer kan vara godartade (benigna) eller elakartade (maligna), beroende på om de är cancer-relaterade eller inte. De kan också variera i storlek och spridning, och deras uppkomst kan bero på en kombination av genetiska, miljömässiga och livsföstylett relaterade faktorer.
Enzymer
Proteiner
Proteiner är komplexa biomolekyler, byggda av aminosyror som kedjas samman i en polymer. De utför viktiga funktioner inom levande organismers celler, såsom att fungera som strukturella komponenter, hormoner, enzymer och signalsubstanser. Proteinernas specifika aminosyrasekvens bestämmer deras tertiärstruktur och därmed också deras funktionella egenskaper.
Feedback, Physiological
Physiologisk feedback (kroppslig feedback) är ett begrepp inom fysiologin som refererar till självreglerande processer i levande organismer där information om nuvarande tillstånd returneras till systemet för att justera och hålla homeostas. Detta sker genom en sluten kretslopp av det aktiva systemet, sensoriska receptorerna som registrerar informationen och effektormekanismerna som svarar på informationen. Exempel på sådana processer inkluderar reguleringen av kroppstemperatur, blodsockernivå och andning, där förändringar i dessa parametrar ledde till en respons som återställer dem till normaltillstånd.
Sjukdom
Modeller, statistiska
Bioengineering
Bioengineering, även känt som bioteknik eller genetisk engineering, är en gren inom teknik och naturvetenskap där man använder sig av principer och metoder från ingenjörsvetenskapen för att lösa problem relaterade till biologiska system, såsom celler, vävnader och organismer. Detta kan involvera design, konstruktion och användning av biologiskt material, system och processer för att skapa nya produkter och tekniker inom områden som medicin, jordbruk, miljö och energiproduktion. Exempel på bioengineering inkluderar utvecklingen av genmodifierade organismer, artificiella vävnader och proteser, biosensorer och biobränslen.
Masspektrometri
Icke-linjär dynamik
Processer inom cellfysiologi
I cellfysiologi refererar processer till de funktionella aktiviteterna som sker inne i eller mellan celler. Dessa processer kan vara mekaniska, elektriska eller kemiska och är nödvändiga för cellens överlevnad, tillväxt och förmåga att kommunicera med andra celler. Exempel på processer inom cellfysiologi inkluderar celldelning, signaltransduktion, transport av molekyler över cellytan, metabolism och homeostas.
Molecular Sequence Annotation
"Molecular sequence annotation" refers to the process of identifying and labeling functional elements in a DNA, RNA, or protein sequence at the molecular level. This process involves comparing the query sequence to reference sequences and using various bioinformatics tools and algorithms to infer the locations and types of genes, regulatory regions, and other functional elements within the sequence. The annotation provides valuable information for understanding the function and regulation of the molecule, and it is essential for the interpretation and analysis of genomic data in molecular biology and genomics research.
Mikromatrisanalys
Workflow
"Workflow" kan definieras som den sekvens av tester, behandlingar och/eller processer som utförs i en specificerad ordning för att hantera en patient eller en viss typ av medicinsk situation. Workflows innefattar ofta flera steg som kräver samarbete mellan olika vårdpersonal, resurser och tekniksystem för att uppnå ett önskat resultat, såsom att ställa en diagnos, ge behandling eller övervaka patientens tillstånd.
Växtfysiologi
"Växtfysiologi" är ett medicinskt begrepp som refererar till studiet av de fysiologiska processerna hos växter, inklusive deras näringsupptagande, vattenförluster, fotosyntes, andning, tillväxt och utveckling, hormonella regleringar och responsen på miljöfaktorer som ljus, temperatur och mekaniska stimuli.
Toxikogenetik
Toxikogenetik är ett forskningsområde som undersöker hur genetiska variationer hos individen kan påverka svar och förändringar i kroppen vid exponering för skadliga ämnen, såsom toxiner och miljögifter. Det kombinerar principer från toxicologi och genetik för att förstå de molekylära mekanismerna bakom hur dessa skadliga ämnen påverkar oss på ett individuellt plan, inklusive risker för sjukdomar och andra hälsoproblem.
Genmanipulation
Jästsvampar
Jästsvampar, eller candida albicans, är en typ av opportunistiska svampar som naturligt förekommer på huden och slimhinnor hos människor utan att vanligtvis orsaka några besvär. De kan dock leda till infektioner, särskilt i samband med försvagad immunförsvar eller vid störningar i den normala bakteriefloran. Jästsvampar kan ge upphov till diverse symptom beroende på vilken del av kroppen de infekterar, exempelvis orala eller genitala sår, hudirritationer eller invasiva systemiska infektioner.