Espécie de bactéria Gram-negativa aeróbia, em forma de bastonete, que é encontrada em fontes de água quente de pH neutro a alcalino, assim como em aquecedores de água quente.

Bacilos Gram-negativos aeróbios que são encontrados em águas quentes (de 40 a 79 graus Celsius), como fontes e tanques de água quente e rios termicamente poluídos.

Espécie de bactéria Gram-positiva termofílica encontrada no LEITE e em produtos lácteos.

Enzima dependente de NAD+ que catalisa a oxidação de 3-carboxi-4-metil-2-metilpentanoato em 3-carboxi-4-metil-2-oxopentanoato. Está envolvida na biossíntese da VALINA, LEUCINA e ISOLEUCINA.

Descrições de sequências específicas de aminoácidos, carboidratos ou nucleotídeos que apareceram na literatura publicada e/ou são depositadas e mantidas por bancos de dados como o GENBANK, European Molecular Biology Laboratory (EMBL), National Biomedical Research Foundation (NBRF) ou outros repositórios de sequências.

Estudo da estrutura dos cristais utilizando técnicas de DIFRAÇÃO POR RAIOS X.

Proteínas encontradas em qualquer espécie de bactéria.

Proporção pela qual uma enzima conserva sua conformação estrutural ou sua atividade quando sujeita à estocagem, isolamento e purificação ou várias outras manipulações físicas ou químicas, incluindo enzimas proteolíticas e aquecimento.

Ordem dos aminoácidos conforme ocorrem na cadeia polipeptídica. Isto é chamado de estrutura primária das proteínas. É de importância fundamental para determinar a CONFORMAÇÃO DA PROTEÍNA.

Proteína encontrada em bactérias e em mitocôndria de eucariontes, que cede os RNAt-aminoacil para o sítio A do ribossomo. O RNAt-aminoacil é o primeiro a se ligar a um complexo fator Tu de elongação que contém uma molécula de GTP ligada. O complexo resultante é, então, ligado ao complexo de iniciação 70S. Simultaneamente, o GTP é hidrolisado e o complexo Tu-GDP é liberado do ribossomo 70S. O complexo Tu-GTP é regenerado a partir do complexo Tu-GDP pelo fator Ts de elongação e GTP.

Espécie de bactérias Gram-negativas, facultativamente anaeróbicas, em forma de bastão (BACILOS GRAM-NEGATIVOS ANAERÓBIOS FACULTATIVOS) comumente encontrada na parte mais baixa do intestino de animais de sangue quente. Geralmente não é patogênica, embora algumas linhagens sejam conhecidas por produzir DIARREIA e infecções piogênicas. As linhagens patogênicas (virotipos) são classificadas pelos seus mecanismos patogênicos específicos como toxinas (ESCHERICHIA COLI ENTEROTOXIGÊNICA), etc.

Modelos usados experimentalmente ou teoricamente para estudar a forma das moléculas, suas propriedades eletrônicas ou interações [com outras moléculas]; inclui moléculas análogas, gráficos gerados por computador e estruturas mecânicas.

Vírus cujo hospedeiro é Streptococcus.

Formação de substâncias cristalinas a partir de soluções ou fusões. (tradução livre do original: McGraw-Hill Dictionary of Scientific and Technical Terms, 4th ed)

Enzima que catalisa a ligação de fenilalanina com seu RNA de transferência específico. EC 6.1.1.20.

Enzimas que catalisam a metilação dependente de S-adenosil-L-metionina das bases ribonucleotídicas no interior de uma molécula de RNA de transferência. EC 2.1.1.

Presença de calor ou de uma temperatura notadamente maior do que a normal.

Citocromos (proteínas transportadoras de elétrons) com protoheme (HEME B) como o grupo prostético.

Propriedade de objetos que determina a direção do fluxo de calor quando eles são posicionados em contato térmico direto. A temperatura é a energia dos movimentos microscópicos (translacionais e de vibração) das partículas dos átomos.

Complexo enzimático de múltiplas subunidades contendo um GRUPO DOS CITOCROMOS A, citocromo a3, dois átomos de cobre e 13 subunidades proteicas diferentes. É o complexo oxidase terminal da cadeia respiratória que coleta elétrons que serão transferidos do GRUPO DO CITOCROMOS C reduzido e doados ao OXIGÊNIO molecular que será, então, reduzido a água. A reação redox é acoplada simultaneamente ao transporte de PRÓTONS através da membrana mitocondrial interna.

Sequência de PURINAS e PIRIMIDINAS em ácidos nucleicos e polinucleotídeos. É chamada também de sequência nucleotídica.

Grau de similaridade entre sequências de aminoácidos. Esta informação é útil para analisar a relação genética de proteínas e espécies.

RNA transportador que é específico para carrear fenilalanina aos sítios dos ribossomos em preparação para a síntese proteica.

Inserção de moléculas de DNA recombinante de origem procariótica e/ou eucariótica em um veículo replicante, tal como um plasmídeo ou vírus vetores, e a introdução das moléculas híbridas resultantes em células receptoras, sem alterar a viabilidade dessas células.

Subclasse de heme a que contem citocromos que têm dois nitrogênios imidazólicos como ligantes axiais e uma faixa de absorção alfa de 605 nm. São encontrados em uma variedade de micro-organismos e em eucariotos como um componente do citocromo de baixo spin do COMPLEXO IV DA CADEIA DE TRANSPORTE DE ELÉTRONS mitocondrial.

Subclasse de heme a contendo citocromos com uma banda alfa de absorção de 605 nm. São encontrados em uma variedade de micro-organismos e em eucariotas como um componente do citocromo de alto spin do complexo IV da cadeia de transporte de elétrons mitocondrial.

Proteínas encontradas em ribossomos. Acredita-se que elas possuem uma função catalítica nas subunidades ribossômicas ativas biologicamente reconstitutivas.

Unidades hereditárias funcionais das BACTERIAS.

Subclasse de enzimas que inclui todas as desidrogenases que agem sobre álcoois primários e secundários, bem como sobre hemiacetais. São classificados posteriormente de acordo com o aceptor, que pode ser NAD+ ou NADP+ (subclasse 1.1.1), citocromo (1.1.2), oxigênio (1.1.3), quinona (1.1.5) ou outro aceptor (1.1.99).

Forma tridimensional característica de uma proteína, incluindo as estruturas secundária, supersecundária (motivos), terciária (domínios) e quaternária das cadeias peptídicas. A ESTRUTURA QUATERNÁRIA DE PROTEÍNA descreve a conformação assumida por proteínas multiméricas (agregados com mais de uma cadeia polipeptídica).

Aspecto característico [(dependência)] da atividade enzimática em relação ao tipo de substrato com o qual a enzima (ou molécula catalítica) reage.

Gênero de bactérias cocoides Gram-positivas cujos organismos ocorrem aos pares ou em cadeias. Endosporos não são produzidos. Várias espécies existem como comensais ou parasitas do homem e animais, sendo que algumas espécies são altamente patogênicas. Algumas espécies são saprofíticas e ocorrem no ambiente natural.

Fatores que utilizam energia da hidrólise do GTP a GDP para a elongação da cadeia peptídica. EC 3.6.1.-.

Ácido ribonucleico das bactérias, que tem papéis regulatórios e catalíticos, tanto quanto envolvimento na síntese proteica.

Partes de uma macromolécula que participam diretamente em sua combinação específica com outra molécula.

Taxa dinâmica em sistemas químicos ou físicos.

RNA transportador que é específico para carrear glicina aos sítios dos ribossomos em preparação para a síntese proteica.

Nível de estrutura proteica em que estruturas das proteínas secundárias (alfa hélices, folhas beta, regiões de alça e motivos) se combinam dando origem a formas dobradas denominadas domínios. Pontes dissulfetos entre cisteínas em duas partes diferentes da cadeia polipeptídica juntamente com outras interações entre as cadeias desempenham um papel na formação e estabilização da estrutura terciária. As proteínas pequenas, geralmente são constituídas de um único domínio, porém as proteínas maiores podem conter vários domínios conectados por segmentos da cadeia polipeptídica que perdeu uma estrutura secundária regular.

Ácido desoxirribonucléico que forma o material genético de bactérias.

Combinação de dois ou mais aminoácidos ou sequências de bases de um organismo ou organismos de tal forma a alinhar áreas das sequências de distribuição das propriedades comuns. O grau de correlação ou homologia entre as sequências é previsto computacionalmente ou estatisticamente, baseado nos pesos determinados dos elementos alinhados entre as sequências. Isto pode servir como um indicador potencial de correlação genética entre os organismos.

Um produto alimentício de leite ligeiramente ácido produzido por fermentação devido à ação combinada de Lactobacillus acidophilus e Streptococcus thermophilus.

Intermediários na biossíntese proteica. Os compostos são formados a partir de aminoácidos, ATP e RNA de transferência, uma reação catalisada pela aminoacil RNAt sintetase. São compostos críticos no processo de tradução genética.

Enzima que ativa o ácido aspártico com seu RNA de transferência específico. EC 6.1.1.12.

Subunidade menor dos RIBOSSOMOS de eubactérias. É composta por RNA RIBOSSÔMICO 16S e aproximadamente 23 PROTEÍNAS RIBOSSÔMICAS diferentes.

Região de uma enzima que interage com seu substrato causando uma reação enzimática.

Forma e arranjo tridimensional característicos de proteínas multiméricas (agregados com mais de uma cadeia polipeptídica).

Proteínas preparadas através da tecnologia de DNA recombinante.

Fatores proteicos necessários unicamente durante a fase de elongamento da síntese proteica.

Análogo da URIDINA fotoativável que é utilizado como marcador de afinidade.

Arranjo espacial dos átomos de um ácido nucleico (ou de um polinucleotídeo) que resulta em sua forma tridimensional característica.

Processo pelo qual substâncias endógenas ou exógenas ligam-se a proteínas, peptídeos, enzimas, precursores proteicos ou compostos relacionados. Medidas específicas de ligantes de proteínas são usadas frequentemente como ensaios em avaliações diagnósticas.

Nível da estrutura proteica em que, ao longo de uma sequência peptídica, há interações por pontes de hidrogênio; [estas interações se sucedem] regularmente [e envolvem] segmentos contíguos dando origem a alfa hélices, filamentos beta (que se alinham [lado a lado] formando folhas [pregueadas] beta), ou outros tipos de espirais. Este é o primeiro nível de dobramento [da cadeia peptídica que ocorre] na conformação proteica.

Rompimento das ligações não covalentes e/ou dissulfídicas responsáveis pela manutenção da forma tridimensional e da atividade da proteína nativa.

Pequenas moléculas de RNA com 73-80 nucleotídeos que atuam durante a TRADUÇÃO GENÉTICA para alinhar os AMINOÁCIDOS nos RIBOSSOMOS em uma sequência determinada pelo RNA MENSAGEIRO. Há cerca de 30 RNAs de transferência diferentes. Cada um reconhece um grupo específico de CÓDON no RNAm através de seu ANTICÓDON e como RNA transportadores de aminoacil (RNA DE TRANSFERÊNCIA DE AMINOACIL), cada um transporta um aminoácido específico para o ribossomo para adicionar às cadeias peptídicas que estão se formando.

Dispersão de raios-x pela matéria, especialmente cristais, que acompanha a variação da intensidade devido a efeitos de interferência. A análise da estrutura cristalográfica das substâncias é feita pela passagem de raios-x através delas e do registro de difração da imagem dos raios (CRISTALOGRAFIA POR RAIOS X).

Proteínas obtidas de ESCHERICHIA COLI.

Espécie de archaea halofílica que se distingue pela produção de ácido a partir do açúcar. Esta espécie havia sido previamente chamada de Halobacterium marismortui.

RNA transportador que é específico para carrear asparagina aos sítios dos ribossomos em preparação para a síntese proteica.

Fator G para elongação de peptídeos catalisa a translocação de RNAt-peptidil do sítio A para o sítio P dos ribossomos bacterianos, por um processo ligado à hidrólise de GTP a GDP.

Dissacarídeo que consiste de duas unidades de glucose na ligação glicosídica alfa (1-6).

Soma do peso de todos os átomos em uma molécula.

Estruturas multicomponentes encontradas no CITOPLASMA de todas as células, e nas MITOCÔNDRIAS e PLASTÍDIOS. Atuam na BIOSSÍNTESE DE PROTEÍNAS por meio da TRADUÇÃO GENÉTICA.

Metabólito da principal via bioquímica da lisina. Antagoniza a atividade neuroexcitatória modulada pelo receptor de glutamato, N-METILASPARTATO (NMDA).

ATPases próton-translocadoras que estão envolvidas na acidificação de diversos compartimentos intracelulares.

Subunidade maior do ribossomo 70S de eubactérias. É composta pelo RNA RIBOSSÔMICO 23S, RNA RIBOSSÔMICO 5S e aproximadamente 37 PROTEÍNAS RIBOSSÔMICAS diferentes.

RNA transportador que é específico para carrear ácido aspártico aos sítios dos ribossomos em preparação para a síntese proteica.

Nucleotídeo guanina que contém dois grupos fosfato esterificados à molécula de açúcar.

Processo de vários estágios que inclui clonagem, mapeamento físico, subclonagem, determinação da SEQUÊNCIA DE DNA e análise de informação.

Moléculas extracromossômicas, geralmente de DNA CIRCULAR, que são autorreplicantes e transferíveis de um organismo a outro. Encontram-se em uma variedade de bactérias, Archaea, fungos, algas e espécies de plantas. São usadas na ENGENHARIA GENÉTICA como VETORES DE CLONAGEM.

Amplo grupo de bactérias aeróbicas que se mostram róseas (negativas) quando tratadas pelo método da coloração de Gram. Isto ocorre, pois a parede celular das bactérias Gram-negativas tem baixo conteúdo de peptideoglicanos, portanto apresentam baixa afinidade pela cor violeta e alta afinidade pelo corante rosa da safranina.

Não suscetibilidade de bactérias ao antibiótico CANAMICINA, que pode se ligar aos (seus) ribossomos 70s causando erros na leitura do RNA mensageiro.

Qualquer mudança detectável e hereditária que ocorre no material genético causando uma alteração no GENÓTIPO e transmitida às células filhas e às gerações sucessivas.

Enzima mitocondrial que catalisa a descarboxilação oxidativa do isocitrato para formar alfa-cetoglutarato, usando NAD+ como aceptor de elétrons. A reação é o passo-crucial limitador da taxa de reação do ciclo dos ácidos tricarboxílicos. A enzima exige Mg2+ ou Mn2+ e é ativada por ADP, citrato, e Ca2+ e inibida por NADH, NADPH e ATP. (Dorland, 28a ed). EC 1.1.1.41.

Enzima que catalisa a formação de ácido orotidina-5'-fosfórico (ácido orotidílico) a partir de ácido orótico e 5-fosforribosil-1-pirofosfato, no decurso da biossíntese de nucleotídeos de pirimidina. EC 2.4.2.10.

Proteína de reparo com erro de pareamento dirigido por metila, com fraca atividade ATPásica. A proteína MutS foi originalmente descrita em ESCHERICHIA COLI.

Grupo de citocromos com ligações de tioéter covalente, entre as cadeias vinílicas laterais do proto-heme e a proteína, ou ambos.

Facilitação de uma reação química por um material (catalisador) que não é consumido na reação.

Análise matemática rigorosa das relações [entre grandezas] energéticas (calor, trabalho, temperatura e equilíbrio). Descreve sistemas [e processos] cujos estados são caracterizados (determined) por parâmetros térmicos como a temperatura, além de parâmetros mecânicos e eletromagnéticos.

Qualquer dos processos pelos quais os fatores citoplasmáticos ou intercelulares influem no controle diferencial da ação gênica nas bactérias.

Normalidade de uma solução com relação a íons de HIDROGÊNIO, H+. Está relacionada com medições de acidez na maioria dos casos por pH = log 1/2[1/(H+)], onde (H+) é a concentração do íon hidrogênio em equivalentes-grama por litro de solução. (Tradução livre do original: McGraw-Hill Dictionary of Scientific and Technical Terms, 6th ed)

Reação química em que um elétron é transferido de uma molécula para outra. A molécula doadora do elétron é o agente de redução ou redutor; a molécula aceitadora do elétron é o agente de oxidação ou oxidante. Os agentes redutores e oxidantes funcionam como pares conjugados de oxidação-redução ou pares redox (tradução livre do original: Lehninger, Principles of Biochemistry, 1982, p471).

Modificação hereditária das propriedades de uma bactéria competente a partir do DNA puro de outra fonte. A captação de DNA puro é um fenômeno que ocorre naturalmente em algumas bactérias. Frequentemente a transformação bacteriana é usada em TÉCNICAS DE TRANSFERÊNCIA DE GENES.

Cadeias simples de aminoácidos que são as unidades das PROTEÍNAS multiméricas. As proteínas multiméricas podem ser compostas por subunidades idênticas ou não idênticas. Uma ou mais subunidades monoméricas podem compor um protômero, que em si é uma subunidade de um grupo maior.

Processo pelo qual duas moléculas da mesma composição química formam um produto de condensação ou polímero.

MUTAGÊNESE geneticamente construída em um ponto específico na molécula de DNA que introduz uma substituição, inserção ou deleção de uma base.

Alteração da polarização planar à elíptica quando uma onda de luz inicialmente polarizada no plano atravessa um meio oticamente ativo.

Proteína do grupo I das chaperoninas que forma a estrutura semelhante à tampa que abriga a cavidade não polar do complexo de chaperonina. A proteína foi originalmente estudada em BACTÉRIAS, onde é habitualmente chamada de proteína GroES.

Enzima que ativa o ácido glutâmico com seu RNA de transferência específico. EC 6.1.1.17.

Enzima que ativa a serina com seu RNA de transferência específico. EC 6.1.1.11.

Enzima que ativa a treonina com seu RNA de transferência específico. EC 6.1.1.3.

Processo de clivar um composto químico pela adição de uma molécula de água.

Sequências curtas (geralmente em torno de 10 pares de bases) de DNA que são complementares à sequência do RNA mensageiro e permite a transcriptase reversa, copiando as sequências adjacentes de RNAm. Os primers são utilizados largamente em técnicas de biologia molecular e genética.

Grupo de enzimas que catalisa a hidrólise de ATP. A reação de hidrólise é geralmente acoplada com outra função, como transporte de Ca(2+) através de uma membrana. Estas enzimas podem ser dependentes de Ca(2+), Mg(2+), ânions, H+ ou DNA.

Ácidos glicéricos referem-se a um conjugado ácido formado quando o glicerol, um álcool trifuncional, reage com um ou mais ácidos, geralmente ácidos carboxílicos, resultando em ésteres de glicerol. Embora este termo seja às vezes usado em bioquímica, é raramente encontrado na literatura médica moderna. Em medicina, os termos "monoglicéridos", "diglicéridos" e "triglicérides" são mais comumente empregados para descrever ésteres de glicerol específicos com diferentes graus de acilação.

Grau de semelhança entre formas tridimensionais de proteínas. Pode ser uma indicação de pouca HOMOLOGIA DE SEQUÊNCIA DE AMINOÁCIDOS e usado para DESENHO DE DROGAS racional.

Gênero de cocus Gram-positivos, aeróbicos, encontrados no solo, altamente resistentes à radiação (especialmente à RADIAÇÃO IONIZANTE). O Deinococcus radiodurans é o representante da espécie.

Enzima que catalisa a hidrólise de resíduos terminais não redutores de alfa-D-galactose em alfa-galactosídeos, incluindo oligossacarídeos de galactose, galactomananas e galactolipídeos.

Constituinte da subunidade 50S dos ribossomos procarióticos contendo cerca de 3200 nucleotídeos. O RNAr 23S encontra-se envolvido no início da síntese polipeptídica.

Enzima que ativa a glicina com seu RNA de transferência específico. EC 6.1.1.14.

Enzima que ativa a metionina com seu RNA de transferência específico. EC 6.1.1.10.