Isoantikroppar är antikroppar som bildas i kroppen när främmande, icke-självproteiner (antigener) introduceras i individens blodkretslopp. I sjukvården används begreppet ofta för att beskriva antikroppar som reagerar mot antigener på cellernas yta, särskilt vid transfusioner och transplantationer.

I en medicinsk kontext refererar isoantikroppar vanligtvis till antikroppar som är specificerade för ABO-systemet eller Rh-systemet hos röda blodkroppar. Dessa system innehåller antigener på ytan av röda blodkroppar, och när en individ exponeras för ett främmande antigen i dessa system kommer deras immunförsvar att producera specifika isoantikroppar för att bekämpa det.

Ibland kan isoantikroppar också bildas som en reaktion på graviditet, där moderns kropp producerar antikroppar mot fetusens röda blodkroppar om de har olika ABO- eller Rh-blodgrupper. Detta kan leda till komplikationer som hemolytisk anemi hos det nyfödda barnet.