Ubiquitin är ett litet protein som spelar en viktig roll i cellens proteinska homeostas. Det fungerar som en etikett som kan kopplas till andra proteiner, vilket kan leda till en rad olika konsekvenser, såsom att markera proteinerna för nedbrytning eller att påverka deras funktion och lokalisation inom cellen. Processen att addera ubiquitin kallas ubiquitinering, och den regleras av en komplex maskinapparat bestående av flera olika enzymer. Ubiquitinering är involverad i en rad cellulära processer, såsom proteinsyntes, DNA-reparation, signaltransduktion och celldelning.
Ubiquitin-protein ligases are enzymes that play a crucial role in the ubiquitination process, which is a post-translational modification of proteins. This process involves the covalent attachment of the protein ubiquitin to specific lysine residues on target proteins, thereby marking them for degradation or altering their function, localization, or interaction with other proteins. Ubiquitin-protein ligases catalyze the transfer of ubiquitin from an E2 ubiquitin-conjugating enzyme to the target protein, forming an isopeptide bond between ubiquitin and the target protein. There are several classes of ubiquitin-protein ligases, including HECT (Homologous to the E6-AP Carboxyl Terminus), RING (Really Interesting New Gene), and U-box ligases, which differ in their mechanisms of catalyzing ubiquitination. Dysregulation of ubiquitin-protein ligases has been implicated in various diseases, including cancer, neurodegenerative disorders, and inflammatory conditions.
Ubiquitination is a post-translational modification where the protein ubiquitin is covalently attached to a target protein, often leading to its degradation or alteration of function. This process plays a critical role in various cellular processes such as protein quality control, DNA repair, and signal transduction.
Ubiquinone-8 reduktase, även känt som ubiquinol-cytochrom c reduktas eller komplex III, är ett enzymkomplex inblandat i cellandningens elektrontransportkedja. Det katalyserar överföringen av elektroner från ubihydrokinon (ubiquinol) till cytochrom c, underutgåvor av väteperoxid som en biprodukt.
Ubiquitination är ett posttranslationellt modifieringssätt som involverar att en ubiquitinprotein kovalent adderas till en targetprotein. Detta process kontrolleras av tre huvudsakliga grupper av enzymkomplex: E1-ubiquitinaktiverande enzymer, E2-ubiquitinkonjugeringsenzymer och E3-ubiquitinligaseringsenzymer. Ubiquitiner kan adderas som en monomer eller i längre kedjor till targetproteinet, vilket kan leda till olika konsekvenser som proteasomdegradering, förändring av subcellulär lokalisation eller förändrad protein-proteininteraktion. Ubiquitination spelar därför en viktig roll i regleringen av cellulära processer såsom signaltransduktion, DNA-reparation och apoptos.
Ubiquitin-conjugating enzymes (E2s) are a group of enzymes that play a crucial role in the ubiquitination process, which is a post-translational modification of proteins. This process involves the covalent attachment of the protein ubiquitin to specific lysine residues on target proteins, marking them for degradation by the 26S proteasome. Ubiquitin-conjugating enzymes function as the central components of the ubiquitination machinery, facilitating the transfer of ubiquitin from an E1 ubiquitin-activating enzyme to an E3 ubiquitin ligase, which ultimately leads to the attachment of ubiquitin to the target protein. Dysregulation of the ubiquitination process has been implicated in various diseases, including cancer and neurodegenerative disorders.
Ett proteasom-endopeptidaskomplex är ett intracellulärt enzymkomplex som spelar en central roll i nedbrytningen av proteiner inne i cellen. Det består av flera underenheter, varav de flesta är proteaser (enzym som bryter ner proteiner) med olika specificitet för olika peptidbindningar. Proteasomkomplexet klyver proteinerna i små peptidfragment innan de transporteras ut från cellkärnan och presenteras för immunsystemet av MHC-klasse I-molekyler. Detta system är viktigt för celldifferentiering, cellcykelreglering, signaltransduktion och eliminering av skadade eller felaktiga proteiner. Dysfunktion i proteasomkomplexet har blivit associerat med flera sjukdomar, inklusive neurodegenerativa sjukdomar och cancer.
'Cullin proteins' are a family of structual components that play a crucial role in the formation of multi-subunit E3 ubiquitin ligase complexes, which are responsible for targeting specific cellular proteins for degradation via the ubiquitin-proteasome pathway. There are eight known mammalian cullin family members (CUL1, CUL2, CUL3, CUL4A, CUL4B, CUL5, CUL7, and CUL9), each of which associates with distinct sets of proteins to form unique E3 ubiquitin ligase complexes. These complexes regulate various cellular processes, including cell cycle progression, transcriptional regulation, DNA damage response, and signal transduction, by controlling the stability and function of key regulatory proteins through ubiquitination.
Polyubiquitination är en posttranslationell modifikation av proteiner, där en ubiquitinmolekyl kovalent binds till en lysinrest på ett protein. Ubiquitin kan sedan förlängas genom att fler ubiquitinmolekyler adderas till den tidigare kovalent bundna ubiquitinmolekylen, vilket resulterar i bildandet av en polyubiquitinkedja. Polyubiquitinering kan leda till proteasomdegradering eller andra cellulära processer som signalering, membrantransport och DNA-reparation.
En klass enzymer som katalyserar bindning mellan två substratmolekyler, i förening med hydrolys av en pyrofosfatbindning i ATP eller liknande energigivare. EC 6.
SCPH (Skp, Cullin, F-box containing) protein ligases are a family of E3 ubiquitin ligase complexes that play a crucial role in the ubiquitination and subsequent degradation of specific cellular proteins. These complexes are composed of three core components: Skp (S-phase kinase associated protein), Cullin, and an F-box protein. The F-box protein serves as a substrate recognition component that binds to the protein to be ubiquitinated, leading to its targeted degradation by the 26S proteasome. SCPH ligases are involved in various cellular processes, including cell cycle regulation, signal transduction, and DNA damage response.
Ett Ubikitin-proteinligaskomplex (UPS) är ett komplext system av proteiner som spelar en central roll i proteinhomeostasen, genom att reglera proteinsyntes, degradation och lokalisation. Det mest kända aspekten av UPS är dess roll i proteinklarning, där ubikitinmärkning av ett målprotein leder till dess degradering av 26S-proteasomen. Ubikitineringsprocessen innefattar en serie enzymatiska reaktioner som katalyseras av tre grupper av enzymer: ubikitinaktiverande enzym (E1), ubikitin konjugerande enzym (E2) och ubikitinligaser (E3). Dessa enzymer arbetar tillsammans för att överföra ubikitinmolekyler till lysinresterna på målproteinet, vilket skapar en polyubikitinerad protein. Det polyubikitinerade proteinet kan sedan erkän
Ubiquitin-activating enzymes, also known as E1 enzymes, are a class of enzymes that play a crucial role in the ubiquitination process, which is a post-translational modification of proteins. These enzymes activate ubiquitin, a small protein involved in various cellular processes such as protein degradation and regulation of signaling pathways, by forming a thioester bond with its carboxyl terminus using ATP. This activation step is the first step in the ubiquitination cascade, which involves the transfer of ubiquitin to E2 conjugating enzymes and then to target proteins, ultimately leading to their degradation or regulation.
Ubiquitin-C refererer til et protein der spiller en vigtig rolle i proteinnedbrydning og regulering af cellulære processer i vores krop. Det er én af flere ubiquitin-proteiner, som kan bindes til andre proteiner for at markere dem for nedbrydning i proteasomerne, strukturer der fungerer som "affaldskorg" for slidte eller skadede proteiner. Ubiquitin-C er specielt vigtigt for neuronernes overlevelse og homeostase, og en ubalanceret ubiquitin-C-nedbrydning kan være associeret med neurodegenerative sygdomme som Parkinsons sygdom.
Endosomal Sorting Complexes Required for Transport (ESCRT) refererar till ett sätts proteinkomplex som spelar en viktig roll i de membrantrafikprocesser som sker inne i cellen. Specifikt är ESCRT-komplexen involverade i sorteringen och transportsystemet av membrankroppar och membranproteiner inom endosomer, vilka är membranbundna kompartment inuti cellen där intracellulärt fraktat material samlas för nedbrytning eller recyling.
F-box proteins are a type of protein that play a crucial role in the ubiquitination and degradation of other cellular proteins. They are characterized by an approximately 40-amino acid motif known as the F-box, which interacts with other components of the Skp1-Cul1-F-box (SCF) complex, a type of E3 ubiquitin ligase. The SCF complex targets specific proteins for degradation by the 26S proteasome, and F-box proteins help to determine which proteins are targeted by recognizing specific motifs or domains within their substrates. There are multiple types of F-box proteins, each with different substrate specificities, allowing for precise control over protein turnover in the cell.
'RING finger domains' refer to a type of protein domain characterized by the presence of a zinc-binding motif with the pattern Cys-X-X-Cys-X-X-X-Cys-X-His/Cys, where 'C' represents cysteine, 'H' represents histidine, and 'X' can be any amino acid. These domains are often found in proteins involved in various cellular processes such as ubiquitination, transcription regulation, and DNA repair. They play a crucial role in mediating protein-protein interactions and are named after the finger-like structure they adopt upon binding to zinc ions.
"Proteinbindning refererar till den process där ett protein binder specifikt till ett annat molekylärt substance, såsom en liten molekyl, ett annat protein eller en jon, vanligtvis genom non-kovalenta interaktioner som hydrogenbindning, Van der Waals-kräfter och elektrostatiska attraktioner. Denna bindning kan regulera funktionen hos det bundna substanceet och är av central betydelse för många biologiska processer, inklusive signaltransduktion, enzymsk aktivitet och transport av molekyler inom cellen."
Proteolysis är ett biokemiskt fenomen där proteiner bryts ned i mindre peptidfragment eller enskilda aminosyror med hjälp av enzymatiska katalysatorer som kallas proteaser. Detta process är väsentlig för många fysiologiska processer, inklusive cellcykeln, signaltransduktion och immunförsvaret, men den kan också vara skadlig vid patologiska tillstånd som neurodegenerativa sjukdomar och cancer.
"Tertiär proteinstruktur refererar till den tresdimensionella formen och flexibiliteten hos ett protein, som resultat av specifika interaktioner mellan dess sekundära strukturelement, såsom alfa-helixar och beta-skikt."
Aminosyrors ordningsföljd i en polypeptidkedja. Den utgör proteiners primärstruktur och är av avgörande betydelses för proteinkonfigurationen.
Anaphase-Promoting Complex-Cyclosome (APC/C) är ett multiproteinkomplex som spelar en central roll i cellcykeln hos eukaryota celler. Det fungerar som en E3 ubiquitinligas, vilket betyder att det katalyserar överföringen av ubiquitin till specifika proteinsubstrat, vilket markerar dem för degradering i 26S proteasom. APC/C är involverat i regleringen av intracellulära processer som mitos och meios, genom att underlätta nedbrytningen av kritiska cellcykelproteiner vid specifika tidpunkter under cykeln. Under anafasen i mitosen och meiosen är APC/C aktiverat och leder till nedbrytningen av proteiner som hindrar separationen av systerchromatiderna, vilket möjliggör celldelning.
Beskrivningar av specifika sekvenser av aminosyror, kolhydrater eller nukleotider som publicerats och/eller deponerats och hålls tillgängliga i databaser som t ex Genbank, EMBL, NBRF eller andra sekvensdataarkiv.
Ubiquitinated proteins refer to proteins that have been modified by the covalent attachment of ubiquitin molecules, a type of post-translational modification. Ubiquitin is a small protein consisting of 76 amino acids that can be attached to other proteins through a process called ubiquitination. This process involves a three-enzyme cascade, including an E1 activating enzyme, an E2 conjugating enzyme, and an E3 ligase, which recognizes specific protein targets for ubiquitination.
S-Phase Kinase-Associated Proteins (Skp2) är en typ av protein som spelar en viktig roll inom cellcykeln, särskilt under S-fasen, då DNA-replikation sker. Skp2 är ett E3 ubiquitinligasprotein som bidrar till nedbrytningen av cellcykelregulatoriska proteiner genom att markera dem med ubiquitin, vilket leder till deras degradering i proteasomen. Skp2 är involverat i kontrollen av celldelning och apoptos (programmerad celldöd) och har också visats stödja cancerutveckling genom att undertrycka tumörsuppressiva mekanismer.
Endopeptidaser som vid katalys använder cystein. Denna enzymgrupp inaktiveras av sulfhydrylreagentia. EC 3.4.22.
Ubiquitin-Specific Proteases (USPs) är en familj av enzymer som katalyserar den reversibla processen av ubiquitinavskiljning från proteiner. Ubiquitin är ett proteinmolekyl som kan fogas till andra proteiner för att markera dem för nedbrytning eller reglera deras funktion. USPs hydrolyserar de peptidbindningarna mellan ubiquitinmolekylen och det målproteinet, vilket leder till avskiljandet av ubiquitinet och återställandet av den ursprungliga proteinstrukturen. USPs spelar därför en viktig roll i regleringen av proteinkaotosi, signaltransduktion, DNA-reparation och andra cellulära processer.
En essentiell aminosyra. Den tillsätts ofta djurfoder.
Protoncogene proteinet c-CBL är ett E3-ubiquitinligase, som spelar en viktig roll i negativ reguleringen av receptor tyrosinkinasignalvägar. Det binder till och katalyserar ubiquitiniering av aktiverade receptorer och andra substrat, markering dem för nedbrytning i proteasom. Mutationer i c-CBL kan leda till onkogenisk aktivitet och är associerade med olika cancerformer, inklusive leukemi och lymfom.
'Saccharomyces cerevisiae proteins' refererar till proteiner som är specifika för jästsvampen Saccharomyces cerevisiae, även känd som bagerijäst eller öljäst. Detta organismer är välstuderade modellorganismer inom molekylärbiologi och genetik. Proteiner från Saccharomyces cerevisiae har varit av central betydelse för att förstå grundläggande cellulära processer, såsom celldelning, transkription, translation, DNA-replikering och metabolism. Många proteiner från Saccharomyces cerevisiae har blivit välkaraktäriserade och används ofta som referensproteiner i forskning.
System av enzym som verkar i följd genom att katalysera på varandra följande reaktioner sammankopplade med gemensamma metabola intermediärer. De kan medverka i en enkel omsättning av vattenmolekyler eller väteatomer, eller vara förknippade med stora supramolekylära strukturer som mitokondrier eller ribosomer.
Varje påvisbar och ärftlig förändring i det genetiska materialet som medför ändrad genotyp och som överförs till dotterceller och efterföljande generationer.
HEK293 cells, also known as human embryonic kidney 293 cells, are a type of immortalized cell line that were originally derived from human embryonic kidney tissue. They are widely used in scientific research due to their ability to express high levels of recombinant proteins and other foreign genes, making them valuable for the study of protein function, drug discovery, and gene therapy. HEK293 cells have a flat, fibroblast-like morphology and can be grown in culture under standard conditions, allowing for easy manipulation and analysis. It is important to note that while HEK293 cells are derived from human tissue, they are not considered to be primary cells, as they have been transformed and do not retain the same characteristics as the original tissue from which they were derived.
Enzymer som katalyserar klyvning av kol-kvävebindningar på annat sätt än genom hydrolys eller oxidation. Undergrupper är ammoniaklyaser, amidinlyaser, aminlyaser och andra kol-kvävelyaser. EC 4.3.
Proteiner som kontrollerar celldelningscykeln. Denna proteinfamilj omfattar ett stort antal klasser, inklusive cyklinberoende kinaser, mitogenaktiverade kinaser, cykliner och fosfoproteinfosfataser, s amt deras förmodade substrat, så som kromatinassocierade proteiner, cytoskelettproteiner och transkriptionsfaktorer.
Beta-Transducin Repeat-Containing Proteins (β-TRCPs) are a group of E3 ubiquitin ligase proteins that play a crucial role in the ubiquitination and subsequent degradation of specific target proteins involved in various cellular processes. These proteins contain beta-transducin repeats, which are structural motifs that facilitate their interaction with other proteins. β-TRCPs are best known for their involvement in the regulation of the cell cycle, DNA damage response, and signal transduction pathways. They play a critical role in targeting key regulatory proteins for degradation, thereby ensuring proper control of these processes and maintaining cellular homeostasis.
Proteiner som transporterar specifika ämnen i blodet eller genom cellväggar.
I medicine refererer "cellinje" til en gruppe af celler med ensartet funktion og opbygning, der samarbejder for at udføre en specifik biologisk proces eller opgave i et levende organisme. Celliner er ofte specialiserede i deres struktur og funktion for at udføre deres rolle effektivt, og de kan findes i alle levende organismer, fra encellet bakterie til komplekse flercellede dyr og planter.
'Saccharomyces cerevisiae' är en art av jästsvamp som tillhör kungariket svampar, och är vanligt förekommande i naturen på frukt, grönsaker och jord. Den är en enkelcellig eukaryot organism med en diameter på omkring 5-10 Mikrometer.
Den första, kontinuerligt odlade cellinjen av humana, maligna celler, vilka kom från ett livmoderhalskarcinom hos "Henrietta Lacks". Cellerna används för virusodling och testning av cancerpreparat.
Posttranslational protein modification (PTPM) refers to the covalent alteration of a protein's structure after its translation from mRNA to polypeptide chain but before it becomes fully functional. These modifications play crucial roles in regulating protein function, localization, stability, and interaction with other molecules within the cell. Examples of PTPMs include phosphorylation, glycosylation, ubiquitination, methylation, acetylation, and sumoylation, among others.
Proteasome inhibitors are a class of medications that work by blocking the activity of proteasomes, which are protein complexes found within cells that break down damaged or unwanted proteins. By inhibiting the function of the proteasome, these drugs can cause an accumulation of abnormal proteins within cells, leading to cell death. This effect is particularly toxic to cancer cells, making proteasome inhibitors useful in the treatment of certain types of cancer, such as multiple myeloma and mantle cell lymphoma. Examples of proteasome inhibitors include bortezomib, carfilzomib, and ixazomib.
En undergrupp av peptidhydrolaser. De klassificeras huvudsakligen utifrån sin katalytiska verkan. Specificitet används endast för identifiering av enskilda enzymer. De omfattar serinendopeptidaser (EC 3.4.21), cysteinendopeptidaser (EC 3.4.22), asparaginendopeptidaser (EC 3.4.23), metalloendopeptidaser (EC 3.4.24) samt en grupp enzymer som ännu inte placerats in i någon av ovannämnda klasser (EC 3.4.99). EC 3.4.-.
Vanliga proteinstrukturer, sammansatta av enkla kombinationer av angränsande, sekundära strukturer.
SUMO-1-protein, eller Small Ubiquitin-related Modifier 1-protein, är ett litet protein som spelar en roll i nedbrytningen och reguleringen av andra proteiner inom cellen. Det hör till en familj av proteiner som liknar ubiquitin, men har specifika funktioner i celldelning, DNA-reparation och transkriptionsreglering. SUMO-1-proteinet adderas och tas bort från målproteiner genom en process som kallas sumoylering, vilket kan påverka proteinernas lokalisation, stabilitet och interaktion med andra proteiner.
En grupp acylerade oligopeptider som produceras av Actinomycetes och som verkar som proteashämmare. De hämmar i varierande grad trypsin, plasmin, kallikreiner, papain och katepsiner.
I en enkel mening kan 'signalomvandling' inom medicin definieras som processen där celler konverterar inkommande signaler, ofta i form av hormoner, neurotransmittorer eller tillväxtfaktorer, till intracellulära svar genom en kaskad av biokemiska händelser. Detta kan leda till aktivering eller inhibitering av vissa cellulära funktioner och är en central mekanism i cellkommunikationen och regleringen av cellulär homeostas.
Cellkärneproteiner är proteiner som lokaliseras till cellkärnan och utövar strukturella, regulatoriska eller katabola/anabola funktioner inom cellkärnans olika kompartment, såsom kromosomer, karyolymfa och kärnmembran.
Proteinstabilitet refererar till ett proteinmolekyls tendens att vecklas felaktigt, aggregera eller falla samman till en icke-funktionell konformation under vissa betingelser, såsom förändringar i pH, temperatur, saltkoncentration eller närvaro av lösningsmedelskomponenter. Proteinstabilitet kan orsakas av mutationer i proteinets aminosyresekvens, felaktig foldning under syntesen eller exponering för den in vitro-miljön under analys. Instabila proteiner tenderar att ha kortare halveringstider och är mer benägna att aggregera och bilda oönskade insolubila klumpar, vilket kan leda till sjukdomar som neurodegenerativa störningar och cancer.
Experimentella eller teoretiska modeller för undersökning av molekylers form, elektroniska egenskaper eller interaktioner. Hit hör även analoga molekyler, datorframställd grafik och mekaniska strukturer.
Proteintransport refererer til den proces, hvor proteiner bliver transporteret gennem cellemembraner for at nå deres destination indenfor eller udenfor cellen. Dette sker ved hjælp af specielle transportproteiner, som kender vej og kan genkende de forskellige typer proteiner. Proteintransport er en nødvendig proces for at sikre, at cellen fungerer korrekt og at proteinerne kan udføre deres biologiske funktioner på det rigtige sted i organismen.
'Small Ubiquitin-Related Modifier Proteins' (SUMO) refer to a family of small proteins that are conjugated to other proteins in a process similar to ubiquitination, but with different functions. SUMO modification involves the covalent attachment of a SUMO protein to a lysine residue on a target protein, which can alter the activity, localization, or stability of the modified protein. This post-translational modification plays a crucial role in various cellular processes, including nuclear transport, DNA repair, and transcriptional regulation.
Ett multiproteinkomplex är en sammansättning av två eller flera proteiner som interagerar och fungerar tillsammans för att utöva en specifik cellulär funktion. Dessa proteiner binds till varandra med hjälp av icke-kovalenta interaktioner, såsom vätebindningar, hydrofoba interaktioner och Van der Waals-krfter. Många cellulära processer, inklusive signaltransduktion, DNA-replikering, transkription och proteinsyntes, kräver multiproteinkomplex för att koordinera och reglera dessa funktioner effektivt.
En peptidhydrolas är ett enzym som bryter ned specifika peptidbindningar i peptider och proteiner, ofta involverat i regleringen av biologiska processer såsom blodkoagulering, immunresponser och signaltransduktion.
Substratspecificitet beteferrer sig inom farmakologi och enzymologi till den egenskap hos ett enzym eller en receptor där det endast binder till och katalyserar (eller påverkar) vissa specifika substanser, molekyler eller läkemedel, känt som substrat. Det innebär att en given enzymtyp endast är aktivt mot en begränsad grupp av kemiska föreningar som har en viss strukturell och kemisk likhet. Substratspecificiteten bestäms av enzymernas tredimensionella struktur och den del av substratmolekylen som interagerar med aktiva sitet på enzymet.
Aminosyresekvenshomologi refererer til den grad af lighed i rækkefølgen af aminosyrerne, der udgør proteiner hos to eller flere organismer. Jo større antal identiske aminosyrer i samme position i de sammenlignede sekvenser, des højere er graden af homologi. Dette begreb anvendes ofte i molekylærbiologien for at fastslå evolutionæ forhold og funktionelle egenskaber hos proteiner.
Hopklumpning av lösliga antigen och antikroppar, ensamma eller med antikroppsbindningsfaktorer som anti-antikroppar eller stafylokockprotein A, till komplex som är stora nog att fällas ut ur lösning.
Two-hybrid system techniques are a group of genetic methods used in molecular biology to detect and study protein-protein interactions within living cells. These techniques are based on the modular nature of transcription factors, which consist of two separate domains: one for DNA binding and another for transcription activation. In a two-hybrid system, these two domains are split and linked to two proteins of interest (target proteins). When the target proteins interact, the functional transcription factor is reconstituted, leading to the expression of a reporter gene. The activity of the reporter gene serves as an indicator of protein-protein interaction, allowing researchers to identify and analyze specific interactions between proteins in a high-throughput manner.
Rekombinanta fusionsproteiner är proteiner som skapats genom att kombinera genetiska sekvenser från två eller fler olika proteinmolekyler, vilket resulterar i en hybridprotein med unika funktionella egenskaper. Genetisk manipulation används för att fusionera generna på ett sådant sätt att de uttrycks som ett enda proteinskapsel i värdenorganismen. Dessa tekniker används ofta inom biomedicinsk forskning för att undersöka proteininteraktioner, skapa nya diagnostiska verktyg och utveckla terapeutiska läkemedel.
'p53-bindningsproteinet c-MDM2' är ett cytoplasmatiskt protein som reglerar cellcykel och apoptos (programmerad celldöd) genom att binda till och hämma transkriptionsfaktorn p53. Detta protein spelar en viktig roll i cellulärt stressrespons och neoplastisk transformation.
Proteiner som binder till DNA. Till denna familj hör proteiner som binder till såväl dubbelsträngat som enkelsträngat DNA, och den omfattar även specifika DNA-bindande proteiner i serum som kan användas som markörer för tumörsjukdomar.
En tiolesterhydrolas är ett enzym som katalyserar hydrolysreaktionen hos tiolester, vilket resulterar i att karboxylsyra och tiolgrupp bildas. Detta enzym har en viktig roll inom kroppen då det bidrar till nedbrytningen av specifika ämnen som är involverade i signaltransduktionen, inflammation och immunförsvaret.
Sumoylation är en posttranslationell modifikation där ett protein modifieras med en liten proteinmolekyl som kallas SUMO (Small Ubiquitin-like Modifier). Denna process involverar en serie enzymatiska reaktioner som leds av E1-aktiveringsenzymer, E2-konjugeringsenzymer och E3-ligaser. Sumoylering kan påverka proteins funktion på olika sätt, inklusive dess subcellulära lokalisation, stabilitet, interaktion med andra proteiner och aktivitet. Det är en reversibel process där det avsuumyleras proteiner av SENP (SUMO-specific protease) enzymer. Sumoylering spelar en viktig roll i regleringen av cellulära processer som transkription, DNA-reparation och mitos.
Proteiner är komplexa biomolekyler, byggda av aminosyror som kedjas samman i en polymer. De utför viktiga funktioner inom levande organismers celler, såsom att fungera som strukturella komponenter, hormoner, enzymer och signalsubstanser. Proteinernas specifika aminosyrasekvens bestämmer deras tertiärstruktur och därmed också deras funktionella egenskaper.
Autocrine Motility Factor (AMF) Receptors refer to cell surface receptors that bind to and are activated by AMF, a cytokine-like protein produced and secreted by cancer cells. Upon binding to its receptor, AMF stimulates various signaling pathways that promote the motility, invasion, and survival of cancer cells, contributing to tumor progression and metastasis. These receptors are important targets for developing new anti-cancer therapies.
Teoretiska modeller som efterliknar förlopp hos biologiska processer eller sjukdomar. För sjukdomsmodeller hos levande djur
Adaptorproteiner i signalöverföringen är strukturella proteiner som hjälper till att koppla receptorer till intracellulära signalsystem genom att verka som mellansteg och organisera signalkomplex, vilket leder till specificerad cellulär respons under homeostatiska och patologiska tillstånd.
En peptidsyntase är ett enzym som katalyserar reaktioner involverade i skapandet av peptidbindningar mellan aminosyror för att bilda peptider eller proteiner.
Protein Interaction Domains and Motifs refer to specific regions within a protein's three-dimensional structure that are involved in mediating interactions with other proteins or molecules. These domains and motifs are often characterized by their unique sequence patterns, size, and structural features, which enable them to recognize and bind to specific partners with high affinity and selectivity. By understanding the properties of these interaction sites, researchers can gain insights into the functional roles of proteins in various cellular processes and diseases, and develop novel therapeutic strategies that target protein-protein interactions.
De reaktiva områden på en makromolekyl som är direkt envolverade i dess specifika sammankoppling med en annan molekyl.
RNA-interferens (RNAi) är ett naturligt förekommande cellulärt försvarsmekanism hos eukaryota celler, som reglerar genuttryck och skyddar mot främmande genetisk material, såsom virusgenomer och transponibla element. RNAi-mekanismen involverar degradering av specifika mRNA-transkript med hjälp av korta, dubbelsträngade RNA-molekyler (siRNA) som en del av ett RNA-inducerat silencing-komplex (RISC). Denna process leder till specifik nedreglering av genuttryck genom att förhindra översättningen av mål-mRNA till protein.
Transkriptionsfaktorer är proteiner som binder till DNA-regulatoriska sekvenser och kontrollerar transkriptionen av gener, vilket påverkar syntesen av specifika proteinmolekyler i cellen.
"Small interfering RNA (siRNA) is a type of small RNA molecule, typically 20-25 nucleotides in length, that plays a crucial role in the RNA interference (RNAi) pathway. siRNAs are formed from double-stranded RNA precursors and function to silence specific genes post-transcriptionally by targeting and degrading complementary messenger RNA (mRNA) molecules, thereby preventing protein synthesis."
Transfektion är en process där DNA, RNA eller andra molekyler överförs till eukaryota celler, ofta med syfte att introducera en specifik gen så att cellen kan producera ett protein som kodas av den genen. Detta kan göras för forskningsändamål, till exempel för att studera proteinet och dess funktion, eller för medicinska ändamål, till exempel för att ersätta en defekt gen hos en patient med ärftlig sjukdom. Transfektion kan ske med olika metoder, såsom elektroporering, kemisk transfektion eller viralvektorbaserad transfektion.
Repressorproteiner är proteiner som binds till specifika DNA-sekvenser och hämmar transkriptionen av ett visst genetiskt material, vilket leder till nedreglering av genuttrycket för de gener som kontrolleras av dessa repressorproteiner.
Proteinveckning, eller proteinfoldning, är den process där ett proteinmolekyl plattar ut sig självt och bildar en tredimensionell struktur, som är nödvändig för dess funktion. Denna process sker spontant och är styrd av interaktionerna mellan de aminosyror som proteinets sekvens består av. Fel i proteinveckningen kan leda till att proteinet inte fungerar korrekt, vilket kan orsaka sjukdomar.
En tumörcellinje refererar till en homogen grupp av cancerceller som delar gemensamma genetiska mutationer och beteenden, och som härstammar från samma ursprungscell. Denna celllinje kan behålla sin unika identitet och vårda sig lika under tumörts growth, metastas och respons på terapi. Detta är viktigt att ta hänsyn till när man utvecklar cancerbehandlingar, eftersom responsen på en viss typ av behandling kan variera mellan olika tumörcellinjer.
Införande av en fosforylgrupp i en förening genom bildande av en esterbindning mellan föreningen och en fosfordel.
Blot-metod för identifiering av proteiner eller peptider som separerats med elektrofores och överförts till nitrocellulosastrimlor och sedan påvisas med hjälp av radioistopmärkta antikroppar.
Immunologisk metod för påvisande eller kvantifiering av immunreaktiva ämnen.
Cellers upptag av extracellulära ämnen i membranbundna vakuoler eller mikroblåsor. Endosomer spelar en central roll för endocytos.
I medicinen, refererar "sekvensinpassning" till processen av matchning eller korrelerande en genetisk sekvens, vanligtvis en DNA- eller RNA-sekvens, med en specifik referenssekvens, för att fastställa dess position, orientering och eventuella variationer i förhållande till den referenssekvensen. Detta används ofta inom genetisk forskning och klinisk diagnostik för att identifiera gener, mutationer eller polymorfismer som kan vara associerade med sjukdomar eller andra hälsotillstånd.
"Nuclear magnetic resonance (NMR) in a biological or biomolecular context refers to the use of NMR spectroscopy to study the structure, dynamics, and function of biological macromolecules such as proteins, nucleic acids, and carbohydrates. By placing these molecules in a strong magnetic field and applying radiofrequency pulses, researchers can observe and measure the magnetic properties of certain atomic nuclei (such as hydrogen-1, carbon-13, and nitrogen-15) within the molecule. These measurements provide information about the local chemical environment, molecular structure, and motion, which can be used to elucidate important biological processes and interactions at the molecular level."
I enkelhet kan 'proteinkonfiguration' definieras som den specifika rymdstrukturen och orienteringen hos de aminosyror som utgör ett protein. Denna konfiguration bestäms av proteinkedjans primära struktur (sekvensen av aminosyror) samt hur dessa aminosyror är hopfogade och vevda i rummet, vilket kallas för sekundär, tertiär och kvartär struktur. Proteinkonfigurationen har en direkt betydelse för proteinets funktion och stabilitet.
Rekombinanta proteiner är proteiner som innehåller sekvenser från två eller flera olika källor, vanligtvis genom genetisk manipulation i laboratorium. Genom användning av rekombinant-DNA-teknik kan man kombinera gener från olika organismer för att skapa en ny gen som kodar för ett protein med önskade egenskaper. Detta är en viktig metod inom biomedicinsk forskning och används bland annat för produktion av läkemedel, diagnostiska verktyg och för studier av proteiner och deras funktioner.
Purin- och pyrimidinföljden i nukleinsyror och polynukleotider. Kallas även nukleotid- eller nukleosidsekvens.
Tumörsuppressorproteinet p53 är ett protein som spelar en central roll i cellcykeln och DNA-reparationen, och som undertrycker oregelbunden celldelning och neoplasi (abnorm tumörväxt). Det gör detta genom att initiera apoptos eller celldelningsstopp vid skadad DNA eller påträngande onkogena signaler.
Cellinje från den afrikanska grönapan som används för transfektion och kloning.
Sammanfattande benämning på alla avgränsade inneslutningar av främmande (t ex bly eller virus) eller metaboliskt inaktiva ämnen (t ex ceroid- eller Mallorykroppar) i cellers cytoplasma eller kärnor. Inklusionskroppar i ffa nerv-, epitel- och endotelceller kan vara infekterade med vissa filtrerbara virus.
En komplex följd av händelser, som inträffar mellan slutet av en celldelning och slutet av nästa, varigenom cellmaterial delas upp mellan dottercellerna.
Proteiner och peptider som deltar i signalöverföringen inuti cellen. Dessa omfattar peptider och proteiner som reglerar transkriptionsfaktorernas verksamhet och cellulära förlopp till följd av svar på signaler från cellytereceptorer. De intracellulära signalpeptiderna och -proteinerna kan utgöra en del av en enzymatisk signalkaskad, eller verka genom att binda till och modifiera verkan av andra signalfaktorer.
Exogena eller endogena föreningar som hämmar cysteinendopeptidaser.
Tumörsuppressorproteiner är proteiner som reglerar celldelningen och skyddar mot oregelbunden celldelning och cancertillväxt genom att hämma onkogena signaler och främja reparation av skadad DNA.
'Von Hippel-Lindau (VHL) tumor suppressor protein' är ett proteín som hjälper till att reglera cellcykeln och angiogenesen, det vill säga skapandet av nya blodkärl. Proteinet fungerar som en tumörsuppressor, vilket innebär att det hjälper till att förhindra överdriven celldelning och kannibalism, två processer som kan leda till cancersjukdomar om de inte kontrolleras korrekt. VHL-proteinet gör detta genom att binda till och markera andra proteiner för nedbrytning, såsom hypoxia inducerade faktorer (HIF), som annars skulle stimulera angiogenes och celldelning under onormala förhållanden. Mutationer i VHL-genen kan leda till en defekt VHL-protein och därmed öka risken för att utveckla olika typer av tumörer, såsom blodkärlstumörer (hemang
Läkemedels- eller strålningsframkallade skador på DNA som medför avvikelser från den normala dubbelspiralkonformationen. Till dessa hör strukturella förvrängningar som stör replikation och transkription, samt punktmutationer som splittrar baspar och ger skadliga effekter på efterföljande generationer genom ändringar i DNA-sekvensen. Om skadan är av mindre omfattning kan den repareras (DNA-reparation), men stor skada kan leda till apoptos (celldöd).
En negativ regleringseffekt på de fysiologiska processerna på molekylär, cell- eller systemnivå. På molekylär nivå utgörs de viktigare reglerplatserna av membranreceptorer, gener (genuttrycksreglering), mRNA (budbärar-RNA) och proteiner.
De processer genom vilka cellkärnors, cytoplasmatiska eller intercellulära faktorer inverkar på differentieringsstyrningen av genaktiviteten under transkriptions- eller translationsstadierna. Hit hör även genaktivering och geninduktion.
"Mutantproteiner" refererer til proteiner som har opstået som følge af genetiske mutationer, hvilket resulterer i ændringer i proteinernes aminosyresekvens og derigennem potentiale for at påvirke deres funktion, foldning eller interaktion med andre molekyler.
Proteiner i biologiska membran, som t ex cellmembran och intracellulära membran. De utgörs av två typer, yttre (perifera) och inre, integrerade, proteiner. De omfattar de flesta membranbundna enzymer, antigena proteiner, transportproteiner, och receptorer för läkemedel, hormoner och lektiner.
Undersöknig av kristallstrukturer med hjälp av röntgendiffraktionsteknik.
Ett system av cisterner (vätskefyllda hålrum) i cytoplasman hos många celler. Ställvis går det endoplasmatiska nätverket i ett med plasmamembranet eller kärnhöljets yttermembran. Om nätverksmembranets ytor är täckta med ribosomer sägs det vara kornigt, annars sägs det vara glatt.
Retikulocyter är ett ungt, icke-helt moget rödt blodkroppar (erytrocyt) som fortfarande innehåller rester av det membran som omger ribosomen under dess tillverkningsprocess i benmärgen. Retikulocyterna är en normal del av blodet och utgör ungefär 1-2% av alla röda blodkroppar hos friska vuxna. Deras andel kan dock variera beroende på olika faktorer, såsom ålder, sjukdomstillstånd och blodtransfusioner. Retikulocyterna mognar till fullt utvecklade röda blodkroppar inom ett dygn efter att de har släppts ut från benmärgen in i blodet.
Proteininteraktionskartläggning refererar till den systematiska undersökningen och visualiseringen av de interaktioner som sker mellan olika proteiner inom en cell, vilket hjälper forskare att förstå hur proteiners funktioner påverkar varandra och regulerar cellulära processer under normala och patologiska förhållanden.
Celler som drivs fram in vitro i odlingsmedia som främjar deras tillväxt. Odlade celler används bl a för studier av utveckling, morfologi, metaboliska, fysiologiska och genetiska processer.
Blåsor som bildas i cytoplasman när höljeförsedda blåsor ömsar sitt klatrinhölje. Endosomer innesluter makromolekyler som binds av receptorer på cellytan.
'Zinkfingrar' är ett medicinskt termer som refererar till små, tunna plattor gjorda av zinkmetall, som används inom tandvården för att understödja och skydda sårade, känsliga eller utsatta tandrotar. De placeras vanligtvis i direkt kontakt med rotarna under en restaurativ behandling och kan hjälpa till att förebygga fortsatt nedbrytning och infektion.
Alla proteiner som förekommer i svampar.
En art av Cercopithecus med tre underarter: C. tantalus, C. pygerythrus och C. sabeus. De lever i skogs- och savannområden i Afrika. Den afrikanska grönapan, C. pygerythrus, är den naturliga värden fö r SIV och används i AIDS-forskningen.
En i den eukaryota cellen belägen, höljeomgiven kropp, som innehåller kromosomer och en eller flera nukleoler. Höljet består av ett dubbelmembran, genomsatt av ett antal porer. Det yttre membranet öve rgår i det endoplasmatiska nätverket. Det kan finnas mer än en kärna i en cell.
En klass morfologiskt heterogena cytoplasmapartiklar i djur- och växtvävnader som kännetecknas av sitt innehåll av hydrolytiska enzym och dessas strukturbundna latens. Lysosomernas intracellulära funktioner beror på deras lytiska potential. Lysosomens enkla membran verkar som barriär mellan de inneslutna enzymen och substratet utanför. Lysosomenzymens verkan är begränsad eller ingen alls så länge blåsan de är inneslutna i inte brister.
En grupp enzymer som katalyserar hydrolys av ATP i förening med annan funktion, som t ex transport av Ca(2+) genom ett membran. EC 3.6.1.3.
"Arabidopsis proteins" refer to the proteins that are encoded by the genes present in the genome of the model plant species Arabidopsis thaliana. These proteins play various roles in different cellular processes, such as metabolism, signaling, regulation, and defense responses, among others. The study of Arabidopsis proteins is crucial for understanding fundamental biological mechanisms and has broad implications for plant biology and agriculture.
Ett F-boxmotiv är en proteindomän på ungefär 40 aminosyror som är involverad i protein-protein-interaktioner och är känd för sin roll i proteasomdegradering genom E3 ubiquitinligaseringskomplexet SCF (Skp, Cullin, F-box). F-boxmotivet binder specifikt till substratproteiner som ska undergå degradering.
Muskelatrofi definieras som en abnorm nedsättning av muskelmassan orsakad av att antalet muskelceller minskar eller muskelcellernas storlek avtar. Detta kan inträffa till följd av långvarig inaktivitet, sjukdom, skada eller åldrande.
Endoplasmic Reticulum-Associated Degradation (ERAD) refererar till den process där proteiner som har felaktigt foldats eller skadats inom endoplasmatiska nätverket (ER) transporteras tillbaka till cytosolen för nedbrytning. Detta sker genom ett samarbete mellan ER och proteasomen, en komplex struktur som bryter ner proteiner i cellen. Proteinerna transporteras från ER till proteasomen via en speciell transportväg som kallas för proteasomal degradation-signalpatchen (PS-patch). När proteinerna når proteasomen, så sker deras nedbrytning till små peptider som kan recirkuleras eller tas bort av cellen. ERAD spelar en viktig roll i att underhålla kvalitetskontrollen av proteiner och att eliminera skadade proteiner som annars skulle kunna vara skadliga för cellen.
Gene knockdown techniques refer to scientific methods used to reduce the expression of a specific gene, typically through the inhibition of its messenger RNA (mRNA) molecule. This is often achieved using RNA interference (RNAi), where short double-stranded RNA (dsRNA) molecules are introduced into cells to trigger the degradation of corresponding mRNA sequences, thereby preventing protein synthesis. Another method includes using antisense oligonucleotides that bind to and block the translation of target mRNAs. These techniques are widely used in molecular biology research to study gene function and its impact on cellular processes and disease states.
Cyclin-dependent kinase inhibitor proteins (CDKIs) are a type of regulatory protein that play a crucial role in controlling the cell cycle, which is the process by which cells grow and divide. CDKIs work by binding to and inhibiting the activity of cyclin-dependent kinases (CDKs), which are enzymes that help drive the cell cycle forward.
Multivesicular bodies (MVBs) are membrane-bound organelles found within eukaryotic cells, including human cells. They are formed from the intraluminal vesicles (ILVs) that bud inward from the limiting membrane of late endosomes. These ILVs enclose portions of the cell's inner membrane and extracellular cargo, such as proteins and lipids, which are destined for degradation or recycling. MVBs can fuse with lysosomes, where their contents are broken down by hydrolytic enzymes. Additionally, MVBs play a role in the biogenesis of exosomes, which are small extracellular vesicles released from cells and contain various molecular constituents derived from the ILVs of MVBs.
CDC20 proteins are a type of regulatory protein that plays a crucial role in the cell cycle, specifically during the transition from metaphase to anaphase in mitosis and meiosis. They function as part of the anaphase-promoting complex/cyclosome (APC/C), which is a multi-subunit E3 ubiquitin ligase that targets specific proteins for degradation by the proteasome. CDC20 binds to and activates the APC/C, allowing it to mark cell cycle regulators like securin and cyclin B for destruction, thereby promoting sister chromatid separation and exit from mitosis.
APC11 Subunit, Anaphase-Promoting Complex-Cyclosome (APC/C) refers to a crucial component of the APC/C complex, which is a large E3 ubiquitin ligase that plays a critical role in regulating the cell cycle. Specifically, APC11 is one of the essential subunits of the APC/C complex and is responsible for catalyzing the transfer of ubiquitin molecules to specific protein substrates, thereby targeting them for degradation by the proteasome. During anaphase, the APC/C complex, in conjunction with its co-activators CDC20 and CDH1, promotes the degradation of key cell cycle regulators such as securin and cyclins, allowing for the separation of chromosomes and the progression into the next phase of the cell cycle. Defects in APC/C function have been implicated in various human diseases, including cancer.
Muskelproteiner är proteiner som utgör strukturella komponenter och funktionella molekyler inom muskler. De är involverade i diverse processer såsom muskelkontraktion, regeneration och homeostas. Exempel på muskelproteiner inkluderar aktin, myosin, titin och troponin.
Små kromosomproteiner (ca 12-20 kD) med öppen, oveckad struktur och kopplade till cellkärnors DNA med jonbindning. Klassificeringen i olika typer (histon I, histon II osv) är baserad på mängdförhållandet mellan arginin och lysin i var och en av typerna.
Ett släkte blommande växter i den norra tempererade zonen. Arten A. thaliana används för växtgenetiska studier.
"RNA (Ribonucleic acid) är ett ensträngat nucleotidmolekylt som fungerar som genetisk budbärare i celler, transportierande genetisk information från DNA till ribosomer under protein syntesprocessen."
Rekonstruktion av en sammanhängande, dubbelsträngad DNA-molekyl utan felparning utifrån en molekyl med skadade områden. De viktigaste typerna av reparationsmekanismer är: excisionsreparation, där defekta områden i en sträng tas ut och återsyntetiseras med hjälp av den information som de komplementära basparen i den hela strängen innehåller; ljusåteraktiveringsreparation, som innebär att de nedbrytande och mutagena effekterna av UV-strålning elimineras; samt postreplikationsreparation, där de primära skadorna inte repareras, men där gapen i en dotterdubbelsträng fylls med delar av den andra, oskadade duplexdottern. Excisionsreparation och postreplikationsreparation kallas ibland för "mörk reparation", eftersom de inte kräver ljus.
Arrangerad genetisk mutagenes på någon specifik plats i DNA-molekylen som ger en bassubstitution, infogning eller radering.
En aminosyrasekvens i en polypeptid eller en nukleotidsekvens i DNA eller RNA som är den samma hos flera arter. En känd uppsättning bevarade sekvenser representeras av en konsensussekvens. Aminosyramotiv består ofta av bevarade sekvenser.
En plasmid är en liten, cirkulär dubbelsträngad DNA-molekyl som kan replikera självständigt och förekommer hos bakterier och andra encelliga organismer. Plasmider kan överföras mellan celler och innehåller ofta gener som ger resistens mot antibiotika eller kodar för toxiner. De används också i molekylärbiologi som vektorer för kloning av gener.
Tillförsel av molekyler av rekombinant DNA från prokaryota eller eukaryota källor till replikationsvektorer, så som plasmider eller virus, och införande av de härvid erhållna hybridmolekylerna i mottagarceller, utan att livsdugligheten hos dessa celler ändras.
Genetisk transkription är ett biologiskt process där DNA-sekvensen kopieras till en mRNA-sekvens (meddelande RNA) med hjälp av enzymet RNA-polymeras, vilket möjliggör syntesen av proteiner.
Protein undersyrer, eller proteindeficiens, refererer til et tilstand hvor kroppen mangler tilstrækkelig med proteiner for at fungere korrekt. Proteiner er essentielle for at bygge og reparere væv, producere hormoner og enzymer, og styrke immunforsvaret. En proteindeficiens kan føre til muskelatrofi, øget infektionsrisiko, langsomme vækst hos børn, svækkelse af immunsystemet, og i alvorlige tilfælde kan det også medføre koma eller død. Proteinmangel kan skyldes en mangel på proteinindtag eller en øget proteinbehov, fx som følge af sygdom, graviditet eller svær fysisk aktivitet.
TNFR-associated factor 6 (TRAF6) is a cytoplasmic adaptor protein that plays a crucial role in intracellular signaling pathways, particularly those associated with the TNF (Tumor Necrosis Factor) receptor superfamily and other innate immune receptors. TRAF6 acts as a key signaling molecule by interacting with various receptors and recruiting downstream effectors to activate essential cellular responses, such as inflammation, immunity, differentiation, and cell survival. It is well-known for its involvement in the activation of NF-κB (Nuclear Factor kappa-light-chain-enhancer of activated B cells) and MAPK (Mitogen-Activated Protein Kinase) signaling cascades, which ultimately lead to the expression of proinflammatory cytokines, chemokines, and costimulatory molecules. Dysregulation of TRAF6 has been implicated in several inflammatory and autoimmune diseases, as well as cancer progression.
Musstammar, hos vars individer vissa gener inaktiverats, eller slagits ut. Utslagningen åstadkoms genom att man med hjälp av rekombinant DNA-teknik ändrar den normala DNA-sekvensen hos den gen som är föremål för studier, för att förhindra syntes av normala genprodukter. Klonade celler med lyckad DNA-förändring injiceras sedan i musembryon för framställning av chimärer. De chimära mössen avlas därefter för att ge en stam där alla celler i varje mus innehåller den brutna genen. Knockout-möss används i experimentella djurmodeller av sjukdomar och för att klarlägga geners funktioner.
En av de två formerna av celldöd. Till skillnad från den patologiska processen nekros är apoptos en biologiskt programmerad process, ansvarig för en fysiologisk likvidering av celler. Denna typ av cel ldöd tjänar som en motvikt mot mitos och utgör ett led i regleringen av vävnaders tillväxt och storlek.
"Nervvävnadsproteiner" refererar till de proteiner som utgör strukturella och funktionella komponenter hos nervceller (neuron) och deras stödjande celler (glialceller) i nervsystemet. Dessa proteiner är involverade i en rad olika processer, inklusive signaltransduktion, cellytiska processer, neurotransmission och homeostas. Exempel på nervvävnadsproteiner är neurofilament, tubulin, aktin, laminer, GFAP (glial fibrillär acidisk protein) och diverse receptorer och kanaler.
En delning av cellkärnan, vid vilken de båda nya kärnorna vanligtvis får en kromosomuppsättning som är identisk med den hos artens somatiska celler.
Spjälkning av ett kemiskt ämne genom tillägg av en vattenmolekyl.
En prolifererande cellkärneantigen (PCNA) är ett protein som syntetiseras under celldelningens DNA-replikationsfas och fungerar som en processmässig markör för celldelning och cellväxt. Det används ofta som en indikator på celular proliferation inom medicinsk forskning, eftersom högre nivåer av PCNA-uttryck kan vara associerade med olika patologiska tillstånd, såsom cancer och andra sjukdomar som involverar cellproliferation.
Proteiner från insektarter tillhörande släktet Drosophila (bananfluga, fruktfluga). Särskilt proteiner från den mest välundersökta Drosophilaarten, Drosophila melanogaster, tilldrar sig stort intresse när det gäller forskning inom morfogenes och utveckling.
"Sekundær proteinstruktur refererer til den lokale, regulære foldning af en del af et proteins peptidkæde, der er stabiliseret af hydrogenbindinger mellem aminosyrestrupperne, f.eks. alfa-helix eller beta-skal."
Påskyndande av en kemisk reaktion genom medverkan av en särskild reaktorsubstans, katalysator.
Cellers egenskap att kunna skilja ut och bryta ned skadade eller överflödiga beståndsdelar genom autofaga vakuoler (cytolysosomer). Autofagocytos spelar en stor roll i kräldjurens omvandlingsprocess o ch i samband med osteoklasters nedbrytning av benvävnad. Sy. autofagi.
En analysmetod som används för att bestämma ett kemiskt ämne utifrån dess massa med hjälp av någon form av masspekrometer.
"Cyclin-dependent kinase inhibitor p27" refers to a protein that regulates the cell cycle by inhibiting the activity of cyclin-dependent kinases, which are enzymes that play a crucial role in controlling the progression of the cell cycle. The p27 protein functions as a tumor suppressor by preventing cells from dividing too rapidly or in an uncontrolled manner, and its expression is often reduced in various types of cancer.
Läran om förloppsdynamik i kemiska och fysikaliska system.
Analoger och derivat av det grönfluorescerande proteinet från Aequorea victoria, vilka avger ljus (fluorescens) vid bestrålning med UV-ljus. De används i rapportgener i samband med genetisk teknik. Ett antal mutanter som avger ljus i andra färger eller är pH-känsliga har framställts.
Jästsvampar, eller candida albicans, är en typ av opportunistiska svampar som naturligt förekommer på huden och slimhinnor hos människor utan att vanligtvis orsaka några besvär. De kan dock leda till infektioner, särskilt i samband med försvagad immunförsvar eller vid störningar i den normala bakteriefloran. Jästsvampar kan ge upphov till diverse symptom beroende på vilken del av kroppen de infekterar, exempelvis orala eller genitala sår, hudirritationer eller invasiva systemiska infektioner.
Ett fosfoprotein som kodas i BRCA1-genen. Det har begränsad likhet med sekvenser från kända proteiner. I normala celler finns BRCA1-proteinet i cellkärnan (nukleus), medan det i de flesta brösttumörce llinjer återfinns i cytoplasman.
Ett syndrom kännetecknat av ett flertal abnormaliteter, mental efterblivenhet och rörelserubbningar. Det sammanhänger med defekter i kromosom 15q11-13.
NF-κB (Nuclear Factor kappa-light-chain-enhancer of activated B cells) är ett transkriptionsfaktorprotein som spelar en central roll i reguleringen av immunresponsen, inflammation och cellcykeln. I vila finns NF-κB komplexat med dess inhibitor IκB och hålls inaktiverat i cytoplasman. När cellen aktiveras genom olika signaltransduktionsvägar får IκB en signalserie av fosforyleringar som leder till att det degraderas, vilket frigör NF-κB att transloeras in i kärnan där det binder till specifika DNA-sekvenser och påverkar transkriptionen av målgener.
APC5 Subunit, Anaphase-Promoting Complex-Cyclosome (APC/C) refers to a specific subunit of the E3 ubiquitin ligase complex known as APC/C, which plays a critical role in regulating the cell cycle. The APC/C complex is responsible for targeting specific proteins for degradation by the proteasome during various stages of the cell cycle, thereby ensuring proper progression through mitosis and exit from mitosis.
Den yttre framtoningen hos individen. Den är resultat av samspelet mellan generna och mellan genotypen och miljön.
Mikroskopering av prov färgade med fluorescent färgämne (vanligen fluoresceinisotiocyanat) eller av naturligt fluorescerande material, vilka avger ljus vid belysning med UV- eller blått ljus. Vid immunfluorescensmikroskopi utnyttjas antikroppar märkta med fluorescent färg.
'Vesicular Transport Proteins' refererar till specifika proteiner som fungerar som transportörer under cellens membrantransport via vesiklar. Dessa proteiner hjälper till att transportera olika substanser, såsom näringsämnen, hormoner och neurotransmittorer, mellan olika kompartment inom cellen eller mellan celler genom att forma små blåsor (vesiklar) som avgränsas av ett lipidbilaga. Genom att binda specifikt till vesikelmembranet och/eller transportbanans membran, underlättar vesikulära transportproteiner frakt, fusion och innehållsutbytet mellan olika kompartment i cellen. Exempel på vesikulära transportproteiner inkluderar SNARE-proteiner, coatomer och kinesin.
Det område i ett enzym som genom verkan på sitt substrat utlöser en enzymreaktion.
En proteasomhämmare är ett läkemedel som blockerar funktionen hos proteasomen, en cellular molekylär maskin som bryter ner överflödiga eller skadade proteiner, vilket leder till att celldöd (apoptos) induceras i cancerceller.
"Protein multimerization" refererar till processen där ett protein eller ett subenhet av ett protein interagerar och sammanlänkar med identiska proteiner eller subenheter för att bilda en större, komplex struktur som består av flera likadana monomera enheter. Denna process kan involvera icke-kovalenta interaktioner såsom vätebindningar, saltbrobryggor och hydrofoba effekter, eller kovalenta bindningar som disulfidbindningar. Multimerization av proteiner är viktigt för deras funktionella aktivitet, stabilitet, sammansättning och reglering inom celler.
Ikaros-kappa B-kinase (IKK) är ett protein som spelar en viktig roll inom cellens immunförsvar och inflammation. IKK är en komplex bestående av flera underenheter, däribland IKKα och IKKβ, som aktiveras i respons på olika signalsubstanser. När IKK aktiveras får det förmågan att fosforylera (och därmed aktivera) proteinet IkB (inhibitor av kappa B), vilket leder till att IkB degraderas och frigör proteinerna p50 och p65, som sedan kan transporteras in i cellkärnan och binder till DNA. Detta resulterar i aktivering av olika gener som är involverade i immunförsvaret och inflammationen. IKK är därför en viktig regulatör av celldelning, celldöd, cellcykeln och cytokinproduktion.
Proteiner som kodas av IE-gener, då de novo-proteinsyntes inte föreligger. Termen användes ursprungligen för reglerproteiner som syntetiserades hos virus omedelbart efter virusupptagning i värdcellen. Begreppet används även för cellulära proteiner som syntetiseras omedelbart efter att en vilande cell stimulerats av extracellulära signaler.
Den del av cellen som innehåller cytosolen och andra strukturer än cellkärnan, mitokondrierna och större vakuoler.
Ett enzym som katalyserar tillägg av alifatiska, aromatiska eller heterocykliska radikaler, liksom även epoxider och arenoxider, till glutation. Bindningen sker vid svavelatomen. Det katalyserar även reduktion av polyolnitrat genom glutation till polyol och nitrit. EC 2.5.1.18.

'Ubiquitin' är ett litet protein som spelar en viktig roll i cellens proteinska homeostas. Det kovalent binder till andra proteiner, vilket kan leda till att de transporteras till olika cellytor för nedbrytning eller förändras på annat sätt för att reglera deras funktioner. Ubiquitinering är en reversibel process som involverar flera enzymer och kan ha olika konsekvenser beroende på hur många ubiquitiner som adderas till proteinet och var de adderas.

Denna mekanism används av cellen för att reglera en rad olika processer, inklusive proteintransport, signalering, DNA-reparation och proteinförstörelse. Dysfunktionella ubiquitinering kan leda till flera sjukdomar, såsom neurodegenerativa sjukdomar, cancer och inflammatoriska tillstånd.

'Ubiquitin-protein ligaser' (UBE's or E3 ligases) är en typ av enzymer som spelar en viktig roll i proteinnedbrytningen och regleringen av cellulära processer, såsom celldelning, signaltransduktion och DNA-skador. De gör detta genom att katalysera överföringen av ubiquitin, ett litet protein, till specifika målproteiner.

Ubiquitinering av proteiner kan leda till olika konsekvenser beroende på hur många ubiquitinmolekyler som adderas och var de adderas. Monoubiquitinering (enbart en ubiquitinmolekyl) kan fungera som en signal för att ändra proteins interaktioner eller lokalisering, medan polyubiquitinering (flera ubiquitinmolekyler) oftast är associerat med proteinnedbrytning.

UBE's kan kategoriseras i tre huvudgrupper baserat på deras struktur och mekanism: Really Interesting New Gene (RING)-finger, Homologous to E6-AP C-terminus (HECT) och RING Between RING (RBR). Varje grupp har sina unika egenskaper och roller i ubiquitinering av olika målproteiner.

I allmänhet är UBE's viktiga regulatörer av cellulära processer, och deras felreglering kan leda till patologiska tillstånd såsom neurodegenerativa sjukdomar, cancer och inflammatoriska tillstånd.

Ubiquitination är en posttranslationell modifikation av proteiner, vilket innebär att det sker efter att proteinernas syntes är färdig. Processen inkluderar att koppla en ubiquitinmolekyl till ett protein, ofta vid lysinresterna i proteinet. Detta kan ske antingen som monoubiquitination (en ubiquitinmolekyl) eller polyubiquitination (flera ubiquitinmolekyler i en kedja).

Ubiquitinering har flera funktioner, men den viktigaste är att markera proteiner för nedbrytning inuti cellen av proteasomen. Proteasomen är ett komplext protein som bryter ner andra proteiner till små peptider och aminosyror, vilka kan återanvändas i syntesen av nya proteiner.

Ubiquitinering spelar också en roll i regleringen av proteinkinasers aktivitet, DNA-reparation, autofagi (en process där cellen bryter ner eget cytoplasma), och intracellulär trafficking (transport inom cellen).

Felet i ubiquitinering kan leda till flera sjukdomar, såsom neurodegenerativa sjukdomar, cancer och inflammatoriska sjukdomar.

Ubiquinone/coenzym Q10-reduktas eller ubikvitinonreduktas (EC 1.10.3.12) er ein komponent i elektrontransportkjeden under aerob respirasjon i mitokondriene og er også kjent som ubikvitinon-10 hydroxylas eller QHR og har en viktig rolle i produksjonen av energi i form av ATP (Adenosintrifosfat) i celleleg systemet. Ubikvitinonreduktas er ein flavoprotein som består av to underenheter, en Fp-underenhet og en Ir-underenhet.

Ubikvitinonreduktas katalyserer oksidasjonen av ubihydrochinon (ubiquinol) til ubikvitinon (ubiquinone), samtidig som det reducerer molekylær ilt (O2) til vann. Dette skjer ved overføringen av elektroner fra ubihydrochinon til FAD (flavinadenindinukleotid) i underenheten Fp, og deretter overføres elektronene videre til molekylær ilt via en kobber- og hemejern-holdig center i underenheten Ir.

Ubikvitinonreduktas er også involvert i andre cellulære prosesser som antioxidativt forsvar, apoptose (programmert celledød) og modulerer aktiviteten til mange enzymer. Diskfunksjon av ubikvitinonreduktas kan være involvert i ulike sykdommer som kreft, neurodegenerative lidelser og kardiovaskulære lidelser.

Ubiquitination är en posttranslationell modifikation av protein, vilket innebär att ett ubiquitinmolekyl (ett litet protein) adderas till en aminosyrasekvens hos ett målprotein. Detta process katalyseras av en serie enzymer, inklusive ubiquitinaktiverande enzym (E1), ubiquitinkonjugerande enzym (E2) och ubiquitinligaser (E3). Genom att addera polyubiquitin chains till målproteinet kan det leda till proteasomdegradering, vesikulär transport eller signaltransduktion. Ubiquitination är involverad i en rad cellulära processer som celldelning, apoptos och immunresponser.

Ubiquitin-conjugating enzymes (UBC or UBEs) are a family of enzymes that play a crucial role in the ubiquitination process, which is a post-translational modification of proteins. This modification involves the covalent attachment of the protein ubiquitin to specific lysine residues on target proteins. The ubiquitination process regulates various cellular processes, including protein degradation, DNA repair, and signal transduction.

Ubiquitin-conjugating enzymes function as a bridge between the ubiquitin-activating enzyme (E1) and the ubiquitin ligase (E3). The UBC enzymes catalyze the transfer of ubiquitin from the E1 enzyme to the E3 ligase, which then transfers ubiquitin to the target protein. Ubiquitin-conjugating enzymes contain a conserved catalytic domain called the ubiquitin-conjugating (UBC) domain, which is responsible for the transfer of ubiquitin.

There are over 30 different ubiquitin-conjugating enzymes in humans, and they are classified into two main groups based on their structure and mechanism of action: really interesting new gene (RING) finger E2s and homologous to E6AP C-terminus (HECT) E2s. RING finger E2s function as simple adaptors that facilitate the transfer of ubiquitin from the E1 enzyme to the E3 ligase, while HECT E2s have an additional catalytic cysteine residue that forms a thioester bond with ubiquitin before transferring it to the target protein.

Dysregulation of ubiquitination has been implicated in various diseases, including cancer, neurodegenerative disorders, and inflammatory diseases. Therefore, understanding the function and regulation of ubiquitin-conjugating enzymes is essential for developing therapeutic strategies to target these diseases.

Proteasom-endopeptidaskomplex är ett intracellulärt enzymkomplex som spelar en central roll i proteinnedbrytningen och proteinrecycling inne i cellen. Det består av flera underenheter, varav de flesta är proteaser med kapacitet att klippa sönder peptidbindningar i proteiner. Proteasomen deltar i kontrollen av cellytan genom att bryta ner skadade eller felaktiga proteiner, reglera proteinernas koncentration och styrka samt delta i immunförsvaret genom presentation av peptider på cellens yta. Proteasom-endopeptidaskomplexet är involverat i en rad cellulära processer som celldelning, signaltransduktion och apoptos.

Cullin proteins are a family of structurally related proteins that play a crucial role in the formation of multi-subunit E3 ubiquitin ligase complexes. These complexes are responsible for targeting specific cellular proteins for ubiquitination, a post-translational modification that marks them for degradation by the 26S proteasome.

There are eight known mammalian Cullin family members (CUL1, CUL2, CUL3, CUL4A, CUL4B, CUL5, CUL7, and CUL9), each of which shares a conserved modular structure consisting of an N-terminal domain that interacts with specific adaptor proteins, a central region that binds to RING-box protein (Rbx) components, and a C-terminal domain that is involved in regulatory functions.

The different Cullin proteins form distinct E3 ubiquitin ligase complexes by associating with unique combinations of adaptor proteins and substrate receptors. For example, the SCF (Skp1-CUL1-F-box protein) complex is formed through the interaction between CUL1, Skp1, and an F-box protein, which together recognize and ubiquitinate specific target proteins. Similarly, the CRL4 (Cullin 4-RING E3 ubiquitin ligase) complex consists of either CUL4A or CUL4B, DDB1 (damage-specific DNA binding protein 1), and a substrate receptor, which targets proteins for degradation in response to various cellular signals.

Dysregulation of Cullin protein function has been implicated in several human diseases, including cancer, neurodegenerative disorders, and viral infections, highlighting their importance as potential therapeutic targets.

Polyubiquitination är en posttranslationell modifikation av proteiner där ubiquitinmolekyler adderas i serie till en lysinrest på ett protein. Denna process reglerar många cellulära funktioner, såsom proteinkedjan, intracellulär transport och DNA-skador. Polyubiquitinerade proteiner kan transporteras till proteasomkomplexet för nedbrytning och recykling av aminosyror. Anormalt höga nivåer av polyubiquitinering kan vara associerade med patologiska tillstånd, såsom neurodegenerativa sjukdomar och cancer.

Ligase er et enzym som katalyserer dannelsen av en kovalent binding mellom to komplementære nukleotider i en DNA-molekyle. Dette er en viktig reaksjon i DNA-reparasjon og -replikasjon, og ligase-enzymene spiller en sentral rolle i mange biologiske prosesser som eksempelvis genert transskripsjon og RNA-prosessering. Der er forskjellige typer av ligase-enzyme, og de har forskjellige substratspecifitet og funksjon i levende organismer.

SCF (Skp, Cullin, F-box) protein ligases are a family of E3 ubiquitin ligases that play a crucial role in the ubiquitination and subsequent degradation of proteins. The SCF complex is composed of several subunits, including Skp1, Cul1 (or Cul5), Rbx1, and an F-box protein.

The F-box protein is responsible for recognizing and binding to specific substrates that are targeted for degradation. There are multiple F-box proteins, each with a different substrate specificity, allowing the SCF complex to target a wide range of proteins for degradation.

Once the SCF complex binds to its substrate, it catalyzes the transfer of ubiquitin molecules from an E2 ubiquitin-conjugating enzyme to the substrate. This process is repeated multiple times, resulting in a polyubiquitinated protein that is then recognized and degraded by the 26S proteasome.

The SCF complex plays important roles in various cellular processes, including cell cycle regulation, signal transduction, and DNA damage response. Dysregulation of SCF-mediated ubiquitination has been implicated in several diseases, including cancer and neurodegenerative disorders.

'Ubiquitin-protein ligase complex' är ett samlingsnamn för proteinkomplex som katalyserar överföringen av ubiquitin till en specifik proteinmottagare. Denna process, kallad ubiquitinering, kan leda till en rad olika konsekvenser för målproteinet, såsom att markera det för nedbrytning i proteasomen eller att påverka dess subcellulära lokalisation och funktion. Ubiquitin-protein ligase complexer består av flera underenheter, inklusive ubiquitinaktiverande enzym (E1), ubiquitinkonjugeringsenzym (E2) och ubiquitin-proteinligas (E3). E3-underenheten spelar en central roll i processen genom att specificera vilket protein som ska utsättas för ubiquitinering.

Ubiquitin-activating enzymes, also known as E1 enzymes, are a class of enzymes that play a crucial role in the ubiquitination pathway, which is a post-translational modification process that regulates various cellular processes, including protein degradation, DNA repair, and signal transduction.

The ubiquitination pathway involves the sequential action of three types of enzymes: E1 enzymes, E2 enzymes (ubiquitin-conjugating enzymes), and E3 enzymes (ubiquitin ligases). The E1 enzyme is responsible for activating ubiquitin, a small protein molecule, by forming a thioester bond between the carboxyl group of ubiquitin and the sulfhydryl group of a conserved cysteine residue in the E1 enzyme.

This activation step requires ATP and results in the formation of a high-energy thioester intermediate, which then transfers the activated ubiquitin to an E2 enzyme. The E2 enzyme then works with an E3 enzyme to transfer the ubiquitin molecule to a specific lysine residue on the target protein, marking it for degradation or other cellular fates.

There are multiple E1 enzymes in humans, each of which activates a specific type of ubiquitin or ubiquitin-like protein. Dysregulation of the ubiquitination pathway has been implicated in various diseases, including cancer, neurodegenerative disorders, and inflammatory conditions. Therefore, understanding the function and regulation of E1 enzymes is an important area of research in biomedicine.

Ubiquitin-C er et protein som spiller en viktig rolle i proteinnedbryting og -recycling i cellene. Det er en del av ubiquitin-systemet, der markeres utleirede eller skadede proteiner slik at de kan bortskaffes av proteasomen, en slags enzymkompleks som bryter ned proteiner til små peptider og enkeltaminosyrer. Ubiquitin-C er et lite protein bestående av 76 aminosyrer, og det blir lagt til (konjugert) skadede eller utleirede proteiner ved hjelp av en rekke enzymer, noe som fører til at de markerede proteiner transporteres til proteasomen for nedbryting. Dette system er viktig for å holde balansen i cellens proteinnivå og for å unngå oppbygging av skadede eller ufunksjonelle proteiner som kan føre til celleavvik og sykdom.

Endosomal Sorting Complexes Required for Transport (ESCRT) är en grupp av proteinkomplex som spelar en viktig roll i transporten och sorteringen av membranproteiner inom cellen. De är involverade i processer såsom autofagi, multivesikulära kroppars bildning (MVB) och celdelning.

ESCRT-komplexen kan delas in i fyra huvudgrupper: ESCRT-0, ESCRT-I, ESCRT-II och ESCRT-III. Varje komplex har en specifik funktion i sorteringen av membranproteiner och interagerar med varandra för att fullborda processen.

ESCRT-0 är det första komplexet som rekryteras till membranet och är involverat i initial sortering av ubiquitinerade proteiner. ESCRT-I och ESCRT-II hjälper till att deformera membranet och bilda membrantuberler, medan ESCRT-III är involverat i skärning av tuberlerna för att bilda små vesiklar som innehåller de ubiquitinerade proteiner som ska transporteras eller degraderas.

I allmänhet är ESCRT-komplexen viktiga för cellens homeostas och felfunktioner i dessa komplex kan leda till sjukdomar såsom neurodegenerativa sjukdomar och cancer.

Ett F-boxprotein är en typ av protein som innehåller ett specifikt domän, känt som F-boxen, som interagerar med andra proteiner i cellen. F-boxproteinet är en komponent av E3 ubiquitinligasen, som spelar en viktig roll i den proteinskalvägsprocess som kallas för ubiquitination.

Denna process innebär att ett protein märks ut för nedbrytning genom att addera en ubiquitinmolekyl till det, vilket leder till att proteinet transporteras till proteasomen där det bryts ned till sina grundläggande aminosyror. F-boxproteinet fungerar som en adaptorprotein som hjälper till att binda specifika substratproteiner till E3 ubiquitinligasen, så att de kan markeras för nedbrytning.

Det finns många olika F-boxproteiner i cellen, och varje enhet kan binde specifika substratproteiner genom sin F-boxdomän och andra proteindomäner som den innehåller. Dessa F-boxproteiner är kända för att spela roll i olika cellulära processer, såsom celldelning, signaltransduktion och stressrespons.

"Ring finger domains" (RFDs) är en typ av proteininteraktionsdomäner som innehåller en typisk struktur med en länkad zinkfinger. Denna domän är känd för att vara involverad i proteinsammanlankning och genreglering. RFDs har identifierats hos flera olika eukaryota arter, inklusive däggdjur, fjärilar och svampar. De flesta proteiner med RFD-domäner är involverade i transkriptionella komplexförändringar och DNA-reparation. RFDs har också visat sig vara viktiga för celldelning och cytoskelettorganisation.

Proteinbindning (ibland även kallat proteininteraktion) refererar till den process där ett protein binder sig till ett annat molekylärt ämne, exempelvis en liten organisk molekyl, ett metalljon, ett DNA- eller RNA-molekyl, eller till ett annat protein. Proteinbindningar är mycket viktiga inom cellbiologi och medicinen, eftersom de ligger till grund för många olika biokemiska processer i kroppen.

Exempel på olika typer av proteinbindningar inkluderar:

* Enzym-substratbindningar, där ett enzym binder till sitt substrat för att katalysera en kemisk reaktion.
* Receptor-ligandbindningar, där en receptor binder till en ligand (exempelvis ett hormon eller en neurotransmittor) för att aktiveras och utlösa en cellsignal.
* Protein-DNA/RNA-bindningar, där proteiner binder till DNA eller RNA-molekyler för att reglera genuttrycket eller för att delta i DNA-replikation eller -reparation.
* Protein-proteinbindningar, där två eller fler proteiner interagerar med varandra för att bilda komplexa eller för att reglera varandras aktivitet.

Proteinbindningar kan styras av en mängd olika faktorer, inklusive den tresdimensionella strukturen hos de involverade molekylerna, deras elektriska laddningar och hydrofila/hydrofoba egenskaper. Många proteinbindningar kan också moduleras av läkemedel eller andra exogena ämnen, vilket gör att de är viktiga mål för farmakologisk intervention.

Proteolysis är ett medicinskt begrepp som refererar till nedbrytningen av proteiner genom enzymatisk process. Detta sker när ett specifikt enzym, känt som en proteas, binder till och klipper av aminosyror från proteinmolekylen, vilket resulterar i att det ursprungliga proteinets struktur och funktion förändras eller förstörs. Proteolys kan vara ett naturligt och nödvändigt biologiskt process som hjälper till med cellväxt, celldelning och cellsdöd, men det kan även spela en roll i patologiska tillstånd såsom neurodegenerativa sjukdomar, cancer och infektioner.

Tertiär proteinstruktur refererar till den tresdimensionella formen och flexibiliteten hos ett proteinmolekyl som resulterar från de specifika interaktionerna mellan dess sekundära strukturelement, såsom alfa-helixar och beta-flakor. Den tertiära strukturen av ett protein bestäms av den sekvensordningen (primär struktur) av aminosyror som utgör proteinet och de krafter som verkar mellan dem, såsom vätebindningar, dispersion-krafter och elektrostatiska attraktioner. Den tertiära strukturen är viktig för ett proteins funktionella aktivitet och kan vara stabil eller dynamisk beroende på proteinets roll i cellen.

En aminosyrasekvens är en rad av sammanfogade aminosyror som bildar ett protein. Varje protein har sin unika aminosyrasekvens, som bestäms av genetisk information i DNA-molekylen. Den genetiska koden specificerar exakt vilka aminosyror som ska ingå i sekvensen och i vilken ordning de ska vara placerade.

Aminosyrorna i en sekvens är sammanbundna med peptidbindningar, vilket bildar en polymer som kallas ett peptid. När antalet aminosyror i en peptid överstiger cirka 50-100 talar man istället om ett protein.

Aminosyrasekvensen innehåller information om proteinet och dess funktion, eftersom den bestämmer proteins tertiärstruktur (hur aminosyrorna är hopfogade i rymden) och kvartärstruktur (hur olika peptidkedjor är sammansatta till ett komplext protein). Dessa strukturer påverkar proteinet funktion, eftersom de avgör hur proteinet interagerar med andra molekyler i cellen.

Anaphase-Promoting Complex-Cyclosome (APC/C) er en multiprotein kompleks som spiller en sentral rolle i cellens deling, eller mitosen. APC/C er aktivt involvert i reguleringen av kromosomernes segreasjon under den senere delen av mitosen, og er derfor nødvendig for korrekt deling av celler.

APC/C fungerer ved å markere andre proteiner med en modifikasjon kalt ubiquitinering, som signalerer at de skal degraderes i proteasomen. Dette fører til at proteinet ikke lenger kan utføre sine funksjoner og derfor osløsnes fra strukturer det er bundet til. I denne sammenhengen er APC/C spesifikt involvert i ubiquitinering av proteiner som holder kromosomene samlet og forhindrer dem i å separere for tidlig i celledelingen. Når disse proteiner degraderes, frigjøres kromosomene og tillater dem å separere og drage seg bort fra hverandre, så cellen kan fullføre delingen korrekt.

I tillegg til sin rolle i mitosen er APC/C også involvert i andre cellulære prosesser som regulerer cellecyklusen og apoptose (programmert celledød). Dette viser at APC/C er en viktig regulator av mange aspekter av cellens livscyklus.

Molekylsekvensdata (molecular sequencing data) refererer til de resultater som bliver genereret når man secvenserer DNA, RNA eller proteiner i molekylærbiologien. Det innebærer typisk en række af nukleotider (i DNA- og RNA-sekvensering) eller aminosyrer (i proteinsekvensering), der repræsenterer den specifikke sekvens af gener, genetiske varianter eller andre molekyler i et biologisk prøve.

DNA-sekvensdata kan f.eks. anvendes til at identificere genetiske varianter, undersøge evolutionæ forhold og designe PCR-primerer. RNA-sekvensdata kan bruges til at studere genudtryk, splicevarianter og andre transkriptionelle reguleringsmekanismer. Proteinsekvensdata er vigtige for at forstå proteinstruktur, funktion og interaktioner.

Molekylsekvensdata kan genereres ved hjælp af forskellige metoder, herunder Sanger-sekvensering, pyrosekvensering (454), ion torrent-teknikker, single molecule real-time (SMRT) sekvensering og nanopore-sekvensering. Hver metode har sine styrker og svagheder, og valget af metode afhænger ofte af forskningens specifikke behov og ønskede udbytte.

'Ubiquitinated proteins' refererer til proteiner som har blitt markert med ubiquitin, en liten proteinmolekyl. Ubiquitinering er en posttranslationell modifikasjon som kan forekomme på mange forskjellige typer av proteiner i cellen. Denne prosessen inkluderer overføringen av ubiquitin fra et ubiquitin-aktiverende enzym til et substratprotein via en koblekjedreaksjon som involverer to andre enzymer, et ubiquitin-konjugerende enzym og et ubiquitin-ligase.

Ubiquitinering kan forekomme på forskjellige steder i substratproteinet, inkludert N-terminalen og lysiner i peptidkjeden. Denne modifikasjonen kan ha ulike konsekvenser for proteinet, som f.eks. å endre dess struktur, aktivitet eller stabilitet. I særdeleshet kan ubiquitinering av et protein være en signal for at det skal degradasjon av proteasomen, en intracellulær mekanisme for nedbrytning av proteiner.

Ubiquitinering spiller en viktig rolle i reguleringen av mange cellulære prosesser, inkludert proteinhomøostase, celldeling, DNA-reparasjon og apoptose. Feilreguleringer i ubiquitinering kan føre til ulike sykdommer, som kreft, neurodegenerative lidelser og inflammatoriske forstyrrelser.

S-phase kinase-associated proteins (Skp2) är en typ av protein som spelar en viktig roll i cellcykeln hos eukaryota celler. Skp2 är associerat med S-fasen av cellcykeln, vilket är den fas där DNA-replikation sker.

Skp2 är ett E3 ubiquitinligase protein som är en del av SKP1-CUL1-F-box protein (SCF) komplexet. Detta komplex etiketterar andra proteiner med ubiquitin, vilket markerar dem för nedbrytning i proteasomen. Skp2 har specifikt en roll i att reglera nedbrytningen av proteiner som är involverade i cellcykeln och celldelningen, inklusive p27 och p21, två cyklin-dependent kinase inhibitorer (CDKI).

Genom att reglera nedbrytningen av dessa CDKI-proteiner kan Skp2 påverka cellcykelns progression och celldelningens kontroll. Förhöjda nivåer av Skp2 har associerats med onkogenisk transformation och cancer, eftersom överaktiva Skp2-molekyler kan leda till oreglerad celldelning och tumörbildning.

Cysteine endopeptidases are a type of enzymes that cleave peptide bonds within proteins. They are also known as cysteine proteases or cysteine endoproteases. These enzymes contain a catalytic triad consisting of cysteine, histidine, and aspartate residues, with the cysteine residue acting as a nucleophile in the catalytic mechanism.

Cysteine endopeptidases play important roles in various biological processes, including protein degradation, cell signaling, inflammation, and immune response. They are also involved in several pathological conditions, such as cancer, neurodegenerative diseases, and infectious diseases caused by viruses and parasites.

Some examples of cysteine endopeptidases include caspases, which are involved in programmed cell death or apoptosis; cathepsins, which are lysosomal enzymes that degrade proteins; and the 20S proteasome, which is a large protein complex that degrades ubiquitinated proteins.

It's worth noting that while cysteine endopeptidases play important roles in many biological processes, they can also cause harm if their activity is not properly regulated. For example, excessive activation of cysteine endopeptidases has been implicated in the pathogenesis of several diseases, including cancer, neurodegenerative disorders, and inflammatory conditions.

Ubiquitin-specific proteases (USPs) är en familj av enzymer som katalyserar den reversibla processen att ta bort ubiquitineringsgruppier från protein. Ubiquitinering är en posttranslationell modifikation där ubiquitinproteinet adderas till en proteinmolekyl, vilket kan leda till proteinstabilitet och nedbrytning. USPs hydrolyserar den isopeptidbindningen mellan ubiquitinet och proteinen, vilket reverterar ubiquitineringen och på så sätt reglerar proteiners stabilitet, lokalisation och funktion. Dysfunktion i USP-relaterade processer har visats vara involverade i en rad sjukdomar, inklusive neurodegenerativa sjukdomar, cancer och inflammatoriska tillstånd.

'Lysin' er en type aminosyre som er essensiell for mennesker, det betyr at kroppen ikke kan produsere den selv og den må derfor tilføres gjennom kosten. Lysin spiller en viktig rolle i produksjonen av kollagen, en strukturell proteinskjemakke som er viktig for styrken og integriteten til huden, knoklene, blodkarrene og andre bindivisjevev. Det er også involvert i absorbsjonen av calcium, noe som er viktig for helse og styrke i knoklene. Lysin er en polar, alifatisk aminosyre med en lengre hydrokarbonkjede og en positivt ladet amino-gruppe. Den finnes naturligvis i mange matvarer som kjøtt, fisk, egg, bærtanter, ost og visse grønnsaker.

Protoncogeneringsproteinet c-CBL är ett protein som spelar en viktig roll i negativ reguleringen av signalsystemet för cellcykel och celldelning. Det gör detta genom att reglera aktiviteten hos olika receptorer och signalproteiner, till exempel tyrosinkinaser, som är involverade i dessa processer.

c-CBL har en E3 ubiquitinligasaktivitet, vilket betyder att det kan koppla till sig och markera andra proteiner med ubiquitinmolekyler för nedbrytning i proteasomen. Detta är ett sätt att reglera mängden av specifika proteiner inom cellen, såsom receptorer som har överaktiverats eller blivit skadade på grund av mutationer eller stressfaktorer.

c-CBL kan också interagera med aktinfilament i cytoskelettet och hjälpa till att reglera celldelningen och cellens form och rörelser. Dessutom har det visat sig ha en roll i immunsystemets funktion genom att reglera aktiviteten hos olika immunceller, såsom T-celler och B-celler.

Mutationer i c-CBL-genet kan leda till abnormalt fungerande proteiner som kan orsaka sjukdomar som cancer, inflammatoriska sjukdomar och autoimmuna sjukdomar.

'Saccharomyces cerevisiae' er en art av gjennomgående levende svamp, også kjent som bakerens gær. Proteiner i S. cerevisiae refererer til de forskjellige typer proteinmolekyler som produseres av denne organisasjonen. Disse proteinenene spiller mange forskjellige roller i cellens funksjon, inkludert strukturelle, enzymatiske og regulatoriske funksjoner. Nogen av disse proteinene kan også ha mediskje vital betydning for mennesker, særlig når det gjelder bakeri- og ølfermentasjon, ettersom de er involvert i prosessen til å omdanne sukker til alkohol og kultivering av dough. Proteiner fra S. cerevisiae brukes også i biomedisinske forskningsområder, særlig når det gjelder studier av celullær prosesser som kan være relevante for menneskelig sykdom.

En medicinsk definition av 'Multienzymkomplex' är ett sammanlänkat komplex av två eller fler enzymer som tillsammans katalyserar en serie biokemiska reaktioner. Varje enzym i komplexet utför en specifik reaktion i serien, och de samverkar för att effektivt omvandla ett substrat till sitt slutgiltiga produkt.

Ett exempel på ett multienzymkomplex är pyruvatdehydrogenaskomplexet (PDC), som katalyserar tre steg i oxidationen av pyruvat till acetyl-CoA, en viktig reaktion i cellandningen. PDC består av tre olika enzymer: pyruvatdehydrogenas (E1), dihydrolipoyltransacylas (E2) och dihydrolipoyldehydrogenas (E3). Dessa enzymer är organiserade i ett komplex där de kan dela på elektroner och protoner under reaktionsprocessen.

Multienzymkomplex är viktiga för att effektivt styra och reglera biokemiska processer inom celler, eftersom de kan samordna och kontrollera flera steg i en kaskad av reaktioner. De kan också underlätta substrattransport och förhindra bortglidande av intermediära produkter genom att hålla dem inom komplexet tills de är färdigbearbetade.

En mutation är ett tillfälligt eller permanet genetiskt förändring i DNA-sekvensen som kan resultera i en förändring i strukturen eller funktionen hos ett protein eller en genprodukt. Mutationer kan uppstå spontant under celldelning, eller orsakas av externa faktorer såsom strålning, kemikalier eller virus. Mutationer kan vara skadliga, neutrala eller till och med fördelaktiga beroende på vilken del av genomet de påverkar och hur de påverkar genens funktion.

HEK (Human Embryonic Kidney) 293 cells är en immortaliserad celllinje som isolerades från humana embryonala njurceller under 1970-talet. Dessa celler har sedan dess blivit ett vanligt verktyg inom molekylärbiologi och genetisk manipulation, eftersom de är lätta att kultivera och har en hög transfektionsgrad. HEK293 celler används ofta för att producera rekombinanta protein och virus-like partiklar (VLPs) i forskning och utveckling av biologiska läkemedel. Det är viktigt att notera att dessa celler inte längre bär samma karaktäristika som de ursprungliga njurcellerna, eftersom de har genomgått en genetisk förändring under kultiveringen.

Kol-kvävecyklasen (eller Calvin-Benson-cykeln) är den biokemiska processen där växter, alger och vissa bakterier fångar in koldioxid från atmosfären och konverterar det till kolhydrater under fotosyntesen. Detta är en cyklisk process som består av tre huvudsakliga faser: carboxylationsfasen, reduktionsfasen och regenerationsfasen. I carboxylationsfasen fixerar enzymet RuBisCO (Ribulosa-1,5-bisfosfatkarboxylas/oxidas) koldioxid till en acceptormolekyl, ribulosa-1,5-bisfosfat, vilket resulterar i två molekyler 3-fosfoglycerat. I reduktionsfasen reduceras 3-fosfoglycerat till glyceraldehyd-3-fosfat med hjälp av ATP och NADPH, som producerats under ljusreaktionerna i fotosyntesen. Slutligen, i regenerationsfasen återbildas ribulosa-1,5-bisfosfat från de fem molekylerna glyceraldehyd-3-fosfat som bildats under reduktionsfasen. Denna cykel är viktig för att producera glukos och andra kolhydrater som växter behöver för tillväxt och utveckling.

"Cell cycle proteins" are a group of proteins that play crucial roles in regulating and controlling the cell cycle - the series of events that take place in a cell leading to its division and duplication. These proteins are involved in various checkpoints during the cell cycle, ensuring that each phase is completed accurately before progressing to the next one. They also help to coordinate the complex biochemical processes that occur during cell division, including DNA replication, chromosome separation, and cytokinesis. Examples of cell cycle proteins include cyclins, cyclin-dependent kinases (CDKs), and various checkpoint proteins.

Beta-Transducin Repeat-Containing Proteins (β-TRCP) är en typ av protein som innehåller beta-transducin repeats, vilket är en typ av strukturellt motiv som förekommer i vissa proteiner. Dessa proteiner spelar en viktig roll i den cellulära signaleringen och regleringen av olika cellulära processer, såsom celldelning, celldifferentiering och apoptos (programmerad celldöd).

Specifikt är β-TRCP ett typ av F-box protein som fungerar som en del av E3 ubiquitinligasenkomplexet SCF (Skp1-Cul1-F-box), vilket är involverat i den proteasomala nedbrytningen av proteiner. β-TRCP identifierar specifika substratproteiner genom att binda till deras destruktionsdomäner, vilket leder till polyubiquitinering och nedbrytning av dessa proteiner i proteasomen.

I synnerhet har β-TRCP visat sig spela en viktig roll i regleringen av cellcykeln, apoptos och celldifferentiering genom att rikta in sig på specifika substratproteiner som är involverade i dessa processer. Exempel på sådana substratproteiner inkluderar proteinkinask inhibitorer (PKI), glycogen syndrom protein 3 (GYS3) och kappaB-proteinet IkappaB, vilka alla är involverade i olika aspekter av cellsignalering och reglering.

"Bärarproteiner", eller "transportproteiner", är proteiner som binder till och transporterar specifika molekyler, såsom hormoner, vitaminer, lipider och joner, genom cellmembranet eller inom cellen. De hjälper till att reglera cellytans homeostas och kommunikation mellan olika celler. Exempel på bärarproteiner inkluderar hemoglobin, som transporterar syre i blodet, och LDL-cholesterol, som transporterar kolesterol i blodet.

"Cell line" er en betegnelse for en population av levende celler som deler seg selvstandig og ubestemt i laboratoriet. Disse cellene har typisk samme karyotype (sammensetningen av deres kromosomer) og genetiske egenskaper, og de kan replikeres over en lang periode av tid. De kan brukes i forskning for å studere cellebiologi, molekylær biologi, farmakologi, virologi og andre områder innen biovitenskapen. Eksempler på velkjente cellinjer inkluderer HeLa-cellinjen (som er tatt fra en livstrukturløs kvinne i 1951) og Vero-cellinjen (som er vanlig å bruke i studier av virusinfeksjoner).

'Saccharomyces cerevisiae' er en art av enkle celler organismer kjent som gjær. Den er en av de mest velstuderte arter av gjær og har vært brukt i både vitenskapelige studier og industrielle prosesser i tusenvis av år.

'Saccharomyces cerevisiae' er en fakultativt anaerob livsform, det vil si at den kan overleve ved å bruke ilkje for å oksidere sukker til kolsiringsprodukter som koldioxid og alkohol. Denne fermenteringsevnen er viktig i bakeri- og drikkevareindustrien, hvor den blir brukt til å lage brød, øl og vin.

I tillegg til sine praktiske anvendelser, er 'Saccharomyces cerevisiae' også en viktig modellorganisme i biologi og genetikk. Den har en liten, veldefinerte genom med om lag 6000 gener, og denne enkelhet gjør den til et ideelt system for å studere grunnleggende cellulære prosesser som celldeling, DNA-reparasjon og regulering av genuttrykk.

Hela-celler, även kända som HeLa-celler, är en immortaliserad celllinje som isolerades från ett cancerpatient som led av cervixcancer. Patienten hette Henrietta Lacks och hennes celler togs utan hennes vetskap eller samtycke under en operation 1951.

HeLa-cellerna är speciella eftersom de är "immortala", vilket betyder att de kan dela sig oändligt i laboratoriemiljö och fortsätta växa och reproduceras under lång tid. Detta gör dem till en mycket användbar resurs inom biomedicinsk forskning, eftersom de kan användas för att studera cellbiologi, genetik, cancer, virusinfektioner och andra sjukdomar.

HeLa-cellerna var den första mänskliga celllinjen som lyckades kultivera i laboratoriet och har sedan dess använts i tusentals forskningsstudier världen över. De har bidragit till ett stort antal vetenskapliga framsteg, inklusive utvecklingen av poliovaccinet, upptäckten av telomeraser och studiet av cellcykeln.

Emellertid har användningen av HeLa-celler också varit kontroversiell på grund av etiska frågor kring patientens samtycke och efterlevande familjs rättigheter till hennes genetiska information.

Posttranslational protein modification (PTMP) refererar till den process där proteiner modifieras efter att de har syntetiserats och fällts ut från ribosomen under translationen. Detta inkluderar en mängd olika typer av kemiska modifikationer som påverkar proteinernas funktion, stabilitet, lokalisation och interaktion med andra molekyler inuti eller utanför cellen.

Exempel på vanliga posttranslationella proteinmodifieringar är:

1. Fosforylering: Läggning av en fosfatgrupp till serin, treonin eller tyrosin residyer i proteinet. Denna modifikation kan aktivera eller inaktivera enzymer och signalproteiner.
2. Glykosylering: Läggning av en eller flera sockergrupper (oligosackarider) till asparagin, serin eller treonin residyer i proteinet. Denna modifikation kan påverka proteinets stabilitet, lokalisation och förmåga att interagera med andra molekyler.
3. Ubiquitinering: Läggning av en ubiquitinmolekyl till lysin residyer i proteinet. Denna modifikation kan markera protein för nedbrytning av proteasomen eller påverka protein-proteininteraktioner.
4. Sumoylering: Läggning av en SUMO (Small Ubiquitin-like Modifier) molekyl till lysin residyer i proteinet. Denna modifikation kan reglera transkription, DNA-reparation och signaltransduktion.
5. Metylering: Läggning av en metylgrupp till lysin eller arginin residyer i proteinet. Denna modifikation kan påverka protein-DNA-interaktioner och epigenetiska regleringar.
6. Acetylering: Läggning av en acetylgrupp till lysin residyer i proteinet. Denna modifikation kan reglera transkription, DNA-reparation och chromatinstruktur.

Dessa posttranslationala modifieringar spelar en viktig roll i cellulära processer som celldelning, signaltransduktion, apoptos och immunförsvar. Dysreglering av dessa modifieringar kan leda till patologiska tillstånd som cancer, neurodegenerativa sjukdomar och inflammatoriska sjukdomar.

Proteasome inhibitors are a class of medications that work by blocking the action of proteasomes, which are protein complexes in cells that break down other proteins. By inhibiting the proteasome, these drugs prevent the breakdown of proteins that regulate cell growth and division, leading to an accumulation of these proteins in the cell. This can cause the death of cancer cells and slow or stop their growth.

Proteasome inhibitors are used in the treatment of certain types of cancer, including multiple myeloma and mantle cell lymphoma. Examples of proteasome inhibitors include bortezomib (Velcade), carfilzomib (Kyprolis), and ixazomib (Ninlaro). These drugs are given by injection or infusion and are usually used in combination with other cancer treatments.

Side effects of proteasome inhibitors may include nausea, vomiting, diarrhea, fatigue, fever, and peripheral neuropathy (nerve damage that can cause numbness, tingling, or pain in the hands and feet). These drugs can also increase the risk of infection and may have other serious side effects. It is important for patients to discuss the potential risks and benefits of proteasome inhibitors with their healthcare provider.

Endopeptidaser är en typ av enzymer som bryter ned proteiner genom att spjälka (hydrolysera) peptidbindningarna mellan aminosyror inuti proteinmolekylen, istället för vid proteinets yta. De kallas också för proteinaser eller endoproteinaser. Det finns flera olika typer av endopeptidaser, som kategoriseras beroende på vilka peptidbindningar de preferentiellt spjälkar. Exempel på endopeptidaser är trypsin, chymotrypsin och kollagenas.

Aminosyramönster, eller aminoacyl-tRNA-mönstret, refererar till den specifika kombinationen av aminosyror och transfer-RNA (tRNA) som finns i en ribosom under processen att bygga upp ett protein enligt informationen i ett messenger-RNA (mRNA). Varje tRNA har en specifik anticodon-sekvens som matchar en komplementär kodon-sekvens på mRNA, och bär därmed en specifik aminosyra. När ribosomen läser av mRNA:t och bygger upp proteinet, binds aminosyran till den växande peptidkedjan genom en reaktion katalyserad av peptidyltransferas-enzymet i ribosomen. På så sätt skapas ett specifikt aminosyramönster som korrelerar med genetisk informationen i mRNA:t.

SUMO-1 (Small Ubiquitin-like Modifier 1) er et lite protein som kan binde seg til andre proteiner i cellen. Dette kaller man for sumoylering, og det er en form for posttranslationell modifikasjon av proteiner. SUMO-1-modifiseringen påvirker ofte proteinet den binder seg til ved å endre dets funksjon, lokasjon eller stabilitet.

Sumoyleringen foregår i et liknende sätt som ubiquitinering, noe som også er en form for posttranslationell modifikasjon av proteiner. Men mens ubiquitinering ofte fører til degradasjon av proteinet, kan sumoylering ha ulike effekter på det modifiserte proteinets skjebne.

SUMO-1-proteinet spiller en viktig rolle i reguleringen av flere cellulære prosesser, blant annet transkripsjon, DNA-reparasjon og celldeling. Dysfunksjoner i sumoyleringsprosessen har vært forbundet med ulike sykdommer, inkludert kreft, neurodegenerative lidelser og infeksjonssykdommer.

Leupeptin är ett proteinhibitor som hämmar en rad proteolytiska enzymer, däribland serinproteas, cysteinproteas och aspartylproteas. Det används i biokemisk forskning för att inhibera degraderingen av proteiner under olika experimentella förhållanden. Leupeptin har också visat sig ha potential som ett terapeutiskt medel inom medicinen, särskilt inom områdena cancer och neurodegenerativa sjukdomar, då dess förmåga att hämma proteas-aktiviteten kan påverka cellers överlevnad och apoptos.

I medicinen kan "signalomvandling" definieras som den process där celler eller molekyler omvandlar inkommande signaler till en biologisk respons. Detta sker ofta genom en kaskad av reaktioner, där en initial signal aktiverar en receptor, som sedan aktiverar andra molekyler i en signalkedja. Den slutliga responsen kan vara en genetisk aktivering eller enzymatisk aktivitet, beroende på vilken typ av cell och signal som är inblandad. Signalomvandling är en central mekanism för cellkommunikation och koordinering av cellulära processer som tillväxt, differentiering och apoptos (programmerad celldöd).

Cellkärneproteiner är proteiner som finns i cellkärnan och utför olika funktioner där. De kan delas in i flera kategorier baserat på deras funktion, såsom strukturella protein som bildar kärnans cytoskelett och lamina, regulatoriska proteiner som kontrollerar genuttryck och replikation, och enzymproteiner som katalyserar reaktioner inne i cellkärnan. Cellkärneproteinerna är viktiga för celldelning, genreglering, signaltransduktion och andra cellulära processer.

Proteinstabilitet refererer til den termodynamiske stabiliteten hos et protein, dvs. dets evne til at bevare sin naturlige 3D-struktur under forskellige fysiologiske betingelser i levende organismer. Proteiner er bygget op af en kæde af aminosyrer, der foldes korrekt og danner en specifik struktur, der tillader dem at udføre deres biologiske funktioner optimalt.

Proteinstabilitet kan være påvirket af forskellige faktorer, herunder:

1. Mutationer i proteinet's aminosyrekæde, som kan forstyrre eller destabilisere proteinets naturlige 3D-struktur.
2. Forandringer i pH, temperatur, saltkoncentration eller andre miljøfaktorer, der kan påvirke proteinet's stabilitet.
3. Interaktioner med andre molekyler, som kan binde til proteinet og forstyrre eller stabilisere dets struktur.

I en medicinsk kontekst kan forståelsen af proteinstabilitet være relevant for at forklare årsagerne til mange sygdomme, herunder neurodegenerative lidelser, kanker og genetiske sygdomme. Videnskaben om proteinstabilitet er derfor en vigtig del af biomedicinsk forskning, da den kan hjælpe med at identificere nye måder at behandle og forhindre disse sygdomme på.

Molekylära modeller är matematiska och grafiska representationer av molekyler och deras interaktioner på en molekylär nivå. Dessa modeller används inom flera områden inom naturvetenskapen, till exempel inom biologi, kemi och fysik, för att förutsäga hur olika molekyler beter sig och interagerar med varandra.

En molekylär modell kan bestå av en tredimensionell struktur av en molekyl, som visar var varje atom finns placerad och hur de är bundna till varandra. Den kan också inkludera information om elektronmolntopologi, laddning och andra fysikaliska egenskaper hos molekylen.

Molekylära modeller kan användas för att simulera kemiska reaktioner, studera proteiners struktur och funktion, utveckla läkemedel och förstå komplexa biologiska system på en molekylär nivå. Genom att visualisera och analysera molekylära modeller kan forskare få en bättre förståelse för de grundläggande principerna som styr molekyler och deras interaktioner, vilket kan leda till nya insikter och innovationer inom många olika områden.

Proteintransport refererer til den proces, hvor proteiner transporteres fra sted til sted i eller mellem celler. Proteinerne kan transporteres gennem membraner via specielle transportkanaler eller ved hjælp af transportproteiner, også kaldet kvasi-transportproteiner eller receptorer. Disse proteiner har evnen til at genkende og binde sig til bestemte typer proteiner og transportere dem gennem membranen.

Proteintransport er en nødvendig proces for cellernes overlevelse, da proteinerne skal være placeret korrekt i cellen for at udføre deres funktioner korrekt. Der findes to hovedtyper af proteintransport: intracellulær transport (indinside cellen) og extracellulær transport (udenfor cellen).

Intracellulært transporteres proteinerne fra det sted, hvor de syntetiseres i cytoplasmaet til deres endelige destination, som kan være i organeller eller membraner. Extracellulært transport involverer frigivelse af proteiner ud af cellen og transportering af dem gennem extracellulært miljø til deres destination, f.eks. andre celler eller organer.

Proteintransport kan reguleres af mange forskellige faktorer, herunder pH, temperatur, membrankomposition og andre proteiner. Dysfunktion i proteintransport kan resultere i en række sygdomme, herunder neurologiske forstyrrelser, immunologiske lidelser og kancer.

'Small Ubiquitin-Related Modifier Proteins' (SUMO) er små proteiner som kan binde seg til andre proteiner i cellen. Dette kaller man for sumoylering, og det er en form for posttranslationell modifikasjon av proteinene. Sumoyleringen har betydning for reguleringen av mange forskjellige cellulære prosesser, som for eksempel cellecyklus, DNA-reparasjon, nukleo-cytoplasmatisk transport og respons på stress.

Sumo-proteinene ligner mye på ubiquitin, et annet protein som også kan binde seg til andre proteiner for å regulere dem. Men sumoylering og ubiquitinering har forskjellige funksjoner og regnes som separate mekanismer. Sumoylering kan for eksempel føre til at et protein blir stabiliseret, mens ubiquitinering ofte leder til at proteinet degraderes.

Ett multiproteinkomplex är en samling proteiner som interagerar och fungerar tillsammans för att utöva en specifik cellulär funktion. Dessa proteiner binds till varandra med hjälp av olika typer av protein-proteinbindningar, vilket resulterar i en stabil struktur som kan utöva sin funktion effektivt. Många cellulära processer, såsom signaltransduktion, DNA-replikering och celldelning, kräver multiproteinkomplex för att fungera korrekt. Ibland kan dessa komplex vara stabila under längre tidsperioder, medan andra kan bildas transient (tillfälligt) för att utföra en specifik uppgift.

Enligt IUPAC (International Union of Pure and Applied Chemistry) är en peptidhydrolas en typ av enzym som bryter ned peptidbindningar i peptider och proteiner genom att hydrolysreaktion. Peptidbindningarna är amidosyrabindningar som bildas mellan kolvätegruppen (R-gruppen) i en aminosyra och karboxylgruppen (-COOH) i en annan aminosyra under proteinsyntesen.

Peptidhydrolaser katalyserar denna process genom att tillföra vattenmolekyler (H2O) till peptidbindningen, vilket resulterar i att den spjälkas och bildar två separata aminosyror eller peptider. Detta är en viktig reaktion inom kroppen eftersom det hjälper till att reglera olika fysiologiska processer, såsom blodkoagulering, immunförsvar och signalsubstansers metabolism. Exempel på peptidhydrolaser är dipeptidylpeptidas, endopeptidas och karboxypeptidas.

Substratspecificitet betegner i farmakologi og enzyms biokemi, hvilken type af substrat (den molekyle, der binder til enzymet) et specifikt enzym er i stand til at binde sig til og katalyse en reaktion med. Enzymer er biologiske katalysatorer, der accelererer kemiske reaktioner inden for levende organismer, og hver enzym har typisk en specifik substratspecificitet, der bestemmer, hvilken type af molekyler, den kan arbejde på.

Substratspecificiteten for et enzym kan være meget snæver, så det kun kan binde sig til én specifik molekyletype, eller den kan være bredere, så det kan binde sig til flere relaterede molekyler. Substratspecificiteten af et enzym kan blive fastlagt ved at undersøge, hvilke substrater det kan binde sig til og katalysere en reaktion med under specifikke betingelser.

Det er vigtigt at notere, at substratspecificiteten for et enzym ikke altid er absolut. I nogle tilfælde kan et enzym have en vis grad af fleksibilitet og være i stand til at binde sig til og katalysere reaktioner med substrater, der ikke er helt identiske med dets normale substrat. Dette kaldes undertiden for "promiskuitet" eller "krydsreaktivitet".

Sekvenshomologi, eller sekvenstillhörighet, inom biokemi och genetik refererar till den grad av likhet mellan två eller flera molekylära sekvenser, som kan vara DNA-sekvenser, RNA-sekvenser eller proteinsekvenser. När det gäller aminosyrasekvenser, handlar det om den ordningsföljd av specifika aminosyror som bildar en proteinmolekyl.

Aminosyrasekvenshomologi mellan två proteiner används ofta för att undersöka deras evolutionära släktskap och funktionella likheter. Hög sekvenshomologi kan indikera närbesläktade proteiner med möjligen liknande funktioner, medan låg homologi kan tyda på mindre närstående eller icke-relaterade proteinsekvenser.

Det är värt att notera att även om två proteiner har en hög sekvenshomologi kan deras struktur och funktion skilja sig ifrån varandra, eftersom aminosyrasekvenser inte alltid korrelerar perfekt med proteiners tredimensionella struktur eller biokemiska aktivitet.

Immunprecipitation (IP) är en biokemisk metod som används för att isolera och koncentrera specifika proteiner eller nucleinsyra-protein-komplex från en komplex biologisk blandning, såsom celllysat eller serum. Denna teknik bygger på principen om antigen-antikroppsreaktion där ett specifikt antikroppar (immunglobulin) binder till sitt korresponderande antigen (protein av intresse).

I immunprecipitationsexperimentet inkuberar man celllysat eller serum med ett specifikt antikropp som är bundet till en fast fas, såsom magnetiska perler eller en plasttub. Under inkuberingstiden binds antikroppen till sitt korresponderande antigen i lösan fasen. Sedan sköljs systemet för att avlägsna ospecificerat bundna proteiner och andra komponenter. Slutligen elueras immunkomplexen från fast fasen, vilket resulterar i en renare fraktion av det protein av intresse som kan analyseras ytterligare med olika metoder, såsom västra blotting eller masspektrometri.

Immunprecipitation används ofta i forskning för att undersöka interaktioner mellan proteiner, identifiera posttranslatoriska modifikationer och bestämma relaterade signaltransduktionsvägar.

A two-hybrid system technique is a genetic assay used to identify and study protein-protein interactions (PPIs) within an organism, typically in yeast cells. It is based on the modular nature of transcription factors, which consist of separate DNA-binding and activation domains. The technique involves fusing the two proteins of interest to these domains, creating hybrid proteins. One protein is fused to the DNA-binding domain (BD), while the other is fused to the activation domain (AD). When both fusion proteins interact within the cell, they bring the DNA-binding and activation domains together, leading to the transcription of a reporter gene. The activity of this reporter gene serves as an indicator of the interaction between the two proteins.

There are several variations of the two-hybrid system technique, but the most common one is the "yeast two-hybrid" (Y2H) assay. In addition to Y2H, other variants include bacterial two-hybrid systems and mammalian two-hybrid systems. These techniques have been instrumental in discovering and characterizing numerous PPIs, contributing significantly to our understanding of protein function and cellular processes.

Rekombinanta fusionsproteiner är proteiner som skapats genom molekylärbiologiska metoder, där genetisk information från två eller fler olika protein kodande gener kombineras till en enda gen. Den resulterande fusionerade genen ger upphov till ett protein som innehåller delar av de ursprungliga proteinenheterna, vilka är sammanfogade i en enda peptidkedja.

Denna teknik möjliggör skapandet av proteiner med nya och unika funktionella egenskaper som inte finns hos de ursprungliga proteinerna. Rekombinanta fusionsproteiner används inom forskning, diagnostik och terapi, exempelvis vid tillverkning av monoklonala antikroppar för behandling av cancer och autoimmuna sjukdomar.

I'm sorry for any confusion, but "Protonkogenproteiner c-mdm2" doesn't seem to be a recognized medical term in English or in my knowledge. However, I believe you might be referring to "p53 and MDM2 protein interaction" which is a significant area of study in cancer research.

MDM2 (Mouse Double Minute 2) is a protein that negatively regulates the tumor suppressor protein p53 by binding to it and promoting its degradation. This interaction plays a crucial role in cell cycle regulation, DNA damage response, and apoptosis. When this interaction is disrupted or overexpressed, it can lead to uncontrolled cell growth and cancer development.

If you meant something different, please let me know and I will do my best to provide an accurate and helpful response.

DNA-bindande proteiner är proteiner som har förmågan att binda sig till DNA. Dessa proteiner spelar en viktig roll inom cellens regulatoriska processer, såsom genuttryck och replikation. De kan vara strukturella proteiner som hjälper till att organisera DNA:t i kromosomer eller regulativa proteiner, som transkriptionsfaktorer, som binder till specifika sekvenser av DNA och påverkar genuttrycket. DNA-bindande proteiner innehåller ofta strukturella domäner, såsom zinkfingerdomäner eller helix-loop-helix-domäner, som är involverade i DNA-bindningen.

Tioesterhydrolas är ett enzym som bryter ned tioestrar till en karboxylsyra och en tiol. Detta enzym finns naturligt i levande organismer och hjälper till att reglera olika biokemiska processer inom cellen. Tioesterhydrolas har även potential som terapeutiskt mål för behandling av vissa sjukdomar, såsom ateroskleros och cancer.

Sumoylation är en posttranslationell modifikation där ett protein modifieras med en liten ubiquitin-liknande molekyl som kallas SUMO (Small Ubiquitin-like Modifier). Denna process involverar en serie enzymatiska reaktioner där SUMO-proteinet aktiveras, överförs och kovalent binds till lysinresten på ett målprotein. Sumoylering kan påverka målproteinets funktion på olika sätt, såsom att reglera dess subcellulära lokalisation, stabilitet, interaktion med andra proteiner och aktivitet. Denna process är involverad i en rad cellulära processer som transkriptionell regulering, DNA-reparation, signaltransduktion och celldelning.

Proteiner (eller proteinmolekyler) är stora, komplexa molekyler som består av aminosyror som kedjas samman i en specifik sekvens. Proteiner bygger upp och utgör en väsentlig del av alla levande cellers struktur och funktion. De utför viktiga funktioner såsom att underlätta kroppens tillväxt och reparation, reglera processer i cellen, skydda organismen från främmande ämnen som t.ex. virus och bakterier samt hjälpa till vid transport av andra molekyler inom kroppen. Proteiner kan ha en mycket varierad struktur och form beroende på deras funktion, och de kan indelas i olika klasser baserat på deras specifika egenskaper och roller inom cellen.

Autocrine Motility Factor (AMF) är ett protein som produceras och verkar inom samma cell, vilket kallas autokrin signalering. AMF-receptorerna är receptorer på cellens yta som binder till AMF-proteinet. När AMF-proteinet binder till sin respektive receptor aktiveras en signalslinga inne i cellen, vilket leder till att cellens rörlighet och förmåga att migrera ökar. Detta är viktigt under normala förhållanden för celldelning, cellyttväxling och ämnesomsättning, men kan under onormala förhållanden leda till cancer och metastaser.

Biological models är matematiska eller datorbaserade representationer av biologiska system, processer eller fenomen. De används inom forskning för att simulera, analysera och förutsäga beteendet hos komplexa biologiska system, som exempelvis celler, organ, populationer eller ekosystem. Biological models kan vara mekanistiska (baserade på förståelse av underliggande mekanismer) eller empiriska (baserade på experimentella observationer och korrelationer). Exempel på biologiska modeller inkluderar systemdynamikmodeller, differentiall equations-modeller, agentbaserade modeller och neuronala nätverksmodeller.

Adaptorproteiner som är involverade i signalöverföring är proteiner som hjälper till att överföra signalsubstanser eller andra molekyler från en receptor till intracellulära signaltransduktionsvägar. Dessa proteiner har ofta modulerbara strukturer och kan binda till flera olika proteiner, vilket gör det möjligt för dem att fungera som en slags "mellanhand" i signalskeppen. På så sätt kan de hjälpa till att koordinera och integrera signalsubstansernas effekter inom cellen. Exempel på adaptorproteiner som är involverade i signalöverföring inkluderar proteiner i GRB2-familjen, SOS-proteiner och proteiner i Crk-familjen.

En peptidsyntase är ett enzym som katalyserar reaktioner involverade i skapandet av peptidbindningar mellan aminosyror, vilket resulterar i bildandet av oligopeptider eller polypeptider. Detta kan ske genom att kombinera två aminosyror för att bilda en dipeptid, eller genom att successivt addera fler aminosyror för att bilda längre peptidkedjor. Peptidsyntaser finns naturligt i levande organismer och används också i laboratorier för att syntetisera peptider konstligen.

Protein Interaction Domains (PIDs) and Motifs refer to specific regions within a protein's three-dimensional structure that are involved in mediating interactions with other proteins or molecules. These domains and motifs are critical for many biological processes, including signal transduction, cell cycle regulation, DNA replication and repair, and protein folding and degradation.

Protein Interaction Domains are structurally defined regions within a protein that can fold independently and mediate specific interactions with other proteins or molecules. They are often composed of multiple secondary structure elements such as alpha helices and beta sheets, and can be classified into different families based on their structural similarities. Examples of well-known PIDs include the Src homology 2 (SH2) domain, the Src homology 3 (SH3) domain, and the pleckstrin homology (PH) domain.

Protein Interaction Motifs, on the other hand, are short linear sequences of amino acids that mediate specific interactions with other proteins or molecules. Unlike PIDs, motifs do not have a well-defined three-dimensional structure and can be found in different regions of a protein. Examples of well-known interaction motifs include the nuclear localization signal (NLS), the nuclear export signal (NES), and the PDZ-binding motif.

Together, PIDs and motifs play crucial roles in regulating protein function and cellular signaling pathways, and their dysregulation has been implicated in various diseases, including cancer, neurodegenerative disorders, and infectious diseases. Therefore, understanding the molecular mechanisms of protein interactions is essential for developing new therapeutic strategies and drugs.

"Bindningsplatser" är ett begrepp inom strukturell biokemi och molekylärbiologi som refererar till de specifika områdena på en molekyl där den binder till en annan. Dessa bindningsplatser kan finnas på proteiner, DNA, RNA eller andra biomolekyler. De består ofta av aminosyrorsekvenser eller nukleotidsekvenser som har förmågan att känna igen och binda till specifika strukturella egenskaper hos en annan molekyl.

I proteiner kan bindningsplatser vara exponerade på proteinytan eller inbäddade i proteinets tredimensionella struktur. De kan vara specialiserade för att binde till små molekyler, joner, andra proteiner, DNA eller RNA. I DNA och RNA kan bindningsplatser bestå av komplementära baspar som möjliggör specifik bindning mellan två komplementära strängar.

Kännedom om bindningsplatser är viktigt inom forskning och medicinsk applikation, eftersom det kan användas för att utveckla läkemedel som binder till specifika proteiner eller andra molekyler i kroppen. Det kan också hjälpa till att förstå hur genuttryck regleras och hur signaleringsvägar fungerar inom celler.

RNA-interferens (RNAi) är ett naturligt förekommande cellulärt försvarssystem hos eukaryota celler som skyddar mot främmande genetisk material, till exempel virus. Det bygger på att korta dubbelsträngade RNA-molekyler (siRNA) binder till och leder till degradering av komplementära mRNA-molekyler, vilket resulterar i nedreglering av specifika geners syntes på proteinnivå. RNAi kan också användas som en teknik inom molekylärbiologi för att studera genfunktioner och utveckla terapeutiska strategier.

Transkriptionsfaktorer är proteiner som binder till DNA-sekvenser och hjälper till att initiera transkriptionen av gener till mRNA. De aktiverar eller stänger av genuttryck genom att interagera med cis-regulatoriska element i promotorregionerna eller enhancerregionerna av gener. Transkriptionsfaktorer kan också hjälpa till att koordinera och integrera signaler från olika cellulära signaltransduktionsvägar för att kontrollera genuttrycket i olika typer av celler under olika fysiologiska eller patologiska tillstånd.

Small interfering RNA (siRNA) är en typ av RNA-molekyler som består av 20-25 nukleotider. De bildas genom en process som kallas RNAi (RNA-interference), där dubbelsträngat RNA (dsRNA) klipps itu till små, enkelsträngade fragment av siRNA av ett enzym kallat Dicer.

siRNA binder till ett protein komplex som kallas RISC (RNA-induced silencing complex), vilket leder till att den komplementära delen av siRNA-molekylen hybridiserar med mRNA i cellen. Detta resulterar i enzymatisk nedbrytning av mRNA, vilket stoppar translationen och produktionen av det proteinet som kodas för av mRNA.

siRNA används ofta som ett forskningsverktyg för att studera genfunktioner genom att blockera specifika gener i celler eller djurmodeller. Dessutom har siRNA potentialen att utvecklas till terapeutiska behandlingar för olika sjukdomar, inklusive cancer och virussjukdomar.

Transfektion är en process där DNA, RNA eller andra molekyler överförs till celler i syfte att förändra deras genetiska makeup. Detta kan uppnås genom olika metoder, såsom elektroporering, kemisk transfektion eller viraltransduktion. Transfektion används ofta inom forskning för att studera geneffekter och proteinexpression, men den kan även användas i terapeutiska syften för att behandla genetiska sjukdomar.

Repressorproteiner är proteiner som binds till specifika DNA-sekvenser och på så sätt förhindrar transkriptionen av angränsande gener. De fungerar som del av regulatoriska system i celler, där de kan stänga av genuttrycket när det inte behövs. Repressorproteinens aktivitet kan moduleras av olika signalmolekyler, till exempel sekundära meddelandeämnen (secoeder), för att möjliggöra precisely kontrollerad genuttryck. I prokaryota celler är repressorprotein ofta en del av operonregulatoriska system, medan de i eukaryota celler oftare är involverade i regleringen av enskilda gener.

Proteinveckning, eller proteinföldning, är ett biokemiskt fenomen där en proteinmolekyl får en naturlig, tresidig struktur genom att vecka sig i en specifik konformation. Detta sker genom att de olika delarna av proteinmolekylen, som består av aminosyror, interagerar med varandra och bildar sekundär-, terciär- och kvartärstruktur. Proteinveckning är en nödvändig process för att proteiner ska kunna utföra sina funktioner korrekt inuti eller utanför cellen. Felet i proteinveckningsprocessen kan leda till sjukdomar som exempelvis Alzheimers, Parkinsons och kreft.

En tumörcellinje är en population av cancerceller som delar gemensamma genetiska mutationer och karaktäristika, och som har potentialen att växa, sprida sig och forma nya tumörer. När en cancercell delar sig och bildar nya celler kan dessa celler ärva de genetiska mutationerna från den ursprungliga cellen. Om en av dessa celler utvecklar ytterligare mutationer och börjar växa oberoende av den ursprungliga tumörcelllinjen, kan detta leda till en ny tumörcelllinje med nya karaktäristika och potentialen att respondera olikartat på behandlingar.

Tumörcelllinjer kan studeras i laboratorier för att undersöka cancercellers biologi, respons på behandlingar och möjliga terapeutiska mål. Genom att jämföra skillnader mellan olika tumörcelllinjer kan forskare få insikt i de genetiska och epigenetiska förändringarna som leder till cancerutveckling och progression.

'Fosforylering' er en biokjemisk prosess hvor et fosfatgruppe (PO4-) blir lagt til ein molekyll, ofte ein protein eller en enzym. Dette skjer når ATP (Adenosintrifosfat) deler seg i ADP (Adenosindifosfat) og frigir ein energirik fosfatgruppe som kan bli lagt til et anna molekyll for å endre dets egenskaper eller aktivere det. Fosforylering er en viktig reguleringsmekanisme innenfor cellegjenforening og signalveiledning i levande organismer.

"Western blotting" är en laboratorieteknik som används för att detektera och identifiera specifika proteiner i en biologisk prov. Denna metod kombinerar elektrofores, immunoblotting och immunokemi.

I korthet innebär tekniken följande steg:

1. Elektrofores: Proteiner i ett extrakt av en cell eller vävnad separeras beroende på deras molekylära vikt genom elektrisk potentialskillnad i en gel.
2. Transfer: De separerade proteinkomplexen överförs sedan från gelen till en membran (vanligtvis nitrocellulosa eller PVDF) där de fastnar i ett ordnat mönster.
3. Blockering: Membranet blockeras med ett protein som inte binder till den primära antikroppen, för att undvika nonspecifika bindningar.
4. Immunoblotting: Membranet exponeras för en specifik primär antikropp som binder till det sökta proteinets epitop.
5. Avläsning: Andra sekundära antikroppar, konjugerade med ett enzym eller fluorescenta markörer, införs för att binda till primärantikroppen och avslöja positionen och mängden av det sökta proteinet.

Denna teknik används ofta inom forskning och klinisk diagnostik för att upptäcka specifika proteiner som är associerade med sjukdomar, funktionella störningar eller förändringar i cellulär aktivitet.

Immunoblot, även känt som Western blotting, är en laboratorieteknik inom molekylärbiologi och immunologi. Den används för att detektera och identifiera specifika proteiner i en proteinblandning, till exempel i cellulär extract eller i ett kroppsvätskeprov som serum eller urin.

Tekniken bygger på elektrofores, där proteiner separeras beroende på deras molekylvikt genom att låta dem vandra genom ett gelatinaliknande material i ett elektriskt fält. Efter separationen överförs proteinerna från gelen till en nitrocellulosa- eller PVDF-membran, där de fastnar och blir tillgängliga för immunologisk detektering.

I nästa steg inkuberas membranet med ett specifikt antikroppar mot det protein som ska detekteras. Antikroppen binder till sitt målprotein på membranet, och efter en avspolningstapp kan ytterligare en sekundär antikropp användas för att binda till de primära antikropparna. Den sekundära antikroppen är konjugerad till ett enzym, som i sin tur katalyserar en kemisk reaktion som leder till bildning av ett synligt band på membranet när ett substrat tillsätts.

Immunoblot används ofta för att bekräfta produktionen och nedbrytningen av proteiner, undersöka protein-proteininteraktioner eller jämföra relativa mängder av specifika proteiner i olika prover.

Endocytosis är en biologisk process där cellen absorberar materia från sin omgivning genom inneslutning av den i ett membrankapsel, bildande ett vesikel. Det finns olika typer av endocytos, inklusive fagocytos (där stora partiklar internaliseras), pinocytos (där vätska och lösliga molekyler internaliseras) och receptor-medierad endocytos (där specifika molekyler binder till receptorer på cellmembranet och internaliseras).

Sålunda, medicinsk definition av 'Endocytos' är en process där cellen internaliserar materia från sin omgivning genom inneslutning i ett membrankapsel, bildande ett vesikel.

'Sequencing' är ett begrepp inom genetiken som refererar till metoder för bestämandet av raka rader (sekvenser) av nukleotider, de grundläggande byggstenarna i DNA och RNA. 'Sequencing' används ofta för att undersöka gener och andra delar av DNA för att få information om deras struktur, funktion och evolutionära utveckling.

'Sekvensinpassning' (engelska: sequence alignment) är en metod inom bioinformatiken som används för att jämföra två eller flera DNA- eller proteinsekvenser för att hitta likheter och skillnader mellan dem. Genom att jämföra sekvenser kan forskare identifiera konserverade regioner, mutationer, evolutionära relationer och möjliga funktionella roller.

Sekvensinpassning kan användas för att undersöka olika aspekter av DNA- eller proteinsekvenser, till exempel struktur, funktion, evolutionärt ursprung och släktskap. Det är en viktig metod inom komparativ genetik, molekylär evolution och strukturell biologi.

I sekvensinpassning jämförs två eller flera sekvenser med varandra genom att lägga till luckor (gaps) i sekvenserna för att matcha upp dem så bra som möjligt. Det finns två huvudtyper av sekvensinpassning: global och lokal. Global inpassning jämför hela sekvenserna med varandra, medan lokal inpassning endast jämför delar av sekvenserna där likheter finns.

Sekvensinpassning kan användas för att hitta homologa sekvenser (sekvenser som har gemensam evolutionärt ursprung), identifiera mutationer och andra variationer, och studera evolutionära relationer mellan olika arter eller populationer. Det kan även användas för att förutsäga struktur och funktion hos okända sekvenser genom att jämföra dem med kända sekvenser med liknande egenskaper.

Nuclear Magnetic Resonance (NMR) is a powerful analytical technique used in the field of molecular biology to study the structure and dynamics of biological molecules such as proteins, nucleic acids, and carbohydrates. In NMR spectroscopy, the magnetic properties of atomic nuclei are exploited to obtain detailed information about the molecular structure, dynamics, and interactions of these biomolecules.

In a typical NMR experiment, a sample containing the biomolecule of interest is placed in a strong magnetic field, which aligns the nuclear spins of the atoms within the molecule. A radiofrequency pulse is then applied to the sample, causing the nuclei to absorb energy and flip their spins. As the nuclei relax back to their original spin state, they emit signals that can be detected and measured by an NMR spectrometer.

The resulting NMR spectrum provides a wealth of information about the biomolecule, including details about its chemical structure, bonding patterns, and three-dimensional structure. By analyzing the positions, intensities, and shapes of the peaks in the NMR spectrum, researchers can infer important structural features such as hydrogen bonding networks, folding patterns, and protein-ligand interactions.

NMR spectroscopy is a valuable tool for studying biomolecular structure and dynamics, as it allows researchers to observe these processes in real time and under physiological conditions. It has contributed significantly to our understanding of many important biological processes, including enzyme catalysis, protein folding, and molecular recognition.

Proteinkonfiguration refererar till den unika sekvensen av aminosyror som bildar ett proteinmolekyls tredimensionella struktur. Denna konfiguration bestäms av proteinkodande gener och påverkas av posttranslationella modifikationer. Proteinkonfigurationen är viktig för proteinets funktion, stabilitet och interaktion med andra molekyler inom cellen.

Rekombinanta proteiner är proteiner som har skapats genom tekniker för genetisk rekombination, där man kombinerar DNA-sekvenser från olika organismer för att skapa en ny gen som kodar för ett protein med önskvärda egenskaper. Denna teknik möjliggör produktionen av stora mängder specifika proteiner med konstant och predikterbar struktur och funktion. Rekombinanta proteiner används inom flera områden, till exempel inom medicinen för framställning av läkemedel som insulin, vaccin och enzymer.

"Bassekvens" er en medisinsk betegnelse for en abnorm, gentagen sekvens eller mønster i et individ's DNA-sekvens. Disse baseparsekvenser består typisk av fire nukleotider: adenin (A), timin (T), guanin (G) og cytosin (C). En bassekvens kan være arvelig eller opstå som en mutation under individets liv.

En abnormal bassekvens kan føre til genetiske sygdomme, fejlutviklinger eller forhøjet risiko for bestemte sykdommer. For eksempel kan en bassekvens, der koder for en defekt protein, føre til en arvelig sykdom som cystisk fibrose eller muskeldystrofi.

Det er viktig å understreke at en abnormal bassekvens ikke alltid vil resultere i en sykdom eller fejlutvikling. I mange tilfeller kan individet være asymptomatisk og leve et normalt liv.

Tumörsuppressorproteinet p53 är ett protein som spelar en viktig roll i cellcykeln och DNA-reparationer. Det kallas även "vaktmannen" eftersom det hjälper till att reglera celldelningen och förhindra oregelbunden celldelning och cancertillväxt. När p53 detekterar skada på DNA eller andra cellskador aktiveras det och styr cellcykeln in i en fas där cellen kan reparera skadan. Om skadan inte kan repareras, inducerar p53 apoptos, en form av programmerad celldöd, för att undvika cancertillväxt. Mutationer i TP53-genen som kodar för p53-proteinet är vanliga i många olika cancertyper och leder till att proteinet inte fungerar korrekt, vilket kan leda till obegränsad celldelning och cancertillväxt.

'COS-celler' är en typ av genetiskt modifierade celler som används inom molekylärbiologi och biomedicinsk forskning. COS-celler är en speciell linje av simia (apa) fibroblaster som har transformerats med ett virus, bestående av adenoviruskapselförpackat DNA från svin-svampsvulstvirus (SV40).

Denna modifiering gör att COS-cellerna uttrycker T-antigen, ett protein som binder till och aktiverar origo på plasmid-DNA, vilket underlättar effektivare och säkrare kloning av exogena DNA. Detta gör COS-celler till en populär val för att producera stora mängder fritt protein in vitro från klonade gener.

Det finns två huvudtyper av COS-celler: COS-1 och COS-7. COS-1 är diploid, medan COS-7 är en subklon av COS-1 som har ökad stabilitet och effektivitet vid proteinproduktion.

'Inklusionskroppar' är ett medicinskt begrepp som används för att beskriva strukturer i hjärnan som bildas när axoner (nervtrådar) från en neuron (hjärtcell) växer och integreras med andra nervceller under embryonal utveckling. Detta process skapar en kontinuerlig nervbana mellan två områden i hjärnan, vilket möjliggör kommunikation och signalering mellan dem. Inklusionskroppar kan ses som ett tecken på att nervceller har etablerat funktionella förbindelser med varandra, och de är viktiga för normal hjärnfunktion och utveckling.

The cell cycle is the process by which a cell grows, replicates its DNA, and divides into two daughter cells. It consists of four distinct phases: G1 phase, S phase, G2 phase, and M phase.

* G1 phase: This is the first gap phase, where the cell grows in size and synthesizes mRNA and proteins needed for DNA replication.
* S phase: This is the synthesis phase, where the cell replicates its DNA to ensure that each daughter cell will have a complete set of chromosomes.
* G2 phase: This is the second gap phase, where the cell continues to grow and prepares for division by checking for any errors in the DNA and producing more proteins and organelles needed for mitosis.
* M phase: This is the mitosis phase, where the cell divides into two daughter cells through a process called cytokinesis. M phase is further divided into prophase, prometaphase, metaphase, anaphase, and telophase, which are the stages of mitosis.

The cell cycle is regulated by various checkpoints that ensure the accurate replication and segregation of DNA, as well as the proper division of the cytoplasm. If any errors are detected during the cell cycle, the cell may undergo apoptosis or programmed cell death to prevent the propagation of abnormal cells.

Intracellulära signalpeptider och proteiner är molekyler som spelar en viktig roll i cellens signalsystem och regulatoriska processer. De intracellulära signalpeptiderna och proteinerna kan aktivera eller inhibera olika cellulära funktioner, såsom genuttryck, celldelning, apoptos (programmerad celldöd) och cellcykeln. Dessa molekyler binder till specifika receptorer eller enzymer inne i cellen för att överföra signalsubstanser från cellmembranet eller cytosolen till cellkärnan. Exempel på intracellulära signalpeptider och proteiner inkluderar second messengers som cAMP (cyklisk AMP) och IP3 (inositoltrifosfat), samt proteinkinaser, kalmodulin och G-proteiner.

Cysteine protease inhibitors are substances that inhibit or reduce the activity of cysteine proteases, which are enzymes that break down proteins in the body. Cysteine proteases play important roles in various physiological processes, including inflammation, immune response, and programmed cell death (apoptosis). However, unregulated or excessive activity of these enzymes can contribute to the development of various diseases, such as cancer, arthritis, and neurodegenerative disorders.

Cysteine protease inhibitors work by binding to the active site of cysteine proteases and preventing them from interacting with their substrates or targets. These inhibitors can be synthetic compounds or natural products derived from plants, animals, or microorganisms. Some examples of cysteine protease inhibitors include E-64, leupeptin, and epigallocatechin gallate (EGCG).

In medicine, cysteine protease inhibitors have been studied as potential therapeutic agents for various diseases. For example, some inhibitors have shown promise in reducing inflammation and joint damage in animal models of arthritis, while others have shown anti-cancer effects by inhibiting the activity of cancer-associated cysteine proteases. However, more research is needed to determine the safety and efficacy of these inhibitors as drugs for human use.

Tumörsuppressorproteiner är proteiner som hjälper till att reglera celldelningen och förhindra oregelbunden celldelning eller överdriven cellexpansion, vilket kan leda till cancersjukdomar. Dessa proteiner fungerar genom att hämma cellcykeln, reparera DNA-skador eller initiera programmerad celldöd (apoptos) när celldelningen är skadad eller cancergenetisk information upptäcks. När tumörsuppressorproteinerna är defekta eller fungerar fel kan det leda till oregelbunden celldelning och cancersjukdomar. Exempel på välkända tumörsuppressorgener är TP53, RB1 och BRCA1/2.

'Von Hippel-Lindau (VHL) tumor suppressor protein' refererar till ett protein som kodas av VHL-genen och spelar en viktig roll i cellcykeln och angiogenesen (bildandet av nya blodkärl). Proteinet hjälper till att reglera aktiviteten på andra proteiner genom att markera dem för nedbrytning inne i cellerna.

När VHL-genen muteras eller drabbas av epigenetiska förändringar kan det leda till en defekt i VHL-proteinet, vilket i sin tur kan orsaka oreglerad celldelning och angiogenes. Detta kan öka risken för att utveckla en rad olika typer av tumörer, inklusive clear cell renastcellscancer i njurarna, hjärntumörer (som hemangioblastomer), tumörer i binjuremärgen och andra cancerformer.

VHL-syndrom är en ärftlig sjukdom som orsakas av mutationer i VHL-genen och kan öka risken för att utveckla flera olika typer av tumörer under livet.

DNA-skada, eller DNA-mutation, refererar till en förändring i den genetiska informationen som är kodad i DNA-molekylen. Det kan orsakas av olika faktorer, såsom exponering för strålning, kemikalier eller virus. Skador på DNA:t kan också uppstå spontant under cellens normala verksamhet.

Det finns två huvudtyper av DNA-skador: basskador och strukturella skador. Basskador innebär att en av de fyra grundämnena i DNA, adenin (A), tymin (T), guanin (G) eller cytosin (C), har förändrats på ett sätt som stör kodningen av genetisk information. Strukturella skador innebär att DNA-molekylen har brutits, böjts eller förvrängts på något sätt.

DNA-skador kan ha olika konsekvenser beroende på var de uppstår och hur allvarliga de är. I vissa fall kan skadan repareras av cellens eget reparationssystem, men i andra fall kan den leda till genetiska mutationer som kan öka risken för sjukdomar såsom cancer.

I medicinsk kontext betyder "nedreglering" ofta att något som reglerar en fysiologisk process, till exempel ett hormon eller en nervimpuls, minskar i aktivitet eller verkan. Det kan leda till olika symptom beroende på vilken process som påverkas. Exempelvis kan nedreglering av det signalsubstanser som styr hungerkänslan leda till viktminskning, medan nedreglering av andningsregleringen kan orsaka andnöd.

'Reglering av genuttryck' (engelska: gene regulation) refererar till de mekanismer och processer som kontrollerar aktiviteten hos gener, det vill säga när och i vilken omfattning gener ska transkriberas till mRNA och översättas till protein. Detta är en central aspekt av genetisk kontroll och påverkar alla cellulära processer, inklusive celldifferentiering, cellcykelkontroll, apoptos och respons på miljöförändringar.

Regleringen av genuttryck sker på flera olika sätt, både vid transkriptionsnivån (där DNA transkriberas till mRNA) och translationsnivån (där mRNA översätts till protein). Några exempel på mekanismer som kan ingå i regleringen av genuttryck inkluderar:

* Transkriptionsfaktorer: Proteiner som binder till DNA-sekvenser upstream av gener och påverkar initieringen av transkriptionen. De kan aktivera eller inhibera transkriptionen beroende på deras bindningspreferens till DNA.
* Epigenetiska modifieringar: Förändringar i DNA-metylering, histonmodifiering och nukleosomposition som påverkar tillgängligheten av DNA för transkriptionsfaktorer och därmed reglerar genuttrycket.
* MikRNA: Små icke-kodande RNA-molekyler som binder till komplementära sekvenser i mRNA och påverkar stabiliteten eller translationskapaciteten hos dessa molekyler.
* Posttranskriptionella modifieringar: Förändringar av mRNA efter transkriptionen, inklusive 5'-capping, polyadenylering och splicing, som kan påverka stabiliteten, lokaliseringsmönstret eller translationskapaciteten hos mRNA.
* Posttranslationella modifieringar: Förändringar av proteiner efter translationen, inklusive fosforylering, acetylering och ubiquitinering, som kan påverka stabiliteten, aktiviteten eller interaktionsmönstret hos proteiner.

Genom att integrera information från dessa olika regulatoriska nivåer kan celler koordinera genuttrycket och svara på förändringar i intra- och extracellulära signaler. Dessa mekanismer är viktiga för cellulär differentiering, homeostas och patologi.

Medicinskt sett betecknar en mutantprotein ett protein som har en genetisk variant eller förändring i sin sekvens jämfört med det normalt förekommande proteinet. Denna förändring kan orsaka att proteinet får en abnormal struktur eller funktion, vilket kan leda till olika hälsoproblem beroende på var proteinet är beläget och vad det normalt utför i kroppen. Mutantproteiner kan uppstå som ett resultat av arv (genetisk mutation) eller som en följd av skada på DNA:t (till exempel orsakad av strålning eller kemikalier). I vissa fall kan mutantproteiner vara inaktiva, överaktiva eller ha en förändrad interaktion med andra proteiner, vilket kan störa cellens homeostas och leda till sjukdom.

Membranproteiner är proteiner som är integrerade i eller associerade med cellmembran, såsom plasma membran, mitokondriella membran och endoplasmatiska retikulums membran. De kan vara inkorporerade i lipidbilagan i membranet eller fäst vid ytan av membranet. Membranproteiner utför en rad viktiga funktioner, såsom transport av molekyler över membranet, signaltransduktion och cellytiska processer som celladhesion och celldelning. Enligt en uppskattning utgör membranproteiner upp till 30% av det proteomika landskapet hos eukaryota celler. Membranproteiner kan delas in i tre kategorier baserat på deras struktur och funktion: transmembrana proteiner, bitmembrana proteiner och GPI-ankrade proteiner.

Röntgenkristallografi är en teknik inom strukturbiologi och fysikalisk kemi som används för att bestämma tre-dimensionella strukturer av molekyler, ofta proteiner och andra biologiska makromolekyler. Den bygger på att utnyttja diffraktionen av röntgenstrålning när den passerar genom en kristall av det ämne vars struktur ska bestämmas.

I en kristall är atomer och molekyler ordnade i ett periodiskt mönster, vilket gör att de agerar som en diffraktionsgitter när de utsätts för röntgenstrålning. Genom att mäta intensiteten och fasen på de diffraktionerade strålarna kan forskaren rekonstruera den elektroniska densitetsfördelningen i kristallen, vilket ger information om var atomerna befinner sig i förhållande till varandra. Genom att analysera denna information kan man bestämma molekylens tresidiga struktur på atomnivå.

Röntgenkristallografi är en mycket kraftfull metod inom strukturbiologin och har haft en stor betydelse för vetenskapens förståelse av biologiska processer på molekylär nivå. Metoden används bland annat för att studera proteiner som är involverade i sjukdomar, för att utveckla läkemedel och för att undersöka materialegenskaper hos oorganiska material.

Ett endoplasmatiskt nätverk (ER) är en sammanlänkad serie membrankanaler i eukaryota celler. Det utgör ett komplext intracellulärt membransystem som deltar i syntesen, modifieringen och transporten av proteiner och lipider. ER kan delas in i två typer: det grova ER (RER) och det glatt ER (SER). RER har ribosomer fäst på ytan och är involverat i proteintranslering och -foldning, medan SER saknar ribosomer och deltar i lipidsyntesen och metabolismen. ER kommunicerar också med andra organeller som golgiapparaten, mitokondrier och nucleus genom membrankontinuitet och vesikulär transport.

Retikulocyter är ett ungt rödt blodkroppar (erytrocyter) som finns i benmärgen. De är nästan fullt utvecklade, men ännu inte helt färdigutbildade. Retikulocyterna saknar fullständigt hemoglobin och har en kvarbliven nätverksliknande struktur i cytoplasman, bestående av ribosomer och annan cellular apparat. När retikulocyterna lämnar benmärgen och kommer in i blodomloppet, förlorar de snart denna nätverksliknande struktur och blir till fullt utvecklade röda blodkroppar. Retikulocytantalet kan användas som en indikator på benmärgens förmåga att producera röda blodkroppar, och ökar vid exempelvis blodbrist (anemi).

Proteininteraktionskartläggning (PPI, Protein-Protein Interaction mapping) är ett samlingsbegrepp för de metoder och tekniker som används för att undersöka och beskriva hur proteiner interagerar med varandra i cellulära system. Detta är en viktig del av molekylärbiologi och cellulär biokemi, eftersom proteininteraktioner spelar en central roll i nästan alla cellulära processer, inklusive signaltransduktion, reglering av genuttryck, DNA-replikering, och cellcykelkontroll.

Genom att kartlägga dessa interaktioner kan forskare få en bättre förståelse för hur proteiner fungerar tillsammans i nätverk och hur de styr cellulära processer. Detta kan hjälpa till att identifiera potentiala terapeutiska mål och utveckla nyare och effektivare behandlingsmetoder för sjukdomar som cancer, neurodegenerativa sjukdomar och infektionssjukdomar.

Det finns olika tekniker och metoder för att kartlägga proteininteraktioner, inklusive two-hybrid screening, affinitetschromatografi, masspektrometri, fluorescensresonansenergitransfer (FRET), bioluminiscensresonansenergiöverföring (BRET) och krosskärmstekniker. Varje metod har sina egna fördelar och begränsningar, och ofta används flera tekniker i kombination för att verifiera och validera resultaten.

"Cell culturing" or "cell cultivation" is the process of growing and maintaining cells in a controlled environment outside of a living organism. This is typically done in a laboratory setting using specialized equipment and media to provide nutrients and other factors necessary for cell growth and survival. The cells can be derived from a variety of sources, including human or animal tissues, and can be used for a range of research and therapeutic purposes, such as studying cell behavior, developing new drugs, and generating cells or tissues for transplantation.

I'm sorry for any inconvenience, but the term "endosomer" is not a widely recognized or used term in medical or scientific literature. It is possible that you may have misspelled or misremembered the term. If you meant to ask about "endosomes," I would be happy to help provide a definition for that term.

Endosomes are membrane-bound compartments within eukaryotic cells that play a critical role in intracellular trafficking and signaling. They are formed when endocytic vesicles fuse with early endosomes, which then mature into late endosomes. During this maturation process, the luminal pH of the endosome becomes more acidic, and membrane-associated proteins are sorted for recycling back to the plasma membrane or transport to lysosomes for degradation.

Endosomes also serve as a site for receptor-mediated signaling, where ligands can bind to their respective receptors and initiate intracellular signaling cascades. Additionally, endosomes can fuse with other membrane-bound compartments, such as the trans-Golgi network or autophagosomes, to facilitate the exchange of cargo and membranes between these organelles.

I hope this information is helpful! If you have any further questions or need clarification on any points, please don't hesitate to ask.

'Zinkfingrar' är ett medicinskt termer som ofta används för att beskriva de små, tunna plattor gjorda av zinkmetall. De används vanligtvis som en del av behandlingen för vissa hudinfektioner och sår, särskilt vid behandling av infektioner orsakade av bakterien Staphylococcus aureus, inklusive meticillinresistenta Staphylococcus aureus (MRSA).

Zinkfingrar placeras vanligtvis direkt på huden och hålls fast med ett bandage eller ett annat sätt. De fungerar genom att släppa långsamt ut zinkmetall, vilket kan hjälpa att döda bakterier och underlätta läkning av sår. Zinkfingrar används ofta när andra behandlingar har visat sig vara ineffektiva eller vid risk för resistensutveckling mot antibiotika.

Det är viktigt att notera att zinkfingrar inte bör användas av personer med känslighet eller allergi mot zink, och de bör endast användas under läkares övervakning.

'Svampproteiner' är ett mycket brett begrepp som inkluderar alla proteiner som produceras eller finns naturligt i svampar. Svampar utgör en egen domän av levande organismer, Fungi, och de har en unik cellstruktur och biokemi jämfört med växter och djur.

Svampproteiner kan variera mycket i sin funktion och struktur beroende på vilken typ av svamp de kommer ifrån och vilket syfte de har i den specifika organismen. Några exempel på olika typer av svampproteiner inkluderar enzymer, toxiner, strukturproteiner, signalproteiner och transporterproteiner.

Enzymer är proteiner som fungerar som biokemiska katalysatorer och hjälper till att accelerera olika reaktioner i svampens cell. Toxiner är skadliga proteiner som kan producera av vissa svampar och användas för att bekämpa andra organismer eller försvara sig själva. Strukturproteiner ger stöd och form till cellen, medan signalproteiner hjälper till att koordinera olika cellprocesser. Transporterproteiner transporterar olika molekyler över celldelarna och hjälper till att reglera cellens inre miljö.

I medicinsk kontext kan svampproteiner ha potential som terapeutiska mål eller som bas för utveckling av nya läkemedel. Exempelvis kan enzymer som produceras av vissa svampar användas i industriella processer, medan toxiner kan användas som modeller för att designa nya läkemedel mot olika sjukdomar.

'Cercopithecus aethiops' er en art innen slætten primater (Primates) og familien markattrer (Cercopithecidae). Den kjennes også under fremdeles navnet husabariabeeste, og er også kallen for grøn markatt. Denne aben er oprinnelig hjemmehørende i subsaharisk Afrika, og lever i en variert bredde av skogsområder, fra regnskog til savanner med trær.

'Cercopithecus aethiops' har en slank kroppsbygning og er kjent for sine svelge lange lemmer og svans. Den kan bli mellom 40 til 70 cm lang, med en svans som kan være like lang eller lenge som kroppen. Den veier mellom 3,9 til 7,7 kg. Pelsen er grønnegrå eller brun på ryggen og hvit på buken. Ansiktet er sort med en hvit skjegg rundt munnene.

Denne aben lever i grupper som kan inneholde opp til 30 individer, deriblant flere hanar og hunar. Den er allikevel merkет av en matriarkal struktur, med de ældre hunnene som dominerer over de yngre. Føden består av frukt, frø, blader, bark, insekter og små dyr.

'Cercopithecus aethiops' er kjent for sin evne til å springe langt og høyt fra gren til gren i skogen. Den har også en unik metode for å vaskes selv, ved å bruke sine hænder for å fjerne parasitter og skjedde med pelsen.

Denne aben er ikke direkte truet av utdøing, men populationen er i tilbakegang på grunn av økende jordbruksområder, skogsavverkning og illegal handel med viltlevende dyr. Derfor er det viktig å ta stilling for å beskytte denne abens levevilkår og sikre at den kan overleve og trives i fremtiden.

"Cell kärna" är den centrala delen av eukaryota celler (t.ex. djur-, växt- och svampceller) som innehåller det genetiska materialet i form av DNA-molekyler. Cellkärnan är avgränsad från cytoplasman av en dubbelmembranös struktur som kallas kärnmembran. I cellkärnan finns också en struktur som kallas nukleol, där ribosomalt RNA (rRNA) syntetiseras. Cellkärnan har en central roll i celldelningen och reglerar celldifferentiering, cellytgrowth och celldöd.

Lysosomer är membranomslutna organeller inne i eukaryota celler, som innehåller en uppsjö av hydrolytiska enzymer. Dessa enzymer är aktiva vid lågt pH och bryter ned biologiskt material, såsom proteiner, kolhydrater, lipider och nucleinsyror, till sina grundläggande byggstenar. Lysosomerna fungerar som cellens recyclingcenter och hjälper till att bryta ned och återanvända skadat eller överflödigt material. De kan också delta i celldöd under vissa patologiska förhållanden, såsom apoptos (programmerad celldöd) och nekros (oönskad celldöd).

Adenosintriphosphataser (ATPas) er ein type enzym som kan omdanne kjemisk energi til mekanisk arbeid. Disse enzymane aktivitetene foregår i alle levande celler og er nødvendig for flere cellulære prosesser, blant annet transport av ioner over cellemembraner, muskelkontraksjon og fotosyntese.

ATPasen består av to deler: F-delen (fra det engelske ord "folde") som er beliggende inni cellen, og A-delen (fra det engelske ord "arm") som er beliggende på cellens overflate. F-delen inneholder et aktivt sted der ATP omdannes til ADP og en fosfatgruppe, samtidig som energi frigjores. Denne energien brukes deretter av A-delen for å pumpe ioner over cellemembranen mot ein gradient.

Det finst flere typer av ATPaser, men de to mest viktige er:

1. F-type ATPase (F-ATPase): Dette er den type ATPase som forekommer i mitokondrien og kloroplasten. I mitokondrien brukes den til å generere elektrisk potentiale over mitokondriens indre membran, noe som igjen brukes for å produsere ATP. I kloroplasten brukes den til å pumpe protoner (H+) ut av thylakoidmembranet under fotosyntesen.
2. P-type ATPase: Dette er en type ATPase som forekommer i cellemembranen og pumper likevel ioner over membranen, men den gjør dette ved å bruke energi fra ATP for å endre konformasjonen sitt. Den mest viktige P-type ATPasen er Na+/K+-ATPase som pumper natrium (Na+) ut og potassium (K+) inn over cellemembranen, noe som er viktig for å holde cellefluida i balanse.

I tillegg til disse to typene finst det også andre typer av ATPasar, som V-type ATPase og A-type ATPase, men de er mindre viktige enn de to overnævnte.

"Arabidopsis proteins" refer to the proteins that are encoded by the genes found in the model plant species Arabidopsis thaliana. This small flowering plant is widely used in plant biology research due to its relatively small genome, short life cycle, and ease of cultivation. The term "Arabidopsis proteins" can refer to any type of protein found in this plant, including enzymes, structural proteins, regulatory proteins, and others. These proteins play crucial roles in various cellular processes such as metabolism, signaling, growth, development, and stress response. Research on Arabidopsis proteins has contributed significantly to our understanding of fundamental biological processes in plants and has provided valuable insights into the molecular mechanisms underlying important agronomic traits.

Ett F-boxmotiv är ett proteindomän som innehåller ca 40-50 aminosyror och deltar i protein-protein interaktioner. Detta motiv är namngiven efter F-box proteinet, som först upptäcktes i cyklin-dependent kinase regulatorn, CDC4 i jäst.

F-boxmotivet binder till Skp1-protein och bildar en del av E3 ubiquitinligasen, SCF (Skp1-Cul1-F-box) komplexet. Denna komplex är involverad i proteasomdegradering av proteiner som märks med ubiquitin. F-boxproteinet fungerar som substratspecifik receptor för SCF-komplexet och binder till specifika sekvenser på substratproteinet, vilket leder till dess degradering.

F-boxmotiv finns i många olika proteiner och varierar i sin funktion beroende på vilket protein de är en del av. Dessa proteiner kan vara involverade i reglering av cellcykeln, signaltransduktion, apoptos och andra cellulära processer.

Muskelatrofi är ett tillstånd där musklerna minskar i storlek och svagnar på grund av nedsatt användning eller som en följd av en neurologisk eller muskulär sjukdom. Det kan även uppstå när kroppen inte producerar tillräckligt med protein för att underhålla musklerna. Atrofi innebär att celler, i det här fallet muskelceller, minskar i storlek eller nästan upphör att fungera.

Det finns olika typer av muskelatrofi, beroende på orsaken. Några exempel är neurogen muskelatrofi (orsakad av en skada eller sjukdom i nerverna som styr musklerna), myogen muskelatrofi (orsakad av en primär muskelsjukdom) och disuse atrofi (som orsakas av inaktivitet, exempelvis efter en längre tids immobilisering).

Endoplasmic Reticulum-Associated Degradation (ERAD) är ett cellulärt mekaniskt system som bryter ner missfoldade proteiner i endoplasmatiska nätverket (ER). Proteinerna transporteras till cytosolen där de ubiquitineras och sedan degraderas av 26S-proteasomen. Detta är en viktig mekanism för att underhålla proteinhomöostas i ER och för att eliminera skadade proteiner som kan vara toxiska för cellen.

'Gene knockdown techniques' refer to a group of molecular biology methods used to reduce the expression or function of specific genes in order to study their role in biological processes. These techniques typically involve the use of small RNA molecules, such as short interfering RNAs (siRNAs) or short hairpin RNAs (shRNAs), to induce degradation or translational repression of target mRNAs.

The most commonly used gene knockdown technique is RNA interference (RNAi), which involves the introduction of double-stranded RNA (dsRNA) molecules that are processed into siRNAs by an enzyme called Dicer. The siRNAs then bind to and direct the degradation of complementary mRNAs, thereby reducing gene expression.

Another gene knockdown technique is the use of antisense oligonucleotides (ASOs), which are single-stranded DNA or RNA molecules that bind to and inhibit the translation or stability of target mRNAs.

Gene knockdown techniques have become valuable tools in functional genomics, drug discovery, and gene therapy research, as they allow researchers to investigate the effects of loss of function of specific genes in a controlled manner. However, it is important to note that these methods are not always specific or complete, and off-target effects can occur, leading to potential artifacts and limitations in their interpretation.

Cyclin-dependent kinase inhibitor proteins (CDKIs) are a group of regulatory molecules that play a crucial role in the control of the cell cycle. The cell cycle is a series of events that take place in a cell leading to its division and duplication. CDKIs function by binding to and inhibiting the activity of cyclin-dependent kinases (CDKs), which are enzymes that help drive the cell cycle by adding phosphate groups to other proteins, thereby activating or deactivating them.

There are two main families of CDKIs: the Ink4 family and the Cip/Kip family. The Ink4 family members, including p15INK4b, p16INK4a, p18INK4c, and p19INK4d, specifically inhibit CDK4 and CDK6, preventing their association with cyclin D and subsequent phosphorylation of the retinoblastoma protein (pRb). The Cip/Kip family members, including p21CIP1, p27KIP1, and p57KIP2, inhibit a broader range of CDKs, including CDK1, CDK2, CDK4, and CDK6.

CDKIs play essential roles in regulating the cell cycle, ensuring that cells divide only when necessary and preventing uncontrolled cell growth, which can lead to cancer. Dysregulation of CDKI activity has been implicated in various human diseases, including cancer, cardiovascular disease, and neurodegenerative disorders.

Multivesicular bodies (MVBs) are membrane-bound organelles found within eukaryotic cells. They are involved in the transport and disposal of cellular membranes and proteins, specifically through the process of intraluminal vesicle formation. MVBs originate from the endosomal network and can eventually fuse with lysosomes for degradation or with the plasma membrane to release their contents, known as exosomes, into the extracellular space. This cellular process plays a crucial role in various cellular functions, including receptor downregulation, antigen presentation, and intercellular communication.

CDC20 proteins are a type of protein that play a crucial role in the regulation of the cell cycle, specifically during the transition from metaphase to anaphase in mitosis and meiosis. CDC20 is a component of the anaphase-promoting complex/cyclosome (APC/C), which is an E3 ubiquitin ligase that targets specific proteins for degradation by the proteasome.

During metaphase, CDC20 is kept inactive by binding to a protein called Mad2, which is a component of the spindle assembly checkpoint (SAC). The SAC monitors the attachment of chromosomes to the spindle microtubules and prevents the onset of anaphase until all chromosomes are properly attached. Once all kinetochores are correctly attached, the SAC is satisfied and Mad2 dissociates from CDC20, allowing it to become active.

Once activated, CDC20 binds to the APC/C complex and triggers the degradation of several key proteins that inhibit the onset of anaphase, including securin and cyclin B. The degradation of these proteins allows for the separation of chromosomes and the completion of mitosis or meiosis.

CDC20 has also been implicated in other cellular processes, such as DNA damage response and apoptosis, and its dysregulation has been linked to various human diseases, including cancer.

Anaphase-Promoting Complex/Cyclosome (APC/C) is a multi-subunit E3 ubiquitin ligase that plays a crucial role in regulating the cell cycle. The APC/C substrates are marked for degradation by the addition of ubiquitin molecules, which are then recognized and broken down by the 26S proteasome.

APC11 is one of the essential subunits of the APC/C complex. It forms a heterodimer with another subunit, APC2, and plays a critical role in the ubiquitination activity of the APC/C. Specifically, APC11 functions as a binding site for the E2 ubiquitin-conjugating enzyme and is required for the transfer of ubiquitin from the E2 to the substrate.

Together, the APC/C complex and its regulators control the timing of key cell cycle events, including mitotic exit, chromosome segregation, and the G1 phase of the cell cycle. Mutations in APC/C components or their regulators can lead to genomic instability and cancer.

Muskelproteiner är proteiner som har en funktionell roll i muskler. De kan delas in i olika kategorier beroende på deras specifika funktioner, men de viktigaste grupperna av muskelproteiner är strukturproteiner och kontraktile proteiner.

1. Strukturproteiner: Dessa proteiner ger musklerna sin form och stöd. De inkluderar titin, nebulin och myosin. Titin är det största protein som finns i kroppen och sträcker sig över hela sarkomern (den grundläggande kontraktile enheten i muskeln). Nebulin är ett långt slankt protein som hjälper till att stabilisera aktinfilamenten. Myosin är också ett strukturprotein som bildar de tjocka filamenten i sarkomern.

2. Kontraktile proteiner: Dessa proteiner är involverade i muskelkontraktioner och inkluderar aktin och myosin. Aktin är ett globulärt protein som bildar de tunt filamenten i sarkomern, medan myosin är ett strukturprotein som bildar de tjocka filamenten. När muskeln kontraheras förflyttar sig myosinfilamenten längs aktinfilamenten och drar ihop muskeln.

Muskelproteiner kan också inkludera enzymer som är involverade i energiproduktion, såsom mitokondriella proteiner, samt signalproteiner som reglerar muskelaktiviteten.

Histoner är proteiner som utgör en viktig del av kromatin, ett komplex bestående av DNA och protein i cellkärnan. Histonerna hjälper till att packa DNA-strängarna tätt inne i cellkärnan genom att de bildar en struktur som kallas en nucleosom. Varje nucleosom består av en histonkärna runt vilken DNA är vind land runt åtta gånger. Genom att paketera DNA på detta sätt hjälper histonerna till att kontrollera tillgängligheten av genetisk information, eftersom DNA-strängarna måste lösas upp från histonerna för att transkriberingsfaktorer ska kunna binda till och aktivera gener. Histoner kan också modifieras genom en process som kallas histonmodifiering, vilket kan påverka genuttrycket på olika sätt.

'Arabidopsis' er en slags plante som oftest refererer til den velkjente modellplanten 'Arabidopsis thaliana'. Denne liten, en-årige planten hører hjemme i de tempererede egne av Eurasia og Nord-Afrika. 'Arabidopsis' er en populær valg for biologisk forskning på grunn av sin enkle genetiske oppbygging, korte livscyklus og lette tilgjengelighet. Mange grunntannleg i planters molekylære biologi, celleteori og utviklingsbiologi er blitt klarlagt ved hjelp av studier på 'Arabidopsis'.

RNA (Ribonucleic acid) är ett samlingsnamn för en grupp molekyler som spelar en central roll i cellens proteinsyntes och genuttryck. Det finns olika typer av RNA, men en specifik typ kallas just budbärarrNA (mRNA, messenger RNA). BudbärarrNA har till uppgift att transportera genetisk information från cellkärnan till ribosomen i cytoplasman, där den används för att bygga upp proteiner enligt instruktionerna i genomet. På så sätt fungerar budbärarrNA som ett slags "budbärare" av genetisk information mellan cellkärnan och ribosomen.

DNA-reparation (DNA repair) är ett samlingsbegrepp för de cellulära processer som återställer skador på DNA. DNA är kärnan i arvsprocessen och innehåller instruktionerna för alla cellers funktioner, så det är viktigt att den är intakt och fungerar korrekt.

DNA kan skadas av interna (exempelvis under normal metabolism) eller externa faktorer (exempelvis strålning, kemikalier eller virus). DNA-skador kan vara enkelsträngsbrytningar, dubbelsträngsbrytningar, basbyte eller andra modifieringar av baserna.

DNA-reparationsprocesser innefattar flera olika mekanismer som arbetar tillsammans för att korrigera dessa skador och hålla genomet intakt. Det finns fem huvudsakliga typer av DNA-reparation: basexcisionsreparation, nucleotidexcisionsreparation, dubbelsträngsbrytningars reparation, homolog rekombination och non-homolog rekombination.

1. Basexcisionsreparation (BER) är en process där en endast en bas i DNA-molekylen ersätts när den har skadats eller modifierats.
2. Nucleotidexcisionsreparation (NER) är en process där ett stort segment av DNA-sekvensen tas bort och sedan ersätts med korrekt sekvens. Denna typ av reparation används när det finns buler eller skador i DNA:t som orsakar att basparen inte kan bilda en korrekt dubbelhelix.
3. Dubbelsträngsbrytningars reparation (DSBR) är en process där två strängar i DNA-dubbelhelixen bryts samtidigt. Det finns två huvudsakliga typer av DSBR: homolog rekombination och non-homolog rekombination. Homolog rekombination används när cellen är i en delningsfas och har tillgång till en intakt kopia av DNA-sekvensen som kan användas som mall för att korrigera felet. Non-homolog rekombination används när det inte finns någon tillgänglig mall och cellen istället måste använda sig av en annan mekanism för att reparera skadan.
4. Homolog rekombination (HR) är en process där två identiska eller nästan identiska DNA-sekvenser jämförs och korsas över för att korrigera felet i den ena sekvensen. Denna typ av reparation används ofta när cellen är i en delningsfas och har tillgång till en intakt kopia av DNA-sekvensen som kan användas som mall för att korrigera felet.
5. Non-homolog rekombination (NHR) är en process där två icke-identiska DNA-sekvenser jämförs och korsas över för att korrigera felet i den ena sekvensen. Denna typ av reparation används ofta när cellen inte har tillgång till en intakt kopia av DNA-sekvensen som kan användas som mall för att korrigera felet.

DNA-reparationsmekanismer är viktiga för att hålla cellens genetiska information intakt och förhindra mutationer som kan leda till sjukdomar eller cancer. Dessa mekanismer kan också spela en roll i åldrandeprocessen, eftersom skador på DNA-molekylen kan ansamlas över tiden och leda till cellulär senescens eller apoptos (programmerad celldöd).

Medicinsk definition: Mutagen, targeted

A mutagen is a physical or chemical agent that can cause permanent changes in the deoxyribonucleic acid (DNA) sequence of an organism's genetic material. These changes, known as mutations, can potentially lead to various consequences, including cell death, cancer, or heritable disorders.

A targeted mutagen is a specific type of mutagen that is designed to introduce mutations into predetermined locations within the genome. This process is often employed in genetic engineering and molecular biology research to study gene function, generate genetically modified organisms (GMOs), or develop novel therapeutic strategies.

Targeted mutagens typically include engineered nucleases, such as zinc finger nucleases (ZFNs), transcription activator-like effector nucleases (TALENs), and clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)-associated protein 9 (Cas9) systems. These molecular tools enable precise genome editing by creating double-stranded DNA breaks at specific sites, which are subsequently repaired through cellular mechanisms like non-homologous end joining (NHEJ) or homology-directed repair (HDR). The repair process can result in various outcomes, such as insertions, deletions, or point mutations, thereby altering the function of the targeted gene.

In summary, a targeted mutagen is a deliberate and controlled method to introduce specific genetic changes into an organism's genome using engineered nucleases for various research and therapeutic purposes.

"Bevarad sekvens" är ett begrepp inom genetik och molekylärbiologi som refererar till en del av DNA- eller RNA-molekylen som inte har genomgått någon form av mutation eller genetisk ändring. Den bevarade sekvensen är därför identisk med den ursprungliga sekvensen i det aktuella genomet.

I en medicinsk kontext kan begreppet användas för att beskriva en situation där en viss gen, kromosom eller DNA-sekvens har bevarats hos en individ, till exempel när man undersöker ärftliga sjukdomar eller genetiska markörer. En bevarad sekvens kan vara av intresse för forskare och kliniker eftersom den kan ge information om risken för att utveckla en viss sjukdom, svaret på en viss behandling eller andra medicinska aspekter.

En plasmid är en liten, cirkulär dubbelsträngad DNA-molekyl som kan replikeras separat från det kromosomala DNA:t hos bakterier och andra encelliga organismers celler. Plasmider tenderar att vara relativt små jämfört med värdorganismens kromosomalt DNA och de innehåller ofta gener som ger värden en evolutionär fördel, såsom resistans mot antibiotika eller förmågan att bryta ned föroreningar. Plasmider kan överföras mellan olika individer av samma art eller mellan olika arter genom horisontell genöverföring, vilket gör dem till ett viktigt forskningsobjekt inom molekylärbiologi och genteknik.

Molekylär kloning är en biologisk teknik där man skapar exakta kopior av specifika gener eller andra stycken av DNA. Detta görs genom att skapa en rekombinant DNA-molekyl, vilken består av DNA från två olika källor. Denna rekombinanta DNA-molekyl innehåller oftast en önskad gen som är flankerad av kontrollsekvenser, så kallade promotor- och terminatorkärnor, som styr när och hur mycket av genen ska exprimera sig.

Den rekombinanta DNA-molekylen införs sedan i en värdcell, ofta en bakteriecell eller en eukaryot cell, där den kan replikera sig tillsammans med cellens egna gener. På det viset produceras stora mängder av den önskade genen eller DNA-sekvensen.

Molekylär kloning används inom forskning för att studera geners funktion och interaktion, för att producera proteiner i stor skala för medicinska tillämpningar och för att skapa genetiskt modifierade organismer som används inom jordbruk och bioteknik.

Genetisk transkription är ett biologiskt process inom cellen där DNA-sekvensen i en gen kopieras till en mRNA-molekyl (meddelande RNA). Detta är den första stegen i uttrycket av genen, och sker i cellkärnan hos eukaryota celler eller direkt i cytoplasman hos prokaryota celler.

Under transkriptionen öppnas dubbelspiralen av DNA-molekylen upp vid en specifik position, känd som promotor, och RNA-polymeras enzymet fäster sig vid DNA-sekvensen och börjar bygga upp en komplementär mRNA-sträng genom att läsa av DNA-sekvensen. När transkriptionen är klar klipps mRNA-molekylen loss från DNA:t och förbereds för translationen, där informationen i mRNA-molekylen används för att bygga upp en polypeptidkedja under ledning av ribosomer.

Protein undersyrer, også kjent som proteindefisiens, refererer til et tilstand hvor individet ikke får nok proteiner for å oppfylle sine kroppsbehov. Protein er en viktig byggestoff for kroppen og er involvert i mange funksjoner som muskelforming, immunforsvar, hormonproduksjon og andre essensielle biokjemiske prosesser.

En proteinundersyre kan føre til en rekke negative helsekonsekvenser, herunder vansakhet, svakt muskeltonus, økt risiko for infeksjoner, langsom vekst hos barn og unge, og i alvorlige tilfeller kan det føre til komplikasjoner som lever- og hjertesvikt. Proteinundersyre kan være akutt eller kronisk og kan skyldes en rekke forskjellige faktorer, inkludert mangel på proteinrik mat, økt behov for proteiner pga sykdom eller skade, eller forstyrrelser i absorpsjonen eller bruken av proteiner i kroppen.

TNF-Receptor Associated Factor 6 (TRAF6) är en adaptorprotein som spelar en viktig roll inom signaltransduktionen i flera olika cellulära svar, framförallt inom immunsystemet. TRAF6 aktiveras av cytokiner som TNF (tumörnekrosfaktor) och interleukin-1 (IL-1), vilka binder till sina respektive receptorer på cellmembranet. När TRAF6 aktiverats leder det till en kaskad av händelser som slutligen leder till aktivering av transkriptionsfaktorer och reglering av genuttryck, vilket kan leda till inflammation och immunrespons. Dysfunktion i TRAF6-relaterade signaltransduktionsvägar har visats vara involverad i flera olika sjukdomstillstånd, inklusive autoimmuna sjukdomar och cancer.

"Knockout mus" är en typ av genetiskt modifierade möss som saknar en viss gen som normalt finns i deras kroppar. Denna gen inaktiveras eller "knockas ut" med hjälp av tekniker som ger forskare möjlighet att studera funktionen hos den specifika genen och hur den påverkar olika fysiologiska processer i kroppen. Detta kan vara användbart för att undersöka samband mellan genetiska faktorer och sjukdomar, läkemedelsverkan och biologiska processer.

Apoptosis är en form av programmerad celldöd som sker under normala fysiologiska förhållanden, såväl som i samband med sjukdomar och skada. Det är en aktiv process där cellen genomgår en serie specifik morfologiska och biokemiska förändringar, inklusive kondensation av kromatin, fragmentering av DNA, membranbubblor och celldelning till apoptotiska kroppar som sedan fagocyteras av omgivande celler utan att orsaka någon inflammatorisk respons. Apoptos kan initieras genom en mängd olika signaltransduktionsvägar, inklusive extracellulära signalsubstanser, intracellulära stressfaktorer och mitokondriella störningar. Dessutom är apoptos en viktig mekanism för att eliminera celler som är skadade eller muterade, för att underhålla homeostasen i flertalet organismers vävnader och för att modulera immunresponsen.

"Nervvävnadsproteiner" är ett mycket brett begrepp som kan omfatta alla proteiner som finns i nervvävnad, inklusive hjärna, ryggmärke och nerver. Detta kan inkludera strukturella proteiner som utgör grunden för celler och deras processer, signalproteiner som används för kommunikation mellan celler, samt enzymer och andra proteiner som har betydelse för nervvävnadens funktion och homeostas. Exempel på specifika proteiner inkluderar neurofilament, tubulin, aktin, kinas, ligander och receptorer.

I medical terms, 'mitos' refererar till den process som celler genomgår för att dela sig och reproducera sin DNA. Mitosen är en typ av celldelning där en cell delas upp i två identiska dotterceller. Under mitosen separeras kromosomerna, replikeras och distribueras jämnt till varsin dottercell. Denna process är väsentlig för tillväxt, healing, och cellulär repair i levande organismer.

"Hydrolys" är ett medicinskt eller kemiskt begrepp som refererar till nedbrytning av en molekyl med hjälp av vatten. Detta sker ofta när en kemisk bindning mellan två substanser (som vanligtvis är proteiner, kolhydrater eller ester) bryts ner i två delar med hjälp av en vattenmolekyl. Denna reaktion resulterar i att den ena delen av molekylen får en extra hydroxylgrupp (-OH) och den andra delen får en extra väteatom (H+).

Processen kallas för "hydrolys" eftersom den innebär att en molekyl splittras upp ("lysis") med hjälp av vatten ("hydro"). Hydrolys kan ske spontant under specifika förhållanden, men kan också katalyseras med hjälp av enzym eller starka syror/baser.

"Prolifererande cellkärneantigen" (PCNA) är ett protein som spelar en viktig roll i celldelningen och DNA-replikationen. Det fungerar som en processkopplingprotein och hjälper till att koordinera och reglera den DNA-syntesen under celldelningens S-fas. PCNA binder till DNA och interagerar med andra enzymer som är involverade i DNA-replikationen, reparation och skador på DNA. PCNA används också som ett markörprotein för cellproliferation, eftersom uttrycket av PCNA ökar i celler som är i aktiv delning.

"Drosophila proteins" refer to the proteins that are expressed by the genes found in the genome of Drosophila melanogaster, also known as the fruit fly. Drosophila is a widely used model organism in various fields of biological research, including genetics, developmental biology, and neurobiology. The study of Drosophila proteins has contributed significantly to our understanding of fundamental biological processes, such as gene regulation, cell signaling, and protein function.

Drosophila proteins are encoded by genes that are transcribed into messenger RNA (mRNA) molecules, which are then translated into proteins through a process called translation. The Drosophila genome contains approximately 15,000 genes, many of which encode for proteins with diverse functions. These proteins range in size from small peptides to large complex structures and play critical roles in various cellular processes, such as enzyme catalysis, DNA replication and repair, signal transduction, and cytoskeleton organization.

The study of Drosophila proteins has led to the discovery of many important biological concepts, including the mechanisms of gene regulation, the role of microRNAs in post-transcriptional gene silencing, and the function of protein domains in mediating protein-protein interactions. Additionally, Drosophila proteins have been used as models to study human diseases, such as cancer, neurodegenerative disorders, and developmental abnormalities. The insights gained from studying Drosophila proteins have provided valuable information for understanding the molecular basis of these diseases and developing new therapeutic strategies.

Sekundärstruktur på ett protein refererar till den lokala, geometriska formen som delar av proteinets peptidkedja antar, vanligtvis som en konsekvens av vätebindningar mellan polära funktionella grupper i proteinet. De två vanligaste formerna av sekundärstruktur är alfa-helix och beta-flak (beta-sheet). I en alfa-helix är peptidkedjan vriden runt sig med omkring 3,6 aminosyror per varv, med vätebindningar mellan varje fjärde aminosyra. I en beta-flak ligger de polära delarna av peptidkedjorna parallellt eller antiparallellt bredvid varandra och är stabiliserade av vätebindningar mellan dem. Sekundärstrukturen kan bestämmas genom tekniker som cirkulär differentialskanning (CD) och tvådimensionell nukleär magnetisk resonansspektroskopi (2D-NMR).

En katalys är ett molekyul eller jon som ökar hastigheten på en kemisk reaktion genom att sänka energibarriären för reaktionen, men själv inte förändras i antal eller typ under processen. Katalytiska reagens deltar alltså inte i reaktionen och produceras inte som ett produkt av den heller. Istället fungerar de genom att sänka den aktiveringsenergi som behövs för att starta reaktionen, vilket gör att fler molekyler kan reagera under givena förhållanden. Katalysatorer är mycket viktiga inom biologin och industrin eftersom de gör det möjligt att effektivt producera en mängd olika kemikalier och material.

"Autofagi" er ein biologisk prosess hvor eget cellmaterial blir brutt ned og fordelt til ny bruk. Dette skjer som en reaksjon på cellestress, slik som nedsatt energileveranse eller skade på cellen. Autofagi-prosessen involverer dannelse av dobbeltskalvete vesikler, autofagosomer, som omgir og transporterer dele av cellmaterialet til lysosomene, organeller som inneholder enzymer som bryter ned andre strukturer. I lysosomen blir cellmaterialet brutt ned til simple building blocks som kan brukes igjen i cellemetabolismen. Autofagi er viktig for normalcellevelføring og er involvert i regulering av cellers livssyklus, inkludert celldeling og celldød. Storeskader eller feilfunksjoner i autofagiprocessen kan være involvert i ulike sykdommer, slik som neurodegenerative lidelser, kreft og infeksjonssjukdomer.

Masspektrometri är en analytisk teknik som används för att bestämma massan och relativa mängden av molekyler eller joner i en provblandning genom att mäta deras massa-till-laddning (m/z) förhållande.

I masspektrometri separeras jonerna baserat på deras differentiella acceleration i ett elektriskt fält, som är relaterad till deras massa-till-laddning (m/z) förhållande. Därefter detekteras och räknas antalet joner med olika m/z värden upp, vilket ger upphov till ett masspektrum som visar relativa intensiteterna av de joner som har detekterats i förhållande till deras m/z värden.

Masspektrometri används inom en rad olika områden, såsom kemisk analys, biologisk forskning, miljöanalys och forensisk vetenskap, för att identifiera och cuantifiera olika substanser i komplexa blandningar.

Cyklinberoendekinashämmare, eller CKI-hämmare, är en grupp protein som reglerar cellcykeln genom att hämma aktiviteten hos cyklinberoende kinaser (CDK). P27 är ett specifikt medlem av denna grupp.

P27, eller CDKN1B, är ett tumörsuppressorprotein som hämmar cellcykelns progression från G1-fasen till S-fasen genom att binda till och hämma aktiviteten hos olika cyklinberoende kinaser. När p27 binder till en CDK-komplex förhindrar det fosforyleringen av substrat som behövs för cellcykelns progression.

P27-nivåerna i cellen är noga reglerade, och minskade nivåer av p27 har visats korrelera med onkogenisk transformation och cancerutveckling.

I medicinen refererer kinetik specifikt till läkemedelskinetik, som är studiet av de matematiska modellerna som beskriver hur ett läkemedel distribueras, metaboliseras och utsöndras i en levande organism. Det finns fyra huvudsakliga faser av läkemedelskinetik:

1. Absorption (absorption): Hur snabbt och effektivt absorberas läkemedlet från gastrointestinal tract till blodomloppet.
2. Distribution (distribution): Hur snabbt och i vilken utsträckning fördelar sig läkemedlet i olika kroppsvävnader och vätskor.
3. Metabolism (metabolism): Hur snabbt och hur påverkar läkemedlets kemiska struktur i kroppen, ofta genom enzymer i levern.
4. Elimination (elimination): Hur snabbt och effektivt utsöndras läkemedlet från kroppen, vanligtvis via urin eller avföring.

Läkemedelskinetiken kan påverkas av många faktorer, inklusive patientens ålder, kön, genetiska variationer, lever- och njurfunktion samt andra läkemedel som patienten tar.

"Grön fluorescerande protein" (GFP) er ein biologisk fluorescerende proteinet som oprinnelig kommer fra den lysende havhøne, Aequorea victoria. GFP-molekylet inneholder et hromofor som absorberer blått lys med en bølgelengde på om lag 480 nm og emitterer grønt lys med en bølgelengde på om lag 510 nm.

GFP-proteinet kan brukes i biomedisinsk forskning som et markør for ei spesifikk molekyltype, for eksempel ein gen, en proteinkompleks eller en celle. Dette gjør det mulig å studere hvordan disse molekyler oppfører seg under forskjellige fysiologiske tilstande og under forskjellige eksperimentelle vilkår. GFP-proteinet har vært en sentral komponent i mange grunnleggande biologiske forskningsprosjekter, og det har bidratt til en rekke betydelige gjenomfinninger innen molekylærbiologi og cellebiologi.

Jästsvampar, också kända som säcksvampar (på latin: Saccharomycetes), är en grupp encelliga eller myceliella svampar som tillhör riket Fungi. De flesta jästsvamparna har en diameter på 3-10 mikrometer och lever i alla möjliga miljöer, inklusive luft, vatten, jord och på levande och döda växter och djur.

Jästsvampar är kända för sin förmåga att fermentera socker till kolhydrater som alkohol och Koolsl gas (KOLA), vilket gör dem användbara inom bageri- och dryckesindustrin. De har också en viktig roll i naturen, där de bryter ned organiska material och hjälper till att recirkulera näringsämnen.

Jästsvampar kan vara antingen fria levande eller parasiter på andra organismer. De har en enkel cellstruktur med en cellyta som skyddas av ett cellvägg, som innehåller glukan och mannan. Deras DNA innesluts i en kärna, och de flesta jästsvampar har också mitokondrier.

Jästsvamparna är en mycket artrik grupp med över 1500 beskrivna arter, varav många har medicinska tillämpningar. Exempelvis används vissa jästsvampar som probiotika för att främja tarmhälsa, medan andra kan orsaka sjukdom hos människor och djur.

BRCA1-proteinet er en viktig tumorsuppressorprotein som spiller en sentral rolle i reparasjonen av DNA-skader og vedholte celldeling. Det er kodet av BRCA1-genet, som ligger på kromosom 17. Mutasjoner i BRCA1-genet kan føre til ufunksjonalitet hos proteinet og øke risikoen for å utvikle visse typer av kreft, særlig brystkreft og ovarialkreft, hos personer som har arvet disse mutasjonene fra foreldrene sine.

Angelman syndrome is a genetic disorder that affects the nervous system and causes various developmental delays and disabilities. It is caused by the absence or malfunction of a gene called UBE3A, which is located on chromosome 15.

The symptoms of Angelman syndrome typically appear in early childhood and may include:

* Delayed development: Children with Angelman syndrome may be slow to reach developmental milestones such as sitting up, crawling, and walking.
* Speech difficulties: Many children with Angelman syndrome have limited or no spoken language.
* Movement and balance problems: Children with this condition often have issues with balance and coordination, and they may also exhibit jerky, stiff limb movements.
* Behavioral issues: Children with Angelman syndrome may exhibit excitable behavior, including frequent laughing, smiling, and hand-flapping. They may also have a short attention span and be prone to temper tantrums.
* Seizures: Seizures are common in children with Angelman syndrome, and they may begin in infancy or early childhood.
* Intellectual disability: Most children with Angelman syndrome have significant intellectual disabilities.

There is no cure for Angelman syndrome, but early intervention and treatment can help improve outcomes. Treatment typically involves a combination of therapies such as physical therapy, speech therapy, and behavioral therapy. Medications may also be used to manage seizures and other symptoms.

NF-κB (Nuclear Factor kappa-light-chain-enhancer of activated B cells) är ett transkriptionsfaktorprotein som spelar en central roll i reguleringen av immunresponsen, inflammation och cellcykelkontroll. Det finns i olika former, men de två vanligaste formererna är p50/p105 (NF-κB1) och p52/p100 (NF-κB2). I vila befinner sig NF-κB som en inaktiv komplex i cytoplasman, bunden till en inhibitorprotein kallad IkB. När cellen aktiveras av olika signaler, exempelvis cytokiner, bakterieprodukter eller stress, får IkB en signalserie som leder till att den degraderas, vilket frigör NF-κB att transporteras in i cellkärnan där det kan binda till DNA och påverka transkriptionen av målgener.

Anaphase-Promoting Complex/Cyclosome (APC/C) is a large E3 ubiquitin ligase complex that plays a crucial role in the regulation of cell cycle progression. The APC/C complex consists of several subunits, including Apc5, which is also known as Cdc27 in humans.

Apc5/Cdc27 is a essential subunit of the APC/C complex and is involved in the recognition and binding of substrates for ubiquitination. The complex targets specific proteins for degradation by the 26S proteasome, which helps to control the timing of cell cycle events such as mitosis and anaphase.

Apc5/Cdc27 is a conserved subunit found in all eukaryotic cells, and mutations in this gene have been associated with various human diseases, including cancer. The study of Apc5/Cdc27 and other APC/C subunits has provided important insights into the regulation of the cell cycle and the development of new therapeutic strategies for treating diseases associated with abnormal cell division.

'Fenotyp' är ett begrepp inom genetiken och betecknar de observerbara egenskaper, drag eller karaktärer hos en individ som resulterar från den specifika kombinationen av arv (genotyp) och miljöpåverkan. Fenotypen kan vara fysiska egenskaper såsom ögonfärg, storlek och form, men även beteendemässiga drag som intelligens och personlighet. Fenotypen uttrycks genom interaktionen mellan genotypen och olika miljöfaktorer som livsstil, näringsintag, sjukdomar med mera.

Fluorescensmikroskopi är en form av ljusmikroskopi där man använder fluorescerande markörer för att göra vissa strukturer eller substanser i ett preparat synliga. Metoden bygger på att vissa molekyler, när de exponeras för ljus av en viss våglängd, absorberar den energin och sedan sänder ut den igen som ljus av en annan våglängd. Detta fenomen kallas fluorescens.

I fluorescensmikroskopi används ofta fluorescerande proteinmarker, så kallade fluoroforer, för att markera specifika proteiner eller andra molekyler i ett preparat. När preparatet exponeras för ljus av en viss våglängd kommer de markerade strukturerna att fluorescera och bli synliga under mikroskopet. Genom användning av olika typer av fluoroforer kan man få olika fluorescerande markeringar i samma preparat, vilket gör det möjligt att studera interaktioner mellan olika molekyler eller strukturer.

Fluorescensmikroskopi är en mycket känslig metod som kan användas för att studera mycket små koncentrationer av markerade substanser. Den kan också användas för att studera dynamiska processer i levande celler, eftersom fluoroforerna ofta är relativt ofarliga för cellerna och kan hålla i sig sin fluorescens under en längre tid.

'Vesicular transport proteins' refererer til klasse af proteinmolekyler som er involveret i intracellulær transport og fordeling av vesikler, små blærer der indeholder forskellige molekyler, inklusive neurotransmittere, hormoner og enzymer. Disse proteiner hjælper med at transportere vesiklerne fra én del af cellen til en anden, såsom fra endoplasmatisk reticulum til Golgiapparatet eller fra Golgiapparatet til cellemembranen.

Der findes to hovedtyper af vesicular transport proteins: vesikelklæbeproteiner (v-SNAREs) og targetmembranproteiner (t-SNAREs). V-SNAREs er placeret på vesiklens overflade, mens t-SNAREs findes på overfladen af det membran, som vesikeln skal fusionere med. Når v-SNARE og t-SNARE proteinerne interagerer, hjælper de med at sikre en præcis sammenfletning mellem vesikel og målmembran, så molekylerne i vesikeln kan frigives til deres destination.

Vesicular transport proteins spiller dermed en essentiel rolle for cellens normale funktion, herunder nogenlunde korrekt syntese, lagring og udskillelse af proteiner og andre molekyler.

I en biokemisk kontext refererar "katalytisk domän" till den del av ett enzym (eller ett annat kataltiskt protein) som innehåller de aktiva sidorna och är ansvarig för den kemiska reaktionen som sker. Den katalytiska domänen består ofta av sekundär-, teritiär- och/eller kvartärstruktur, vilket ger den en specifik form och laddning som möjliggör bindning och omvandling av substratet till produkt. Det är värt att notera att enzym ofta kan innehålla flera olika katalytiska domäner, var och en ansvarig för en specifik reaktion eller steg i en mer komplex biokemisk process.

En proteasomhämmare är ett läkemedel som hämmar funktionen hos proteasomen, ett proteincomplex som bryter ner andra proteiner inuti celler. Proteasomer spelar en viktig roll i cellens proteinska homeostas, det vill säga balansen mellan syntes och nedbrytning av proteiner. Genom att hämma proteasomernas funktion kan man påverka nedbrytningen av proteiner som är involverade i cellcykeln och celldelningen, vilket gör att proteasomhämmare används som en typ av cancerläkemedel. Proteasomhämmare används bland annat vid behandling av multipelt myelom, mantlecellslymfom och andra typer av cancer. Exempel på godkända proteasomhämmare är bortezomib (Velcade), carfilzomib (Kyprolis) och ixazomib (Ninlaro).

Protein multimerization refererar till processen där ett protein eller ett subunit av ett protein interagerar med identiska proteiner eller subenheter för att bilda en multiproteinkomplex struktur, även kallad multimer. Detta kan ske genom olika mekanismer såsom icke-kovalenta interaktioner som vätebindningar, elektrostatiska krafter och vattenuppspännande krafter, eller kovalenta bindningar som disulfidbindningar. Multimerization kan vara en reversibel process och är ofta involverad i regleringen av proteinfunktioner, inklusive signaltransduktion, transport, katabolism och strukturell stabilitet.

I-kappa B (IkB) kinase er ein omfattende betegnelse for en familie av kinaser (en typ av enzym) som spiller en viktig rolle i reguleringen av immunsystemet. IkB-kinasene aktiverer en prosess kalt signaltransdusering, der deimennesagefaktorene (NF-kB) frigjores fra IkB-proteinet sine og overføres til cellekjernen for å påvirke uttrykkingsnivået av bestemte gener. Dette resulterer i en reaksjon som inkluderer inflammasjon, immunforsvar og cellesignalering. IkB-kinasene kan bli aktivert av ulike stimuli, for eksempel bakterielle og virale infeksjoner, stresstilstande og toksiner. Aktiviteten til IkB-kinasene må holdes under kontroll for å unngå uønsket aktivering av NF-kB og eventuelle skadelige virkninger på cellehelse og -funksjon.

IE-proteiner, eller "Immediate-Early"-proteiner, är en typ av proteiner som syntetiseras tidigt under en virusinfektion. De aktiveras direkt eller nästan direkt efter att viruset har infekterat värden och beforefter följer de två andra faser av genuttryck, tidiga (early) och sent (late) proteiner. IE-proteinerna spelar ofta en viktig roll i regleringen av virusets eget genuttryck samt i modifieringen av värdcellens miljö för att främja virusreplikationen.

Cytoplasma är inom cellbiologin det vätskafylle material som finns mellan cellytan (cellmembranet) och cellkärnan hos eukaryota celler. Cytoplasman består av ett geléartat substance känt som cytosol, som innehåller en mängd olika organeller såsom mitokondrier, ribosomer, endoplasmatiska retikulum och lysosomer. Cytoplasma är också platsen där många cellulära processer, såsom celldelning, cellytares syre- och näringsupptagande, samt celldifferentiering sker.

Glutathion-S-transfereaser (GST) er en type enzym, som hjælper med at afbrydegiftene i kroppen. De gør dette ved at forbinde giftstofferne med et tripeptid kaldet glutation, der er dannet af aminosyrerne cystein, glutaminsyre og glycin. Dette dannes en mindre toksisk forbindelse, som kan fjernes fra kroppen mere let. GSTs findes i mange forskellige arter, herunder mennesker, og de er især koncentreret i leveren, lungerne og nyrerne. Der findes flere forskellige typer af GSTs, hver med en specifik rolle i at neutralisere bestemte slags gifte.

Ubikvitin är ett protein med 76 aminosyror vars huvudsakliga syfte är att "märka" andra intracellulära proteiner som ska brytas ...
Ubikvitin är ett protein med 76 aminosyror vars huvudsakliga syfte är att "märka" andra intracellulära proteiner som ska brytas ...