DEAD-box RNA helicases are a subfamily of RNA helicases, which are enzymes that use ATP hydrolysis to unwind double-stranded RNA molecules or remodel RNA-protein complexes. DEAD-box helicases are named after the conserved amino acid sequence motif "DEAD" (Asp-Glu-Ala-Asp) found in their catalytic core, which is involved in ATP binding and hydrolysis.

These helicases play crucial roles in various aspects of RNA metabolism, including pre-mRNA splicing, ribosome biogenesis, translation initiation, RNA decay, and RNA transport. They can also function as regulators of other cellular processes such as transcription, DNA replication, and stress response.

DEAD-box helicases have been implicated in several human diseases, including cancer, neurological disorders, and viral infections. Therefore, understanding their structure, function, and regulation is essential for developing new therapeutic strategies to target these conditions.

RNA-helikaser är ett enzym som kan separera dubbelsträngat RNA (dsRNA) till enkelsträngat RNA (ssRNA). Helikasen behövs för att utöka den genetiska informationen i RNA:t, så att det kan översättas till protein eller användas som matris för syntes av komplementärt DNA. RNA-helikaser fungerar genom att hydrolysera nukleotidbindningarna mellan basparen i dsRNA och på så sätt separera de två strängarna från varandra. Processen kräver energi, som tillförs genom hydrolys av ATP till ADP och fosfat. RNA-helikaser deltar i flera cellulära processer, inklusive transkription, splicing, translation och RNA-interferens.

eIF-4A är en proteinaktör som spelar en viktig roll i den initiala fasen av eukaryot cellulär proteintranslationsprocess. Det är en del av ett stort multiproteinkomplex, känt som eIF4F, som hjälper till att initiera translationsprocessen genom att binda till 5'-änden av mRNA (messenger RNA) och främja dess association med de övriga komponenterna i translationsmaskineriet.

eIF-4A är en RNA-helikas, vilket betyder att det kan använda ATP (adenosintrifosfat) som energikälla för att lösa upp sekundärstrukturer i mRNA, såsom hårslängar och stammen-loop-strukturer. Detta underlättar den efterföljande associationen av 40S-subenheten till mRNA och initieringen av translationsprocessen.

eIF-4A kan även interagera med andra proteiner som eIF4B och eIF4H, vilka kan modifiera dess aktivitet och bidra till att öka dess affinitet för RNA. Dessa interaktioner är viktiga för att reglera den translationsinitieringsprocessen och säkerställa korrekt proteinuttryck i cellen.

En DNA-helikase är ett enzym som bryter de vätebindningar som håller samman dubbelstängeln i DNA-molekylen, så att den kan öppnas och separeras till två enskilda stänglar. Denna process är nödvändig under celldelningen för att replikera DNA och skapa två identiska kopior av genomet inför cellernas delning. DNA-helikaser använder energibärande molekyler, till exempel ATP, för att kunna bryta de vätebindningar som håller samman baspar i DNA-dubbelstängeln och på så sätt separera dem. Medicinskt sett är DNA-helikaser viktiga för att förstå och behandla sjukdomar orsakade av mutationer eller felaktig funktion hos dessa enzymer.

DEAD-box protein 20 (DDX20) is a member of the DEAD-box family of RNA helicases, which are proteins that use ATP hydrolysis to unwind RNA molecules and play important roles in various aspects of RNA metabolism. DDX20, also known as p68 or DP103, is involved in several cellular processes including transcription, pre-mRNA splicing, ribosome biogenesis, and miRNA processing.

DDX20 contains several conserved domains, including the DEAD-box domain, which is responsible for ATP binding and hydrolysis, as well as an RGG box that binds to RNA. DDX20 can interact with various protein partners, such as transcription factors and other RNA-binding proteins, to regulate gene expression and RNA processing.

Mutations in the DDX20 gene have been associated with human diseases, including intellectual disability, developmental delay, and congenital anomalies. Additionally, DDX20 has been implicated in the pathogenesis of certain cancers, such as acute myeloid leukemia (AML) and breast cancer.

RNA, eller Ribonukleinsyre, er et biomolekyle som spiller en viktig rolle i livsprosessene i levende organismer. Det er relatert til DNA (DNA), men har en slik struktur og funksjon som gjør det unikt.

RNA består av en lineær kjenke av nukleotider, som inneholder fire forskjellige baser: adenin (A), uracil (U), guanin (G) og cytosin (C). Disse basene parrer seg med hverandre ved hydrogenbindinger, slik at A parer med U og G parer med C.

Det finnes tre hovedtyper av RNA:

1. Messenger RNA (mRNA): Denne typen RNA transporterer genetisk informasjon fra DNA til ribosomene, hvor proteinsyntesen skjer.
2. Transfer RNA (tRNA): Dette er et lite RNA-molekyle som transporterer aminosyrer til ribosomen under proteinsyntesen. Hver tRNA har en specifik antall-basparring som passer med en specifik aminosyre.
3. Ribosomalt RNA (rRNA): Dette er en del av ribosomet, som er et kompleks molekyle der proteinsyntesen skjer. rRNA utgjør en viktig del av ribosomets struktur og hjelper til å katalysere reaksjonene som skaper peptidbindinger mellom aminosyrer under proteinsyntesen.

I tillegg til disse tre hovedtyper finnes det også andre typer RNA, som for eksempel small nuclear RNA (snRNA) og microRNA (miRNA), som spiller en viktig rolle i reguleringen av genuttrykk og andre cellulære prosesser.

RecQ-helikaserna är en typ av helikaser, som är en grupp enzymer som kan separera två ståndsjälar i DNA-molekyler. RecQ-helikaserna har fått sitt namn efter det protein som orsakade den genetiska sjukdomen Werner syndrom, som kännetecknas av förtida åldrande och ökad risk för cancer. Det finns flera olika RecQ-helikaser hos människor, inklusive RecQ1, RecQ4, Bloom syndromprotein (BLM) och Werner syndromprotein (WRN). Dessa helikaser spelar en viktig roll i att underhålla stabiliteten i vår genetisk information genom att hjälpa till att reparera skador på DNA. Mutationer i generna som kodar för dessa proteiner kan leda till olika arvsamma sjukdomar, såsom Bloom syndrom, Werner syndrom och Rothmund-Thomson syndrom.

Adenosintriphosphataser (ATPas) er ein type enzym som kan omdanne kjemisk energi til mekanisk arbeid. Disse enzymane aktivitetene foregår i alle levande celler og er nødvendig for flere cellulære prosesser, blant annet transport av ioner over cellemembraner, muskelkontraksjon og fotosyntese.

ATPasen består av to deler: F-delen (fra det engelske ord "folde") som er beliggende inni cellen, og A-delen (fra det engelske ord "arm") som er beliggende på cellens overflate. F-delen inneholder et aktivt sted der ATP omdannes til ADP og en fosfatgruppe, samtidig som energi frigjores. Denne energien brukes deretter av A-delen for å pumpe ioner over cellemembranen mot ein gradient.

Det finst flere typer av ATPaser, men de to mest viktige er:

1. F-type ATPase (F-ATPase): Dette er den type ATPase som forekommer i mitokondrien og kloroplasten. I mitokondrien brukes den til å generere elektrisk potentiale over mitokondriens indre membran, noe som igjen brukes for å produsere ATP. I kloroplasten brukes den til å pumpe protoner (H+) ut av thylakoidmembranet under fotosyntesen.
2. P-type ATPase: Dette er en type ATPase som forekommer i cellemembranen og pumper likevel ioner over membranen, men den gjør dette ved å bruke energi fra ATP for å endre konformasjonen sitt. Den mest viktige P-type ATPasen er Na+/K+-ATPase som pumper natrium (Na+) ut og potassium (K+) inn over cellemembranen, noe som er viktig for å holde cellefluida i balanse.

I tillegg til disse to typene finst det også andre typer av ATPasar, som V-type ATPase og A-type ATPase, men de er mindre viktige enn de to overnævnte.

Molekylsekvensdata (molecular sequencing data) refererer til de resultater som bliver genereret når man secvenserer DNA, RNA eller proteiner i molekylærbiologien. Det innebærer typisk en række af nukleotider (i DNA- og RNA-sekvensering) eller aminosyrer (i proteinsekvensering), der repræsenterer den specifikke sekvens af gener, genetiske varianter eller andre molekyler i et biologisk prøve.

DNA-sekvensdata kan f.eks. anvendes til at identificere genetiske varianter, undersøge evolutionæ forhold og designe PCR-primerer. RNA-sekvensdata kan bruges til at studere genudtryk, splicevarianter og andre transkriptionelle reguleringsmekanismer. Proteinsekvensdata er vigtige for at forstå proteinstruktur, funktion og interaktioner.

Molekylsekvensdata kan genereres ved hjælp af forskellige metoder, herunder Sanger-sekvensering, pyrosekvensering (454), ion torrent-teknikker, single molecule real-time (SMRT) sekvensering og nanopore-sekvensering. Hver metode har sine styrker og svagheder, og valget af metode afhænger ofte af forskningens specifikke behov og ønskede udbytte.

RNA-nukleotidyltransferaser är en grupp enzymer som katalyserar additionen av nukleotider till 3'-slutet av RNA-molekyler. Dessa enzymer spelar en viktig roll i syntesen och regenerationen av olika typer av RNA, inklusive messenger RNA (mRNA), ribosomalt RNA (rRNA) och transfer RNA (tRNA). RNA-nukleotidyltransferaser kan vara non-template-beroende eller template-beroende beroende på om de använder en matris för att specificera den sekvens av nukleotider som ska läggas till RNA-molekylen. Dessa enzymer är viktiga för cellulär homöostas och kan vara involverade i patologiska processer, såsom cancer och neurologiska sjukdomar.

En aminosyrasekvens är en rad av sammanfogade aminosyror som bildar ett protein. Varje protein har sin unika aminosyrasekvens, som bestäms av genetisk information i DNA-molekylen. Den genetiska koden specificerar exakt vilka aminosyror som ska ingå i sekvensen och i vilken ordning de ska vara placerade.

Aminosyrorna i en sekvens är sammanbundna med peptidbindningar, vilket bildar en polymer som kallas ett peptid. När antalet aminosyror i en peptid överstiger cirka 50-100 talar man istället om ett protein.

Aminosyrasekvensen innehåller information om proteinet och dess funktion, eftersom den bestämmer proteins tertiärstruktur (hur aminosyrorna är hopfogade i rymden) och kvartärstruktur (hur olika peptidkedjor är sammansatta till ett komplext protein). Dessa strukturer påverkar proteinet funktion, eftersom de avgör hur proteinet interagerar med andra molekyler i cellen.

RNA (Ribonucleic acid) är ett samlingsnamn för en grupp molekyler som spelar en central roll i cellens proteinsyntes och genuttryck. Det finns olika typer av RNA, men en specifik typ kallas just budbärarrNA (mRNA, messenger RNA). BudbärarrNA har till uppgift att transportera genetisk information från cellkärnan till ribosomen i cytoplasman, där den används för att bygga upp proteiner enligt instruktionerna i genomet. På så sätt fungerar budbärarrNA som ett slags "budbärare" av genetisk information mellan cellkärnan och ribosomen.

'Saccharomyces cerevisiae' er en art av gjennomgående levende svamp, også kjent som bakerens gær. Proteiner i S. cerevisiae refererer til de forskjellige typer proteinmolekyler som produseres av denne organisasjonen. Disse proteinenene spiller mange forskjellige roller i cellens funksjon, inkludert strukturelle, enzymatiske og regulatoriske funksjoner. Nogen av disse proteinene kan også ha mediskje vital betydning for mennesker, særlig når det gjelder bakeri- og ølfermentasjon, ettersom de er involvert i prosessen til å omdanne sukker til alkohol og kultivering av dough. Proteiner fra S. cerevisiae brukes også i biomedisinske forskningsområder, særlig når det gjelder studier av celullær prosesser som kan være relevante for menneskelig sykdom.

RNA-spjletting (også kalt RNA-splejsning) er en biokjemisk proces, der foregår i celler under transkriptionen af DNA til mRNA. Under denne proces klippes og limes forskellige dele af det originale RNA-molekyle sammen på ny, hvilket resulterer i et modificeret mRNA-molekyle, der kan oversættes til protein.

Under RNA-spjlettingen identificeres og fjerner man specielle sekvenser kaldet introner fra det oprindelige RNA-molekyle, som ikke skal være med i det endelige mRNA-molekyle. De resterende dele af RNA-molekylet, kaldet exoner, klippes og limes sammen på ny for at danne det endelige mRNA-molekyle.

Denne proces er vigtig for at sikre at det rigtige protein bliver syntetiseret fra et givent gen, da intronerne ofte ikke har nogen funktion i proteinsyntesen og kan påvirke proteinet negativt hvis de inkluderes. RNA-spjletting er en kompleks proces, der involverer flere forskellige enzymer og reguleringsmekanismer for at sikre at den foregår korrekt.

Ribonukleoproteiner (RNP) är komplexa molekyler som består av RNA-molekyler som är associerade med proteiner. De har en central roll i cellens biologiska processer, såsom RNA-syntes, transport, lagrande och nedbrytning.

Det finns olika typer av RNP:er, inklusive ribosomer, spliceosomer, snRNP:er (små jämna nucleära RNP:er) och hnRNP:er (heterogena kärnära RNP:er). Varje typ av RNP har en specifik uppsättning proteiner som interagerar med RNA-molekylen för att utföra dess funktion.

Ribosomer är exempel på RNP:er som hjälper till att syntetisera proteinerna i cellen. De består av två subenheter, varav den stora subenheten innehåller tre RNA-molekyler och cirka 50 proteiner, medan den lilla subenheten innehåller en RNA-molekyl och cirka 30 proteiner.

Spliceosomer är andra exempel på RNP:er som hjälper till att bearbeta RNA-molekyler genom att klippa bort icke-kodande sekvenser (introner) och klistra samman de kvarvarande kodande sekvenserna (exonerna). De består av fem snRNP:er, var och en med en unik RNA-molekyl och ett antal proteiner.

I allmänhet är Ribonukleoproteiner viktiga molekyler som hjälper till att reglera genuttryck och underlätta olika cellulära processer i både pro- och eukaryota celler.