'Kol-svavellyaser' er en samlebetegnelse for organiske forbindelser som inneholder både kol (carbon) og svovl (sulfur). Disse forbindelsene har ofte en keten- eller tiorganstruktur, der vil si at de består av en kjede med kolatomer som er bundet til hverandre via svovlatomer. Kol-svavellyasere kan være naturlige forekomster, som i fallet med garleis (diallyldisulfid), men de fleste er syntetiske og brukes blant annet som industrikjemittel eller i medisinen. I medisinen kan kol-svavellyasere for eksempel brukes som antibakterielle midler, antioxidanter eller i kirurgiske applikasjoner.

'Kol-svavliga gaser' är ett samlingsbegrepp för gaser som innehåller kol och svavel. Dessa gaser kan vara farliga för människors hälsa och miljön. Exempel på kol-svavliga gaser är svaveldioxid (SO2), metan (CH4) och koldioxid (CO2). Svaveldioxid är en luftförorening som främst orsakas av förbränning av fossila bränslen, såsom kol och olja. Den kan leda till surt regn och andningsproblem hos människor och djur. Metan är en kraftigt växthusgas som främst produceras genom nedbrytning av organiskt material i våtmarker och tillsammans med kolet från fossila bränslen orsakar den en förvärmning av jordens atmosfär. Koldioxid är också en växthusgas som främst produceras genom förbränning av fossila bränslen och som bidrar till den globala uppvärmningen.

I en medicinsk kontext är en lyas ett enzym som bryter ned (hydrolyserar) en substratmolekyl genom att eliminera en grupp, ofta vatten, och bildar två produktmolekyler. Lyaserer katalyserar reaktioner där en dubbelbindning brutits upp, till exempel mellan kolatomerna i ett kolhydrat eller en fettsyra. Det finns olika typer av lyaser beroende på vilken typ av bindning som hydrolyseras. Exempel på lyaser inkluderar dezymiperoxidas, kinas och proteas.

Kondroitinlyaser är en typ av enzymer som bryter ned kondroitinsulfat, ett slags proteoglikan som förekommer i extracellulär matris i vävnader hos djur. Kondroitinsulfat består av en repeaterenhet av sockermolekyler som inkluderar glukoronsyra och N-acetylgalaktosamin, som kan variera i längd och modifieringar.

Kondroitinlyaser katalyserar specifikt hydrolysen av den glykosidiska bindningen mellan dessa sockermolekyler, vilket resulterar i att de små fragmenten som frigörs kan användas för att analysera strukturen och sammansättningen av kondroitinsulfat i olika biologiska prover. Dessa enzymer har potentialen att användas inom forskning och medicin, till exempel för att behandla sjukdomar som beror på felaktigheter i extracellulär matris, såsom vissa former av artros.

'Pectobacterium chrysanthemi' är en art av gramnegativa, aeroba stavformade bakterier som tillhör familjen Pectobacteriaceae. Dessa bakterier är kända för att orsaka rotdagningssjukdomar hos en rad olika grödor, inklusive potatis, tomat, gurka och flera andra grönsaker. De producerar enzymer som bryter ner växtcellväggarna, vilket orsakar mjuka, vattendränkta nekros (död) områden på plantorna.

Bakterien 'Pectobacterium chrysanthemi' är speciellt känd för att orsaka sjukdomen "bacillär rotnekrös" hos potatis, som kan leda till stora skördeförluster. Denna sjukdom karaktäriseras av mjuka, bruna eller svarta nekrotiska fläckar på rotknölarna och en kraftig nedbrytning av vävnaden i de drabbade områdena.

För att undvika spridningen av 'Pectobacterium chrysanthemi' och andra liknande bakterier kan odlare använda sig av god jordhygien, rotationsodling och skötsam hantering av växtmaterial. Det är också viktigt att undvika att överföra bakterier mellan plantor genom kontaminering av redskap eller arbetshandskar.

'Kondroitinaser' och 'kondroitinlyaser' är två grupper av enzym som båda har kapaciteten att bryta ned kondroitinsulfat, ett typiskt sockerartat komponent i brosk, hjärnvävnad och andra typer av bindväv.

Kondroitinaser är en grupp av specifika enzymer som katalyserar hydrolysen av kondroitinsulfat till disackarider med negativt laddning. Dessa enzymer används ofta i forskningssyfte för att analysera strukturen och sammansättningen av proteoglykaner, som är viktiga beståndsdelar i extracellulära matriser.

Kondroitinlyaser däremot är en grupp av enzymer som katalyserar elimineringsreaktioner av sockerarterna i kondroitinsulfat, vilket resulterar i bildandet av oligosackarider med positivt laddning. Dessa enzymer används ofta inom medicinen för att behandla sjukdomar som beror på felaktig accumulering eller nedbrytning av proteoglykaner, såsom vissa former av artros och andra ledsjukdomar.

Pektin är ett komplext kolhydrat som förekommer naturligt i växter, särskilt i frukt och grönsaker. Det består huvudsakligen av polymerer av galakturonsyra som är kopplade till varandra med esterbindningar.

I medicinsk kontext kan pektin användas som en lindring vid diarré, eftersom det har förmågan att bilda ett geléartat material i tarmarna när det kommer i kontakt med vatten. Detta hjälper till att bromsa avföringens hastighet och öka stolsupplagret, vilket kan vara användbart för personer som lider av akut eller kronisk diarré.

Pektin förekommer ofta i form av pulver eller tabletter och kan tas oralt. Det är vanligen väl tolererat, men kan i sällsynta fall orsaka biverkningar som flatulens och magont.

Fykobiliproteiner är ett slags protein som innehåller kromoforer och förekommer hos cyanobakterier och rödalger. De är vattenlösliga färgproteiner som absorberar ljus i olika delar av det synliga spektret och överför energin till fotosyntesen. Fykobiliproteinerna är bundna till yttre membranet hos thylakoider, där de bildar komplex med varandra och med andra proteiner för att skapa fykobilisomer. Det finns två huvudtyper av fykobiliproteiner: fykocyaniner (blå) och fykoerytrin (röda), beroende på vilken typ av kromofor de innehåller. Dessa proteiner är viktiga för att utöka det absorberade ljusspektret och öka effektiviteten hos fotosyntesen, särskilt under suboptimala ljusförhållanden.

Chicory (Cichorium intybus) är en art i familjen korgblommiga växter. Den är ursprungligen från Medelhavsområdet, men odlas och förekommer vildväxande över stora delar av världen sommatartat grönsak, kaffesurrogat och medicinalväxt.

Som medicinalväxt har chicory använts traditionellt för att behandla bland annat lever- och gallproblem, minska inflammation och lindra mag- och tarmproblem. Den innehåller ämnen som ses som potentialt hälsobringande, såsom inulin, sesquiterpenlaktoner och flavonoider. Dock behövs forskning ytterligare för att styrka användningen av chicory som medicinsk behandling.

Inom matlagning används ofta chicoryns blad och stjälkar som grönsak, medan rötterna kan användas som kaffesurrogat genom att röstas och malas till ett pulver. Inulin från chicoryrötter används också kommersiellt som prebiotisk fiber i livsmedelsindustrin.

En aldehydlås (aldéhydes hydrolase eller form Aldehydreduktas) är ett enzym som katalyserar nedbrytningen av aldehyder till deras respektive alkoholer, genom en reduktionreaktion. Detta enzym finns naturligt i levande organismer och hjälper till att reglera nivåerna av aldehyder inne i celler. Aldehydlåsar är viktiga för att skydda celler från skadan orsakad av överaccumulering av aldehyder, som kan vara toxiska och skada DNA, proteiner och lipider.

Carbonic anhydrase (kol-syrelyas) er ein gruppe enzymer som spiller en viktig rolle i kroppens syresætningsprosess. De hjelper å accelerere reaksjonen mellom koldioxid og vann for å forme carbonisk syre (H2CO3). Dette er ein viktig reaksjon for å regulere pH-verdien i kroppen og også for å produisere saltsyre og bikarbonat, som er viktige for å holde balansen mellom syre og base i blodet.

Det finnes flere typer karbonisanhydrase enzymer i kroppen, men de fleste av dem har samme funksjon: å katalyse reaksjonen mellom koldioxid og vann for å forme carbonisk syre. Nedsatt aktivitet hos disse enzymer kan føre til forstyrrelser i syresætningsprosessen, som kan være skadelig for helse.

'Erwinia' är ett släkte av gramnegativa, fakultativt anaeroba, rörliga stavformade bakterier i familjen Enterobacteriaceae. Dessa bakterier förekommer naturligt i växter och mark, och några arter kan orsaka sjukdomar hos växter, som mjöldaggskörtelrot hos potatisplantor, orsakad av Erwinia carotovora. Det är också möjligt för vissa arter av Erwinia att orsaka infektioner hos djur och människor, men detta är sällsynt.

Heparin-induced thrombocytopenia (HIT) is a medical condition characterized by a decrease in the platelet count (thrombocytopenia) that occurs after exposure to heparin, a type of anticoagulant medication. HIT can lead to an increased risk of blood clots (thrombosis), which can cause serious complications such as deep vein thrombosis (DVT), pulmonary embolism (PE), and other thromboembolic events.

Heparin-induced thrombocytopenia is caused by the development of antibodies against a complex formed by heparin and platelet factor 4 (PF4), a protein found in platelets. These antibodies activate platelets, leading to their consumption and removal from circulation, resulting in thrombocytopenia. The activated platelets also contribute to the formation of blood clots, which can cause further complications.

HIT is typically classified into two types: Type I HIT, which is a non-immune reaction that occurs within the first 2 days of heparin exposure and resolves spontaneously; and Type II HIT, which is an immune-mediated reaction that usually occurs 5-14 days after heparin exposure and can lead to serious thrombotic complications.

It's important to note that HIT is a rare but potentially life-threatening complication of heparin therapy, and healthcare providers must be vigilant in monitoring platelet counts and signs of thrombosis in patients receiving heparin. If HIT is suspected, alternative anticoagulants should be used to manage the patient's condition.

Enligt IUPAC (International Union of Pure and Applied Chemistry) definieras en oxo-syra-lyas som:

"En enzym som katalyserar reaktionen där en oxo-syra avspjälas från en substratmolekyl genom att bryta en kol-kol-bindning."

Oxo-syror är organiska syror som innehåller en karboxylgrupp (-COOH) och en keton- eller aldehydgrupp (-C=O). Exempel på oxo-syror är pyroventsyra (PVA, C5H4O3) och α-ketoglutarsyra (AKG, C5H6O5).

En oxo-syra-lyas bryter därför en kol-kol-bindning i substratet och avlägsnar en oxo-syregrupp som produkt. Detta är viktigt inom cellens metabolism, till exempel vid nedbrytningen av aminosyror i citronsyracykeln.

Polygalakturonase (PG) er ein type av enzym som bryter ned pektin, et kompleks kjemisk forbindelse som forekommer i cell walls i planter. PG ser specifikt på polygalakturonan, ein del av pektin strukturen som består av en lineær kjenekte av galakturonsyre molekyler. Dette enzymet spiller en viktig rolle i en rekke fysiologiske prosesser, blant annet fruktmodning og plantevekst.

Alginate er en biokjemisk polysakkarid som utvinns fra sjøgrønnsslakter og visse rødalger. I medisinen brukes alginate ofte som ett hjelpemidler i diverse terapeutiske tilfeller, for eksempel som en del av et enterisk koagulum i behandlingen av blødning fra magsår eller som en del av et værnslag i behandlingen av sår. Alginate har også vært brukt som en del av noen typer av kunstige lunger for å hjelpe med å holde lungene oppne og beskytte dem fra skade under respiratorbehandling.

Alginat består av blokker av α-L-guluronat (G), β-D-mannuronat (M) og guluronat-mannuronat (GM)-koblinger, og strukturen kan variere mellom forskjellige typer alger. Disse variasjonene i struktur påvirker egenskapene til alginate, inkludert deres evne til å absorbere vann og danne geler.

I medisinen er alginate ofte formet som en slags gel eller skive for å lette applikasjonen. Når alginat kommer i kontakt med vann, danner det en gel som kan hjelpe til å binde vann og/eller proteaser, noe som kan være nyttig i behandling av sår eller blødning.

I tillegg til bruken i medisinen har alginate også vært brukt i industrien for mat, drikkevarer og andre formål på grunn av deres evne til å danne geler og stabilisere emulsioner.

Hexuronsyra, även känd som glucuronsyra, är en organisk syra som förekommer naturligt i människokroppen och andra levande organismer. Det är en form av pentos, en enkel sockerart med fem kolatomer.

Hexuronsyra spelar en viktig roll i nedbrytningen och elimineringen av toxiner och främmande ämnen från kroppen. Den konjugeras ofta med dessa substanser i levern, vilket gör dem vattenlösliga och underlättar deras utschelningsprocess genom njurarna.

Det är också en komponent i flera biologiska molekyler, inklusive proteoglykaner, som är viktiga för skelett- och broskvävnadens hälsa. Dessutom förekommer hexuronsyra i vissa former av kolhydrater, såsom askorbinsyra (vitamin C) och dess derivat.

Isocitratlyas är ett enzym som katalyserar en reaktion i citronsyracykeln, en central metabolisk väg i cellens energiproduktion. Isocitratlyasen konverterar isocitratsyra till alpha-ketoglutarsyra under användning av koenzym A och NAD+ som kofaktorer. Det finns två former av isocitratlyas, en NAD-beroende form (EC 1.1.1.42) och en NADP-beroende form (EC 1.1.1.41). Defekter i isocitratlyasen kan leda till metabola sjukdomar som exempelvis neurodegenerativa sjukdomar och cancer.

Rhodophyta, også kendt som rødalger, er en division (eller række) i det moderne femriksdomæne (også kaldet Five Kingdoms-systemet), der inkluderer flere typer alger. Disse organismer er karakteriseret ved at have røde, grønne eller brune fotosyntetiske pigmenter og cellevægge af cellulose og/eller et specielt kulkompleks kaldet karragenan. Rhodophyta indeholder mange forskellige arter, herunder nogle som vokser i ferskvand, men de fleste findes i marine miljøer, hvor de kan leve enten som bundlevende organismer eller som plankton. Nogle Rhodophyta-arter er kendt for deres ernæringsmæssige værdi og anvendes som føde i visse kulturer, eksempelvis nori (Porphyra spp.), der anvendes til at rulle sushi.

Substratspecificitet betegner i farmakologi og enzyms biokemi, hvilken type af substrat (den molekyle, der binder til enzymet) et specifikt enzym er i stand til at binde sig til og katalyse en reaktion med. Enzymer er biologiske katalysatorer, der accelererer kemiske reaktioner inden for levende organismer, og hver enzym har typisk en specifik substratspecificitet, der bestemmer, hvilken type af molekyler, den kan arbejde på.

Substratspecificiteten for et enzym kan være meget snæver, så det kun kan binde sig til én specifik molekyletype, eller den kan være bredere, så det kan binde sig til flere relaterede molekyler. Substratspecificiteten af et enzym kan blive fastlagt ved at undersøge, hvilke substrater det kan binde sig til og katalysere en reaktion med under specifikke betingelser.

Det er vigtigt at notere, at substratspecificiteten for et enzym ikke altid er absolut. I nogle tilfælde kan et enzym have en vis grad af fleksibilitet og være i stand til at binde sig til og katalysere reaktioner med substrater, der ikke er helt identiske med dets normale substrat. Dette kaldes undertiden for "promiskuitet" eller "krydsreaktivitet".

Fykobiliner är vattenlösliga pigment som förekommer hos cyanobakterier (blågröna alger) och rödalger. De är viktiga för fotosyntesen, eftersom de absorberar ljus i delar av spektret som klorofyll inte gör. Fykobiliner finns bundna till proteiner och bildar komplexa strukturer som kallas fykobilisomer. Dessa är organiserade i stora klaster på ytan av thylakoidmembranen inne i cellens cytoplasma.

Det vanligaste fykobilinet är fykoerytrin, som ger rödalger deras röda färg och absorberar ljus mellan 450 och 650 nanometer. Andra typer av fykobiliner inkluderar fykocyanin (blå) och allofykocyanin (violett). Fykobiliner överför den exciterade energin från det absorberade ljuset till klorofyllmolekyler, vilket initierar fotosyntesen.

Fykobiliner är också användbara som markörer inom biomedicinsk forskning, eftersom de kan färga celler och strukturer i fluorescensmikroskopi.

Kondroitin-ABC-lyas är ett enzym som bryter ned kondroitinsulfat, ett typ av proteoglykan som finns i extracellulär matris i vävnader. Proteoglykaner består av en proteinsekvens med en eller flera glykosaminglykan-kedjor (GAG) som är kovalent bundna till proteinets sidokedja. Kondroitinsulfat är en typ av GAG som innehåller negativt laddade sulfaterade sockermolekyler.

Kondroitin-ABC-lyas består av tre olika enzymkomponenter: N-acetylgalaktosamin 6-sulfatas (GALNS), iduronat 2-sulfatas (IDS) och betaglukoronidase (BGLU). Dessa enzymer arbetar tillsammans för att bryta ned kondroitinsulfat till mindre sockermolekyler.

Mutationer i generna som kodar för dessa enzymkomponenter kan leda till sjukdomar som kallas mucopolysackaridoser (MPS). MPS-sjukdomarna är arvsmässigt betingade sjukdomar som orsakas av brist på specifika enzymer som behövs för att bryta ned glykosaminglykaner. I fallet med kondroitin-ABC-lyas kan defekter i GALNS, IDS eller BGLU leda till olika former av MPS: MPS IVA (Morquio A), MPS IIIC (Sanfilippo C) och MPS VII (Sly). Dessa sjukdomar är karaktäriserade av ansamlingar av partielvis nedbrutna glykosaminglykaner i olika kroppsvävnader, vilket kan leda till skador på hjärtat, lungorna, levern, skelettet och centrala nervsystemet.

'Sphingomonas' är ett släkte av gramnegativa, aeroba stavformade bakterier som saknar yttre cellvägg och tillhör proteobacteria. De förekommer vanligen i naturen, framförallt i vatten och jord, men kan även påträffas i luft och livmodervatten hos friska kvinnor. Släktet innehåller flera arter som är kända för sin förmåga att bryta ned polyaromatiska kolväten (PAH) och andra organiska föroreningar, vilket gör dem användbara inom bioremediering. Några exempel på arter inom släktet är Sphingomonas paucimobilis, Sphingomonas yanoikuyae och Sphingomonas chirensis.

Molekylsekvensdata (molecular sequencing data) refererer til de resultater som bliver genereret når man secvenserer DNA, RNA eller proteiner i molekylærbiologien. Det innebærer typisk en række af nukleotider (i DNA- og RNA-sekvensering) eller aminosyrer (i proteinsekvensering), der repræsenterer den specifikke sekvens af gener, genetiske varianter eller andre molekyler i et biologisk prøve.

DNA-sekvensdata kan f.eks. anvendes til at identificere genetiske varianter, undersøge evolutionæ forhold og designe PCR-primerer. RNA-sekvensdata kan bruges til at studere genudtryk, splicevarianter og andre transkriptionelle reguleringsmekanismer. Proteinsekvensdata er vigtige for at forstå proteinstruktur, funktion og interaktioner.

Molekylsekvensdata kan genereres ved hjælp af forskellige metoder, herunder Sanger-sekvensering, pyrosekvensering (454), ion torrent-teknikker, single molecule real-time (SMRT) sekvensering og nanopore-sekvensering. Hver metode har sine styrker og svagheder, og valget af metode afhænger ofte af forskningens specifikke behov og ønskede udbytte.

En aminosyrasekvens är en rad av sammanfogade aminosyror som bildar ett protein. Varje protein har sin unika aminosyrasekvens, som bestäms av genetisk information i DNA-molekylen. Den genetiska koden specificerar exakt vilka aminosyror som ska ingå i sekvensen och i vilken ordning de ska vara placerade.

Aminosyrorna i en sekvens är sammanbundna med peptidbindningar, vilket bildar en polymer som kallas ett peptid. När antalet aminosyror i en peptid överstiger cirka 50-100 talar man istället om ett protein.

Aminosyrasekvensen innehåller information om proteinet och dess funktion, eftersom den bestämmer proteins tertiärstruktur (hur aminosyrorna är hopfogade i rymden) och kvartärstruktur (hur olika peptidkedjor är sammansatta till ett komplext protein). Dessa strukturer påverkar proteinet funktion, eftersom de avgör hur proteinet interagerar med andra molekyler i cellen.

Cytochrom c1 är ett protein som ingår i det elektrontransportkedjan i mitokondriernas inre membran. Det är en del av komplex III, även känt som cytochrom bc1-komplexet. Cytochrom c1 innehåller en hemgrupp och fungerar som en elektrontransportör mellan andra proteiner i komplexet. Cytochrom c1 är viktigt för cellens energiproduktion, genom att hjälpa till att generera ett proton gradient över mitokondriens inre membran, vilket sedan kan omvandlas till ATP, det primära energibäraren i cellen.