Nanoarchaeota är en archaeal fylum (eller domän) som innehåller extremt små arkéer. Dessa organismer upptäcktes först 2002 och har sedan dess varit ett ämne för forskning på grund av deras unika egenskaper och oklara evolutionära relationer till andra arkéer.

En typisk Nanoarchaeota-cell är mycket liten, med en diameter på endast 400 nanometer eller mindre. Dessa celler saknar vanliga cellytor och har i stället en membranomantel som omger deras cellkärna.

Nanoarchaeota-arkéerna lever ofta som parasiter eller symbionter på andra arkéer, främst inom fylumet Ignicoccus. De är anaeroba och tros livnära sig på aminosyror och peptider från värdcellen.

Trots att Nanoarchaeota har studerats intensivt under de senaste två decennierna, finns det fortfarande mycket som är okänt om deras biologi, evolution och ekologi.