Topoisomerasas de ADN Tipo I
Enzima que cataliza la ruptura independiente de ATP de un ADN de cadena simple, seguida por el paso y reagrupamiento de otra hebra simple del ADN. Esta clase de enzima realiza la conversión de un topoisómero de ADN en otro, por ejemplo, el relajamiento de las vueltas superhelicoidales en el ADN, la interconversión de anillos simples y nodulares del ADN de cadena simple y el entrelazamiento de anillos de cadena simple de secuencias complementarias. EC 5.99.1.2.
Topoisomerasas de ADN Tipo II
Enzima que requiere ATP y que, en presencia de iones magnesio, introduce superenrollamientos negativos en ADN de cadena doble cerrados y posiblemente lineales. La enzima interviene en la replicación y en la transcripción del ADN. Provoca el almacenamiento de energía de presión mecánica en las vueltas superhelicoidales del ADN, a expensas de la hidrólisis del ATP. EC 5.99.1.3.
Topoisomerasas de ADN
Enzimas que regulan la topología del ADN mediante acciones como la rotura, relajación, paso y reunión de las cadenas de ADN en las células. Estas enzimas son componentes importantes del sistema de replicación del ADN. Se clasifican por las especificidades del sustrato. Las enzimas TOPOISOMERASAS DE ADN TIPO I actuan sobre una cadena única del ADN. Las enzimas TOPOISOMERASAS DE ADN TIPO II actuan sobre cadenas dobles de ADN.
Inhibidores de Topoisomerasa II
Compuestos que inhiben la actividad de las TOPOISOMERASAS DE ADN TIPO II. Incluidos en esta categoría hay una variedad de ANTINEOPLÁSICOS que se dirigen a la forma eucariota de la topoisomerasa II y ANTIBACTERIANOS que se dirigen a la forma procariota de la topoisomerasa II.
Inhibidores de Topoisomerasa
Compuestos que inhiben la actividad de las TOPOISOMERASAS del ADN.
Inhibidores de Topoisomerasa I
Compuestos que inhiben la actividad de la TOPOISIMERASA I del ADN.
ADN Superhelicoidal
ADN duplex circular aislado a partir de los virus, bacterias y mitocondrias en forma superenrrollada o superdoblado. Este ADN superhelicoidal es rico en energía libre. Durante la transcripción, la magnitud de la iniciación es proporcional a la superhelicoidalidad del ADN.
Amsacrina
Derivado de la aminoacridina que intercala hacia el ADN y usado como agente antineoplásico.
ADN Encadenado
ADN CIRCULAR que está entrelazado como uniones de una cadena. Es usado como un ensayo para la actividad de las TOPOISOMERASAS DE ADN. El ADN encadenado se diferencia del ADN CONCATENADO en que aquel la unión es eslabón a eslabón y en éste la unión es final con final.
Catenanos
Girasa de ADN
ADN topoisomerasa II bacteriano que cataliza la rotura dependiente de ATP de ambos filamentos de ADN, el paso de las hebras continuas a través de las rupturas, y re-uniones de los filamentos rotos. Las uniones de Girasa al ADN como un heterotetrámero consisten en dos subunidades A y dos B. En presencia del ATP, la girasa es capaz de convertir el ADN dúplex circular relajado en una superhélice. En la ausencia del ATP, ADN superenrollado se relajó por la ADN girasa.
Topoisomerasa de ADN IV
Topoisomerasa bacteriana de ADN II que cataliza la rotura dependiente de ATP de ambas hebras de ADN, el paso de hebras sin romper a través de las roturas y la unión, de nuevo, de las hebras rotas. La topoisomerasa IV se une al ADN como heterodímero que consta de dos subunidades parC y 2 subunidades parE. La topoisomerasa IV es una enzima separadora de los cromosmas hijos entrelazados tras la replicación del ADN.
Tenipósido
Un derivado semi-sintético de la PODOFILOTOXINA que exhibe actividad antitumoral. Tenipósido inhibe la síntesis de ADN mediante la formación de un complejo con la topoisomerasa II y el ADN. Este complejo induce rupturas en el ADN de cadena doble e impide su reparación mediante el enlace con la topoisomerasa II. Los pedazos acumulados de ADN impiden que las células entren en la fase mitótica del ciclo celular, provocando la muerte de la célula. El tenipósido actúa primariamente en las fases G2 y S del ciclo celular.
Novobiocina
Compuesto antibiótico derivado del Streptomyces niveus. Tiene una estructura química similar a la cumarina. La novobiocina se une a la ADN girasa, y bloquea la actividad de la adenosina trifosfatasa (ATPasa). (Traducción libre del original: Reynolds, Martindale The Extra Pharmacopoeia, 30th ed, p189)
ADN
Polímero de desoxirribonucleótidos que es el material genético primario de todas las células. Los organismos eucarióticos y procarióticos contienen normalmente ADN en forma de doble cadena, aunque en varios procesos biológicos importantes participan transitoriamente regiones de una sola cadena. El ADN, que consiste de un esqueleto de poliazúcar-fosfato posee proyecciones de purinas (adenina y guanina) y pirimidinas (timina y citosina), forma una doble hélice que se mantiene unida por puentes de hidrógeno entre estas purinas y pirimidinas (adenina a timina y guanina a citosina).
Conformación de Ácido Nucleico
Escherichia coli
Especie de BACILOS GRAMNEGATIVOS ANEROBIOS FACULTATIVOS que suelen encontrarse en la parte distal del intestino de los animales de sangre caliente. Por lo general no son patógenos, pero algunas cepas producen DIARREA e infecciones piógenas. Las cepas patógenos (viriotipos) se clasifican según sus mecanismos patógenos específicos, como toxinas (ESCHERICHIA COLI ENTEROTOXÍGENA).
Camptotecina
Un alcaloide aislado de la madera del tallo del árbol chino, Camptotheca acuminata. Este compuesto inhibe selectivamente la enzima nuclear ADN TOPOISOMERASA. Varios análogos semisintéticos de la camptotecina han demostrado tener actividad antitumoral.
Células Eucariotas
ADN Circular
Cualquiera de las moléculas de ADN covalentemente cerradas que se encuentran en bacterias, muchos virus, mitocondrias, plástidos, y plásmidos. También se han observado ADNs pequeños, circulares y polidispersos en un número de organismos eucarióticos y se ha sugerido que tienen homología con el ADN cromosómico y en la capacidad de insertarse en él, y escindirse del ADN cromosómico. Es un fragmento de ADN formado por un proceso de formación y de deleción de un asa , que contiene una región constante de la cadena pesada mu y la parte 3 de la región de cambio mu. El ADN circular es un producto normal de la reordenación entre los segmentos del gen que codifica las regiones variables de las cadenas ligeras y pesadas de las inmunoglobulinas, así como de los receptores de las células T.
Modelos Moleculares
Plásmidos
Moléculas extracromosómicas generalmente de ADN CIRCULAR que son auto-replicantes y transferibles de un organismo a otro. Se encuentran en distintas especies bacterianas, arqueales, micóticas, de algas y vegetales. Son utilizadas en INGENIERIA GENETICA como VECTORES DE CLONACION.
Secuencia de Bases
Datos de Secuencia Molecular
Descripciones de secuencias específicas de aminoácidos, carbohidratos o nucleótidos que han aparecido en lpublicaciones y/o están incluidas y actualizadas en bancos de datos como el GENBANK, el Laboratorio Europeo de Biología Molecular (EMBL), la Fundación Nacional de Investigación Biomédica (NBRF) u otros archivos de secuencias.
Replicación del ADN
Los procesos mediante los cuales las dos cadenas de la doble hélice del ADN se separan, permitiendo que cada cadena actúe como plantilla para la síntesis de una cadena complementaria mediante el pareamiento de bases específicas. Comprende la replicación autónoma pero no la REPLICACION VIRAL.
Catálisis
Inhibidores Enzimáticos
Daño del ADN
Lesiones en el ADN que introducen distorsiones de su estructura normal intacta y que puede, si no se restaura, dar lugar a una MUTACIÓN o a un bloqueo de la REPLICACIÓN DEL ADN. Estas distorsiones pueden estar causadas por agentes físicos y químicos y se producen por circunstancias introducidas, naturales o no. Estas incluyen la introducción de bases ilegítimas durante la replicación o por desaminación u otra modificación de las bases; la pérdida de una base del ADN deja un lugar abásico; roturas de filamentos únicos; roturas de filamentos dobles; intrafilamentoso (DÍMEROS DE PIRIMIDINA) o uniones cruzadas interfilamentosas. El daño con frecuencia puede ser reparado (REPARACIÓN DEL ADN). Si el daño es grande, puede inducir APOPTOSIS.
Especificidad por Sustrato
Proteínas de Unión al ADN
Sitios de Unión
Saccharomyces cerevisiae
Secuencia de Aminoácidos
División del ADN
Reacción que rompe una de las uniones covalentes de azucar-fosfato entre NUCLEÓTIDOS constituyentes de la columna azucar-fosfato del ADN. Esta reacción está catalizada por enzimas, por compuestos químicos o por radiación. La división puede ser exonucleótica, con eliminación del nucleótido del final, o endonucleótica, dividiendo la cadena en dos.
Adenosina Trifosfato
Elipticinas
Pirido-CARBAZOLES descubiertos originariamente en la corteza de la OCHROSIA. Inhiben la síntesis del ADN y el ARN y tienen propiedades inmunosupresoras.
Colágeno Tipo II
Aminoacridinas
Quinolonas
Crithidia
Fluoroquinolonas
Grupo de QUINOLONAS que poseen, al menos, un átomo de cloro y un grupo piperacinilo.
ADN de Cinetoplasto
ADN de cinetoplastos que son MITOCONDRIAS especializadas de los tripanosomas y de protozoos parasitarios relacionados dentro del orden CINETOPLASTIDA. El ADN de Cinetoplastos está constituido por una red compleja de numerosos anillos concatenados de dos clases; el primero es un gran número de pequeños anillos de ADN duplex, llamados minicírculos, con aproximadamente 2000 pares de base en longitud, y la segunda son varias docenas de anillos mucho más largos, llamados maxicírculos, de aproximadamente 37 kb en longitud.
Aminocumarinas
CUMARINAS con un grupo amino, ejemplificadas por la NOVOBIOCINA.
Sustancias Intercalantes
Antiinfecciosos
Etopósido
Derivado semi-sintético de la PODOFILOTOXINA que muestra actividad antitumoral. El etopósido inhibe la síntesis de ADN formando un complejo con la topoisomerasa II y el ADN. Ese complejo induce rupturas en el ADN de doble cuerda e impide la reparación mediante el enlace de la toposimerasa II. Rupturas acumuladas en el ADN impiden la entrada en la fase mitótica de la división celular y conduce a la muerte celular. El etopósido actúa primariamente en las fases G2 y S del ciclo celular.
Naftiridinas
Antígenos de Neoplasias
Indenos
Mutación
Recombinasas
4-Quinolonas
QUINOLONAS con un grupo 4-oxo (carbonilo en posición para unido al nitrógeno). Estos compuestos inhiben la subunidad A de la GIRASA DE ADN y se utilizan como antimicrobianos. La segunda generación de 4-quinolonas también están sustituidas con un grupo 1-piperacinilo en posición 7 y un átomo de flúor en posición 6.
Sulfolobus
Género de cocos ARCHAEA aeróbicos, quemolitotróficos cuyos organismos son termoacidofílicos. Sus células tienen forma muy irregular, a menudo lobuladas, pero ocasionalmente esféricas. Tienen una distribución mundial con organismos aislados de suelos calientes acídicos y del agua. El azufre se utiliza como fuente de energía.