Proteom refererar till det totala settet av proteiner som uttrycks eller förekommer i ett visst celltyp, vävnad, eller organism under specifika förhållanden och tidpunkter. Det inkluderar studiet av proteinfunktioner, interaktioner, struktur, och reglering på generell nivå samt särskilt i samband med olika sjukdomszustånd. Proteomet är en dynamisk disciplin som undersöker proteiner och deras roll i biologiska system.
Proteomik är ett område inom biomedicin som handlar om studien av proteomer, det vill säga den totala mängden proteiner och deras interaktioner, funktioner och reglering i ett levande system, såsom en cell, vävnad eller organism. Proteomiken inkluderar identifiering och karakterisering av proteiner, deras struktur, funktion och interaktion med andra molekyler, samt förändringar i proteinuttryck och aktivitet under olika fysiologiska och patologiska tillstånd. Proteomiken använder sig ofta av högthroughput-tekniker såsom masspektrometri och proteinkromatografi.
En elektroforesmetod där en andra elektrofores på en vinkelrät bana görs på de komponenter som separerats vid den första elektroforesen. Det vanliga mediet vid denna teknik är polyakrylamidgel.
En analysmetod som används för att bestämma ett kemiskt ämne utifrån dess massa med hjälp av någon form av masspekrometer.
Kromatografimetoder som bygger på vätska som rörlig fas.
Tandem-masspektrometri, även kallat MS/MS eller dual mass spectrometry (DMS), är en teknik inom masspektrometri där ett joniserat molekylärt jonförband sönderdelas i två steg för att identifiera och karakterisera dess komponenter. I första steget separeras jonen av sin massa till charge-förhållande (m/z) och det resulterande jonspektrumet används för att välja en specifik jon som sedan fragmenteras i andra steget. Denna process ger ett fragmentjonspektrum som kan hjälpa till att bestämma strukturen av den ursprungliga molekylen genom att identifiera dess unika fragmentationsmönster.
Matrix-Assisted Laser Desorption-Ionization Mass Spectrometry (MALDI-MS) is a technique used for the analysis of biomolecules, such as proteins and peptides, as well as small molecules. This method combines matrix-assisted laser desorption/ionization (MALDI) with mass spectrometry (MS) to ionize and separate analytes based on their mass-to-charge ratio.
Protein array analysis är en teknik inom proteomik som används för att simultant undersöka interaktioner, aktivitet och koncentration av stora mängder proteinmolekyler i biologiska system. Detta görs genom att fastspänna tusentals olika proteiner på en solid yta, såsom en glasslid eller en mikrochip, och sedan exponera dem för ett prov innehållande målproteiner. Genom att använda fluorescerande markörer eller andra detekteringsmetoder kan forskaren sedan mäta och jämföra hur mycket av varje målprotein som binds till de olika fastspända proteinskaparna. Protein array-analys kan användas för att studera allt från protein-proteinbindningar, posttranslatoriska modifieringar och signaltransduktionsvägar till att identifiera nya biomarkörer och molekylära mekanismer bakom sjukdomar.
Specialdatabaser med information om proteiner, som t ex aminosyrasekvenser, proteinkonformation och andra egenskaper.
Two-Dimensional Difference Gel Electrophoresis (2D-DIGE) is a proteomic technique used to compare and analyze the protein expression profiles of different biological samples. This method combines two-dimensional gel electrophoresis (2DE) and difference gel electrophoresis (DIGE) to increase the accuracy and reproducibility of protein separation and detection.
Metoder för märkning av ett ämne med en stabil eller radioaktiv isotop. Termen skall inte användas för artiklar om märkta ämnen om inte själva märkningsmetoderna omhandlas ingående. De spårsubstanser som kan vara föremål för märkning kan bestå av kemiska ämnen, celler eller mikroorganismer.
Ett område inom biologin för utveckling och tillämpning av metoder att samla och bearbeta biologiska data, och för bruk av dessa data för upptäckter eller förutsägelser.
Proteiner är komplexa biomolekyler, byggda av aminosyror som kedjas samman i en polymer. De utför viktiga funktioner inom levande organismers celler, såsom att fungera som strukturella komponenter, hormoner, enzymer och signalsubstanser. Proteinernas specifika aminosyrasekvens bestämmer deras tertiärstruktur och därmed också deras funktionella egenskaper.
Stegvis separation av en blandning i dess olika beståndsdelar.
De hundratals olika proteiner som finns i blodplasma, som t ex serumalbumin, transferrin, haptoglobiner, fibrinogen, koagulations- och komplementfaktorer, immunglobuliner, enzymhämmare och många fler.
Bestämning av det mönster av gener som uttrycks vid den genetiska transkriptionen, såväl under specifika förhållanden som i en specifik cell.
Proteiner förekommande hos någon bakterieart.
Electrospray Ionization Mass Spectrometry (ESI-MS) är en teknik inom masspektrometri som används för att identifiera och karaktärisera biologiska macromolekyler, såsom proteiner och peptider. Metoden involverar elektrospraying av en lösning av det analoga ämnet i en hög fältstyrka, vilket resulterar i jonisering av molekylerna genom att bilda chargeska graderad aerosol. Dessa joner kan sedan separeras och detekteras baserat på deras mass-till-laddningsförhållande (m/z) med hjälp av en massanalysator, vilket ger information om molekylerens massa och struktur. ESI-MS är en känslig och specificerad teknik som används inom många områden inom biologisk forskning och medicinsk diagnostik.
Protein-sekvensanalys är en metod inom bioinformatik och proteomik som innebär att bestämma, jämföra och analysera sekvenser av aminosyror i proteinmolekyler, för att fastställa deras struktur, funktion, evolutionärt ursprung och relaterade egenskaper.
Beskrivningar av specifika sekvenser av aminosyror, kolhydrater eller nukleotider som publicerats och/eller deponerats och hålls tillgängliga i databaser som t ex Genbank, EMBL, NBRF eller andra sekvensdataarkiv.
Aminosyrors ordningsföljd i en polypeptidkedja. Den utgör proteiners primärstruktur och är av avgörande betydelses för proteinkonfigurationen.
Transcriptom är det samlade mängden RNA-molekyler som produceras från allt aktivt genuttryck i en viss celltyp, vävnad eller organism vid en given tidpunkt. Det inkluderar både protein kodande RNA (mRNA) och icke-kodande RNA, såsom rRNA, tRNA och snRNA. Transkriptomet ger information om vilka gener som är aktiva, hur aktiva de är och på vilket sätt deras uttryck förändras under olika förhållanden eller vid sjukdomar. Studier av transkriptom kan hjälpa forskare att förstå biologiska processer och identifiera potentiala terapeutiska mål.
"Peptider är korta aminosyrekedjor som bildas genom att flera aminosyror binds samman med peptidbindningar, vilket skapar en polymer med biologisk aktivitet."
Peptidkartläggning, även kallat peptidmappning, är en biokemisk metod som används för att bestämma aminosyrasequensen hos ett okänt peptidmolekyul genom att successivt bryta ned det i kortare fragment med hjälp av proteaser och sedan bestämma sekvensen av varje fragment genom till exempel Edman degradering eller masspektrometri.
'Växtproteiner' är proteiner som härstammar från växter, och de utgör en viktig källa till näringsprotein för människor.
Komplexa samlingar av enzymreaktioner som är förenade med varandra genom sina produkt- och substratmetaboliter.
Protein Interaction Maps, också kända som Protein-Protein Interaction Networks (PPIN), är grafiska representationer av proteiner och deras inbördes interaktioner inom ett cellulärt system. De visar hur proteiner binder till varandra och arbetar tillsammans för att utföra olika cellulära funktioner. Protein Interaction Maps kan hjälpa forskare att förstå komplexa biologiska processer, identifiera nyckelproteiner som är involverade i sjukdomar och utveckla nya terapeutiska strategier.
"Molecular sequence annotation" refers to the process of identifying and labeling functional elements in a DNA, RNA, or protein sequence at the molecular level. This process involves comparing the query sequence to reference sequences and using various bioinformatics tools and algorithms to infer the locations and types of genes, regulatory regions, and other functional elements within the sequence. The annotation provides valuable information for understanding the function and regulation of the molecule, and it is essential for the interpretation and analysis of genomic data in molecular biology and genomics research.
Proteininteraktionskartläggning refererar till den systematiska undersökningen och visualiseringen av de interaktioner som sker mellan olika proteiner inom en cell, vilket hjälper forskare att förstå hur proteiners funktioner påverkar varandra och regulerar cellulära processer under normala och patologiska förhållanden.
"Reproducibility of results" refererer til evnen til at gentage en eksperimentel eller observationel fremgangsmåde under lignende forsøgsbetingelser og få sammenlignelige eller ens resultater, støttende påstanden om en given hypotese eller effekt i medicinsk forskning.

Proteom refererar till den totala uppsättningen proteiner som produceras eller finns i ett levande cellsystem, såsom en celldel, cell, vävnad eller organism, under specifika förhållanden och tidpunkter. Proteomet består av alla de olika typerna av proteiner som uttrycks av generna i genomet, deras interaktioner med varandra och andra molekyler, och hur de är modifierade och regleras under olika fysiologiska tillstånd eller sjukdomszustånd. Studiet av proteom innefattar identifiering och karakterisering av proteiner, deras funktioner, interaktioner och roll i cellulära processer och sjukdomar. Proteomstudier kan användas för att förstå hur proteiner arbetar tillsammans för att utföra specifika uppgifter inne i cellen, och hur dessa processer störs vid sjukdom.

Proteomik är ett forskningsområde inom biomedicin som handlar om studiet av proteomer, det vill säga den totala mängden proteiner och deras interaktioner i ett levande system, till exempel en cell, ett vävnadsprov eller en organism. Proteomiken innefattar identifiering och karakterisering av olika proteiner, deras funktioner, interaktioner med varandra och förändringar i uttryck under olika fysiologiska och patologiska tillstånd.

Proteomik använder sig ofta av högthroughput-tekniker som tvådimensionell gelélektrofores, masspektrometri och proteinkromatografi för att separera och identifiera proteiner. Dessa metoder kombineras ofta med bioinformatiska verktyg för att tolka de genererade data och hitta samband mellan olika proteiner och deras funktioner.

Proteomik har potentialen att ge insikt i komplexa sjukdomar som cancer, neurodegenerativa sjukdomar och infektionssjukdomar, genom att undersöka förändringar i proteomet och hitta nya mål för terapiutveckling.

Tvådimensionell gelelektrofores (2DE) är en teknik inom proteomik som används för att separera och analysera komplexa proteinblandningar. Den bygger på två olika elektroforesmetoder som utförs i två dimensioner.

I den första dimensionen separeras proteiner baserat på deras isoelektriska punkter (pI) genom isoelektrisk fokusering (IEF). Proteinerna appliceras till ett gelmedium bestående av en pH-gradient, varefter ett elektriskt fält appliceras. Proteiner migrerar då mot den elektriska polen med motsatt laddning tills de når en position i gelen där deras laddning är neutraliserad, det vill säga vid deras isoelektriska punkt.

I den andra dimensionen separeras proteiner baserat på deras molekylvikt genom SDS-PAGE (sodiumdodecylsulfat-polyacrylamidgel-elektrofores). Proteinerna behandlas med SDS, ett detergent som ger proteinerna en negativ laddning och standardiserar deras form till en rak stav. Sedan appliceras ett elektriskt fält vinkelrätt mot den första dimensionen, varvid proteiner separeras baserat på deras molekylvikt.

Efter tvådimensionell gelelektrofores kan proteiner detekteras och visualiseras med olika metoder, exempelvis genom färgning eller immunoblotting. Detta möjliggör en högupplöst separation av komplexa proteinblandningar och är därför användbart inom forskning och diagnostik.

Masspektrometri är en analytisk teknik som används för att bestämma massan och relativa mängden av molekyler eller joner i en provblandning genom att mäta deras massa-till-laddning (m/z) förhållande.

I masspektrometri separeras jonerna baserat på deras differentiella acceleration i ett elektriskt fält, som är relaterad till deras massa-till-laddning (m/z) förhållande. Därefter detekteras och räknas antalet joner med olika m/z värden upp, vilket ger upphov till ett masspektrum som visar relativa intensiteterna av de joner som har detekterats i förhållande till deras m/z värden.

Masspektrometri används inom en rad olika områden, såsom kemisk analys, biologisk forskning, miljöanalys och forensisk vetenskap, för att identifiera och cuantifiera olika substanser i komplexa blandningar.

Liquid chromatography (VC) är en typ av kromatografisk metod inom analytisk kemi där ett lösningsmedel (den mobila fasen) används för att transportera ett analytdosage genom en stationär fas. Stationära fasen kan bestå av olika material, såsom kol, silika eller polymerer, beroende på vilken typ av ämnen som ska separeras.

I vätskekromatografi delas den stationära fasen vanligen upp i små partiklar, för att öka ytan och därmed också effektiviteten hos separationen. Denna metod kallas då högprestationsvätskekromatografi (HPLC).

Under processen kommer olika ämnen i analytdosaget att interagera olika starkt med den stationära fasen, beroende på deras kemiska och fysiska egenskaper. Ämen som har en starkare interaktion kommer att förflytta sig långsammare genom kolonnen jämfört med ämnen som har en svagare interaktion. På så sätt kan olika ämnen skiljas åt och detekteras separat när de lämnar kolonnen.

Vätskekromatografi används ofta för att analysera komplexa blandningar av organiska och oorganiska ämnen, till exempel i farmaceutisk forskning, miljöanalys, livsmedelsanalys och kvalitetskontroll inom industrin.

Tandem-masspektrometri (MS/MS) är en typ av masspektrometri som innebär att ett joniserat molekyler genomgår två steg av massanalys. Det första steget består av att jonerna separeras baserat på deras massa-till-laddning (m/z) värden, och i det andra steget kolliderar de selekterade jonerna med ett inert gas, vilket resulterar i fragmentering av jonerna. Dessa fragment joner analyseras sedan i det tredje masspektrometriska steget för att generera en fragmentationsspektrum som kan användas för att identifiera och bestämma strukturen på den ursprungliga molekylen.

Denna teknik är mycket kraftfull när det gäller att analysera komplexa blandningar av molekyler, till exempel i proteomik och metabolomik studier, eftersom den möjliggör en hög grad av specifitet och känslighet vid identifiering och karakterisering av olika typer av biologiska molekyler.

Matrix-assisted laser desorption/ionization mass spectrometry (MALDI-MS) är en metod inom masspektrometri som används för att identifiera och karaktärisera biologiska molekyler, särskilt proteiner och peptider.

I denna teknik desorberas och ioniseras molekylerna med hjälp av en laser, vilket innebär att de får ett elektriskt laddat tillstånd. För att underlätta detta används en matrix, som är ett organisk ämne som absorberar laserenergin och hjälper till att överföra laddningen till molekylen.

Matrix-assistent laserdesorption/ionization (MALDI) är en så kallad "hårda" joniseringsmetod, vilket innebär att den kan användas för att jonisera stora och komplexa molekyler som proteiner. Det gör MALDI-MS till en mycket användbar metod inom proteomik, där man studerar proteiner och deras interaktioner i levande system.

MALDI-MS kan användas för att bestämma molekylvikten hos okända ämnen, vilket är en viktig egenskap när det gäller att identifiera och karakterisera biologiska molekyler. Den kan också användas för att undersöka hur olika molekyler interagerar med varandra, till exempel när proteiner binder till små molekyler som läkemedel eller toxiner.

Protein array analysis är en teknik inom proteomik som används för att simultant undersöka interaktioner och aktivitet mellan ett stort antal proteinmolekyler i biologiska system. Denna metod bygger på att ett stort antal kopior av olika proteiner immobiliseras på en solid yta, till exempel en glasslid eller en mikroarraychip. Dessa proteiner kan vara specifika antikroppar, receptorer, kinaser, fosfataser eller andra proteinmolekyler av intresse.

I en protein array-analys tillsätts en biologisk provblandning, till exempel en celllysat, serum eller plasma, på arrayen. Provblandningen innehåller olika proteiner som kommer att binda till de immobiliserade proteinerna om det finns en specifik interaktion mellan dem. Efter inkubation och tvättning av arrayen kan de bundna proteinerna detekteras och identifieras med hjälp av fluorescens- eller radioaktivmarkeringar, kamerabaserad bildanalys och datorsoftvara.

Protein array-analys används för att studera olika aspekter av proteomiken, till exempel protein-proteininteraktioner, posttranslatoriska modifikationer, aktivitetsnivåer och uttryckmönster hos tusentals proteiner samtidigt. Denna teknik är användbar inom forskning och diagnostik inom områden som cancer, autoimmuna sjukdomar, infektionssjukdomar och neurovetenskap.

A protein database is a type of biological database that contains information about proteins and their structures, functions, sequences, and interactions with other molecules. These databases can include experimentally determined data, such as protein sequences derived from DNA sequencing or mass spectrometry, as well as predicted data based on computational methods.

Some examples of protein databases include:

1. UniProtKB: a comprehensive protein database that provides information about protein sequences, functions, and structures, as well as links to other related resources.
2. PDB (Protein Data Bank): a database of three-dimensional structural data for proteins and nucleic acids, obtained through experimental methods such as X-ray crystallography and nuclear magnetic resonance (NMR) spectroscopy.
3. Pfam: a protein family database that provides information about the evolutionary relationships between different protein sequences and domains.
4. InterPro: a database of protein families, domains, and functional sites, which integrates data from multiple sources, including Pfam, PROSITE, and HAMAP.
5. MINT, IntAct, and STRING: databases that provide information about protein-protein interactions, based on experimental data or computational predictions.

Protein databases are essential tools for researchers in fields such as structural biology, proteomics, systems biology, and drug discovery. They enable scientists to analyze and compare protein sequences and structures, identify functional domains and motifs, predict protein-protein interactions, and design experiments to study protein function and regulation.

Two-Dimensional Difference Gel Electrophoresis (2D-DIGE) är en proteometrisk metod som används för att jämföra och analysera proteinuttryck i olika biologiska prov. Den kombinerar två elektroforesmetoder, isoelektrisk fokusering (IEF) och SDS-polyacrylamidgelélelektrofores (SDS-PAGE), för att separera proteiner baserat på deras isoelektriska punkter (pI) och molekylmassor.

I den första dimensionen, IEF, separeras proteinerna baserat på deras pI-värden i ett immobiliserat pH-gradientgell. Proteinerna fokuseras till en position där deras laddning är neutral och därför inte migrerar längre i gelen. I den andra dimensionen, SDS-PAGE, appliceras ett elektriskt fält över ett polyacrylamidgel som innehåller SDS (sodiumdodecylsulfat), vilket ger proteinerna en standardiserad negativ laddning baserat på deras molekylmassa. Proteinerna separeras sedan ytterligare baserat på sin molekylmassa när de migrerar genom gelen.

I 2D-DIGE används fluorescenta markörer för att märka proteiner i olika prov med olika fluoroforer, vilket gör det möjligt att jämföra upp till tre olika prov på samma gel. Efter elektrofores separeras proteinerna sedan från gelen och identifieras och kvantifieras med hjälp av tekniker som masspektrometri eller västra blotting.

Denna metod ger en hög separationseffektivitet och kan upptäcka små förändringar i proteinuttryck mellan olika prov, vilket gör den användbar inom områden som cancerforskning, toxicologi och farmakologi.

Isotopmärkning är en teknik inom kemin och fysiken där ett visst grundämne ersätts med en isotop av samma grundämne. Isotoper är varianter av ett grundämne som har samma antal protoner, men skiljer sig åt i antalet neutroner och därmed också i massa.

I medicinsk kontext används isotopmärkning ofta för att studera olika biologiska processer in vivo, till exempel genom att märka läkemedel eller andra substanser med en radioaktiv isotop. Dessa kan sedan följas upp med hjälp av olika tekniker som gammakameror eller PET-skanning för att få information om hur de distribueras och metaboliseras i kroppen. Isotopmärkning används också inom diagnostiska och terapeutiska syften, till exempel genom att märka celler eller proteiner med en radioaktiv isotop för att kunna på så sätt följa deras aktivitet och interaktioner i kroppen.

Bioinformatik är en multidisciplinär forskningsgren som kombinerar biologi, datavetenskap och teknologi för att analysera och tolka stor datamängd biologisk information, särskilt inom genetik och genomik. Det inkluderar utvecklingen och användningen av databaser, algoritmer, statistiska metoder och artificiell intelligens för att lösa biologiska problem, såsom att förstå genstruktur och funktion, proteinstruktur och -funktion, genuttryck och reglering, evolutionära relationer mellan organismer och systembiologi.

Proteiner (eller proteinmolekyler) är stora, komplexa molekyler som består av aminosyror som kedjas samman i en specifik sekvens. Proteiner bygger upp och utgör en väsentlig del av alla levande cellers struktur och funktion. De utför viktiga funktioner såsom att underlätta kroppens tillväxt och reparation, reglera processer i cellen, skydda organismen från främmande ämnen som t.ex. virus och bakterier samt hjälpa till vid transport av andra molekyler inom kroppen. Proteiner kan ha en mycket varierad struktur och form beroende på deras funktion, och de kan indelas i olika klasser baserat på deras specifika egenskaper och roller inom cellen.

I medicinen, betyder fraktionering ofta något som är delat upp i mindre delar eller komponenter. Ett exempel är "blodfraktionering", vilket innebär att blodet delas upp i olika beståndsdelar, till exempel plasma, thrombocyter och erytrocyter (röda blodkroppar).

Ett annat exempel är "fraktionerad behandling", vilket innebär att en behandling delas upp i flera mindre doser istället för att ges i en enda stor dos. Detta kan användas för att minska biverkningar eller öka effektiviteten av en viss behandling.

Blood proteins, eller blodproteinerna, är en samling av olika proteiner som cirkulerar i blodet. Dessa proteiner har många viktiga funktioner i kroppen, såsom transporterande näringsämnen och hormoner, hjälpa till att koagulera blodet vid skada, och stödja immunförsvaret mot infektioner och främmande ämnen.

Här är några exempel på olika typer av blodproteiner:

1. Albumin: Detta är det vanligaste proteinet i blodplasma och hjälper till att reglera vätskan i kroppen genom att hålla vätskan inne i kapillärerna. Albumin transporterar också flera olika substanser, såsom fettlösliga vitaminer och läkemedel, runt i kroppen.
2. Globuliner: Dessa är en grupp av proteiner som inkluderar immunglobulin (antikroppar), som hjälper till att bekämpa infektioner, och andra proteiner som transporterar lipider, hormoner och järn.
3. Fibrinogen: Detta är ett protein som spelar en viktig roll i blodkoaguleringen. När ett blodkärl skadas och börjar blöda, konverteras fibrinogen till fibrin, vilket bildar en nätverksstruktur som hjälper till att stänga av blödningen.
4. Transferrin: Detta är ett protein som transporterar järn i blodet till olika celler i kroppen.
5. Haptoglobin: Detta är ett protein som binder till fritt hemoglobin, som frigörs när röda blodkroppar bryts ned. Haptoglobinet transporterar sedan det fritt hemoglobinet till levern, där det kan återanvändas eller elimineras.

Även om dessa är några av de viktigaste proteiner som finns i blodplasma, så finns det många andra proteiner som också har viktiga funktioner i kroppen.

"Genetiskt uttrycks mönster" refererar till hur och när gener i ett individuellt genomi expressar sig, det vill säga hur de producerar specifika proteiner eller RNA-molekyler. Detta kan variera mellan olika celltyper, till exempel leverceller jämfört med hjärnceller, och under olika livscykel-faserna, som fostertillstånd jämfört med vuxen ålder. Genuttrycksmönster kan påverkas av både genetiska och miljömässiga faktorer.

Det är värt att notera att termen 'genetiskt uttrycks mönster' ofta används i samband med studier av epigenetik, som undersöker hur miljöfaktorer kan påverka genuttryck genom mekanismer som DNA-metylering och histonmodifiering. Dessa förändringar kan vara reversibla och är ofta specifika för en viss celltyp eller tillstånd, vilket leder till unika genuttrycks mönster.

Bacterial proteins are simply proteins that are produced and present in bacteria. These proteins play a variety of roles in the bacterial cell, including structural support, enzymatic functions, regulation of metabolic processes, and as part of bacterial toxins or other virulence factors. Bacterial proteins can be the target of diagnostic tests, vaccines, and therapies used to detect or treat bacterial infections.

It's worth noting that while 'bacterieproteiner' is not a standard term in English medical terminology, I assume you are asking for information about proteins that are found in bacteria.

Electrospray Ionization (ESI) Mass Spectrometry is a type of mass spectrometry that uses electrospray ionization to ionize analyte molecules before they are introduced into the mass analyzer. In this technique, a solution of the analyte is introduced through a narrow capillary tube and a high voltage is applied, which creates an aerosol of charged droplets. As the solvent evaporates, the analyte molecules become charged and are then introduced into the mass analyzer for separation based on their mass-to-charge ratio.

ESI Mass Spectrometry is widely used in analytical chemistry and biochemistry due to its ability to gently ionize large biomolecules such as proteins, peptides, and nucleic acids without causing fragmentation. This makes it possible to determine the molecular weight of these molecules with high accuracy, which is important for identification and characterization. Additionally, ESI can be used in tandem with other mass analysis techniques, such as collision-induced dissociation (CID) or higher-energy collisional dissociation (HCD), to generate structural information about the analyte molecules.

Protein-sekvensanalys är en metod inom bioinformatik och proteomik som används för att undersöka, jämföra och analysera sekvenser av aminosyror i proteinmolekyler. Denna analys kan ge information om proteins struktur, funktion, evolutionärt ursprung och relaterade egenskaper. Metoden bygger ofta på databas-sökningar, flera-krångling (multiple sequence alignment) och prediktion av strukturella domäner och funktionella motiver i proteinsekvenserna.

Molekylsekvensdata (molecular sequencing data) refererer til de resultater som bliver genereret når man secvenserer DNA, RNA eller proteiner i molekylærbiologien. Det innebærer typisk en række af nukleotider (i DNA- og RNA-sekvensering) eller aminosyrer (i proteinsekvensering), der repræsenterer den specifikke sekvens af gener, genetiske varianter eller andre molekyler i et biologisk prøve.

DNA-sekvensdata kan f.eks. anvendes til at identificere genetiske varianter, undersøge evolutionæ forhold og designe PCR-primerer. RNA-sekvensdata kan bruges til at studere genudtryk, splicevarianter og andre transkriptionelle reguleringsmekanismer. Proteinsekvensdata er vigtige for at forstå proteinstruktur, funktion og interaktioner.

Molekylsekvensdata kan genereres ved hjælp af forskellige metoder, herunder Sanger-sekvensering, pyrosekvensering (454), ion torrent-teknikker, single molecule real-time (SMRT) sekvensering og nanopore-sekvensering. Hver metode har sine styrker og svagheder, og valget af metode afhænger ofte af forskningens specifikke behov og ønskede udbytte.

En aminosyrasekvens är en rad av sammanfogade aminosyror som bildar ett protein. Varje protein har sin unika aminosyrasekvens, som bestäms av genetisk information i DNA-molekylen. Den genetiska koden specificerar exakt vilka aminosyror som ska ingå i sekvensen och i vilken ordning de ska vara placerade.

Aminosyrorna i en sekvens är sammanbundna med peptidbindningar, vilket bildar en polymer som kallas ett peptid. När antalet aminosyror i en peptid överstiger cirka 50-100 talar man istället om ett protein.

Aminosyrasekvensen innehåller information om proteinet och dess funktion, eftersom den bestämmer proteins tertiärstruktur (hur aminosyrorna är hopfogade i rymden) och kvartärstruktur (hur olika peptidkedjor är sammansatta till ett komplext protein). Dessa strukturer påverkar proteinet funktion, eftersom de avgör hur proteinet interagerar med andra molekyler i cellen.

Transcriptom är ett samlingsbegrepp för alla RNA-molekyler som transkriberats, eller kopierats, från DNA:t i en cell vid en given tidpunkt. Det inkluderar både protein kodande RNA (mRNA) och icke-proteinkodande RNA (till exempel rRNA, tRNA, miRNA med mera). Transkriptomet ger därför information om vilka gener som är aktiva i en cell och hur mycket av varje gen som produceras. Genom att analysera transkriptomet kan forskare få insikt i celldifferentiering, cellcykler, respons på stimuli och sjukdomar.

Medicinskt sett är peptider korta aminosyrakedjor som består av två eller flera aminosyror som är kedjebundna med peptidbindningar. Peptider bildas när en aminosyraförening reagerar med en annan aminosyraförening och bildar en dipeptid, vilket kan fortsätta genom att ytterligare aminosyror adderas till kedjan. När antalet aminosyror i peptiden överstiger cirka 50-100 är den inte längre klassificerad som en peptid, utan istället som ett protein. Peptider har många olika funktioner i kroppen och kan agera som hormoner, neurotransmittorer eller en del av strukturella proteiner.

"Peptidkartläggning" är ett samlingsbegrepp för metoder och tekniker som används för att identifiera, karakterisera och kartlägga peptider, d.v.s. korta aminosyrasekvenser. Detta kan innefatta att fastställa en peptids exakta aminosyrasekvens, dess struktur, funktion och interaktioner med andra molekyler. Peptidkartläggning är viktigt inom flera områden av biomedicinsk forskning, till exempel för att undersöka proteiner och deras roll i cellulära processer, sjukdomar och terapeutiska mål. Metoderna för peptidkartläggning kan vara experimentella, såsom masspektrometri och kromatografi, eller datorbaserade, såsom bioinformatik och databasmining.

'Växtproteiner' är ett samlingsbegrepp för proteiner som härstammar från växter. Proteiner är komplexa molekyler byggda upp av aminosyror och har en rad viktiga funktioner i levande organismers celler, till exempel som enzym, strukturella komponenter, signalsubstanser och transportsystem.

Växtproteiner kan ha olika funktioner beroende på vilken växtart de kommer ifrån och i vilket syfte de används. Några exempel på användningsområden för växtproteiner inkluderar livsmedelsindustrin, där de kan användas som ingredienser i vegetariska alternativ till animaliska proteinkällor, samt inom medicinsk forskning och terapiutveckling.

Det är värt att notera att växtproteiner ofta betraktas som hälsosamma alternativ till animaliska proteinkällor, eftersom de saknar kolesterol och ofta har ett lägre fettsammansättning. Dessutom kan en hög konsumtion av växtbaserade protein kopplas till minskade risker för flera sjukdomar, inklusive hjärt-kärlsjukdomar och typ 2-diabetes.

Metaboliska nätverk och banor refererar till de komplexa interaktionerna mellan olika kemiska reaktioner i levande celler som leder till nedbrytning (katabolism) och syntes (anabolism) av molekyler. Dessa processer är nödvändiga för att celler ska kunna fungera, växa och reproduceras.

Ett metaboliskt nätverk består av en mängd olika enzymatiska reaktioner som är sammankopplade genom gemensamma substrat och produkter. Varje reaktion katalyseras av ett specifikt enzym och kräver ofta energibärare som ATP, NADH eller FADH2 för att kunna ske. Genom att kombinera flera olika reaktioner kan cellen producera komplexa molekyler från enklare prekursorer eller bryta ner komplexa molekyler till enklare byggstenar.

Metaboliska banor är specifika vägar genom metaboliska nätverk som leder till syntesen eller nedbrytningen av specifika klasser av molekyler, såsom kolhydrater, lipider, aminosyror och nukleotider. Varje bana består av en serie sammankopplade reaktioner som katalyseras av olika enzymer och regleras av specifika signalsubstanser och mekanismer.

Metaboliska nätverk och banor är mycket dynamiska och kan variera beroende på cellens behov och den miljö den befinner sig i. De kan också vara störda av genetiska mutationer, toxiner, infektioner eller andra stressfaktorer, vilket kan leda till sjukdomar och patologiska tillstånd.

Protein Interaction Maps, också kända som Protein-Protein Interaction Networks (PPIN), är grafiska representationer av proteiner och deras interaktioner med varandra. De visar hur proteiner i en viss cellulär miljö eller organism binds till varandra och formar komplexa nätverk som reglerar cellulära processer som signaltransduktion, DNA-replikation, transkription och homeostas.

I en Protein Interaction Map representeras proteiner som noder eller hörn i grafen, medan interaktionerna mellan dem visas som kantar eller linjer som förbinder noderna. Varje interaktion kan vara reversibel eller irreversibel och kan ha en viss styrka eller affinitet.

Protein Interaction Maps kan användas för att studera cellulära processer på systemnivå, för att identifiera nyckelproteiner i dessa processer och för att förstå hur störningar i proteininteraktionerna kan leda till sjukdomar. De kan också användas för att utveckla nya terapeutiska strategier som riktar sig mot specifika proteiner eller deras interaktioner.

'Molecular Sequence Annotation' refererar till processen att identifiera och kategorisera funktionella element i en molekylär sekvens, som är en serie av nukleotider (i DNA- eller RNA-sekvenser) eller aminosyror (i proteinsekvenser). Detta inkluderar identifikation av gener, regulatoriska regioner, repetitiva element, kodande sekvenser och deras funktionella domäner, signalpeptider, intron-exonstrukturen med mera. Denna information används för att förstå struktur, funktion och evolution av genetiska element och är viktig för att tolka data från genomik-, transkriptomik- och proteomikstudier.

Proteininteraktionskartläggning (PPI, Protein-Protein Interaction mapping) är ett samlingsbegrepp för de metoder och tekniker som används för att undersöka och beskriva hur proteiner interagerar med varandra i cellulära system. Detta är en viktig del av molekylärbiologi och cellulär biokemi, eftersom proteininteraktioner spelar en central roll i nästan alla cellulära processer, inklusive signaltransduktion, reglering av genuttryck, DNA-replikering, och cellcykelkontroll.

Genom att kartlägga dessa interaktioner kan forskare få en bättre förståelse för hur proteiner fungerar tillsammans i nätverk och hur de styr cellulära processer. Detta kan hjälpa till att identifiera potentiala terapeutiska mål och utveckla nyare och effektivare behandlingsmetoder för sjukdomar som cancer, neurodegenerativa sjukdomar och infektionssjukdomar.

Det finns olika tekniker och metoder för att kartlägga proteininteraktioner, inklusive two-hybrid screening, affinitetschromatografi, masspektrometri, fluorescensresonansenergitransfer (FRET), bioluminiscensresonansenergiöverföring (BRET) och krosskärmstekniker. Varje metod har sina egna fördelar och begränsningar, och ofta används flera tekniker i kombination för att verifiera och validera resultaten.

"Resultatens reproducerbarhet" är ett begrepp inom forskning och medicin som refererar till förmågan att upprepa en experimentell studie eller ett försök och få liknande eller identiska resultat. Detta är viktigt eftersom det stärker den vetenskapliga evidensen för ett visst fynd eller en viss slutsats.

En studie som har hög reproducerbarhet innebär att andra forskare kan upprepa experimentet och få samma resultat, även om de använder olika metoder eller prover. Detta är ett fundamentalt koncept inom vetenskapen eftersom det understryker vikten av objektivitet och pålitlighet i forskningsprocessen.

I medicinsk forskning kan reproducerbarhet vara särskilt viktig när det gäller studier som undersöker effekterna av olika behandlingsmetoder eller läkemedel. Om en studie inte har hög reproducerbarhet, kan det ifrågasättas hur tillförlitliga dess resultat är och om de verkligen kan appliceras i klinisk praktik.

På grund av proteomets komplexitet finns inte ett enda proteom som är helt kartlagt, medan många genom är helt kartlagda, bland ...
Trombocyternas proteom och funktion vid hematologiska sjukdomar * Trombocytfunktion inom hjärtkirurgi och kardiologi ...
proteom - alla protein som finns i en viss celltyp vid en viss tidpunkt ...
När hälften av cellerna har dött har forskarna undersökt cellernas proteom, alltså vilka proteiner som just förekommer i cellen ...
... frågor rörande hur proteiner såsom kinaser känner igen och binder till ställen i de oordnade delarna av vårt proteom, samt hur ...
Proteom. *Mem. Hämtad från "https://sv.wikipedia.org/w/index.php?title=Genom&oldid=52167157" ...
From Genome to Proteom. *CIMT2014 - Tumor immunology meeting. *Immunotherapy of Cancer Conference ...
... med neurologiska symtom har olika proteom i cerebrospinalvätskan.. Det är problematiskt att CDC i USA skapade en så luddig ...